2R8WA

The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (atu0899) from agrobacterium tumefaciens str. c58
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
297
structure length
297
Chain Sequence
DMATRFKGLSAFPITPADEAGRVDIEAFSALIARLDAAEVDSVGILGSTGIYMYLTREERRRAIEAAATILRGRRTLMAGIGALRTDEAVALAKDAEAAGADALLLAPVSYTPLTQEEAYHHFAAVAGATALPLAIYNNPTTTRFTFSDELLVRLAYIPNIRAIKMPLPADADYAGELARLRPKLSDDFAIGYSGDWGCTDATLAGGDTWYSVVAGLLPVPALQLMRAAQAGNAEEAKRLDATFQPLWALFKEFGSIRVIYAAANILSLTVSEPPRPILPLTSAERQRVEEALEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
publication title The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (Atu0899) from Agrobacterium tumefaciens str. C58.
rcsb
molecule keywords AGR_C_1641p
total genus 104
structure length 297
sequence length 297
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2r8wA00
4QNEA 4BK9A 2FB3A 2X1UA 4IXHA 3IIOA 2VENA 1TPH1 4RJEA 3EB2A 1Z42A 5J5DA 1TYGA 3ABRA 3HBLA 4IMDA 1GPWA 1WQ5A 1RQEA 2CZFA 4DF2A 3A22A 4OV4A 3LM7A 1VH7A 1XL9A 1KW1A 3A24A 4OGZA 2AQWA 4L4LA 2QCLA 4YWIA 1KM5A 4LOCA 2YGYA 4UR7A 1NF7A 1W5QA 3W1MA 1K7FA 3KXQA 3L67A 2YYTA 5AHMA 1GYNA 3SZ8A 1YXCA 3FKRA 1ML1A 1PIIA 3NYZA 2NX1A 1G7VA 4AWTA 3PF3A 3ANYA 3LXAA 3UXDA 3B04A 1XDLA 2QUVA 4NXSA 5HULA 4Q32A 1KM6A 1W5NA 1W8SA 4GFSA 2J88A 3NQMA 5CKSA 2Z2UA 1QPNA 3O6YX 3OVRA 1GQNA 1XCFA 3NM3A 1RPXA 5CPOA 5D2WA 5G1YA 1A53A 5HMSA 2E6DA 2KZHA 2OT1A 3NR0A 1N55A 2P0OA 1UB3A 4K7YA 1H7WA 3QC3A 4XZ9A 2NV1A 4MVAA 5TBOA 5LHEA 2QCDA 1OFPA 1I2QA 1CI1A 3IIXA 4NNBA 3M16A 2X1SA 3MHUA 4UFHA 2BSLA 2A0NA 3OVQA 5FI8A 2ZRYA 4LS2A 3W1NA 3LCFA 5F2GA 3P5YA 5EBUA 3SY5A 3O16A 5D05A 4NT0A 4OHQA 3FA5A 1F74A 5G4EA 3W7JA 1T96A 4JIQA 4GE8A 2C0AA 1G4TA 2NUYA 1HG3A 5CPLA 1FWRA 4AAJA 3LLDA 3CU2A 4AF0B 3PAJA 3G3DA 5DXYA 2B4GA 3W7NA 3QRHA 5DLCA 1TV7A 3UWYA 4BI6A 1XM3A 2VFGA 5D38A 4DPQA 2ZTJA 2I9EA 5BMXA 3CM4A 2UV8G 2C14A 4M6QA 3MYOA 3SJ3A 5LNVA 3F1QA 1GG0A 4GUFA 3A5VA 1SU5A 1GYLA 1H5YA 4GWEA 3BG3A 1TIMA 4UNKA 3S1UA 3Q58A 2HS8A 5D2VA 1SZFA 1F05A 3HGRA 3OVPA 1GJPA 1OFDA 2QJGA 3VFLA 1GZGA 