3QQ0A

Crystal structure of a deletion mutant (n59) of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
275
structure length
243
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKARSSISVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 73
structure length 243
sequence length 275
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qq0A00
5GVJA 1EP2A 2Y7FA 3D0CA 3STFA 5AHLA 3MP5A 3EX4A 4MZYA 4LV9A 2TSYA 5SWUA 1A5SA 2E6AA 3NO5A 2I1OA 5AN7A 5G2WA 3O1NA 1H7OA 2VEKA 2FLIA 1W5MA 3GXPA 3O07A 3PWAA 1SO4A 1L6SA 1VHCA 3CWNA 4JTUA 1PHQA 3FFSA 4PODA 4LW7A 1ICQA 4JIQA 3TX9A 3C6CA 1H50A 4JD4A 3E12A 4NVTA 3SW6A 4I7VA 1LYXA 4OBTA 3LI0A 3Q37A 2CZDA 1M5WA 3T55A 1AK5A 1OHLA 3THAA 4DO6A 3G22A 4J9JA 1QPQA 3TW6A 4LC8A 4DEFA 1DL3A 1SFLA 1O5KA 5EYWA 3TR2A 3SIZA 3HB9A 3IEBA 1EP3A 3S1XA 1SW3A 2QCDA 3FEMA 2YYUA 3B4UA 3BG5A 4B5NA 3PM6A 2JKPA 5IM51 2E1DA 2I9EA 3MBDA 3C4UA 1QAPA 3TJXA 3O05A 3P5ZA 3BW4A 1SR9A 3HJZA 3G1DA 4R34A 3L67A 4UUIA 5BW6A 1I2PA 4RK8A 2C13A 2C6QA 2BLEA 1RVGA 1RZMA 3JS3A 1TTQA 5I3IA 4UNKA 5D2VA 1X1ZA 3N34A 1Z42A 1O4UA 1OF8A 4QSHA 2H3BA 4YWIA 2GQ9A 1H7XA 4W9TA 2DZVA 5BMXA 2RH9A 3C0JA 4UTTA 2DZXA 3C3NA 4IPJA 4AMAA 4WQ6A 1Q6OA 1OFDA 4ADSA 1F76A 3W1TA 1BEUA 2V5BA 4LS0A 1I8JA 3UY7A 2IQTA 4OE7A 4NJKA 3MW7A 3P7YA 4JN6A 2R14A 3BG3A 1PS9A 4WOQA 1Q6RA 3M5XA 2GJLA 3GAYA 5F1VA 1EX5A 3W2UA 3IVSA 3LHUA 4M5PA 1EB3A 5EBUA 1LLZA 2ZZ6A 3F03K 4AXKA 5FESA 3GDRA 3R12A 3NEVA 2E5BA 5F4XA 3NR0A 3PS7A 3DXIA 4FX6M 1CW2A 1H1YA 5HQEA 4R53A 2NX1A 3PULA 3W84A 1TCDA 2ZA3A 1W37A 3USBA 1B57A 1IF2A 1W54A 4UTJA 5K4ZA 3YPIA 4IWWA 4MOZA 2GVLA 1VYSX 1H7WA 3W87A 3G3DA 4N6EA 1G4TA 1JVNA 4E2DA 2RFGA 3HGJA 4K7VA 4LWWA 3HMJG 2P10A 1UB3A 3KVKA 1FCVA 2F84A 2NV1A 3O6CA 4ZQPA 3HPSA 4FEZA 3W6YA 1HFBA 4LVDA 3LCIA 3ANYA 1KM6A 1TPC1 1ZCOA 1PIIA 2E6DA 4O14A 4ORMA 2E09A 3PG8A 5G1YA 1WBHA 1WYIA 5K7JA 3EWWA 4A29A 3S5NA 3CHVA 2WV8A 4M7TA 4PTNA 3SSJA 2X1RA 3EWUA 8TIMA 1XC4A 4MLRA 3LDVA 2XN1A 2CU0A 3W2LA 3CC1A 4FO4A 4FXRA 2W0UA 2H90A 3UZJA 2YFNA 1GG0A 4I7WA 5CPNA 1VLWA 4HSOA 2FIQA 5CZSA 5DELA 3W1NA 5E93A 4ORIA 3P80A 5HWNA 5FI8A 1JULA 2G96A 2V0TA 1F2JA 2WOQA 2WSYA 5ABTA 3W23A 4UC5A 1TV7A 3S5OA 3W2KA 2YXGA 1GVOA 5D30A 5T26A 4UCGA 4PL1A 1TV5A 4JX4A 3BGJA 2GPTA 3MHFA 3CWOX 3LXCA 5E0KA 1JQXA 2CLLA 5AC8A 4UTIA 2Y62A 3WK0A 4JXCA 4JTFA 4N9DA 1R2RA 4UTTC 3S5ZA 4JR5A 3NL2A 4A2SA 4QNWA 1P0NA 1ZENA 5TBOA 4JDBA 2YW4A 3RLUA 2NWRA 2WJZA 1YXDA 1TPEA 3LTPA 4UMCA 2JK2A 4WY0F 1ONRA 4IX2A 5LZLA 5I3JA 2V2DA 3LV6A 1A50A 3FLUA 1GTHA 3W7DA 3N73A 5G1TA 2WSQA 3R8RA 4AHPA 5DN1A 3DFSA 1YTDA 1VZWA 3ZS4A 3QFEA 1WX0A 5A8GA 3GB6A 1K03A 3DGRA 1JCNA 2QCFA 3T7VA 4O12A 4K8EA 3DENA 1KM3A 3ZR4A 3H53A 3TC7A 1TRDA 4Z0JA 1I4NA 1GOXA 2V9DA 2E6YA 4O4VA 4ZQRA 3R2GA 2QCGA 3G1FA 4WXZA 1YDOA 3W7JA 4CQAA 3A23A 4IOTA 1GT8A 4H4IA 3W1XA 4D2JA 3DU0A 3KVJA 1IIHA 5D37A 3HG5A 3PBUA 1VRDA 4M6VA 2Y70A 5FEXA 4CLMA 3TFCA 1R47A 3L0KA 4IXHA 3U2OA 1ALDA 1TV8A 5HULA 1W31A 4K6AA 3STGA 1WDWA 1MEIA 4Y9AA 3G8RA 3ELFA 1SW0A 5CZTA 2ZFAA 2OCZA 1TPVA 4UTWC 2J9ZA 5I3GA 2C14A 1O94A 1GG1A 1THFD 1GTEA 4LS2A 3G3MA 3M5VA 4IQLA 4MY9A 1LBLA 3B0PA 3BV4A 2V2CA 3LRKA 3O6YX 3M9YA 1FDZA 1WOAA 4AWUA 5D03A 1G7VA 3GK0A 4TMBA 3TDFA 3E02A 3N9RA 2X16A 5C54A 3I7QA 3MMTA 3W7GA 5J5DA 3O15A 3IVTA 5MHBA 3R89A 1QO5A 3VE7A 1TQJA 1ZHAA 4BK9A 2GVGA 1TTJA 1NVMA 3TSBA 3LRLA 1YDVA 1NF0A 2A2IA 4IPIA 1RQEA 2NXIA 1MEWA 1LOLA 1R46A 2ZZ5A 4LVGA 5K4XA 4IUOA 3W7MA 1XDMA 3STEA 1TPWA 3VKJA 3W70A 1DQXA 1MSSA 1TJRA 4YCOA 1J2WA 3MUXA 4BI7A 3OVQA 1OFEA 3W86A 1KFEA 1TMHA 5K2ZA 3UXDA 4JTHA 3SI9A 4EOUA 1XI3A 1G7UA 3LCWA 4IMEA 1IGSA 4JYDA 5F2IA 1KTCA 4HNNA 4DF0A 2NLIA 4RR4A 1GPWA 1TO3A 3M5ZA 4NQ1A 3M7WA 2OT0A 1DORA 1JCMP 2FPYA 3U6WA 4Z1DA 2ABAA 1K7FA 5AHFA 1L2UA 3G1AA 5TIMA 4PCFA 1LOSA 5F2MA 3HG4A 2ZCGA 4RZ4A 3I7SA 4O13A 3CTLA 3TQVA 3RF9A 4LC6A 1OJXA 3HGSA 1HG3A 4I7UA 1YDNA 4MPQA 1KM5A 4Z1BA 3DKJA 4WOZA 1FWTA 1WQ5A 4WD0A 5F4WA 3TAKA 2H3DA 2VEMA 5CPMA 1LM1A 1O95A 1AW5A 1XFBA 4Y6GA 3FYPA 4RLIA 5HUPA 2HTMA 4MZ1A 2X1UA 4LUJA 2QJGA 1EWEA 4JDYA 4CQ9A 2GOUA 3T4CA 1PCWA 4Y96A 3PUDA 3LERA 4GJ1A 4WY0B 4NNCA 5EKYA 1RPXA 2Y7GA 2VELA 3HG3A 1VCGA 4HNTA 5F4SA 4DF1A 2E6FA 3IGUA 3S6DA 2RKXA 1G4EA 2A1YA 1S3HA 3DFPA 3W88A 2E68A 2Q8ZA 1FUYA 3P8IA 4MFEA 2NWSA 4QM1A 3L2IA 1KV5A 2H6RA 1NFBA 1LORA 4GUFA 4IMCA 3UY8A 5KITA 3JR2A 6TIMA 1FCQA 4OGZA 1ME7A 2Z6IA 4MY8A 1JCJA 4Z1CA 5BNKA 4R33A 4BF9A 3NVTA 1MXSA 2DZWA 2BSLA 5CPOA 5AC7A 1XXXA 1W3IA 3G0XA 4LV4A 3S0CA 3NQ2A 1OYAA 3KX6A 4XUGA 2NX3A 5F2GA 2J88A 3O06A 5L6UA 5K3VA 3FKRA 5A5WA 3O6DA 4N4QA 4UTUA 2VKZG 3TK7A 3DI1A 1L9WA 2P0OA 2QCMA 1AL7A 4XQ6A 1SZFA 3NQVA 3IIPA 4MVAA 4O17A 4HKPA 4RJEA 2BXVA 5J5RA 1WV2A 4FHAA 1N55A 1R2SA 4RZ5A 2X2GA 2Y85A 2C1HA 1TYGA 1TPB1 2ZA2A 4UTHA 2HS8A 4BI5A 1XBXA 1JQVA 3NPXA 1T0OA 1P5BA 2VEPA 4FF7A 2QCNA 1W1ZA 4JEQA 3LRMA 3IIZA 1HO1A 4YL2A 5DBTA 3EB2A 3Q58A 1PL9A 1G69A 2CWNA 4HN4A 4E0CA 5I3KA 5DXYA 1IXOA 3TV8A 1TSIA 4JTIA 1FY6A 5D04C 1YYAA 1N8FA 4GUJA 2V8ZA 1VLIA 3W1PA 2ZZ3A 3B0UX 5KZMA 2FPTA 5DY2A 1ZAJA 1AW2A 3LXBA 4GWEA 1HUVA 3GR7A 4LVFA 1EP1A 3WFAA 4UR7A 4IMDA 1RV8A 2C3ZA 3R13A 4UTMA 3C52A 1O5XA 1TPFA 2JKEA 5LGXA 1JCXA 3E9AA 5E1QA 3S1VA 2GVJA 3KVLA 5EL1A 3DZ1A 1GWJA 2ZZ7A 1L6YA 2OJPA 3L5LA 3S9YA 2JGYA 3A24A 3UWYA 2Q8LA 5D05A 4XKYB 1I2NA 1WBJA 4H6KA 2DP3A 1HO4A 3Q2DA 2ZRYA 4MZ8A 1AMKA 3TNOA 3B03A 4OV9A 1IXPA 5CGQA 1QNVA 4CNPA 2VXNA 3VFLA 2ZRUA 3QQ1A 3OA3A 2B7OA 1MO0A 4MJMA 3N3MA 4LTSA 3LHZA 3HGRA 1NAL1 2QJIA 2HS6A 7TIMA 4KKXA 1LP6A 1PHWA 3OHIA 2A21A 4HT3A 4PC8A 1R2TA 1KTNA 1KBJA 1RD5A 3A21A 4X9SA 3LI1A 3NPWA 3C2OA 4YLWA 3CEPA 3E49A 4O8RA 3L66A 2YX0A 1F73A 5AC6A 4E38A 2EKCA 3QYQA 1M6JA 4ZZ9A 4UFLA 1K8ZA 4LS1A 3PR2A 3NZ1A 3NQGA 4QITA 2CLHA 1F5ZA 1F6KA 1T99A 4K39A 3W1LA 4S2CA 3NPUA 1FWWA 3IV3A 5IBXA 3A22A 4S1FA 3TXVA 1HL2A 4ONVA 1QPOA 1B9BA 2QUUA 3DI0A 2C0AA 2O7SA 1D3GA 1QOPA 3F1QA 3LXAA 5HJLA 