3GH4A

Crystal structure of beta-hexosaminidase from paenibacillus sp. ts12
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
519
structure length
507
Chain Sequence
HHHHSSGLVPRGSHMASMSQPSILPKPVSYTVGSGQFVLTKNASIFVAGNNVGETDELFNIGQALAKKLNASTGYTISVVKSNQPTAGSIYLTTVGGNAALGNEGYDLITTSNQVTLTANKPEGVFRGNQTLLQLLPAGIEKNTVVSGVQWVIPHSNISDKPEYEYRGLMLDVARHFFTVDEVKRQIDLASQYKINKFHMHLSDDQGWRIEIKSWPDLIEIGSKGQVGGGPGGYYTQEQFKDIVSYAAERYIEVIPEIDMPGHTNAALASYGELNPDGKRKAMRTDTAVGYSTLMPRAEITYQFVEDVISELAAISPSPYIHLGGDESNATSAADYDYFFGRVTAIANSYGKKVVGWDPSDTSSGATSDSVLQNWTCSASTGTAAKAKGMKVIVSPANAYLDMKYYSDSPIGLQWRGFVNTNRAYNWDPTDCIKGANIYGVESTLWTETFVTQDHLDYMLYPKLLSNAEVGWTARGDRNWDDFKERLIEHTPRLQNKGIKFFADPIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus sp.
publication title Molecular cloning and crystal structural analysis of a novel beta-N-acetylhexosaminidase from Paenibacillus sp. TS12 capable of degrading glycosphingolipids
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-hexosaminidase
total genus 191
structure length 507
sequence length 519
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2009-03-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gh4A01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 3gh4A02
1HKMA 3MMWA 4BZYA 3CZKA 3MU7A 2XTKA 3VGGA 1PZ2A 3SCUA 1AMYA 4AZIA 4ZFMA 5DO8A 2J8GA 5AC4A 3VMPA 2ZWYA 1UG6A 2WHKA 2G41A 1LG2A 4W5ZA 1VF8A 2DSZA 2VI0A 4B3KA 2JIWA 4GI6A 2D23A 3WQ6A 4TVCA 3WH7A 1VB9A 4HZ7A 4WKHA 1GOKA 2X1IA 3TTQA 2X09A 3EDKA 4D1IA 2VR5A 2C8NA 5JUVA 1HJVA 1V3JA 1TUXA 4DUXA 4PBGA 3VUPA 4E8CA 4HA4A 1K9TA 3AIBA 3BCDA 3I3BA 3VM7A 1E6NA 1JF6A 3RDKA 4RE2A 1VBUA 1CXFA 1V03A 1UKTA 4P7QA 3TP4A 4URIA 3M46A 1J0IA 1BLIA 1RP9A 2O9TA 4B3LA 1GOIA 1OGGA 2D22A 3WDQA 1MYRA 4IISA 4C7FA 2CHNA 1PX3A 1YQ2A 5CPQA 4HA3A 