3YPIA

Electrophilic catalysis in triosephosphase isomerase: the role of histidine-95
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGQSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Electrophilic catalysis in triosephosphate isomerase: the role of histidine-95.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 94
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1990-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ypiA00
1HO1A 5AOUA 1QPOA 1GWJA 3EB2A 3OVPA 4Z1BA 3QMSA 3M5XA 3LXAA 2YSWA 4U28A 1OFAA 5F2IA 3R5EA 3BGJA 1BTMA 5L6UA 2CLEA 4XQ6A 1KTCA 2GOUA 1F05A 1F2JA 3DBPA 1QOQA 1OX6A 3TAKA 3O1NA 1DKWA 4NZFA 5I3HA 2QUUA 4GJ1A 4N4PA 3SJ3A 3WJYA 3I7QA 4CCEA 3MHGA 4UTHA 3YPIA 4N6FA 3W7IA 3WK1A 3GR7A 1KM5A 4UIOA 1FWWA 2NWSA 3G1XA 3P8JA 2ABAA 5HQEA 3C0JA 2YDAA 3MW7A 5FEPA 3GDLA 1VZWA 3U8GA 4RKAA 4AWSA 5C6MA 1TQJA 2C13A 4QM1A 3W72A 3W71A 3IVSA 4MY9A 2NX9A 2PRMA 2QAFA 4IMEA 5F1VA 4O1CA 1OHLA 3OG3A 3W7LA 2QJGA 3EWBX 4MYXA 3ZWTA 1VRDA 5HJLA 3W1AA 3GYEA 2DZPA 3VKJA 1X6UA 3GDMA 3W88A 1TCDA 2C19A 3MO7A 1XDLA 3U2OA 4OV4A 4MJZA 1VPXA 1YTEA 2RKXA 1OX5A 1VYPX 4N9DA 1BEUA 1XKYA 4E2BA 3BO9A 3C56A 3EWUA 3R13A 1VH7A 2WQPA 4BI6A 3UXAA 4P61A 3QH2A 1FWSA 3PS7A 4NX0A 4KFNA 4LNYA 2B7QA 3LRKA 5D2VA 1YADA 2FPVA 3DU0A 3F1QA 4UMCA 4JXCA 1CW2A 2CFFA 5K4XA 3LLDA 4CCCA 2ZDRA 3G1HA 1A5SA 1W5PA 3W7MA 4P2VA 5CKSA 1WOAA 3NZRA 2Q8ZA 3W1RA 5G1YA 5AC6A 4GUIA 3TXVA 1CX9A 3MP5A 2G97A 3PG9A 3UWZA 2CZFA 1FY6A 1H7WA 4A2RA 3B8DA 2V8ZA 5AFDA 2YYUA 1UCWA 5SWUA 2RHGA 2QKFA 3M47A 5EL1A 2NZLA 1OG0A 1IF2A 3Q94A 4PL1A 4AWUA 2A0NA 1ME9A 3PBVA 1VLWA 1LTDA 2QCNA 4A2SA 1G7UA 5D2YA 1K8YA 1O5KA 3LLFA 3W1QA 3H54A 5AHEA 2YR1A 1YYAA 2WJZA 3R89A 1KFLA 3FFSA 3LCLA 4LVAA 4O15A 5D33A 1G4EA 1YXYA 3PB2A 2V9DA 4UR7A 3N14A 3C3NA 4NUWA 1BKSA 1TREA 1XBVA 4M6PA 3M5VA 2P1FA 2WO5A 4FX8A 4Q33A 4O54A 3SR7A 1GG1A 5KMYA 2PRHA 1A53A 5G2IA 1OFBA 3GXNA 1XXXA 4GUHA 3W3OA 1G69A 5D30A 3NQCA 1K7EA 5HR6A 2PE4A 3G0SA 