3PSVA 3LCLA 3GNDA 1N7KA 2GUUA 4DXVA 1WXJA 2J6XA 2Z1BA 1PCKA 4OV4A 4XWUA 5HR7A 2A6LA 3TFXA 2OZ0A 2ZTJA 3BO9A 1T8XA 1SW7A 3VI2A 3WJXA 3DHFA 3PG9A 1VH7A 4MUZA 1V7YA 2W79A 3CLMA 4KWVA 4U28A 5KTLA 3NQDA 2ALDA 4AWSA 4KFNA 3FJ6A 1Z41A 1A5AA 1A5BA 1H5YA 1AL8A 3VNDA 1SO3A 4UTWA 1SSDA 4IJBA 3PAJA 5TQLA 3TMQA 4UFHA 3W7HA 4JYEA 3R5EA 1F6PA 2V2HA 3A5VA 4N6FA 1QWGA 3W22A 1UUOA 2FB3A 2HSAA 1OYCA 4JS3A 1M7PA 4ALDA 2VFFA 3GXNA 3PVFA 4LRSA 4GUIA 4DO5A 2ZZ1A 3EWBX 4NU7A 2YR1A 1B4EA 3A9IA 4XTIA 2Z6JA 4MIMA 5FF7A 3TQKA 1ZAHA 4L4LA 5EMUA 3N9SA 3THQA 2A85A 1H7PA 1SO5A 5D02A 4GE8A 1XBYA 3P84A 3WK3A 3UWZA 4IGHA 1ML1A 1Y0EA 3QMSA 4NT0A 5H91A 3P8JA 3G1YA 3LLDA 1ZNNA 1K02A 1KLZA 2CZEA 3HIJA 4NX5A 3G0SA 2P1FA 3QW3A 4Q4KA 4GUGA 3UZ5A 3TSDA 3GDKA 4KFOA 4UMAA 2LLEA 1OX4B 1LBFA 1EA0A 5EY5A 5AHEA 3QSRA 3GX9A 4MYXA 3RMJA 1GVQA 2YCEA 1OX5A 2PRLA 4ML9A 3EKZA 2F7FA 3V75A 3NM1A 4YMZA 3CQ0A 3QPYA 2X1TA 5HMSA 3OVRA 3M5YA 4ADUA 1GYNA 4IMGA 4RCXA 1DJNA 3S8HA 5EPDA 3HGOA 5HNRA 2ZQ0A 1SZNA 3GYEA 1GYLA 2R94A 5AB3A 5D38A 3MI2A 3B06A 4JY9A 3B8DA 4NJHA 1ZAIA 4FNPA 1V5XA 4O28A 2PURA 4CCCA 4RV8A 4UNLA 2X1SA 5D2YA 4AHQA 2JKAA 4OWGA 5DCBA 4GRSA 4RX0A 2EF9A 2Y89A 3DKLA 1W5OA 4KFPA 2ZTKA 3TH6A 1KFJA 3S5YA 1TREA 4O0KA 3L0NA 4DO4A 5IBXC 4JX6A 2WNQA 4K38A 1KFKA 4WY0A 1DVJA 4HPJA 1RQBA 1DOSA 3L5AA 1SZGA 1KW1A 4XBKA 4IMFA 3FJLA 3W74A 3DFOA 4JTEA 3W73A 3PF3A 3KVMA 1LROA 5U4NA 2TRSA 2QJHA 3BLIA 1H62A 3GZ3A 4N2YA 4OQVA 4GUHA 3LCFA 2PE4A 1LCOA 2V82A 1KTBA 2YPIA 1DBTA 3LTSA 4O16A 3N14A 3NG3A 1L6WA 1TRIA 1ME9A 1TB3A 2C19A 3CT7A 1K7EA 4DPQA 4DF2A 3EXSA 3HPZA 3QZEA 3STCA 2EGZA 1G4SA 4NXSA 3GKAA 4O4WA 4WJEA 1QPRA 5AYYA 2VEIA 4MFDA 4P2VA 4TX9A 3DFQA 5DY3A 1O60A 3HOJA 1TIMA 5D2WA 1B3OA 3W7LA 1W8SA 2QF7A 5G2IA 2RDWA 4XTDA 3KRUA 1W0MA 3GDLA 3M43A 4Z1AA 4FB7A 5KSWA 3HG2A 2ISVA 5FEWA 3IGXA 3TMLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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