2YW4A

Crystal structure analysis of the 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase/2-deydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase from tthb1
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MDPLAVLAESRLLPLLTVRGGEDLLGLARVLEEEGVGALEITLRTEKGLEALKALRKSGLLLGAGTVRSPKEAEAALEAGAAFLVSPGLLEEVAALAQARGVPYLPGVLTPTEVERALALGLSALKFFPAEPFQGVRVLRAYAEVFPEVRFLPTGGIKEEHLPHYAALPNLLAVGGSWLLQGNLEAVRAKVRAAKALLSP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Thermus thermophilus
publication title Crystal Structure Analysis of the 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase/2-deydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase from TTHB1
rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase/2-deydro-3-deoxyphosphoglu
total genus 65
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date 2007-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01081 Aldolase KDPG and KHG aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yw4A00
5AYXA 4LOCA 2JK2A 3B0PA 3QPYA 5F2IA 3ZWTA 5HJLA 3INPA 4M19A 3CEPA 5E1QA 2XN2A 1QO5A 1QOQA 1V5XA 4DO6A 3W70A 1VLIA 2XFWA 2YDAA 4WQ6A 1AW1A 3NQMA 3MMTA 1K7FA 1QDSA 2TMDA 4JTIA 4XKYB 1MEWA 2P1FA 4A29A 1VZWA 3GDTA 1JQVA 2IQTA 4AHPA 2JKAA 5L6UA 4UTMA 3ABQA 1VYSX 4M7SA 1F5ZA 3C8FA 2ZZ6A 1MEHA 4IX0A 1ZNNA 4YL2A 4UTUA 1F74A 1WAUA 1K02A 3N9RA 4BFAA 3QYQA 4O19A 2NXHA 1OX4A 3HGJA 4KWVA 3SI9A 2CLMA 3I6RA 3G1DA 4FNQA 3PF3A 1XI3A 1G67A 1OABA 1B3OA 3NR0A 5FEXA 3R5EA 4IMGA 4AWSA 3NXFA 1TJPA 2E5CA 3L67A 5TBOA 2C14A 3FKKA 1YTKA 4WY0A 2RHGA 4HPXA 1MEIA 1F6KA 4O8RA 2JBMA 2Q8LA 4YCOA 1TPEA 2ATSA 2DZXA 1UCWA 4QISA 3W1TA 3NL3A 4DXVA 1HFBA 2A4AA 2C3ZA 2RKXA 2NWSA 3DFQA 4JYDA 2WKJA 5J5RA 4O11A 1F6PA 1WBHA 4Y6GA 1S5TA 3C3NA 4ORIA 4U28A 4K39A 1EP2A 4X22A 1XXXA 2QJHA 3UYCA 3NPUA 1TPDA 5DY3A 1D9EA 4UTTA 1WBJA 3ELFA 4BF9A 2H8ZA 4HSNA 4Z1CA 3OBKA 2QCDA 1PS9A 3GDMA 4O14A 3HB9A 5E93A 3SGUA 5BMXA 3CM4A 2X2GA 4M5PA 1Q45A 3P67A 2R14A 3MWAA 3TCEA 3PM6A 4IPIA 1DHPA 4OWGA 4NUWA 4NJGA 4ICNA 3DXIA 1N7KA 3MBFA 1VHCA 2VEPA 3E0IA 5KZDA 4TIMA 3SY5A 2VEKA 