2J7FA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with carboxylate- substituted glucoimidazole
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
435
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASERAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 178
structure length 435
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7fA00
3LPGA 3OBAA 3CHEA 4NI3A 1AQ0A 1EHAA 3BAIA 2CBVA 4GINA 3CUIA 5A2AA 1EDGA 5CSYA 3OA5A 4P8UA 1OT1A 4TTUA 5IHSA 4U3CA 5BRPA 3EMQA 2YL5A 3WMSA 4CD4A 2WWCA 4LX4A 2Y8VA 1OGGA 1HXJA 3W28A 3TOPA 3LPPA 5I23A 3RM8A 5JBFA 4W8BA 2NW0A 4UQ9A 4ATDA 1CEOA 2BHUA 2WPGA 1GUVA 1ISYA 3GNRA 2ZE0A 2A3EA 1J01A 1FH7A 3ARWA 1DWFM 4AZCB 1V6YA 1BHGA 2FHCA 3WNMA 2XIBA 1V6VA 2E9MA 1CPUA 2V3GA 2XG9A 2GDVA 3ARZA 1GOOA 4LQ1A 4RE2A 4WKHA 1G5AA 3AIVA 1XD0A 1E40A 1V3LA 2PI6A 3VDHA 3DYOA 3VIFA 1PX4A 3BAJA 1EIBA 2CHOA 1WDSA 2C0HA 1LJYA 4JFVA 1BVZA 2J4GA 4P8XA 3SUWA 1B3YA 1R86A 1UR0A 4PYSA 2YDSA 3PZTA 7A3HA 2DEPA 3D3AA 4CD7A 1CXHA 1K9DA 2OSXA 5GNZA 3RO8A 3VGHA 1Q6GA 3WUEA 5CPQA 3GBEA 4UOJA 4CUCA 2E40A 1W9VA 1KQYA 4W8LA 4UR9A 2WCAA 4KGLA 2J8FA 2XUCA 4MB5A 2GDUA 1GJWA 4PMOA 1ZL1A 5D8ZA 2WXDM 2XFFA 1FHLA 1HJSA 1BYBA 3ZMRA 3WNNA 3KZSA 3TA9A 3B9DA 4A4AA 4D6IA 2BHZA 1HP5A 2IUZA 4Z2GA 1S46A 5GNYA 4F79A 4TX6A 1CBGA 2WZHA 3DHUA 3VUPA 3MMWA 3BLKA 4X0NA 4PBGA 1E0VA 2VX7A 4UQBA 4WLCA 2WLYA 3GXDA 3N18A 4J3VA 4P8VA 5A8OA 1HKIA 3DHPA 2G3IA 4UCFA 5IHRA 2BXYA 1UWIA 3WY1A 3EDFA 1MFUA 4D6HA 2G3MA 1HJQA 2WC3A 3VOCA 2EPLX 1W3JA 4CU7A 1KXVA 1E9LA 1UD4A 3ARUA 1TMQA 3BCFA 5BROA 3LMYA 3M7SA 4XZWA 3N04A 3WQ5A 3VM5A 2CKRA 3ARYA 1XD1A 5FD0A 3GH7A 4WSKA 2VNCA 1J10A 3WD3A 5A95A 3AMDA 4PN2A 1AVAA 4D6JA 1BGGA 2WMJA 3N13A 2V3FA 1LWJA 2D1ZA 5E70A 1JZ4A 2VX6A 4JHOA 5CZKA 2JFEX 5EB8A 3AI0A 