1JCXA 2G96A 3GAKA 4JIQA 1NFBA 2C14A 1DJNA 1OF6A 2DZTA 3CC1A 1A50A 4O52A 3W87A 3KVMA 3LCGA 1SSGA 5D2TA 3G24A 4MIMA 4OE7A 1OX4A 1ZALA 5CPMA 3HPSA 2A5HA 1PV8A 2OT0A 2YW4A 3GR8A 4ZQCA 3LRMA 5K9XA 3A22A 4R53A 1LYXA 4NJHA 5CZTA 1THFD 1TTJA 3TA6A 2GUUA 2Q3RA 4WXZA 4FXRA 1TJPA 3KHJA 2H3DA 3N9SA 4O1DA 2A2IA 5DBUA 2ZZ4A 5CSSA 1TPWA 1AL7A 4ZZ9A 3VNDA 3FJ6A 3OIXA 1W54A 4M5PA 3SW6A 4R34A 1B3OA 4N6EA 3PUOA 2TRSA 4DELA 4LRSA 3TW6A 3ATYA 1YTKA 4PFMA 2DP3A 3N9RA 4EF8A 2Q8LA 3CU2A 2ATMA 4DO4A 4RJEA 5GVJA 3RF9A 3W23A 4RCXA 1F7BA 3TR2A 1B4KA 1ME7A 1VC4A 2CZEA 2Y7EA 3P74A 2PC4A 3LCFA 1L6WA 3FA5A 2Z0IA 1JVNA 2ZTKA 1OK6A 2ZRXA 2FB2A 4LVGA 4M6QA 1PVNA 3QJAA 3G1FA 3LHYA 2O7SA 3UWWA 1TYGA 2WV8A 3L5LA 4E38A 2I1OA 4CNNA 1FWNA 4AMAA 1XUZA 1LOQA 4FX7A 3IGUA 4QNWA 3HG4A 4MKNA 2E5DA 2RFGA 2PRLA 4QAIA 4CQ9A 1W3IA 3EX1A 2R94A 3C61A 1RQHA 2A7PA 4PL2A 4CQAA 2FPTA 3HJZA 3PULA 3NQEA 3ZR4A 3DFPA 3UWVA 3QZEA 1FUYA 1JJKA 5D04C 4BWLA 1WYIA 3CT7A 4KFOA 4O18A 2GJLA 4X3ZA 4DXVA 4JX6A 3N2MA 1TJRA 3W2NA 4K7YA 4KWWA 1LRNA 1VHCA 4QSHA 5AYYA 1R2SA 3PBWA 3S5NA 3L67A 3KAOA 2V2HA 2DZVA 1I2QA 3BW4A 2ZBTA 3DFOA 1LLWA 1R2TA 1VR6A 4RV8A 4O10A 5KZMA 3HG5A 2CZ5A 5E1QA 2V81A 2W6RA 2FQIA 4GXMA 2X2GA 1HO4A 1Q6RA 2A6LA 3RNDA 2BLEA 3FIGA 3GIYA 2YZRA 3LX9A 2ZRUA 4GFSA 4FNQA 1FWTA 1SZEA 1OF8A 1RQBA 3W84A 3L65A 1RPXA 2CLHA 2RDUA 3DFNA 3S1XA 4H6KA 2EGZA 3CPRA 2Y7GA 3NL3A 3WK0A 1I2OA 3LGEA 1NVMA 2CLIA 1KM1A 1GYLA 1I4NA 1KFCA 4NJGA 3WJSA 5AC8A 1EP3A 2J9XA 3LXCA 3G22A 3NYZA 5K9CA 3GVGA 3Q2DA 3ATZA 3EX6A 3C2EA 4DF1A 4UMAA 3RFAA 5HWNA 6TIMA 3ZS4A 3NQMA 3NXFA 5BMWA 3QEZA 3NPXA 3LM7A 3DHDA 1G4PA 4JDBA 3W7QA 4LUJA 3VCRA 4K38A 4CNPA 1LZOA 3B0UX 1H7PA 5LGZA 2ISSA 4FNPA 4BF9A 4R7JA 5EYWA 4UTLA 5G4EA 1U5JA 1VCVA 1KFKA 4LW7A 1V5XA 2ZRVA 2D73A 4JDYA 1XDMA 4UTMA 3Q58A 1OK4A 3O16A 2WNZA 1ZNNA 4LWWA 4BR1A 2HMCA 3LCHA 3H55A 5I3KA 2EAWA 4BWLC 2ZA1A 5DXYA 4NT0A 4AH7A 3LV6A 2GPTA 3NQGA 4UFLA 2ALDA 1D3GA 1C9DA 3C2OA 1ADOA 1VCGA 1TTQA 