1Q6DA 4M24A 4W7UA 3WFLA 1C8YA 4GXPA 1H4PA 1OM0A 1WZLA 3N04A 2FH6A 4AZCA 2G4FA 5A8QA 1CDGA 1V08A 3K8MA 1CXIA 3U7BA 1TZ7A 2F8QA 2J79A 4HTYA 4IUGA 1KXVA 4PMZA 4Z2IA 5I77A 1OIMA 1NWRA 1IV8A 2VNCA 3ZSTA 1XRVA 1CXLA 3W27A 2ESCA 1LWJA 2YBUA 1VEPA 5A8MA 1KQYA 4AEEA 3MUY1 1V02A 1W9DM 1NARA 3AIUA 3AIRA 1E1FA 1YHTA 2YLAA 2V5DA 4NRRA 1BF2A 2JE8A 4JFVA 4W8AA 2XSAA 1CGYA 2XIBA 1TVPA 3AFBA 1JI1A 1B90A 3F4VA 4H7VA 2WZHA 3KL3A 3UERA 1HL8A 3ARRA 2WVUA 2XPKA 2YJQA 1DWGM 4HA1A 5E0CA 1MFVA 1GHSA 4XB3A 1JZ4A 3VIFA 1EA9C 5ABGA 3L2MA 3MKKA 2DEPA 2NT0A 1KR0A 3WF3A 3RM4A 1ODZA 1E6SM 4C7DA 1I1WA 4HMDA 1K9DA 4MJ2A 1W2PA 1V6XA 2ZXBA 1G5AA 4UR9A 3AHVA 2X0HA 1CYGA 1V6VA 1XSJA 1JI2A 1E4MM 3T0BA 4TOQA 4A3HA 4H8UA 3SIMA 3ZJ6A 1H2JA 3TTOA 2E4TA 1EGZA 4RL3A 3L4YA 4QFUA 3HN3A 2G3MA 4UFKA 2G3JA 1WZAA 3WY1A 1V6WA 1C7TA 4KMQA 2BVDA 4P7RA 1HVQA 5IDIA 3AYSA 3GNPA 2EPNA 1B3ZA 1ZBKA 2D20A 4TX6A 1H49A 1CNVA 6A3HA 1GQLA 3RILA 4JHZA 2OSWA 5I24A 3WQVA 4P7NA 1UZ4A 2WMHA 4H2CA 4JFWA 2UY5A 4AWEA 1JYNA 1HKKA 1V3IA 1J0ZA 2Y8KA 2E9BA 1UWRA 1V6UA 3POHA 2W5FA 1WKYA 1UKSA 5FL1A 1JAEA 3S6TA 2YDSA 4MNLA 5FD0A 3UR7A 4WSJA 4OOZA 1X1NA 2DPEA 3T09A 4D6IA 2ZXDA 1J11A 3DHUA 1VFFA 3APGA 4P8UA 3WIJA 5A95A 2PWEA 5BCAA 1DEDA 1JZ8A 1V0LA 5DFAA 1NOUA 1E3XA 5E0FA 2FH8A 3WNOA 3IJ8A 1EQCA 1HX0A 3AMLA 4ATWA 3OBAA 3QOMA 1KGWA 1B3VA 1DHKA 1R86A 2F2HA 1KCKA 4ATDA 1QVBA 3A4WA 1TFVA 3MSDA 1S46A 3DYMA 1OT2A 1E6PA 2JF7A 3CHCA 3G6LA 3VD4A 1WE5A 3WDRA 1KXTA 4MPKA 1UD6A 3GH5A 4AC1X 1VEMA 1UKPA 4A3YA 5HDRA 4AD4A 3VTRA 4GINA 1EOMA 2BY3A 3EMCA 1CIUA 4MB1A 3U5YA 4CCCA 3DYOA 2VOTA 4PMDA 5LYRA 2Z1SA 5JBEA 4GO9A 4XV0A 1CWYA 2YL6A 2CXGA 4ZXLA 4AD1A 2VZUA 5D8WA 2XGBA 4PRWA 4UOZA 4UQEA 1CXEA 2CIPA 2BY1A 1B31A 5A6AA 2X0YA 2ZWZA 3OG2A 2YA1A 1XCWA 1RPKA 1QPKA 1CZ1A 1W9UA 5DT7A 1V3LA 4Z2JA 1UA7A 3FHAA 