8TIMA

Triose phosphate isomerase
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Triose Phosphate Isomerase
rcsb
molecule keywords TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
total genus 87
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1998-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 8timA00
1GVQA 2NX3A 3G1VA 3KVJA 1XBZA 1EIXA 2DZSA 1PCWA 2CFFA 4WZHA 4EVZA 2ZFAA 1H61A 3P74A 4UNLA 1H60A 1Q6RA 5EPDA 1WOBA 1YADA 2G96A 3INPA 1XDLA 5F2MA 5HR7A 2ALDA 3N34A 2E1DA 4K38A 4UC5A 2C15A 4DO6A 1DORA 4GC4A 3G8RA 1CX9A 2XFWA 3EB2A 2E6AA 4LV4A 2FFCA 3S5ZA 1SFLA 4XWUA 3LTPA 5D2YA 1P1XA 1KA9F 2RKXA 3NPVA 2QJHA 1GVOA 4IJBA 1B9BA 5CSSA 5E1QA 2XN2A 1PE1A 4N9DA 1D3GA 1RPXA 2Y7FA 4C1LA 5AHNA 4UFIA 2WNZA 2TSYA 3KRZA 3T55A 3T44A 3DKJA 3G1XA 3WK3A 5BRBA 3CIWA 3W6YA 3P84A 1YXCA 1F5ZA 1FWRA 2Z0IA 4BR1A 3ZFHA 2TRSA 3OBKA 1FXPA 4JTKA 1F6KA 3L68A 3QSRA 5HJLA 2YW3A 1TTJA 4X2RA 5FF4A 3SJ3A 2QR6A 3BGJA 3L5AA 2KZHA 3W2KA 1R46A 3UY8A 2J9ZA 3WK0A 1BKSA 1Z41A 1NF7A 2JKAA 1IF2A 4JX5A 1A5SA 2CW6A 3M7WA 3W7CA 4Z0JA 1QFEA 3HMJG 1XUUA 3O63A 1H62A 2V2DA 4JYDA 4K6AA 3BK0A 1TPC1 2ZRZA 1ZENA 3LRMA 4KKXA 3DENA 2RDTA 2J9YA 3N3MA 3NQFA 5HWMA 1LZOA 4UR7A 3W7NA 3O06A 4JTUA 5FF0A 1W56A 1QMLA 1EP3A 3TW6A 3LV5A 1QCWA 2YFNA 3W1NA 3DFTA 3SGZA 1OFRA 1QPNA 2OT0A 1TRIA 4XBKA 1SZNA 1I8JA 3WJZA 1TPH1 4UFLA 4O15A 3MP4A 3Q94A 3M41A 1W54A 1ZHAA 2ZA3A 3DBPA 1F74A 4RXFA 1DV7A 3S42A 1GVFA 1JUKA 2D73A 4QNEA 3RLUA 4JTGA 2RDUA 1M7OA 4N9EA 3B0VC 2FIQA 1RR2A 3LTYA 3W3OA 1RD5A 1G67A 3C2VA 5DN1A 3GIYA 1OYCA 3TK7A 3HPSA 3A24A 2NZLA 4AB4A 3GNNA 4UMAA 1OF8A 5FF2A 1WAUA 3SECA 5BMXA 2X1UA 2C6QA 1LP6A 4UR8A 4GWEA 3EX2A 4LVFA 4IWWA 1VJIA 4WOZA 2E09A 1SU5A 1LCOA 1EPXA 3SGUA 4PFMA 3S1UA 1TTQA 2DZUA 3CT7A 4IX2A 4O1AA 1GG1A 4MUZA 3TMLA 1ZAIA 2CLOA 3W86A 2ZZ5A 5D04C 1I2OA 3N2MA 4O8RA 3N73A 3KVKA 3L0KA 2QCMA 4ZQPA 1B4EA 3B03A 1AG1O 4HT3A 1PS9A 4O16A 2PCQA 5CSRA 4FNRA 5C54A 