3W28 | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNEVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTALDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 10
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermoanaerobacterium saccharolyticum
total genus	122
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-11-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3w28A00

4R5EA 4QAWA 4PMNA 1JYNA 3CIVA 4N42A 1K9EA 4X9YA 1VFFA 1AQMA 1GJWA 4AYSA 3CO4A 2XTKA 4QLKA 3B9DA 3W25A 1KQZA 3UG5A 4JKKA 1L0PA 4DWSC 4J3XA 1US2A 2VCCA 1BGAA 1RD6A 1XYFA 3ZT7A 4HZ8A 2G8ZA 4HMEA 3MV11 4L4PA 1GORA 5DMYA 1ZJAA 5I0DA 1MXGA 4QDMA 1R87A 5IHRA 2J25A 4Y7EA 2QF8A 1QBBA 1E43A 2BXYA 1W2PA 2D24A 1E4IA 3UEQA 3AHYA 3QHOA 4A3HA 1EH9A 3APGA 5DO8A 4AW7A 3FAXA 3SEPA 2J8GA 3POCA 3EDJA 1WKYA 1ITXA 4GI8A 4H8VA 3FHQA 3IK2A 1G9HA 3GXMA 3WELA 3BXWA 4U2YA 1MFUA 1QHPA 4KRUA 2YDQA 5DT5A 3CHCA 2E4TA 3LPOA 2DSWA 1UR2A 1EOMA 3QHNA 4QLLA 3OLDA 4AZCB 1DTUA 2XVKA 2ZXAA 3WH9A 1WZAA 4GO8A 1IV8A 4FLSA 4JZ5A 1B3XA 1FP9A 3VMOA 4WJXA 3BGAA 1DHKA 3CPUA 4IUGA 2JIEA 4LXFA 1EGZA 3AHTA 1WDSA 4JFUA 4UFLA 4ZFMA 2ZXQA 5CPQA 4F9JA 1UD4A 1OB0A 2WM0A 1JYWA 4MNKA 1B9ZA 2ESCA 3K4AA 1J10A 3DYPA 3AS2A 3OLIA 2UY2A 3B9AA 4NF7A 1HJSA 1QW9A 1M01A 2CERA 3DHPA 3UETA 1QOXA 4W8LA 3UG4A 3S6TA 1C91A 2OLHA 2XPKA 3K8LA 3SCTA 3I3BA 3WD3A 1NH6A 4UQBA 1JXKA 3W37A 1JF6A 3VM5A 3OLGA 5FL0A 3U57A 3W0KA 2ZX8A 5FCZA 4AISA 4X0VA 2VZUA 1TCMA 2OYMA 5M17A 4JFWA 1UKPA 3W24A 4W86A 3VUPA 2J7EA 2WHMA 3OBAA 3KEHA 4MJ2A 2XUCA 1KGWA 1K6AA 2W62A 4UFIA 1D7FA 1BYCA 2WVUA 4ACZB 3AYRA 4UOJA 3AZSA 3L4TA 4MNJA 2WWCA 5IXEA 2PB1A 3NDZA 3WNLA 2GJRA 3W4RA 5D9MA 4MTVA 3WDHA 1V6WA 3EDEA 2DIJA 3AS3A 5ABEA 1BYBA 4D71A 1H0IA 1W9XA 4HA4A 3ARZA 4P7RA 2A3CA 3GDBA 3VGHA 1HN1A 