3JR2 | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	TKPMIQIALDQTNLTDAVAVASNVASYVDVIEVGTILAFAEGMKAVSTLRHNHPNHILVCDMKTTDGGAILSRMAFEAGADWITVSAAAHIATIAACKKVADELNGEIQIEIYGNWTMQDAKAWVDLGITQAIYHRSRDAELAGIGWTTDDLDKMRQLSALGIELSITGGIVPEDIYLFEGIKTKTFIAGRALAGAEGQQTAAALREQIDRFW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Vibrio cholerae
publication title	Crystal structure of the Mg-bound 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 rcsb
molecule keywords	Hexulose-6-phosphate synthase SgbH
total genus	76
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-09-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3jr2A00

1P4CA 2HTMA 4TIMA 3B0PA 2RHGA 3FLUA 1O94A 1OFEA 3U6WA 2AQWA 2E09A 4HPJA 4JTTA 3S42A 4TMCA 3LM7A 1LDCA 2I9EA 2C0AA 3MP4A 4LS0A 4Z1DA 3G0UA 1TPH1 3UWQA 2B7PA 2QUTA 3LRKA 3O63A 3UPBA 3DKLA 4HIBA 3SGZA 4XKYB 1SO3A 3UWWA 1MEWA 3KVLA 3TFXA 5K9CA 3G1AA 5AHNA 2NXGA 4IX2A 1VYPX 4R34A 1OYAA 1YXYA 5AHEA 3NG3A 3M43A 1P1XA 3QZEA 2V9DA 1D9EA 5AHIA 3W1TA 3GDRA 3QMRA 1ZALA 4UR8A 4NNBA 3LHWA 1AG1O 1SO4A 2WJZA 3UQNA 3W7HA 3UWYA 4JTIA 4KFNA 3CEUA 2VFGA 6ALDA 1OHLA 2LLEA 1PHQA 2P1FA 5HULA 3JS3A 3QH2A 3PY2A 4BF9A 3NZRA 3G3DA 1VYRA 2ZA2A 1IIHA 5DCDA 3C2RA 1LRNA 3QSRA 4GNJA 3TIMA 4UFMA 3TQVA 5LSMA 1A5BA 2ZRXA 5CGQA 3M5YA 1QPQA 3W2NA 1W5OA 4GUHA 3IIXA 3EXSA 3NQCA 4GUGA 2GUUA 2PCQA 3CQ0A 4QJ1A 5DXXA 4MKNA 1NAL1 1B57A 1YPFA 2CLKA 2HSAA 3GKFA 1G4PA 1KFBA 3BLEA 3LX9A 2CZFA 3ABRA 4O12A 4BK9A 2DZTA 2FPTA 3GAKA 3LRLA 3O05A 4JX4A 3ZR4A 3TW6A 4WX2A 5K7JA 2YYUA 1Z41A 1RPXA 3SY5A 3TX9A 3KVJA 4XZ9A 2VFHA 5KMYA 1HG3A 4IJBA 3B03A 1A5SA 3EX1A 4K6AA 4I7UA 2QCFA 3ATZA 3SGUA 4O4VA 3CLMA 3K30A 4MUZA 1KTNA 3NM3A 3JRKA 4K7YA 3YPIA 4ADSA 2R14A 3WK1A 3GYEA 4N9DA 4LC6A 5L6UA 1BWKA 3DFSA 3NO5A 4MFEA 1C8VA 1W37A 1JCJA 3NEVA 1OG0A 4DPPA 3GKAA 3USBA 5FF2A 4O4WA 3FYOA 2WKJA 3LBCA 2PRMA 3HPXA 5K9XA 1NSJA 3P61A 1T0OA 2C14A 1YXCA 3UD6A 2RKXA 3L5LA 4RXFA 3V1PA 4AHQA 5HUPA 5EL1A 1VC4A 5HWMA 5C5YA 2NXIA 3STCA 2H3BA 1EWDA 1R2TA 