3E1F1 4HP5A 1B31A 1DWGM 2WNWA 1BFNA 3KL3A 5BYWA 4HZ8A 2GJRA 1AQHA 3VPLA 1UD3A 3WH9A 3AMGA 3A4XA 4HA1A 3OGVA 3L4VA 1V0NA 3THCA 3WDHA 2YA0A 1EDTA 3M46A 2PWHA 1V3MA 3ALFA 3PZMA 2WSPA 3T0BA 4PSRA 1C3FA 2CHNA 1H0IA 4CCDA 4D71A 2OLHA 4OKDA 3FAXA 3MU7A 4BQ4A 3CPUA 1XV8A 1VJZA 2VR5A 1E1FA 3AOFA 5FL0A 2BS9A 3UESA 1H09A 3AXXA 5C70A 4S3JA 2ZUWA 3VD9A 1J18A 3A4WA 1NP0A 2UY5A 4BS0A 1NH6A 1UWRA 4FF5A 1E4NA 3FHQA 1GHRA 1UR4A 3N9KA 2D23A 2O9OA 3AZTA 1SMDA 2WVUA 3A3HA 2PBGA 4BCEA 1J9YA 6A3HA 2DIJA 4MJ2A 3WEZA 3VGGA 3UEQA 2WCSA 1B0IA 4PMVA 1H2JA 1WAWA 5IFPA 3GZAA 4PMYA 1JAKA 3BXWA 1QHPA 4AIUA 2WVVA 2YBUA 4PCSA 1E5JA 1GQKA 3WIJA 1W1PA 4ZE5A 3OLEA 4UFJA 3CZ8A 4B3LA 2XWEA 1PX3A 3WH7A 4HPHA 1RD6A 2VO5A 2YL8A 1WKYA 3AQUA 4HZ6A 4AD5A 1QI5A 4CN6A 3VNYA 4AW7A 4Q7NA 2DT1A 3VX1A 2VURA 1VAHA 2CPUA 2ZXAA 2QF8A 1QW9A 4W84A 4IPNB 3WENA 2VX5A 3CLWA 4J27A 4TVDA 1OM0A 4YPJA 4W86A 5CXPA 1ITCA 4V2XA 3AMCA 4WJXA 1JIBA 4E2OA 4F8XA 3O2LA 4H8VA 3AYRA 4P8WA 4JL2A 2WKLA 3WN6A 5AYIA 2D0FA 4JCMA 2VCAA 1JF5A 3UR8A 3UR7A 3K8LA 5A69A 3CIVA 2G3NA 4CVUA 5IXEA 4FLRA 1JL8A 4A3YA 5A6KA 1GZJA 4OOZA 1CDGA 5E6ZA 4E8DA 4OZOA 4J3XA 3VIKA 4P7OA 1QI3A 3MANA 2ZWZA 3OGRA 3AHYA 2VC9A 2YOCA 3AZSA 2CYGA 3JUGA 3B9EA 1BAGA 1KXTA 1MQQA 1US2A 5CG0A 1UHVA 4PUDA 3RJYA 1WO2A 3ARQA 1HKKA 4JKMA 1UG6A 2GK1B 1RPKA 1UWTA 1EQPA 1X6NA 2X09A 4AZ7A 4CD5A 4JFWA 3ZSSA 4V27A 3NSNA 1EH9A 2RGMA 2EBNA 2A3CA 2UY3A 2VZSA 2Y8KA 4CN4A 4D6CA 3QHOA 3GH4A 2Y4SA 2GSJA 4W7WA 4JFTA 2DSZA 5I77A 2EPKX 1HKJA 1W91A 2BV9A 4GKLA 4H8UA 1W9DM 2DT0A 4MB1A 2XIIA 4CCCA 4IUGA 1HN1A 2JF6A 3ARXA 2CBIA 3VNZA 4XV0A 4RE4A 4KH2A 1HJUA 1R7AA 1SFSA 1N82A 4U31A 1WZAA 1YQ2A 1J0JA 4JL1A 4AEFA 3GNOA 1VFMA 2FGLA 2J7HA 4R5EA 3QHNA 1KGWA 2JF7A 1CYGA 1GORA 4LYRA 5F7UA 2XFYA 4UQCA 3SCQA 4AZBA 