1W9UA 2BV9A 2VQTA 2J77A 1H0GA 1JXJA 2W63A 2OSWA 3SUVA 2JF7A 3ZR6A 1JZ6A 2YDSA 3DYOA 3RJXA 5I77A 1I1XA 1XV8A 2ZIDA 1BVZA 1JZ7A 1DWIM 1UQZA 5BWFA 3WF1A 3PTMA 4FK9A 4B3KA 2IXUA 4UQ9A 3AYSA 1V03A 1CGVA 1VEOA 1EO5A 2VR4A 1NM9A 3GNRA 5A8OA 3WMSA 4E4PA 3LPGA 4W84A 3N17A 3FHAA 4CU6A 4WKAA 4GXPA 3VGGA 1HJQA 1UH4A 2CITA 3CTTA 3BAWA 3WUFA 3CMGA 2VX4A 1BF2A 3VPLA 1V3MA 5GNZA 4LPCA 2PWEA 1J9YA 4WSJA 4HPHA 3WFZA 5BRQA 1QNPA 5CJ5A 1J0JA 3SCNA 2Z1SA 3KZSA 1YQ2A 2WVVB 5DF0A 2VCAA 1EDTA 4D6GA 1Y7VA 4W8BA 4H8HA 1LLOA 4PTWA 4GZIA 4URIA 4B3LA 2EXOA 5KEZA 3ZJ7A 1XH2A 3W82A 2D2OA 2YA1A 3T09A 1DWFM 1W9PA 1WO2A 3W28A 4OOUA 4KGJA 4D6JA 2OSYA 2QMJA 5HPOA 4PEEA 1C8XA 1ESWA 3MO4A 1UR9A 3SUWA 5E70A 2D0FA 2VMFA 3VVGA 1U2YA 3PZMA 1C92A 1GQLA 3WQWA 5I3DA 1V08A 5D9PA 1UWTA 3L4VA 1V0LA 3OLEA 4E8CA 5KZ6A 2PC8A 2V3FA 4TOQA 3ALFA 4RE4A 3WQVA 2D23A 2Y5EA 2VVNA 4HA1A 4E8DA 3PZVA 1GZJA 4FLRA 5M3WA 2JF6A 1M03A 1HKKA 3SCOA 5F7UA 1W3HA 3THDA 3L2MA 5HDRA 1HXJA 2GJXB 1ZU8A 2E9LA 4AD5A 2UY4A 1RH9A 3SCWA 4UNIA 4PMVA 1GONA 1D3CA 4AZ6A 4OBRA 3VGFA 1MW1A 4A4AA 3VM7A 4NI3A 4XB3A 5LA2A 4J3WA 1JYVA 1IT0A 5M5DA 2OWCA 1UD6A 2DDXA 3WY1A 1GVYA 1ISZA 4AIUA 1JIBA 2Y4SA 1PX4A 1NOWA 1VEMA 3VTRA 1VB9A 1WZLA 5AC5A 3GH4A 3WBAA 4LGXA 3A6OA 4GQRA 4ACZA 2OWWA 1TUXA 4OBSA 3N15A 3AMLA 1JFXA 3EMQA 1GOKA 4Q7NA 1VFOA 2VX5A 2VVSA 2VZTA 4BCEA 4XV0A 3ARSA 4HOXA 2ZUVA 2JEPA 1LJYA 1R7AA 3SUSA 1LF1A 3ZIZA 1JZ3A 3GZAA 2O9OA 3ZOAA 2Y2WA 1C90A 4M80A 1H41A 1QHZA 4MJ4A 3BC9A 2EPLX 3O6AA 1WPCA 1V6YA 3TTSA 2WB5A 4M82A 2VZSA 4D6FA 1CLXA 1XSJA 4CVUA 3B9EA 2DEPA 2ZUTA 1WZKA 4AIEA 3NDYA 4M8UA 1KR0A 1NOUA 2WSPA 1QNQA 2BY3A 1US3A 3VKKA 1MFVA 3IJ9A 4PYSA 1C8QA 2B31A 1TFVA 4OJYA 2QMKA 2YJQA 2WCSA 2E40A 2D20A 5CSUA 4W85A 2VTFA 2ZUUA 2EEXA 3BAKA 1EHAA 5I6SA 2BFGA 3M07A 