3FKRA

Structure of l-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase complex with pyruvate
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
304
structure length
303
Chain Sequence
TPRHRGIFPVVPTTFADTGDLDLASQKRAVDFMIDAGSDGLCILANFSEQFAITDDERDVLTRTILEHVAGRVPVIVTTSHYSTQVCAARSLRAQQLGAAMVMAMPPYHGATFRVPEAQIFEFYARVSDAIAIPIMVQDAPASGTALSAPFLARMAREIEQVAYFIETPGAANKLRELIRLGGDAIEGPWDGEEAITLLADLHAGATGAMTGGGFPDGIRPILEAWREGRHDDAYARYQAWLPLINHENRQSGILTAKALMREGGVIASERPRHPMPELHPDTRAELLAIARRLDPLVLRWAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Azospirillum brasilense
publication title Structural analysis of L -2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase an enzyme involved in an alternative bacterial pathway of L-arabinose metabolism in complex with pyruvate
rcsb
molecule keywords L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase
total genus 110
structure length 303
sequence length 304
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.43: 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase.
pdb deposition date 2008-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3fkrA00
4JXCA 1QPNA 1EIXA 3KAOA 3P84A 1G7UA 3N3MA 3W76A 1O5KA 2AGKA 2Y7EA 4JTJA 3IIZA 1QMLA 4LTSA 3W87A 4JYFA 2XFWA 1L6YA 4N2YA 3B0VC 2YX0A 3TMLA 3STEA 4LVAA 1QAPA 2Y63A 3BPWA 3OG3A 1H7RA 3IIOA 2QCDB 3WJWA 2Y6ZA 2CU0A 2WJZA 3BGGA 2C18A 3LCIA 2HSAA 1YTKA 2J9XA 6TIMA 4H4IA 3UNDA 4CCCA 2NX3A 1IXQA 1ZJIA 3BV4A 1OX5A 1JUKA 5AN7A 3JR2A 2OMAA 1LOSA 4PC8A 1F7BA 1FCVA 5E0KA 2VEIA 4UR8A 5LGZA 4JY9A 4UTTC 3P81A 3UQNA 5BW6A 3LRLA 2OCZA 4IMFA 5HR6A 1YXDA 3W7IA 1OFAA 2GVGA 4HT3A 4XZ9A 1KM1A 3T78A 3QMSA 3MP5A 3NZRA 4OQVA 1BTMA 3O1NA 2C3ZA 3L0KA 1YDVA 3VFLA 4Z0SA 2Y85A 1EUNA 3KRUA 3O07A 1TSIA 3LB0A 2YYTA 3GIYA 3SIZA 2E5BA 1OFOA 3LXCA 2ZRVA 3NQCA 5F2MA 1KV5A 1GWJA 2B0MA 4O1DA 2Q3OA 2E5CA 3ABSA 3W1TA 4MVAA 5CPNA 1KA9F 4JY8A 3SR7A 2A85A 3KX6A 3HIJA 3EWUA 4JGDA 1W8SA 2VFFA 3PY2A 2PURA 3QSRA 4UTTA 3LX9A 3L67A 1S5VA 4JD4A 4LT9A 4H6KA 2RH9A 3AJXA 4WZHA 4PEKA 4UFJA 1ZAJA 2A7RA 3M43A 4BF9A 1BWLA 3UWYA 3F4NA 3A9IA 3NQFA 1X8FA 5HUPA 2FB3A 3NO5A 4A2RA 