3PTMA

The crystal structure of rice (oryza sativa l.) os4bglu12 with 2-fluoroglucopyranoside
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase Os4BGlu12
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa
total genus 192
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ptmA00
1LL7A 1WE5A 3NIYA 3WH8A 4CCDA 3VD5A 2B31A 3ZT6A 3WD2A 2O9PA 4F9DA 1B9ZA 2CBIA 4DUXA 2QHAA 3VMOA 1VEPA 2V3EA 4NSBA 2GSJA 1ISYA 1KGXA 5I2UA 1ESWA 2IXUA 1BYBA 3QOKA 2QMKA 3II1A 5HNNA 2ZUUA 1I75A 3A4XA 1VFOA 3SCRA 4W87A 2WKLA 3T0BA 3LPPA 5A6SA 1C90A 4P7LA 2CIPA 1J0JA 3FW6A 1ZL1A 4AZCA 4WLCA 1UWUA 1ISWA 2YL6A 3VKKA 2G3IA 3CZLA 1MW2A 3OGRA 1K9FA 4RE3A 2MANA 3WF4A 1ECEA 3ARUA 1CYGA 1UR0A 2RGLA 3FNDA 1KR1A 4D6CA 3OZOA 1JF5A 1C8QA 1UKSA 1JDDA 4J3WA 5EFDA 5IFTA 3ZIZA 1RP9A 3SCOA 1XSJA 3CO4A 4Z2JA 2ZIDA 3QGVA 2G8ZA 4CD6A 4UQ9A 1CGXA 3AZRA 1PIGA 1TZ7A 4D71A 2GK1B 2WVUA 4KH2A 2VC9A 1HKMA 3ARTA 2C0HA 4M29A 3RO8A 5A8NA 1K6AA 2PF0A 3MUZ1 4MNKA 2BV9A 1F4AA 1NWTA 8CGTA 1ZJAA 5CQ1A 3AZTA 3CUGA 5AY7A 4FK9A 4AW7A 2W62A 3TTOA 3AROA 2BNJA 1HL8A 3AMDA 3N1AA 5FKYA 4UZSA 3OGVA 2BFGA 2WLYA 1SMDA 3AQUA 2J8GA 1ITCA 2PWFA 3LMYA 1KWKA 1ZU8A 1B30A 2DSZA 3WNLA 4W93A 1MQPA 3VD9A 3W28A 4HTYA 5JBFA 2VZOA 4TVCA 3AIVA 4FLRA 1V3KA 2WHJA 4H7VA 2WK2A 1OCQA 2G41A 4PEEA 1K9TA 4NRSA 3SUWA 2AOSA 2VCBA 1LLOA 1E55A 2GJXA 3CZKA 2ZWZA 2DT2A 3L2MA 3WBAA 3W0KA 1ZBVA 2WMGA 1V3JA 2WZIA 3SCTA 3ZMRA 5A95A 3VMNA 1H49A 1HF6A 4F9JA 4BA0A 1L8NA 3RM9A 3SCNA 3F4VA 2A3CA 1UR1A 1CLXA 5M5DA 4CVWA 2O9RA 3ARYA 3WENA 5A8MA 1CPUA 4PTXA 4JFWA 1UA3A 2WANA 3EBVA 3VGEA 1FA2A 2YJQA 2XSBA 4ATDA 2Q8XA 3WD3A 3EDKA 3T2QA 3DHPA 4CCCA 4DWSC 1JZ6A 1GQKA 3CZ8A 4PMUA 5D9OA 4HZ7A 2X05A 1UWIA 3VIFA 4TUFA 1BAGA 4UCFA 3VNZA 1H0GA 2BHYA 1C8YA 4BF7A 1E72M 