1G4E | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	226
structure length	219
Chain Sequence	HGIRMTRISREMMKELLSVYFIMGSNNTKADPVTVVQKALKGGATLYQFREKGGDALTGEARIKFAEKAQAACREAGVPFIVNDDVELALNLKADGIHIGQANAKEVRAAIGDMILGVAAHTMSEVKQAEEDGADYVGLGPIYPTTRAVQGVSLIEAVRRQGISIPIVGIGGITIDNAAPVIQAGADGVSMISAISQAEDPESAARKFREEIQTYKTGR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural characterization of the enzyme-substrate, enzyme-intermediate, and enzyme-product complexes of thiamin phosphate synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE
molecule tags	Transferase
source organism	Bacillus subtilis
total genus	79
structure length	219
sequence length	226
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.3: Thiamine phosphate synthase.
pdb deposition date	2000-10-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02581	TMP-TENI	Thiamine monophosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1g4eA00

3QJAA 2TMDA 2ABAA 2QR6A 4PH6A 3L5MA 2A7PA 4FNRA 1J4EA 2YYTA 3W6YA 2RHGA 3EX6A 3TMLA 4HPJA 4UTTC 4Z0SA 3FEMA 3W7PA 5J5RA 2ZDRA 3B03A 3G1XA 3U2OA 3P84A 3DZ1A 4K6AA 5DXXA 2ZTJA 5AHEA 1CW2A 1KTCA 1K3UA 2P1FA 4OHQA 4NUWA 1R46A 3NAVA 3PVFA 3N34A 4JTEA 3MBFA 1I4NA 1MXSA 1SW7A 3N73A 3EWBX 4QAIA 2GVGA 3PG8A 3LCGA 4MYAA 3QSRA 3IIXA 4P61A 1MEIA 3PULA 3WFAA 4TMBA 5AC8A 1KM3A 2DZWA 1GZGA 3DH7A 1FWSA 3B04A 2HSAA 3EXRA 5HQEA 1P1XA 4AXKA 3SIZA 2E6FA 3GR8A 3MO7A 2G95A 4LS2A 1SZEA 3V75A 4CQAA 4HIBA 1RQHA 1LOSA 1A5CA 1WBJA 3W22A 3W1MA 1IXPA 1OX5A 4X22A 4O4VA 2WKJA 4S2CA 2V2HA 3UY7A 3M43A 2CLMA 1SO6A 1EIXA 2ISWA 4PFMA 2ZZ1A 1WDWA 2V5BA 1L2UA 3JS3A 3EB2A 1I2PA 5D04C 4E38A 2QUVA 3NZRA 1DBTA 4LT9A 2YYUA 2VEIA 2ZCGA 5G1TA 2YGYA 5I3IA 3Q58A 3B8DA 2ZZ2A 4PL2A 3BLIA 4YL2A 4WY0A 3W2MA 4UXDA 3HO8A 2X1TA 1IIGA 4O28A 2YFNA 5A8GA 3PUEA 1JCJA 1RPXA 2ZRVA 1A50A 4DQWA 3NQ7A 4JIQA 1KM6A 4I7WA 4HT3A 3CTLA 1NF7A 