3F5KA 3B8SA 5I6SA 4ZENA 1QI2A 2VQUA 3OGSA 3FW6A 2YA2A 3BAYA 2WMIA 3AIEA 3PTQA 5DT5A 2XVKA 1KBBA 3WDPP 1HJVA 1KGUA 2ZX6A 3WKZA 3OIHA 1OD8A 2X0HA 2VOTA 3MS8A 1ODUA 2X8RA 3VO0A 2D0GA 4GI9A 3AHVA 1UD2A 3UG4A 3F5JA 5A8QA 4M81A 3VD4A 2UY4A 3UG5A 3WBAA 4EE9A 5I78A 2VVSA 3D5HA 2YDQA 4HU8A 5M5DA 2D2OA 3L4UA 4MAZA 3WD0A 3MV01 2YBTA 3K4AA 4HMEA 1MQRA 4MTVA 1L0PA 2VMFA 1CXEA 2WK2A 3DECA 1Y7VA 2XTKA 2YJQA 5DMYA 3MSDA 2C7FA 3VD7A 3SCUA 1V0KA 1KQZA 3N12A 4ACZA 2F2HA 3ZR5A 4TX8A 1GW1A 1VEOA 3WELA 1KWKA 1ZJBA 2CESA 2A3BA 3L4ZA 3ZT7A 4UTFA 5HDRA 3F4VA 2GVYA 1R7OA 5A6LA 5A8PA 5GQBA 3VIHA 1KB3A 4PMDA 2PBOA 1JI2A 1W9BM 2VJXA 3N1AA 1J0YA 3DYMA 3T0DA 3PHAA 3NDYA 4JFUA 1BLIA 1ZBKA 3U57A 4YN5A 2NSXA 1GQLA 1J0ZA 2XSAA 5I24A 1JZ6A 3RJXA 2W62A 2VX4A 1SR0A 2ZOXA 1HNYA 1XCXA 1VFOA 1GOMA 5JUVA 4M1RA 4YHEA 2W5FA 5D9PA 4CGTA 3AHTA 2PWEA 1E4MM 3NDZA 4OBRA 5EFDA 1C8XA 4L4OA 5CQ1A 1QNRA 2FHFA 3SUTA 4BF7A 3ZR6A 2OYKA 4J3TA 2ZUUA 2AAAA 3ZM8A 4N42A 1H11A 3AS0A 3NSXA 4JAWA 4AZHA 4FLQA 1Q6DA 3WDRA 3W38A 1GOQA 2BVDA 1M03A 2V38A 2W67A 1KBKA 1XSKA 2CERA 1WE5A 3RM9A 3WNKA 3FN9A 3WFZA 2V5DA 2JE8A 1EGZA 1FH9A 3WD4A 2X1IA 4AZ6A 3EBVA 1CXFA 2VR4A 2ZIDA 3AS1A 3T2OA 3RILA 1JYNA 3AS2A 3VIOA 1GNXA 3VIIA 9CGTA 1NWUA 1QI4A 1R85A 4U3AA 1BSIA 3ALGA 3MUAA 5FL1A 2ZWYA 1XSJA 2DH2A 1H49A 1KXHA 1ZJAA 4UZUA 5A6AA 3CZJA 3OZOA 3M07A 1JNEA 1JD9A 4DWSA 1JYXA 1E6XM 1UA7A 1P6WA 1WZLA 3VMPA 2WC4A 3U7VA 1F4HA 2OSYA 4B9ZA 1QNSA 4MPKA 4AZIA 1B9ZA 1MW0A 1QNPA 3ZT5A 4GXPA 1EO7A 3VIJA 5KEZA 3A47A 3G6LA 3BMWA 1GOWA 1UKSA 3J7HA 5D9MA 4EANA 1FP8A 1JGIA 1JFHA 1CLVA 2GJXA 3ZJ8A 1G0CA 2X2YA 3OLGA 5I0DA 4KRUA 2QMJA 3FHAA 1H41A 3SUUA 1KR0A 3THDA 4U5KA 2HISA 3FXYA 4QLLA 4OBSA 3IK2A 3CUGA 2CBJA 4X0VA 1CGUA 1JXKA 2J78A 2QV4A 1QBAA 1RP9A 1UH2A 3WNLA 2XVLA 