1PHQA

Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog e-fpep
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
284
structure length
272
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Analysis of the Phosphoenol Pyruvate Binding Site in E. Coli KDO8P Synthase
rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 63
structure length 272
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1phqA00
1TPC1 4LVDA 1WOBA 3A21A 4KWVA 3PG8A 3O6DA 3QF0A 4L4LA 2OCZA 1KLZA 5G1YA 1AW1A 5DCDA 5LNSA 1ICPA 2XN2A 2X1UA 3CWOX 3W86A 3UWZA 3U6WA 2TSYA 3BO9A 2VFHA 5FF2A 1D3GA 1H1YA 5J5DA 3THAA 3L5LA 4ICNA 3ELFA 3W2KA 1LBMA 3MP4A 4P61A 3UXAA 4UFHA 3NQ2A 5HUPA 5KITA 3TU9A 1LYXA 1GVFA 3PS7A 4NJGA 2B7PA 1FWSA 3P60A 1OFQA 3LCWA 3E9AA 3UWVA 1S5VA 4MZYA 3M6YA 3PG9A 3W87A 3PC0A 4JX6A 5DXYA 1WXJA 4DEFA 3OVPA 2A21A 1FCQA 3IRDA 1Q3NA 4R34A 4FX6M 5K2ZA 1GG0A 5HULA 3NQCA 1A5BA 4Z1BA 4ORMA 2AAMA 1G4SA 4PL2A 1QWGA 2NV2A 4HNTA 3M7WA 1TMHA 4LRSA 1KTCA 1MZHA 3O6YX 3P62A 3LXAA 2E6AA 1QO5A 2ISWA 1JUBA 2E5DA 4AAJA 4A2RA 2RHGA 3N73A 1TYGA 3G0SA 4J9JA 1VGAA 4IXHA 4UFMA 4JICA 1F6KA 3FS2A 1TV8A 5G4WA 4O16A 5KSWA 1FCVA 5ABTA 1FX6A 1TPVA 4MKNA 1QOQA 5DELA 2B4GA 5DY3A 4E2BA 3C2RA 3PBUA 4TMBA 1UUOA 2I9EA 1ICQA 3PY2A 2CLEA 2HS6A 2NX3A 4GE8A 4RX0A 4K7YA 4MZ1A 3SW6A 3IVUA 4DO6A 4WZHA 3PSWA 5F1UA 4RLIA 3RFAA 3ZWSA 5FESA 4TR9A 3MBFA 1QR7A 4EF9A 3DU0A 3TCEA 5FEZA 3G8RA 4JTHA 1K03A 3MHUA 3UXDA 4X3ZA 4O50A 2WV8A 3F03K 4ONVA 4AHPA 3TJLA 4CNNA 1GVRA 3I65A 2NWSA 4UNKA 3DAQA 3HGSA 4DBDA 5HWNA 3S5OA 3HQ1A 4IGHA 3RK8A 1O60A 4A21A 3FJLA 3N9SA 2GQ9A 1DV7A 4NJIA 2H3DA 3MP5A 4AXKA 3DFNA 4WXZA 2FJKA 4ZQMA 2VFIA 4UTKA 1JCLA 3MYOA 3C2EA 1L9WA 1TPB1 1LM1A 3HG5A 3GNDA 1VZWA 4MZ8A 1SW0A 4O15A 3G0XA 1KM4A 2Y88A 3TXZA 2WNQA 3M1ZA 3M5VA 