4AD2A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteroides xylanisolvens in complex with glucose-1,3-isofagomine
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
TELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens
publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
total genus 128
structure length 345
sequence length 345
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ad2A00
1EOKA 3B9DA 3OLIA 4DUXA 4YPJA 1E72M 1UKPA 4AMCA 4AIUA 1ZJAA 4XUYA 1HJSA 1LG1A 4MDOA 1MW3A 1C7SA 1V03A 1OT1A 1UR9A 3VOCA 2WC3A 1NWUA 1V6WA 4LGXA 1DWGM 1V3IA 2J47A 3B9EA 4HOWA 1HJUA 4QP0A 5LA1A 2ZUSA 1KB3A 3MUAA 1IV8A 1WDRA 1E4MM 4CUCA 2J62A 1NOUA 2PC8A 4IPNB 1NARA 3OGSA 4XB3A 3ZIZA 1VJZA 5EB8A 4W7VA 1HJVA 2Y2WA 3QR3A 1JYXA 3SUUA 1U30A 1TVNA 3BAJA 3K8LA 4XZBA 4WKHA 3VM5A 2FHBA 4FMVA 4EK7A 5A8NA 3OGVA 1JGIA 2OSXA 2QMJA 1CGVA 3BMVA 4U3AA 1HF6A 5ABHA 1RD6A 2V5CA 3VIGA 4A3YA 4UCFA 1GJUA 3ARWA 5DO8A 3AI0A 3A4AA 1W32A 5I78A 1V08A 5A6BA 2WBGA 1B3XA 1MQPA 1TMQA 1EGZA 4HTYA 3WDJA 3AJ7A 3RM8A 3WD4A 1US2A 1W9XA 2XIBA 3T0AA 3PZVA 1GCYA 1XYZA 1CGYA 1SMDA 3U57A 3WL0A 1GNXA 7CGTA 1CEOA 3NUKA 2W66A 4JFWA 1UWQA 2GJXB 2YLLA 2BNJA 3WD0A 3ARZA 1ZBKA 3T08A 5JBEA 2ZWZA 1JD7A 1G1YA 1MXDA 1UZ4A 4UFMA 3O6AA 3LMYA 2CBIA 4NSBA 4GI6A 5E0FA 5A3HA 3AZRA 1ITXA 1LG2A 2W92A 3CUJA 1WAWA 1XSJA 1BF2A 2CCRA 5E70A 1CXFA 1Q6EA 1ZJBA 3GH5A 1E71M 3EDDA 1KFWA 1UKTA 3MV01 1JG9A 3NDYA 1WDQA 4DWSB 2QF8A 1RH9A 4KGJA 4GPNA 1WB0A 4V27A 1CWYA 1BQCA 3VMNA 1EIBA 5LA0A 1FFQA 4WKFA 1UOKA 4AD3A 3VIMA 3UR8A 2XG9A 3BMWA 4D6IA 1CYGA 3SEPA 4ACZB 2JEPA 1CZ1A 1UR0A 1QPKA 3TA9A 2WVSA 2HVMA 1UD4A 3PZMA 1E5NA 2EQDA 5FCZA 2WXDM 3BXWA 3OIHA 1ECEA 5EFFA 2G41A 3AS2A 2G8ZA 3IAPA 4PMDA 3VGDA 4ZE5A 2EPKX 3WFZA 2YL6A 4MNJA 1UR2A 4JCLA 5BXTA 1QW8A 4S3JA 2DDXA 1MQRA 2J77A 4H8UA 3CMJA 4P8WA 2NT1A 3WQ6A 3E1F1 1CXIA 4J28A 2TAAA 1XCWA 4MJ4A 4D1JA 5DFAA 2X8RA 1BGAA 2WZEA 5C70A 2YJQA 4TVCA 3OZOA 4IM4A 1FFRA 5A6BD 1HN1A 3TONA 3LPFA 4JFTA 2V3GA 4QCEA 2HISA 