3RJX | Genus

Total Genus 113

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	VDKSSAFEYNKMIGHGINMGNALEAPVEGSWGVYIEDEYFKIIKERGFDSVRIPIRWSAHISEKYPYEIDKFFLDRVKHVVDVALKNDLVVIINCHHFEELYQAPDKYGPVLVEIWKQVAQAFKDYPDKLFFEIFNEPAQNLTPTKWNELYPKVLGEIRKTNPSRIVIIDVPNWSNYSYVRELKLVDDKNIIVSFHYYEPFNFTHQGAEWVSPTLPIGVKWEGKDWEVEQIRNHFKYVSEWAKKNNVPIFLGEFGAYSKADMESRVKWTKTVRRIAEEFGFSLAYWEFCAGFGLYDRWTKTWIEPLTTSALGK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of hyperthermophilic endo-beta-1,4-glucanase: implications for catalytic mechanism and thermostability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endoglucanase FnCel5A
molecule tags	Hydrolase
source organism	Fervidobacterium nodosum
total genus	113
structure length	313
sequence length	313
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2011-04-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3rjxA00

4NRSA 3AIBA 1V0NA 3WH7A 4WKFA 1N82A 3DC0A 1WZAA 3WBAA 5BXSA 1MFVA 5LA2A 1UOKA 3WQ8A 1D3CA 3U5YA 6TAAA 2JALA 1WPCA 3EMQA 4XZBA 1US2A 2G3JA 1V3HA 4OBRA 2ZWYA 2F2HA 1UA7A 4B3KA 1VRXA 4UOZA 4UOJA 3M7SA 3ZMRA 2YBTA 1QI0A 1US3A 3ARRA 2WWCA 4RE3A 1W9UA 2O9PA 3I3DA 1M01A 4AEEA 3AMGA 3VDAA 3M46A 3CUJA 4NRRA 3VINA 3ARQA 5HPCA 3HJEA 3PTMA 1NWTA 3QOMA 1H5VA 4AZBA 4PMYA 3OGSA 1ZBCA 4AZ6A 9CGTA 2X09A 2QF8A 3WQVA 1IV8A 1W32A 1HVQA 2ZE0A 4GKLA 1OGBA 1X6LA 5BWFA 5I77A 3MU7A 2WVUA 4P8WA 1DWJM 3WQ5A 3LPOA 3OG2A 4J3WA 5HDRA 4PUEA 2DSZA 2V38A 5A6MA 1U30A 5E9AA 1EOKA 3CUGA 5AY7A 3TTYA 3AXXA 1CWYA 2OSXA 3EDDA 5A8MA 1VAHA 3EBVA 3VGBA 1J0YA 4GQRA 3BAKA 1EQPA 1V6VA 1E55A 4BQ5A 1L8NA 3OBAA 2XM2A 4FLSA 2XIBA 2V5DA 2GJXB 1PX3A 2D20A 3THCA 1XD1A 3IAQA 1J18A 5I6SA 2XIIA 2VVSA 3BSGA 1SFSA 5E6ZA 2W91A 4Z2GA 3S6TA 2ZX9A 3IJ9A 3SURA 2YA1A 1PX8A 1OT1A 3EYPA 2E0PA 3PZOA 3PZQA 3KL3A 2DIJA 2WHKA 