1V6XA 2W61A 2BVTA 3CZLA 3WEMA 1TZ7A 3MUIA 3UESA 2PBOA 5IFPA 3F5LA 5A8QA 3PN8A 4HPGA 1VENA 5CGMA 2G4FA 2YLLA 4MPKA 2PF0A 2WLYA 1MW0A 1BTCA 1J01A 1OGBA 1C7SA 1LWJA 2VURA 3W26A 2VC9A 3PTKA 1F4HA 3MUY1 4MB1A 4WIWA 4XZBA 3ARYA 4MNMA 3QGVA 1XRVA 5EBAA 1FHLA 3WMCA 3SUUA 4UFJA 4EAMA 4HU0A 4AEFA 4UQEA 5IFTA 3ZT5A 1B3WA 3VD3A 2J62A 1NOFA 1E6PA 4P7NA 1OINA 4D6HA 4AZHA 2FH8A 2E8YA 1G1YA 2XGIA 2XSAA 4WK9A 2WC4A 2GVYA 1XCXA 2GJXA 8A3HA 4UZSA 1UWRA 1FH9A 3OGSA 3PZTA 4JAWA 4H7VA 4CCDA 2BNJA 4EE9A 2DPEA 5HPCA 5FL1A 1V6VA 5JBEA 2CIPA 2ZE0A 2GSJA 4KWUA 3A47A 1P6WA 1U30A 1EIBA 4H41A 4JFSA 1XCWA 1E4NA 1R86A 2Y8VA 4PMXA 1WDRA 3CHFA 1XYZA 1I75A 1LL6A 1MXDA 3RM9A 3EDFA 4MADA 2NT1A 1ZL1A 5CLTA 3BMVA 3D5HA 3CZEA 3F4VA 1QNOA 3VDAA 4DUXA 3U7VA 2EPOA 2VL4A 5CGTA 3AMCA 2RGMA 1ECEA 4PMZA 1L8NA 4M1RA 2PWGA 3VOCA 3GH7A 3AOFA 3ECQA 1VEPA 1GOOA 2ZX7A 7A3HA 3M6DA 4TTUA 2BXZA 1E0VA 1SYTA 1J0ZA 2CBUA 3OB8A 5E6YA 5ABFA 3GTNA 3SCPA 3T2QA 2DT0A 1E9LA 1GOWA 1E4LA 1KQYA 3RIKA 2FDMA 3GYCA 3K1DA 3VIFA 4W5ZA 4NRRA 2J79A 1HP4A 4LYRA 4N0RA 2VO5A 2NSXA 1E6ZA 5E0CA 3T2PA 1J12A 5DFAA 9CGTA 2JALA 5CPTA 5HBFA 1G94A 4J3SA 1ISYA 1V3JA 4PCSA 4OZOA 2AAAA 3N11A 3WN6A 2WXDM 3ZO9A 1EA9C 4UTFA 1E1EA 1JNEA 2C8NA 1XH0A 2ZUSA 1C3FA 1V02E 3WD4A 2VJXA 2JEQA 1VFUA 3U5YA 3WEZA 3VD5A 4F79A 1VJSA 1NARA 4V28A 3VIIA 1HVXA 5FOOA 2YBTA 5AYBA 1XC6A 1XSIA 3T0AA 1H09A 3FAWA 1FP8A 5GQBA 5IHSA 2WW5A 3VILA 5A8PA 2G3NA 2DSZA 4TUFA 1EO7A 1NWUA 1B90A 1BGGA 1SMDA 1E4MM 2XHYA 3N9KA 1KBBA 1J0HA 1V3LA 2ZUMA 2WVSA 4PMYA 4V27A 2OYLA 1OIMA 5JUVA 2J7GA 4QLJA 4H2CA 4U31A 1ISVA 1OT1A 4C7GA 3DYMA 1OIFA 2UY5A 1UYQA 5A6MA 3WH7A 1CNVA 2BVDA 1JI1A 2O9PA 3WENA 4IPNB 4PTXA 4CD6A 1BPLB 1QNRA 3BH4A 3AIUA 4FMVA 3WKZA 4U5KA 4V2XA 3CZKA 4NZCA 1HVQA 4J7RA 5ECUA 1BLIA 4U2ZA 3ALGA 3K46A 