2VEN | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	238
structure length	228
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	88
structure length	228
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-10-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2venA00

1TTIA 1SQ7A 4NXKA 1KM1A 2XN2A 3M16A 1FDZA 1HFBA 1W3TA 3IGSA 3UXDA 2VEPA 3W1QA 5DBTA 1OJXA 1L6YA 4M6PA 1UJPA 2C1HA 2WKJA 4UTLA 3PB0A 3TX9A 1DJNA 2GPTA 4TR9A 3INPA 3ABSA 1HO1A 4UFMA 3LRKA 1MEHA 2A5HA 4GUIA 5A5WA 3TMQA 3W86A 5CGQA 3G1DA 5FEWA 4TO8A 2B7NA 5FEPA 3UWYA 5G4EA 2V81A 1UASA 4CQAA 5LSMA 1ZAHA 2VKZG 1UCWA 1G4SA 1WOBA 3MO7A 5EMUA 4X22A 1TV7A 5LZLA 1A5AA 2WQPA 1K7EA 4IMCA 4LV4A 1YTKA 1LLWA 2OCZA 5D2VA 5HR7A 3W3OA 5D03A 1I2OA 4M6VA 3UZJA 4N4QA 1SO6A 3B03A 5DCBA 7TIMA 3LV6A 4AHQA 4YXGA 3ABRA 1XL9A 3HG2A 3STFA 2FDSA 1M5WA 5DXXA 1OFBA 5BW6A 3NQ2A 2Y85A 1O4UA 1L9WA 3HJZA 3IV3A 2QCGA 3SI9A 3CEPA 2X1UA 3WJYA 4BF9A 4NU7A 2QKFA 3PY2A 5LHEA 2ZZ2A 3NA8A 3WK0A 3NQVA 4NJJA 4IPJA 1YDOA 5AHLA 1QAPA 2ISWA 4Y8FA 3LERA 1JUKA 5TIMA 1QFEA 3C6CA 2AGKA 5G5IA 1FDJA 4Z1DA 4FNRA 1C9DA 2QEZA 1RVGA 2ZYFA 3TJXA 1JR1A 1KBJA 1C8VA 3BW3A 2CFFA 3K30A 3LM7A 3M47A 4CQ9A 4Y96A 4FXRA 4PA8A 1KTNA 4GUGA 3GLCA 3C2VA 4NNBA 4ORMA 2QJIA 3AO0A 4IMDA 4GE8A 1QCWA 3L0NA 3TNOA 2FB2A 1ZY9A 3SGUA 4O12A 3W22A 2V2HA 1QPNA 3DFNA 1OF6A 5EA9A 3HF3A 2Q8ZA 3W6YA 3M5YA 1X8FA 4EVZA 1OF8A 1Q3NA 1WA3A 5I3JA 4PL2A 2Y62A 4AWTA 1LYXA 3LDVA 1V5XA 4JTFA 5LGXA 3M6YA 1I2QA 2QCDB 1TO3A 5FF4A 3W84A 1JULA 1DL3A 5IBXA 3DH7A 4JD4A 1MXSA 3OHIA 3TUUA 2NX9A 4HSNA 2ISVA 1SO4A 1ZALA 3UPBA 3W73A 1ZENA 4OWGA 2RH9A 4MVAA 2YZRA 3MYOA 3U6WA 4O19A 2ZZ5A 3BLEA 1GG1A 5HUPA 1AW5A 3PSWA 4X2RA 4UTTA 4OBTA 1XFBA 3FS2A 4FEZA 4AWUA 1N55A 1OFAA 4FO4A 1WQ5A 4LOCA 1XCFA 3N9RA 5CSRA 3PM6A 3FJLA 2QCHA 5E0KA 4UTJA 2NLIA 4UNKA 2VC6A 4AF0A 2FPVA 4N4PA 4ZQCA 6ALDA 5DBUA 3LCIA 1UB3A 2C18A 3GDTA 1NFBA 2BX7A 5L9FA 1K3UA 1M6JA 1N7KA 