1UKPA

Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREYIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLSPSAPKIPIEVLLEATKPTRPFPWLDETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
publication title Change in the crystal packing of soybean beta-amylase mutants substituted at a few surface amino acid residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-amylase
total genus 178
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2003-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ukpA00
1CXFA 4YHEA 1G1YA 2GJRA 4JFWA 4CU6A 3F5KA 1EOMA 4AMCA 1B9ZA 3VPLA 4GO8A 4U31A 3SCPA 3GNOA 2PF0A 4AEEA 1BSIA 3ZSSA 2WKLA 1KB3A 1UWUA 4HMCA 3RIKA 5BWFA 3EDEA 1F4AA 3TTSA 3WF2A 4GPNA 3HJEA 1UZ1A 2YLAA 3NYDA 2ZIDA 1E70M 2OYMA 1H09A 3GXMA 3WD1A 4AZHA 2VZSA 5BCAA 2CEQA 5DEZA 2OYKA 4M80A 1OCQA 2VRJA 4MJ4A 5M3WA 5A2AA 2VRKA 4HZ7A 3RDKA 3NJ3A 4MB4A 2WYSA 4LYPA 4BA0A 2JF7A 2VNCA 2VR4A 3THDA 1QNQA 3AIBA 4UFKA 2CBVA 5LA1A 1K6AA 3OIHA 2HISA 1WDQA 3L2MA 2BVYA 3GXFA 3WH5A 4GI6A 4UZSA 3VIHA 3VD5A 1JYNA 1CLXA 1K9EA 3W4RA 4UQ9A 5JIPA 2V3FA 1LWJA 5IFTA 1SYTA 3VX1A 2ZWZA 4S3KA 1EOKA 2G3NA 2WNWA 3HMCA 5I24A 4JIEA 4R5EA 3MANA 4AD3A 1JYWA 2GDVA 3AMKA 4HMDA 3WKZA 5A6SA 2VI0A 2Z1SA 1HX0A 1K9TA 1BGGA 1JGIA 3BSHA 1KR0A 3CZJA 3ZJKA 3PZOA 3M6DA 5BROA 2VX6A 1GUVA 1C7TA 1JFHA 2GVYA 5M5DA 4X9YA 4J3UA 1JXJA 4U2ZA 1PIFA 4PTXA 4W8BA 3T0BA 3WUFA 1LL4A 4D6GA 2YDRA 4U2YA 1MW1A 2ZX6A 4YPJA 3PZMA 2UWFA 2UY4A 4LQ1A 1HJUA 5GQBA 1TMQA 4J3SA 1K9DA 1KQYA 3WL0A 2VCBA 2GSJA 1JL8A 1G94A 3EDKA 3OGVA 5CZKA 4DUXA 4UFJA 1VFUA 7CGTA 3FAXA 1FHDA 4B9ZA 1G5AA 3VGBA 2X2YA 4UNIA 4QFUA 3IJ8A 4OKDA 1VEMA 5LA0A 3G6MA 3ZOAA 2BY2A 4QCEA 4PUDA 2OSXA 1J0KA 3UEQA 3UG3A 4W88A 4LX4A 4HA4A 1V6YA 4JFVA 1CECA 1EA9C 5CQ1A 4M1RA 4DM2A 4AD2A 1HP4A 1J9YA 1GOOA 2YL5A 