1A5AA 1VJIA 4O12A 3ABRA 2J88A 3OVQA 3QH2A 3TMQA 2X30A 4AAJA 4RXGA 4NJIA 5U7SA 5KTLA 1F73A 2FIQA 4OWGA 4LTSA 4KKXA 1GYNA 3B4UA 3W1RA 4E2DA 5F2GA 1KM1A 3DHDA 5EKYA 1DQWA 2WOQA 4UMCA 5LHFA 1R2RA 1PE1A 1ZAIA 4LWWA 4AWUA 5SWUA 3S1WA 4ZVJA 1NSJA 5G2IA 5F2IA 5FF2A 1BKSA 2Y63A 3QF0A 2W79A 4UR7A 3IVTA 3BLFA 1EX5A 3BGGA 5EA9A 3SI9A 1AL8A 3DFQA 4IWWA 1LRNA 1E51A 4WUIA 1G7VA 3DFTA 2GPTA 4P2VA 3FYOA 1FWNA 1TV7A 1VS1A 5BNKA 3WK0A 2XN1A 1GJPA 3TU9A 4JTHA 2JGYA 3RK8A 4GRSA 1Q6QA 3OEXA 4FX8A 4UTHA 2HMCA 5LNUA 3BARA 3CHVA 2Y62A 1TYGA 4RK8A 4JN6A 2ZZ7A 4X3ZA 1LROA 3TCEA 2FQIA 4A21A 1OG0A 3G3MA 1QDSA 5LSMA 1B4EA 4UFKA 2ZYFA 5HUOA 1GVRA 4LC8A 1FCUA 1SW0A 2A6NA 4JTKA 1OX4B 1ALDA 3I7SA 4QQ3A 1W5OA 1MEWA 1HTIA 4UTWC 6TIMA 1H7XA 3DHFA 2GQ9A 3TW6A 2C3ZA 1I2QA 2YDAA 2Z6JA 3TKFA 4LVBA 2PURA 4O19A 5BOOA 3PSVA 1XDLA 4LC6A 4ICNA 2E5BA 5FEXA 3U6WA 2QF7A 3ZS4A 2RDTA 5IM51 1GWJA 3G1YA 2QCHA 2V81A 3BV4A 2FJKA 3UWYA 1SFLA 3NQGA 2X2GA 2RDUA 3QPYA 3P82A 2NUWA 3EKZA 2A2IA 4IMEA 3UQNA 3F03K 1SR9A 2CZ5A 4FNSA 2A7RA 5LGZA 1GOXA 4I9AA 5J5DA 3M1ZA 3MHGA 5AHIA 3UWQA 2H90A 4IOTA 3MWAA 2QCDB 1VLIA 3DENA 3ZWSA 2E5DA 3LX9A 2VENA 2NX9A 2FPVA 1JUEA 3BG3A 3GYEA 4IX2A 1QFEA 4RXFA 4ADTA 3WK1A 4UFLA 4ML9A 3MMTA 4TU1A 3LHZA 2Q8ZA 4DF2A 1FUYA 5K2ZA 2ZRUA 1IXQA 4Z1DA 2E6YA 1K8YA 3W7CA 3BVJA 4FNPA 3GX9A 1EUNA 1LZOA 3W83A 5HWNA 1D9EA 4M7SA 5AHMA 2CW6A 2VEMA 4BWLA 4CCEA 1VCGA 4Y96A 1G4TA 4MVAA 1YDNA 1FWRA 3LDVA 3EX3A 1JCXA 1EWDA 3GKFA 2KZHA 3W1PA 2Y70A 2A85A 4JS3A 4LS0A 2YPIA 5D03A 4FF7A 1JVNA 3NQMA 4FNTA 5C55A 5D02A 1EUAA 5C5YA 1B57A 1QOQA 3CC1A 4ZQRA 4A2SA 1OYBA 4JTUA 3A23A 1PV8A 1TRDA 3EXTA 2HTMA 5CZTA 1SQ7A 3M47A 1F76A 1QPQA 3HQ1A 1ZFJA 3LHVA 4LVDA 3EWWA 1KM5A 3C8FA 3HIJA 1IXOA 2QCLA 1LRTA 4YWIA 5F4XA 1SZGA 3DI0A 5D32A 3LRLA 3TH6A 2OT1A 3HGRA 3C2OA 1KFBA 1OX6A 3P60A 2E09A 2VFEA 2DJLA 1LRQA 3NPWA 2ZTKA 2C15A 3GXNA 1W31A 5C54A 5A5WA 4NXSA 