4AD1 | Genus

Total Genus 128

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	349
structure length	349
Chain Sequence	NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides xylanisolvens
publication title	Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
total genus	128
structure length	349
sequence length	349
ec nomenclature	ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date	2011-12-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF16317	Glyco_hydro_99	Glycosyl hydrolase family 99

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4ad1A00

1KQYA 2WC3A 5CPTA 4UOQA 3N04A 1FP9A 3PBGA 3MUY1 1KBKA 1JF6A 1K9TA 2PWDA 1QVBA 3T2PA 1G5AA 3NIYA 4Z2GA 4M1RA 3GTNA 3WH9A 1KGWA 3K4AA 2WC7A 2OWXA 2NT1A 2WAGA 4FLSA 3WKZA 2UY3A 3W29A 1E6PA 1B3XA 3A4AA 1CXLA 5CSUA 2J74A 2J7GA 3ZSTA 3U7VA 2X09A 1OCQA 3AIEA 4JIEA 2ZXDA 4GQRA 3VGEA 4OKDA 2ZX6A 1WZLA 4CN6A 4W7UA 4W8AA 2YA1A 3VGDA 2Y4SA 4D6JA 4J3SA 1MW2A 2J7HA 1DTUA 5I23A 4HOZA 2PWGA 3BLPX 3HU7A 1GUVA 5D8ZA 6A3HA 1NOWA 3GNOA 1UWSA 2EPMX 3RMEA 1TVPA 3ARSA 3WL0A 2VVSA 3AHYA 3WELA 1O7AA 1DEDA 2CETA 3G6LA 3M6DA 1M53A 2XHYA 1H5VA 2Y8KA 2J75A 4QDMA 8A3HA 3OZOA 1W91A 1PJ9A 4JFSA 3L2MA 3MKKA 2VQTA 1ZB5A 2WMHA 1OD0A 1V3IA 2QPUA 4M81A 4UCFA 2BY0A 1WKYA 5I3DA 4U3CA 4BZYA 2E3ZA 2VRKA 3PZNA 3VGBA 4D1IA 1CNVA 1ZS2A 2VZOA 1ISXA 2DIJA 3CZJA 1C7TA 1H0IA 4YHGA 3FY1A 4RL3A 4D71A 5HXMA 4IPLA 2E8ZA 1B3VA 1CXKA 5E6ZA 4HMEA 1NOFA 5ABFB 1KXTA 1VJSA 3UG5A 2QMJA 1E70M 1ZBWA 1WDPA 3W6MA 1UA3A 3VGHA 1AQMA 4OJYA 4J28A 2PC8A 3NJ3A 1CZ1A 4QLKA 5BRPA 5A6LA 3AHXA 2EPNA 4U3AA 4Z2LA 1FFRA 3CHCA 1ESWA 1V03A 4AZIA 3CGTA 1QI3A 4UZUA 3VINA 3WY1A 4NI3A 1UR9A 1JIBA 5I24A 1GOWA 4N42A 3GXDA 3WEMA 1U30A 2ZX5A 3FAXA 1ZL1A 4UQCA 1JGIA 1TA3B 1FHDA 4ML4A 1QI2A 3W4RA 1CTNA 3CZEA 3WQWA 4RE2A 4UFJA 1EOMA 1JZ8A 2J25A 4UR9A 1EQPA 2J62A 3A4XA 2XFRA 3OIHA 4P7QA 4YHEA 5ABFA 4TVDA 4YPJA 3NDYA 2WB5A 2YL9A 4AISA 2JEPA 3T0DA 2PBGA 3BAJA 3FW6A 2WMKA 3QGVA 3U5YA 1AQ0A 2VJXA 2WM0A 2HVMA 4UFHA 4W87A 