3W28 | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNEVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTALDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 10
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermoanaerobacterium saccharolyticum
total genus	122
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-11-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3w28A00

3NUKA 4J3VA 1JYVA 2PI6A 2DDXA 5E70A 1OIMA 3AMLA 3VIMA 4OUEA 4URIA 1VFFA 3CZKA 4PBGA 1SYTA 5M03A 4PMOA 4H8UA 3PTQA 3GXDA 4TUFA 4ZXLA 3SCPA 3MV01 3NYDA 2W92A 4D6HA 1CGWA 1E5JA 4PYSA 1WZMA 1ISWA 2C7FA 3EDKA 3PZMA 4GKLA 4AD5A 4P7OA 1W1VA 1EH9A 1QW9A 4PTMA 4HA4A 1HJVA 1W9DM 3TONA 1ZJAA 3VNZA 1UR1A 2CKRA 5HDRA 1EHNA 3RM4A 3SCVA 2XVPA 1Q6CA 4QAWA 4UTFA 1H11A 4UCFA 1J0IA 1E5NA 1HX0A 3A3HA 1V02E 4GIAA 5CLWA 3ZM8A 2WLZA 3AZTA 3WUGA 2D2OA 4X0VA 6TAAA 1E6XM 1B3XA 3WSUA 3VO0A 1LG2A 1AVAA 4WSJA 1W3KA 3WNOA 1Q4NX 2XPKA 1LL7A 4BF7A 1HJXA 1I1XA 1FP9A 1MQPA 1V0KA 2J7BA 1ZBWA 5M3WA 4GI8A 3EDDA 5I5RA 1QOXA 1Q6EA 3T2PA 3ARZA 1UWUA 1DWHM 1UKSA 4Q22A 3WUBA 1V03A 1JF6A 3WQ6A 1PZ2A 3VU2A 1VF8A 2Y4SA 3UCQA 4M1RA 4P8VA 2GJPA 2XSAA 4PMVA 3PZ9A 1PEZA 3L4XA 3CMJA 3RJYA 2V3GA 2VZUA 2CNCA 4MJ2A 1HXJA 1MXDA 3UR8A 4CD8A 1C93A 3TP4A 2YA2A 1UKTA 3CMGA 3AIVA 3SCNA 4H04A 2FHBA 1OM0A 2W5FA 1C7SA 2IXUA 2CBJA 4UZUA 3VDCA 2W4XA 5FL0A 4AD2A 2PWDA 4JCMA 5DO8A 4W7VA 1JYWA 4ATDA 1QNSA 3FHAA 1VFOA 1B1YA 3BAKA 4EE9A 4BQ2A 2Y2WA 2WKLA 2D23A 4E8DA 4JAWA 4PCSA 3SCQA 3MO4A 4AW7A 1J9YA 1C90A 3VDBA 4WK9A 2FH8A 4AEFA 2HVMA 2WVUA 3E1F1 1UH3A 5GNZA 1V0LA 3SCUA 4UFLA 4YPJA 3OZOA 5CSYA 1CDGA 3AS2A 1GOKA 1JAKA 2VQTA 1QPKA 3CUGA 1IT0A 2UY4A 2HISA 3VIFA 5A6MA 2CESA 2GJXB 4MB5A 4W8BA 2PBGA 1VEMA 5CLTA 3RJXA 1KCLA 3VGEA 3G6LA 1CECA 3UG5A 3SEPA 5CG0A 5D9OA 4M29A 3W37A 1VEOA 2VCBA 4CVUA 3KL0A 3RILA 1WKYA 4GO8A 1VB9A 1UWTA 4J28A 2DH3A 5A6BA 3N04A 2GJXA 3EDEA 3AMGA 3VDHA 1GVIA 2E40A 1ODZA 2PB1A 