2PBOA 4TVUA 2X0HA 2WMKA 1SMAA 1KB3A 1E6SM 5HOSA 2J7GA 1UKQA 4JCMA 3NSMA 2JEQA 3WDRA 3BH4A 1WDPA 4D72A 5DEZA 2HVMA 3ALFA 1E9LA 1HP4A 2CBJA 4UZUA 3AMCA 4YPJA 4W8BA 1VBUA 1ZBKA 4AZIA 1GOWA 1UZ1A 4BZYA 3RJXA 1QNOA 3ZSTA 3W81A 1VF8A 5ABFA 2VUYA 4ZXLA 3RJYA 3CIVA 3OB8A 3ZJKA 3VGDA 3VDBA 3ZO9A 1JD7A 1BF2A 1B3VA 5HDRA 1TE1A 3W27A 4GINA 2W61A 4IPNB 2NSXA 2BXYA 1KQYA 3VIJA 2W5FA 2Y8VA 4L4PA 1V0NA 4OKDA 3PZNA 1BYCA 3WQWA 2ZXBA 2CHOA 1SYTA 1QBAA 1DWJM 1MW3A 3ZT5A 4DWSA 1HKJA 1W9BM 1PZ3A 3GYCA 5AYIA 5IHSA 3WFLA 9CGTA 2WB5A 4F8XA 3THDA 1JYWA 1UWSA 1EHNA 5A6BD 4DM1A 1V6VA 4CD4A 5A2BA 2XVPA 2ZWYA 3FN9A 4D6HA 4EAMA 1OIFA 4LQ1A 3SCPA 1G0CA 3ZJ6A 1OSEA 3WUGA 3VGGA 2V3FA 6CGTA 4YHEA 1GHSA 1CENA 1E15A 5LA0A 2VT0A 4NI3A 2AAAA 1AQ0A 1CZ1A 1EO5A 4J3UA 1FH9A 5EFFA 2WMIA 4E8DA 1W2PA 5TD4A 1B2YA 2ZXAA 2ESCA 4JCLA 4MB5A 4V2XA 2VX5A 4PUDA 7CGTA 4W7WA 1W1PA 5FL0A 3IJ8A 1FFRA 3NYDA 2DQXA 1B3XA 1KCKA 2Z1SA 2J7HA 4JHZA 5M17A 2OYMA 4U31A 4ACZB 3VM5A 4C7GA 5A6MA 1C91A 1V3LA 5DT5A 4OBRA 1C7TA 4W8AA 4MJ2A 5I23A 1UH4A 3EDJA 5KZ6A 1H09A 3N15A 4ZE5A 1H11A 3POHA 4HA1A 3TTQA 3QR3A 1C7SA 1K9EA 1R7AA 1WZLA 4MNMA 4D6EA 1QI4A 2XIBA 3AHZA 4B15A 1MXDA 1Q6EA 1UD5A 3GTNA 4OOZA 1W3KA 3ZR5A 1GJUA 2J7CA 1H2JA 2JF6A 3LPFA 2BVYA 3WL0A 3MV01 5CPTA 2V3GA 2FHBA 4F79A 4IM4A 3BSGA 1M03A 4PYSA 5CPSA 4A4AA 1G01A 4PN2A 3POCA 2WMHA 4X0NA 2XYLA 3S2CA 4ML4A 1IT0A 4AZ7A 1C92A 4AD3A 3NSXA 1CECA 4QLLA 1R85A 2YLLA 2YOCA 2XUCA 4D6IA 3PTQA 3CHDA 2YIHA 1HL9A 2J47A 3N13A 4GZIA 1WDSA 5EMYA 1PBGA 3CUJA 2JIEA 3WBEA 2J7EA 1TVPA 3VX1A 2YA1A 2XIIA 1XYFA 1W9VA 2ZUTA 4CU7A 2WSKA 3OIHA 2BVDA 1VBRA 4TOQA 1PX3A 2WKGA 2WZHA 2EPKX 1ZBCA 1VEOA 3VPLA 1JZ7A 2ZX9A 4RE2A 3VGBA 3SCSA 1C93A 5CSYA 1J0HA 4GKLA 3TP4A 5C70A 4PMRA 4PMQA 1W2VA 4JKKA 1ZB5A 