3P8JA 1W3IA 2E6FA 1OFEA 5EMUA 4LVGA 1W5MA 1FQ0A 4WQ6A 2ZRWA 3LTYA 4O4VA 3S6DA 4WJEA 4UIOA 1TCDA 4Y90A 5CZ0A 3NA8A 5KZMA 1EX5A 4JS3A 3N34A 2BZNA 3TK7A 3BPWA 5IBXC 1G4EA 5CZJA 2QCLA 5EYWA 2Y61A 1BWKA 1VHNA 4IMEA 4JY9A 4BF9A 1YDNA 5TQLA 2V9DA 3P5ZA 5K3VA 2CLMA 1KBIA 4IMGA 1LRQA 3TAOA 3MBDA 5HINA 4JTKA 4PTNA 1ZENA 3LV5A 3O07A 3UY8A 3IVSA 2VEIA 4JX5A 1XM3A 1QPRA 2A6LA 5U4NA 3USBA 3C2FA 3W1QA 3V1PA 3LV6A 3LM7A 5HNRA 2TYSA 4GXMA 1EWDA 4LC8A 4BWLC 5IM51 1W5NA 4TMCA 4H6KA 3WK1A 2QUVA 2OX1A 1A5SA 1PCKA 5CPNA 1KFEA 4KWWA 4K39A 2QCCA 4K7VA 4UMBA 1MXSA 1SUXA 5LHEA 1RQEA 2WNZA 2ZYFA 4C1LA 4AWSA 3MO7A 4MLRA 2Y63A 3MMTA 3M47A 4OQVA 1VLIA 1NF7A 3WK2A 4LC6A 4Y9AA 3IVTA 3TMQA 2OMAA 5KINA 4IXXA 4XBKA 1Y0EA 1OG0A 4ML9A 3EX3A 4UTTC 1XXXA 2DZUA 4JTEA 2QCEA 3IGSA 1KFCA 1XFBA 1VRDA 4PEKA 4DF1A 3LHWA 3W2NA 4JEQA 4HSOA 2RDUA 5H2ZA 5C6MA 2VEPA 4QM1A 4CCDA 1FWRA 1W5PA 1GQNA 4BFAA 3UNDA 4TO8A 1R47A 1DKWA 3PM6A 2JKPA 3B03A 1BTMA 4CQAA 1GYLA 4MJMA 4LOCA 4Q4KA 4FO4A 5KZEA 3O16A 4OBTA 2PC4A 3NQ7A 1TPUA 2F84A 3DFQA 4IMDA 2Z6JA 2BLEA 3M5YA 2AGKA 4POCA 2W6RA 3W7JA 4YCPA 4Y96A 1I2NA 1F2JA 1H61A 3LOTA 1KBJA 1NSJA 4O0ZA 4Z1AA 1EEPA 3C52A 1TPFA 2ZZ2A 2CW6A 1LZOA 5K9DA 4UFLA 5G4EA 2EPHA 2CFFA 1ME7A 2J88A 3TA6A 4AH7A 4FNPA 1PHWA 2B7OA 1AW2A 2ZBTA 2G96A 5CGQA 4O28A 4ADUA 4Z1DA 1Q6RA 1GJPA 1HTIA 5LGZA 3ANYA 2FB3A 3EXSA 3B04A 4M19A 4GUGA 3WK3A 5AHNA 2CU0A 4A3UA 1GPWA 3FYPA 1K8YA 3IIZA 1JJKA 1GVSA 1DORA 3W1LA 1H7WA 4MJZA 2CLHA 5EL1A 3B0PA 3BLFA 2ALDA 3NL6A 4WUIA 4EIVA 2A7RA 1AL8A 1THFD 3S1XA 3S1WA 5HR6A 4TU1A 3BLEA 3NM1A 4IOTA 1IXOA 3Q2DA 3LI0A 3SGUA 3EX2A 2VC6A 2C1HA 3PBVA 3G1XA 1KA9F 2FFCA 2PRMA 1QO2A 2WPBA 3KRUA 2GQAA 1SZGA 2YR1A 3I6RA 5CKSA 3E0IA 4RCXA 3W22A 3LX9A 4JTFA 4JX4A 1VPXA 5D05A 4LV9A 3GR8A 3HOJA 1GEQA 3OA3A 3NQEA 