2GK1 | Genus

Total Genus 5

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	5
sequence length	54
structure length	54
Chain Sequence	PALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystallographic Structure of Human beta-Hexosaminidase A: Interpretation of Tay-Sachs Mutations and Loss of G(M2) Ganglioside Hydrolysis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-hexosaminidase subunit alpha
total genus	5
structure length	54
sequence length	54
chains with identical sequence	D, F, H
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2006-03-31

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2gk1B02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2gk1B01

3LMYA 1CXFA 4HA4A 4UZSA 1KFWA 1UG6A 1UD2A 4UFMA 4WSJA 4F9DA 3LPFA 2PWHA 3GM8A 1B3ZA 3N13A 2VX6A 5LA0A 2VNCA 3SCOA 4NSBA 3RDKA 1MW3A 3APGA 1TR1A 1HKIA 4LPCA 3W0KA 4AZ5A 5FL1A 2ZX5A 4MJ4A 5LA2A 3WDIA 1E72M 4JCLA 1PZ3A 3AMKA 2VQTA 4TVUA 4CUCA 1GOOA 4KMQA 5EFDA 3E1F1 2XPKA 3M07A 1CLXA 3OLGA 5AY7A 2WCAA 4PSRA 1UHVA 3K8MA 1GNXA 1BFNA 2WW5A 4AD2A 1OB0A 1E70M 1GOQA 2BY0A 2NT0A 4A4AA 1ECEA 3DHPA 1E6ZA 5E0FA 5I5RA 1V3HA 4FMVA 4Q7NA 2YIHA 4GZJA 3VIKA 1M53A 3BSGA 4CVWA 3ARYA 1V0KA 4EAMA 3EYPA 3VOCA 4DUXA 4PEEA 2CCRA 2PC8A 3FHQA 3CZJA 3WDPP 3N17A 2O9TA 5HXMA 1XYFA 3CZKA 1DWHM 3WNLA 2G4FA 4HPGA 1EQCA 1JIBA 2VTFA 4NZCA 5IHRA 1PAMA 3IJ7A 3AXIA 3O2LA 4AD0A 3GBDA 3NDZA 2EPOA 2OYLA 1D2KA 3K4AA 1VFFA 2WSPA 4UQAA 3UR7A 4D71A 2RGMA 4QAWA 2BY3A 4W7WA 3SCWA 2F2HA 1UUQA 1UR4A 4BQ4A 2ESCA 1E1EA 4D6DA 4GO9A 3F5LA 2J7DA 4CKQA 5HBFA 2V3DA 4IPLA 1C92A 3ZQ9A 1UD4A 4P7RA 4CN6A 2CXGA 4MPKA 1H11A 3PTMA 3ARSA 1NP2A 2UY5A 5BYWA 1WP6A 3OLDA 4MNLA 1Q6FA 2J79A 3NSMA 1CTNA 1UR2A 3GYCA 4WJXA 1YHTA 1Q6DA 4ZXLA 1TA3B 3WMCA 1VF8A 3HMCA 1QHPA 2XUCA 3MSDA 1E5NA 4UFKA 3DC0A 4AIEA 1G0CA 4GO8A 1WNOA 4U33A 4H2CA 2G3JA 3MUIA 2D23A 5A6JA 1WDQA 2ZUUA 4CGTA 4PMQA 4H41A 2OWXA 3T08A 2C7FA 1FOBA 1MQRA 1H5VA 2VZSA 4JKMA 5I78A 2XWDA 4X0VA 4EKJA 1O7AA 4UQBA 1W9PA 2CKSA 5JIPA 3GXDA 1JFXA 3WDQA 1G94A 3WL0A 4CCEA 1Q6GA 5M17A 3WQ6A 5D9NA 3W27A 1ISZA 1V02E 2JF6A 1JL8A 1OBAA 4UQDA 1PX8A 3ARTA 4HP5A 2QMJA 3UETA 2GFTA 4MB5A 1WPCA 1TE1A 2CHOA 4PBGA 3EDKA 2WKGA 1PBGA 4D6IA 2MANA 1C91A 1QNOA 1JNDA 4CCDA 1VJZA 4Q22A 4BF7A 4Z2GA 1WZAA 1B3YA 1E73M 2X09A 1DWGM 3LPGA 4D6EA 1C8YA 1F4HA 4XB3A 5HPOA 3RM9A 4TUFA 4P7OA 4PTVA 1FP9A 2QF8A 4DUWA 3WFZA 2PBOA 1Z32X 4P7QA 4LX4A 2PWFA 2EXOA 4X9YA 3W4RA 1E40A 4DWSA 3I3BA 4YHGA 4A3HA 4C7GA 2XSBA 3WH5A 1OT2A 4FLSA 2XVLA 4J28A 5D9OA 3AIEA 3AMLA 2G3IA 2OSXA 2BVYA 1GORA 1BYAA 2W61A 2VO5A 1B31A 4B9YA 1QI0A 4Y7EA 4E8CA 2XVPA 3WNPA 3CHFA 2PWEA 3MMDA 3WL1A 2OSYA 2WMIB 3VIJA 4GIAA 5DO8A 2BHUA 5A94A 4AZCA 4BA0A 1C7SA 5BCAA 3WEMA 1A3HA 4AD4A 1XRVA 4GKLA 4CD8A 1E55A 3TONA 1U33A 2A3BA 1VEMA 4LXFA 2EO7A 2WVSA 5JUVA 3UCQA 2E4TA 3SCPA 3SURA 1EQPA 1XYZA 3QHNA 3RPMA 4C90A 2CYGA 4W8BA 2WM0A 2DT3A 3WEZA 2WZIA 3W28A 3OZOA 4AEEA 5A6LA 2OSWA 4KRTA 2Y2WA 1J0IA 3AHYA 4PMYA 3PZMA 4OUEA 2Y24A 2W91A 2DSKA 5C8BB 4XV0A 4PMRA 3G6MA 5CXPA 1JG9A 2VC9A 3W6LA 1V03A 5E6ZA 7A3HA 3W37A 3KWXA 1UH4A 5BXSA 1UYQA 5LA1A 1G01A 4J7RA 3AHZA 4ATDA 1TA3A 1C7TA 1QI2A 4J3VA 1J0ZA 3EDJA 1E6PA 5A6SA 1GVYA 3DYMA 1C90A 2WK2A 3ARRA 2J77A 1DHKA 2D22A 4QLJA 1CNVA 3SIMA 4J3UA 1MW1A 1DP0A 3D3AA 4P8UA 4UQ9A 4F66A 3NSXA 1QNPA 2CBJA 4B15A 2WYSA 1ZBKA 1I1XA 2XJ7A 4U3AA 3GH7A 5DMYA 4OOUA 2XFFA 5FOOA 3UG4A 1WCGA 3O6AA 4AD5A 2VX5A 3WUBA 2FHBA 5I6SA 1TZ7A 3CUHA 4DWSD 5CPQA 3AISA 2VOTA 1KXVA 2ZXAA 1H2JA 3WH6A 1BGGA 1QBAA 4RE2A 3I3DA 2E3ZA 5JIWA 4M56A 3KE0A 2VZVA 3WQWA 3K8KA 3TOPA 4MAZA 2WHLA 3W53A 2G8ZA 3OGSA 3WBAA 4Z2IA 2BS9A 4D6CA 1OT1A 3AHVA 4H8VA 3AIBA 4W89A 1ZL1A 2ZIDA 4IPNB 1JD7A 1VJSA 4FLOA 4J3TA 3WBEA 1R7OA 4UFHA 1QNQA 1MWOA 1MQPA 3D5HA 3VINA 2AMGA 3ZT7A 1GQJA 3B9DA 5CGTA 4V28A 3MV11 3BAIA 2F61A 3VD7A 2Z1SA 1UOKA 4F8XA 3WIJA 2WMIA 4R27A 4JFSA 4NRRA 4PSPA 2FH8A 4W85A 1EHAA 1UR8A 1HJSA 4IUGA 2J62A 5IHSA 3BCFA 5I77A 3WD3A 1WZLA 2WAGA 3K46A 3AHXA 1WDPA 1JF5A 3ZT6A 2XTKA 4ZE5A 2WMHA 1V0NA 3VGHA 2VZUA 4BCEA 1B3XA 2IXUA 3WH9A 2Z1KA 1CZ1A 4HZ6A 4WKHA 1GW1A 3W26A 3OA5A 3AROA 3L2MA 1UA3A 