2O9OA 2WZIA 4U3CA 2J4GA 3W4RA 1AQ0A 4M80A 1VBUA 1EOKA 2YJQA 4AZCA 1IZJA 4HA1A 1K6AA 4JKKA 4PSPA 3VPLA 2G8ZA 1U2YA 4D6DA 2XIIA 2D1ZA 1AQMA 3UR7A 2JE8A 1XYZA 1E55A 3AHVA 4IPNB 1JYXA 4U5IA 2OLHA 4D72A 4PMYA 2WCSA 3AS3A 3OGSA 2DT0A 1G9HA 2O9TA 1X6LA 4MDOA 3VDAA 2PC8A 3VD9A 2GK1B 1PX4A 5TD4A 3OLIA 4P7QA 3ZIZA 1UR2A 3JUGA 3BSGA 2WVSA 3CIVA 2YLLA 2OSWA 1TUXA 1E9LA 5BXTA 2VVSA 3ZJ6A 1GZJA 5AY7A 4GI6A 1MW0A 4D71A 1HT6A 3GYCA 2DIEA 1V0NA 2XFFA 3DYPA 4XZWA 3THDA 2DT3A 3ARWA 1I75A 2EPMX 4UZSA 4BA0A 2GK1A 5HOSA 2OWCA 4W86A 5CSUA 3BLPX 1KBKA 4XZBA 4NSBA 3WH5A 2XM2A 3ARUA 5D8WA 3QHMA 1UD4A 4NRSA 3POHA 3VVGA 3BLKA 3W29A 4MB1A 4UFKA 3AHZA 2JIWA 4Q7NA 2PWEA 3UERA 4KRTA 4ZE5A 5A8NA 3CZEA 1H4PA 1UZ1A 1HJSA 3NIYA 3MU7A 3WNKA 3DYOA 2WW5A 4IUGA 3WBEA 4LYPA 4TVDA 2FGLA 3VMOA 5A3HA 1KFWA 2BXYA 4FLRA 3D3AA 4UFMA 2JIEA 1MFVA 2WYSA 1QI2A 1BVNP 3K46A 1V3LA 1ISZA 1JDCA 1E4LA 1FFQA 4PCTA 3MSGA 5BRPA 5E0FA 1E6QM 2QV4A 2WVVB 1XSKA 1NOUA 2CKSA 3GNOA 4DUXA 1WDQA 3WMCA 4UR9A 3MUAA 1CXFA 2V3FA 3N15A 4MNKA 3SCSA 5A8OA 4WIWA 1B3VA 3L4UA 1UKQA 3KE0A 2ZX9A 4LPCA 3GNPA 4UQEA 5A94A 1C3FA 3J7HA 1JAEA 3AYSA 5JIWA 1CIUA 1LWHA 1UR9A 4AC1X 4AD0A 2XVKA 2Z1KA 3AHYA 4CKQA 2W61A 2XUCA 2WVVA 3U7BA 5A6JA 1CTNA 2FHFA 3PTMA 2FDMA 3AI0A 1UD6A 3CUFA 3M07A 3OZPA 4FMVA 5JBEA 4YHEA 4KGJA 2CERA 2ZUVA 5CQ1A 2VZTA 4PTWA 4M8UA 1B31A 3GH7A 1R7OA 1CWYA 1TA3B 2O92A 4NF7A 3WDHA 3A6OA 1C92A 3WL1A 1E73M 1W9BM 2XTKA 5LA1A 2GVYA 7A3HA 3VIKA 4FLQA 2CHNA 1F4HA 1E1EA 5CJ5A 2AOSA 1CXEA 4HOZA 3WDIA 2BY3A 1JZ2A 1V6XA 2E8YA 2EPNA 4BQ5A 2VTFA 4D6JA 1TA3A 1E0VA 1CGTA 2OYMA 4AISA 2QMKA 3PZUA 5IHSA 2IUZA 4H8HA 3WUEA 1QNOA 2V5CA 2XWEA 2XGBA 4UFIA 5C70A 4FLOA 1XSIA 1JI2A 4OOUA 3ZOAA 1PIGA 3AXXA 1GQJA 2JEQA 2WMHA 3BXWA 4HTYA 4IM4A 1NOWA 1KWKA 4WJXA 1BSIA 4U3AA 5I23A 2A3CA 3SCWA 4PMNA 1O6IA 4P7NA 1CZ1A 3WIJA 3K4DA 5FIPA 4ZEPA 2EPKX 2DT1A 4GI9A 4P7LA 3M46A 4MNJA 3POCA 2J7GA 1EQPA 4P7RA 2NW0A 3G6MA 1E72M 