3G1HA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5,6-dihydrouridine 5'-monophosphate
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 81
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1hA00
3TH6A 3HIJA 5G4EA 3NQGA 2Y70A 4XBSA 1KV5A 2HMCA 2G97A 4K8HA 2QCNA 3JS3A 4E2DA 3O06A 2CLEA 3T55A 1LBFA 2EAWA 1FCVA 4X22A 3PBYA 5HWJA 4IWWA 4MPQA 3PUOA 1HG3A 3DI1A 3L5MA 3NDOA 1D3GA 2E68A 1MEWA 1TPUA 1L2UA 2E6AA 4MVAA 3L21A 3FJ6A 3TAKA 4KFPA 3G3MA 4OHQA 2Y7FA 3M43A 2WO5A 3F4WA 1N7KA 4Y9AA 2E77A 3SY5A 2Y6ZA 3OHIA 3QZEA 3W1NA 2E6YA 1M6JA 2QEZA 1G69A 2J27A 3WJYA 2GOUA 2QAPA 2YFOA 3BW2A 3LCGA 3NQ6A 3OG3A 4GBUA 3CT7A 4HIBA 3KRUA 1YPIA 3VE9A 1O94A 4JR5A 4OV9A 3TV8A 4WOQA 4NVTA 5KITA 4Z1AA 3OVQA 5G2HA 1H61A 2V0TA 2XN0A 5D2VA 4ZQNA 2E5CA 4L4MA 2B7OA 1C9DA 3THQA 3W7MA 2B0MA 3NQ2A 1RQBA 1T96A 4JYEA 1SZNA 1K7XA 1TTIA 2YW4A 1T0OA 3C4UA 1GVOA 3P81A 4Z0JA 1WV2A 1OYBA 1DQXA 3DENA 5CKSA 5LZLA 5I3HA 5L6UA 1VRDA 4O10A 4RX0A 3MP4A 3BG9A 5BOOA 4UTKA 4K39A 3O05A 3B0VC 2WPBA 5HJLA 3MO7A 4ZL1A 1QO5A 5AC7A 4GJ1A 3SI9A 1MSSA 3TDFA 3QYQA 4A3UA 4O0KA 4JEQA 1DQWA 4JTFA 2QCHA 4EF9A 2ZDRA 1OABA 1VLWA 3P62A 3LGEA 4MY9A 3W07A 4XBKA 1G4SA 4PODA 2RFGA 5K2ZA 1JUKA 2VENA 3ABOA 1IXNA 1VYSX 3W1QA 5D09A 1P4CA 1EP3A 1JULA 1L6SA 3TSDA 3IGUA 3SW6A 2C3ZA 3UY8A 4ZQOA 1X8FA 3UXAA 2CLMA 4Q32A 1FWSA 4JN6A 3RLVA 1OYCA 2FTPA 1TYGA 1KFCA 4N6EA 4LW7A 4N9BA 5F1VA 2H8XA 3A5VA 2TMDA 1H1ZA 1PIIA 4CQ8A 2VC6A 1IXPA 4GNJA 3M44A 1W5PA 3IRDA 3QQ0A 1NAL1 1TO3A 3G1SA 3FA5A 1O4UA 1G7VA 3ELFA 3P80A 4LVAA 2FIQA 3G3DA 2Q3OA 2NV2A 1JCNA 4M7SA 5G1TA 1L9WA 3G1YA 4FX6M 4FIRA 3QF0A 2OX1A 3C2EA 1GZGA 3BG5A 5E93A 1QR7A 2B7PA 3O6YX 2P1FA 3IIOA 3NVTA 1GYLA 3QEZA 4O0ZA 2OJPA 3VFLA 1FDYA 4M7TA 1TPVA 4UC5A 3IV3A 4BI5A 1QFEA 3UNDA 1EP1A 3I7QA 5K7JA 3UWWA 2V2HA 4RKAA 3SZ8A 4LVGA 3LRMA 1TPDA 2NX1A 2NX3A 4WJEA 4FNUA 2VEMA 5DXYA 3PY2A 4IOTA 3LTYA 4N9CA 3V75A 5DCBA 2C18A 4WY0B 3BVJA 3C3NA 4BWLC 1KLZA 1KFEA 2ZRUA 1DVJA 2X1SA 3GDKA 5KTLA 4MFDA 3U6WA 4U28A 3EX1A 3SECA 1ZHAA 2BXVA 3QSRA 2A85A 2LLEA 2V82A 4DXVA 4WD0A 1FWWA 4G1KA 1YXCA 1Q6QA 3DFNA 1WYIA 2BTMA 4FX7A 3CC1A 3CM4A 2TPSA 3GKFA 5F1UA 1E51A 2H8ZA 3EX6A 3LXBA 1DJQA 2FPVA 4Y6GA 2W79A 3HPXA 1K7FA 3MBFA 4FHAA 4JIPA 3GB6A 3MUXA 3MP5A 1ONRA 4IQLA 3STFA 1AW1A 1W3IA 4AF0A 5HR6A 3RLUA 5BNKA 1W31A 2DORA 2WQPA 4WXYA 2NUWA 3C56A 4O13A 1JJKA 2H3DA 4JYDA 4LUIA 2F84A 3NQ7A 1YLVA 3LXCA 4RXFA 4S1FA 2Q3RA 4YMZA 4AWSA 2J6XA 1FCBA 3S6DA 1TB3A 3BGGA 4HHPA 4JNMA 2Y85A 4OU1A 2ISWA 1JVNA 1L6YA 3H55A 3MI3A 1XCFA 3CEUA 3T4CA 1TPWA 4Z1BA 3TW6A 3M5YA 1VPXA 1JRCA 1B57A 4GFSA 1JUBA 1I45A 3OBKA 3TIMA 3LX9A 1J2WA 2O7QA 2NLIA 3HB9A 4K38A 4JY8A 1LRQA 1TTPA 3W7IA 5HR7A 4AH7A 3LCWA 3GDRA 1QPNA 4UCGA 2V9DA 3ZWSA 2QJIA 4GRSA 2B7NA 2C15A 1TCDA 3W9ZA 3C6CA 2NXIA 3KVLA 2CZFA 2EGZA 5AHEA 1EWDA 3THAA 2QJGA 5DLCA 5AYYA 1QPOA 3R89A 2DU2A 4A21A 3C8FA 4JYFA 4X2RA 5LHFA 3NPWA 1ICPA 5EY5A 5K4ZA 3FOKA 3A9IA 1W5MA 1XXXA 4OV4A 2R14A 3LHTA 5LGZA 3DXIA 4ML9A 2A7PA 4JX5A 4QQ3A 5KZEA 2CU0A 3W1PA 3M0ZA 3Q37A 8TIMA 2A21A 4IPIA 3GXPA 3HPZA 2QR6A 4A22A 2YW3A 1VYRA 3FS2A 3NXFA 1X7FA 1YTDA 4QSHA 5IM51 2WNNA 3GVGA 4IMFA 4QNEA 4ZVJA 5TQLA 3YPIA 1F05A 1R47A 2ZTKA 3TSBA 1I4NA 2J9XA 2X30A 1AK5A 1QOQA 4O18A 1VH7A 3LCXA 5J5DA 5K3VA 1M7OA 5CPNA 3RNDA 3NO5A 4DBEA 2Y62A 1OG0A 2PRLA 1OFRA 3CIWA 1H62A 1GVFA 1ICSA 4UFHA 3KVJA 4O15A 5K4XA 1T99A 1NVMA 2TYSA 3NQAA 1I2PA 3LM7A 2ZRWA 5U4NA 3G1DA 3B03A 4NXKA 4RXGA 3TC6A 1KLYA 4Y90A 5FI8A 2QCFA 2VFHA 4UNLA 1GVRA 3PF3A 3S1VA 5C55A 5DXXA 1X1OA 3UD6A 2DZSA 3OEXA 4GC4A 2FPTA 3WJZA 3HMJG 4MZ8A 1WQ5A 1K8YA 1O95A 2VKZG 4K7VA 2FLIA 2NXGA 3LRLA 5EYWA 1XDLA 4UMBA 3PC0A 3W3OA 1DOSA 1O60A 3O16A 3HG2A 5D2YA 1WDWA 1SFLA 1KM5A 4QITA 4WY0F 4MJZA 3W7RA 4LNYA 1OFEA 4LU0A 4TX9A 3Q94A 5KZDA 2ZFAA 2ZBTA 3NM1A 3UWYA 4JX4A 1G6CA 4JTEA 2V2CA 3IIXA 4TU1A 4ADSA 1DORA 1KBIA 1R2SA 4ZQMA 3TR2A 1ALDA 3L2IA 3C0JA 4NX0A 2C0AA 4KKXA 3IEBA 4DBDA 2JK2A 3TKFA 3F1QA 1XBZA 1UB3A 1ZNNA 2J88A 4O8RA 4Z1DA 1BTMA 3E9AA 2GQ9A 4WXZA 4HNVA 2GJLA 3LV5A 5TBOA 2R91A 2E1DA 4IPJA 2Z1BA 2CZDA 3S1WA 3KVKA 3MWAA 4NJHA 4HNTA 2B4GA 2YPIA 4O14A 4CNPA 2OT1A 3GDTA 1FDZA 3A23A 4LWWA 3C2RA 4UIOA 1P0KA 2Q8ZA 3FLUA 1MXSA 5D04C 3EKZA 3G0SA 4K6AA 2W6RA 2QJHA 4O52A 3NGJA 4FNQA 4JTLA 4XQ6A 1JR1A 1P5BA 3P7YA 4X3ZA 4YCOA 4A2SA 2VEIA 1JCYA 3PS7A 2A0NA 5EPDA 3LHWA 4LVDA 2PURA 2BZNA 3KRZA 5LSMA 3C52A 4B5NA 5AC6A 5FF2A 1GVSA 1NFBA 1LROA 4X9SA 1SZFA 4UFIA 5LNSA 1XUUA 3EX3A 5BMWA 2ATSA 3EXSA 3FKRA 3BK0A 2WSQA 3W87A 1SQ7A 3S5OA 1OYAA 4PH6A 5C5YA 2YFNA 3B8DA 1B4KA 3DHFA 4HKPA 3P8IA 4PCFA 5CGQA 3M5ZA 3W7PA 4XWUA 3FFSA 1H7NA 1ZALA 3NZ1A 5FEZA 3NZRA 3T40A 2V81A 1RPXA 2H3BA 1F74A 1IXQA 4UTLA 4QNWA 5EMUA 3RK8A 3H53A 5A5WA 3O8AA 1KFJA 3VNDA 3DFPA 5IBXC 1P0NA 3DFSA 4R33A 4TIMA 1ICQA 2E09A 2ZA2A 3NA8A 2Z6IA 1K3UA 1QMLA 3DHDA 1DBTA 1K02A 3W7JA 4N02A 1OX6A 4Q33A 1TV5A 3NL3A 4FF7A 1U83A 2IQTA 4AB4A 3GAYA 1YXDA 3W7EA 2JGYA 5KINA 1VJIA 2YDAA 4RCXA 4N4QA 4UMAA 5DBTA 1HUVA 4NT0A 2BLEA 3UWZA 1V7YA 3KVMA 2ZYFA 3BW4A 3QM3A 3PUEA 2V5LA 3BLIA 4IX2A 3VKJA 1Q6LA 2YGYA 2VFDA 4UUIA 1LTDA 1GOXA 1GVQA 5CZTA 1ZFJA 1MEIA 4R7JA 1GTHA 1XC4A 2A6NA 4O28A 4JTJA 4HPXA 3LHZA 5DY3A 2G5WA 4NU7A 1AG1O 4OGZA 3W1LA 3AJXA 2J24A 2ZRYA 3PULA 3JRKA 1Q6OA 4O1BA 1ADOA 1ZENA 3DU0A 3O1NA 4FEZA 2B7QA 3G22A 2OMAA 4CQAA 2R8WA 2F7FA 2C16A 1IIGA 2TSYA 3NL5A 3LHYA 1ZAIA 3I7RA 2Y7EA 3KX6A 3VI2A 3PSWA 2V30A 3SSJA 5LNVA 1KM4A 2WJZA 2ZCGA 1IXOA 4E0CA 2DJLA 1PCKA 3W85A 1OF6A 4MFEA 3W1TA 3EWZA 5K9DA 3M5XA 2A6LA 1Q45A 4JD4A 5G2WA 3QMRA 1TSIA 2AAMA 4K36A 3LCLA 3W72A 2PE4A 1S3HA 3MBDA 2NXHA 5EL1A 3CWNA 4NNCA 5E1QA 2RKXA 3ABRA 4TMBA 3K30A 3L66A 5A8GA 4POCA 1F6KA 4O1AA 3ZWTA 2WNQA 1O5KA 1OFAA 4M19A 3PWAA 2CLFA 3LXAA 4JDYA 4D2JA 3EX2A 3NL6A 4UR7A 4MKNA 4EOUA 3EWYA 4UTJA 4AWUA 3MJYA 3DFOA 5DBUA 1K03A 1VLIA 1KM0A 2QAFA 3ANYA 1AL7A 2JGQA 2JKAA 2VXNA 3W22A 1M7PA 5I3FA 3QW4B 1ZAHA 4TO8A 3BG3A 4DO4A 2EPHA 3G1VA 5LGXA 5FEXA 3EWUA 4JDBA 1LORA 4QJ1A 2E6DA 4DELA 1GJPA 1UCWA 1XL9A 5ABTA 3HGJA 1N55A 5K9XA 4WOZA 1R2RA 1TQJA 1LLZA 4UTTC 3N73A 3T7VA 3N34A 1KFBA 3M47A 5D2XA 1ZY9A 3BLEA 3RFAA 3STGA 3M41A 1Q6RA 4O16A 4AEOA 3M9YA 3IGSA 4PFMA 1X1ZA 3CB8A 2JBMA 4CCCA 2FDSA 4I7WA 4ZMGA 3NQVA 3LLDA 3S9YA 3BV4A 4JTKA 1AW2A 2ABAA 2X1TA 3CLMA 2ZA1A 2PRMA 2C13A 3NOEA 3EKLA 3TK7A 5CSSA 3HG4A 4Q4KA 4FNTA 3W84A 2ZZ6A 4WUIA 3PVFA 6ALDA 5AN7A 3MHUA 1QAPA 3PB2A 4MLRA 1BWLA 4AHPA 3U2OA 3GK0A 2BSLA 1VQTA 2PC4A 1QOPA 4L4LA 1YDNA 1WOBA 3BGJA 3L0GA 4UFJA 3BPWA 3TROA 3TUUA 1OFBA 5HQEA 3TE9A 2X1RA 4LS1A 5DY2A 3L5AA 1OK4A 1LRNA 1GTEA 2G96A 3NQFA 4FNRA 3NPUA 4YLWA 3GZ3A 1J4EA 3MHGA 1EPXA 3LCFA 3TQVA 1N8FA 4RR4A 1DV7A 4E2BA 4U4MA 2DJXA 3HG3A 4PL2A 2HS8A 4RZ5A 4HSNA 1A5AA 2Q8LA 3W2MA 4A29A 4S2CA 1OJXA 3B4UA 4MUZA 1UUMA 3VE7A 5FF4A 4YL2A 3W7KA 4JGDA 4O57A 1KTBA 2E5DA 3W86A 3DKJA 4O19A 4OE7A 3TFCA 3MHFA 1SW7A 1W1ZA 4N9EA 3NAVA 3P84A 4LS0A 1G4PA 4ONVA 4AMAA 1FWNA 1Z41A 3PG8A 1JQXA 3GR8A 5D37A 1EA0A 1VZWA 4JTSA 3MMTA 4UFKA 4JX6A 4LVBA 5LHEA 3M6YA 3O6CA 3W2NA 1WX0A 4CCEA 4O53A 2H90A 2VOMA 1GQNA 4JICA 1THFD 5C54A 1LOLA 2QCMA 4FX8A 4IMGA 2RDWA 3DI0A 3IVUA 4JTGA 1PHQA 1VCVA 1JCXA 3DKLA 1Z48A 4Y96A 1SU5A 3MP3A 4NJGA 5L9FA 4GE8A 1RQHA 4ZQRA 3P74A 5HULA 3W2UA 3TJXA 3B06A 5HWMA 2A5HA 3P60A 2NZLA 1O5XA 3TX9A 3WJXA 1FWTA 1TPEA 1W5QA 2Z0IA 4LV9A 3TA6A 1I2OA 4Z1CA 1OFPA 4MYXA 2XFWA 5GVJA 3STCA 4R34A 2ZRVA 2XN1A 1RVGA 1SO6A 3S5NA 3PB0A 1NF0A 3W7CA 1OF8A 2VELA 3SFKA 1WOAA 5D2WA 2TRSA 4LT9A 1OVDA 3PBVA 2JKEA 3S5ZA 2VFEA 3WFAA 3P82A 3WK0A 3B0PA 1T8XA 1ZCOA 4ICNA 4J9JA 1GWJA 4AF0B 3W23A 5F2LA 3Q58A 1G4EA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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