4ML9A 4M19A 1C29A 4LOCA 5TQLA 1BWKA 3LB0A 3W1MA 1TTPA 3TROA 1I8JA 2WNQA 2OZ0A 4AXKA 3TKFA 3M5ZA 3HGJA 4DBEA 1XCFA 2ZQ0A 4UTWC 1NEYA 2PURA 3SECA 3D0CA 3LERA 3LTSA 2ZRZA 4PEKA 3MJYA 5LHEA 3HPXA 1NF0A 3GAYA 2QAPA 5LNWA 1W37A 2NUYA 3OVRA 3NQVA 2H90A 2LLEA 4G1KA 3NQ6A 3EKZA 1EIXA 4XKYB 1ZAJA 4O17A 3CIXA 1Z41A 4UTTA 4O19A 1KM4A 3W7PA 1FQ0A 3LHWA 4BI7A 1GVQA 4MZ1A 4K8EA 1MEHA 4YCOA 4X2RA 2GQ8A 4WOZA 3V1PA 3CHVA 2DORA 4HT3A 3LV5A 1I2RA 1NSJA 4K8HA 1F74A 5FEZA 5FEXA 4PCFA 1ICSA 1Z44A 3KVLA 5FF7A 4AVFA 1UASA 1CI1A 2WOQA 5D02A 2E6YA 3F03K 3IIVA 3TAOA 4N02A 3S8HA 1QDSA 1OFOA 2YFNA 2E5CA 2ZYFA 1LBLA 1LOLA 3PR2A 2HS8A 2JBMA 3UWYA 3CTLA 3HF3A 1P1XA 3TQVA 5F2GA 2G5WA 5CGQA 3K30A 5FF2A 3S5YA 3FS2A 2V2CA 2XFWA 1JUBA 3O06A 1SW7A 4JYEA 1R2RA 2ZA2A 4H3DA 3H53A 1M7OA 1N7KA 2I9EA 3HOJA 1KV8A 5EY5A 4C1KA 4GNJA 4NJKA 1RVGA 1WBHA 5J5DA 2WSRA 3QF0A 3QPZA 3DGRA 3MP4A 5DXXA 1J4EA 3NM1A 1K7FA 1DQWA 3QW4B 3NQ7A 4Q4KA 4DQWA 1FCUA 2B7NA 5LNSA 4MFDA 5MHBA 5A8GA 1W0MA 4NZJA 1W1ZA 4AHOA 4POCA 3L9CA 3FLUA 3TNOA 4FF7A 1KBJA 3QQ0A 4IMGA 1BWLA 2BX7A 4NNBA 2Y63A 2ZTJA 4EF9A 1VHNA 2QCGA 1XUUA 4IMDA 1X7FA 1AW2A 4JTJA 4DO6A 1QPQA 3LBCA 4FEZA 1FDYA 4OT7A 3SIZA 5G2HA 3V75A 5CPOA 1EA0A 1JULA 3QSTA 3KVKA 3E02A 5BNKA 3IIOA 3BW3A 4K6AA 4UXDA 3FJLA 3PM6A 4N9BA 1H61A 1O95A 1FDZA 2X16A 3G8RA 3UPBA 4CCDA 1TPEA 5HNRA 4UFJA 2VEMA 2DJLA 3NL2A 4UFKA 2V0TA 2VXNA 4CNOA 3N73A 3TMQA 5K9DA 2ZCGA 4HSNA 1KLZA 1WBJA 1P0KA 2Y85A 4K36A 1IXOA 4KFPA 3PBUA 1AW1A 2GVJA 2HS6A 2FLIA 3MYOA 4OGZA 1J5TA 1F6PA 4QQ3A 3W7CA 4NQ1A 4OBTA 3A5VA 1RZMA 1XC4A 1WOBA 1SQ7A 5D2XA 2NXIA 2E6AA 2E1DA 3TX9A 2QUTA 3CWNA 3WFAA 2DZWA 1JCMP 3UNDA 1JRCA 2J9YA 3LI1A 1SFLA 5AYXA 2A6NA 1EP2A 1YPFA 3P82A 2H6RA 1GQNA 1VYRA 3IIZA 4QJ1A 5CZSA 1W5NA 1ZFJA 4O11A 2ZZ5A 1GTHA 3CLMA 4N9CA 2GVGA 3BARA 1ALDA 4WJEA 3E12A 1C8VA 3C8FA 3O8AA 4O0KA 3I7SA 3VE9A 5D2WA 4E0CA 3NO5A 3B05A 2NX3A 1Z48A 3HMJG 3O6YX 2F7FA 1K3UA 2OT1A 2QDHA 2VFEA 5AB3A 1O60A 3MMTA 2J9ZA 2V5LA 