4W87A

Crystal structure of xeg5a, a gh5 xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase from metagenomic library, in complex with a xyloglucan oligosaccharide
Total Genus 146
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
146
sequence length
339
structure length
339
Chain Sequence
DRSRVFDILSNINIGWNLGNTLDATGGGNSVNAETSWGNPKTTQEIVDTVNDRGFNAIRIPVTFANHLGPAPEYTISADWLARVKEVVDYAVNDGMYIILDTHHETNYWLKTDPNNEAALCEELAAIWKQLAEAFKDYDEKLMFEGMNEPRMAGSAKEWSGGTPAERKLINAMNKAFIDAVRATGGNNADRVLIICTYGHNSDEPTLKDLEIPSDPNIAVALHTYTPYFFTYVADGSYSVWNGSKKNDITWQYNNIKKYLIDKGIPVVITETGAQFKENTEDIVRWIGDYVGTLDQDGVKCFIWDNNIYHGNGEKFGLLNRSLLKWYNDDIVDAYVNHA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Xyloglucan Specificity and alpha-d-Xylp(1 6)-d-Glcp Recognition at the -1 Subsite within the GH5 Family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured bacterium
total genus 146
structure length 339
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.151: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase.
pdb deposition date 2014-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4w87A00
1V03A 4KWUA 3VGGA 3S6TA 3IJ9A 4GIAA 4CN4A 3B9EA 4MAVA 3W53A 4Q22A 4BQ5A 3APGA 4HZ8A 3PZIA 4ZFMA 3VUPA 3VIMA 3T09A 3WH8A 1HJQA 1DWAM 3N12A 3OGVA 4UQ9A 4DUXA 4ZXOA 2JALA 3GH4A 1QI0A 4MB3A 2E8YA 2BHZA 3IAPA 1VFUA 2NT1A 2EPLX 3N1AA 2OYKA 1ISXA 1UQYA 4MB1A 3ZMRA 2AMGA 1V3KA 4LYRA 2WVSA 1BFNA 1UKSA 2V3EA 4MTVA 4N0RA 3G6MA 1EQCA 4CVUA 1XYFA 2EPNA 1UD8A 3K8MA 1CBGA 2FDMA 1TMQA 2IXUA 1MWOA 4W5ZA 3WH9A 3BAYA 2ESCA 1CXEA 1QVBA 1C3FA 1PZ2A 2CYGA 2GJXB 1UA3A 3AHZA 3ZQ9A 5LA0A 3WDQA 1UG6A 2QV4A 2ZXAA 2J74A 5HXMA 1GZJA 1PPIA 4PTXA 1IZJA 3WDRA 4IM4A 3CUHA 4PMDA 1G9HA 1D2KA 1HF6A 1XD0A 4QAWA 3L4XA 3VGBA 4JHZA 5DT5A 1E6XM 1MW2A 2G3IA 3OB8A 3SUSA 3T08A 4TTUA 1BLIA 3CTTA 1E6RA 3T0DA 1LF1A 4HPGA 4X9YA 3VMPA 1HXJA 3VU2A 2E40A 3LMYA 1X6LA 1NM9A 2ZUSA 1J11A 1CLXA 5I77A 2DSUA 1W1TA 1Q6FA 3BCDA 3GM8A 3WD1A 3WQ6A 2XSAA 4H41A 2YL9A 1B3ZA 1NWSA 2D0FA 4FF5A 1CYGA 2YDRA 4PMQA 1J18A 4A3HA 1R7OA 1CECA 1MW1A 1RD6A 1U2YA 1H0GA 1GOWA 4U5KA 1J0HA 5BXTA 1DWJM 3VM5A 3PZ9A 4JCMA 1HP4A 4D6IA 3M07A 1J01A 2W91A 5EMYA 4UQAA 4AEFA 4CGTA 3N18A 4EK7A 1UH3A 5E70A 3WQVA 3GNPA 2XPKA 1D3CA 1QI4A 1PEZA 2IXVA 4ATDA 2G4FA 4OBSA 4E8CA 1E4IA 1B3VA 4P7OA 3TOPA 2BFGA 1H09A 1QNPA 4J3TA 4N42A 2ZUNA 3W4RA 1V3MA 7CGTA 1M03A 4UR9A 1JZ8A 1Q6DA 1KQZA 4XZBA 1JXKA 2BY0A 5M3WA 3VD5A 4PMYA 5I78A 4HOZA 3FAXA 1ZU8A 2YLLA 2WVUA 3WD4A 1QI5A 4OKDA 4CD8A 3POCA 2WZEA 3W27A 4AD2A 2YA1A 5CJ5A 3FXYA 1UKQA 3VINA 1BVZA 4JHOA 4PSRA 5I23A 3UR7A 1UR8A 4L4PA 1J0JA 4UZSA 4AZHA 1NWTA 3ZJKA 2CERA 1R86A 3VX1A 1DP0A 3OLEA 5HPOA 3W0KA 2XVKA 4MNKA 2W61A 3ARRA 5EFFA 1R87A 1JZ2A 3O9NA 2G8ZA 2OYMA 2Z1SA 4J3XA 2YL8A 2CXGA 1W9VA 3U5YA 5IDIA 2DSZA 3ZSTA 5BWFA 1K9DA 3TONA 2VQUA 3PZNA 2XVPA 1CXHA 3VKKA 5D9PA 3AIQA 2NSXA 1E73M 3LPFA 1VIWA 2DEPA 2ZUUA 4FK9A 1LWHA 4AZGA 2CITA 4AIOA 4JFTA 3EDFA 3WQ4A 2Q8XA 3VIGA 3K8LA 3A4WA 4J3VA 3KL3A 1GHSA 3GTNA 2XHYA 2GDUA 1UWQA 4PTMA 2E9LA 1HKJA 3BLPX 1XGZA 2BVDA 4MADA 1AQHA 2OLHA 3ALFA 4U2YA 2D3NA 2ZOXA 2A3AA 2WCAA 4H8VA 1JL8A 3WBEA 1JFXA 2XSBA 3BC9A 5HDRA 5FCZA 1HX0A 2CBIA 2WLZA 4PMNA 3EBVA 3AFBA 4CD7A 4B3KA 1HJSA 1HT6A 1HJWA 2AAAA 2PBGA 5BROA 3VMOA 2WCSA 3TA9A 1E5JA 1G01A 1TUXA 2ZUWA 4AD4A 3MV01 1M01A 4B9ZA 1P6WA 5CPSA 1J10A 3AMKA 2CHOA 3WEZA 3IANA 3MV11 3EMQA 5KZ6A 2ZUMA 1JIBA 1GQJA 1OD8A 2VL4A 5CSYA 1CNVA 1W1YA 2O9RA 4AIEA 3WH7A 4P7QA 1CPUA 3ZJ6A 1RPKA 5M17A 1F4HA 4DWSC 3WMCA 1QOXA 3VDAA 1MFVA 3I3DA 3KL0A 3RIKA 4BQ2A 2FHFA 1U33A 1G5AA 3W38A 2VCAA 4M81A 4ATLA 3OLDA 3MS8A 4QLKA 4TX6A 1C8YA 1GVIA 1E0WA 3ARXA 4P7RA 2D22A 3VM7A 1JG9A 1JZ6A 5EFDA 5A69A 5E9AA 2D1ZA 5A6BD 1W9PA 4TUFA 2WKGA 4D6FA 1E4NA 4J3SA 1ISZA 1ECEA 1CWYA 3WL1A 1AVAA 1VEMA 1V3HA 1TCMA 1BYCA 1J0IA 1ZL1A 3FY1A 4QDMA 4EKJA 3QGVA 4EAMA 3L4TA 3WF0A 4UQDA 4PCTA 5HOSA 1MQPA 4C7DA 4YHEA 5EBAA 1H5VA 2TAAA 2Y4SA 4PMRA 2ZX5A 3O2LA 3J7HA 4HMCA 3W24A 3N9KA 2E3ZA 1BGAA 4AZ5A 1HN1A 4DM2A 1QBAA 1HJVA 1JNEA 5A6BA 4U31A 1E3XA 1FFRA 4HPHA 4M80A 2EPKX 3AIRA 3SUVA 4LXFA 2BY3A 3RM4A 2XFYA 2QLYA 3WH5A 4JIEA 3AIBA 5A8QA 3CUIA 1E0VA 4J27A 3AXXA 1ZBVA 4K68A 2V5CA 4PN2A 3W25A 2QMKA 2B31A 2GDVA 2JIEA 4X0NA 4QCEA 4W85A 7TAAA 1B30A 1V0NA 4B15A 1DTUA 1E1FA 4CCDA 3QHOA 3OG2A 3PZGA 2PWHA 2CETA 2WANA 5E0CA 5HNNA 1J0ZA 1EHAA 2Y8KA 3GBDA 3DYOA 3OGRA 2QMJA 3E1F1 1N82A 1JYXA 2WM0A 1UD6A 4DWSD 3BLKA 4U3CA 2DT3A 3ARWA 4W7UA 1PAMA 2FH8A 4TVUA 1BGGA 3CUGA 1Q6EA 4AWEA 2WVVA 4PBGA 3NDZA 1E6SM 3EDKA 1BAGA 4P8XA 1OCQA 1GPFA 4CCCA 2F61A 5AYIA 3MMWA 5CLTA 2O9PA 2QHAA 4NF7A 1BYBA 4J28A 4D1JA 2W62A 1KCKA 2J62A 3CZJA 1TZ7A 1G0CA 3K4DA 4RL3A 4KRUA 4UCFA 3MSGA 5TD4A 3GH7A 4AZIA 2XIIA 3UESA 3VGEA 2PWDA 1NOWA 3MUAA 5I6SA 3PZMA 1C91A 1DWHM 2CCRA 1B0IA 1B3XA 4PEEA 4J7RA 4V27A 2J7GA 2BVTA 1H11A 3VIOA 1KWGA 2EBNA 2XIBA 1K6AA 1XV8A 3HJEA 4Z2HA 1VF8A 1YQ2A 4FMVA 4CU8A 2D23A 5CSUA 1NARA 4BQ4A 3B9AA 2EXOA 2E0PA 4H8UA 4S3KA 4IISA 4D6GA 4ZENA 1R8LA 4D71A 4CUCA 1W1PA 1ZJAA 2VX4A 3WMSA 2WBGA 2X0YA 2XFFA 1OGGA 2WMKA 3MU7A 2DH3A 4TXEA 1EDGA 1OGBA 1ISWA 1KGWA 4QLLA 3AQUA 3MO4A 3WUFA 4ATWA 3VD7A 4JAWA 2YA2A 1ZJBA 3WF3A 3M46A 4HOWA 2VO5A 2VVSA 2XVLA 1C8XA 1JAEA 1NP0A 3PZUA 2VVNA 2NT0A 2WZHA 4P8UA 2XJ7A 1ISYA 4W8LA 1EDTA 1UQZA 2GFTA 5DT7A 4H8HA 3SCVA 4CU7A 1V3JA 1E70M 2WLYA 5CG0A 1TR1A 4PMOA 1GQKA 3ARQA 6TAAA 3SEPA 2X05A 4PSPA 2V3GA 3NUKA 1OBAA 1UYQA 3VNYA 4U3AA 3VIFA 3VGFA 3AOFA 3VDHA 3ZO9A 3NSXA 2J7HA 1JYWA 1B1YA 1PIFA 3K46A 3FHAA 1WZAA 2PC8A 4AEEA 1ZS2A 3CGTA 3PBGA 1XSIA 5ABEA 3CZEA 2VI0A 1K9EA 3WFZA 4GI9A 4Z2GA 1QI3A 3K1DA 4W7VA 2VTFA 5DFAA 4QLJA 2VURA 4TVDA 2HISA 3FN9A 1B90A 3K4AA 1OIMA 2WPGA 1BQCA 3QOKA 1WPCA 3VDBA 1TA3A 2A3EA 1A47A 3RMEA 2YDSA 3WEOA 1FH8A 2GK1A 3VTRA 3VD9A 2PWFA 2G41A 1CIUA 1GVYA 3O6AA 4JKLA 1OSEA 2YJQA 1QNOA 4OOUA 3NYDA 3WENA 4RE3A 4Z2LA 4WJXA 3W82A 2XVGA 3AROA 3ZJ8A 1IV8A 1JFHA 1JF5A 1W91A 3AHYA 3ZM8A 3T2QA 4X0VA 3WDHA 2DQXA 4F9JA 2BXYA 3AS1A 3DYMA 4DUVA 3WD0A 3AMDA 2PB1A 3W28A 4M24A 3WUGA 3RPMA 3N11A 5A6JA 3UG4A 3VIHA 1BPLB 5D9NA 4MNJA 4CD4A 3I3BA 4JZ5A 3SCRA 2EPMX 2Y8VA 1XYZA 4HA4A 2BHYA 2D24A 4FLQA 3TTOA 1WZKA 4ACYA 4ZXLA 2WYSA 1OM0A 1H3GA 3GBEA 1UKPA 4GPNA 4JCLA 5BXRA 4Z2IA 4W8AA 1UR2A 1E9LA 4W89A 4HMDA 1V6XA 1KXQA 3PTQA 4B16A 4M8UA 1KQYA 5A2BA 2BV9A 4HOXA 1ZBCA 3WF2A 1CGTA 1E4MM 1TA3B 5E6YA 1VRXA 1BVNP 2GK1B 2WXDM 2J79A 3NIYA 4GKLA 2J4GA 4AZ6A 2X1IA 3LPGA 1KGXA 5C71A 1CGVA 1KGUA 4R5EA 2J47A 1WB0A 3CZLA 4AXNA 2WMFA 3BSHA 5I3DA 3WN6A 1XCWA 5BXPA 2OSYA 2JFEX 1ODZA 4NRSA 2ZWYA 4C7FA 4JL1A 4OBRA 1E1EA 4MJ2A 1E71M 1VJZA 4IUGA 1V0KA 4NRRA 3VNZA 1I1XA 3PHAA 3N13A 5DMYA 4S3JA 5IFPA 2JEQA 1LWJA 4TOQA 4JKKA 3AS2A 2DSVA 1WDSA 3VD3A 5A8OA 2WHJA 3BAIA 4AZCB 1O6IA 3CHDA 1TE1A 5EB8A 2WMGA 2VCCA 1FH7A 2PWGA 2V3FA 1GW1A 2EJ1A 9CGTA 4CCEA 3L4WA 2Y2WA 1BTCA 1OGSA 2VMFA 1HJUA 1UWIA 2J8FA 1WDRA 3N17A 2YKKA 1HKKA 1VEPA 2C7FA 1QPKA 4RE2A 2VCBA 3CO4A 3NJ3A 1MXDA 1V6WA 2FHCA 5E6ZA 3RO8A 5E09A 4HU8A 3SUWA 2BNJA 2JEPA 4UFLA 4LYQA 1CLVA 1W3KA 2DIEA 3CPUA 3GXFA 2V5DA 5A94A 5CQ1A 1GUVA 1PBGA 2DDXA 3PZVA 1YHTA 2E9MA 1KR1A 2ZICA 2F8QA 1J0KA 1UR4A 4CU6A 5LA1A 2W66A 1JGIA 3M6DA 2A3CA 2JIWA 4AMCA 1E56A 2CKSA 5D8ZA 1Q4NX 3WDPP 4LGXA 3QHNA 1XRVA 2J8GA 5DF0A 3SCTA 1QHZA 1FP8A 1V6VA 2CBUA 3AZRA 3EDJA 1Y7VA 2X2YA 6CGTA 5CLWA 1MXGA 4DUWA 1E0XA 3VIKA 1WKYA 5I0DA 4EE9A 3MKKA 2ZX9A 2DSKA 2V3DA 2O9OA 2DSWA 1VEOA 3GNRA 4WIWA 4QCFA 1CGYA 1UHVA 5JBDA 2UY2A 3B8SA 1E5NA 2UY3A 1MVYA 1QHPA 3M7SA 3HU7A 3W81A 2WMIA 3VO0A 5I24A 3CIVA 3WNLA 5JUVA 1JXJA 1FP9A 4WF7A 1ITCA 2X8RA 1E15A 4B9YA 3MANA 4ZE5A 4BZYA 1BG9A 4WLCA 2YL5A 1V6UA 3ARZA 5I79A 1TVPA 4MB4A 1TG7A 4MDOA 1PIGA 3QHMA 1I75A 2CBVA 3AIEA 4AD3A 1KWKA 5FL1A 2RGLA 4P8VA 1BF2A 1OWQA 3EDDA 3WL0A 2J7FA 4OZOA 3W6LA 3ARUA 3GNOA 2ZIDA 1BYAA 4Y7EA 4TVCA 1VFMA 2WB5A 3FAWA 1UR1A 3BSGA 2WK2A 1ZBWA 5DO8A 5C70A 2X0HA 3THDA 4UFKA 5A3HA 4V2XA 3RM8A 1QNSA 5GNZA 4PMXA 3AHVA 3THCA 5D8WA 1K9FA 3AZTA 1BG4A 1KXHA 1LG1A 3CHEA 4W7WA 1LLOA 2YLAA 3DC0A 4HA3A 2OSXA 1UUQA 5A6SA 1CXFA 1Z32X 2XGBA 2WNWA 2BY2A 2VZUA 5A1AA 2VT0A 1W9UA 4UNIA 4EANA 1W9DM 1CGUA 3CUJA 2CIPA 5ECUA 1GJWA 1V3LA 2GJRA 4GO8A 3F4VA 3SCPA 2WWCA 1XH2A 1QW8A 2BXZA 6A3HA 5D4YA 4E4PA 1E43A 4Z2KA 3A47A 2WMIB 3AHTA 3BAJA 2YA0A 4LX4A 1JZ7A 5BXSA 3GZAA 1CTNA 1JF6A 1M7XA 1NOUA 3BAWA 2OWCA 3D3AA 4GO9A 3GXDA 2BVYA 2FHBA 1VJSA 1H0IA 1CDGA 2ZX8A 4Z2JA 3OIHA 1NP2A 5A2CA 3W26A 1KFWA 2EQDA 1JDAA 4M82A 2Y5EA 4IPLA 1UD3A 4PTWA 2FH6A 1V02A 1VENA 3UEQA 4FLSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V03 A;  4KWU A;  3VGG A;  3S6T A;  3IJ9 A;  4GIA A;  4CN4 A;  3B9E A;  4MAV A;  3W53 A;  4Q22 A;  4BQ5 A;  3APG A;  4HZ8 A;  3PZI A;  4ZFM A;  3VUP A;  3VIM A;  3T09 A;  3WH8 A;  1HJQ A;  1DWA M;  3N12 A;  3OGV A;  4UQ9 A;  4DUX A;  4ZXO A;  2JAL A;  3GH4 A;  1QI0 A;  4MB3 A;  2E8Y A;  2BHZ A;  3IAP A;  1VFU A;  2NT1 A;  2EPL X;  3N1A A;  2OYK A;  1ISX A;  1UQY A;  4MB1 A;  3ZMR A;  2AMG A;  1V3K A;  4LYR A;  2WVS A;  1BFN A;  1UKS A;  2V3E A;  4MTV A;  4N0R A;  3G6M A;  1EQC A;  4CVU A;  1XYF A;  2EPN A;  1UD8 A;  3K8M A;  1CBG A;  2FDM A;  1TMQ A;  2IXU A;  1MWO A;  4W5Z A;  3WH9 A;  3BAY A;  2ESC A;  1CXE A;  1QVB A;  1C3F A;  1PZ2 A;  2CYG A;  2GJX B;  1UA3 A;  3AHZ A;  3ZQ9 A;  5LA0 A;  3WDQ A;  1UG6 A;  2QV4 A;  2ZXA A;  2J74 A;  5HXM A;  1GZJ A;  1PPI A;  4PTX A;  1IZJ A;  3WDR A;  4IM4 A;  3CUH A;  4PMD A;  1G9H A;  1D2K A;  1HF6 A;  1XD0 A;  4QAW A;  3L4X A;  3VGB A;  4JHZ A;  5DT5 A;  1E6X M;  1MW2 A;  2G3I A;  3OB8 A;  3SUS A;  3T08 A;  4TTU A;  1BLI A;  3CTT A;  1E6R A;  3T0D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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