3UNDA 3GR8A 2ZRUA 2A21A 3NGJA 3G0SA 1SZFA 5HUOA 2Y89A 3CTLA 2CU0A 4MKNA 3G22A 2YW3A 4G1KA 3E9AA 2CLMA 4QITA 1TTQA 3GXNA 3OVPA 5D04C 2IQTA 1OX6A 5K4XA 1XBVA 3LCHA 2E6YA 4Q4KA 1VCFA 4R34A 4JYFA 4D2JA 3GDMA 4HPXA 1K03A 3KRZA 2V30A 1KLYA 3N2MA 1W5PA 4MLJA 5DXYA 4JTKA 1ZCOA 3L66A 4JX5A 4LY8A 3QSRA 4TMBA 1W0MA 2QCFA 3BG3A 2V82A 2ZFAA 1WX0A 2ZZ7A 1EWDA 1HTIA 2NXGA 3GVGA 3LHUA 3P7YA 3V1PA 3TQKA 5J5DA 3TIMA 3CQ0A 4MFDA 5C2XA 5BOOA 4HN4A 4I7UA 4UMAA 2R91A 4O16A 5FF7A 2YW4A 1FX6A 2H3BA 4O0ZA 4O1AA 3RNDA 4W9TA 3LI1A 2VFEA 2QF7A 4DXVA 2TPSA 3QFEA 3TROA 3DFTA 2ZZ6A 4IPIA 2G97A 1FWWA 2ZA2A 3PB2A 3S1UA 3LOTA 4LS1A 4O10A 1SZNA 2A7RA 4X9SA 5D32A 5HWNA 4UFLA 3Q2DA 4N02A 1OG0A 1GTHA 3TKFA 1EP2A 3LV5A 3LTYA 3B06A 3MWAA 1H7RA 4WOZA 5LNRA 3BV4A 4FX6M 3TAKA 2ATMA 2X1SA 3QZEA 4ALDA 1KM3A 3T40A 1JUBA 3VE7A 4MY1A 2DZPA 1RR2A 4POCA 4IQLA 3VE9A 4PC8A 3A21A 2ATSA 3UYCA 3T55A 3W7RA 1GVQA 2GUUA 1KM6A 1S3HA 2HMCA 2A7PA 3MP4A 3R5EA 5LNSA 2OMAA 3M5ZA 2E6DA 4QQ3A 5I3FA 3S5YA 5GVJA 3L0KA 4XKYA 3DKLA 3P62A 3IGXA 3KVLA 3P80A 4ICNA 3EWUA 4B5NA 1VR6A 4GRSA 1B4EA 2Y7EA 1H62A 3OVRA 3R12A 1M7PA 3IIVA 3F1QA 3L68A 4EF8A 1IF2A 3SFKA 2ZCGA 1X6UA 3TK7A 3LTPA 3BW4A 3QRHA 2ZRZA 3GDLA 4YL2A 4FX8A 3WJXA 1A5SA 5CZTA 3FIGA 3M43A 1BEUA 3W2MA 5HR6A 2QCLA 3NQCA 3ATYA 2FTPA 1R2SA 3P60A 2ZRVA 5I3KA 3FLUA 1RQEA 4EIVA 1SPQA 4DF2A 4O8RA 3O05A 2G5WA 5KTLA 2NX3A 4WY0B 1RPXA 3EEGA 2VOMA 4EF9A 1FWRA 1SZEA 5D38A 3BLIA 3UY8A 3THAA 4LUIA 2V5BA 1VYSX 3P8JA 3BPWA 4HPJA 2C14A 1TPVA 2FPYA 2QUVA 3W9ZA 5AYZA 1BTMA 4RZ4A 3L67A 4YMZA 3O6YX 1KFBA 3G8RA 1LOQA 1KFEA 3FFSA 4X3ZA 3SZ8A 3E02A 2C13A 3EWXA 1Q6OA 1GWJA 3C3NA 4ADTA 3VI2A 1SFJA 3T4CA 1FXQA 3W75A 3WFAA 1UBSA 4UTWC 3N9SA 1WBHA 4OU1A 3ABQA 5F2LA 4RKAA 1KA9F 1W8SA 1V7YA 3Q37A 5AHMA 4TMCA 4YLWA 2TRSA 4GXMA 2XN0A 1JCYA 4PODA 3CWOX 3W7LA 4N2YA 1J5TA 2ALDA 1ZNNA 2GJLA 3QW4B 2GQ8A 4CCCA 3W07A 1K7FA 3RMJA 1AW2A 1PHWA 1KM2A 2VEKA 2EAWA 