4YWIA 4WX2A 1ZENA 3GXNA 3LRKA 1T96A 4FX6M 2A6LA 5LHFA 1ZAHA 1G4EA 1JQXA 1EWDA 1CX9A 2ZDRA 2G95A 1DHPA 1Q3NA 3GZ3A 2E09A 3A24A 4GBUA 3M47A 2NUWA 4ONVA 2CZ5A 3B04A 1LLZA 4I9AA 1OFDA 2A7PA 1ICSA 4WOZA 1I2NA 3GNDA 2Y70A 3NQVA 2QAFA 1BWKA 4JEQA 3NVTA 4JX5A 3DKLA 3M5VA 4FNQA 1W5OA 2NV1A 4IMDA 5DN1A 5DLCA 2ATMA 4NJHA 4IQLA 3Q2DA 1KFBA 3W7HA 2TSYA 3STCA 3VE9A 1DJQA 1DQXA 3O6DA 3MI3A 4S2CA 3KVKA 3EKLA 4NZFA 5TQLA 3P74A 2FIQA 4AAJA 3NEVA 3MYOA 1LRNA 4HIBA 3TCEA 4BWLC 1OG0A 3LXBA 4Y8FA 4BFAA 2WNQA 6ALDA 5C55A 3BG3A 1GPWA 5KMYA 5C2XA 1FUYA 2DZSA 3N73A 4JS3A 3R13A 4ORMA 5AHFA 3SW6A 3CPRA 3G1VA 1XBVA 1JR1A 3T44A 2B7PA 1TPFA 3TQVA 3RF9A 2C13A 2BXVA 1R2TA 4KFPA 5HWNA 3M0ZA 4UUIA 4NQ1A 5G5IA 4LV9A 3EWXA 3HOJA 4OBTA 1OFRA 1XC4A 4Z0JA 4U4MA 3P82A 3UWQA 3TC7A 4CLMA 5K9DA 4MY8A 1WV2A 1AW5A 4LRSA 4LS2A 3CHVA 3S5NA 2O7QA 4D2JA 1FWTA 2V0TA 4BWLA 1H51A 4OV4A 4BI5A 3ELFA 1H63A 2X2GA 3W1PA 1DORA 1E51A 3MI2A 4CQ9A 3DH7A 4UTJA 3ZWSA 3RFAA 4LVGA 3NYZA 1ICPA 3V75A 1R2RA 3O05A 1KM2A 2WO5A 5BNKA 3O8AA 5K7JA 5K4ZA 3MP3A 2ZRWA 2QCEA 2V30A 4L4MA 4A3UA 1F2JA 3A5VA 3O6YX 3NQ6A 4TMCA 3G0XA 3IGXA 1UB3A 4UTHA 4UMBA 1GYLA 3OEXA 1SSGA 3TNOA 1L6SA 2QCHA 1FCQA 3ATYA 5D04C 2ZZ3A 1V7YA 3W7CA 2CLHA 2RHGA 3C52A 1FBAA 4O53A 5FF2A 3NQ7A 3B03A 2JBMA 1VR6A 3CWNA 3TDFA 1VLWA 2TYSA 4FHAA 4XTDA 4CQ8A 3LCGA 2BTMA 3L2IA 5H91A 3V1PA 1THFD 2V8ZA 1A53A 3IEBA 3S8HA 4UTMA 3MBFA 1I45A 3R2GA 2Z6JA 4FF7A 5D2TA 5EMUA 5EYWA 2DZWA 5BMXA 1J2WA 1IXOA 2CWNA 2R14A 4P2VA 1X6UA 5D09A 5AHMA 4XBSA 4AHPA 1OYAA 3G8RA 5K2ZA 4M5PA 5G4EA 1LOLA 1ML1A 3FFSA 2ZTJA 4JIQA 4TU1A 2V2CA 5K4XA 2A6NA 3EWZA 3FLUA 5C5YA 1A50A 4LRTA 2OZ0A 1TPWA 1JCYA 2FQIA 2V81A 1S5WA 4NX5A 3OBKA 2F7FA 4MYAA 3DZ1A 1LOQA 3CQ0A 4J9JA 4MIMA 4DEFA 3KVLA 4AXKA 3MO7A 2VFEA 3LHYA 1JVNA 4IOTA 1KLZA 3HGJA 3TU9A 4PODA 4QM1A 1I2OA 1NVMA 3EEGA 2WV8A 5F4XA 4PFMA 3YPIA 3EX3A 2CLKA 4JX4A 3L0GA 3W1NA 3IIVA 3S5YA 1RR2A 3RU6A 5G2IA 5I3GA 1U5JA 1OK6A 2VFIA 3G1YA 2X16A 3W23A 4BI6A 1L6WA 1IGSA 5AC8A 4N9BA 4NNCA 3GYEA 3EB2A 1SW7A 4QNWA 4TX9A 3RLVA 3S42A 1B9BA 3NPWA 1UUOA 3LV5A 2E6YA 5AYXA 2WNNA 1LORA 1H7WA 2NWRA 3W7EA 3OVQA 5CSSA 5KZEA 1GQNA 