4PMRA 1GQLA 3RDKA 4AZ7A 1UKPA 1JZ6A 3F5KA 5D8ZA 4GZJA 2CBIA 3W6LA 1V08A 4UQCA 3VIGA 3ZO9A 4NZCA 1ECEA 2V3EA 2Z1SA 1M04A 3B9EA 3PN8A 1CYGA 1ESWA 1HP4A 3CZ8A 2WCAA 3ARPA 3W27A 3GTNA 1GHRA 4UOQA 3W25A 2VZVA 2OWWA 1JI1A 2J78A 3N1AA 1US3A 1FHDA 2GFTA 3VIPA 2XVGA 4OBRA 2QPUA 3BCDA 4AYSA 5A6LA 2DH2A 2ZUSA 3AQUA 3WQ5A 1GPFA 4DM2A 1UH4A 1GJWA 5HNNA 1OBAA 1HJUA 2Y8KA 1J0JA 1W9PA 3MKKA 2J75A 2WWDA 5BWFA 1JFXA 3WMBA 1B0IA 4QLKA 1RH9A 1CXKA 5CGTA 3U7VA 3CHDA 4F9JA 1LL6A 4RE3A 2NSXA 4ZE4A 3GM8A 1BG9A 1VIWA 1W3HA 4PMQA 3IAQA 5EBAA 4H41A 3GXFA 4D6GA 1XD0A 1R87A 4CU7A 4PEEA 5A2BA 2G3MA 2G3JA 3WDRA 3O9NA 5AYBA 4D6IA 3VGGA 2ZUWA 1J0ZA 3II1A 3LPPA 3MUZ1 4JFUA 1ZU8A 2D0GA 5A69A 1VBRA 1VFMA 4F9DA 3WH6A 2XJ7A 1MYRA 3PTKA 3PHAA 1KQZA 2VVNA 1H0IA 3BCFA 1CBGA 3GH5A 1V6WA 2WHJA 4Z2JA 2WNWA 2VOTA 1EO7A 3BMWA 1B3ZA 5D9PA 1M03A 1M7XA 3T08A 4W85A 5DFAA 4E4PA 3UEQA 6A3HA 2DIJA 4WLCA 3AIWA 2C0HA 4OIFA 4HPGA 1HKIA 1SR0A 4CU8A 1XSJA 4JFTA 3B9DA 2X2YA 5LA2A 1R86A 5DT7A 4JIEA 3WH7A 1KGXA 5E6YA 1EA9C 4D1IA 3PZQA 1MVYA 1GJUA 2VX5A 2TAAA 3EBVA 3T2QA 1JGIA 1UHVA 2PWFA 1JFHA 2A3BA 3F5LA 1V3JA 2GUYA 2YKKA 2D0HA 5BYWA 4CCEA 2AAAA 3PZTA 2WHLA 3WD4A 4OZOA 2VNCA 2J79A 1TFVA 5GPRA 2BHUA 1UR4A 1UG6A 4E2OA 1QI4A 1W3LA 2VI0A 1H41A 1WDRA 1PIFA 4Z2IA 2CIPA 4A3HA 1J01A 4MB4A 2V38A 3WBAA 1Y7VA 5A8MA 2F8QA 3WELA 3SUVA 4LYRA 1Q6DA 4AZ6A 1JZ3A 3K4AA 4V27A 1KWGA 2BNJA 3AIBA 3CPUA 5HXMA 1O7AA 3EYPA 4IISA 1WE5A 3N9KA 2YOCA 5A6AA 4U2YA 2E9MA 3GBEA 3T09A 4AIOA 5I3DA 1V3HA 3ALGA 4ML4A 3VGDA 3EMQA 1D3CA 3VOCA 2Y5EA 4JFVA 2WSKA 4CVWA 8A3HA 1Q6GA 1GORA 1VJZA 1E0WA 3OA5A 3L4YA 4PSRA 4DWSB 4IPLA 1QI5A 3WL0A 2EO7A 1A3HA 1BTCA 3VX0A 1V6UA 4PN2A 2EPLX 4Z2LA 3SUUA 1HJQA 3CZGA 4S3JA 5HPOA 3OLEA 1L0PA 1ZS2A 4F79A 4W8AA 2C8NA 4Z2GA 4EANA 2YIHA 4M82A 1MW3A 1B3YA 2NT1A 3IJ8A 3NDZA 1W3JA 3MMDA 1ISXA 1BVZA 3IJ9A 3K8LA 3CZLA 5FL1A 1BYDA 1V02A 1H49A 1P6WA 3BSHA 1BYAA 3AXHA 2ZX7A 4B16A 1VEPA 2ZXAA 