1OHLA 4JYFA 1KLYA 3NEVA 4N6EA 5I3IA 4YXGA 1ZALA 3QSTA 1ZCOA 2QAPA 3FFSA 1LTDA 4FX7A 3PUDA 1P5BA 5TBOA 2J6XA 4HSNA 2BX7A 1MEIA 3L67A 4O17A 4K6AA 3TQVA 4O54A 4UFIA 3BG3A 2GQ8A 4DO5A 4M7SA 1G4TA 2WQPA 3SSJA 2IQTA 3LGEA 3B0VC 2H8ZA 3QRHA 1NF0A 1OVDA 1ZAJA 5E0KA 1VLWA 3W2UA 3DI1A 3GVGA 4FNTA 3NVTA 5AHMA 2G95A 1EPXA 1LRNA 1W5QA 1P1XA 1VC4A 4PFMA 4CLMA 3DH7A 3THQA 1A5CA 3VI2A 4AMAA 2QCDA 2Z6IA 2Y85A 3W7DA 1EB3A 1TO3A 3BVJA 3I7RA 8TIMA 2Y6ZA 4JR5A 3H54A 1KFKA 3G3MA 1OFAA 3MJYA 2V82A 4GWEA 1VJIA 2ZCGA 3W7GA 4LS0A 3QH2A 3T40A 3W88A 3SR7A 4O18A 3M41A 2GOUA 2NWRA 1AW5A 3NQAA 1M7PA 3OEXA 5LNRA 3MI3A 2NUXA 4O1AA 2DZVA 3A9IA 5KZDA 2WOQA 3RU6A 4UMAA 3OIXA 5K4ZA 5F2IA 3TR2A 2W79A 3S5YA 1F74A 1TPDA 2PE4A 3SY5A 5LHFA 4GUFA 3NPVA 4N4PA 4UTWA 1I2RA 1RPXA 2DZXA 5CG7A 1S3HA 2EHHA 2HSAA 3C61A 3GXNA 3TFXA 2FPVA 1VYSX 2A0NA 1H1ZA 1U83A 3TC7A 1KTBA 3ZR4A 5EPDA 3PR2A 1LORA 1ME9A 1IGSA 2FTPA 1FXQA 3ABQA 3BGJA 4M6PA 2QKFA 2QDHA 1M6JA 1W31A 4O14A 3ABOA 3A22A 2ATMA 5D02A 4M5PA 4OE7A 3LHVA 1SPQA 3T55A 4QISA 3TKFA 4A22A 1TTPA 3R5EA 4OV4A 1FBAA 1Q6QA 3C3NA 4NUWA 3W70A 1W3NA 2E5CA 3DBPA 4OHQA 2DORA 2V2CA 5AYYA 1OFBA 2PRHA 3MWAA 3W7LA 5I3JA 1XC4A 4FB7A 1BWLA 3BV4A 3U8GA 4I7UA 3LRLA 3NPUA 1XKYA 2A2IA 3QQ0A 2V2HA 2H8XA 4UXDA 3NOEA 2OT0A 4LS1A 2YXGA 5LKYA 5F2GA 1OK4A 4UFJA 3W1MA 1G7VA 1RR2A 3W9ZA 3I7SA 3W7NA 1PE1A 2Q3OA 1K7XA 3BW3A 3KOFA 4X22A 1HUVA 2YPIA 5CPMA 1KW1A 1OX6A 3GLCA 3HF3A 3PBWA 4ZVJA 4O0KA 1TPEA 4W9TA 2Z0IA 1EA0A 3LI1A 2OT1A 1OYAA 4L4MA 3SECA 3VCRA 3LXCA 5G2WA 4UTJA 1WOAA 3I7QA 3UPWA 1O94A 3G1HA 4GBUA 1T96A 3GR7A 1G4PA 4UTIA 4IWWA 3CU2A 3PUEA 4QJ1A 4NJHA 1UASA 5EKYA 3P74A 2D73A 4LV4A 1EIXA 3M44A 3W7QA 2V30A 4WY0B 3R2GA 1LBLA 4QITA 1KFLA 3HG4A 1RV8A 1YDVA 2RKXA 4MPQA 2C15A 4HPJA 3KAOA 4WY0F 2ATSA 2O7QA 2NLIA 