3AROA 4TVUA 1HIZA 4DWSB 2F8QA 1UKTA 2Z1KA 1TE1A 2XYLA 4JHZA 3RDKA 1XGZA 4MAVA 1J0IA 3PZIA 3GBDA 3EMZA 1EO5A 3LPFA 2YDRA 2FHBA 5E0CA 1LWHA 3T2QA 2VVNA 4HU0A 4JZ5A 5E09A 2DDXA 1ZBCA 3AZRA 5CGTA 2MANA 3WDQA 2ZICA 1LL7A 1XYZA 2GJXB 2DT2A 2PWFA 5JBEA 3VDCA 2VL4A 2ZX5A 4PMXA 4W5UA 1HX0A 3CHFA 3SCPA 1VEPA 1GOIA 1GVIA 1JZ3A 3VMOA 3KL5A 4P7RA 4ACYA 2D3NA 2WMFA 2VCCA 4CKQA 2EXOA 4QLJA 4HMDA 2D0HA 4QDMA 5EBAA 1CGTA 4JFSA 2OWWA 1GONA 3VD5A 3PTKA 1WPCA 4HA4A 3MUY1 1LG1A 1NQ6A 4F9DA 3OB8A 4ZXOA 1CGYA 2VZTA 4PMZA 1J11A 1XH1A 3W6LA 3WBEA 1JZ2A 2J77A 2GFTA 4LXFA 2W61A 1DWIM 4D72A 1ZBWA 4BQ5A 4PSPA 1R8LA 3CHDA 1CXIA 1RP8A 1MW3A 1A3HA 1DHKA 4DUXA 2OWCA 3SCWA 3EMCA 4B9YA 2BY3A 1E72M 1JD7A 2DSKA 1JI1A 1JG9A 4PTWA 4P7QA 2DSUA 1JXJA 1ESWA 3NSMA 1E70M 1V3JA 3L2LA 1D3CA 2BY2A 2A3AA 3W27A 1JDAA 1C90A 2FDMA 3RM4A 2EJ1A 4BQ3A 2VCBA 1ZS2A 4EKJA 3WF1A 1EQCA 1AMYA 3SUVA 3O9NA 1E4LA 1H4PA 1V3IA 4EAMA 1E4IA 2Q8XA 1DP0A 1K9FA 2BHYA 3K46A 1JDDA 1ISVA 1OIFA 1WB0A 3HMCA 1UOKA 7TAAA 1DWJM 3MUZ1 1DTUA 1QBBA 1W3LA 1E6RA 2DSVA 1J0HA 1Q6FA 1B2YA 1LL6A 3EDJA 1QOXA 1TUXA 1MVYA 2J79A 1FFRA 2D3LA 2DGAA 3CH9A 3BC9A 1CIUA 4WKAA 1ZU8A 4MDPA 2WLZA 3W82A 4HOWA 2WM0A 4WIWA 1C8YA 5D8WA 1FOBA 2CEQA 5JBDA 4CN1A 3BAKA 1PJ9A 2DIEA 3S6TA 3GNPA 3APGA 2YLAA 3BGAA 1E73M 2FH6A 3AMLA 2Y24A 2ZXBA 3VX0A 4UFHA 1ISZA 4LYPA 2VZOA 1NWRA 4WF7A 1E0WA 1UR2A 5ABFA 1C7TA 2DH3A 4PRWA 4UFKA 5BXSA 3SIMA 2EPOA 1XRVA 5A2CA 2WBGA 4QFUA 4MB4A 2D24A 3WDIA 1C8QA 1DWHM 1G9HA 4A3HA 1DWAM 1KCLA 1WZKA 1TR1A 1E6ZA 4W7UA 1IZKA 2QMKA 4J3WA 1UKOA 2B31A 5A6BA 1V02E 4U33A 4BA0A 5D9OA 3EDEA 3S2CA 1CXKA 3ARTA 4AEEA 3GYCA 4W8AA 3ZOAA 1K9EA 3EDKA 3NUKA 1HVQA 4LPCA 1OT2A 3MMUA 3AIWA 5BXTA 4W88A 3VVGA 1HF6A 5I3DA 4K68A 1C93A 2J7FA 2WVVB 6TAAA 4UQEA 5E9AA 3AIUA 1QW8A 