4J3XA 1K9DA 1QNRA 4PMDA 6CGTA 1G1YA 3AS1A 1E4NA 4UQDA 1ODUA 4KGLA 2CCRA 1C7TA 3ARTA 1TR1A 1HN1A 5FKYA 4U33A 5IHRA 3AFBA 1UWQA 4PUDA 3WD0A 2OWXA 4V2XA 1K9TA 2YL8A 5ECUA 2BVDA 3LPGA 4GPNA 4F8XA 1V3IA 4TTGA 2YA1A 5CPTA 3WNNA 1J0YA 4UQ9A 2BV9A 2XWDA 2DEPA 4ACYA 1N82A 1DWJM 4W88A 2WANA 4UFHA 2J77A 4HMDA 2WK2A 3VIOA 4WSKA 1QBBA 3ALFA 1E1FA 5GNXA 3WY1A 3WDQA 2WSPA 1B30A 3TOPA 3ZJ7A 3VTRA 3PZVA 4M24A 4K68A 4FLSA 2BXZA 3K1DA 1TVPA 3CHEA 2D3LA 3AIRA 3PZOA 1VRXA 2YDSA 3VD5A 3VGFA 4HMEA 1H09A 7TAAA 4W8LA 4AZ5A 2J7FA 4X9YA 3GXMA 4CD7A 1HIZA 1CPUA 1DWFM 2A3HA 3AJ7A 4L4OA 1UD5A 3WF1A 3ZT6A 4BS0A 3UG3A 4BQ3A 1TE1A 4HZ8A 3OB8A 3OGRA 2DQXA 4J27A 2X8RA 2ZXBA 1OINA 3GNRA 5I6SA 1GNXA 2Q8XA 4ATWA 2RGMA 5BRQA 1IZKA 2VJXA 1CENA 1UZ4A 2J7HA 3EDJA 5E6ZA 1D2KA 1WPCA 2DSVA 1XH0A 4MJ4A 3WQ8A 1EHAA 1QW8A 1BG4A 1J0HA 3ARRA 3VM5A 1E56A 3FAXA 1BYCA 1JXJA 1VFUA 1EDGA 1R85A 3BGAA 1CGUA 5I0DA 4J3UA 1CLVA 3L2MA 4GXPA 4LX4A 3UG4A 1B9ZA 2X05A 5ABEA 1E3XA 1H5VA 3I3BA 1W1TA 1UQYA 3L2LA 1G5AA 3KEHA 2ZICA 3ARXA 4CCCA 3TTYA 2WBGA 3U5UA 4CD6A 2WZHA 3WQ4A 1UYQA 1FHLA 3WENA 1QNPA 3KWXA 4C7DA 4OKDA 1GUVA 2JEPA 4MPKA 3L4TA 1W91A 3SUWA 5CPSA 3WF4A 3UESA 4C7GA 3NDYA 2OSXA 1GOIA 4U2ZA 4AEEA 1J18A 1PJ9A 3W0KA 1H1NA 3VIIA 3I3EA 5BXPA 3WEZA 1DHKA 2WC7A 1HP5A 1XH1A 3ZMRA 3A4WA 1DP0A 1CXIA 2PWHA 5A6BD 3LMYA 1PX3A 4R27A 3ECQA 1U33A 4B15A 1XGZA 4MNLA 2WMIB 1ZBKA 3OG2A 1QHOA 4AZHA 3WDJA 5A6KA 1V6YA 3MMWA 1OD0A 4J7RA 3NSNA 3VD4A 1Q6FA 1UKOA 3VGBA 2WZEA 1WCGA 4N42A 2WVTA 2JF7A 3NCOA 2W63A 3LPFA 4GO9A 1QBAA 1ZBCA 2J25A 3BAWA 4AD3A 5M5DA 3FW6A 4LXFA 4QP0A 3AS0A 3GDBA 4UOZA 1EDTA 4HA3A 1MFUA 3WH8A 4W84A 1KCKA 5BXSA 2CBVA 2XSBA 1FOBA 2JF6A 1GONA 1C8YA 4D6FA 1E71M 4ATLA 1EQCA 1J12A 2PF0A 1GHSA 3VIJA 1QI3A 2V3DA 5GNYA 1XHGA 2FGZA 2VCAA 4M81A 1GOWA 5I2UA 3BH4A 5D9NA 3DHPA 1OB0A 1LG1A 3WEMA 4A3YA 4J3TA 1XC6A 2VCCA 2G3NA 3HMCA 1JNDA 4MTVA 1R8LA 1EGZA 1V3MA 2WAGA 