4B5NA 5TBOA 1OYCA 1TO3A 1DHPA 2CZDA 2ZZ1A 1P4CA 3EX3A 3OA3A 4QNEA 1TRIA 1DL3A 4MY1A 1T0OA 2ATSA 3QC3A 1K7XA 3QSRA 4IOTA 2C0AA 4YL2A 1AL8A 1ICQA 4Z1CA 1X8FA 4UTKA 1PS9A 5AHMA 1LRTA 4OWGA 4GC4A 1O5XA 4JTHA 1JQXA 5J5RA 4JEQA 4ZQNA 5CZ0A 5G5IA 2R8WA 1UB3A 3UZJA 1DV7A 3GKFA 3QMTA 3E9AA 3PC0A 3TV8A 1TQXA 4NJIA 4I7VA 3W2UA 3G1YA 4LVBA 2WKJA 1MSSA 1YLVA 3NQAA 2R14A 4AHPA 1OFPA 3LHTA 5FF3A 3BLEA 2JKEA 1FBAA 3LTPA 5C5YA 3N3MA 1T8XA 3CEUA 3DKLA 1F73A 3VE7A 3QMRA 5H91A 3PSWA 4IMCA 1EUNA 2A4AA 1TPB1 3HGSA 5CG7A 4AAJA 4CLMA 4O57A 4PH6A 2GQAA 2FJKA 2A1YA 2NLIA 3MI6A 8TIMA 1UJPA 3I65A 5LSMA 3BV4A 3LI0A 1AK5A 3RMJA 5K2ZA 4QITA 1J2WA 4ADSA 1K8XA 2Z2UA 3DKJA 3W2JA 4JYDA 3KOFA 1FX6A 4ICNA 3GXTA 1MEIA 4AEOA 3L21A 2JK2A 1VCFA 3W1PA 1A5BA 3CB8A 2QCMA 3W9ZA 4A22A 4BK9A 3LHVA 3P60A 3NQ8A 2FIQA 1KM6A 2FB3A 4PA8A 2Y70A 1XBXA 1UUOA 5KITA 4JS3A 4MOZA 4Z0SA 3QRHA 1OFDA 4DBDA 1YDVA 4JYFA 4O16A 1VYSX 4UTJA 3STCA 1W31A 3T44A 1SO6A 1KTBA 2J27A 4D2JA 3ABRA 4BFAA 3IVTA 1W5MA 1H7XA 3W7DA 2NV1A 3U6WA 3NQFA 3W1NA 1SPQA 1DQXA 2QCEA 3P84A 1IGSA 1GEQA 2WPBA 3TUUA 3S6DA 5F4SA 4X22A 4IX0A 3DXIA 4K7VA 3GXPA 1OJXA 3ABSA 1HL2A 3T78A 2EHHA 5D09A 3WK3A 4HPJA 2BWGA 4IPIA 2V30A 1R30A 3LOTA 5AHIA 4S2CA 1SU5A 1M6JA 3F4WA 3R2GA 1EB3A 1XBZA 3ABQA 2C18A 1X1ZA 2QR6A 3C2FA 4S2BA 1GTEA 3C52A 2FFCA 3KFTA 1KFEA 3UY7A 1L9WA 4JD4A 4IPJA 3W7NA 1FCVA 3ELFA 3TH6A 1SR9A 3NVTA 5T26A 4MVAA 4ZQMA 5DLCA 3SGUA 1DBTA 4JR5A 3IIPA 3DFTA 1GT8A 4FX6M 3NQ2A 5ABTA 1B4EA 3NAVA 5IBXA 1OABA 4UUIA 1HFBA 4LVDA 4YCPA 4LT9A 2YYTA 1H7OA 2ZFAA 3BLIA 4N4QA 4WXYA 2KZHA 4UCGA 5C54A 2TPSA 4O4VA 4NU7A 1KFJA 3SI9A 1WXJA 4HNUA 2YXGA 4PTNA 4YMZA 4HHPA 1QR7A 4LS1A 3NPVA 4ONVA 3EWXA 5DCBA 1TPVA 2VEIA 1ZCOA 3CQ0A 1PHWA 4DPQA 2ZZ6A 4Z0JA 3L5MA 5EA9A 4WUIA 5G1TA 2DZUA 3W1LA 2O7QA 3AJXA 3HG2A 4WZHA 3M9YA 3W1XA 3JR2A 1KBIA 3CM4A 1AW5A 4WY0A 4UNKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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