3TUUA 3W2UA 3DFPA 1YADA 3O63A 1FCVA 3T55A 4OV4A 1XUUA 2J9YA 3NPXA 4X9SA 2GQ8A 1VYPX 1FWWA 4FEZA 4N4PA 1AG1O 3S5NA 2I9EA 1ICSA 2VFDA 2V30A 5AOUA 4IMDA 3IIVA 3IV3A 4ZZ9A 3KRZA 2VEPA 4I7UA 3WK3A 4AMAA 3QPZA 5DY2A 3O1NA 2FB2A 2W6RA 4NU7A 3NPUA 2P10A 2E77A 3DFSA 3NQ2A 4UCGA 4UTLA 4WQ6A 1TPFA 3L67A 1SO3A 1TREA 3PBUA 4WXYA 4MJZA 3L5LA 1QO2A 3RMJA 1SO5A 5DBTA 1GYLA 1OFRA 1H5YA 3G8RA 3DKJA 1YTKA 3IGUA 2WNQA 3PBYA 3GLCA 1NFBA 1W3TA 1Q6LA 3W7IA 3L5AA 3E0IA 4Z1CA 4Y9AA 4QM1A 1F6PA 3ANYA 4HSOA 3LCWA 4EVZA 1JCNA 3QSTA 4AB4A 1V7YA 5L9FA 4RLIA 1I8JA 3NL2A 6ALDA 2FLIA 3O16A 4BFAA 1ONRA 2FDSA 1TPWA 3FJ6A 3R5EA 1DHPA 5HR7A 4HNNA 4KWVA 5FEZA 3B06A 3NQCA 2R94A 4O54A 5TBOA 2QEZA 1PL9A 3PBWA 3IIZA 3JRKA 4IMFA 3EX1A 4DBDA 3O8AA 2VFHA 3S9YA 5AFDA 2FPTA 4O1CA 2YW3A 3LERA 3I65A 1CX9A 3C0JA 1NEYA 3QMRA 4LVAA 1UCWA 1AW5A 4RZ5A 5IBXA 4IX0A 5DCEA 3M5YA 3TK7A 3MP3A 1ZY9A 1SPQA 2GJLA 3G1VA 2QJIA 1K7EA 3G1SA 3JR2A 5LNRA 3DBPA 3W7LA 3LLFA 3UYCA 4A29A 3SR7A 3C2FA 3E02A 3E12A 4UC5A 5D37A 3FLUA 2C18A 3EWZA 1M7PA 4RV8A 2FFCA 4FNQA 3M5ZA 3OHIA 3RFAA 4JTFA 3WJZA 1I2OA 1EP1A 4OGZA 2C19A 3KRUA 4GXMA 5DCDA 3UZ5A 3VI2A 1OFEA 2ZZ6A 5K7JA 4DEFA 2NXGA 3LOTA 3PC0A 1Y0EA 2ZA1A 3UD6A 1EP2A 4WX2A 4NVTA 5AN7A 3SY5A 1SO4A 1O5XA 5MHBA 4UTTA 3HMJG 1QCWA 4GUHA 4XQ6A 3U8GA 4ZQCA 1GT8A 4Z1AA 3IRDA 3VE9A 1IGSA 5HUPA 4O13A 4Y90A 1XXXA 1TCDA 2FTPA 4LNYA 2G5WA 4O50A 4AHQA 3USBA 5HMSA 4YXGA 1H7OA 1KM4A 2EAWA 3M44A 1QWGA 1VQTA 3EXSA 3LTSA 4UIOA 4S1FA 4M7TA 4MY1A 4POCA 3EEGA 4JYEA 3W1XA 4RCXA 2R91A 4XBKA 1G69A 2YX0A 1KBIA 3OVRA 3GXTA 5FI8A 3WJXA 1EB3A 5KSWA 1GVSA 4GWEA 4FO4A 1H1ZA 4HPXA 4FNUA 2OX1A 2OCZA 1FCQA 4DXVA 5K9XA 1ZENA 3QQ0A 3IIOA 4JEQA 4FIQA 1LDCA 5CPLA 2DZXA 1UUMA 3EWUA 4H6KA 1DV7A 4NJGA 1JQXA 3G0UA 3W1TA 4O8RA 1KFLA 3T7VA 4LV4A 4O14A 1FXQA 5CZSA 4AH7A 2A5HA 3NQ6A 4LOCA 3LCIA 4QISA 3DGRA 1DOSA 2JK2A 3TJXA 1PVNA 3T4CA 2WPBA 4OE7A 3RF9A 5CZJA 3N14A 1K8ZA 3M5VA 4UNKA 1N55A 3V1PA 2QCNA 1TV5A 3UWUA 3UWVA 3EX2A 3O05A 3FJLA 2HS8A 2ABBA 4NJKA 2AAMA 1TIMA 1LTDA 4DF1A 1X1ZA 3UY8A 4UFHA 3TW7A 5LNVA 1L9WA 3QW3A 3HPXA 1L6WA 3WJSA 1X6UA 1W54A 1HUVA 2Y7EA 3B0VC 1DKWA 4WOQA 5AC6A 3TSBA 5C6MA 2BXVA 3LI1A 4OT7A 3CT7A 5DXYA 1T99A 1K8XA 4JD4A 3N9SA 4EOUA 2FB3A 1TPDA 2BLEA 2VKZG 1JRCA 1WAUA 4UTMA 3HPZA 3P67A 1D3HA 1LYXA 4CQ8A 2NXHA 5D05A 2ZZ5A 3ATZA 1F7BA 1M5WA 1OFOA 4O16A 4MPQA 1KTBA 5ABTA 1R30A 2PE4A 1G7UA 4TIMA 3S6DA 4DPPA 1VHNA 5AHNA 4HNTA 1TTQA 5D09A 2WSQA 1QMLA 1H7WA 4LUJA 2C6QA 1WOBA 2B7OA 1L6YA 3FIGA 4HN4A 4RZ4A 4LU0A 4NX5A 2JKPA 3A24A 3MHFA 3NO5A 1Q3NA 4NZFA 3RU6A 1KTNA 1GPWA 3L21A 1H1YA 4AF0B 1FXPA 5U4NA 5BW6A 3TSMA 2VXNA 4PC8A 3NDOA 4JIPA 3NVTA 5EL1A 3P5ZA 4MLJA 3KVKA 4DO5A 2CU0A 3UXAA 1RQEA 3GDLA 3M0ZA 4XKYB 3VNDA 3A5FA 2CLEA 5E0KA 4OU1A 1Q45A 3DXIA 2EHHA 4EIVA 1FX6A 1W0MA 3GIYA 3PSWA 4G1KA 3W73A 4UTWA 5LKYA 4O57A 3ELFA 3NG3A 3HGJA 3C61A 3FS2A 3SSJA 3TFCA 5AYYA 5EPDA 1C9DA 1JCMP 1ICPA 5D2WA 3GDMA 1KM0A 3AJXA 3W23A 1SUXA 4ORIA 2V2DA 3BW3A 4ZQNA 3GDKA 3PR2A 1DORA 5AB3A 1OABA 4WY0B 3DAQA 2BSLA 3B05A 1OX4A 3PUOA 3C2EA 2Y7GA 1N7KA 2E1DA 5DBUA 5KITA 1WXJA 3W71A 4WJEA 2VFFA 1VLWA 4IPJA 4BK9A 4UUIA 4PEKA 1OFPA 2VEKA 5D2VA 4NNAA 3S8HA 2WQPA 2PRMA 1L6SA 5FESA 2QCEA 5F4SA 2V0TA 1GVQA 1CI1A 1DVJA 3NM3A 4RJEA 4QSHA 1ADOA 2EF9A 3GAKA 3W74A 3W7MA 2ZRWA 1YDVA 1BWKA 1RD5A 5F4WA 1Q6RA 2CZFA 4O0ZA 2ZZ3A 3W86A 1MSSA 2CZDA 3MI3A 1AK5A 1H50A 4JX4A 1P5BA 2QCDA 3LTPA 3ABOA 3BG5A 3PY2A 1TB3A 2F84A 2QUTA 3FKKA 5I3GA 1TPUA 2ZA3A 5C2XA 3G1HA 1TJRA 3R12A 1U5JA 1TTPA 2C13A 3W2NA 2R8WA 5AYZA 1TPVA 2X1SA 4GBUA 3NQAA 3R89A 3UPBA 1W3NA 3TAKA 3W7DA 1F74A 1WA3A 1QR7A 3S1XA 4R53A 3TR2A 1BWLA 2Z2UA 3W75A 4JX6A 3LXCA 4XBSA 1O60A 3NQVA 4YLWA 3P5YA 2WNNA 1EP3A 1O95A 4QJ1A 5HULA 5BMWA 8TIMA 4N6EA 2RKXA 1K02A 3ABSA 4R33A 1J5TA 3EKLA 3DU0A 4R34A 1YPIA 1YPFA 