3I7QA

Dihydrodipicolinate synthase mutant - k161a
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIREATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title How essential is the 'essential' active-site lysine in dihydrodipicolinate synthase?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 109
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2009-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3i7qA00
2YSWA 3EXSA 3DKLA 4E0CA 4R34A 3G1SA 2XN2A 2ZZ5A 4J9JA 4RZ5A 2QCDA 2ZRYA 3DFSA 3G24A 2NUYA 5F1UA 3MI2A 2QCHA 2VEMA 3KX6A 2BSLA 2Y62A 4GJ1A 1FXQA 1GVFA 1X1OA 3LRLA 3OBKA 3MJYA 3NQGA 3G3MA 3GLCA 2CU0A 1PL9A 2DZUA 4UR8A 3FA5A 2QCNA 3G8EA 3W7IA 4OGZA 3VI2A 3EWUA 1OFRA 5F4SA 2CLEA 3NQMA 1KFJA 2WNNA 4OV9A 4AF0B 4HIBA 2A21A 3EX1A 3ABSA 3A23A 4N6FA 3PBWA 1JUKA 1JULA 2VEIA 4HSNA 3TSMA 5D09A 1GYNA 2WNQA 3WK0A 1LDCA 3HO8A 4UIOA 3MMTA 1XBZA 1AMKA 5BMWA 3TC7A 1TV8A 4XZ9A 3S5ZA 3NL6A 2VC6A 5FF4A 4NJJA 2ZTKA 1W37A 1DVJA 4N9DA 1XUZA 1QNVA 1JCJA 2TYSA 3IRDA 3DZ1A 2J9YA 2V8ZA 2A2IA 4XBKA 5HUPA 4A2SA 2AAMA 4GFSA 4DBDA 2ZZ4A 1T0OA 4Q33A 4PC8A 1DHPA 2A6LA 1VPXA 4CLMA 4DO4A 3R12A 3P60A 3LCGA 2ZZ3A 4LVAA 3TK7A 2V2HA 4ADSA 3WFAA 1LBFA 5G2HA 2WPBA 5TIMA 3QC3A 4UNLA 3NGJA 1LOQA 1XL9A 4PTNA 1L6YA 3MHFA 2NWRA 2B7QA 3W6YA 5AHMA 4Y8FA 5K9CA 3NQDA 3W7JA 3T78A 4AMAA 1CW2A 1TPB1 2AGKA 1VJIA 2A7RA 5HWJA 2CLFA 3CU2A 4ZMGA 3LI0A 3GDTA 4WXZA 1C9DA 4OHQA 3N73A 4ADUA 4GNJA 4R33A 3C2RA 3CIWA 5HR6A 3IVTA 3KRZA 5AN7A 3L0KA 4I7VA 4RXGA 2ALDA 4U28A 1Z41A 1TQJA 1H60A 1ZAHA 3BPWA 1FCVA 2B7NA 3SR7A 3ZR4A 3KHJA 1KM6A 3DKJA 2QR6A 2X1RA 1K8ZA 3Q2DA 1F74A 2FLIA 5SWUA 2V82A 3W7RA 3A5FA 4H4IA 2QDGA 4RV8A 2Y63A 1B9BA 3Q37A 3GIYA 2X1SA 4LC6A 2BXVA 5TBOA 1W5QA 4E2BA 1YTDA 4IMGA 3SZ8A 3FLUA 4MFDA 4ZZ9A 2FFCA 2YR1A 1QMLA 