3A5FA 4CNOA 1GEQA 2ABAA 3LHVA 1WBHA 3LXAA 4DF1A 1NEYA 2EAWA 2YYUA 4A3UA 5AC7A 1HFBA 3SSJA 3P8IA 5I3GA 3SY5A 5CKSA 2Q3RA 3PBUA 4NX5A 1KFEA 3YPIA 1LDCA 3C6CA 4TIMA 1LM1A 3I7SA 3W07A 4RR4A 3CWNA 4L4LA 5C6MA 3W7JA 2QCDB 4AMAA 1BWLA 3QPZA 4I7WA 1W37A 4MJMA 1QAPA 3LHTA 3MHFA 3O6YX 4TX9A 4FNTA 4YCPA 3W23A 3IGUA 1TTPA 1OFDA 4IOTA 6TIMA 2QCDA 5CZJA 2GVLA 3UWQA 3S1VA 3P67A 3T78A 3CPRA 1H7RA 5D33A 1GYNA 4JGDA 4M5PA 5C5YA 3TC6A 4IUOA 5F1UA 4PODA 3UWZA 4L4MA 2BX7A 1JJKA 2HS8A 3RF9A 3OA3A 1IXOA 1FWWA 4M6PA 4YWIA 3MHUA 3M5XA 3PBYA 5IBXA 1THFD 1TPEA 1U5JA 3MJYA 5LNWA 2WOQA 5G2HA 3PY2A 3FKKA 2FB3A 3QM3A 3NDOA 3A21A 4LT9A 5E93A 2VFFA 3PULA 3QQ1A 5U4NA 2O7SA 5D09A 3EKLA 3LHZA 2YR1A 3KVMA 3L0GA 2NUYA 3S8HA 3HGSA 1XBYA 3EWYA 2Q8ZA 4EOUA 1QDSA 5KITA 2DZWA 5LNSA 1R30A 2CLIA 3NZ1A 2E5CA 5FF3A 4QNWA 4AEOA 1KBJA 3IVSA 4MLJA 2Y89A 2ZCGA 5CPNA 1G7UA 2P10A 4QAIA 4CCEA 3TKFA 5CG7A 2VEIA 3KFTA 1Q45A 3GXNA 2H90A 1H50A 4FF7A 5LSMA 1QNVA 3PG9A 1MZHA 1K7FA 1QO2A 3SI9A 1XI3A 2PRMA 3R12A 3UWYA 3LXCA 5KZMA 2RHGA 4AWSA 3W1TA 1HUVA 3FJLA 3GZ3A 1ICPA 2V0TA 5D37A 3W7LA 4Q32A 2WO5A 1TB3A 4LY8A 2VEPA 3GLCA 1T96A 1UUOA 2WQPA 1JUEA 1KM1A 1OX6A 3FYOA 3LI0A 4N9CA 5EL1A 5HQEA 5DY2A 4ORMA 2V9DA 3W2UA 5F1VA 4QISA 5G2WA 5L9FA 3UXDA 1GOXA 1S3HA 3TV8A 1EP2A 3UPWA 2XN1A 4RV8A 1RZMA 1VR6A 1W5QA 5IBXC 3DU0A 3B4UA 4UNKA 4M6QA 1AW2A 4JIPA 1ICQA 1JRCA 1R2TA 3OVPA 1VLIA 4GUFA 4NJHA 3O07A 2ABBA 1YDOA 1PIIA 2Y7DA 3G1DA 1K02A 4K7YA 1XBXA 2X16A 1AL7A 1J2WA 4JS3A 2QDHA 2X1RA 1X7FA 2QUTA 4HNUA 1EWEA 1ZAJA 2A7NA 5TBOA 1ICSA 4B5NA 4LS2A 3N19B 5AYZA 3S0CA 2RFGA 2ZRWA 3ELFA 3STCA 2A2IA 3NQDA 1VZWA 2A85A 2J27A 3M0ZA 1WXJA 3MHGA 3Q58A 1NVMA 3EEGA 1SO4A 3UY7A 3EX4A 1KV8A 2C14A 3F4NA 3FOKA 3HQ1A 1XFBA 2VXNA 4O11A 4Z1CA 1ZAHA 3W88A 4RZ5A 2X2GA 3TMQA 4CNPA 4UTTC 1PVNA 3U6WA 1LOQA 1JCMP 4PL1A 2RH9A 3GK0A 3TDFA 2NWRA 1E51A 3HPXA 2FTPA 3PSVA 5LNVA 4JIQA 4JTIA 3ABQA 4O4VA 2CLHA 3GDTA 1H7XA 4LVBA 