1US3A 3AICA 3N9KA 5IDIA 4B9YA 2G3JA 4P8VA 1EH9A 3WUEA 2WC7A 2XVKA 3AXIA 3AHTA 2GJPA 1JI2A 4Q7NA 4D6FA 1WDQA 1TA3B 2BVTA 3D3AA 3MUAA 3SEPA 2ZXQA 1E4MM 3F5JA 2CKRA 4AY1A 4UFIA 3W6MA 4LPCA 1H0IA 5HPOA 1UQZA 1UZ4A 5CGMA 2FHCA 3OLDA 3WF2A 3PTKA 3VMPA 1SR0A 4H04A 3VGHA 5A94A 1EOKA 4B16A 1G5AA 4CKQA 2BS9A 3AOFA 2VZUA 3AMGA 1UHVA 4D6JA 1E4IA 4MB3A 1W9DM 3KL0A 1E3ZA 4WSJA 3ALGA 4AZCB 3PZOA 4AD0A 4PMOA 1XH0A 3U57A 3TONA 3WQ8A 3O6AA 4RE4A 4H8UA 1JD9A 1BPLB 4S3JA 2EO7A 3WDQA 1RD6A 2C7FA 1MW0A 3VINA 3WELA 2F2HA 4EK7A 3ZSSA 2XM2A 3OLGA 1SFSA 4P8UA 1JYXA 5LA2A 1WZKA 3VUPA 4U3AA 2GDUA 3T2PA 3VO0A 3BAYA 3WIJA 3PTMA 2BHZA 1E0XA 4W8LA 1EQPA 4AIUA 2VMFA 3CMGA 5A3HA 4UOZA 3A4WA 2W67A 5GQBA 4MDOA 3FHQA 4WSKA 4RL3A 5E70A 2WHMA 2FH6A 1E4NA 4AWEA 3ZJ7A 2YDQA 3WD1A 4CVUA 1VJSA 3FXYA 3NUKA 3WF0A 3NJ3A 5FD0A 4P7RA 4D6DA 4UFKA 1OT2A 2GFTA 1BG9A 1QHPA 3W53A 1C3FA 2WCGA 3DECA 2XVNA 4DUVA 1QPKA 1CXEA 1GHRA 3PZ9A 1UWRA 2WCSA 2J79A 1EA9C 3FY1A 4KWUA 2JF7A 4UTFA 5A8OA 2XSAA 4PSRA 1JDCA 1J0KA 3VD3A 1ODZA 2W92A 2DIEA 2FDMA 4N42A 2BY3A 3AS1A 1ZBWA 4N0RA 1VEMA 4JAWA 3AHVA 2D0FA 3W6LA 4LGXA 4AEEA 5FOOA 1FOBA 1UQYA 1CXFA 1E40A 2E9LA 2GJXB 4FF5A 1E6PA 1WDRA 3RM4A 3MU7A 1GOMA 1E6QM 1QVBA 3L2LA 2PI6A 3T0DA 1GOIA 3HMCA 1E71M 4QCFA 2IXVA 1UWQA 1DTUA 2ZXDA 4Y7EA 1E1FA 4JHOA 5LA1A 4QFUA 3SCUA 3AHYA 4UR9A 1J18A 4EE9A 1UKOA 2VZVA 2WMFA 4U5IA 3ZOAA 4CCEA 1GUVA 3WQ6A 1B3ZA 5BROA 2EPOA 4IPLA 3ARWA 2OSXA 3ZM8A 3VM7A 2J78A 1JDAA 1K9DA 3I3BA 2YLAA 4PSPA 1BTCA 2D24A 2EJ1A 3K1DA 1WPCA 1M7XA 2D2OA 2D20A 3VIOA 1J01A 2VJXA 2WSPA 1NP2A 3CGTA 2VR5A 4CD8A 3PZQA 1GJWA 1FFQA 1B1YA 3N04A 1HP5A 4CU8A 4UQBA 5FIPA 2XJ7A 3W26A 4ZE4A 1R86A 2E40A 2QLYA 3TA9A 1CEOA 3HJEA 4UQCA 5BXRA 4JFTA 4BQ5A 1UD8A 4CN1A 4H2CA 1HVQA 1NOUA 1QW8A 