4D2JA 1HG3A 3UD6A 2V81A 1QFEA 4N6FA 4Z1DA 1LROA 2DZUA 4UXDA 4LS1A 5LNVA 1Z48A 3NL5A 2KZHA 3G0SA 4MY1A 2GVLA 3TNOA 4UFKA 2PRHA 4MKNA 3B04A 3TDFA 4E0CA 4I7VA 3TH6A 1H7XA 4MZ8A 1XC4A 4MVAA 2WOQA 4R53A 3W7IA 5BRBA 3R13A 5F2GA 3RMJA 5CPOA 1VCGA 4ADTA 1D3GA 2E6FA 2CZFA 3W75A 3QRHA 2NX1A 5EKYA 5H2ZA 2WSRA 1W3IA 4LVBA 3WK1A 2FPTA 1O60A 2YCEA 2GVGA 1EWDA 2YR1A 1J2WA 3O6DA 4UFMA 4BR1A 3W7KA 2PE4A 4IX2A 3V1PA 3QFEA 2A7PA 1XBZA 4UR8A 4XWUA 3KVJA 3EWZA 3W22A 3TJLA 3KFTA 3A22A 1SZFA 3NQEA 4O1CA 4R7JA 3W84A 4RZ6A 1OFEA 4N02A 2HTMA 4CLMA 1SZNA 3PY2A 3MHUA 3TXZA 3HPSA 5A8GA 3NGJA 3S5OA 4LUIA 3I65A 3TSMA 1KM6A 1NF7A 3SW6A 5HMSA 1YADA 4Z1AA 5EA9A 3PBVA 1TV7A 1I8JA 4NVTA 1GPWA 4UFLA 1T0OA 2QKFA 1OX4B 3L68A 4MZ1A 4K38A 1ZJIA 5HNRA 3NDOA 2YSWA 1ICQA 4L4MA 1DQWA 5D04C 4Z0SA 1OK6A 3IIPA 3TA6A 3UXAA 1VJIA 3M5XA 4IWWA 4UFJA 4WY0B 2DU2A 4EVZA 3SGZA 1L2UA 1KFCA 2CZEA 3RFAA 3UWUA 4KKXA 3S5ZA 1BWLA 3Q2DA 3LBMA 3MI3A 4C1KA 4IXXA 1AW2A 1OJXA 2ISSA 1H7OA 3FOKA 4AXKA 3STEA 4EF9A 3LXCA 3M44A 1IXPA 1YDOA 3NYZA 4AMAA 2ZZ5A 4JX5A 2QR6A 2Y6ZA 2CLEA 2V30A 2VENA 1PCKA 1S5WA 3NL6A 3HGOA 3TSDA 1ZFJA 2I1OA 1KM2A 4I9AA 4DF2A 2NWRA 1OFPA 5AFDA 5AOUA 2QCDB 3DENA 4A22A 1B9BA 1QCWA 3EWYA 3O1NA 1VQTA 1DV7A 3KX6A 5D05A 4JTGA 4TR9A 2GQAA 2Z6JA 4O1DA 4E2BA 4AAJA 5C2XA 3A23A 2W6RA 3WJWA 4ZQCA 3IV3A 1R30A 1XDMA 1FCQA 1SO3A 1NSJA 1ICSA 4ZMGA 4ZZ9A 4JYEA 1JJKA 3PG8A 1JULA 4FNSA 2RH9A 3PULA 3KVKA 5GVJA 3VE7A 1JRCA 1A53A 3O8AA 2TPSA 4Z08A 1O5KA 3P62A 3C0JA 5AHMA 4HNUA 4EIVA 4R34A 3QEZA 3JR2A 5FF4A 3BARA 4DQWA 3O63A 4HHPA 1NF0A 3VCRA 1GVOA 1UBSA 2QCEA 3G18A 2FLIA 3GAYA 3IIZA 2C1HA 1W3TA 1B4KA 1P0KA 4HSOA 5I3KA 5G2WA 1QR7A 2NV1A 3ZWSA 1G7UA 4ORMA 4LNYA 2QJGA 3UWYA 4GUFA 4AHOA 1F05A 3JS3A 4Q33A 3W7RA 2V0TA 5C5YA 4GE8A 4O57A 3PB0A 4LVAA 5IBXC 1WV2A 1ONRA 5F2LA 2NUXA 4H4IA 3A5FA 4NNCA 1OX6A 2BWGA 2BTMA 5G2HA 3E96A 4WOZA 5CSRA 3W1MA 4O15A 3NAVA 4LVDA 2YFNA 4MLRA 3S6DA 3L9CA 1PHWA 5HWJA 1KFBA 2TSYA 3KVMA 5I3GA 5D02A 4Y9AA 3TQ0A 1PIIA 2O7QA 4KFPA 1OVDA 3DFOA 1WX0A 3LV5A 1HO1A 5FEWA 1H5YA 2CLIA 4O16A 5DXXA 2AAMA 4YXGA 1SO4A 2QCNA 2VKZG 3TV8A 