1XBVA 3HIJA 3TXZA 1EX5A 2EPHA 3EEGA 3QQ1A 3EXTA 4H4IA 3DHDA 2CZEA 2ZZ4A 4ZZ9A 1LP6A 2J9XA 1RZMA 4PODA 1VQTA 1EEPA 2VFHA 2E5BA 1IGSA 5FF3A 2CLFA 2O7QA 2DZSA 4X2RA 3W2UA 4O12A 1SW7A 3PBYA 3RF9A 3P5ZA 5SWUA 3HPSA 2CLKA 1Q3NA 4H6KA 1FUYA 1FWNA 3SGZA 2TMDA 4UTWA 4JTJA 3STCA 4DF0A 1NSJA 1AW1A 3GZ3A 4OQVA 2ZRVA 3C4UA 4UCGA 5K4ZA 4YXGA 5LGZA 1MSSA 1EB3A 3S8HA 4IPIA 2A7NA 5LZLA 3EX6A 3WJWA 4UTTC 1ME8A 1GVSA 3W87A 1GVOA 5LKYA 2NLIA 1WOAA 1X1OA 3DI1A 2NUWA 2Z0IA 4CQAA 2FPTA 4HSNA 3GKAA 3BK0A 2H8XA 1ZALA 3N34A 3VNDA 1XBXA 4N6EA 4UTMA 1J2WA 4A29A 3RU6A 3G1VA 4P61A 3CT7A 4WJEA 2ALDA 1QPRA 2ABAA 5CSRA 2HMCA 4MIMA 4U4MA 4FO4A 5LHFA 1S3HA 4K8EA 2X2GA 3ZFHA 3UD6A 3A5FA 4YLWA 3FYPA 1KFEA 3SECA 3NPUA 4JTFA 4LVGA 3T55A 3B0UX 4JYFA 1MZHA 1Q6QA 4M5PA 2QEZA 4JY9A 1JCNA 4M6VA 3S5OA 1AL7A 4PTNA 4CNPA 5D03A 2VKZG 3P61A 3DXIA 3NQVA 3LRLA 4EVZA 1X8FA 4UTUA 4MZ1A 2C13A 5F1UA 4OV9A 2VEKA 3HG4A 3EX2A 3DBPA 4Z1CA 3G22A 2AGKA 3ABOA 4ZQRA 4AF0A 3THAA 3W84A 3GKFA 3L0KA 3W7DA 5F2MA 1SSGA 5G2HA 3HGJA 1OX4B 1S5VA 4WY0F 4JDYA 1M7PA 4MPQA 3T4CA 1PCWA 1RD5A 2B7PA 2ISVA 2CLHA 4XQ6A 3GNDA 1PL9A 4ZQCA 1EP1A 4ICNA 1QO5A 1EP2A 1GEQA 2CZ5A 3HGSA 3TSMA 1O4UA 2YXGA 1WX0A 3RMJA 3PSVA 5BMWA 3W7HA 4XTIA 2R91A 2ZFAA 2QCNA 1I45A 2QJIA 2QUUA 3WFAA 1YDNA 1G6CA 2H3BA 4S2CA 1J4EA 4R53A 3V75A 2ZA3A 2A5HA 3EKLA 1M6JA 4OBTA 1GT8A 2PURA 3DAQA 4RV8A 2Y63A 1FBAA 1YADA 1KM1A 3BVJA 4N02A 1KM4A 4UFKA 4IMCA 4M7SA 5IBXC 3KRUA 1LTDA 2C18A 4J9JA 1WOBA 2RFGA 3SGUA 3W1XA 3HOJA 3M1ZA 4JD4A 4YMZA 1EIXA 3LBMA 4K6AA 1SFLA 3TNOA 3UWWA 2BWGA 4Y96A 1V7YA 3UWUA 1W5PA 2A21A 1TMHA 3LX9A 3W7RA 3TSDA 2XN0A 4PH6A 4O28A 1W54A 1JULA 3W2LA 4C1KA 3W23A 1P0KA 3TAKA 4FX7A 2A2IA 2YSWA 5DBUA 1KV5A 3TUUA 4LS1A 3VI2A 1I2NA 1GVRA 4X3ZA 4RXGA 5F2IA 4BWLC 3RFAA 1N8FA 3RK8A 5G2IA 3N2MA 1FWWA 1GTHA 1SSDA 3WK3A 1TPDA 1P5BA 3W6YA 3S5ZA 1PE1A 1I2OA 5EPDA 3KVMA 1FWSA 3L5MA 4RKAA 4JGDA 3R8RA 4ORIA 4FEZA 4MYXA 1MO0A 4Q4KA 3QM3A 5K7JA 2Q3OA 1HL2A 4LVBA 4JTEA 3GAYA 1G4PA 2ZA2A 3L0GA 5K9DA 3IGUA 4LT9A 1GVQA 1AMKA 3IV3A 2OX1A 1D3GA 2Y61A 3DH7A 3ZR4A 