3SUTA 1R7OA 4PRWA 4CN4A 1E5JA 1OSEA 2EJ1A 2XIBA 2XJ7A 3OA5A 2PBGA 3EYPA 3W6MA 4W89A 5GNXA 4R27A 1PPIA 1W9BM 2OWXA 4AWEA 3MKKA 1ZBVA 2A3BA 1MW3A 3E1F1 2XG9A 2V5CA 1CYGA 1E3ZA 3MV01 4MDPA 1CXHA 1E1FA 4HP5A 4D6IA 2WZEA 4P8VA 4U33A 4Q22A 4HOZA 4WSKA 3G6MA 2WMFA 2XVNA 3NIYA 5M03A 2VT0A 3UERA 3WDJA 1B0IA 1VF8A 2DH2A 1HT6A 4QP0A 1W1VA 3AIQA 2WAGA 1UHVA 3L4YA 3WF2A 3SCVA 4FLOA 3VIKA 2WHLA 3NSMA 1KGUA 5GPRA 3N1AA 4MAZA 4AD3A 5A1AA 1E0WA 1CPUA 3ZQ9A 4AEEA 1WB0A 5HNNA 1W1PA 5C8BB 1VBRA 1QVBA 3TTOA 1ODZA 2PWFA 4LYQA 4WLCA 1VFMA 4UQCA 1EOKA 2E8ZA 3TTYA 2CHNA 2GDVA 2D0GA 1DWGM 3HMCA 1UKSA 4BZYA 3VGBA 1PX8A 3ZJKA 1NP2A 3WDQA 4UQAA 2YL8A 1BQCA 3W27A 2WMHA 5IDIA 2WMJA 3UR8A 1K9DA 1JZ8A 4JCLA 3WMBA 1OWQA 3OGVA 1HJUA 3CMJA 2J8FA 5FD0A 2Z1KA 1X6NA 1XH1A 3AHZA 1MVYA 1B3ZA 3WBEA 1U33A 3W53A 2O9TA 2E9BA 1EQCA 4IM4A 3QOKA 4L4OA 5AC4A 1VBUA 3L4XA 1TE1A 1HF6A 4GI9A 1LQ0A 1ZBWA 3N13A 2A3EA 2YIHA 4PCTA 3BAJA 4M81A 1AQ0A 3FY1A 3AHXA 1UKQA 2G3JA 1C93A 1VRXA 4AXNA 2ZWZA 3AQUA 3AXHA 1YHTA 3ARTA 3VIMA 1V0NA 3PZ9A 4UQDA 3WH5A 1B2YA 3FN9A 1HP5A 3ZJ6A 2WZHA 1VJZA 1PEZA 3ZSTA 1UWUA 3WF0A 1PAMA 4P7OA 2CBJA 5I79A 4BQ2A 1BYAA 4NSBA 3II1A 3HN3A 4DUVA 3A4AA 3DECA 3VIPA 3GXDA 1CECA 1GHRA 2DSVA 4ACYA 1GHSA 3J7HA 4HMDA 3ZR5A 1G0CA 2X2YA 4BS0A 5A6LA 2EQDA 2CHOA 6CGTA 3OGRA 2WMIB 4ZE4A 1RPKA 1HNYA 1KXHA 1BG4A 1OGSA 2DIEA 2XYLA 1W3JA 1N82A 2YL5A 4JIEA 4GKLA 3T2OA 2YDRA 3MS8A 1OT2A 4M56A 4BF7A 4AZBA 1QI0A 1RP9A 1FH7A 2WPGA 1M04A 4AC1X 2G3MA 5BCAA 3GNOA 4DWSB 3RJYA 2G41A 1X6LA 1HJWA 2WSKA 3WH8A 1UZ1A 4AZ7A 5A6JA 4OUEA 3CZGA 2XFYA 4P8XA 2WMGA 4HA3A 4PMDA 5A69A 3WDPP 3U5UA 2D3NA 4PTMA 4JFVA 2FHCA 2ZX5A 1GJUA 3PZQA 3GH5A 2VNCA 2J7DA 2WKLA 1JZ2A 2DH3A 3OG2A 4J28A 4WF7A 5BYWA 4UFKA 4J3TA 5E09A 4FLQA 4F8XA 2OSXA 3SCSA 1QI4A 2Y8KA 