5M03A 3VIGA 3AIUA 3HN3A 3GH4A 1K9FA 2BHZA 2EPLX 7TAAA 3T09A 4MNJA 5FD0A 1MW0A 2BNJA 1HJWA 2DIEA 3VIHA 3ZR5A 3IK2A 3AOFA 4WIWA 2JIWA 1K6AA 4F9JA 1B90A 1JNEA 1MFVA 2DSWA 1XC6A 2J7GA 3SCRA 4WLCA 3WNKA 3PZ9A 2ZICA 4V2XA 5A95A 3WF3A 4UFLA 1KCKA 3M6DA 5FKYA 3TTYA 3BAKA 3J7HA 1BQCA 4Z2KA 3AZRA 3CPUA 3A4AA 4U2YA 3WENA 1WZKA 2RGLA 2QHAA 1E4MM 1HN1A 1TG7A 3WNMA 2ZX6A 5KEZA 1AQ0A 1GOIA 4JCMA 1VIWA 4JAWA 4UFIA 1ODUA 3AZTA 3MUZ1 1CIUA 1OSEA 1KGUA 3T0AA 1A47A 3MV01 4HOZA 2C0HA 4PCSA 2E9MA 4PMVA 1MVYA 3ZJ7A 2YA2A 5A2BA 3EMQA 3WUEA 1M7XA 4YN5A 3QR3A 4PMZA 2Y8VA 2O9RA 1P6WA 1VRXA 1H4PA 1OCQA 5GNYA 3UG5A 1PX3A 3IAPA 5D8WA 3L4WA 4QDMA 5I3DA 2WHKA 1EOMA 3VUPA 2W92A 1CGUA 2GDVA 4JKKA 4HZ8A 3BSHA 3PZOA 5CJ5A 4PUDA 2W5FA 4NRSA 4W5ZA 3SCQA 3WNNA 1LG1A 2VT0A 2WZHA 4JKLA 3WF0A 8A3HA 8CGTA 2VMFA 3OGVA 1H41A 4NI3A 1HX0A 2WBKA 3BAYA 3MU7A 2A3AA 1V0LA 1KGXA 1GPFA 3CUGA 4WK9A 3VD9A 4AZIA 2GJXB 2CKRA 1SMAA 2J4GA 1I75A 1QVBA 5ABEA 2JEQA 1JAEA 4HZ7A 4BQ3A 4CN1A 1CXEA 3AMCA 4ACZB 4QLLA 2UWFA 4OIFA 1XH0A 2O9PA 1ZJAA 2ZUMA 4E2OA 3VD3A 2UY4A 3RM8A 3T0BA 4JFUA 4W7VA 1KGWA 2O9OA 3AS2A 1NARA 1ITCA 4C7DA 1KQYA 3G6LA 3VGBA 2V5CA 3ALGA 1XSKA 1HJUA 3ZT5A 1PEZA 2D2OA 1JYXA 1E6XM 3MS8A 3AFBA 3OZPA 1B3WA 4RE3A 2J74A 2ZE0A 1TMQA 1US2A 1C93A 1XGZA 1GVIA 2ZXQA 3ZJ6A 3GTNA 2WBGA 2YBUA 1GUVA 2VRKA 1AQMA 1E3ZA 2PBGA 2TAAA 1QI4A 1GOKA 1Q6EA 1EH9A 1D7FA 1CXHA 3WKZA 3OB8A 1JFHA 2W67A 1CLVA 1TUXA 3WD0A 1GQIA 3ZSSA 1B3VA 2UY3A 1E3XA 1V3JA 1B1YA 3ARUA 2X8RA 2YDSA 4KH2A 1BAGA 3FAWA 4MB1A 2ZUWA 1FHDA 4UOZA 5DT5A 4KGJA 3IJ8A 1JZ8A 1HJXA 1MXGA 3TTSA 1V6YA 3DECA 2EEXA 1KR0A 3N11A 3OLEA 5I79A 4AD3A 2G41A 2ZUSA 5BRPA 1KBKA 4AIUA 1R87A 4U3CA 4UR9A 1E1FA 1OD0A 3VIOA 4HU8A 1MXDA 1D3CA 1DEDA 4OBRA 1CPUA 5BXPA 1PPIA 1V6UA 1W2PA 2VX7A 4RE4A 3SUTA 5A3HA 3ARVA 2BXYA 1JXJA 2ZUVA 1J18A 4CVUA 3BGAA 2JFEX 3W25A 2DQXA 2XM2A 2YL5A 2DSUA 2VUYA 4A3YA 1GOMA 2J7EA 4W5UA 1SMDA 1UZ4A 4CU6A 1ISWA 3VX0A 1MW2A 2QPUA 5EMYA 2WMGA 4GXPA 2D0HA 2HISA 1NWUA 1PX4A 1W9UA 1HP5A 3THDA 3B8SA 4ML4A 3WNOA 3NCOA 1E0VA 4OZOA 3T2QA 