2ZZ2A 1VYSX 3NZRA 1T96A 4XTIA 2NXIA 4NZFA 1B4EA 4UTWA 3TX9A 4O8RA 2NX9A 3SFKA 1W5PA 5EY5A 3L0GA 4FX6M 4PH6A 1YDOA 3CEPA 3HJZA 4MKNA 3TKFA 2Q8ZA 5I3FA 4LVDA 2WJZA 3U6WA 4KFNA 2PC4A 5DCBA 1JCXA 4C1LA 1TPEA 1VYPX 2WSRA 2W6RA 4PA8A 1KFBA 3V1PA 4LS2A 1DKWA 1OFEA 3HG5A 1G67A 1JR1A 1ZAJA 3LRKA 1TPFA 4LVGA 1TRDA 3W76A 3IGXA 2ZBTA 3U8GA 3PSVA 2Q8LA 1TTJA 3A9IA 2B7PA 3L67A 5CZTA 2PE4A 4I7WA 1D3GA 1H7NA 4TMCA 2Z1BA 3P61A 3S8HA 1XDMA 5AC7A 4DELA 5HINA 1I2RA 3KVMA 4AHQA 1SW0A 4NJIA 1KV8A 3LCIA 3UWZA 2QCCA 1I2OA 5DXXA 3GVGA 1OX4A 3P8JA 1XCFA 3QPZA 1ICSA 1ME8A 3LB0A 2FIQA 3BO9A 3F4WA 1NFBA 2DP3A 3PS7A 3PUEA 2ZYFA 3CPRA 1GT8A 3G22A 3E02A 2GQ8A 5LNWA 4QM1A 3DBPA 4I9AA 5K7JA 3DFQA 3C8FA 5CPMA 5AHLA 4EWND 4JTFA 1THFD 1UUOA 1QPNA 3LXAA 3UYCA 1PV8A 3P80A 1LM1A 2E6FA 1BEUA 3G1XA 3DHDA 1GJPA 4I7UA 4GC4A 3PVFA 1O5KA 2YYTA 1F73A 2RKXA 1G6CA 3RNDA 3OVRA 1JUBA 3MP5A 1V7YA 4XKYA 4CNNA 4S1FA 5AHEA 3WJYA 1R2TA 3W7DA 3UY8A 4UMCA 1SUXA 1FWWA 1TREA 2FDSA 3NM3A 3L21A 3PM6A 1BTMA 2H8ZA 3THAA 2YYUA 5D05A 4BI7A 2QCGA 3IGSA 1ALDA 3A24A 4Y6GA 4NT0A 3B0UX 3CQ0A 4N9EA 5HWNA 4O18A 5TQLA 3KVJA 2X1UA 1LRTA 3PSWA 5EBUA 3ATZA 2E5BA 3FJ6A 1M7OA 2CLHA 3B05A 3BW4A 4JICA 3FIGA 4ORMA 3W2UA 5U7SA 1NEYA 4O1DA 3M0ZA 4KKXA 5H91A 3IGUA 4K6AA 3PC0A 1CX9A 4MFEA 3MBDA 1L2UA 1LOSA 2QJGA 5E93A 3SI9A 1FWTA 1OYBA 1SFLA 1Q3NA 1KW1A 3NQAA 3SSJA 4GE8A 2AQWA 2VFHA 3W7PA 2V30A 3TSBA 3CLMA 1ICQA 5DN1A 4JNMA 5KSWA 1KM0A 2WO5A 1TQXA 2A7PA 3GXTA 3N19B 1B4KA 3DFNA 1KFKA 1G4PA 3N14A 4HT3A 1MEHA 3MWAA 2R91A 4O1BA 1H7RA 4IGHA 1AW5A 3O6DA 4A22A 1PCWA 4MUZA 2HS8A 4JY8A 3W2MA 3DI1A 1OABA 3UWWA 2O7SA 3L68A 3TAOA 1KTCA 1RR2A 5AFDA 2W79A 3MBFA 3UZ5A 1BWKA 5HWMA 1TCDA 3W1UA 1VLWA 1H63A 3L2IA 4O0ZA 4YXGA 3NPVA 3TUUA 1P5BA 3R5EA 1QO5A 3PUDA 3D0CA 1EP2A 4O53A 1A5CA 