4YHGA 1GOKA 3SCTA 4MB3A 2J7FA 3SURA 5EMYA 1V6WA 1V3HA 6A3HA 3SEPA 2WC7A 1GQJA 3POHA 1KXQA 3I3DA 5HDRA 2NSXA 2XVNA 4NRSA 3BAIA 1J0JA 5E6YA 3W6MA 1EGZA 4DWSA 1HP5A 3AYRA 2E0PA 3WF0A 1MFVA 1CBGA 2WSPA 3AI0A 1PJ9A 4PTWA 3VIJA 1EO7A 1H4PA 3ARYA 1UWIA 4OIFA 5IXEA 3T0DA 3ZO9A 4TXEA 1E4IA 1QI4A 2X1IA 1E9LA 1HKMA 2J8GA 3CUHA 2PWHA 4ZE4A 2E8ZA 1KBBA 9CGTA 2G4FA 1MXGA 1UKQA 1BYCA 2WC4A 4D6IA 3MUIA 3ZMRA 2VT0A 1G01A 3SCVA 4HZ8A 4MAVA 5CGTA 3WENA 4PN2A 1W1TA 5D9OA 4P8WA 2C8NA 5FOOA 4JFTA 3VGHA 2J7HA 2RGLA 1VEPA 1B90A 4EK7A 1EDTA 1AQHA 1SFSA 3PZGA 3UETA 2XIBA 1OD8A 1JYXA 4DM1A 1W1YA 1BYAA 3DYMA 1E6SM 2WMGA 2VX5A 1NQ6A 3IJ7A 1C93A 1IV8A 3T2QA 2AAAA 1R87A 1F4HA 3A4AA 4M29A 4W8LA 4E8CA 3UG5A 4W84A 2VOTA 2JIEA 1OIMA 2YDQA 3MV01 1PX8A 2GDUA 4PYSA 2X0HA 4MNLA 2WK2A 3W6LA 4GI8A 5A69A 5EFDA 3WUEA 2CNCA 2ZUVA 1HJQA 3N18A 1PX4A 1OM0A 2WWDA 4PRWA 3S2CA 4P7NA 4P7RA 4W5ZA 1AMYA 2VZTA 4JZ5A 1D3CA 4TVUA 1E15A 2J77A 3MUY1 2WAGA 1V6VA 1ECEA 4HPHA 1RP9A 1HL9A 4PMYA 2OWCA 3WQ4A 3OGSA 2BFGA 3L2LA 4CD4A 2EPKX 4XB3A 5AC4A 3II1A 1E4NA 3VD9A 3AYSA 1H11A 2PI6A 3CZLA 3LPGA 1NOWA 3J7HA 4MB5A 5E09A 2FHBA 4JFUA 2EBNA 5HBFA 1SMDA 3DYOA 5I3DA 5FKYA 3OLIA 3W25A 4C7DA 3ECQA 5ABGA 1EDGA 2YIHA 3VILA 1OGGA 2DPEA 4QLJA 2GK1A 2CIPA 3WNOA 2VX4A 3APGA 1ESWA 3ZT7A 4AISA 5EFFA 1BG4A 5D9MA 2XJ7A 1XH1A 2WMIA 2OYLA 2WXDM 3OLGA 2JE8A 4JFSA 4IISA 3EDJA 5A2CA 4MNKA 1HKJA 3BXWA 3AMCA 1I1WA 1PX3A 1MW3A 1HJWA 2WZEA 3RMEA 1GOQA 2J75A 4L4OA 1B3ZA 4P8VA 1UG6A 1CGWA 4DWSB 1J18A 3SCWA 2XPKA 5HPCA 3CGTA 1O7AA 3SCOA 3GYCA 2IXVA 4BS0A 4W89A 4A3HA 2DSZA 1H0GA 4LYRA 5CXPA 3AXXA 4ATLA 4JL2A 1UD6A 2VQTA 3KL0A 2CKRA 4Z2IA 3VM7A 1ZB5A 2C0HA 4KH2A 1UH3A 3G6LA 2YA2A 1FHLA 4H04A 3RCNA 3W38A 3AISA 4BCEA 5EBAA 1OD0A 2E9LA 4D6EA 3IAQA 1JAEA 3GH7A 1HF6A 4J3VA 3N13A 3PZUA 5DO8A 1W3KA 