5HOSA 7TAAA 1SMDA 8CGTA 4ZEPA 3CBWA 4DUWA 3WNPA 2XFYA 3WNNA 4M82A 3N1AA 3PBGA 1ZBWA 3WL0A 3PZQA 2GJRA 4AZHA 1PX8A 1XC6A 5ABFA 1JDAA 3CZJA 2WKGA 1B3XA 4AY1A 3FAWA 3NSNA 3AXIA 3ARXA 3SCOA 1V0NA 2IXUA 5E6ZA 3WD2A 2WBKA 1ODUA 3PTMA 4QCEA 3WBAA 1BGAA 4J7RA 1EXPA 3O6AA 1GHRA 2WMJA 2VQTA 4CCEA 4UCFA 1RD6A 3VGBA 5C71A 2XM2A 3GZAA 4XZWA 4PEEA 3W0KA 3II1A 1CTNA 4NRSA 4D6GA 4WSKA 4CD4A 4CU8A 3UG3A 4JKLA 2PC8A 2QMJA 2VR4A 4UFIA 3VDHA 3IJ9A 5JBFA 4AD0A 4J3SA 1UA3A 1E0VA 3K46A 4IPLA 3TA9A 5CGMA 4GKLA 3AOFA 1FHLA 1XD0A 2CYGA 2WM0A 3T2QA 2ZX9A 1HT6A 4AW7A 1E4IA 1E9LA 2E40A 2VJXA 1QHOA 3U7VA 3W24A 2VX7A 4BQ2A 2EPLX 2PB1A 4IPNB 3W53A 1JZ3A 3ARPA 1VFOA 2CNCA 6CGTA 3PN8A 3ZO9A 1HF6A 1OGBA 2DSWA 2X2YA 4W89A 1O6IA 1ZB5A 2X05A 1JNEA 1GQKA 3VIMA 3AXHA 1EIBA 3A4AA 3A3HA 1Y7VA 1ISWA 3UEQA 4AD2A 3VU2A 1VFMA 2QV4A 3KEHA 1UWSA 3TTYA 5BXRA 3RMEA 3WNKA 4LYRA 3D5HA 5D8ZA 1LL4A 1OINA 2WXDM 4WKFA 3ARTA 3RJYA 4Z2LA 2D3LA 3L2LA 3VIHA 3CPUA 1VEOA 1V02E 2WMGA 3CIVA 1UH3A 2PI6A 3QHNA 2BXZA 1JAKA 1AVAA 5I23A 5A2BA 1UR2A 3AZTA 5E9AA 2CBUA 2Y2WA 3SCPA 2BXYA 4M8UA 1UR9A 1BVZA 3NCOA 4J3TA 1L8NA 1W3KA 4HPGA 5E70A 4W7WA 1J0KA 2ZX8A 1JXKA 1H5VA 1K6AA 5A6BA 2WSKA 1BTCA 1QHPA 4L4OA 3MANA 3FXYA 4DWSC 2ZUSA 4W85A 3AYRA 1GJUA 2VX5A 3WKZA 4FLOA 4MADA 2QPUA 2WAGA 3OGSA 3MV11 2Y4SA 1U30A 3FW6A 3OLIA 4MB3A 2PBOA 1JYVA 4OIFA 2UY2A 5D9OA 3I3DA 1XSKA 3F5KA 1CGWA 1V3KA 3RJXA 5M5DA 4NSBA 3BAXA 3KE0A 1PJ9A 3LPPA 1J12A 3HMCA 3CUJA 1UQZA 2CETA 1UD2A 2DH2A 3L4TA 2D3NA 1XGZA 4FF5A 3VOCA 3AS2A 5CPSA 4OOUA 1UZ1A 1NOWA 1PAMA 3KWXA 3GBDA 2JF6A 3N15A 2FDMA 3BAWA 1F4HA 3OIHA 3AIEA 5ECUA 3SCSA 2CBVA 3MMDA 3WDIA 2RGLA 1TMQA 3BC9A 3AIWA 3VIIA 2EPKX 1UR4A 3VNYA 4B15A 1C8QA 1FFQA 2AOSA 5A2AA 1MFUA 3ARYA 1NH6A 4PMUA 1ESWA 1WAWA 3GH4A 3BLKA 3WQ5A 4W87A 3ARUA 2EO7A 5C70A 1EDTA 3ZM8A 2V3GA 1UR8A 2VO5A 5EMYA 4YPJA 3WELA 2PWDA 3S2CA 1GQIA 3B9DA 4PMXA 5BXSA 2XWEA 3GBEA 1GVIA 1JGIA 1KFWA 4D71A 4LGXA 1MQPA 5A8PA 4DWSD 3AROA 4AZGA 1CXKA 3O2LA 2VCCA 1UH4A 3WL1A 1F4AA 2JFEX 3LMYA 1C93A 3GNRA 4EK7A 4D72A 2CBJA 3WQWA 2WBGA 1US3A 1BAGA 1E56A 5IFPA 2Z1KA 1UUQA 3T0DA 1KWKA 2WPGA 3K8KA 2VT0A 4DM1A 1CGXA 3U5UA 4TVUA 2HISA 1BYCA 3ALGA 1UD3A 4GO8A 4W86A 1J0JA 4WIWA 1XYFA 2PWGA 3CGTA 1NOFA 1M01A 3RCNA 1I1XA 3VD5A 4PMQA 4CVUA 3BGAA 4JL1A 1TVNA 4PCSA 2PF0A 2J74A 2DIEA 3VM5A 5I2UA 5CXPA 2G3NA 4CN1A 4F66A 1E55A 5D9MA 3WN6A 3RPMA 5D9PA 4BCEA 3IANA 4P8XA 4AZ5A 2DDXA 1GOMA 4DUVA 2AAAA 1BSIA 2J7GA 1QNPA 3K4DA 4RE4A 1UKQA 5CZKA 1H41A 3W38A 1UWTA 2ZXAA 1TR1A 5IHSA 2D2OA 1WDPA 2OLHA 1W32A 1W1YA 1EHAA 1XV8A 2FHCA 3SURA 3AS0A 2BHYA 5DMYA 1MW2A 2WLZA 4CN4A 1MQRA 3N18A 4D6FA 1W3JA 4CCDA 2PBGA 2QMKA 4HP5A 4LYQA 3WQ8A 4AIEA 2J7FA 3BXWA 5A6MA 2BV9A 2DSVA 1XCXA 4JFSA 4HZ6A 2EJ1A 1GPFA 3ZR5A 5A1AA 2D24A 2QPSA 1KR1A 4WKAA 2GK1B 5EB8A 4HZ8A 5CSYA 1NP0A 3BSHA 3FN9A 4M80A 1KCLA 3N9KA 4CKQA 2O9OA 4D6DA 1KXHA 2J62A 1HXJA 3HU7A 2YBTA 5D9NA 1LWHA 2V5CA 1BFNA 3VILA 1QI0A 2FHFA 1WDSA 1UD8A 2BHZA 3W37A 2MANA 3IK2A 2WMIB 1UR0A 4UQAA 1R87A 2Y8VA 4K68A 1JYXA 2WC7A 2O92A 4WF7A 4PTVA 4ZXOA 1HJXA 3BMVA 3WD3A 1BHGA 3W81A 1UD4A 4UZSA 3IJ7A 3BSGA 3L4VA 3SCRA 1GJWA 1UHVA 3ZIZA 4MNJA 4AMCA 1ITCA 4CD8A 1L0PA 4AYSA 3N11A 1K9EA 4GQRA 2YOCA 5A94A 4B9YA 2DH3A 4QLLA 1B30A 5CJ5A 3VD9A 1XH0A 1HJWA 3OLEA 2G8ZA 1W1PA 3W28A 5EFFA 1XH1A 4FLRA 3FAXA 2AMGA 1UWQA 4E2OA 2XSBA 4OJYA 3AIQA 5GPRA 1SMAA 5I79A 3OZOA 4H04A 3MSGA 4ZE4A 4LPCA 3PZTA 5GNYA 3SUSA 1QNOA 4U5KA 1HJQA 2A3CA 4MNKA 2J7BA 3AMGA 1E6RA 1W9VA 4PMNA 2ZXQA 4AXNA 4CU6A 5JIPA 1FH9A 5CG0A 2OYMA 5IFTA 1Q6EA 2HVMA 2VRJA 5A6KA 6TAAA 1CECA 1UH2A 2XVGA 4QDMA 4V28A 1V6YA 2J7DA 5HPCA 4JKMA 1HP5A 3VMNA 1EDQA 