3VMNA 4EAMA 3CZKA 2YBTA 1VBRA 4AZBA 1FH8A 3SCNA 4TXEA 2YL5A 3PZQA 3THCA 2VURA 1WP6A 4J3XA 5FKYA 1JF5A 4QLJA 3RO8A 5JBDA 3GH5A 1W9VA 4LXFA 4NF7A 1KCKA 2FHFA 1BYAA 4OOUA 5BCAA 5EFFA 3IJ8A 3SUTA 1CGTA 3AS2A 2XYLA 4D6GA 5I79A 3GXMA 1MW3A 3WEZA 3T2QA 5A6SA 2F61A 3AYSA 1TA3A 3OB8A 1WCGA 3ALFA 2GSJA 3ARZA 4W7WA 3WNLA 1WDSA 1V0KA 1ZBKA 2ZUVA 1PIGA 3VD9A 1G1YA 3WNNA 3OLDA 4DUWA 1SR0A 1H09A 2BY1A 1UR8A 2CBJA 3AS3A 3ARTA 1VJZA 1A3HA 8CGTA 4ZE5A 1WDRA 4WK9A 3WNMA 1US2A 5C70A 2ZXBA 2J78A 1N82A 3N12A 3UERA 4PTMA 1UD6A 4CD8A 4RE4A 2FH8A 2RGMA 1V0MA 3OLEA 1MW0A 4AD1A 1HP4A 2JF6A 3B9EA 3VGFA 4PBGA 4HA4A 4CCCA 4KRUA 1Z32X 3MMWA 3WUGA 1ISVA 3CMGA 1GVIA 2YLLA 1JXKA 2V5CA 1E6ZA 1L0PA 1UWTA 1US3A 3VUPA 4P7OA 3KL0A 2E9MA 3CMJA 3L2LA 1M01A 3WQ8A 1F4AA 2D3LA 5I5RA 4MADA 3OLGA 2V3GA 1UD2A 3I3DA 4LGXA 2WCGA 1GCYA 3GNPA 2BXYA 3NUKA 3GYCA 3SUWA 3U7BA 3GH7A 2WVSA 2AAAA 1UD4A 1PX4A 3W24A 2A3BA 3DHUA 3VIMA 3BC9A 3AIVA 4JZ5A 3WBAA 5DFAA 3AZSA 4MNJA 3WMBA 5F7UA 1PBGA 2EBNA 5A1AA 3RJXA 2DT3A 3E1F1 4BQ3A 1FOBA 3GM8A 5CLWA 2W91A 2E9LA 1Y7VA 3PZ9A 4HPHA 2VX6A 3II1A 1UKPA 3CPUA 4W8LA 4AYSA 3M07A 3K1DA 4AEFA 4C7GA 2V3EA 1GONA 1H41A 1UR4A 1DWGM 3GNRA 1EDTA 4JCMA 3VX1A 3CUIA 3VIFA 2JF7A 2WZIA 2WKLA 4JKKA 1E3ZA 2XM1A 4H2CA 1CIUA 1E6NA 1NOUA 2RGLA 4U5IA 3AMKA 3WF1A 4GZJA 1OWQA 2DSKA 3CUJA 1XSJA 4PCSA 4WKFA 3IK2A 4P7RA 3HN3A 2XWDA 3FN9A 1BVZA 2YA2A 4BQ2A 2J4GA 4FLQA 1J18A 5CJ5A 3WDPP 4M56A 5A8OA 4S3JA 3CHEA 5JIPA 3ZOAA 1E0XA 5ABEA 2CHOA 1LL6A 3KL3A 4MDPA 2XGIA 3OA5A 3M7SA 1TE1A 1ZU8A 1UR1A 3ZT5A 1TG7A 2TAAA 3MO4A 4E8DA 1EHAA 1H4PA 1J10A 3AIRA 1W32A 1XYFA 1CLXA 3LPFA 1OSEA 2F2HA 1ITCA 4GINA 1TMQA 3PZIA 3QR3A 4AZ6A 3CUHA 3WQ4A 5BYWA 4AD4A 1MFUA 1K9EA 2O9RA 3FNDA 4MAZA 1JDAA 3UG4A 1VFFA 2FDMA 4MPKA 1PZ3A 5FL1A 4ATWA 5DMYA 2J8FA 4FLOA 1W2VA 2BFGA 2UY2A 3ZSSA 4UNIA 1VRXA 4KGLA 1PEZA 4W88A 1O6IA 4WJXA 3RILA 1UD8A 1CGVA 1SFSA 3A3HA 1R7AA 3VKKA 2ZWZA 2WWCA 1E6RA 1QNOA 3ZJ7A 4HA3A 1I1XA 4PUEA 1XRVA 1UHVA 3VIHA 1OGBA 2BVDA 4D6FA 3KZSA 4V27A 5M03A 4AZ5A 5CLTA 1RP9A 4JL1A 2DDXA 2EEXA 1BVNP 5ECUA 1WE5A 1BGAA 1UYQA 1Q6DA 2ZUNA 2W5FA 3QOKA 1QNPA 4CU8A 3AQUA 4IISA 3WEOA 2PWHA 1CGXA 1NP0A 2A3CA 1IT0A 1XV8A 1EA9C 5D9NA 4D6HA 4AXNA 2XTKA 4U2YA 2YOCA 3OBAA 1G94A 1UZ1A 3WNOA 4J27A 3T0BA 2FGZA 5D8WA 4NRSA 3FHAA 2YLAA 2VZUA 5CGMA 4AIUA 3WMSA 2VX4A 1TCMA 3WL1A 2BY2A 1DWAM 4CN1A 4MNKA 3KEHA 5A6AA 5IHSA 2D24A 1CLVA 2JE8A 1CGYA 4F8XA 3PZOA 4URIA 5LA1A 1H1NA 1MYRA 1HNYA 7TAAA 3AS1A 1E55A 1MW1A 4JAWA 4UQ9A 3W38A 1J11A 4CD7A 2DSVA 4HOXA 1V3LA 3RM9A 1QNSA 5BXTA 4CGTA 1ODUA 1JZ3A 1HJXA 4NZCA 3N18A 5HBFA 3RPMA 1IZKA 3ZJKA 1OGSA 4AD3A 1C93A 2ZE0A 2OSWA 3PHAA 2XGBA 2PBOA 1BAGA 1ODZA 1R86A 5FIPA 1P6WA 1LL7A 3VD7A 2J77A 3QHOA 6CGTA 1MFVA 2WANA 5BROA 2J79A 3O6AA 3SIMA 2JEQA 1LWJA 4E4PA 1FA2A 5E0FA 2VQUA 3KWXA 3POHA 1W1TA 3LPGA 5A2BA 1C8YA 1LL4A 4LYPA 2XPKA 1KWKA 4AD0A 2BY3A 2VR4A 1CGWA 5IHRA 1LF1A 2DGAA 2WMIB 1MWOA 1VFUA 3L4WA 4AD5A 2WW5A 3TONA 1PPIA 1PAMA 2G3JA 1UA7A 2WHKA 4J7RA 4BCEA 5A8NA 1E43A 2ZUTA 3EMZA 2VMFA 3T08A 4BF7A 1E73M 2UY5A 1UKQA 4WSKA 4IM4A 2FH6A 1IZJA 2VRQA 3RJYA 1UR2A 1JYNA 5GNZA 4TTGA 2NT0A 3THDA 3PZVA 2J8GA 2WCSA 3BMVA 3VU2A 3WFLA 2GVYA 1C8QA 2ZUUA 1ZJAA 3NCOA 1JFXA 1EIBA 3W37A 1V6YA 1W1VA 1EO5A 1H2JA 2XVKA 4EE9A 5A94A 3BAKA 1D3CA 1V6VA 2XIBA 3I3EA 2J7CA 1R87A 1V08A 5DT5A 1J0JA 3CIVA 1B3WA 1GJUA 2BVYA 1C91A 1GHRA 1LQ0A 4IPNB 4MJ2A 4PTVA 5A69A 2W92A 3HMCA 1EOKA 3OZPA 3WDHA 4Q7NA 1V6WA 1GQKA 1KXVA 1GOIA 1OIFA 4PYSA 1EO7A 1DWFM 2GJRA 4P8VA 1C90A 4JKLA 2WMIA 1ISZA 4XV0A 2D0FA 1WAWA 2CERA 2A3EA 2A3HA 1OB0A 5A3HA 3BCFA 4GXPA 1ZJBA 3OG2A 4D1JA 3BSGA 2WK2A 4S3KA 2BHZA 3RM8A 3T09A 5BXSA 4L4OA 4PSPA 1HVXA 1MQPA 4D72A 2D2OA 5I0DA 3CUGA 1K6AA 1HVQA 3EMCA 1HT6A 1JYVA 2DQXA 3MMUA 3AXXA 3AI0A 1YQ2A 1EDGA 3B9DA 1R85A 5EB8A 4B16A 3K4DA 1KR1A 1XH0A 4MTVA 1CENA 1QI4A 3QOMA 1E15A 2IUZA 4WKHA 5DF0A 2W67A 3SCOA 4Z2HA 4KRTA 2CNCA 4ZE4A 2WSKA 5CGTA 5IDIA 5TD4A 4A3HA 1JNDA 2YL6A 4FMVA 5HNNA 2W4XA 5I78A 3AXIA 1Q6EA 2WMJA 1PIFA 1XSIA 2DH2A 2WC4A 1JD9A 1HKKA 3PTKA 5E9AA 5M5DA 5D9MA 3GDBA 4PCTA 5HPOA 1HL8A 1UUQA 3VPLA 1JFHA 2Z1KA 1W3HA 2DT1A 4M8UA 2QMKA 1MXGA 3VD4A 2DIEA 4AMCA 4HOWA 3WH7A 4FLRA 4H8UA 1GNXA 1GZJA 3WUEA 4H41A 4PMOA 3DC0A 1EDQA 1JDCA 1UZ4A 1DHKA 5GNYA 3N17A 2FHCA 3W6LA 5GNXA 1ECEA 1V6UA 1UQYA 2O9TA 4N0RA 3IJ9A 1VEOA 4PMRA 3D3AA 1JAEA 3SCTA 1XD1A 1B90A 3BCDA 4MAVA 1GOOA 3WMCA 3ECQA 3TTQA 2CESA 5HOSA 2VX5A 3WQ6A 2CITA 1V0LA 3WDQA 1W1YA 4P7NA 2WSPA 3BH4A 1WZAA 1B1YA 3WSUA 1QPKA 4P8WA 4W84A 2Q8XA 1JZ2A 3A4WA 4W86A 1ITXA 1V02E 3IAPA 1UOKA 2DEPA 2HISA 1E0VA 4L4PA 2ZWYA 5E6YA 4HP5A 4PRWA 3WF4A 4AEEA 4KWUA 1JYXA 5EFDA 2VL4A 2J7EA 2X1IA 2OSXA 3CTTA 3IANA 1J0YA 1M7XA 4OBRA 4QCEA 5D9OA 1UD5A 4WLCA 3WQVA 1BQCA 5CPSA 1DWJM 4FK9A 1D7FA 3WH8A 2PWEA 2WBGA 1HX0A 2BXZA 3VVGA 4OOZA 4B9YA 1MQRA 3OGVA 1QNQA 5AC4A 5DO8A 1XD0A 3N13A 4M29A 4F9JA 3F5LA 3SEPA 3T2OA 1E4NA 4V2XA 4TOQA 1JD7A 2BHYA 5HPCA 2E8YA 1C8XA 1HN1A 1HJVA 4HMDA 4AZGA 3AIUA 4ATDA 3PN8A 3WH6A 5CPQA 4MDOA 1YHTA 1OM0A 3L4YA 4K68A 2BNJA 3CH9A 4GPNA 1W2PA 3AS0A 3GH4A 4Z2KA 3CZLA 2CHNA 3AHVA 1H0GA 1UWUA 2C7FA 4X0VA 4OBSA 3N1AA 3OGRA 1AQHA 4UTFA 2GJPA 4PUDA 4H7VA 5A8PA 2ZIDA 2VTFA 2OYMA 3ARXA 3MUZ1 4TX6A 3K8LA 4OIFA 3ARYA 4UFIA 2YL8A 1UKOA 2VVNA 3AMCA 1DWHM 1BSIA 3EDEA 1B3YA 3MV11 3UEQA 1TUXA 2W62A 1Q6FA 2JIEA 2D23A 1CDGA 3VOCA 1E1EA 3VDBA 1GQJA 1QHZA 2Y2WA 4BQ5A 1DP0A 1OD8A 3MUIA 5BXRA 5D9PA 3SURA 2GFTA 1QOXA 5JIWA 1KXQA 4P8UA 4PEEA 2FGLA 3TTYA 1CXFA 5M17A 1A47A 4TVUA 3O2LA 3ZR6A 4TTUA 2YDSA 2CXGA 5LA0A 1HIZA 2C8NA 3MUAA 4HTYA 3FHQA 3B9AA 3ZQ9A 1E5JA 4Z2JA 4GO8A 3UG3A 3UCQA 4DWSC 5A2CA 1F4HA 2VR5A 4HU8A 1OT1A 3O9NA 1WPCA 4BQ4A 1HL9A 1GVYA 3CHDA 1SMDA 3VD3A 4B3KA 4XZBA 2Y5EA 4J3TA 4PSRA 3IJ7A 1B31A 2ZOXA 4KH2A 1UWRA 3SCPA 1RD6A 2QLYA 2B31A 3GBDA 4W93A 3HJEA 3ZT7A 1BLIA 1W1PA 5I2UA 3EBVA 1TFVA 4NSBA 2XUCA 4B15A 2XM2A 4W8BA 3AHTA 5LYRA 4EKJA 1JXJA 3UR8A 2XVLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4AD1A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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