4IUGA 2CETA 1BTCA 3FAWA 1JI1A 5CPTA 1R7AA 2O9PA 1WB0A 3BMVA 3WQVA 1OT2A 3WNLA 5CGMA 4HP5A 3WSUA 2VTFA 1FH7A 2WHMA 2J79A 1VEOA 3FN9A 1UKOA 3AHTA 1QPKA 3WNMA 4V28A 1QI3A 2XUCA 3NCOA 4KGLA 1XC6A 1B30A 2NT1A 2WM0A 2WLZA 1UR1A 3AIRA 3CO4A 4TOQA 3A4WA 4H7VA 5I0DA 4WLCA 3SCNA 1UD8A 1MYRA 3QHNA 4ZXLA 1E6NA 4WKHA 3K1DA 1UH4A 3SCUA 3T2PA 3VDAA 1VENA 2W63A 1E6ZA 2D1ZA 1NARA 3LPPA 1TFVA 3ARZA 2TAAA 4HMEA 3MO4A 4PMUA 1ZJBA 4QP0A 4MAZA 1DWIM 1KXTA 1RPKA 3TTQA 1JIBA 1WZMA 4MADA 5KZ6A 4AC1X 2J74A 5TD4A 1BLIA 3UCQA 1VRXA 4UQCA 3VIOA 1E6XM 2BXYA 2GJXA 3MMDA 4J7RA 2A3CA 4TX6A 5DF0A 3AXIA 3A4XA 4JAWA 4UCFA 4CD5A 1MFUA 3NSNA 1GJUA 2GK1B 4LYQA 1TA3A 3KZSA 2ZUMA 3VMOA 2ZUTA 5IFPA 3MMWA 3CTTA 3F5JA 1GZJA 4AD1A 3UR8A 1GJWA 4D6JA 4W86A 4EKJA 1WZLA 3I3BA 5AYIA 1DEDA 1NWUA 4HPGA 1JZ5A 4UOZA 2VZUA 4QCFA 5FL0A 2D24A 3AIEA 2FDMA 3QR3A 1JD7A 4W93A 4KRUA 3PHAA 4DWSD 5BRQA 3TP4A 5D4YA 4CD8A 1C8XA 1VBUA 5D9NA 3OA5A 4BF7A 5I6SA 1ZU8A 3WFLA 3ARQA 1SMAA 1GQKA 2XWDA 1UR4A 5FIPA 4Z2GA 1FOBA 4HTYA 3U7BA 5LA2A 2XFYA 4XX6A 2WWCA 3PZNA 1QNOA 1W9UA 2HVMA 2WVUA 1WO2A 3K4AA 2PBGA 2V3DA 1E3ZA 2Y4SA 2DIEA 4D6DA 2CHNA 1NP0A 4UTFA 1UR0A 3T0AA 1JD9A 7A3HA 2QHAA 4PMVA 4U33A 4UQEA 4RL3A 4CN4A 2BHUA 2V5DA 1D7FA 4B3KA 4R27A 4QDMA 4IM4A 2ZUNA 1GHSA 3SUUA 1JI2A 1I75A 1H3GA 2WBKA 1UWRA 4C7GA 1UQZA 3AZSA 4YN5A 1OSEA 1V02A 5A6KA 2DQXA 1DWGM 3W0KA 2WHLA 2J62A 4D6CA 1W9VA 1E55A 3AFBA 1QHPA 3WBAA 4K68A 1UH2A 1V0MA 5DT7A 3BAXA 1JF5A 4FK9A 4MNMA 2E8YA 1HVQA 1UWTA 1MVYA 1BHGA 3W26A 3ALGA 4ACYA 3B9DA 3VMPA 2XSBA 2D20A 2WPGA 3NSXA 1GNXA 1QI5A 2O92A 1JZ3A 3AS0A 3VDCA 4B15A 4UFIA 2JEQA 5JBEA 4P8UA 3PTQA 3DHPA 1AQMA 4PBGA 1DWJM 2FHFA 3K8MA 1TVNA 3GBEA 1UR2A 2VCAA 2BVTA 3MS8A 2VVSA 1UKTA 3PZVA 1UZ4A 4CN6A 3PTKA 3KE0A 1TZ7A 3BCDA 4PTVA 1BYBA 2CKSA 3VGEA 4XV0A 3WEOA 1VAHA 