5IFPA 1JZ5A 3GYCA 1ZB5A 1OIFA 1W3KA 1HKJA 1RH9A 2DH2A 1P6WA 2VOTA 1LG1A 3K8LA 4GZJA 3WMBA 4M29A 1C7SA 1ITXA 4UQCA 3QGVA 1H11A 1IZKA 1LWHA 2BVDA 2J77A 4YHEA 2A3CA 1RP8A 1FOBA 1HKIA 1EDGA 3UEQA 3WMCA 2W63A 2EBNA 4IUGA 5A6BA 4X9YA 4UOQA 2XJ7A 2CBIA 2YJQA 1JYVA 3MO4A 2PWHA 1K9FA 1VBRA 4Z2JA 5BROA 1B2YA 1G5AA 2ZUTA 1CENA 4J3VA 4LYPA 1TR1A 4CKQA 2CEQA 3AHYA 1J9YA 4B15A 4QLJA 3AI0A 1GJWA 2EPLX 2GJRA 4W86A 2BFGA 4D72A 4UFJA 4PTVA 4P7QA 3AS2A 3CIVA 3CZJA 2J74A 1NARA 3SCNA 2W92A 2WHLA 4OOZA 4EKJA 2W66A 3W6MA 2JF7A 1MYRA 1KGWA 3RM8A 4L4OA 1KGUA 3ZT6A 1OD0A 3AS0A 3AS3A 1K9DA 4W7WA 4D1JA 4L4PA 2E8ZA 1V3MA 1UD8A 3BLKA 3BSHA 1XCWA 3ZQ9A 3PZVA 2PWEA 4D71A 3WF1A 4C7GA 1FFQA 3RMEA 1MWOA 4PEEA 4AD2A 5I24A 3VNYA 1R7AA 1C8QA 3MSGA 2E9MA 3RM9A 5FL0A 2J78A 5A6LA 3E1F1 4ZEPA 4RE4A 1C8YA 1OT2A 1JF5A 5E70A 4JHZA 3WH5A 1Q6GA 1QNPA 3PZ9A 5E09A 5KEZA 2PB1A 5DFAA 3I3BA 1CDGA 4AYSA 1JZ2A 1WDQA 3FHQA 2VCBA 1RPKA 2CBJA 3WUFA 1XH1A 1BTCA 3NYDA 4W87A 4Z2KA 1BG9A 5A69A 4QLLA 3WBEA 4AZCB 1V08A 1MW1A 3OLIA 3VUPA 4BQ2A 3WSUA 4H2CA 1B0IA 5FOOA 1TMQA 1EDTA 3FW6A 1K9TA 4UR9A 2FHFA 3VOCA 4UQAA 2CIPA 1GCYA 4P7RA 3W26A 1R86A 2YL6A 5CGTA 2YA0A 3WEZA 4OZOA 2D3NA 1NOUA 4PRWA 4W85A 1ODUA 3W25A 4QFUA 3UESA 3VVGA 1LF1A 1PX4A 2F61A 3OB8A 3CHDA 2UY2A 2VI0A 1G0CA 4HZ6A 3O6AA 3W6LA 4E8DA 5I78A 3A4AA 1BGAA 3NDZA 3OLEA 3VMOA 5JBDA 1GHRA 2J7BA 3WDRA 2DDXA 1VB9A 1XCXA 1U33A 4PTMA 1E15A 2CYGA 4W7UA 1PZ3A 1WB0A 1MW0A 2G3NA 5A1AA 1UKPA 1A47A 1KXTA 3S2CA 2BY3A 1R7OA 4M81A 4UCFA 3UCQA 1Q6EA 3AMKA 3ZT5A 2D0GA 1ZJAA 2VVNA 1DWAM 1E6ZA 1GNXA 2V3DA 4PMOA 1HF6A 2XVKA 2W5FA 4MTVA 1W9DM 3DECA 5EFFA 1J0HA 2ZX6A 1ECEA 1JDCA 3ZJ7A 2JIEA 3A3HA 5JBFA 1UH4A 5CLWA 1WCGA 1W9XA 4D1IA 4URIA 2OWXA 4W7VA 1ZJBA 1M53A 1HJXA 3ARXA 3WQ4A 2D1ZA 3OIHA 1C90A 1PJ9A 3WFLA 4NZCA 4M24A 1E9LA 2J7GA 5A8OA 1LJYA 1E4IA 4AZIA 1W3LA 4CN1A 2G41A 5ABFA 1HNYA 1UR8A 1PPIA 1JZ6A 2ZX5A 2QPUA 4U31A 1FP8A 1OINA 5ABEA 4MB3A 4EE9A 3CPUA 2W67A 1V02E 2DPEA 3CMJA 2CESA 3SCOA 2PBGA 3SUSA 4AWEA 1BFNA 3NCOA 1GW1A 3GXFA 1MW2A 1GQJA 1TG7A 3CHCA 3ECQA 1QNRA 1PIGA 1K6AA 4W89A 4ACZA 2BNJA 5AC4A 1HJSA 1WZKA 4OUEA 1ESWA 4MDPA 1W1PA 2AOSA 1VJZA 4JKMA 3L2MA 4MB4A 5JUVA 4ZXOA 3AS1A 2VX7A 1B3XA 3AMLA 2DQXA 4E4PA 2D2OA 3HN3A 2VURA 3CZKA 1UD4A 3B9AA 2J7FA 3KE0A 3WUGA 1E40A 2D23A 4JL2A 1BYDA 2PWDA 1BVNP 3DYMA 4XV0A 1TUXA 4C7DA 1UKQA 2XFRA 1FH9A 1V6UA 1QNQA 3D3AA 3U57A 2WMHA 2ZUSA 1KXHA 2CBVA 1YQ2A 4AD0A 1KCLA 4JCMA 2CKRA 2WCSA 2X0HA 1FH7A 1V3JA 5AYIA 2VZVA 3K8MA 1CIUA 4LGXA 5EB8A 4GI6A 4HOWA 2E4TA 1UH2A 3A4WA 2ZUWA 4M1RA 3ZJKA 4PMNA 1OBAA 1JFHA 1V0KA 4V27A 4J27A 3VD9A 3VD3A 3WNNA 3VU2A 1ISXA 2CBUA 1V02A 5FCZA 1UD2A 2BS9A 1H41A 1QPKA 4Q22A 1UD6A 2CERA 3VIFA 5DMYA 2YDRA 3UG3A 5C70A 1E72M 5AYBA 4TTGA 2VT0A 4KWUA 5LYRA 2CPUA 4AEFA 3VD5A 3CZEA 1B30A 4W93A 4HA4A 1Q6CA 3WF0A 2E9BA 1B90A 1QI3A 3PHAA 1ISYA 4UFKA 2XTKA 4JFTA 4OIFA 4CVUA 1EDQA 2NT0A 1WNOA 1KBKA 2WC3A 2Y2WA 2YKKA 2O9OA 4UQEA 4J3SA 4JFSA 1MQRA 2JEQA 2XVLA 2DIEA 1HKKA 2YA2A 4D6EA 5D9OA 3WDQA 1Z32X 5FL1A 2Y4SA 4DUWA 4P7LA 2EPNA 2DH3A 3BMVA 5A6KA 1QHPA 4XB3A 3DYOA 1NP2A 5GPRA 5JBEA 2XYLA 4GIAA 1F4HA 5A8QA 3T09A 1JG9A 3MV01 2DSWA 1SMDA 7TAAA 1CGVA 1CLVA 2OYLA 3AXHA 4TX6A 1KWGA 1GHSA 3IK2A 3WENA 1CGYA 1V3IA 5A94A 1Q6DA 5HNNA 3WNLA 1OCQA 1E1FA 4QLKA 1R85A 4BZYA 4UZSA 4Q7NA 3N15A 3WH9A 1HVXA 2VRKA 1WAWA 4MNKA 3GH5A 5M17A 5A2BA 1VBUA 2XFFA 1GQKA 4W8LA 4J28A 1EIBA 3BC9A 3N9KA 1W2VA 2WMKA 1GOKA 4OJYA 4JFUA 4U2YA 1GQLA 1XSIA 5JIPA 3RIKA 1CNVA 3AHZA 2X8RA 4W8AA 3CZ8A 3WNPA 2D24A 2XWDA 1UH3A 2WAGA 3MUAA 1QNOA 3PTKA 1J0JA 2WSKA 2J62A 2WMIB 2EQDA 5IFTA 3VTRA 3W0KA 3GXIA 1JYNA 4D6GA 3AXIA 3APGA 3VD7A 3GXMA 4CUCA 