3DAQA 5I3IA 7TIMA 1QPOA 3NA8A 3BG3A 4KFOA 3UNDA 1XM3A 4XKYB 2E6YA 1LBLA 1XXXA 3QMSA 2CLLA 2ZQ0A 4D2JA 1IXPA 3B04A 5D2TA 1FWSA 3B0PA 3VNDA 1HL2A 4W9TA 2RDWA 2ZZ7A 3RMJA 4XKYA 2GQAA 1JQVA 5CPLA 1IXQA 5HMSA 1UCWA 3MO7A 4NXKA 3W7GA 3W7RA 4BI6A 2NV2A 2YXGA 1XDMA 5DCEA 1G4SA 3PF3A 2ATMA 4QJ1A 1F76A 3C8FA 2C19A 3FIGA 3W7OA 2VEKA 4ADTA 2Z1BA 5DELA 3NNTA 3S9YA 3CM4A 3S6DA 3PB2A 4TR9A 4AAJA 1OABA 4GBUA 2QCFA 3LBCA 1DVJA 3QYQA 3L66A 1B57A 3Q2DA 2E5BA 1EUAA 5AN7A 3FYPA 3QSTA 4IMFA 1L9WA 1ALDA 1LOLA 3LCGA 5FEPA 4HHPA 5AC8A 1I45A 3GDRA 1H7PA 4FB7A 3LDVA 4X9SA 2CLFA 4ZMGA 1TPFA 3MUXA 3TNOA 1XBVA 4FXSA 1SO6A 1VHNA 4NQ1A 3W76A 2VFIA 3S5YA 5HWJA 2C18A 4BWLC 5TIMA 4QIUA 3BG9A 3IIPA 4FEZA 4O13A 3BGGA 4ZZ9A 4MZ1A 1W1ZA 1TPB1 1OK6A 1H7OA 2QCEA 1LBFA 3CB8A 3R5EA 1ONRA 3PSWA 3TJLA 4M7SA 4OWGA 4AHPA 3IV3A 3GAYA 4RZ4A 3I68A 3W1RA 2VELA 4UTWA 2VEMA 3BG5A 4QITA 2V5BA 3HGRA 3C4UA 4WOQA 4Y96A 5L6UA 3L67A 2C1HA 4YLWA 1R47A 1ME7A 4UTHA 4MJZA 2OT1A 1AMKA 4N02A 4RX0A 5KTLA 1WQ5A 2DU2A 4UXDA 2ISSA 3H55A 3QF0A 3TCEA 1YXDA 4HSOA 4O54A 4R33A 4OV9A 3MMTA 1VRDA 1SZEA 3VCRA 3TX9A 4K36A 3HGJA 5HULA 1P0NA 4WX2A 3W7HA 2E77A 4LRSA 3KX6A 4WJEA 2V5LA 1VQTA 1SSDA 3ATZA 3NPXA 1T99A 4LC8A 3NGJA 1NF0A 2QCLA 4O19A 3W71A 3MI6A 4QQ3A 3HF3A 3NQMA 1JCXA 1A5AA 1X6UA 3I65A 2DJXA 2NWSA 3A22A 1OG0A 1L6YA 3W1MA 2I14A 1X8FA 1W0MA 3LB0A 1TPVA 3F4WA 5G1TA 3HG5A 3DKLA 5BMWA 4NU7A 4ZVJA 3QW3A 4TO8A 2C13A 2FPTA 3O1NA 5AHEA 2FPVA 4YCOA 4UMBA 3LTSA 5J5DA 1EA0A 3CHVA 5I3JA 2NXGA 3NQ7A 4MZ8A 3WJYA 3TQKA 2PRLA 1ML1A 3ZS4A 5KZEA 3W1QA 1CI1A 3OEXA 5D30A 1JCNA 4AHOA 1KV5A 5DCDA 3OG3A 1TPDA 2OX1A 3O16A 4RJEA 3NM1A 5DLCA 4OE7A 4E0CA 4EIVA 2ZRYA 3DFQA 4NZJA 3B06A 5FEWA 3LCHA 1JUBA 3C2FA 1VLWA 4AVFA 4H6KA 4HKPA 5K4XA 1O4UA 5EKYA 2VFHA 3VI2A 1JCJA 3IIVA 3GXPA 3HG2A 4M19A 1KLYA 1AW1A 2B0MA 3C0JA 4ZQCA 1Z42A 2QUUA 4IMEA 3W7DA 3SIZA 3TC7A 4ZL1A 1R2RA 5AB3A 3EWBX 3PUOA 2FB2A 3KRSA 2VC6A 3L0NA 1L6SA 3CU2A 