5AYBA 3PZVA 1E0WA 3W4RA 1ISZA 5I77A 2O92A 3BSHA 2WMJA 2OLHA 1E70M 3W24A 5A6JA 1I1WA 1J10A 5JIPA 3GBEA 3KEHA 2IUZA 3QOMA 1KGUA 1TFVA 2NW0A 2WC4A 3F5KA 4D6GA 3GH7A 1BLIA 4JZ5A 3EDFA 1HJUA 1W1VA 1J0ZA 4P8XA 3I3DA 3NCOA 1W1YA 4TVDA 1DWFM 3KE0A 3VTRA 5ABFB 3OG2A 2WCAA 3WDPP 3GZAA 1PEZA 5I5RA 1BG4A 2AMGA 2D0GA 3BMWA 3GH5A 5CPQA 3AS2A 1U30A 3KL3A 3L4UA 3NDZA 3SURA 4WF7A 4MAZA 3L4YA 6TAAA 1YHTA 1XH2A 4HMEA 3WD0A 2CNCA 2XVLA 4MJ4A 3FAXA 4W84A 4AD4A 4TTUA 2F8QA 3MSDA 2NT0A 4DWSB 2DSUA 3AISA 1CDGA 1E3XA 1JZ5A 2OSWA 2G4FA 4AYSA 3WUFA 2EQDA 2XFYA 2DPEA 1DHKA 3ARPA 1UYQA 2FHFA 4Z2LA 2VOTA 1H1NA 1XH1A 4XV0A 1R7OA 3SUVA 4CD7A 1JGIA 3L4WA 3TOPA 2D3LA 2OWWA 1UG6A 1BVZA 3AIBA 1JG9A 1R8LA 3M07A 1OGGA 3L4VA 1JYNA 1IV8A 2V5CA 1MFUA 2WMIB 4GI8A 1M04A 2EPMX 1W9XA 1KXHA 5AC4A 1GZJA 1CGWA 2WVVA 3WNOA 1V08A 3U7BA 4QP0A 1ISXA 3G6LA 4GO9A 4PMVA 4TXEA 5E0FA 4W7UA 2DSVA 2PWGA 4JL2A 1BYAA 4GPNA 1JFXA 5A1AA 2ZUNA 3CHCA 4J3XA 1JL8A 2A3AA 3CH9A 3GNOA 3MSGA 2Z1KA 3BLPX 3SCWA 2PWEA 3AMLA 1WP6A 2GUYA 1IZJA 1DWIM 5JIWA 3WNKA 4OIFA 2W4XA 3T09A 4M1RA 4B9ZA 3CUHA 3E1F1 1KBBA 3VOCA 3GM8A 3EMQA 1JNDA 2XTKA 3RDKA 1GOQA 4XZBA 1E6NA 2X09A 2WNWA 5GNXA 1QHZA 1E6XM 3AS0A 2WLZA 6A3HA 2J7DA 4WJXA 1VIWA 1G9HA 3WF1A 1CLVA 3EDEA 3ARZA 1DWGM 4AXNA 2YL5A 1UD4A 2FH8A 1XHGA 4V27A 3ARXA 2J7FA 1PAMA 1UD2A 1GCYA 3MUY1 4DWSD 2YKKA 4WKFA 4R27A 4F66A 1US2A 1WO2A 1LWJA 2CETA 2J7BA 1OB0A 4W85A 1UA7A 2C8NA 2DH2A 4QDMA 3BCDA 1JF6A 1PIFA 4PTVA 2W63A 2X1IA 3WQVA 5I0DA 2VI0A 4U3CA 4LXFA 3WNPA 3WFZA 2A3HA 5BCAA 5JUVA 3OGSA 2E9BA 2E4TA 5GPRA 2VVNA 3RCNA 1HJVA 4LYQA 1EDGA 1EGZA 3TTSA 2WZEA 3UR8A 1JNEA 5I24A 1PX4A 1EDTA 1E43A 2J25A 1FP9A 1J11A 1HJSA 2PC8A 2WW5A 4K68A 4P7OA 2XGBA 1XC6A 3FHAA 5BXSA 1OT1A 2VX6A 4M80A 3WQ5A 3MUIA 