2J9ZA 3H53A 2NV2A 1NAL1 4ALDA 2ZA3A 1UBSA 3CM4A 3N2XA 4PL2A 1SZEA 3NQCA 1MZHA 3WJSA 2H3BA 1O5XA 3GAKA 3F4NA 3G1HA 2YX0A 3N9SA 4UFLA 1OFDA 3GX9A 4LRSA 1WAUA 1W3TA 3OEXA 4ADTA 4UTTC 3BLEA 3RLUA 4L4MA 3STGA 4BK9A 5HNRA 3STCA 3HF3A 1GZGA 3TNOA 1TB3A 4ONVA 3C2VA 1MXSA 3NG3A 1RV8A 3KOFA 1FQ0A 2VFEA 2QJHA 2GVLA 5F4XA 5ABTA 1PS9A 4NNCA 2A7NA 2C15A 1A5BA 3W2NA 3IIOA 3B04A 4IMEA 1P0KA 1PIIA 3LHYA 1QCWA 2X2GA 4IXXA 4WXYA 4UTWC 1QR7A 3NPXA 3C3NA 4JTUA 3QQ1A 4K37A 3LBMA 5C5YA 3W9ZA 3C2OA 3GR7A 4UC5A 1GOXA 4O52A 4P61A 1WDWA 3L5AA 4Q4KA 2C16A 3M5ZA 1XDLA 4JX4A 5A8GA 3NQVA 3UWVA 2CZFA 1DORA 3ELFA 1KM1A 3TQKA 1XKYA 3HGOA 3M9YA 2P0OA 3LTSA 4MY9A 4LW7A 1H5YA 4NU7A 1GTEA 3ZWTA 3LGEA 4ORIA 2ZFAA 3UNDA 1Z44A 4YCOA 1IXOA 4O16A 4JTLA 3E12A 3NDOA 4WX2A 5DBUA 2ZA2A 1FDZA 3W7GA 4X9SA 3W2JA 4O19A 4AHOA 1AK5A 4FEZA 3I6RA 4UNKA 1R2SA 4CCDA 3R8RA 3HG3A 1UUMA 1Q6LA 5D2TA 1AW1A 2C19A 2QDHA 2Y6ZA 4N4QA 4HPXA 2YW3A 4DPPA 4YWIA 1T99A 3B03A 4FXRA 2NLIA 1K03A 2H3DA 4FNQA 4L4LA 3W07A 1H7PA 1N55A 4O50A 3W1QA 2ZRZA 3EWXA 5I3GA 4RKAA 2TPSA 4UFJA 4AB4A 2EPHA 5CKSA 1W5MA 2W0UA 4AF0A 2RHGA 1UCWA 1SW7A 1QPRA 1ZAIA 3GYEA 4IOTA 1QPQA 4JS3A 3O06A 3DENA 3GB6A 3B0VC 1YXYA 1Q45A 3T44A 1IIHA 4UUIA 4IX0A 4JTHA 3GNNA 5J5RA 3M43A 3L9CA 4TU1A 1FWRA 3EEGA 4FO4A 3LRMA 1RQBA 4DXVA 1XM3A 3EXRA 3KRSA 4O4VA 4LS0A 5C54A 3SJ3A 4CCEA 2ISSA 2QAFA 1KM4A 4AWUA 5LNSA 4MLJA 3NA8A 4NJGA 2CFFA 1FBAA 1TV5A 1O94A 3CC1A 3W7OA 2O7QA 1X8FA 4Z1DA 1FWNA 1K3UA 1QOPA 1I2PA 5BMXA 1EX5A 4AWSA 2Z6JA 5AB3A 3BVJA 4G1KA 1OFQA 2G97A 2CLMA 5F2IA 5D32A 3VFLA 4N4PA 1DBTA 4CQ9A 1Y0EA 4JIQA 1SZFA 1XXXA 1ICPA 5D2VA 4FF7A 3UWYA 4YLWA 4LRTA 1N8FA 1S5TA 5D03A 2NUXA 3DI0A 4Y90A 4JYDA 1OX6A 4M6QA 1RD5A 1LBMA 1WYIA 1SW3A 1TJPA 1AW2A 2Y88A 1SZGA 5DELA 5CSSA 3W2LA 2VELA 1X1ZA 3KRUA 4TMBA 5D37A 3S1UA 2YGYA 2J24A 4GRSA 4HNTA 3O63A 3W1XA 1ADOA 3DFPA 1ME7A 4JTTA 4OE7A 1HO4A 5FEWA 3TA6A 1W0MA 3EWYA 3DXIA 5AC6A 1ZHAA 3CWNA 4IQLA 3W7QA 1GVOA 1A53A 3TJXA 3V75A 2E5DA 4MYAA 4Y9AA 8TIMA 3PB0A 2ISVA 3A21A 2QF7A 5KTLA 1TO3A 1LYXA 2E6AA 1JRBA 3G1YA 3GZ3A 4HHPA 4FNRA 4IPJA 2I1OA 1JCYA 4KFPA 5G1TA 2ATSA 1Q6QA 3INPA 5AYZA 4BR1A 2E77A 3C6CA 4Z1AA 4ZQRA 4MZYA 4PODA 3BK0A 1S5VA 3ATYA 4NNBA 2VOMA 3M44A 3WK2A 3AO0A 1YXCA 4BI6A 5E0KA 1G4EA 3W1LA 1XBVA 1HFBA 3W7KA 5T26A 4O1AA 4UTKA 1TPC1 3VKJA 5AOUA 3HGRA 4AVFA 4E38A 5AHNA 4OBTA 4K8HA 1KM5A 1JUEA 1XFBA 4RX0A 3F1QA 5KZEA 3OVPA 3B8DA 3KXQA 3E0IA 1JRCA 1OJXA 2B0MA 1OFBA 3MI6A 4UMBA 2HMCA 5HMSA 4JYEA 3W71A 2C13A 3L65A 4JTKA 5DY2A 4IXHA 3N9RA 1YPFA 1WXJA 2GJNA 3IIPA 3EKZA 4MZ1A 3QQ0A 3A22A 1UB3A 2H6RA 4FNSA 4WUIA 2VXNA 4LV9A 1G4SA 3NZ1A 3EWWA 3PG8A 3TMQA 1L6WA 4JEQA 1Z42A 3W7HA 3EKLA 3FFSA 3JRKA 3TQ0A 3LLFA 4H6KA 1YLVA 2X30A 1L6SA 4QNWA 2G5WA 3VE7A 4E2DA 3W7LA 4K8EA 3TFXA 1F7BA 3VCRA 2Q3OA 2DORA 2VEPA 3O6YX 1GYLA 1JCLA 1N7KA 5G5IA 1KFLA 3L5MA 3H54A 5CZSA 2V2CA 2NZLA 2RDWA 3M5XA 1LROA 4S2BA 3PBUA 3OG3A 2VFGA 1UJPA 5EMUA 1SQ7A 2PRLA 3W1TA 2LLEA 1VCGA 4WOQA 4WY0F 5K9XA 3VNDA 4IPIA 2QUTA 3SGZA 3SIZA 1RQEA 3P74A 2V9DA 4JTIA 4N6EA 4UTJA 4MOZA 1RZMA 2E6YA 1AL8A 1BWLA 1JQXA 5DBTA 3PR2A 4K38A 4O28A 3O16A 2ZZ7A 3PULA 3IIZA 4HSOA 4M5PA 1KFEA 3LCHA 2DZWA 3KAOA 4M19A 4IWWA 4Z08A 5HQEA 3QFEA 3R13A 1VS1A 5I3KA 4JTJA 3C0JA 1SR9A 3W1NA 2DU2A 2V5BA 1PHWA 4YMZA 3C2FA 3TJLA 3WK1A 2I14A 3TC6A 4K7VA 3BGJA 4NJHA 4UXDA 1K8XA 1KLZA 3NQEA 1DQXA 3PBYA 5HJLA 3LCWA 5K4ZA 4N2YA 3P7YA 5G1YA 3I7SA 4ZQOA 5D04C 3NPUA 4Q32A 4NVTA 4EIVA 2GOUA 3M7WA 1OYCA 5D30A 1WOAA 4QNEA 3UD6A 3I68A 5D2WA 3MO7A 1FUYA 4WZHA 3NQ7A 5KITA 3BG9A 1I4NA 3LV5A 1OVDA 5LZLA 4O4WA 4LNYA 2ZZ6A 4EOUA 2YCEA 