1QI5A 4UQCA 2W4XA 1E1EA 3CTTA 3NIYA 3M7SA 2E8ZA 1D3CA 3FNDA 2VZOA 2W67A 1E5JA 4W8BA 3GXDA 4YHEA 1PIGA 1FOBA 1QNSA 1GORA 4MAVA 2C0HA 2OWWA 4A4AA 1EO7A 2GDVA 2CCRA 2EPMX 3UR8A 2QLYA 4W84A 2DT1A 5GNZA 1E43A 1KGXA 5I3DA 3N13A 3W82A 3OGVA 2VX4A 2B31A 2XHYA 2CESA 3AI0A 1Q6FA 3EMQA 5M17A 2QF8A 4UZUA 4H41A 1CGUA 4F8XA 4ACZB 5BXTA 2YDRA 4Y7EA 5AYIA 4KRUA 3WDJA 4HOWA 1RP8A 2WKLA 1NQ6A 4LYPA 1E5NA 1HN1A 3VX1A 1JZ5A 2UWFA 1EQPA 4FMVA 1E4NA 1WDRA 2W92A 3NDYA 4C90A 4AISA 3TTSA 2YL8A 3W6MA 4ACYA 4GZEA 1CXHA 5CGTA 1VJSA 1GZJA 3RM9A 4S3KA 1B0IA 1DWJM 1XHGA 4XZBA 3LPGA 2WVVB 1J10A 2VMFA 3M6DA 3QGVA 1HKJA 3VIOA 2DT0A 2ZE0A 4JZ5A 2VZSA 3PZMA 4P8VA 4U5IA 5HNNA 1VENA 2J7EA 3PTKA 4PMYA 4PTXA 4QAWA 2V3DA 3ZT7A 5AC5A 7CGTA 2VX6A 4CD6A 3E1F1 1BGGA 4QLKA 1US2A 2F61A 1C3FA 4N0RA 1H0IA 4EAMA 2E0PA 2WYSA 2XVLA 1CGTA 3SCVA 2J25A 4EKJA 1X6NA 1M03A 1DWFM 3B9EA 5BRPA 2YLLA 4LXFA 4B16A 4KWUA 3FHQA 4EE9A 4MJ4A 3VIGA 2WMFA 4AD3A 2XJ7A 1E6ZA 2VZTA 3GXIA 1AQHA 4QLJA 2WWDA 2OWXA 3AICA 2GSJA 3VIKA 1EHNA 2WHMA 3AHXA 3EDJA 1MW0A 1DWHM 2OSXA 2EEXA 4FLQA 3VNZA 2V3EA 3VD3A 1Q6CA 2RGMA 3SCQA 3AZSA 2J47A 4Q22A 4OBRA 1W9PA 2XM1A 3T0AA 4JKKA 2E3ZA 1H09A 4BS0A 1PPIA 2W62A 4X0NA 2VCBA 1HJSA 2W91A 1DTUA 3WBEA 3WSUA 3GXFA 4TTUA 1PBGA 2D0HA 1JZ7A 1IZJA 3CUIA 2VUYA 2VL4A 1ISZA 3ALFA 3MUAA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HKM A;  3MMW A;  4BZY A;  3CZK A;  3MU7 A;  2XTK A;  3VGG A;  1PZ2 A;  3SCU A;  1AMY A;  4AZI A;  4ZFM A;  5DO8 A;  2J8G A;  5AC4 A;  3VMP A;  2ZWY A;  1UG6 A;  2WHK A;  2G41 A;  1LG2 A;  4W5Z A;  1VF8 A;  2DSZ A;  2VI0 A;  4B3K A;  2JIW A;  4GI6 A;  2D23 A;  3WQ6 A;  4TVC A;  3WH7 A;  1VB9 A;  4HZ7 A;  4WKH A;  1GOK A;  2X1I A;  3TTQ A;  2X09 A;  3EDK A;  4D1I A;  2VR5 A;  2C8N A;  5JUV A;  1HJV A;  1V3J A;  1TUX A;  4DUX A;  