3QMSA

Crystal structure of the mutant t159v,v182a,y206f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qmsA00
3WJXA 4G1KA 2H3BA 2E5DA 4MPQA 1W54A 5C6MA 3SZ8A 4FNSA 2ATMA 4NJKA 2WJZA 3M16A 4FX6M 3A22A 1F7BA 1K7XA 2DZWA 1K03A 3GXNA 4PL1A 1OFRA 2X1UA 1WX0A 2NX1A 4WQ6A 3LLFA 4UMAA 3NL3A 2YR1A 3MUXA 4S1FA 4UMBA 3MHUA 2E1DA 2A85A 3GVGA 4R34A 3QF0A 1W5MA 4O15A 4JTGA 1TMHA 1H50A 4HPJA 1AMKA 4LW7A 4JX4A 1KM2A 3Q94A 5U4NA 1BKSA 1FDZA 2VEPA 3NQ6A 2YZRA 4JD4A 1EPXA 4DF2A 3N14A 4JTHA 5AHIA 4NVTA 1R2SA 4EOUA 3TK7A 1FX6A 2XN2A 4NQ1A 1C9DA 5I3IA 3O6DA 4KFNA 1AW2A 1A50A 5DBUA 5FESA 3SECA 4LV9A 3TC6A 3NQ2A 3THQA 1L6YA 2ZZ4A 5CPNA 6ALDA 2DZSA 5KTLA 2GVGA 2PRLA 2WSQA 1HL2A 3ABRA 2G96A 3NAVA 1ONRA 3MYOA 1XM3A 3VI2A 5CZTA 3HMJG 1AK5A 4O12A 2Y61A 2QUUA 3EX2A 2NUYA 5FF4A 1OYBA 4JY8A 5KZDA 2Q8ZA 4JXCA 2YYTA 1B3OA 5AYXA 3NQMA 4QAIA 2W0UA 3LTSA 1OX4B 3IGUA 3W76A 5E1QA 1P1XA 1RQHA 2CLKA 2YFOA 3CB8A 1UUMA 5MHBA 5F1VA 3GYEA 1ICSA 1WBJA 1DORA 2ZZ5A 4K6AA 5H2ZA 4DQWA 4DEFA 4NXKA 2Y62A 3W7MA 3P74A 1LBFA 4X3ZA 5A5WA 1I2RA 5K9XA 1K8ZA 3B8DA 3UPBA 3YPIA 1DQXA 2QCDB 3U8GA 3W74A 1PS9A 1QCWA 1PE1A 3QRHA 3MW7A 3NM1A 1I2QA 4XZ9A 3B03A 5F2LA 3QZEA 2J9YA 1W3TA 3NG3A 5CSRA 2Y70A 1TJPA 4KKXA 3CEUA 3IVSA 1XFBA 4LS2A 2VFEA 2E68A 3W7HA 4NZJA 1VLWA 3M0ZA 1UJPA 3EX3A 1KA9F 3QYQA 4ZVJA 1O4UA 4N2YA 4HNTA 5EKYA 4OV4A 1BTMA 1GVOA 4O13A 1EP1A 4PFMA 5AN7A 1OFQA 4GRSA 5T26A 3IV3A 1ZHAA 2X1RA 3OA3A 3QMSA 1R46A 1JJKA 4AHQA 1OX4A 4WZHA 3B4UA 2FIQA 3NM3A 4AWUA 5HJLA 3NOEA 1KFJA 3L5LA 2ZA1A 3P60A 3Q58A 1GVFA 3EXTA 3NQDA 3HF3A 4JTTA 3M5VA 5FF3A 1CW2A 2QCNA 3IVUA 1TV5A 4HSNA 3WK2A 1Q3NA 1KLYA 2BSLA 4R7JA 1QOPA 2D73A 2ALDA 5EBUA 1XUZA 1TV7A 4JTSA 3F1QA 1AW5A 3LXCA 2VFFA 2RDUA 2TSYA 4FNRA 1N55A 4BI5A 1Z44A 1GTEA 3MI2A 3MO7A 4QQ3A 2QCDA 3P82A 3TIMA 4NNCA 2Y6ZA 1LOSA 2GPTA 3T7VA 1OF8A 3GB6A 3LI0A 4O54A 1XDMA 4B5NA 2VEKA 4NXSA 4RZ6A 3THAA 2WV8A 3S5OA 4KWWA 5HWMA 1SZGA 4NU7A 1CI1A 5AHNA 4W9TA 2J27A 3LB0A 1R2TA 2G95A 2YXGA 1VYSX 1BWKA 3TQVA 3FJ6A 3UY8A 1YDVA 1VLIA 3RLUA 3PAJA 5HUPA 3L67A 1ZY9A 1FUYA 2NX3A 1JRCA 1MZHA 1YTEA 5LNSA 3QW3A 4O1DA 3ELFA 4LVBA 1X7FA 4UNKA 4A22A 1W37A 4YCPA 3FFSA 1TQJA 5H91A 2QR6A 2VEMA 3OVQA 4S2BA 2B7NA 4AWSA 2B7QA 4MY1A 5EYWA 2OX1A 3UYCA 4NZFA 1OK6A 3HG2A 3DKLA 4LRTA 1KTCA 4M6PA 4U28A 2EGZA 1XUUA 4CNPA 1W56A 3UWZA 3FKRA 4X9SA 3G22A 4XWUA 1JCMP 4UMCA 2Y7DA 2NUWA 1XBZA 4OV9A 3W7DA 3H55A 3OVRA 4N4PA 4PCFA 2B7PA 4JEQA 5KZEA 4EF9A 4I9AA 3NR0A 5D2TA 4ZQMA 4NNAA 3WJYA 1OYCA 3IIVA 3DFSA 4A2RA 3DH7A 2CLLA 2X1SA 1EWEA 2H8ZA 2JGQA 3FKKA 3B04A 3HBLA 3W83A 4RCXA 3HG5A 5FEZA 1TPB1 1K7EA 2GQ8A 3PY2A 1X8FA 3W1MA 3NPVA 2Y7GA 3BK0A 3N73A 5C55A 1H7NA 4LNYA 1FWWA 3RK8A 1Z42A 2A7NA 3NL2A 2W79A 1ADOA 3CEPA 5F2MA 4EF8A 3L5MA 3P62A 1HUVA 1WXJA 4OT7A 3EB2A 1LORA 1EP2A 4NUWA 1KM5A 1KM6A 3M43A 2X16A 4PTNA 4CQAA 3AJXA 1VYRA 3A5VA 4LUIA 3GZ3A 3L21A 4RJEA 1KM4A 3FS2A 1KFKA 4WY0F 1VZWA 2WNZA 3BGJA 3ABQA 3G1AA 1RR2A 1TPWA 2G97A 3G0SA 4KWVA 1YPFA 4Y8FA 1LTDA 2E6DA 3DAQA 3UD6A 5KMYA 3R13A 3HG4A 1DJQA 5HNRA 5K3VA 5AHLA 3O63A 4DO4A 4O50A 5D2WA 1ZAIA 2QAFA 3INPA 4IPJA 2V2HA 4O11A 5ABTA 5BOOA 1GYNA 2QCMA 4N9EA 4UTKA 5IBXA 4CCDA 3P8JA 3CM4A 1YYAA 2DJXA 2QAPA 3W7RA 4O14A 1CX9A 1VCFA 1Q45A 2FFCA 2J9XA 1NF7A 4ADSA 3PUOA 4UCGA 1VHCA 3M5ZA 1IIGA 3W2MA 4O28A 1IGSA 3PSWA 5HR6A 2R91A 3LHWA 4QNWA 2OT1A 3SFKA 3W85A 3G0UA 4NX0A 3GDLA 3M7WA 1W5OA 2TRSA 4M19A 1JQXA 2H90A 1UASA 4KFOA 3VFLA 1VHNA 3CTLA 3C2VA 3KFTA 3DGRA 2YYUA 5AHMA 1FBAA 2AGKA 1NSJA 3O15A 2VELA 4FIRA 5F2IA 2DZPA 1UB3A 3EX1A 3G1FA 3D0CA 1DKWA 5DXYA 3HB9A 4UTWC 1VC4A 5D09A 1RQBA 4MLRA 1ICQA 1WAUA 1IXNA 1THFD 2PE4A 1NFBA 3HOJA 1E51A 1JCYA 2A5HA 2NXHA 1W31A 2CLHA 2OZ0A 3WJSA 4DF0A 4E2BA 3P7YA 3ZFHA 5AHFA 4ADUA 2HMCA 3GR7A 4JICA 3R12A 2ZRVA 5DXXA 3O05A 5AHEA 4AH7A 1IXOA 2ZRZA 4RX0A 1QNVA 4UTLA 2J6XA 3LV6A 4K39A 4QSHA 1P0NA 3MP4A 4C1KA 1GVRA 4O0ZA 3W70A 4LRSA 4DPPA 3S1VA 2FPYA 2V81A 4JYDA 1QFEA 4O19A 1ZCOA 4GBUA 1O94A 1RVGA 3LTPA 3O8AA 5D03A 4NT0A 5LSMA 1LP6A 1PV8A 2GOUA 2GJNA 3L0NA 4S2CA 3A23A 3LI1A 1KM1A 1VR6A 3W22A 1G6CA 2WQPA 3E02A 2RFGA 1TRIA 4ML9A 1XBXA 1QPOA 3PF3A 5L6UA 4DBDA 3R5EA 1W8SA 4AAJA 1MEWA 4N02A 4UTTC 3EWXA 3U6WA 1JVNA 1TPFA 3UPWA 1IXPA 1A5SA 3B0UX 3LRMA 1W5NA 4LVFA 1LRNA 1GWJA 2R8WA 4KFPA 1JRBA 3KAOA 3STEA 3W6YA 4IXHA 5G1YA 5CG7A 3QMTA 3W1AA 1G4SA 4AMAA 2JKAA 2EAWA 1WDWA 1C8VA 3O16A 1X1OA 1AW1A 1LCOA 3BG5A 4IWWA 4LWWA 3FJLA 3FLUA 1OK4A 3STFA 1TTIA 5F4SA 3DXIA 1B57A 2TYSA 4JGDA 1OF6A 1SW0A 4EWND 3M9YA 4YMZA 1Z41A 2VENA 4LY8A 4RLIA 3FYPA 5FI8A 3OHIA 5LKYA 5DBTA 1S5WA 1OFEA 1UCWA 6TIMA 1GPWA 4GUGA 4H6KA 3F4NA 3KXQA 5GVJA 4ADTA 4EIVA 4ZQRA 1VH7A 1H7WA 4Z1CA 4L4LA 1A5AA 4NJHA 2Q3OA 2ZRWA 3G1XA 3TW6A 2CWNA 1K8XA 4U4MA 4K37A 3W1LA 3W2LA 2BLEA 1KV8A 5U7SA 1Q6QA 3O6YX 2NWRA 4XBKA 2R94A 1FDJA 5DY2A 2ZZ1A 3V75A 3VE9A 3G1YA 3NQFA 3QEZA 2I9EA 1J4EA 3SI9A 3I7SA 3N2MA 1IF2A 3TE9A 2DZUA 4NNBA 4MUZA 2BWGA 1JULA 3L66A 1Y0EA 2PCQA 3LCHA 2ZDRA 7TIMA 1LLWA 1JCJA 3DFNA 1F6PA 3T78A 1G4PA 3LERA 1BEUA 1JUEA 1KW1A 3A21A 3NPXA 3BW3A 2B4GA 4DO5A 4JTJA 3LRLA 4M6QA 3QW4B 1TB3A 2ZZ3A 1W1ZA 4H3DA 3W1XA 4MJZA 3E9AA 2VKZG 1YTDA 3UXAA 3W1QA 1S3HA 3C2OA 1FWNA 4E0CA 1YLVA 4K36A 5CPLA 4FX8A 1KBJA 5AYYA 3TCEA 4UFMA 3W7QA 4AVFA 3LDVA 2PC4A 1K02A 3M5XA 4FF7A 2YFNA 3DZ1A 5BW6A 1GYLA 4GXMA 3SIZA 3SJ3A 3HGSA 3SY5A 1GEQA 2FB3A 2OCZA 4UFKA 2R14A 3PUEA 4DELA 4UC5A 2RKXA 1QPNA 3GR8A 3DENA 5BNKA 3MHGA 3W7CA 3RNDA 3HGRA 2RH9A 5J5RA 5FF0A 2X30A 3QSRA 3V1PA 3W7KA 5K4XA 2B0MA 3UWQA 4ORIA 2C18A 5CZJA 4BWLC 3EKLA 1ZAJA 1TPUA 1JUKA 3N9SA 4PODA 3NQAA 1U83A 4FXRA 5I3GA 1WQ5A 4IOTA 5K9CA 4IMDA 4IX0A 4RZ4A 3KHJA 3NQEA 2DJLA 1OX5A 3MJYA 4LVGA 3W1UA 1FXPA 1Q6OA 3P67A 