3GKFA 4AHPA 3MP4A 2CLIA 2NX3A 2WNZA 3YPIA 1FX6A 5D2XA 4D2JA 4DF0A 5F2LA 4UR7A 2FPTA 3PG9A 5AYYA 5EL1A 2WQPA 3IIVA 1Q6OA 2ZRVA 3W2KA 1JQVA 1F76A 2ZRXA 1DV7A 3ABRA 3FS2A 1VLIA 4AWTA 1GEQA 1LOLA 1LLWA 2OT0A 3I65A 3NVTA 2GVJA 4GWEA 3QJAA 2E09A 3HPSA 4UCGA 2Y85A 2A85A 1G7VA 1H51A 2I9EA 4AXKA 2CWNA 1KTBA 1KBIA 2FTPA 1GG1A 3GDLA 4JIPA 3LTYA 1J5TA 5LHFA 1JCNA 5EKYA 3T55A 2ABBA 4EF9A 2GQAA 3W70A 1O4UA 4PEKA 3HGJA 1X6UA 1DL3A 2BTMA 3TW6A 4MVAA 1YTEA 4H3DA 3EX3A 1H61A 2CZ5A 4ZQPA 2OMAA 1OFOA 2HTMA 3USBA 4X3ZA 1H1ZA 3G1DA 3QRHA 2VENA 3LTPA 1KV5A 5K3VA 2H90A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1S2W A;  1AFS A;  5HPC A;  1S46 A;  2YSW A;  3G77 A;  2XN2 A;  2ZZ5 A;  2D2O A;  4NAF B;  2BSL A;  3CMF A;  1GVF A;  1UHV A;  2VCA A;  2YBT A;  3NQG A;  4ATW A;  4MNL A;  2BBF A;  3G3M A;  2J7B A;  2DZU A;  6A3H A;  4UR8 A;  2VR2 A;  3R58 A;  4GQ0 A;  2P8B A;  1PZ3 A;  3LGG A;  3VI2 A;  4TQT A;  3EWU A;  2V68 A;  3AIV A;  3GG7 A;  3GTH A;  2CLE A;  4GNK B;  1QW7 A;  3CMJ A;  2WNN A;  4OV9 A;  4AF0 B;  5LA0 A;  1RLC L;  2Z1K A;  4N6F A;  4AW7 A;  1JUK A;  4QAW A;  2IPJ A;  3WK0 A;  1LDC A;  1LL4 A;  1UIP A;  1TR9 A;  3OBE A;  4JQ2 A;  1MYR A;  2YZ5 A;  2A3E A;  4N9D A;  4DBU A;  1XUZ A;  1HJQ A;  1JFX A;  1PB0 A;  1IT7 A;  2X0S A;  5HUP A;  2FZN A;  2ADA A;  4PTX A;  2X7W A;  3MMU A;  3FAX A;  3SB0 A;  3WG6 A;  2A6L A;  4L6D A;  4HU4 A;  3P60 A;  3P0W A;  2Y8K A;  3ECQ A;  3H8A A;  3TK7 A;  2DT3 A;  2V2H A;  3VKA A;  3U48 A;  2FDM A;  3QC3 A;  2WVV B;  4NZC A;  1LOQ A;  3ITO A;  3TW9 A;  1L6Y A;  3M46 A;  2NWR A;  3STP A;  3WD0 A;  3TN4 A;  3W7J A;  4AMA A;  2OTD A;  4B15 A;  1QNR A;  1EHA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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