4FMVA 2VQTA 3WSUA 1B3WA 3DYPA 1Q6CA 1WNOA 2HISA 5M03A 3W37A 5ABHA 1PX8A 4W86A 1GVYA 3T08A 1V6XA 1VENA 5BXTA 3UR7A 2D1ZA 5A6LA 4E2OA 4URIA 4HOWA 1PJ9A 2ZX6A 2JFEX 3CUFA 1JAKA 2VRKA 4A3HA 4ZFMA 4IISA 2V38A 3WKZA 4JFVA 3K8LA 1JZ2A 2EPLX 5DF0A 3RPMA 1I1XA 4QLJA 3UEQA 3BAWA 4UFMA 2ZE0A 1LG2A 5CZKA 3KWXA 1G1YA 2TAAA 5A6KA 3VIIA 2BY2A 1DWAM 2CEQA 2DDXA 3T0AA 4R5EA 3B9DA 2D3NA 5CLWA 3M46A 4BQ2A 1CXLA 1Q6DA 4B3KA 1QI0A 4MNJA 1KXVA 2WM0A 1A47A 2O9TA 4AC1X 1GPFA 2ZX7A 1KXQA 3VU2A 2PWHA 4M82A 3WY1A 4OJYA 3UG5A 5GNZA 3BC9A 5BWFA 3N18A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LL7 A;  1WE5 A;  3NIY A;  3WH8 A;  4CCD A;  3VD5 A;  2B31 A;  3ZT6 A;  3WD2 A;  2O9P A;  4F9D A;  1B9Z A;  2CBI A;  4DUX A;  2QHA A;  3VMO A;  1VEP A;  2V3E A;  4NSB A;  2GSJ A;  1ISY A;  1KGX A;  5I2U A;  1ESW A;  2IXU A;  1BYB A;  3QOK A;  2QMK A;  3II1 A;  5HNN A;  2ZUU A;  1I75 A;  3A4X A;  1VFO A;  3SCR A;  4W87 A;  2WKL A;  3T0B A;  3LPP A;  5A6S A;  1C90 A;  4P7L A;  2CIP A;  1J0J A;  3FW6 A;  1ZL1 A;  4AZC A;  4WLC A;  1UWU A;  1ISW A;  2YL6 A;  3VKK A;  2G3I A;  3CZL A;  1MW2 A;  3OGR A;  1K9F A;  4RE3 A;  2MAN A;  3WF4 A;  1ECE A;  3ARU A;  1CYG A;  1UR0 A;  2RGL A;  3FND A;  1KR1 A;  4D6C A;  3OZO A;  1JF5 A;  1C8Q A;  1UKS A;  1JDD A;  4J3W A;  5EFD A;  5IFT A;  3ZIZ A;  1RP9 A;  3SCO A;  1XSJ A;  3CO4 A;  4Z2J A;  2ZID A;  3QGV A;  2G8Z A;  4CD6 A;  4UQ9 A;  1CGX A;  3AZR A;  1PIG A;  1TZ7 A;  4D71 A;  2GK1 B;  2WVU A;  4KH2 A;  2VC9 A;  1HKM A;  3ART A;  2C0H A;  4M29 A;  3RO8 A;  5A8N A;  1K6A A;  2PF0 A;  3MUZ 1;  4MNK A;  2BV9 A;  1F4A A;  1NWT A;  8CGT A;  1ZJA A;  5CQ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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