1HKJA 1GOMA 1CXLA 1PX3A 4FLOA 5IDIA 2DSUA 2J25A 3K8KA 4Z2JA 1DEDA 1B3VA 4GKLA 2XM1A 6A3HA 4HU0A 5I23A 3W82A 2WSKA 3UG3A 3W27A 2WZHA 1BGGA 3S6TA 4KMQA 2ZOXA 3CZ8A 2XFYA 4AZCB 1VF8A 4E8CA 3W53A 3CHCA 1CLXA 1E5JA 2XTKA 1ZBVA 1B3WA 1G0CA 1RP9A 1ZS2A 2D24A 1PIGA 1WNOA 1MW1A 1C7TA 1UD8A 3CZJA 4DM1A 1PPIA 2CXGA 3TTOA 3UG4A 1I1WA 4BS0A 4PMXA 1VB9A 2J4GA 1VFOA 2EPNA 4MAVA 5D8WA 2WANA 5E9AA 2YL5A 4M24A 4MNMA 2EJ1A 2D20A 2YBTA 2X2YA 1JDAA 4CD7A 1M53A 2WLYA 1GZJA 3W37A 2W62A 2PWHA 1I1XA 3AMLA 4PTVA 3RM9A 2CPUA 2XFRA 3ALGA 2VX4A 3ZSTA 3PZNA 2X0HA 1WE5A 5E0CA 2E9BA 2EPOA 1H09A 1H41A 5DT5A 1J10A 1ITCA 2IXUA 3PZUA 4QLJA 3DYOA 5BXSA 2J75A 1V02E 5D8ZA 4BQ5A 4AIEA 2VZTA 1HKIA 1WDPA 1KXTA 5FD0A 2VI0A 3RM4A 4ML4A 3TTYA 1G01A 1K9EA 3GXDA 1GHRA 1DWHM 3WD1A 3WH6A 3WD3A 4FLQA 4HA3A 4OIFA 3OLDA 4DUWA 1HNYA 4W5UA 1VBUA 1V3LA 1LF1A 3VNZA 1UWSA 2J7EA 5BRPA 3CUFA 2GJRA 1UH3A 7A3HA 3WQ5A 2NW0A 1E0VA 4BZYA 1W91A 3OLEA 4HMCA 4TVUA 4DM2A 2DT3A 2AAAA 1BVNP 2Y4SA 2CNCA 1O6IA 1C3FA 1BLIA 4PSRA 2CEQA 5BXRA 5HXMA 5CLTA 1KCKA 3KWXA 1J0HA 3AMDA 3VMPA 9CGTA 1FP9A 3AIQA 1G5AA 1E6NA 4J3UA 3KZSA 4B3LA 2PWDA 4C7FA 1C93A 4PMNA 5A8QA 2WB5A 4W8BA 4C7GA 4UOJA 1U33A 3EDFA 1H1NA 2GSJA 1HKKA 3ARUA 4HA1A 2V38A 3CHEA 2WKGA 2DIEA 3AIRA 4AW7A 1D7FA 1TR1A 2UY3A 1JZ4A 1UD5A 1J0YA 3SCVA 2J7HA 1NQ6A 3CPUA 1B1YA 2VMFA 1H3GA 4F9JA 1OGSA 4E8DA 3POCA 1GQJA 5BCAA 3ZO9A 4JKKA 1ZBWA 3PTKA 3RMEA 4ZFMA 3DYMA 1XHGA 5E6ZA 1B9ZA 3DECA 3OB8A 3VD7A 1SFSA 2B31A 2QLYA 4PCSA 1E4IA 3WBAA 4Q22A 1IT0A 2DT2A 4W85A 3F5LA 2ZUTA 3PN8A 4NRSA 3U5YA 1AQ0A 5EBAA 2ZX6A 1HX0A 1JIBA 2WWDA 1BG4A 5BRQA 1ODUA 3CBWA 1SYTA 4PMVA 2F2HA 2WWCA 1OT2A 1E0WA 3SCWA 2G3NA 2FHCA 4P8XA 3T09A 1MW0A 1ISXA 2IXVA 1HL8A 2DQXA 3SCUA 3VIIA 3APGA 1J18A 2GJXA 2UY2A 2WSPA 2JF6A 3RJYA 3B8SA 4TX8A 1LWJA 1GHSA 1V6YA 3PBGA 3I3EA 2D0HA 1NP2A 3WDIA 3CMGA 2YKKA 4QLLA 3AICA 2XSAA 3RPMA 3WUGA 5CQ1A 5ABFB 2ZIDA 3TTQA 4HOXA 1JZ3A 3BCDA 2G3MA 1H49A 1Q6DA 1UD2A 4W8AA 4W84A 4DWSA 3NCOA 3K46A 1C91A 4L4OA 4CD4A 1CIUA 4URIA 1H4PA 1QOXA 3MMUA 2FGLA 1E55A 3WELA 4WLCA 1BSIA 4ACZA 2VC9A 2J7CA 3ZQ9A 2E9LA 4TXEA 3AYRA 2VRKA 2VURA 4MNKA 4FLSA 3PHAA 5I79A 1MFUA 3ZT5A 3PZIA 3T2PA 2ZXAA 2FDMA 1SMAA 4W86A 3W0KA 4Z2GA 1JYNA 4MB1A 3L4WA 5LA2A 5F7UA 4HU8A 3AIWA 1ISVA 2VNCA 1FHLA 1LL6A 4KRTA 2ZXBA 2XUCA 2WCGA 3SCRA 1LLOA 1GUVA 1XSKA 1GONA 2ZX7A 3N13A 1WDSA 3VINA 2BY0A 1X1NA 4H2CA 2BY1A 4CN4A 2YDSA 4GZEA 1EQPA 3BH4A 1EDGA 1E6QM 3A6OA 2AOSA 3L4VA 2CKSA 1K9TA 1R86A 4U3CA 5CLWA 1H0GA 3WQ8A 6TAAA 2QHAA 5CGMA 3K4AA 5AC5A 5DT7A 3WNNA 2BVYA 2WYSA 1UWTA 4AISA 1KBKA 1XCXA 3HMCA 2GVYA 5ABGA 1WP6A 1CECA 3GXMA 1JXJA 2QV4A 3ZMRA 3PZOA 1V02A 3II1A 5HNNA 2W67A 1QI4A 4DWSD 1CPUA 2E8YA 4UZSA 4H04A 3U7BA 4DWSC 4JKMA 4A3HA 4P8UA 1YQ2A 1ZL1A 4EKJA 1E43A 2OLHA 1JXKA 2CBUA 3WUBA 3LPOA 3OBAA 4BCEA 4JCMA 5LYRA 3GXFA 3AIVA 1UWUA 3CHDA 5CPTA 1E1EA 1KXHA 4UFKA 1UYQA 3QHOA 1UG6A 4PTMA 5CZKA 4CD5A 3W24A 3WSUA 3A3HA 1KXVA 2FH6A 1QBBA 2VRQA 1J9YA 4N0RA 4ZXLA 1EHAA 1VRXA 3WNPA 1XV8A 2ESCA 2RGMA 3HJEA 2O9PA 3MO4A 1PBGA 4R5EA 3AHYA 5I2UA 4AD0A 1B0IA 4CGTA 2NT0A 3IJ8A 5AYIA 1UR1A 4GZIA 1GPFA 2C8NA 3OA5A 3CZKA 2G3JA 4CU7A 3AMGA 4KWUA 1R8LA 3MSGA 3WH8A 1AQMA 2XVNA 4GI8A 2YDRA 3WN6A 4WF7A 3A4XA 1JF6A 4Z2IA 1XC6A 1Z32X 1WO2A 3WDRA 2OSWA 5M3WA 3WH9A 3MMDA 3L4TA 1YHTA 4M82A 1VEMA 4PMOA 1B30A 1HL9A 2VX6A 2FH8A 3SUWA 5I0DA 1E6ZA 3WD2A 1QNSA 3EMQA 1EQCA 2XVLA 4U31A 5A6SA 1PZ2A 3VIHA 4F66A 1V3KA 4UR9A 3CLWA 3HU7A 3WEZA 4KH2A 4U5KA 1B31A 3CTTA 3VIOA 3AXIA 2YIHA 3AXHA 4HZ7A 4UFIA 4ACYA 4GO9A 4PMUA 4PBGA 1EDTA 1GQLA 4HPGA 3EDEA 1BTCA 4K68A 4OBSA 3VDCA 1XH1A 4UFLA 2XFFA 4JL1A 1JZ7A 4J3VA 3M7SA 2D0GA 1JL8A 1MW2A 3WKZA 2ZX9A 2Y8VA 1DWIM 4EE9A 4CD8A 2ZICA 3W29A 2VCAA 2CBVA 3OGRA 5I24A 2ZUNA 1SR0A 2YOCA 2VVNA 3G6MA 5DEZA 4BQ4A 1E1FA 1V6VA 5FOOA 5M5DA 1W1YA 5CG0A 3WF4A 5CJ5A 2X0YA 2J78A 4AZHA 4AD5A 1TA3B 1OCQA 4A4AA 2WNWA 3AQUA 2WMGA 1PEZA 1V0MA 4GIAA 1E4NA 1XRVA 2W63A 1E4LA 1W1PA 2X09A 3AOFA 3VVGA 4AEEA 4P7QA 3CUIA 3UG5A 2DT0A 1QNQA 1QI5A 5A8OA 4FLRA 2BV9A 1UH2A 3VDAA 1UH4A 4QDMA 2BFGA 1QNOA 2WVTA 3ZOAA 2FGZA 1FP8A 3GBEA 1E70M 1H5VA 1GOKA 2PF0A 4JHOA 2VTFA 3BLKA 4X9YA 3WMBA 2C7FA 3WNOA 1B3ZA 2BHZA 4PMRA 1X6NA 1XD0A 3UR7A 2JF7A 4PMYA 2VJXA 3D3AA 3GH7A 1IZJA 1HP5A 4CCDA 2XWDA 1EOMA 4TTGA 1US3A 2VL4A 4MADA 4IPLA 1PZ3A 3VD3A 1V0NA 1JD9A 5ABFA 4J3SA 3SCPA 4F8XA 4P7OA 3BAYA 2G4FA 4MPKA 4J3XA 1GJWA 4W87A 5CSYA 4GQRA 2GUYA 2J79A 1L0PA 2CHNA 3K1DA 4JAWA 5A94A 4TTUA 2BY2A 3M46A 2VQTA 1JDDA 1FH8A 2V5DA 3F5JA 4ATWA 1E3ZA 1AVAA 1ODZA 3ZT6A 5DF0A 3OLGA 1QHZA 2W61A 3BGAA 4X0NA 3VD5A 3AIEA 4M56A 1W2PA 4D6JA 1VFMA 4CN6A 3OZPA 5CGTA 3VIPA 3MUIA 4PUEA 1OIFA 1KWGA 4OJYA 4TUFA 4B9ZA 4UFJA 1E56A 2PB1A 3U5UA 2XHYA 3VO0A 5A6MA 1OBAA 1OGBA 1Q6CA 5BYWA 2YA0A 4JZ5A 1MQQA 2ZUVA 2DH2A 3WDQA 5A6AA 4EANA 2FHFA 2D0FA 2J7GA 3EBVA 3W4RA 3AZTA 3GZAA 4JHZA 3FN9A 4GINA 1XGZA 4BA0A 1WCGA 2XVKA 1GQIA 3NIYA 2GFTA 4JFVA 4W7WA 5HOSA 1JZ2A 3MS8A 1V3JA 5D4YA 1WZAA 2Y5EA 1W9BM 2D3NA 3VD9A 2IUZA 3O2LA 2WC4A 3BAXA 2VX5A 1CXKA 2G3IA 4WSKA 4M1RA 4AY1A 3F5KA 2DEPA 4HP5A 3NSNA 4U33A 1B90A 1JZ8A 2D1ZA 1NM9A 1K6AA 1BAGA 4CN1A 1EDQA 1J11A 3BLPX 3WDHA 2VZVA 1PX8A 3BCFA 2RGLA 1ISYA 3AS3A 1BYDA 3T0BA 3VPLA 3WNKA 4YN5A 3SUVA 2XM2A 4ZXOA 3RILA 3AXXA 4AZIA 1CGWA 2ZXQA 1MFVA 2WMFA 4W88A 3DYPA 3F4VA 1KR0A 3WNLA 3SUSA 1R7AA 3AROA 1A3HA 1UUQA 1C8QA 5A2AA 3AS0A 2W4XA 3ZM8A 2J7BA 3L4YA 4NF7A 3JUGA 4AZBA 4CU6A 3VGGA 3VGBA 1BYBA 1DP0A 4PSPA 3VGFA 5AYBA 3ARXA 4PUDA 1HIZA 1PAMA 1M04A 1R85A 1OINA 2XWEA 4CCEA 4W7UA 4H8VA 3KE0A 4B16A 3I3BA 2E8ZA 4Z2HA 3WMCA 4E2OA 2CITA 3W28A 5A6LA 3VDHA 1TG7A 1W2VA 4ATDA 1ESWA 4P7RA 1DTUA 2JEQA 5AY7A 4Y7EA 2J7FA 2YLAA 2DSVA 2PI6A 3UERA 3AZSA 5CPSA 1PJ9A 3FNDA 3RCNA 3MMWA 2PWEA 4PTWA 3GBDA 3WUEA 3WEOA 1TUXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EOK A;  3B9D A;  3OLI A;  4DUX A;  4YPJ A;  1E72 M;  1UKP A;  4AMC A;  4AIU A;  1ZJA A;  4XUY A;  1HJS A;  1LG1 A;  4MDO A;  1MW3 A;  1C7S A;  1V03 A;  1OT1 A;  1UR9 A;  3VOC A;  2WC3 A;  1NWU A;  1V6W A;  4LGX A;  1DWG M;  1V3I A;  2J47 A;  3B9E A;  4HOW A;  1HJU A;  4QP0 A;  5LA1 A;  2ZUS A;  1KB3 A;  3MUA A;  1IV8 A;  1WDR A;  1E4M M;  4CUC A;  2J62 A;  1NOU A;  2PC8 A;  4IPN B;  1NAR A;  3OGS A;  4XB3 A;  3ZIZ A;  1VJZ A;  5EB8 A;  4W7V A;  1HJV A;  2Y2W A;  3QR3 A;  1JYX A;  3SUU A;  1U30 A;  1TVN A;  3BAJ A;  3K8L A;  4XZB A;  4WKH A;  3VM5 A;  2FHB A;  4FMV A;  4EK7 A;  5A8N A;  3OGV A;  1JGI A;  2OSX A;  2QMJ A;  1CGV A;  3BMV A;  4U3A A;  1HF6 A;  5ABH A;  1RD6 A;  2V5C A;  3VIG A;  4A3Y A;  4UCF A;  1GJU A;  3ARW A;  5DO8 A;  3AI0 A;  3A4A A;  1W32 A;  5I78 A;  1V08 A;  5A6B A;  2WBG A;  1B3X A;  1MQP A;  1TMQ A;  1EGZ A;  4HTY A;  3WDJ A;  3AJ7 A;  3RM8 A;  3WD4 A;  1US2 A;  1W9X A;  2XIB A;  3T0A A;  3PZV A;  1GCY A;  1XYZ A;  1CGY A;  1SMD A;  3U57 A;  3WL0 A;  1GNX A;  7CGT A;  1CEO A;  3NUK A;  2W66 A;  4JFW A;  1UWQ A;  2GJX B;  2YLL A;  2BNJ A;  3WD0 A;  3ARZ A;  1ZBK A;  3T08 A;  5JBE A;  2ZWZ A;  1JD7 A;  1G1Y A;  1MXD A;  1UZ4 A;  4UFM A;  3O6A A;  3LMY A;  2CBI A;  4NSB A;  4GI6 A;  5E0F A;  5A3H A;  3AZR A;  1ITX A;  1LG2 A;  2W92 A;  3CUJ A;  1WAW A;  1XSJ A;  1BF2 A;  2CCR A;  5E70 A;  1CXF A;  1Q6E A;  1ZJB A;  3GH5 A;  1E71 M;  3EDD A;  1KFW A;  1UKT A;  3MV0 1;  1JG9 A;  3NDY A;  1WDQ A;  4DWS B;  2QF8 A;  1RH9 A;  4KGJ A;  4GPN A;  1WB0 A;  4V27 A;  1CWY A;  1BQC A;  3VMN A;  1EIB A;  5LA0 A;  1FFQ A;  4WKF A;  1UOK A;  4AD3 A;  3VIM A;  3UR8 A;  2XG9 A;  3BMW A;  4D6I A;  1CYG A;  3SEP A;  4ACZ B;  2JEP A;  1CZ1 A;  1UR0 A;  1QPK A;  3TA9 A;  2WVS A;  2HVM A;  1UD4 A;  3PZM A;  1E5N A;  2EQD A;  5FCZ A;  2WXD M;  3BXW A;  3OIH A;  1ECE A;  5EFF A;  2G41 A;  3AS2 A;  2G8Z A;  3IAP A;  4PMD A;  3VGD A;  4ZE5 A;  2EPK X;  3WFZ A;  2YL6 A;  4MNJ A;  1UR2 A;  4JCL A;  5BXT A;  1QW8 A;  4S3J A;  2DDX A;  1MQR A;  2J77 A;  4H8U A;  3CMJ A;  4P8W A;  2NT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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