1X1OA 3FJLA 4Y90A 2QEZA 1YDVA 2PC4A 4FNPA 1F05A 3GXTA 3GK0A 3SECA 4FNRA 1TTJA 4MJZA 2VKZG 4DF1A 3TAKA 4N2YA 3QW4B 1WXJA 4UIOA 5DBUA 4ZZ9A 3L68A 4FB7A 3MP5A 2QCDB 5LNRA 4A2SA 1KM6A 4JS3A 1WQ5A 2B7QA 3TMLA 3CC1A 3QMTA 1JVNA 1ZAJA 3W1XA 5LGZA 1FQ0A 4EOUA 3VKJA 3MP3A 3CEPA 4O57A 3MI2A 4M6PA 2E6FA 3BPWA 3QC3A 1SZNA 2QCMA 3W71A 4H4IA 4JXCA 4R33A 3BLIA 2EGZA 1A5CA 2KZHA 3NYZA 3C8FA 1PIIA 3MYPA 4OWGA 2R91A 5D38A 5DN1A 3EWUA 1VPXA 2YYTA 4IMFA 4N6EA 3S5OA 1HTIA 4JYDA 4O1AA 3DFOA 3P7YA 1G69A 1OF8A 3BO9A 1PL9A 3PUEA 4RV8A 2PURA 1OJXA 2TYSA 4GXMA 1DVJA 1QOPA 4WUIA 3LXCA 5D30A 3UXAA 5FF3A 3S9YA 3HBLA 1FDJA 3IGUA 1G7VA 1RQEA 4OT7A 3A23A 1OYBA 3LV5A 3H53A 4LS1A 4FIRA 2C19A 3RF9A 3CM4A 3DFQA 1FY6A 3E12A 4N6FA 5C6MA 3A5VA 3LDVA 5AYYA 5L9FA 3R2GA 1H62A 3WK0A 3A21A 3BG9A 1LOQA 2QDHA 5G2WA 2TRSA 3EXTA 1SR9A 5U4NA 3CT7A 3NPVA 1M6JA 4YCPA 4IPJA 5DCEA 5F2IA 3BW3A 1EUAA 3O6CA 3DKJA 4UUIA 3FJ6A 3HJZA 1H7XA 1CI1A 4AWSA 4RZ5A 2E1DA 4LV4A 4DO6A 3QMSA 4RX0A 1TPVA 3HB9A 1RV8A 4AXKA 1SSGA 2X2GA 4IQLA 1VHNA 3M0ZA 3TR2A 1UUOA 3MHGA 5CZJA 4O16A 3TQ0A 4UTMA 1Q6RA 5LNVA 1ICSA 3HGJA 1QMLA 4AHOA 5EYWA 1VHCA 3S1VA 4TO8A 1K7FA 3QYQA 2ZZ7A 2XN0A 1DQXA 3C61A 2GQ9A 1JRBA 4Z0SA 3M7WA 2PRHA 5FF4A 4Z1AA 3OA3A 5HR7A 2NUWA 2UV8G 2QCEA 4ZMGA 3NL2A 3SFKA 1QPOA 3VNDA 1V5XA 2VENA 4IGHA 3G8RA 4O28A 5G1TA 2V0TA 1KM1A 3HPSA 5HMSA 4PL2A 3WJYA 4A22A 5LHFA 4UNLA 1F76A 2ABBA 1OF6A 3TC6A 2YX0A 2V82A 3W22A 3MI6A 3CIXA 2ZRZA 4LVGA 3O06A 2XFWA 1PE1A 2JK2A 2CLFA 3G1YA 4QM1A 3EWZA 3W1MA 1A53A 4HKPA 4A29A 1D3HA 1NF0A 3P67A 1GVQA 2XN1A 4O0ZA 5U7SA 3PSWA 2C6QA 5J5DA 2Y61A 3C4UA 3NNTA 4FIQA 2FLIA 3W2KA 3S0CA 1I45A 1MO0A 2VFEA 1M7OA 4HNVA 1S5WA 5KZDA 3W7EA 3W1AA 1YADA 1G6CA 2V5LA 3I7RA 3EWBX 4EVZA 1SO5A 2V81A 2CFFA 3AJXA 1WOAA 2G95A 2QCLA 3PVFA 2B0MA 4ORIA 3TH6A 3N9RA 3LHTA 3DFNA 4MJMA 2QKFA 1PCWA 3T44A 1B3OA 3PUOA 3TMQA 3FS2A 3KVKA 3BVJA 1JQVA 1DBTA 3LCFA 4K37A 4PFMA 3IRDA 3FIGA 4I7WA 2P0OA 4FHAA 3L9CA 2BZNA 3KHJA 4AMAA 2YW4A 2V5BA 2QJGA 3B0UX 1M5WA 2OT1A 1I4NA 4HHPA 