1ZS2A 1E4IA 2IUZA 4EE9A 1JGIA 4PMXA 1ITXA 1KXTA 4FLQA 4GQRA 4TTGA 2W62A 3WH8A 1NOFA 1XV8A 3AIQA 1RP8A 5IXEA 3NDYA 1UD5A 3GNPA 4JIEA 2VRQA 2GJXA 4U2ZA 4FK9A 4MJ2A 3MSGA 2W66A 3VGFA 1W9BM 4AC1X 1US3A 1HVQA 2DH3A 1MQQA 1XH1A 4X0NA 1KWKA 2XVGA 5M5DA 2Y5EA 4ACZA 1BVNP 1UKTA 2CBVA 3WD2A 5ABFB 3A6OA 4HMEA 1GQLA 3W24A 5CG0A 3W81A 3SUVA 1UWQA 4AIOA 5C70A 1QW9A 1RPKA 3W38A 2J8GA 2WVTA 3WELA 1FP8A 1QOXA 3KZSA 2FDMA 3NJ3A 3ZO9A 3BCDA 4MB4A 1LJYA 2Q8XA 5CSYA 1X6NA 1CEOA 3WF2A 1V08A 3M7SA 4CU7A 2CEQA 1HL8A 3UR8A 3QHMA 4PTWA 3U5UA 3VKKA 3WMSA 1QBBA 2GK1B 2GUYA 1G5AA 2JIEA 2EJ1A 1EO7A 1K9DA 3B9AA 3CGTA 2YA0A 2VRJA 5A2AA 1BG4A 1OD8A 2X2YA 3ARXA 3PZTA 4JL2A 4UZUA 3VPLA 2O92A 2X0HA 2XFRA 5GQBA 1VAHA 2WC3A 2HVMA 1HT6A 4NF7A 3WD1A 3VDAA 3VGGA 3CZGA 2CNCA 4F79A 2BV9A 1U30A 2VVNA 1VBUA 2WB5A 1HKMA 4U5IA 1NQ6A 1V3KA 1OIFA 1C8QA 1HJQA 3BLKA 2DSVA 3AIRA 1E43A 4D72A 1WDSA 4GI8A 3VX1A 3IAQA 4BQ5A 1J11A 1W3JA 2V3GA 1HF6A 4AW7A 1QHOA 4OOZA 4E8DA 1QNRA 3K8LA 1BHGA 1H1NA 2XM1A 2DEPA 3GH5A 1VEPA 1VFUA 3BLPX 1W1YA 5D8ZA 2ZWYA 2QV4A 1FH7A 4AZHA 3PHAA 3T2PA 4J3XA 5A2CA 3HU7A 3VVGA 3OLIA 1EDGA 1CXKA 4TX6A 5FIPA 2WVUA 2BY1A 3VIPA 2XFYA 1KQZA 1EDTA 1QI3A 1EO5A 3AMGA 4K68A 5ABHA 1BVZA 1L0PA 1CENA 3K1DA 2UY2A 4DM2A 3BH4A 1OGGA 4OJYA 2WVVB 1JZ2A 5CLTA 4PMOA 4PMUA 4HA3A 3VIFA 1W9VA 1XD1A 3QOMA 5I2UA 1DWFM 3PBGA 5FL0A 1KXQA 1UWIA 3B9EA 4W8AA 1QI5A 3WN6A 2NSXA 3WQ4A 5EFFA 2DGAA 2V3FA 3BC9A 5JBFA 3AS1A 3GNRA 2ZUNA 1CGWA 2VZTA 3UG3A 5BXRA 3F5KA 4HMCA 3ZOAA 1V6XA 1W2VA 2NW0A 4CU8A 1GONA 4PMDA 4AZGA 2VR5A 1GQKA 4TX8A 2WC7A 2XIBA 1UKOA 4YHEA 2VJXA 4UFJA 2PF0A 4W8LA 1XHGA 1EXPA 3WQVA 2GJRA 3WH7A 2Y4SA 2PB1A 2J7HA 1CGXA 1K9TA 1HJVA 4W88A 2BY2A 4EK7A 1NH6A 4S3KA 1BYBA 3AQUA 2AOSA 3N15A 4U5KA 4OKDA 3UERA 5E70A 4RL3A 3WDHA 3VIIA 2CITA 1ISXA 1JZ6A 1CECA 1GHRA 4HU0A 3WDRA 3CHCA 1MFUA 2A3HA 2CBUA 2VQUA 9CGTA 2AAAA 1F4AA 3LPOA 2WANA 4W93A 4BQ2A 4LYQA 1BF2A 1V0MA 3FHAA 1E4NA 3SCTA 2E8ZA 2ZX9A 2DT1A 2XGIA 1E6SM 3SUWA 2BVTA 2YLAA 5TD4A 1RD6A 5AC5A 4P8WA 5CGMA 1IZJA 1BYCA 3AIWA 2PI6A 1CBGA 2WMJA 