4PBG A;  3VUP A;  4E8C A;  4HA4 A;  1K9T A;  3AIB A;  3BCD A;  3I3B A;  3VM7 A;  1E6N A;  1JF6 A;  3RDK A;  4RE2 A;  1VBU A;  1CXF A;  1V03 A;  1UKT A;  4P7Q A;  3TP4 A;  4URI A;  3M46 A;  1J0I A;  1BLI A;  1RP9 A;  2O9T A;  4B3L A;  1GOI A;  1OGG A;  2D22 A;  3WDQ A;  1MYR A;  4IIS A;  4C7F A;  2CHN A;  1PX3 A;  1YQ2 A;  5CPQ A;  4HA3 A;  1Q6D A;  4M24 A;  4W7U A;  3WFL A;  1C8Y A;  4GXP A;  1H4P A;  1OM0 A;  1WZL A;  3N04 A;  2FH6 A;  4AZC A;  2G4F A;  5A8Q A;  1CDG A;  1V08 A;  3K8M A;  1CXI A;  3U7B A;  1TZ7 A;  2F8Q A;  2J79 A;  4HTY A;  4IUG A;  1KXV A;  4PMZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1KFW A;  2EAW A;  4D71 A;  3KS5 A;  3DU0 A;  4DWS D;  2VCC A;  1UH4 A;  3WL1 A;  2JFE X;  3A22 A;  4QE4 A;  3E3H A;  1OX4 B;  2ACR A;  2WBG A;  3APT A;  3U2C A;  4PRR A;  3U5U A;  4TVU A;  1UC5 A;  1XID A;  2G4J A;  3WBW A;  3ALG A;  4EAY A;  1R47 A;  1OFA A;  4LSB A;  4O1A A;  3LY0 A;  1J0J A;  2PWG A;  1KTC A;  1NOF A;  4JQ2 A;  3S1V A;  1V93 A;  3VD5 A;  2JQX A;  3BGA A;  3PWI A;  2PF0 A;  5HQL A;  3I7Q A;  2DIE A;  1M1B A;  1P43 A;  3WQP A;  1D7K A;  3FVD A;  4EOU A;  4C1N B;  3RPM A;  5D9P A;  2OVL A;  4E0C A;  2R82 A;  1GOM A;  2BOE X;  1J2B A;  4BWL C;  3KVM A;  3R13 A;  1QDS A;  1H41 A;  4UTL A;  2ZXA A;  2QCN A;  1Z9A A;  4ECL A;  4B2D D;  1XFB A;  2WSR A;  3AS0 A;  3DX5 A;  4A8I A;  2BHY A;  4CN4 A;  2WLZ A;  4PUL A;  3F2C A;  3BG3 A;  3H7V A;  1FWG C;  2D24 A;  2QPS A;  2ZZ3 A;  1KR1 A;  1XYC A;  2D69 A;  3QR1 A;  4HZ8 A;  3UD6 A;  3W75 A;  1NP0 A;  1QT1 A;  1PYM A;  3FN9 A;  3R8H A;  2Y7F A;  2O9O A;  2E67 A;  3N2B A;  1JUB A;  4POC A;  1DXE A;  2F6X A;  4QNW A;  2J62 A;  4NYU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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