3W74A 5K3VA 2X1SA 3EWUA 2JGYA 5FESA 1FDJA 3HB9A 1MSSA 1KFKA 3MYOA 4FX7A 5AOUA 3BVJA 4LC6A 2V2CA 1XCFA 1VH7A 4GUGA 4JY8A 1SW0A 2VOMA 1UJPA 3TSMA 3IIXA 3TFXA 1OJXA 4NUWA 2ATSA 4IX0A 1YDNA 3DHDA 2NUXA 2AQWA 5GVJA 2I9EA 2YFOA 3LM7A 3LI1A 1KM5A 3PUDA 2Y7GA 4KFPA 1K8ZA 1MO0A 3ZR4A 1L6WA 4AWTA 1MXSA 1O5KA 4IXXA 2GOUA 3NVTA 4A21A 1FWNA 4O4WA 4WXZA 2VFGA 3W2NA 4NXSA 2A6NA 4ZQMA 2R8WA 3UZ5A 3L5MA 1UUMA 3M1ZA 4S2CA 2NUWA 4GJ1A 3M6YA 3HPZA 3LXBA 4UFHA 4WXYA 4ML9A 3LCXA 2Y85A 1QO5A 1OHLA 4UTUA 4DELA 1KTCA 1OFEA 3G1YA 4MZYA 5LNRA 2ZRVA 3O15A 1AK5A 2WV8A 3DHFA 1TJPA 4O18A 2I1OA 5DBUA 2Y63A 4ADUA 1FDZA 4MY1A 2Y61A 5K9CA 1NFBA 4A22A 4IMCA 1B4KA 3LX9A 4JTFA 3Q37A 1KBIA 4MOZA 3TE9A 1RV8A 4Q33A 3PVFA 4O50A 4XUGA 2EGZA 2QUVA 3NM3A 3IGSA 4GE8A 2DJLA 1KM2A 3CWOX 2Z6IA 4ICNA 3TUUA 1WOAA 3TQVA 5D2WA 3ZWTA 5EMUA 1EWDA 2Y62A 5K9XA 3M16A 2P1FA 4GRSA 1LRTA 4S1FA 3EWXA 2XN0A 3GR8A 1KFCA 3DI0A 1GTEA 3QMRA 1I2QA 5C55A 1GJPA 2ZZ3A 2CZFA 4QM1A 3W7KA 1G4TA 2YDAA 1S5WA 3LCIA 3S5OA 3LRKA 3MBFA 4CNNA 3KXQA 4Z1BA 1WA3A 2A0NA 4JX6A 3HO8A 1TO3A 4FX8A 5KMYA 3NO5A 4HPJA 5LNUA 5G5IA 3HGOA 3V75A 4JTHA 3D0CA 1OF6A 4NVTA 3W1PA 3QJAA 3PBWA 1EB3A 3O6CA 4LS1A 4MYXA 2HMCA 3OIXA 3PWAA 5BOOA 1DJNA 3CEUA 4FNUA 3TA6A 3P8JA 3NQEA 4JEQA 4RK8A 3TH6A 2GJNA 3EX6A 3WJSA 3QRHA 4DEFA 2PRHA 5F2GA 1H7WA 5EBUA 3LOTA 5D02A 5H2ZA 3NQAA 4JYEA 3AO0A 2JKPA 3NL6A 1JULA 1H63A 1QPRA 3W7EA 3S1WA 5H91A 3UWUA 1R2SA 1VGAA 1VS1A 4AF0B 3ABOA 2H3BA 1TTIA 5TQLA 4JTTA 3SZ8A 3QFEA 4O14A 1NAL1 2ZZ2A 2YW4A 1SO3A 4OT7A 3C52A 3M5YA 3THQA 3LHYA 3CQ0A 4OU1A 3G18A 4AF0A 4IGHA 4O1DA 2OCZA 2B4GA 3AJXA 1ZY9A 3LV6A 3EKZA 3G3DA 1KM4A 3PBVA 5C2XA 3DZ1A 4X22A 1LROA 3EXTA 4JD4A 3I7QA 3KRUA 3QEZA 5LGXA 2JKEA 3W73A 2Y6ZA 4U4MA 1Q6QA 2A7PA 2B7QA 3IIZA 3MWAA 4HNTA 1HO4A 5DY3A 2G95A 2DP3A 4WUIA 1RQHA 3V1PA 1QPQA 4J9JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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