2EQDA 1N82A 3NYDA 3BMVA 1RH9A 2EBNA 2J75A 1JD9A 2GVYA 3WUFA 2YBTA 1JZ5A 1H3GA 2B31A 1VENA 1UWUA 5A8PA 2CIPA 1BSIA 2OWWA 2D3LA 3CHEA 4TXEA 2XIIA 1I1WA 1EA9C 5A8MA 5IFTA 3THCA 1FHLA 4B9ZA 4WSKA 4PTMA 2DH2A 2JALA 4FF5A 3RCNA 3AYRA 1GJUA 1V3MA 2DIJA 3CO4A 3AIVA 1UWSA 1MYRA 1UD3A 2WSKA 1OM0A 2ZWZA 2CERA 2QMKA 3CH9A 1BYDA 4AYSA 1KR1A 1W91A 3A3HA 4XZWA 1JI2A 3WD4A 2DDXA 1C3FA 1ODZA 5CZKA 3FNDA 4QP0A 3AMDA 3VU2A 1CXLA 4CD4A 2ZXBA 3PZNA 4EANA 1V3IA 1BPLB 1LLOA 3EDFA 3L2LA 1ISVA 2ZX8A 4UTFA 5FCZA 4HMDA 3N04A 5A8QA 2VL4A 3ALFA 3BAWA 4GQQA 3QOKA 1FA2A 3DYPA 3QGVA 4MDOA 2G3NA 3AS3A 3VD5A 1GCYA 4QFUA 3DHUA 3T2OA 2WLZA 1C8XA 2GDUA 5KZ6A 1EGZA 1NP0A 4ATWA 2WVVA 1ZJBA 4UQCA 3ARQA 4AMCA 1W3KA 1M04A 3LPPA 5D9PA 4M81A 1UQYA 2FHFA 2XWEA 1U2YA 3RM4A 1J10A 2F8QA 3WUGA 1UD8A 2OYMA 3RIKA 4XZBA 2DPEA 2PWGA 3RMEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2AGK A;  4M1B A;  5G1T A;  5I3J A;  5C9Z A;  5D2Y A;  3ANV A;  4WUI A;  3SRF A;  3LPF A;  1B3Z A;  2V5K A;  5LA0 A;  3XIS A;  5KZM A;  3W75 A;  5FL1 A;  1HKI A;  4LPC A;  3WDI A;  1E72 M;  1V5X A;  3AMK A;  4CUC A;  4GHR A;  4B90 A;  1CLX A;  2Q8Z A;  3UZZ A;  1TWI A;  3KDO A;  2QS8 A;  4PSR A;  3R11 A;  1UHV A;  3W7Q A;  1SW3 A;  2ZAD A;  1BFN A;  5AYY A;  2ISW A;  2OZ0 A;  3IJQ A;  2BGN E;  1XFB A;  1SFL A;  4WDT A;  1KRM A;  2YIH A;  3BSG A;  5CZJ A;  4LNY A;  4FOU A;  1EKO A;  5D04 C;  3E2V A;  5FSD C;  1EZ2 A;  3PAO A;  3PPG A;  4Q6X A;  4G8T A;  3FHQ A;  5AC6 A;  3NOY A;  3P84 A;  4XTD A;  5HXM A;  3MP4 A;  1A5C A;  3C0Q A;  3TYC A;  1JIB A;  3NL3 A;  4NZC A;  2VEN A;  1WDW A;  3EX6 A;  4ZZ9 A;  2WSP A;  3MI2 A;  3W7C A;  4JDY A;  4IT1 A;  3RX4 A;  4BQ4 A;  2ESC A;  1E1E A;  4D6D A;  1W3T A;  3EX3 A;  2DVU A;  3C56 A;  1A5B A;  4A21 A;  3C2O A;  3ME3 A;  4F0S A;  1DXI A;  4HHM A;  4P7R A;  3LTY A;  2CXG A;  2R82 A;  3PTM A;  1GYN A;  2C79 A;  3CYV A;  3ARS A;  4QE5 A;  2UY5 A;  1WP6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2GK1B

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