5F1UA 4KFPA 1GVFA 3BG9A 3NM1A 1LBMA 5DY3A 4UTKA 4JTGA 5K9CA 1JUKA 2QCFA 3N3MA 3CU2A 4UTJA 3Q2DA 3LGEA 3F4WA 2RFGA 3CPRA 1TTIA 3S42A 1LP6A 3Q94A 5CKSA 2DZVA 4LV9A 5K3VA 5CPNA 1G4SA 1TTJA 3W2LA 1QAPA 2PRHA 3QFEA 3LHYA 4O1BA 1P0KA 1JCLA 5KMYA 4WZHA 2V82A 3NEVA 1DJQA 1Z48A 3TV8A 2A7NA 4NJJA 4K8HA 2QKFA 4DO4A 1LLZA 3GAYA 5K4ZA 3O6DA 3R2GA 3HF3A 4CLMA 4GC4A 3H54A 1B9BA 3I7RA 2TRSA 4K38A 5T26A 1SZFA 3C3NA 2GOUA 3NPVA 5CSSA 5E1QA 1UJPA 4AHOA 3MYOA 4L4MA 5G2WA 1ZNNA 2JKAA 5LHEA 4ZMGA 4S2BA 1RV8A 3M6YA 3L9CA 5CPOA 3E49A 4LY8A 4PA8A 2QUUA 2WSRA 2VFGA 3PUDA 5DELA 1YLVA 1D3GA 4ZQPA 1I45A 2TPSA 1YXYA 2EKCA 3F1QA 1FWTA 4MOZA 1P0NA 4K36A 3NL6A 3LXAA 3W2KA 4GJ1A 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1BEUA 1UB3A 3S1VA 2Z6IA 3L2IA 3W70A 4O1AA 3N2XA 1HO4A 4M6PA 2WSYA 4ALDA 1IF2A 3W1QA 3EWYA 3NQEA 1W3IA 3P80A 2PRLA 4EWND 2WO5A 1EA0A 3HG3A 3W7QA 2X1UA 5CZ0A 4KFOA 4OV9A 1H7NA 3IGSA 1I2RA 3FYPA 3UPWA 4IMCA 2OZ0A 5AHLA 2Y85A 5G5IA 3P8IA 3CWOX 2QJHA 1FBAA 3LLDA 5FF7A 1XDMA 4JR5A 1DL3A 2O7QA 3WJWA 2YZRA 3QEZA 1FDJA 1PCKA 4WD0A 4R7JA 2QCGA 2JGQA 4GUGA 4KWWA 3W1AA 3T78A 3W7EA 4J9JA 4QNWA 4DF0A 3TROA 1ICQA 5D2YA 5D38A 5KINA 1VPXA 5TQLA 1SSDA 4Z0JA 1KBJA 1WQ5A 5GVJA 2V9DA 1W56A 3NXFA 1THFD 4XTDA 3BLEA 3W07A 4UTUA 5E93A 1N8FA 3ZWTA 2XN2A 2ZRZA 4ZQMA 2PCQA 1U83A 2ZRXA 3W9ZA 5IBXC 3M7WA 4N4QA 4IMGA 2DZSA 4NX0A 2H8XA 1UBSA 3ATYA 2Z1BA 3NA8A 1W1ZA 1VCVA 2Q3OA 3UNDA 3NQ8A 3NOEA 1TQJA 1GVOA 3BW2A 3MJYA 3KAOA 1Z42A 1PIIA 3HGSA 3QYQA 3G1FA 2NX1A 4L4LA 3G8EA 5I3FA 1VYSX 2X16A 3FA5A 3NQFA 2UV8G 1WOAA 2GUUA 3LB0A 1GG1A 1W5PA 2XFWA 2Q3RA 1W5NA 2IQTA 1YTDA 4PL1A 1HG3A 2ATMA 5HNRA 2PC4A 3NYZA 3DFNA 1TPH1 2Y6ZA 3LRKA 1NVMA 1K03A 1YDOA 4PTNA 3SECA 4GFSA 3B0PA 1OYAA 1KV5A 2B7NA 4FB7A 1JCYA 4O15A 5D33A 3RNDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1G4EA

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