1B3OA 3TUUA 3F4WA 1IXPA 4N9CA 3DZ1A 4O53A 4O57A 1WV2A 1H7XA 3QQ1A 2H6RA 2E77A 3NM3A 2PURA 4LT9A 5LGXA 3S5ZA 4UNLA 1OFRA 1TQXA 2G97A 5AFDA 3AO0A 3NAVA 3GYEA 2QAFA 3NL3A 3W1XA 1SZEA 3NPWA 1W1ZA 4I7VA 3NQMA 5SWUA 5DY2A 3FEMA 1BEUA 5CSSA 4A2SA 3FIGA 2Y70A 4NQ1A 4NXKA 5CZSA 5DXXA 1EP2A 2Y7FA 2ZQ0A 3A5FA 1SFJA 3H55A 4OV9A 2GVGA 4AEOA 3Q94A 1ZAIA 4LY8A 1DOSA 2A7NA 3P5YA 4MIMA 4ZQPA 5LSMA 5HWJA 1X6UA 3G3DA 3QPZA 2YDAA 1DL3A 4MLJA 2DJLA 2A7PA 3INPA 3LDVA 3QYQA 2R8WA 2E5BA 3F1QA 3SI9A 3NQ6A 4XKYA 4C1KA 1OX4A 1SW3A 1W3TA 2C19A 2WSRA 2YZRA 1GYNA 2P0OA 2QCFA 1QOPA 1EUNA 1VCVA 3Q37A 3W84A 4H4IA 3UZ5A 4AF0B 3JRKA 3L0GA 3LCFA 3LB0A 4UTUA 1JUEA 1TB3A 2VENA 4QAIA 2X1TA 1PS9A 1HO4A 2C18A 3LCHA 1LOQA 1KM6A 1O5XA 3N9RA 5FF4A 3UWWA 5LNVA 1TIMA 3IIVA 2VEKA 5EY5A 4MFDA 4K38A 3W2JA 3G1YA 2DZWA 5AHIA 3JS3A 1K8XA 5D2TA 2QEZA 4N4QA 3FLUA 4R33A 3CLMA 3SZ8A 5AHEA 1GZGA 1SU5A 5FEPA 1R2TA 3JR2A 5H91A 1I4NA 2BWGA 1KM1A 3C4UA 4LVFA 1JCYA 3R89A 3FJ6A 1JR1A 5BNKA 3NGJA 1DBTA 1G69A 2V8ZA 3G18A 2DU2A 5E1QA 2VXNA 4O1BA 4LVAA 1QAPA 4MOZA 2XFWA 4FEZA 4LRTA 1IXQA 1K7EA 1PVNA 4O1CA 3A23A 4GFSA 3GXPA 4JN6A 3R12A 2QUTA 5C2XA 4FX8A 1JULA 3L5MA 4NZFA 3C8FA 1ZAHA 3MYPA 2QJGA 1OK6A 4FIQA 4JTTA 1FWNA 4JTLA 4JD4A 3L65A 1OABA 2C3ZA 4ZL1A 3CEPA 1W54A 1VCFA 3ATZA 3GK0A 4JXCA 1SFLA 3DFPA 3VKJA 3LHTA 4OWGA 5FF3A 3F4NA 5BW6A 5CPOA 3KVMA 4KFOA 3L5AA 4N9EA 3DHFA 3KVKA 2J27A 1RQBA 1I2QA 3CIWA 3G8EA 4BK9A 3GB6A 4MFEA 4LVBA 3W1AA 3LTPA 4O19A 5G5IA 1JVNA 1F05A 1O5KA 3EX4A 3M16A 5FF0A 3UPBA 4OU1A 3LCGA 1Z48A 1TJRA 3W07A 3DKJA 3C2OA 4PH6A 2RDWA 3B4UA 1VS1A 1YXYA 5AYXA 1QFEA 2QCMA 4K36A 1LLWA 4CNPA 2Y7EA 4ZZ9A 2I14A 1QDSA 3BGGA 3QW4B 3W23A 1KV5A 2JKEA 3NQFA 1TQJA 5A5WA 2Q8ZA 1R2SA 3QPYA 1KM3A 1Q6OA 1FDYA 3EWYA 4EVZA 4RKAA 5DBUA 2B0MA 5C55A 3HB9A 