2P0OA 1OHLA 3WK0A 4N4QA 3NPWA 3S1UA 4BK9A 2QCCA 3TUUA 3EWBX 1J5TA 2GQAA 2PRMA 1R30A 4LS0A 5K4ZA 3LX9A 5AC8A 2VEIA 4P2VA 3UZJA 1P0KA 3NQ7A 3GKAA 3G24A 4FIQA 4XTDA 5C5YA 1ZALA 3BG9A 4GNJA 4HIBA 3QJAA 3NA8A 2ABBA 3GAKA 4XQ6A 1XXXA 5DN1A 1AG1O 5FF2A 3LBMA 1JCLA 3MBDA 4LOCA 5D37A 3NQ8A 4AHOA 1LM1A 4RKAA 5EPDA 4Y6GA 3OIXA 3C2FA 2NWSA 4YWIA 1QO2A 3M44A 1X6UA 3IEBA 1SUXA 3LLDA 4AB4A 2A21A 1YDOA 2YW3A 3W7NA 3TQ0A 4IMEA 4FHAA 2BZNA 1EP3A 4FO4A 2PURA 1W3NA 5TBOA 1H7RA 3ATZA 4ICNA 5F2GA 1IIHA 1VCGA 3RLVA 4R53A 1ME9A 1ZENA 3N19B 4L4MA 4HNNA 1XC4A 1YADA 2Y7EA 3NYZA 3A9IA 2XN1A 1DOSA 4Q4KA 1P5BA 3NQVA 4K8HA 3W7OA 2NXIA 4O8RA 4IMCA 3M47A 1F05A 5HMSA 1KBIA 3BG3A 3DHDA 4K38A 3BGGA 2TMDA 2DZXA 3IIOA 3I68A 1N8FA 1B9BA 1KM0A 3W73A 1O5XA 2QJIA 1FY6A 1SR9A 2IQTA 4HN4A 2FLIA 2V82A 3M6YA 4RXFA 3H54A 4O57A 1D3HA 1NVMA 4M7TA 3TW7A 2ZA2A 1OG0A 1GOXA 1R47A 3NEVA 2E5BA 1XDLA 5HWJA 3BPWA 2ZQ0A 3BV4A 3LCGA 3MI3A 2VXNA 3LCLA 4WUIA 4UFHA 1MO0A 3LCIA 1KFEA 3QC3A 2VOMA 3HPSA 1L6WA 1Q6RA 5E0KA 3ATYA 1I4NA 3RMJA 4MZ1A 2GUUA 5G5IA 2NLIA 4ZQNA 3NL6A 2ZRXA 3B06A 1DBTA 3QPYA 3W7LA 1ME7A 1T99A 2NZLA 3NQGA 2JBMA 1KFCA 2Z6IA 3E49A 2WOQA 3DI1A 3TMLA 1YDNA 4UTIA 4TR9A 1SZEA 2HS8A 2Z0IA 1I8JA 4WOZA 3B05A 2CLIA 4MZYA 1F6KA 3VKJA 3W87A 1ZJIA 1B4KA 3CWOX 2GJLA 5D02A 2WPBA 3U2OA 4O1CA 5E93A 1TTQA 5I3HA 1FCVA 3C6CA 4EVZA 4TMCA 4Z1AA 5KITA 1B4EA 1OFPA 2LLEA 3TSDA 5TIMA 1R2RA 1TPEA 3C52A 3S6DA 3LXAA 1N7KA 5D38A 2OMAA 1HO4A 1QO5A 3B0VC 3NO5A 1JCNA 1TTPA 4M7SA 5K9DA 5LNRA 1FWTA 3BLEA 3PULA 3W7IA 2HS6A 3OVPA 2DP3A 4IUOA 5LNWA 3W2NA 4CQ8A 1VS1A 1F76A 1SU5A 3W86A 5D2XA 3TNOA 2J9ZA 4O53A 3GXTA 1VCVA 3A24A 1SSGA 4JDBA 4Z08A 2X2GA 1D3GA 4PH6A 3NZ1A 4M6VA 3W75A 4N9CA 4Z0SA 1MEHA 3BW4A 2QDGA 3T40A 3H53A 1FCQA 2C15A 3PBUA 4Q33A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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