1KFKA 2ZA1A 3USBA 4RXFA 1GVOA 3QQ0A 4RZ5A 5HUOA 2KZHA 4UFLA 1B3OA 3TW7A 2P10A 3LCLA 5G1YA 3O06A 1XDLA 4PL2A 2Q8ZA 3BG9A 1K7FA 3G18A 1OYCA 3QW4B 3W2NA 3DBPA 4FEZA 2HS8A 2NUXA 2ZZ7A 3F03K 3OVRA 3W7QA 2H90A 3PB2A 3CU2A 3O63A 3O6CA 4YMZA 5KITA 5I3HA 4AF0A 2WSRA 7TIMA 1YTEA 3DENA 5FESA 1KM5A 3FA5A 4Q33A 1WDWA 2PC4A 5DXXA 4Y90A 4ZMGA 4JX6A 1Q6OA 3NR0A 4B5NA 2WPBA 3NNTA 3L5MA 3HG3A 1FCUA 3TXZA 1XFBA 3TSDA 5AYZA 1A5BA 2I1OA 1B57A 3TKFA 3WK0A 3SJ3A 3NL3A 4NJKA 4MZYA 4O17A 2Z0IA 5H2ZA 4EVZA 4HKPA 2IQTA 2RDUA 2ALDA 1P0NA 3SSJA 3CWOX 1LCOA 3TQ0A 3O15A 1XI3A 5BRBA 1K03A 5HULA 2I14A 3CEUA 4OT7A 2X1SA 1LROA 3U2OA 4FNSA 4O57A 1SUXA 1KM4A 3B0PA 4UNKA 1FDZA 1PCKA 4N6EA 3UPWA 4Z1CA 1FDJA 1QNVA 3LI1A 4OWGA 3I6RA 2B7OA 3B0UX 3HBLA 2QUTA 2EGZA 3IGSA 5AHNA 3G1SA 3W1RA 2ZA3A 2ZA2A 3EX4A 4KFOA 4ZQNA 1R2SA 1BEUA 3TMQA 3N2MA 3S5OA 2ISVA 5K3VA 4DF1A 3B05A 3NQMA 3CIXA 1GJPA 1AL8A 2FJKA 1TTPA 1K8XA 3MWAA 3I7RA 3HB9A 1F5ZA 3BW2A 1Z42A 3FJLA 5DY3A 2RDWA 1GVRA 1EP2A 3CEPA 1MO0A 3LOTA 1JCLA 4Q4KA 1LTDA 2QJIA 2ZZ5A 4KWVA 2A4AA 3SFKA 1JRBA 1T8XA 1ZY9A 3IGUA 4MJMA 3QH2A 3W7PA 3LXAA 2X1TA 2E6DA 3BLIA 3W1UA 1RD5A 5DY2A 3C0JA 4GC4A 1XXXA 4WY0F 2CLOA 4GUFA 3MJYA 3FKKA 2WKJA 2NX9A 3GR7A 2VC6A 1PCWA 1G6CA 3N9RA 1SZEA 4FIRA 1O5XA 4MOZA 4S1FA 3B8DA 1PS9A 1OYBA 4UMCA 3W2KA 3IVTA 3GDLA 1TPB1 4YLWA 4JYDA 3M1ZA 1GVFA 3DFSA 2V2HA 4DO5A 2YFOA 3BO9A 3WJSA 2OJPA 3RLUA 1FCBA 1SO6A 1HTIA 4GRSA 1PHWA 1TPH1 1OFBA 4RZ4A 3NL5A 3MHUA 5L6UA 1J4EA 1OX6A 3UPBA 4PCFA 5K9CA 5CPMA 3LERA 4MFDA 1SW3A 2ISSA 4Y96A 3EX6A 2AQWA 3DFNA 3EWWA 1I2RA 1PE1A 5CG7A 3S1XA 1PL9A 1FWWA 4UCGA 4CCEA 4K6AA 1VHCA 5BOOA 3LCXA 4AH7A 3PBYA 4NNAA 3HGOA 1LRTA 1PVNA 4M19A 2Y61A 5F1UA 4IXXA 1OK4A 1HO1A 1SFLA 3PUOA 4M6VA 3Q94A 2ABBA 1TMHA 1VCVA 4MPQA 1GTEA 4ADSA 4O19A 3TC6A 4HNUA 1TQXA 1RQBA 5LHEA 1QPOA 1UJPA 4RLIA 1SZFA 1WYIA 3HPSA 4NJIA 2JGQA 2H6RA 4R33A 5D38A 1VS1A 1D9EA 4LWWA 5FEXA 3VE7A 1IF2A 5IBXC 1QPQA 1H5YA 3VKJA 3Q37A 2QKFA 4Q32A 2NXHA 2A5HA 5HMSA 1W0MA 1AW1A 5C6MA 1WA3A 1ZALA 3MMTA 2QCNA 5LNRA 3P67A 3UXAA 1VYSX 4O18A 1TIMA 5FF0A 2ABAA 3DHDA 3MBDA 1XM3A 4W9TA 3M5YA 1Z48A 4IMCA 1VJIA 4DO4A 5AC6A 1K8YA 