4Y7EA 3QOKA 1NM9A 4AZBA 2BY3A 3AZRA 1A47A 5CLTA 3A3HA 4GZJA 1LLOA 1E56A 1B31A 2GJXB 3SUSA 5FCZA 4GIAA 1TA3B 4MPKA 4L4PA 4E4PA 5BXSA 1GOIA 4UQAA 3CZGA 5ECUA 4AIOA 2CPUA 3EBVA 4NSBA 1C7SA 2PWDA 4M24A 2YL6A 1PAMA 4FLRA 2XGBA 2YDSA 3AXHA 4KRTA 2O9TA 3VD7A 1HJSA 1H41A 1QNSA 3AROA 4GINA 3AJ7A 1A3HA 1Q6CA 1MQRA 2ZUSA 3CHEA 3HU7A 1J0HA 1HXJA 5I2UA 2G41A 2QF8A 3WIJA 3VIMA 3VGDA 1QBAA 2EPLX 2WCSA 2A3AA 2XWEA 1UWSA 1NP2A 1J01A 4X0VA 1JDAA 2J78A 3SIMA 1LG1A 5E6ZA 4F9JA 1W91A 2J8FA 2XM2A 4TVDA 3KL5A 2FGLA 1CXIA 4TX8A 4AD4A 3BMWA 1EO5A 1B3XA 2D3LA 1NWTA 1VFOA 4IPLA 2VVNA 2JEPA 3POCA 1ZBKA 1J0ZA 3EDDA 2DH2A 3TA9A 3PZIA 3TTOA 1C90A 4B9YA 3RJXA 4Z2KA 2W5FA 2G3MA 3AMGA 3WNKA 4E8DA 4Q7NA 4BQ5A 5DMYA 5A8PA 4KGJA 4AXNA 5A6LA 1XCXA 3TOPA 4UFLA 2W66A 3VUPA 4FLQA 3NDZA 1JYVA 2DT0A 2WMKA 5I5RA 4HA3A 1V6UA 4LPCA 1FFQA 3MV11 3AIQA 3VNYA 1CGYA 4GI9A 3N17A 3W53A 1OGBA 2D3NA 1QW9A 1FH8A 1C8QA 1QNPA 2WVVA 4CKQA 3EMQA 4J3XA 1EHAA 3MU7A 2E9BA 4UQDA 4J27A 1VFMA 3OB8A 4IPNB 2JALA 4NZCA 1UR9A 2D22A 3MKKA 4LGXA 4JCLA 3FNDA 3VD4A 5D8WA 4CUCA 3WDIA 1WP6A 1XH0A 2Y2WA 1BGAA 2VR5A 2YBTA 1HJVA 1G0CA 3ARTA 4GZIA 3AZTA 3SUVA 2DIJA 3KWXA 1CGUA 5JBFA 4F9DA 2VCCA 5DT5A 2WKGA 1BVZA 4CU8A 2WHJA 3OBAA 3KL3A 4OUEA 2J7EA 3EMZA 1L8NA 2ZX9A 2EPNA 2ZXQA 1W9BM 4W7VA 3GH4A 4AIUA 3CZ8A 4ZENA 3NSMA 5GNYA 1W2VA 2NT0A 1LWHA 5A6JA 2DSKA 2D2OA 4D1IA 1HJXA 3IK2A 2XVLA 1V02E 2X09A 3GH5A 5BXPA 1E5JA 1J11A 1P6WA 1XD1A 2XHYA 2OWXA 1PZ2A 1M53A 3OLDA 1B2YA 1OWQA 1XSKA 1H5VA 3UR7A 4Z2LA 1X6LA 1X1NA 3ZJ7A 1HKIA 1ISYA 1V3MA 4M81A 3WDRA 3GXDA 4GXPA 1Q6FA 1UA7A 3ALFA 5JBDA 4PMDA 1DWHM 2VC9A 3CHFA 1JF6A 2V3GA 3A47A 3PTMA 2QLYA 3SCRA 2Y8KA 4D72A 5GPRA 2V3EA 3CZEA 4PMRA 4CCCA 4Z2HA 1JG9A 2CBUA 4CVWA 5F7UA 1ISXA 2J7CA 3EDFA 4XZWA 2VMFA 1US2A 3ARSA 5C70A 1DWFM 2OSYA 3WMSA 2F61A 1H0IA 