3FKRA 4NUWA 4I9AA 1GEQA 4LV9A 3VCRA 5D30A 2CLKA 6TIMA 3WK1A 2ZRXA 1OK4A 2R8WA 5KSWA 1SUXA 5CSSA 1TPUA 4WXYA 4UTUA 3MBFA 3JR2A 4ZZ9A 1VHNA 1JVNA 1P5BA 1ADOA 2DZUA 2YGYA 2VFHA 3MI2A 4BR1A 3OVQA 3N14A 5LKYA 1GJPA 1U83A 1JCXA 4BFAA 4K39A 1MSSA 2QCDA 4LS0A 4OV9A 5AFDA 4HT3A 4OE7A 1SO3A 3PWAA 3ZWSA 4CNOA 4QM1A 4UR8A 1DORA 1QMLA 4ORIA 1Q6QA 2OX1A 4O54A 2NUWA 3U2OA 4Z1AA 3S0CA 4GC4A 5C5YA 1H5YA 1ALDA 3NPVA 2PRHA 3CC1A 3TAOA 3W7EA 3EWBX 2Y7DA 4ML9A 4P61A 3LI0A 1GYNA 4ZQRA 2I14A 3OA3A 3C8FA 3NYZA 2PCQA 1H50A 3B8DA 5AYYA 4LC8A 2EF9A 1PV8A 2A7NA 2VFIA 2QUUA 3NPUA 5F2IA 3W7MA 4JTUA 3M0ZA 2WNNA 1MEIA 1U5JA 1WAUA 2YPIA 3WJZA 3OBKA 3LXAA 3ZWTA 3CB8A 4WD0A 3NVTA 2RHGA 1GQNA 3PC0A 1F7BA 2QUTA 2W79A 4MZYA 4NJGA 4O13A 3S5ZA 3VNDA 1TV5A 3EX1A 1AK5A 3CU2A 1A53A 3QPZA 1SZGA 3O06A 4N6EA 4ONVA 3W74A 5AN7A 1T0OA 5K4ZA 2WOQA 2ZZ4A 2W6RA 2DZTA 3TW6A 4LU0A 1YPFA 2FJKA 3G8EA 1YYAA 1EEPA 3I7SA 3RK8A 2BZNA 3SECA 2CLHA 1VJIA 4KFNA 2YSWA 4KFPA 5I3HA 2FPTA 2QCCA 4UMBA 2A2IA 3G1HA 3B04A 1H7WA 1R30A 1ME9A 5H2ZA 1TPEA 1W56A 3FYOA 3QW3A 4DPPA 4DO4A 4CQ8A 3EX2A 2E6AA 1RQBA 2OJPA 4LWWA 1SFLA 1I2PA 3MI6A 3C52A 2BSLA 3I6RA 3HBLA 1JCNA 1VHCA 4JYEA 1ME8A 4NZFA 4OT7A 4O4WA 2P1FA 3TA6A 4ADUA 3GNDA 4QAIA 3UWZA 3ABOA 4RZ5A 4RZ6A 4A3UA 2C3ZA 1KTBA 3G1YA 4LVFA 3W1PA 3DZ1A 1H1ZA 3NO5A 3TE9A 3HG4A 4FX7A 3S42A 2O7QA 4NVTA 1TMHA 3G3DA 3QYQA 5E93A 4DF1A 2Y88A 3E96A 3G1XA 1YPIA 2W0UA 1KFLA 4AEOA 4XBSA 1LRNA 3TR2A 2A1YA 2G95A 5FEZA 4R33A 4NNAA 1TYGA 1OVDA 5K2ZA 3C56A 2EGZA 3QQ1A 1XM3A 1H61A 3BG5A 3W7GA 1G4PA 3PSVA 3KRSA 4JTHA 3O16A 2J6XA 3TJLA 1P1XA 2XFWA 4O15A 1K7XA 1W5OA 3O1NA 3LHVA 3W1RA 3L2IA 1EWEA 8TIMA 2ZBTA 1VYPX 5F4WA 1GVOA 2WV8A 2WPBA 3L65A 3LXCA 4MOZA 4OV4A 4S2CA 1DOSA 1PCKA 1UUOA 1IXOA 4HKPA 2B0MA 2BLEA 1VQTA 2V0TA 2YCEA 4YWIA 1JQVA 2D73A 3GNNA 4CCEA 1G4TA 1H7XA 1N8FA 3W1NA 1B9BA 4BI7A 2NUXA 1G4EA 1LCOA 4Y9AA 3HGOA 1G7UA 3E49A 1L6SA 1JRBA 3A5FA 3QQ0A 1S5WA 