1BYDA 1GQJA 1MQQA 3AI0A 5ABFB 1QBAA 3N18A 3PHAA 4BQ4A 2C7FA 1TG7A 1GUVA 3T0BA 4OKDA 3SCQA 1XSKA 4AZ5A 1E15A 4U3AA 4GZEA 1ZS2A 3WQ8A 1LL4A 2W67A 4PTVA 1AVAA 3WFLA 4JKMA 2YLAA 3AIVA 2YA0A 2XSBA 4WKHA 1Q6DA 2EBNA 3AIWA 2XGBA 2XVLA 4X0NA 4M24A 4D6CA 2AMGA 2VOTA 4AIOA 2WBGA 1BAGA 1M53A 1CXLA 2W5FA 3AMKA 4EKJA 2XIIA 4HTYA 2X0HA 3FXYA 4ATWA 3AICA 3WF3A 4BA0A 1HJXA 4PUDA 7CGTA 1EHNA 2WC3A 2EO7A 3WF4A 2VRKA 4AD4A 1XD1A 5A6BA 3ZMRA 2JE8A 3WL1A 5E6ZA 1CIUA 3OZPA 3W81A 2J78A 2CEQA 2IXVA 3NSXA 1DWJM 4K68A 1HKJA 4LYPA 1ITCA 1TA3B 4PMUA 1BHGA 1CXKA 4J3UA 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5I5RA 4CD4A 3AMGA 5HOSA 3RDKA 4PUEA 2DSKA 2IUZA 3W29A 3WDIA 3F5KA 5D4YA 4D1IA 1WCGA 1NWTA 3NUKA 3CLWA 1E6QM 2J75A 1TVPA 1KGXA 4QCFA 3CGTA 4CD8A 4F66A 4GIAA 4UFMA 3QR3A 4LX4A 4OOZA 3ARVA 3TTQA 1UH3A 3M46A 4CVWA 3FW6A 1V02A 4AY1A 3BAIA 3MUZ1 3DHUA 4ATLA 5EB8A 2A3AA 3ARWA 3VD4A 4W7WA 4Z2KA 3N04A 2D22A 4ZE5A 1KB3A 1B3YA 5I23A 4CN1A 3VX1A 1NWRA 2O9RA 1MYRA 3AROA 2GK1A 2BS9A 1E3XA 4UZUA 3EMCA 2VZOA 2DSUA 3WUEA 1AMYA 1J18A 1HL8A 1OD8A 4TX6A 1JZ5A 2YOCA 4P7LA 1B1YA 1WP6A 1A3HA 1KBKA 4XX6A 5A6BD 1Q6CA 5BXTA 1KFWA 2ZOXA 3GBDA 2CKSA 1JG9A 1GW1A 4Z2IA 3K4DA 2DGAA 3WSUA 1GOQA 4GO9A 3NSNA 1PBGA 1OBAA 1FFRA 2FHFA 4MB3A 3B8SA 2UWFA 1XD0A 4D1JA 1CENA 2WK2A 1JYXA 1UQYA 5A6SA 1FOBA 3TA9A 1JNDA 1TA3A 3RILA 3VDBA 1PJ9A 3WNMA 1R8LA 4DM1A 1XHGA 1WDQA 1GQIA 4W5UA 1KWGA 2YL6A 3QOMA 5BROA 1CWYA 1NQ6A 4J27A 3PBGA 4E2OA 1ZB5A 1E55A 5I24A 2DQXA 3ARXA 3CUGA 4W87A 3LPFA 1H3GA 2VQUA 1K9TA 3KWXA 3KL5A 1QI3A 1IZJA 4YN5A 5CG0A 3T08A 2W4XA 4UR9A 2CPUA 2EPKX 2J47A 4GPNA 4QFUA 1UKOA 1UOKA 1UA3A 1PZ2A 4W8AA 3WEOA 1X1NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3W28A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations