3T4CA

Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia ambifaria
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
284
structure length
264
Chain Sequence
GSMKLYDFEVGLDQPFFLIAGTCVVESEQMTIDTAGRLKEICAKLNVPFIYKSSYDKMDEGLRILGEVKRQLGLPVLTDVHSIDEIEQVASVVDVLQTPAFLCRQTDFIHACARSGKPVNIKKGQFLAPHDMKNVIDKAREAAREAGLSEDRFMACERGVSFGYNNLVSDMRSLAIMRETSAPVVFDATHSVQLPGGQREFVPVLARAAVATGVAGLFMETHPNPAEAKSDGPNAVPLNRMGALLETLVTLDQAVKRHPFLEND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia ambifaria
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1
total genus 89
structure length 264
sequence length 284
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3t4cA00
3HPXA 5D2TA 2Y7FA 3N2XA 2OX1A 3LV5A 5CG7A 3SJ3A 3F03K 4A21A 3FA5A 3N34A 1A5BA 1K03A 4WOZA 1QPNA 3CIXA 4QAIA 1VLIA 2QR6A 3I68A 1THFD 4DF2A 5K7JA 4XQ6A 3MWAA 3EX4A 1VS1A 3CEPA 1ZAHA 4JTGA 3G1VA 3UXAA 2VFGA 1UBSA 4O1BA 3ATYA 2CW6A 1EP2A 1OX6A 3STEA 2GQ8A 2ZBTA 3P84A 4QISA 4UTWA 1OFPA 1IXNA 1ADOA 1OFBA 1VC4A 2WNNA 2QCLA 1F6PA 1SPQA 1TTJA 3QMRA 3QEZA 4FIQA 1X1OA 5EMUA 3W07A 3W9ZA 4Y6GA 4A2SA 3OVRA 3C56A 4JDBA 2AGKA 5AFDA 4S2BA 1Y0EA 3KVJA 1TRIA 3CB8A 3R8RA 1QMLA 1DHPA 1OK4A 3PWAA 3HGSA 4JXCA 1RV8A 4IOTA 1TO3A 2ISWA 4X9SA 4YXGA 3GKFA 1JUBA 3F4NA 2GJLA 2C18A 3M43A 4JYEA 5TIMA 4FX8A 3LI0A 3TIMA 1GPWA 5TBOA 5L9FA 4BK9A 3NPVA 1VHCA 2C13A 4M6VA 3RF9A 2VFEA 4UTLA 4LTSA 3NGJA 4QNEA 4W9TA 2LLEA 2A21A 2YFNA 1R2TA 1BWKA 1N55A 1W31A 3B8DA 3EX3A 3TC6A 4PTNA 4LC6A 3DGRA 2Z2UA 3P60A 4HNUA 4MYAA 1FCUA 1KFLA 2H8XA 3W7KA 3HG2A 4LY8A 3EXSA 3G0XA 1U5JA 4R34A 3DFPA 4X2RA 4MYXA 1NF7A 1XDLA 4P2VA 3B03A 1W37A 1WV2A 2Y88A 3DFOA 1EA0A 3S5YA 1F2JA 2R94A 4QITA 1LRTA 2QCDB 1YXYA 1N8FA 2ZZ6A 3NXFA 1ME7A 3EEGA 3DFSA 4DO4A 1YPFA 3SFKA 3G1SA 3MYPA 4UNLA 2X1UA 3S1WA 4RZ5A 3L0GA 1F73A 2FDSA 4LC8A 5HULA 2G97A 4GUFA 1MEHA 4FHAA 4NJJA 3LM7A 3TJLA 1GZGA 2VFHA 4IX0A 2E6AA 4PEKA 1GOXA 1H51A 3M9YA 2YGYA 1TV7A 1Q45A 1YDOA 4HNNA 2QAPA 3W3OA 2Q3OA 1BWLA 5TQLA 3PAJA 4N9BA 3GDTA 1O95A 4Z1CA 2HSAA 5CPMA 4O1CA 3NPWA 3W7PA 4B5NA 3GR7A 4LS1A 1G69A 4IXHA 2V0TA 1XL9A 3E96A 4FNPA 3T4CA 4IMDA 4WX2A 5FF2A 1DJQA 5D02A 4A29A 5DY3A 3FYOA 2F7FA 4C1LA 3QPYA 3G18A 4LVAA 3TX9A 3MP5A 4BI6A 4HKPA 1ZALA 3W7OA 3OHIA 1DV7A 4RK8A 5HNRA 3M41A 3FJLA 1LP6A 1LBLA 2NXIA 3C2EA 3PUEA 3DKJA 4XZ9A 4ADTA 3PM6A 1MXSA 5FESA 1TJPA 4M6QA 4UTTC 4WD0A 3FFSA 1G6CA 3TDFA 1VQTA 1RZMA 3LCFA 1IXPA 3N19B 1FWRA 3SGUA 2DJLA 4TIMA 4LV9A 3LERA 3N14A 1FDZA 5LNUA 4UUIA 1ICQA 1K7FA 2HS6A 2GVGA 1J4EA 3TC7A 1VLWA 2NV2A 3W1MA 3CQ0A 3TW7A 1PL9A 3R12A 1Q6RA 3M1ZA 1A5AA 3VKJA 3O07A 4UCGA 1F74A 4Q33A 3DBPA 1QDSA 4HNTA 2ZZ1A 1SSDA 5G1TA 3LTYA 5CZJA 2ZYFA 2GUUA 3W2UA 5DCBA 4JR5A 1ZCOA 1KFJA 1QOQA 5FEPA 4UMAA 2OT1A 2OJPA 1FBAA 4O12A 4XTIA 1Z48A 3HJZA 4WZHA 3LBMA 4HT3A 3RMJA 2ZA2A 3LCGA 4NUWA 2QJGA 1JVNA 1LCOA 1B4EA 5FF4A 4EIVA 3LHUA 2E77A 3W7DA 2C14A 1F76A 3T44A 4KFNA 4GUHA 2J24A 1JCLA 3VE9A 4K7VA 2VKZG 5LGZA 4ADUA 2V82A 4E38A 2JBMA 3DI1A 1Z41A 4ZL1A 2KZHA 4O15A 3TK7A 2V81A 1LZOA 2NZLA 1W3NA 4JTUA 3W2MA 4K7YA 4U28A 2GJNA 3L2IA 1AW5A 4JTJA 5D05A 1A53A 4A22A 2FLIA 2HS8A 3C8FA 3HB9A 1YDNA 1H61A 3UPBA 5DXXA 4I7VA 1F05A 2GPTA 4FB7A 3PY2A 1OYCA 1MO0A 3C61A 4QJ1A 3TXVA 1OABA 2B7PA 4Q4KA 4CCCA 4JX4A 3FEMA 1GYNA 1LRQA 4EWND 3G3DA 5G4EA 4R53A 5K2ZA 2WO5A 1XBXA 4AVFA 1TPWA 2V30A 3F1QA 4LS0A 3TCEA 1GVQA 4RR4A 3LRKA 5H91A 5LGXA 3M44A 2CZDA 3FLUA 1DKWA 5AHEA 4L4MA 3FIGA 4AWUA 3G24A 4BWLC 3EWZA 5K9XA 3S8HA 2FPTA 2DU2A 5C55A 4MJZA 3F4WA 3I65A 3O16A 3LXCA 3L67A 3CWNA 4FNSA 5U7SA 3GDMA 1IIHA 2Q8ZA 1EEPA 1EB3A 4MPQA 1JCXA 1PIIA 2WJZA 2QEZA 3LV6A 4K39A 3KVKA 5BMWA 3M5VA 1EIXA 3W75A 2V8ZA 3W70A 4JEQA 1OYBA 3WJWA 3T7VA 1B57A 3W1QA 3BARA 3P7YA 3KRZA 3ABRA 3W7JA 5CZ0A 3NQ6A 5AOUA 3W7HA 1H7NA 1KV8A 3S42A 1I4NA 1KFEA 1OFAA 2J6XA 1V7YA 5K4ZA 1SR9A 1P5BA 1IF2A 4TU1A 5FEZA 4K6AA 1ALDA 4FO4A 1H1ZA 4POCA 4NQ1A 3C4UA 3IRDA 4MJMA 1P0NA 5EL1A 5DCDA 5F2IA 3NQEA 4AF0A 3O6DA 3C6CA 1XUUA 5I3HA 1RQHA 3A5VA 3QZEA 2ZZ3A 1AW1A 1HFBA 4CNNA 4LRSA 4FNUA 1AW2A 4MFEA 1FCVA 3UD6A 1KA9F 3M47A 3NQAA 1U83A 4OWGA 4FXRA 5D04C 2ATMA 2ZRYA 3NYZA 2WQPA 3T78A 4AHOA 3D0CA 1HL2A 4CNOA 2NUYA 5KZEA 2RKXA 3CHVA 3TQKA 1GWJA 3KVMA 4LNYA 1F7BA 1W3IA 2C1HA 2JKEA 1GTHA 4YCOA 1GYLA 1H50A 3C2RA 4HIBA 3RU6A 3RK8A 5KITA 3IIPA 1JR1A 3L65A 1XDMA 2NX9A 2Y85A 4OHQA 4JYFA 3P5YA 2A85A 3I6RA 5HMSA 3UPWA 8TIMA 1VJIA 3B06A 4JNMA 3W1PA 1SZGA 1VYRA 3I7RA 3IIVA 3QQ1A 5KZMA 4TO8A 1M5WA 3TV8A 2YYUA 3W76A 1RD5A 5G5IA 4RCXA 1H63A 3SECA 4FX7A 2WOQA 2QCDA 3LHYA 4FIRA 4JY9A 4I9AA 3PB0A 4WOQA 2H3BA 5D2XA 3ABQA 1ML1A 2WSQA 3S5NA 3CWOX 1TJRA 2NX1A 2AQWA 4QSHA 4EF8A 3L0NA 3LRMA 4O14A 3FKKA 2A2IA 3P8JA 3S1XA 3LLFA 3HG4A 2Y62A 1K8XA 1QO5A 1D3HA 4FF7A 1NF0A 1TTPA 1ME8A 3C3NA 3M5YA 4TR9A 2QCMA 3BG3A 4HN4A 1EWDA 1EP3A 4PC8A 3INPA 4WQ6A 2X16A 1X8FA 3WK0A 1XC4A 4FXSA 3MBFA 4TMBA 4DF0A 3TFCA 1R46A 1WOBA 3MI3A 2GQ9A 2FJKA 3EXTA 3M16A 3B0VC 3BGGA 4AWTA 4CLMA 5D37A 2G5WA 5E1QA 3LHVA 1H7WA 4MLRA 4NJIA 2CLKA 3LHTA 2RH9A 3KRUA 5CSRA 1OFDA 4ORIA 4YMZA 5A5WA 3TMQA 4DXVA 4OQVA 3S9YA 5EA9A 3ANYA 3BG9A 4O17A 4NNBA 3W1AA 1Q6OA 3PS7A 2JKPA 1K8YA 4GNJA 1SZEA 2QKFA 3BW3A 5HR7A 1X7FA 4DPPA 4DBDA 3BW2A 3W84A 3C2OA 3G1AA 1OJXA 1SO4A 2E5BA 4UFLA 5MHBA 1P0KA 5SWUA 5CPNA 1LROA 3FKRA 3B0PA 4LT9A 3V75A 5AHLA 5F4SA 1VPXA 1WBHA 3R2GA 5A8GA 3P81A 5I3FA 1GTEA 3U8GA 2YFOA 4AH7A 1XM3A 3LCXA 1PS9A 3QF0A 1W8SA 1SZNA 3NQ8A 4UMCA 3TKFA 4O28A 4E2BA 2PRHA 4ZZ9A 4NZJA 2X1RA 3C0JA 1LOLA 1ZJIA 4CQ8A 2I9EA 3LHWA 4AAJA 1OF8A 1NSJA 3HPZA 3GAYA 4Z1DA 3S0CA 4AF0B 1KM4A 3V1PA 2B7QA 3JS3A 2ZA1A 4H4IA 4Y90A 4JTIA 3G0UA 1QNVA 5AYZA 3TE9A 1XBZA 2EHHA 5D38A 3I7SA 3W88A 3P74A 5G2IA 1GQNA 1C29A 4Z1BA 1KM2A 3BV4A 3MUXA 1KBIA 3GVGA 4LVGA 4HNVA 5DCEA 4NXSA 5LHEA 2V2HA 3KRSA 4O13A 1JRBA 5HWMA 2NUXA 3HMJG 2CLMA 4CQ9A 4EF9A 3HO8A 4NX5A 4OT7A 1B9BA 4XBKA 1GEQA 1D3GA 3WJYA 4BR1A 1WBJA 3TU9A 1GVOA 4RJEA 3LCHA 4UTIA 2WV8A 1O4UA 3TFXA 1V5XA 3TXZA 4GWEA 5I3KA 4M7SA 4TMCA 3UWWA 1Z42A 5HJLA 5C5YA 2YX0A 3UYCA 1JCNA 3G1YA 4GBUA 3LXAA 2IQTA 4MY9A 1I2NA 1G7VA 3NQDA 3PG8A 4O19A 2RHGA 5AHFA 4NJGA 1A5CA 1QWGA 3PSVA 2Y61A 1GVRA 2EPHA 3W85A 1IIGA 1VR6A 3O8AA 3BO9A 4N6FA 1S5VA 1HTIA 2JK2A 3BW4A 1ZHAA 2PRMA 4Y96A 4AB4A 3PUOA 1JCMP 2TMDA 3W1RA 3S1UA 3MP4A 4YCPA 4I7UA 2QCGA 3LTPA 4JX5A 3DFTA 1O5KA 3E12A 5HUOA 3W71A 4FNQA 4ONVA 4O50A 2VEMA 1SQ7A 3PBUA 2ZTKA 4OV4A 3W7LA 4XTDA 5BMXA 2Y7GA 1LRNA 3GXNA 1LBMA 4N4PA 3M5XA 3CU2A 1BKSA 1SO6A 3IVUA 3HOJA 1VHNA 3T55A 1FWTA 4UTJA 1UB3A 1QR7A 4U4MA 2A6LA 1I2RA 3P61A 4NXKA 2O7QA 3MYOA 4GUJA 5DBUA 3IIXA 3SR7A 4NJHA 1QO2A 1I2OA 3W1NA 2I14A 2G95A 3BLEA 3MI2A 5J5RA 5HINA 1Z44A 2CFFA 3N3MA 4UTMA 3NZ1A 3LDVA 5IBXC 2YXGA 1GJPA 5CSSA 4XKYB 3W7NA 3N9RA 4AMAA 2EF9A 1IXOA 3QC3A 3B04A 2CZEA 2GVLA 5KTLA 1W5PA 4QM1A 3GYEA 1TCDA 2E6YA 4O11A 4UIOA 1TIMA 2H6RA 2E6DA 1NFBA 1FY6A 1OFRA 5HWNA 3M6YA 4H3DA 1E51A 4Q32A 1ZENA 3AJXA 2TSYA 5D2YA 3DXIA 3W23A 3VI2A 1X1ZA 3O15A 4JS3A 3KAOA 3DHDA 1W0MA 5F2LA 1DL3A 3DU0A 3A23A 3N2MA 3E02A 1L6WA 4IMFA 1H7XA 3GB6A 3DKLA 4S1FA 1W5OA 3W7MA 5LNWA 5LSMA 1BTMA 3SY5A 1TPUA 2QJIA 3HG5A 1YTEA 2CWNA 1TV5A 1GVSA 2DZPA 1LOQA 3HPSA 3IVSA 3NDOA 5F2MA 4FX6M 1XKYA 4MY1A 2C6QA 5D33A 5C54A 3TNOA 4N6EA 2P10A 3JR2A 3PVFA 4LVFA 3SSJA 3W74A 4M6PA 3B0UX 1WA3A 2J9YA 3DAQA 3LRLA 2NWRA 3NL2A 1I2PA 3NM3A 1TB3A 2VC6A 3GDKA 3EWBX 5K4XA 1FQ0A 1LTDA 4FNRA 1W3TA 3UWYA 4BF9A 1ICPA 1A5SA 1LYXA 1NAL1 3IGUA 4X22A 4I7WA 1LBFA 2UV8G 2E5CA 1NVMA 2CLOA 3W87A 4KFOA 5F2GA 3NL6A 1SFJA 3HQ1A 1TREA 3P67A 1W56A 2ISSA 4UFHA 4O54A 4UC5A 1O5XA 2BZNA 2B7NA 1HG3A 4LOCA 4PL2A 2WNZA 4R7JA 2ZQ0A 1S5WA 1R2SA 3MO7A 2DZSA 1TRDA 1KM3A 1YADA 3S5OA 1QOPA 2RFGA 1ICSA 2TYSA 1UUOA 1R2RA 1QPRA 4UFKA 3R5EA 3IIOA 2ZTJA 2CZ5A 3FOKA 3EKZA 3NQ7A 4UTKA 1CW2A 1SFLA 1L2UA 5AHIA 3QH2A 3W2KA 1H7PA 4PL1A 2CLFA 1SO5A 4LWWA 1PHWA 2A4AA 5C6MA 5LNSA 2ABBA 1RVGA 5K3VA 1DVJA 4LRTA 1BEUA 2ATSA 3CTLA 3ZS4A 1YXCA 1CI1A 3CM4A 1DOSA 1TYGA 1I2QA 1F5ZA 1EUAA 1K3UA 1FWNA 5EYWA 3H53A 2BLEA 5AYXA 4HSNA 5KSWA 1AG1O 1TQJA 1YDVA 3L68A 4WUIA 6ALDA 2YW3A 2W0UA 2PURA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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