3IVSA 1Q6RA 4HKPA 4OBTA 3ABSA 3W7PA 5AHNA 3W2NA 2CWNA 3KAOA 2B0MA 2FB2A 4MYXA 3KXQA 5ABTA 2RDWA 1LLWA 1TQXA 2PRLA 5G4EA 1XUZA 2NUWA 3GYEA 1FWTA 2J88A 2NX9A 1W31A 1H1ZA 3NVTA 3NO5A 4M6VA 3O07A 1LM1A 4O0ZA 5D2YA 1GG1A 3UWQA 4KFOA 2X30A 2C18A 4IMCA 3UPWA 5F1VA 3S1WA 4JGDA 4IXHA 1SFJA 5EPDA 1QMLA 3IGUA 3G1SA 3K30A 3W7EA 1VLWA 1ZHAA 5CSSA 1YTDA 4OT7A 4UIOA 5BOOA 2A6NA 3W1AA 2F84A 4K8EA 3TU9A 3W7GA 3BW4A 1AL8A 2ABAA 2QUTA 1EEPA 3LB0A 1SFLA 2YXGA 4XBKA 4OGZA 3W6YA 4HNTA 2C16A 4GUJA 4JIPA 3C2OA 4UTJA 3TMQA 2AQWA 1Z42A 2HMCA 4EOUA 3EXTA 3HO8A 3QW3A 3I7QA 4IJBA 4JTJA 2GVJA 4IMFA 1ZENA 3ATZA 3NQAA 3DKJA 2YZRA 1K8XA 3CHVA 1XBVA 3M41A 1O94A 3S0CA 2RDTA 4JTHA 5AHLA 5CZTA 3W7LA 2DZVA 3TFCA 2V5LA 2ZZ3A 1TO3A 2YX0A 3LHTA 2NXIA 3QQ0A 5IBXA 1TV8A 4XTIA 3W7DA 3LCIA 3M0ZA 3EX3A 1U5JA 3HG4A 1SW7A 1Z44A 4DF1A 4HN4A 3KRSA 4WZHA 3UZJA 1TRDA 3DFPA 4N6EA 2ZRUA 3EWWA 4FNRA 4O28A 3CPRA 3PR2A 4Y96A 2DJLA 4NX5A 3CEUA 3W83A 3W2UA 2ATMA 2VELA 3TUUA 1GVRA 3W1UA 4RX0A 3PWAA 1KTNA 4G1KA 3S5YA 2NXGA 2Q3RA 2OX1A 2QCCA 4JYFA 5DXYA 3L21A 3LV6A 3PS7A 3W87A 2X1RA 1I2OA 1W5QA 4NZFA 3GKAA 2ZTJA 2WPBA 4PC8A 3M9YA 3P84A 3H53A 3NM3A 1TRIA 3NQFA 1XM3A 3CU2A 3IIVA 2EPHA 4TU1A 2OCZA 1W3NA 3TR2A 3GAKA 3UWZA 1EUNA 3B03A 3VKJA 3Q37A 4WD0A 5J5DA 3P60A 2GPTA 1U83A 3BG9A 3HGSA 3W2MA 5KTLA 5AC6A 4BI6A 3R12A 2CU0A 1XKYA 3HF3A 5G1YA 5LNRA 5AYYA 4PEKA 1JCXA 3NPWA 1JVNA 2EHHA 1IGSA 1W5OA 1WOAA 1B4EA 1FY6A 1OF8A 3W7QA 1TPH1 3W7OA 2VFFA 3MHFA 4IMEA 3IGSA 1KBIA 4K6AA 3CIXA 1UUMA 4FIRA 3M43A 3WJYA 1G4EA 2JGYA 1DORA 3W85A 4Y8FA 4RV8A 3NOEA 2PC4A 4IQLA 1WA3A 3HG5A 3IIOA 4FX8A 2O7SA 1YTEA 3I68A 3LLFA 2ALDA 2XN0A 3FS2A 4JICA 2ISWA 4HNNA 1TSIA 3W9ZA 1L9WA 2VOMA 4JY9A 3PBUA 1R2RA 3M5YA 3GNNA 1QPQA 2ZA1A 5D2VA 3UZ5A 5DN1A 1J5TA 2YGYA 4RLIA 5FEPA 3EB2A 4JX6A 1LRNA 4O18A 4GJ1A 2FDSA 2J9XA 3BK0A 3LOTA 5D33A 5G4WA 4LC8A 1C8VA 4UTHA 1DKWA 3PC0A 4C1LA 3EXSA 1WXJA 3LGEA 4WJEA 4WOQA 4O4WA 1TYGA 1L6WA 3B8DA 4MZYA 4WY0F 2LLEA 3LXAA 4MIMA 1JCYA 1FDZA 1LORA 2C19A 3MI6A 3NQVA 3QMRA 4DBEA 2NZLA 2QDHA 3MO7A 4NJKA 4YLWA 3O05A 2NLIA 1OYCA 3E02A 2X16A 4UR7A 2I9EA 