2O9PA 3BSGA 4JKLA 3CUHA 1VRXA 2W4XA 2A3HA 1VJSA 1OD0A 3AS3A 1FH8A 1M04A 4TTGA 3GDBA 3DYPA 1GCYA 5E6YA 2E0PA 3I3EA 5D4YA 3MUIA 4TXEA 2XGBA 3SCSA 5HPCA 4P7NA 2XVGA 4IISA 1JDCA 1M53A 1CGXA 2WWDA 2EQDA 5FOOA 1TVPA 5A6JA 1E6QM 4HA3A 4WK9A 3ZIZA 3CZEA 6CGTA 3WH5A 3OG2A 3I3BA 1V08A 1W2VA 4BZYA 1TG7A 2YKKA 1KXQA 1H1NA 3FY1A 4UFLA 7CGTA 3TTSA 1ITXA 2DT3A 5E0FA 2JIEA 3CUFA 4B16A 1QNOA 3CO4A 3ARPA 3GXMA 4W5ZA 1HJWA 2VRJA 2JALA 5A6MA 1NARA 3AIRA 1I75A 2OYMA 5AC5A 4KGJA 4UOZA 4QLKA 1J0KA 3VTRA 1E6PA 2WHKA 1B30A 1E6NA 1H3GA 4GIAA 4J28A 1OB0A 2QPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LPG A;  3OBA A;  3CHE A;  4NI3 A;  1AQ0 A;  1EHA A;  3BAI A;  2CBV A;  4GIN A;  3CUI A;  5A2A A;  1EDG A;  5CSY A;  3OA5 A;  4P8U A;  1OT1 A;  4TTU A;  5IHS A;  4U3C A;  5BRP A;  3EMQ A;  2YL5 A;  3WMS A;  4CD4 A;  2WWC A;  4LX4 A;  2Y8V A;  1OGG A;  1HXJ A;  3W28 A;  3TOP A;  3LPP A;  5I23 A;  3RM8 A;  5JBF A;  4W8B A;  2NW0 A;  4UQ9 A;  4ATD A;  1CEO A;  2BHU A;  2WPG A;  1GUV A;  1ISY A;  3GNR A;  2ZE0 A;  2A3E A;  1J01 A;  1FH7 A;  3ARW A;  1DWF M;  4AZC B;  1V6Y A;  1BHG A;  2FHC A;  3WNM A;  2XIB A;  1V6V A;  2E9M A;  1CPU A;  2V3G A;  2XG9 A;  2GDV A;  3ARZ A;  1GOO A;  4LQ1 A;  4RE2 A;  4WKH A;  1G5A A;  3AIV A;  1XD0 A;  1E40 A;  1V3L A;  2PI6 A;  3VDH A;  3DYO A;  3VIF A;  1PX4 A;  3BAJ A;  1EIB A;  2CHO A;  1WDS A;  2C0H A;  1LJY A;  4JFV A;  1BVZ A;  2J4G A;  4P8X A;  3SUW A;  1B3Y A;  1R86 A;  1UR0 A;  4PYS A;  2YDS A;  3PZT A;  7A3H A;  2DEP A;  3D3A A;  4CD7 A;  1CXH A;  1K9D A;  2OSX A;  5GNZ A;  3RO8 A;  3VGH A;  1Q6G A;  3WUE A;  5CPQ A;  3GBE A;  4UOJ A;  4CUC A;  2E40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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