3UNDA 3DZ1A 1TTPA 4NX5A 1ME9A 1VLIA 5FF7A 4JD4A 2CLOA 2BX7A 3MWAA 1B4KA 2E77A 4HT3A 1ZCOA 4DPQA 2X1UA 1H63A 1VCGA 4JTHA 1XBYA 3W83A 3TAOA 4UTHA 2JGQA 5TIMA 4UR7A 4L4LA 3NZ1A 5C55A 3UZ5A 1Q6OA 3LERA 5AHLA 2WNNA 4IWWA 1PVNA 1TREA 3Q58A 3LCGA 3W7LA 4QISA 5LNWA 3GAYA 1R2SA 3W6YA 3W7KA 5D37A 3QW3A 5FF0A 1XUUA 2DU2A 1LRQA 4BFAA 3SI9A 3LTYA 4S2BA 1KTCA 2QCDA 5E1QA 3IVUA 3PM6A 1LLZA 3FKKA 4G1KA 1H60A 2E68A 4JTLA 1SW0A 3S1XA 4NT0A 3T4CA 5F4SA 1L6YA 2A4AA 2GQ8A 2C13A 5HUOA 3C2FA 5AHMA 5LNUA 3SIZA 4AWTA 4GWEA 4DF0A 2TSYA 1LBMA 1TQXA 1Z42A 3PS7A 5KZMA 5C2XA 3B8DA 1T99A 4NJKA 3DENA 1K7XA 3RMJA 1KTBA 4E0CA 3IVTA 5BNKA 4MY1A 3W7DA 3IIOA 1MEIA 4RZ4A 1SSDA 4OGZA 1GTHA 5FI8A 1I2NA 3HMJG 2FDSA 3G0SA 2ISVA 4K36A 4ALDA 1JCYA 4ICNA 3W07A 3R12A 3KAOA 1GVOA 2QAFA 3DHDA 3UY8A 2FTPA 3EX6A 4QAIA 3QRHA 3I6RA 4PA8A 3GDTA 4IMGA 2ZRYA 1LRTA 4O1BA 1LYXA 4KWVA 2ZRUA 1UUMA 3GR8A 5BRBA 3MO7A 4OV9A 3STGA 3GVGA 3VFLA 3ZS4A 3L5MA 4O0KA 3THAA 3VCRA 3CWNA 3AO0A 5AFDA 2RDWA 2A21A 1K7EA 4E2BA 4QIUA 1VJIA 2EF9A 4O15A 1OX5A 1FWTA 3S5ZA 4JN6A 2ZBTA 3LCHA 3TJLA 1K03A 3G1VA 3G3MA 3KRZA 2ATMA 3W1RA 3IIZA 4O52A 3W74A 1W3IA 3QF0A 4XWUA 2A6NA 3TQKA 3NQ8A 3NGJA 5IBXA 3W76A 2WSRA 3QPYA 4A2RA 4LW7A 4M7SA 1XCFA 2J9ZA 3G0XA 3V75A 3C2EA 3BGGA 1CW2A 1QPNA 4NJHA 5HWJA 1WAUA 1WBJA 4YXGA 4JTSA 2FPYA 3L21A 1J4EA 4RLIA 1XDMA 5D32A 4NNCA 4KFOA 1OX6A 3RU6A 4O18A 2NXHA 3HO8A 2E6AA 3L0GA 3P8JA 4CQAA 3O8AA 5AC7A 2TPSA 2Q8ZA 3A9IA 5G4EA 3RLUA 1P0KA 4NXKA 2DZUA 1DORA 4LS2A 2BTMA 4Q4KA 3NVTA 5AHFA 2FB3A 3W7OA 3QPZA 1BTMA 5E93A 3GIYA 1T96A 3M44A 1GJPA 1UB3A 1N7KA 4UMAA 3TDFA 3UYCA 1JUKA 3OG3A 3W23A 4AB4A 1SQ7A 5F2LA 1JJKA 3BARA 2VFFA 2YFNA 4M6QA 2RDUA 1GG0A 5DY3A 3W2UA 1ME8A 2VELA 3FKRA 3STFA 1W54A 5E0KA 5K3VA 3UWZA 3N2MA 1UJPA 4O53A 2R94A 1VZWA 2DP3A 3U2OA 5I3FA 4PTNA 4JTUA 1N8FA 4N4PA 2ZZ5A 4E38A 4KWWA 1NEYA 5A8GA 3OVQA 4LC8A 1W8SA 1W3NA 4MZYA 1W31A 4LOCA 4O11A 5GVJA 4DQWA 1ML1A 1YYAA 4MFDA 2Q3OA 1RVGA 3BLFA 1O4UA 1SPQA 3UXDA 4YL2A 3LTPA 4JDBA 4NZJA 3ATYA 1OFAA 5HINA 