3G8EA 3DAQA 3HPZA 4Q32A 4IUOA 4MYAA 3LCLA 3OVRA 5DCEA 3R89A 3CLMA 2ZRYA 2E68A 1KBJA 2G96A 4ALDA 3THQA 1HL2A 2QAFA 3HG2A 3BLIA 3DHFA 3W73A 1K7EA 5G2IA 4JTTA 1XL9A 4CQ8A 2ZRXA 5U4NA 1O95A 1GYLA 1X7FA 5LNWA 1UJPA 4POCA 4HPJA 1D3HA 2EF9A 3UWVA 3WK0A 3QF0A 1GVSA 3B06A 2ZYFA 2R8WA 3D0CA 4PA8A 3NG3A 3W76A 4FX6M 3W2JA 3IIXA 1EP1A 4FEZA 4JTEA 1GEQA 4PODA 2ZBTA 5F1UA 1HO4A 2Y70A 1TPFA 2V5BA 4AWTA 2WQPA 1K8YA 4DBDA 4HNVA 2VEIA 4S1FA 3CTLA 2YW3A 3LHUA 5D03A 3SIZA 3W72A 3CWNA 3BW3A 1EWEA 3C2RA 3C61A 3EX6A 1M7PA 4FXRA 5CPMA 2FPYA 3TJXA 1IXOA 1H60A 4K8HA 3MP4A 1G69A 5LNSA 3TW7A 1VC4A 3N2XA 1FBAA 5FF7A 1GTEA 1Z41A 1W37A 2NV2A 4MFDA 4AHQA 1G7VA 1WDWA 1FXPA 3KOFA 3MP5A 4MY9A 1G4SA 4ZQPA 1SO6A 3A24A 3PVFA 3G1XA 4DELA 1LDCA 1I45A 3TIMA 3EEGA 4A3UA 1AW5A 1JQXA 1GVFA 2Y7DA 3GR8A 4RR4A 3UQNA 2QCHA 3B4UA 4I7WA 5KMYA 4JD4A 2NUYA 3PBYA 3HPXA 4EF8A 4O17A 1PE1A 4NT0A 5HINA 3M47A 4NJJA 5G5IA 5AYZA 1W56A 1VGAA 1QPOA 1NVMA 5EL1A 3HQ1A 2PRMA 4P2VA 4ADUA 1B57A 5KZMA 1RZMA 3CQ0A 4JTKA 3WFAA 5AB3A 4Q4KA 3G1FA 3USBA 4K7VA 3SZ8A 2V82A 1GVQA 3CT7A 4Y90A 3U2OA 3UWWA 1TPWA 4M7TA 3P8JA 3NQ2A 1KV8A 4BI5A 3FFSA 5D2WA 3O16A 2H3DA 3EKZA 3VFLA 3GLCA 1TTJA 4LUJA 2Z0IA 3T78A 4N4QA 3GZ3A 4BK9A 3R8RA 2B7OA 3S42A 4LWWA 2QJIA 1DL3A 3N19B 1OFOA 3HOJA 4DPQA 2DZTA 2V8ZA 3QW4B 5AHFA 2YPIA 1KM0A 1KTBA 3LCXA 3DZ1A 5U7SA 3P81A 4IMDA 5DY2A 1I2RA 3G1YA 4CQ9A 2QCMA 4IOTA 4XQ6A 3VNDA 1AK5A 4E38A 3C56A 1QAPA 4TMBA 4K36A 1F73A 4DO5A 4JXCA 1R2SA 5TIMA 1IIGA 5CZJA 5AHEA 4JTLA 1TMHA 2B7PA 1N8FA 3KRZA 1YDVA 3EX4A 3LI1A 5C6MA 5FESA 1JRBA 2XN1A 3LLDA 5K3VA 1RV8A 1IXQA 3QM3A 3N9SA 3Q94A 1ZCOA 3LRLA 2Y88A 4NU7A 4YWIA 3W1XA 1Q6OA 1JUEA 1T96A 3SR7A 3TAOA 1DOSA 4CCCA 2HS8A 3P80A 3W7HA 3TQVA 1EUAA 1ZAJA 1BWKA 2A0NA 5DCDA 4UUIA 2X1UA 2CLKA 1H63A 1LP6A 1YPFA 3W7NA 2GQ8A 1LRTA 3C2VA 2ZRWA 1DJNA 4RZ5A 2E5DA 5HQEA 3TQKA 3G22A 3NQGA 2J27A 3L2IA 3M6YA 4N2YA 2PCQA 2ZRVA 3FEMA 4E2DA 1VH7A 3HIJA 3N14A 2Z1BA 4UC5A 4WXYA 1S5VA 2ZDRA 4JN6A 1TIMA 5G1TA 5K9XA 3MBDA 4RXFA 3G1AA 1FX6A 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 3AO0 A;  3N3M A;  1KW1 A;  2BXV A;  3IVT A;  3TSB A;  2CLL A;  3KRU A;  2ABB A;  4QAI A;  3BPW A;  2C0A A;  3C2E A;  1Y0E A;  3OA3 A;  1YDN A;  3SSJ A;  1KA9 F;  4HT3 A;  5D2X A;  3GND A;  3DFT A;  5DCB A;  4BWL A;  3PB2 A;  2B7N A;  3OVQ A;  1CX9 A;  3NZR A;  4LS0 A;  4CCE A;  5L9F A;  3W07 A;  1YXC A;  2YYT A;  1QPN A;  1TB3 A;  3MJY A;  5EYW A;  3SEC A;  3T40 A;  1I2N A;  5EY5 A;  3BVJ A;  4HIB A;  3N34 A;  2R94 A;  1QPR A;  4AVF A;  3P82 A;  5DBU A;  1H51 A;  3RK8 A;  1RD5 A;  3NEV A;  3UND A;  2C13 A;  2E6A A;  4O13 A;  2DZS A;  4UTT C;  5CZ0 A;  4RJE A;  3RLU A;  3UPB A;  1OF6 A;  3GXT A;  5HUP A;  5F2M A;  3W71 A;  5CZS A;  1WOB A;  5CGQ A;  1TRE A;  1WQ5 A;  5F4W A;  3S8H A;  3QQ1 A;  4AH7 A;  3DHD A;  4H6K A;  5CG7 A;  2WO5 A;  3CIW A;  4NZJ A;  3W7C A;  2CZD A;  1QOP A;  1RR2 A;  4JTF A;  1OX5 A;  3MYP A;  1PV8 A;  2J24 A;  2WNQ A;  1VPX A;  2EAW A;  2QAP A;  3QMS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZWY A;  4K1W A;  1CCW B;  4LOC A;  4GPN A;  3B0P A;  3QPY A;  4UR9 A;  3WEL A;  4GD0 A;  3UZW A;  5CC6 A;  2FHC A;  3WBA A;  2D24 A;  1PPI A;  4M19 A;  4LEF A;  1PZ3 A;  2Y2W A;  3TOP A;  3VDC A;  5PTD A;  3RHG A;  2WMF A;  2G3F A;  5HPC A;  1W1V A;  2A79 A;  4EAC A;  4C6M A;  5CXP A;  4QX4 A;  3C8F A;  1SFS A;  2XSX A;  1BXB A;  3KBW A;  3OYX A;  1K02 A;  3N9R A;  3QYQ A;  2NXH A;  1JPM A;  3CIV A;  3SI9 A;  4V2X A;  3PF3 A;  1G67 A;  3FVM A;  1J0H A;  3NR0 A;  4D9P A;  3EDD A;  3NXF A;  1HW6 A;  5HXM A;  2C14 A;  3BC9 A;  3VOH A;  1A0C A;  1J8V A;  3FKK A;  4C5Z A;  2WHL A;  4C6N A;  1EOK A;  1KQZ A;  4EXB A;  3N3T A;  2QJM A;  1IHI A;  4YCO A;  3T9P A;  3QV9 A;  2ATS A;  2DZX A;  4DXV A;  2A4A A;  2RKX A;  2NWS A;  3SIM A;  9RUB A;  1CGU A;  4H9Z A;  2IKG A;  4TV5 A;  3VA8 A;  4ORI A;  5HPO A;  1CEO A;  3R43 A;  3H2C A;  3UYC A;  3AFB A;  5A6A A;  5A8M A;  2H8Z A;  3CQK A;  1MXD A;  1PS9 A;  3IJI A;  4O14 A;  5E93 A;  5BMX A;  3B40 A;  2X2G A;  3MWA A;  3TCE A;  3PM6 A;  1A3H A;  4BKN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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