3CUIA 3WNPA 3WF3A 2BY1A 1XSJA 3M46A 1KWGA 1UD2A 1R85A 4AZCA 4W87A 3VIIA 1EH9A 1UYQA 3CPUA 4RE3A 1Z32X 1E3XA 4HOXA 1HL8A 1E72M 4J3WA 3SCSA 1LF1A 2W62A 1RD6A 3KEHA 1VB9A 4GQRA 4H2CA 3U57A 5CLWA 3ZR6A 4XZBA 1FP8A 4C7FA 2Y5EA 3ZM8A 4J28A 2X8RA 2A3HA 3NIYA 2ZXAA 1TUXA 1L0PA 1GVYA 1TG7A 3WD3A 2CERA 4FLOA 3W37A 1WDSA 3GBDA 4J3TA 1H1NA 1JDCA 3IJ9A 3CHDA 1J0IA 2JFEX 4AY1A 2FGZA 1FFRA 3K8LA 2AMGA 3FY1A 3VVGA 5I77A 1BF2A 2EPOA 3CZKA 2VZOA 2XYLA 1JZ6A 4PMQA 2BY0A 4ACZA 1NWRA 5A6BA 3BAWA 4H41A 2ZXBA 4OZOA 5A95A 1XYZA 4W8AA 3WQWA 1BQCA 3WQ5A 3AHYA 3WQ8A 1XV8A 5AYBA 2EJ1A 1YQ2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CXF A;  4YHE A;  1G1Y A;  2GJR A;  4JFW A;  4CU6 A;  3F5K A;  1EOM A;  4AMC A;  1B9Z A;  3VPL A;  4GO8 A;  4U31 A;  3SCP A;  3GNO A;  2PF0 A;  4AEE A;  1BSI A;  3ZSS A;  2WKL A;  1KB3 A;  1UWU A;  4HMC A;  3RIK A;  5BWF A;  3EDE A;  1F4A A;  3TTS A;  3WF2 A;  4GPN A;  3HJE A;  1UZ1 A;  2YLA A;  3NYD A;  2ZID A;  1E70 M;  2OYM A;  1H09 A;  3GXM A;  3WD1 A;  4AZH A;  2VZS A;  5BCA A;  2CEQ A;  5DEZ A;  2OYK A;  4M80 A;  1OCQ A;  2VRJ A;  4MJ4 A;  5M3W A;  5A2A A;  2VRK A;  4HZ7 A;  3RDK A;  3NJ3 A;  4MB4 A;  2WYS A;  4LYP A;  4BA0 A;  2JF7 A;  2VNC A;  2VR4 A;  3THD A;  1QNQ A;  3AIB A;  4UFK A;  2CBV A;  5LA1 A;  1K6A A;  3OIH A;  2HIS A;  1WDQ A;  3L2M A;  2BVY A;  3GXF A;  3WH5 A;  4GI6 A;  4UZS A;  3VIH A;  3VD5 A;  1JYN A;  1CLX A;  1K9E A;  3W4R A;  4UQ9 A;  5JIP A;  2V3F A;  1LWJ A;  5IFT A;  1SYT A;  3VX1 A;  2ZWZ A;  4S3K A;  1EOK A;  2G3N A;  2WNW A;  3HMC A;  5I24 A;  4JIE A;  4R5E A;  3MAN A;  4AD3 A;  1JYW A;  2GDV A;  3AMK A;  4HMD A;  3WKZ A;  5A6S A;  2VI0 A;  2Z1S A;  1HX0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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