5K9CA 1FWWA 4NVTA 1IIHA 2J9ZA 4WOQA 1TSIA 3H53A 4YMZA 3NQVA 3FKRA 1VH7A 1YDOA 2QJIA 3GX9A 4LUIA 1E51A 4CCCA 4FIRA 1SW7A 4S1FA 4AB4A 2RDTA 2EF9A 5G2IA 1SO6A 2FPYA 3L66A 2XN0A 3KHJA 1H62A 2CZDA 3TX9A 3EB2A 3OVQA 4NU7A 2NV1A 1B4KA 5AC7A 1Z44A 3HGOA 3LTSA 3W1RA 4FXSA 3WK0A 5F2MA 1LOLA 3HIJA 4FXRA 4EWND 1MO0A 2ZZ3A 4OGZA 2WNNA 4FNUA 3EKLA 3UWQA 4O13A 4M6QA 3O05A 1VQTA 3DFOA 4BI5A 3E96A 1H7PA 1TPH1 4D2JA 1CX9A 3W7CA 2C6QA 3FA5A 4MUZA 1ADOA 1F76A 3I68A 1FCBA 2I1OA 1N7KA 2TMDA 5U7SA 4QSHA 2WKJA 4U28A 2DP3A 2ISVA 2YGYA 3FOKA 3L68A 2O7SA 4E0CA 3GKFA 4TIMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BAS A;  4KWV A;  3U7V A;  4MUP A;  1L8N A;  1QTW A;  3AHY A;  4L4L A;  2OCZ A;  2YBU A;  1AW1 A;  1EBG A;  2X1U A;  4IIE A;  3UWZ A;  1X38 A;  5DQP A;  2E8Z A;  5I09 A;  3L5L A;  1LBM A;  3UXA A;  2JEQ A;  5HUP A;  5KIT A;  1LYX A;  4G7F A;  4QCF A;  4NJG A;  3UZZ A;  2WMG A;  2PWG A;  3KOZ A;  3FHQ A;  3VMO A;  3E9A A;  3UWV A;  3W87 A;  5DXY A;  2PGW A;  3STP A;  4GD0 A;  2FHB A;  3TC3 A;  4JTC A;  1Q3N A;  4R34 A;  4P8V A;  4FX6 M;  4AC7 C;  1UP3 A;  1A5B A;  2AAM A;  1QWG A;  3U2Z A;  2WZH A;  3O6Y X;  1A5M C;  1AZ2 A;  3PZN A;  3FJN A;  1QO5 A;  1GUV A;  3QY8 A;  3O6A A;  1NDY A;  4ZR8 A;  2ACU A;  2X0Y A;  3G0S A;  4J9J A;  4IXH A;  5RUB A;  4NAS A;  1K9D A;  2PWV A;  2ZUV A;  3FS2 A;  3OOD A;  1W1I E;  3PHA A;  4O16 A;  1B9Z A;  1TPV A;  2VL4 A;  2B4G A;  4IIG A;  4TMB A;  5A2A A;  1J2B A;  1KCX A;  4LCR A;  4BEU A;  1QI5 A;  3HN3 A;  2YL8 A;  4RX0 A;  3WLS A;  4ZST A;  4DAF A;  4H01 A;  4K7Y A;  4MDP A;  4MZ1 A;  1CLV A;  3PSW A;  4V28 A;  5F1U A;  1KXH A;  1F9C A;  1B1Y A;  2ZC1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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