3P84A 1WA3A 4AMAA 4DPPA 4JTHA 2GVLA 1NF0A 1XBYA 2WNQA 4IQLA 3CB8A 3N19B 1OFQA 4NJKA 2CLOA 1TPWA 5CGQA 1JCXA 2C16A 4XKYA 4WZHA 7TIMA 1TSIA 1WAUA 2DU2A 2A6NA 3STFA 4WX2A 1R2TA 3A23A 4TMCA 1F76A 2W6RA 3IVTA 4HIBA 3W22A 3KVKA 3SSJA 1OX4A 1FDYA 3M5VA 1X6UA 1VC4A 4S1FA 2VOMA 1H7XA 5BOOA 1WV2A 3ABSA 1PCKA 2CW6A 4I7UA 3W3OA 5AHFA 3MHFA 4GUIA 1GOXA 3W7LA 2DZVA 3G18A 2C3ZA 4FNUA 4AHOA 5MHBA 1W5OA 2CFFA 2ZRWA 3CIXA 5KZMA 4KWWA 2A1YA 5FF4A 3W75A 2QCFA 4LC6A 1O5KA 2E6FA 4MY8A 2R14A 3L68A 3GR8A 2PE4A 2TPSA 2CU0A 3TW7A 4LTSA 3W70A 2NUXA 2RH9A 2ZZ6A 3E02A 5CSSA 2QAPA 4O10A 2TRSA 3TQVA 5I3GA 3MBDA 3E12A 4IMFA 3GLCA 5G2WA 4X22A 1DQWA 1THFD 1SR9A 1O95A 3LHYA 2ZDRA 3MP4A 3W86A 1YPIA 4HNUA 1GVFA 4L4MA 4I7WA 2VEPA 1V5XA 3PS7A 4OE7A 3LHUA 3CIWA 3UYCA 4FNPA 4MFDA 1L6SA 4FXRA 3LCWA 1UUMA 3KAOA 3LXBA 2W0UA 4PL1A 3NPVA 5HR6A 4AWUA 2NX9A 1G69A 3NNTA 5HWNA 1FCUA 1H51A 5FEWA 3ATYA 4O1AA 4OU1A 1O60A 1OK4A 3OEXA 2P1FA 4MJZA 3THQA 1HFBA 1QDSA 3RLUA 1M5WA 3O6CA 1ZY9A 3M5XA 4MUZA 3NG3A 3I68A 2Q3RA 1YDVA 5LSMA 3CEUA 4NJIA 4RZ4A 1H50A 3TMQA 3QJAA 2WNZA 4WQ6A 5CZJA 4B5NA 4UFLA 3R89A 2G97A 3NQ6A 3USBA 1TPB1 4O0KA 3MMTA 4EWND 2R94A 3M47A 4O16A 2VFEA 2VEMA 3QW3A 3QPZA 1U83A 2C15A 4UFIA 1WYIA 1LM1A 4O1BA 3TIMA 3S0CA 1TJRA 3I7RA 2Q8LA 4JTGA 1XKYA 2Y7EA 2ZCGA 3DFSA 4PA8A 5CG7A 3R2GA 5K9XA 3Q94A 2Z6IA 3LCLA 1SO5A 4JTSA 1TTPA 1DJQA 2EKCA 1SO6A 4ADUA 3ATZA 3MI3A 1YDOA 4UMBA 3TJXA 2LLEA 2NV2A 4S2BA 2X16A 1UJPA 4UTTA 1ZNNA 4BR1A 4A2SA 3EWXA 5D2TA 2H3DA 1B9BA 2BX7A 3C2RA 5KITA 1OHLA 2FFCA 1CX9A 3QH2A 1H7OA 4QSHA 2FIQA 2X1RA 2XFWA 3AO0A 3HPXA 3BO9A 3W71A 2FJKA 3HF3A 4CCEA 1H1YA 1QOQA 5DCBA 1LDCA 4FNRA 3FJ6A 3QMSA 3STGA 1QFEA 3Q2DA 2J24A 2Z6JA 4PFMA 4BI7A 3BG5A 4EF8A 4TO8A 5FEPA 3DFPA 1K8XA 2G95A 4JY8A 3W88A 1Q6OA 5FF2A 2RDTA 5I3HA 4AEOA 1H7NA 2BLEA 3EX1A 3MW7A 3DFNA 3P82A 3HO8A 5K4XA 2V0TA 1H61A 1AL8A 2JK2A 4WUIA 5TIMA 4I9AA 5D30A 3VE7A 1FQ0A 1F6KA 4RX0A 1XDMA 3EWUA 5DN1A 3B06A 3L66A 3FJLA 1SZEA 4M7TA 3LB0A 2BTMA 1SZGA 3G8EA 3W1AA 1ZFJA 1VPXA 1Z41A 3C2FA 4WY0A 2ZZ3A 3DI0A 4QJ1A 3DHFA 1MEIA 3IVSA 