1UYQA 3THDA 1ISZA 1B31A 1TE1A 2ZUMA 1BYBA 1UR4A 5A8NA 2W62A 2VZOA 3FY1A 1XC6A 1BF2A 2J7CA 2JE8A 1SMAA 2DEPA 3W53A 1TFVA 3GH4A 2WSPA 1UD5A 3A6OA 2OLHA 3TOPA 2VZUA 1E4LA 1QI4A 4ACZB 5CSUA 2XWEA 1E6RA 3WEOA 3AJ7A 1KFWA 3QOKA 4LYQA 4XUYA 1C8XA 1C7TA 2QHAA 4IM4A 1FP9A 2OYMA 1B3WA 5M03A 1KBBA 1JNEA 3ARUA 3G6LA 4UQBA 1QHZA 2BVTA 2WLZA 2C0HA 3HMCA 4BCEA 4R5EA 2GK1B 4CD8A 2GVYA 1NOWA 1W1TA 3WUEA 3SUTA 3OA5A 5LA0A 3AQUA 1J0IA 1XHGA 1I1XA 4PMUA 3MMWA 3GH7A 3NIYA 1VFUA 3AHTA 4JFVA 1V0MA 3CGTA 1E6NA 4UFLA 1ISWA 4GZEA 2GSJA 1O6IA 4DWSC 2XHYA 3N18A 2XG9A 2OWWA 1Q4NX 5GNXA 2JEPA 3CBWA 4D6FA 2Z1KA 4JL1A 3MUZ1 1HJUA 1UR0A 2QMJA 2VR4A 1GOQA 4KRUA 4PMDA 4UQ9A 1J12A 1H0GA 3ZJ8A 4AIEA 2VZSA 4GO9A 1LG2A 3SCVA 1WDPA 1UD3A 1M03A 3NSNA 1CECA 5LA1A 1YHTA 3IJ8A 1JAKA 1XH2A 1XSJA 4HPGA 4JAWA 4PSRA 3GDBA 4HMEA 2YLLA 3RILA 1E6PA 2X1IA 2MANA 4WIWA 2FDMA 3B8SA 5A6BD 4H04A 1FFRA 1VFOA 1UHVA 4HA3A 2J7DA 4H41A 2HISA 1HJWA 1W91A 4F66A 4GO8A 5D4YA 2CETA 3RPMA 3CUHA 4HZ7A 2DT1A 1MQQA 4U33A 1QBBA 4EAMA 4UFMA 5ABGA 5M3WA 3VIJA 3I3EA 2BY1A 1UA3A 2DSKA 2XVPA 1EXPA 3BAXA 3VIKA 2WVVA 1IZJA 4WJXA 4B9ZA 4W84A 4GZIA 1JZ8A 1LL4A 1MXGA 3NUKA 4KGLA 4FMVA 1C3FA 1W1YA 2JIWA 3K4DA 1PAMA 5BRPA 4Z2HA 5A6JA 4AIOA 1UR9A 3DYPA 2Y24A 4EANA 1M7XA 4DM2A 1UZ4A 2EPMX 4ACYA 1KWKA 3ZJ6A 3WDJA 4DWSA 3FXYA 4AD3A 4F9JA 5F7UA 3ZSSA 4GI9A 2GDUA 5M5DA 2QPSA 4J7RA 1CGTA 3VM5A 3G6MA 3VDCA 2CHOA 1WE5A 3NJ3A 4V2XA 2CITA 3OZOA 1BYCA 5DO8A 3ALFA 1AQ0A 4ZE5A 5D8WA 5EFDA 2BVYA 2A3AA 4P8XA 2QLYA 2ZX8A 1UWTA 4W88A 2XPKA 1HIZA 4TTUA 5A2CA 3BCFA 2J8GA 1D2KA 3FHAA 3M07A 2O9RA 3WD1A 3N1AA 1V6YA 4JCLA 2BY0A 5D9MA 4HMDA 3VIOA 2VO5A 4GPNA 5I2UA 2ZUUA 3OLGA 4WLCA 1J10A 1E0VA 1FHDA 1JXKA 4J3UA 4CN4A 1NWUA 3A4XA 2VJXA 2WMGA 3KEHA 1B3ZA 5A95A 1EHAA 3W28A 3SCUA 3VX0A 3WL0A 4FF5A 3AROA 2YLAA 1QNSA 4GQQA 2X0YA 2GDVA 1CZ1A 2UWFA 3WQWA 2V3EA 2VX4A 3CHEA 3AICA 3SUUA 2EPOA 2FHCA 2J25A 5E0CA 4QP0A 1AMYA 3GTNA 3WMSA 3AOFA 1E43A 4PCSA 3TA9A 4HZ8A 4HU8A 4IPNB 1GONA 1E71M 1EQCA 5I23A 1GPFA 1FH8A 5CPSA 4ZFMA 1HX0A 1GOWA 3TTSA 2B31A 1UWQA 1CTNA 4PN2A 4LQ1A 3LMYA 2E3ZA 3MKKA 3DHPA 5BRQA 5I3DA 3VIGA 4JIEA 3MANA 1GQIA 2FGZA 3HU7A 3AZTA 1ZBKA 5A6SA 1E6XM 1KGXA 3F5LA 2W61A 3MS8A 2DGAA 1E3ZA 3DHUA 3SCPA 1XV8A 2PI6A 2WB5A 4DUXA 4AZ7A 6A3HA 1H1NA 3U7VA 4KGJA 2G8ZA 4MDOA 1OB0A 5A6AA 3LPGA 5CPTA 4MAVA 2BY2A 2WVTA 2G3MA 3GBEA 4EK7A 4HOZA 4U5IA 2CNCA 4ZE4A 3SCWA 2DT3A 3NSMA 1IT0A 1JGIA 4U3AA 1E5JA 3BAYA 1O7AA 1HP4A 4PCTA 1V3KA 1WZMA 3U5UA 1TCMA 3SUVA 5CPQA 3AIWA 1GZJA 4KH2A 1WKYA 3FN9A 5CSYA 5JIWA 1GJUA 3M6DA 1BQCA 1JNDA 1UWRA 1TZ7A 2YDQA 4ATLA 3B9DA 5CZKA 1V6WA 1WDRA 3N13A 1H09A 3VGEA 3WDIA 4YHGA 3N12A 2XGIA 5HXMA 1BPLB 4TXEA 2VTFA 4ATWA 3OGVA 2GJXA 1ZBWA 1JZ7A 1LL6A 3CUIA 3WUBA 1HL8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1DTU A;  3PZU A;  4HOX A;  2EXO A;  1HJQ A;  5DF0 A;  4UFI A;  1GVY A;  2GJP A;  3LPF A;  2WAN A;  4UNI A;  4HPH A;  5D9N A;  3L4T A;  2OWC A;  2PF0 A;  3MUY 1;  1VJS A;  3T2O A;  2IUZ A;  3ARW A;  4P7O A;  1ODZ A;  1JI1 A;  1JXJ A;  3KWX A;  4H8V A;  5CQ1 A;  1XRV A;  5CJ5 A;  1JFX A;  1ITC A;  2X05 A;  3FAW A;  1E5N A;  3FAX A;  1V3L A;  4MPK A;  2FHB A;  2VX6 A;  3UG5 A;  4S3K A;  1PBG A;  5I79 A;  4AD1 A;  3EDE A;  3T2P A;  2J47 A;  3T2Q A;  1QW8 A;  1E70 M;  5A3H A;  5BXT A;  3CZL A;  4AD5 A;  1ZBV A;  1KXQ A;  5D8Z A;  1DWG M;  1HKM A;  1AQH A;  3ARV A;  3PZG A;  3ZM8 A;  2YDS A;  1J0K A;  1UR1 A;  4AC1 X;  4YPJ A;  4IIS A;  3QHO A;  2VQT A;  3VIH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RJXA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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