2VEKA 4S1FA 3GXNA 1LZOA 4AH7A 4GUJA 4XBSA 3E9AA 1K8XA 1FXPA 1HUVA 2CLIA 1DJQA 1IIGA 1XKYA 4NQ1A 3RNDA 4A3UA 2E5CA 1I2QA 2DJLA 2WOQA 2A85A 1KLZA 1QNVA 1I2OA 5I3JA 4MPQA 3JR2A 1K8YA 4PCFA 1B9BA 3ANYA 2ZYFA 3KRUA 3NDOA 2H90A 2R8WA 4LUIA 2ZTJA 3E0IA 1BWLA 5CPLA 4MYXA 3EWWA 1U5JA 2GQAA 3R5EA 3Q37A 4IMDA 2YGYA 4ZQMA 3ZWTA 4FEZA 3HOJA 3NQMA 1KFEA 1TPFA 1NFBA 4UFJA 3W7PA 1EP2A 3G8EA 4HNUA 3OHIA 2FFCA 1LBLA 1LOSA 1F74A 1JCLA 1YTDA 3BW2A 4WD0A 1MXSA 3DU0A 2V2DA 1L2UA 2O7SA 4BI6A 5CG7A 3WK2A 1XM3A 1QPRA 1W5MA 2Y6ZA 3HQ1A 2J9XA 3TU9A 3M5XA 4X2RA 5CZTA 5FESA 2ALDA 5EPDA 3G1FA 2QJHA 2PRLA 4LTSA 4TX9A 4OQVA 3O07A 4LU0A 4RZ6A 3W73A 3TSMA 5F2GA 2GPTA 4DF2A 4NXSA 4BI5A 1IXQA 1H7OA 4O50A 2ISSA 1BEUA 4FX8A 3W7CA 1JULA 2DZXA 4K8EA 4M5PA 3W86A 1DKWA 3MBDA 2CLHA 3M6YA 2CU0A 1WOBA 2DZVA 3G1SA 4AF0B 3HGSA 4ONVA 1DQWA 3OBKA 3NQ7A 1DV7A 1PCKA 4LVDA 3WJXA 1Z44A 1UASA 3MMTA 5KTLA 2WV8A 3GDMA 1G4SA 2WSQA 1GVSA 5G2IA 3U8GA 1I2RA 3LLFA 4FNTA 3NAVA 2NX9A 5AOUA 1TRIA 1AMKA 3TNOA 5FEZA 3N3MA 1W5NA 1TJRA 1G4EA 5DBTA 3P60A 1G7UA 2V2HA 1EX5A 4CQ8A 5IBXC 2J88A 1A5AA 3WJZA 4DEFA 2ZZ4A 2Y89A 1F6PA 2Y7DA 1DHPA 3NQVA 4LRSA 5LHEA 5LGXA 1OFPA 4FNSA 1TYGA 3BV4A 4KFPA 3TW7A 1KM3A 4QSHA 4HSOA 4MZ8A 1QR7A 1OK4A 4WOQA 3UY7A 4M6VA 1KFJA 1H7WA 5DLCA 3QM3A 1VCFA 3NQAA 3B0VC 1L6SA 3SSJA 4MYAA 3TFCA 1FDYA 3BG5A 1VLWA 2PE4A 3T40A 1SZGA 1VCVA 3HG3A 1CX9A 1RZMA 1O5XA 3KRSA 4UXDA 2ZDRA 4ZVJA 3NQ6A 1T8XA 1TTQA 3EKLA 4UFIA 2TMDA 1AL7A 2VFDA 2ABAA 4P61A 2ZZ3A 1X1ZA 4IXXA 5EA9A 3ABQA 2RFGA 3EEGA 1H7PA 3O6YX 5KITA 1R30A 2Y7FA 2Y85A 3O15A 1X8FA 3S5YA 1YDNA 3KVMA 1ZFJA 3IGXA 4UFKA 3TXZA 3QEZA 3S6DA 3VE7A 1IGSA 1R2RA 4OE7A 4CCEA 1RD5A 1BKSA 1FCUA 5BMWA 3CWOX 3BK0A 3TXVA 1GZGA 3L65A 3QFEA 4QNWA 3GLCA 4WOZA 2NX1A 3MW7A 1WV2A 1LM1A 1IF2A 2NX3A 4FO4A 1TB3A 2NWSA 2GVLA 3EX4A 4UNKA 3NL3A 1E51A 4IX0A 4Y9AA 4LT9A 4JTFA 4JICA 3W75A 3DAQA 4JEQA 3SZ8A 4ADUA 4UMBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3JR2A

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