3CTLA 3TFCA 4YCPA 3EXRA 4YL2A 2H8ZA 4X3ZA 3N34A 1R30A 4FNPA 1YLVA 4QJ1A 5DXYA 4OE7A 3N14A 3W7RA 3L9CA 4MY1A 1RQHA 1ICQA 4ADTA 1KM0A 1T99A 1LBFA 4AEOA 2GJNA 1D3GA 3W7MA 5IBXA 1MEWA 4WUIA 4ZVJA 3IVUA 3P60A 2ZQ0A 3OVPA 1LM1A 4QNEA 1M7OA 1M6JA 3LCFA 1MEHA 2YFNA 3W2LA 4JTKA 2C14A 1P0KA 1TO3A 3G1AA 5L9FA 3P8JA 3VI2A 1EWEA 4LVBA 4FXRA 1XBZA 1KBIA 4IXHA 1YYAA 1AMKA 3C61A 3GAKA 1YDNA 1DL3A 3QYQA 4M7TA 2A2IA 4AF0B 3N9SA 1F6KA 3S5ZA 4FX8A 1YTDA 1ZAIA 5I3JA 3U8GA 2VENA 5I3KA 1JCNA 3IIXA 4R7JA 3W83A 2FPTA 3GK0A 4N02A 3UWZA 3LTPA 3E96A 2R94A 4PH6A 3GDRA 1W5MA 4YXGA 3LTSA 3W73A 4N9EA 2YCEA 1JULA 1VGAA 1LDCA 4YCOA 1VPXA 4WQ6A 1G67A 4BR1A 1JRCA 3PR2A 3RK8A 2YW4A 4DPQA 4RK8A 4EWND 3NA8A 3UZJA 3G1HA 2EAWA 1IIGA 1ZCOA 2W6RA 1O60A 5D33A 3E02A 4Z1DA 2WOQA 3RNDA 1JCXA 1OX4B 2GJLA 2ZRZA 4ALDA 3WK2A 3W7KA 4DF0A 5KTLA 2VEKA 3L21A 2Y89A 2E68A 3LLDA 2DZTA 4E2DA 3FYPA 3LHUA 4UFIA 4C1KA 3S1WA 3PG9A 3TA6A 1EA0A 2Y7FA 2DU2A 2QJGA 3W84A 3CM4A 3TROA 5AB3A 3JS3A 4AWTA 4IUOA 4IJBA 4EF9A 3SGUA 3PUEA 3PSWA 5AOUA 1VLIA 2YW3A 3HGSA 4I7VA 1TTQA 2CLFA 3P8IA 4UFHA 3DI0A 3NQ8A 3CC1A 2VEPA 3E12A 4MZ8A 1TYGA 1FY6A 2EPHA 4PTNA 1H61A 3OA3A 1EX5A 3P5ZA 4AWUA 1TJRA 3C6CA 4JTTA 1TRIA 3N2XA 4FO4A 3F4WA 4NU7A 4JR5A 1F74A 3KVMA 4NJJA 5I3IA 2JK2A 1Q6RA 1ALDA 4NT0A 3THAA 4LV4A 3C8FA 4ICNA 4TIMA 4O13A 1ONRA 1C29A 5HJLA 4HN4A 3G22A 3BGJA 1H7PA 1H7OA 4IGHA 4WY0A 2XN0A 1ME9A 4A22A 3EWYA 2DP3A 1FWSA 1GZGA 5AHIA 3W6YA 4E0CA 5J5DA 3G3DA 1T0OA 4NUWA 4MLRA 4GE8A 2CZDA 3QSTA 2GQ8A 4MYXA 5I3FA 3GNNA 3IVSA 1FXQA 3R5EA 3NL6A 5D30A 1IXPA 4FX7A 1J5TA 4N6FA 1NEYA 2VFHA 4WD0A 1GOXA 3STFA 1HO4A 3NZ1A 5AFDA 4FXSA 1MZHA 4JIPA 4KFNA 2QR6A 1NAL1 3ATZA 2FTPA 2ZZ1A 3HPXA 1XCFA 1F76A 5AHEA 1QDSA 5G4WA 1XKYA 2XN1A 3F1QA 3GKAA 1KM3A 5ABTA 2OT0A 1I2PA 3W1XA 4IPIA 2DZVA 1W37A 4O0ZA 1K3UA 4K39A 5FI8A 5CZJA 4K7VA 2BSLA 2C1HA 2CFFA 2FLIA 4DXVA 4A21A 3I68A 2E5DA 1H62A 1VCFA 1SO5A 1VRDA 1QR7A 3C2VA 5CPOA 1SW0A 4NZJA 3PF3A 5HINA 3WJXA 3STGA 3NG3A 3TK7A 1AW2A 3KHJA 4JN6A 2QUUA 3NPVA 3GB6A 3THQA 1M7PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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