5BMXA 4NXSA 2ZDRA 4QISA 2Y7GA 4UFHA 3NL3A 4RXGA 1FWSA 2P0OA 4H4IA 3KAOA 4XWUA 5DLCA 1TPB1 2VEMA 2C15A 1SSGA 2YYTA 3QJAA 4J9JA 4GJ1A 1JUEA 4WJEA 1HL2A 1WBJA 2QCEA 5HULA 3NQFA 1YTDA 3Q58A 2V2DA 3EXRA 4WY0A 5G2HA 3LHZA 3OEXA 1SO5A 3G1VA 2JKAA 3EWZA 1OFRA 3S1WA 3BLFA 3ANYA 5IM51 5G1TA 2CLEA 4ZQPA 1Z48A 5A8GA 3TFCA 1L6WA 3LHYA 3KFTA 3EX4A 3I65A 2NZLA 3P5YA 3NXFA 3MUXA 1QOQA 4UR7A 4AVFA 3LRLA 1Z44A 1EIXA 4FNUA 4WZHA 3S1XA 3NM3A 5CPMA 1RV8A 1DQXA 4GUFA 5J5RA 4CCDA 2PE4A 3C2RA 3GKFA 5F4XA 1LP6A 1VZWA 4UFJA 3HPSA 1WOAA 4PFMA 5FEXA 2CWNA 1W3IA 3N73A 4UIOA 3FJ6A 3ZS4A 4N9BA 3TQ0A 1AW1A 1SW0A 4GWEA 4IXHA 4WX2A 3PUDA 2CLLA 2JBMA 3C2FA 4M5PA 1J2WA 2GVLA 2ZTJA 2RDUA 4R7JA 4QSHA 1WDWA 4KKXA 4IXXA 4UTMA 3W83A 4IMFA 4DBEA 3W87A 4HNTA 4FNTA 1O5KA 4ZQNA 3IVSA 4CNPA 4JY8A 1F6KA 4Y6GA 5CZ0A 3A22A 4TIMA 2HS8A 1HG3A 4HNUA 4IWWA 4M7TA 4FIQA 5K7JA 2C0AA 3S6DA 5DY3A 1AL7A 3TU9A 1H60A 3HGRA 4A2RA 3W2UA 3S1VA 4C1KA 4O18A 3VKJA 3LCFA 3JRKA 1LROA 5D37A 4JY9A 1GT8A 3FKKA 3GK0A 1YXDA 3WJWA 3CWNA 3MW7A 2BTMA 1NEYA 1BWLA 4UTWA 2Z1BA 3EXTA 5H91A 3P5ZA 4LUJA 3G1AA 3MP5A 3PUEA 1DHPA 3B0VC 4E38A 3O8AA 1W1ZA 1W3NA 3TC7A 1LOLA 3IVTA 2TYSA 3IEBA 1PHQA 1JQXA 5AYXA 1K8YA 1DVJA 1KFCA 5F2MA 5KITA 2Z2UA 2VENA 2FB3A 2NV1A 3DGRA 1ONRA 3PR2A 4K8HA 2CLOA 1OX5A 3LLDA 3TQVA 1I2NA 2H3DA 4M6QA 4NJIA 3GB6A 1O95A 5DCDA 3NPWA 1JCLA 5AC6A 1H7OA 2Y70A 3QSTA 4JS3A 4NZJA 2JGQA 2QAPA 1O60A 2E6FA 2QCMA 3SW6A 1PVNA 2VEIA 2E5DA 1XBZA 4JR5A 4IJBA 4O4VA 3O15A 4IX2A 1QR7A 3M1ZA 3NL6A 4BK9A 1G69A 1MZHA 2RKXA 3UWWA 3W7CA 3N3MA 3I68A 5BRBA 2Q3RA 1G67A 1K02A 3RU6A 2YXGA 1I4NA 1OHLA 4K37A 5G2IA 4NJHA 3PF3A 3TXZA 1WXJA 2J9YA 4L4MA 3MYPA 4K8EA 2CZ5A 1IXQA 2OZ0A 4PCFA 1TSIA 1LRTA 2ZRYA 2WSQA 3B05A 4Q32A 3G1FA 1KTCA 2H6RA 4BWLC 4LVGA 5EL1A 1OABA 2VELA 3IIPA 1WYIA 3NQ8A 5BNKA 1SW7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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