5E1QA 2QCHA 3NPXA 3L9CA 2CLEA 4Z1BA 4UC5A 1TQJA 1DKWA 2ZQ0A 4FNTA 5HR7A 1TTIA 3N9RA 3PG9A 3W76A 4LUIA 4GXMA 2E09A 4O50A 4NZJA 3W7OA 3QYQA 1TJPA 3NL2A 1SZNA 2ABBA 5C6MA 4LU0A 1KFKA 3CQ0A 5KINA 1TPEA 3TROA 5EKYA 3WJXA 4IXXA 2DZUA 3I7SA 3G1HA 3W2NA 1K03A 1W5MA 4HT3A 5AOUA 4AB4A 4FNSA 3LI1A 2E5CA 1R2SA 1WBJA 4GJ1A 3C52A 2V8ZA 3LXCA 4WOQA 3PB2A 3QMTA 1A5SA 4MOZA 3TE9A 4FHAA 2VXNA 4O13A 1BEUA 2ZZ2A 4RXFA 4E2BA 1D9EA 3PVFA 4XBSA 1Q6RA 2PRLA 2V82A 5IBXA 3TX9A 1LRQA 1L6WA 5HWMA 4JNMA 4GUHA 3W7EA 1T0OA 2JKEA 1K8YA 5AYXA 3QF0A 3P74A 1EA0A 4O19A 1PVNA 3TQ0A 4O4VA 1VCVA 4KFNA 3MI6A 2YX0A 4E38A 3C61A 3PSWA 4ADSA 5KTLA 3IIVA 4DXVA 4O17A 1UUOA 4JX6A 4Y6GA 4GUGA 1R30A 1LLWA 3GX9A 1Q6LA 1VYPX 3IGXA 4UFMA 4BWLA 5KZDA 4M6PA 4TU1A 1ZHAA 4ZQPA 3M43A 3TW6A 3GR7A 1JQVA 3LI0A 5KMYA 3T7VA 1W3NA 1TTQA 3EWBX 1YTDA 2XN1A 1WBHA 3FOKA 2PC4A 4LVDA 2DJXA 3R5EA 3PBUA 3PR2A 3HPZA 4JXCA 1R47A 1TV8A 4Z1DA 3PM6A 3I7QA 3OBKA 4O18A 4YL2A 1GWJA 2GQ9A 5F4SA 1JVNA 1KFCA 3GDRA 1T8XA 4DO6A 3I65A 3LV5A 5CPMA 1W3IA 3PBVA 4EF9A 3DFOA 3OIXA 1F5ZA 4K36A 3TJLA 2V9DA 3TC7A 3F4WA 4GBUA 3ZWSA 1H7RA 5I3FA 1YXDA 3H55A 3W73A 3GVGA 1LOLA 2ISSA 1Q45A 3LCGA 4CCCA 3KHJA 1FDZA 3D0CA 3MO7A 1VCFA 4NJGA 4JX5A 1G67A 1B4EA 4O1DA 5A8GA 1KFJA 2E5DA 4I7VA 1OFBA 3W83A 3P67A 6ALDA 2J6XA 1UCWA 1QPQA 2Y70A 5K3VA 1BTMA 1FX6A 1QAPA 3M0ZA 3TR2A 4HPJA 3UZJA 2RDUA 3SIZA 4N9DA 1GG1A 1ONRA 1EUAA 2ZTKA 5DY3A 1FXPA 3BLIA 3BGGA 4AHQA 1OYBA 4IUOA 4JTKA 3BLEA 3WJZA 2GQAA 3S1VA 2EHHA 2ZZ7A 2ZYFA 3Q37A 3T40A 3G1FA 1LORA 4JN6A 4OT7A 3W7KA 4ADTA 2PRHA 4XBKA 5F2LA 1KLYA 1JUEA 1TREA 4O4WA 2TSYA 1UBSA 1D3HA 2NXGA 3PUOA 3EWZA 5D04C 3M41A 1TPUA 3GDLA 1NEYA 3NQ7A 5HQEA 3GYEA 4E0CA 4GC4A 5LNWA 4JR5A 2GPTA 3NQCA 2HS6A 4O11A 5I3JA 1TTJA 1LBMA 1LOQA 2ZZ1A 4IOTA 5T26A 3CHVA 1R2RA 1A50A 1L2UA 5K9CA 4UTHA 1TRDA 5G4WA 3W85A 5CZ0A 4K38A 2EGZA 4O53A 4E2DA 2RHGA 4Y9AA 5I3IA 4UFJA 3GXNA 4QM1A 1DORA 1ZAIA 2ATSA 1OK6A 4NXKA 1OABA 3GB6A 5FF7A 1B4KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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