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3K8KA 1H0GA 1VENA 4JFSA 4P8XA 1LJYA 2XFYA 3W38A 1SFSA 4D6CA 4Z2HA 5I77A 1NWSA 1B2YA 2VUYA 3RIKA 4H2CA 1HKKA 2ZIDA 3L4WA 5JUVA 1WB0A 2ZWZA 4Y7EA 4EKJA 3ARQA 2QPSA 5IFTA 3I3DA 4ACZB 1JIBA 7CGTA 1FH7A 4W89A 3WD2A 1GOQA 1D7FA 3ZSSA 1KXQA 1E6PA 1E70M 4XB3A 3N17A 3AIUA 4CCDA 1DWGM 4UFJA 1JD9A 1DWAM 3MSDA 2VURA 2IXVA 2E3ZA 1KXHA 2WCGA 1KB3A 4BQ4A 4HOXA 2X1IA 5AYIA 2E9BA 2ESCA 1QHZA 1OGSA 1BQCA 4HZ7A 4WKAA 4U31A 2VZSA 2XM1A 1U30A 3RMEA 3N12A 1OWQA 4TXEA 1HVXA 1WZLA 2J7DA 5DMYA 2OYLA 4ACZA 4MAVA 4BCEA 1ISVA 1WAWA 3OBAA 4B3KA 3ZJKA 1JD7A 1S46A 3FHQA 4ZENA 3MUY1 5JBFA 4BZYA 2WMGA 2W62A 4M56A 5A8QA 3CHFA 5I78A 5HPCA 4JHOA 5A2AA 1HJWA 3U5YA 1CNVA 3W28A 1KR0A 1G0CA 1BGAA 1KGWA 3L4VA 2WMJA 3DYMA 1M01A 1JZ5A 3HN3A 2J7EA 1OIFA 2YBTA 3WQWA 4YN5A 4V28A 1MQRA 2BY1A 3W6MA 1B3WA 2UWFA 4KWUA 1W1PA 1WDSA 3W26A 1QHPA 1UH2A 3AMCA 4HU8A 4E8CA 3AXIA 3CH9A 3BAXA 4RE2A 2WMFA 3DC0A 4NRRA 1TZ7A 3CHCA 3CUHA 4W7UA 3RPMA 3SIMA 5LYRA 1MW2A 2ZXQA 2E9LA 4CUCA 5ABHA 1UWSA 2A3AA 5ABFB 2OYKA 3N11A 1HNYA 1IV8A 1EXPA 1ITXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3IAP A;  1K9E A;  1PX8 A;  3VD7 A;  4W87 A;  2DGA A;  3HJE A;  3MAN A;  3DHU A;  1E3Z A;  4KH2 A;  3ARO A;  2UY2 A;  2VC9 A;  3O6A A;  5CPQ A;  1F4A A;  3ARV A;  3SUT A;  1L8N A;  2GDV A;  1DTU A;  1BHG A;  2E8Z A;  5E9A A;  1XH2 A;  2D24 A;  2WC4 A;  4AMC A;  3W24 A;  4WKH A;  1NWT A;  4XV0 A;  1H2J A;  2BFG A;  3ZQ9 A;  3FND A;  4J3S A;  2WHM A;  1CGY A;  1UA7 A;  5FCZ A;  1FP8 A;  1BYB A;  1VJS A;  2VR4 A;  4B9Z A;  1PPI A;  3A4X A;  4R5E A;  4OBS A;  5C8B B;  4H8V A;  1WDP A;  2QF8 A;  3T0A A;  1X1N A;  5I24 A;  2YA0 A;  1HKJ A;  1WNO A;  3N13 A;  4MB3 A;  2D22 A;  2VL4 A;  2WLY A;  1W32 A;  3KL5 A;  4A4A A;  2DSZ A;  1CGV A;  5KEZ A;  1TVN A;  2CHO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W28A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations