4OBTA

Crystal structure of arabidopsis thaliana cytosolic triose phosphate isomerase
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
ARKFFVGGNWKCNGTAEEVKKIVNTLNEAQVPSQDVVEVVVSPPYVFLPLVKSTLRSDFFVAAQNCWVKKGGAFTGEVSAEMLVNLDIPWVILGHSERRAILNESSEFVGDKVAYALAQGLKVIACVGETLEEREAGSTMDVVAAQTKAIADRVTNWSNVVIAYEPVWAIGTGKVASPAQAQEVHDELRKWLAKNVSADVAATTRIIYGGSVNGGNCKELGGQADVDGFLVGGASLKPEFIDIIKAAEVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Arabidopsis thaliana
publication title Structural Basis for Redox Regulation of Cytoplasmic and Chloroplastic Triosephosphate Isomerases from Arabidopsis thaliana.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase, cytosolic
total genus 91
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4obtA00
2CLHA 2A7RA 3OVPA 4UTJA 2DZSA 3MBFA 2WNNA 3IVSA 1F05A 2JKAA 4UNLA 4OWGA 1WDWA 1FCUA 3DENA 1K8YA 1QPOA 1UASA 2ABBA 2C3ZA 3LTPA 4CQAA 1R2TA 3T44A 1V5XA 1ME7A 1SO5A 1UBSA 4QM1A 1LLWA 5DCEA 4UXDA 3IVTA 3STEA 1JCMP 5CSRA 4JYFA 5CG7A 1VYPX 3EXTA 1SW7A 4AXKA 3PR2A 5C6MA 3QFEA 2ZQ0A 4AHOA 1B4EA 3L0NA 3R89A 4O8RA 3P67A 3O15A 3FIGA 4WJEA 4I7VA 1X7FA 1OFEA 2A7PA 2CU0A 3W7IA 4N6EA 2XFWA 1TPVA 4A2RA 4UIOA 2C13A 1S5WA 4ZMGA 1LCOA 4K37A 3ABOA 5SWUA 4Y96A 3LV6A 4M5PA 4NZFA 2V2CA 4IGHA 1K7XA 3QMSA 4AHQA 4OBTA 4UFMA 3HPXA 4DBEA 1YTEA 4A22A 2CLKA 2XN1A 4IPJA 1HFBA 1VCVA 4IWWA 3IGUA 5LHEA 3PUEA 4R53A 3STFA 1W0MA 4GUHA 1W3TA 3BK0A 1TPEA 5KSWA 2Z2UA 3QZEA 1OJXA 1ONRA 3TQVA 3PB2A 3LBCA 1W3IA 3OIXA 1ZFJA 2WNQA 4NXKA 1F74A 1QR7A 3CTLA 4Z1BA 3KVLA 3C52A 1VLIA 3O06A 3LCGA 4AWUA 1SSDA 2CLOA 1KV5A 1YYAA 3LI0A 4LVBA 1RV8A 2P10A 1DJQA 4FIRA 3W7CA 4UFKA 3EKLA 3SR7A 3MHUA 4LVDA 1VRDA 4JR5A 1H62A 1HUVA 5H91A 4NVTA 3MHGA 4FX7A 2E6YA 5EBUA 5HQEA 4PL1A 3NM1A 4IMDA 4NU7A 5G2HA 2EGZA 3G1DA 1K8XA 3GYEA 2BZNA 3NPVA 2ISSA 1F6KA 3FEMA 3GX9A 3S5OA 5FEWA 1AK5A 2J9XA 2AAMA 4CNPA 2LLEA 1GT8A 1AW5A 4S2CA 4DF1A 3M0ZA 3TFXA 4QNWA 2WOQA 1RQBA 4EF9A 3O6CA 5U7SA 2VFFA 4IJBA 1K02A 4L4LA 2V0TA 2VXNA 2GPTA 2WV8A 2GVLA 3THQA 3M41A 5HR7A 2F84A 1HG3A 1LDCA 1OF8A 3M5VA 3O8AA 4DPQA 3W1XA 1Q6LA 3TIMA 3B8DA 5LNUA 3PBVA 5AC8A 1SQ7A 1XFBA 1VH7A 3ATZA 1WXJA 2CFFA 2NXGA 3P60A 5G4WA 1FX6A 4JIQA 2QUVA 1QOPA 1EX5A 1SR9A 1YDOA 1DHPA 1FWTA 3OA3A 1ICQA 3TSMA 3CPRA 4MZ1A 2FQIA 4RXGA 4JXCA 4O12A 4ZVJA 1RPXA 1KV8A 5AN7A 1C9DA 4N9DA 2XN0A 1VCGA 3LHTA 3G1YA 5AYXA 2JKPA 4FNRA 4Y6GA 4POCA 2BWGA 3VE7A 3NZ1A 3L68A 1G7UA 4UFHA 2A1YA 3CHVA 4MKNA 3LX9A 4K7VA 3UZ5A 4Z1AA 5DN1A 1ML1A 3UY7A 1GQNA 3M16A 5KITA 1K03A 1VZWA 4MY1A 4HHPA 1M5WA 4WY0B 3C56A 1H5YA 3EWUA 1RQHA 3GR7A 3WJWA 3GK0A 4U4MA 4E0CA 4G1KA 1KLZA 2ZRZA 1W5PA 3TA6A 1FCVA 4RXFA 3TDFA 1N7KA 3TXZA 1LZOA 4E38A 1UUOA 2OJPA 2HMCA 2RFGA 3LCHA 3LRLA 1SZNA 1QCWA 2HS8A 3M44A 2FB2A 3NPWA 3WJSA 4FNPA 5IBXC 1I2QA 3TMLA 5E1QA 2DU2A 5E93A 3KRZA 4KFPA 3PC0A 3WJXA 4CCDA 1OABA 2F7FA 5AHFA 3P80A 3M6YA 2YXGA 3NQEA 4ORIA 3Q58A 5FEZA 1FDZA 4JTKA 4MUZA 1C29A 1XCFA 1DORA 3NEVA 4FX6M 5BNKA 3RLVA 1EA0A 2QAFA 2ZRWA 3C2OA 4X2RA 4QITA 4YLWA 3BPWA 4JX6A 3F1QA 1FQ0A 4JTGA 4XBSA 1S3HA 3IIXA 3PAJA 1YPFA 4MZ8A 4MOZA 2VENA 4HSOA 1LRQA 1JRCA 3LHVA 4LV4A 2HTMA 5AHEA 3GIYA 3W88A 3NQCA 2QCDB 3MBDA 2WPBA 3PUOA 4O1AA 1OYAA 2X16A 2QUTA 3BV4A 4WOZA 3HPZA 1M6JA 3A5FA 3S5ZA 1EWEA 6ALDA 3M5ZA 3W72A 3MYOA 4LT9A 1JUKA 3T78A 1Z44A 3FFSA 3UPWA 1F2JA 1VJIA 2DP3A 3IIOA 4Z0SA 1TJRA 3A9IA 3W7RA 3W87A 3LCIA 3L9CA 2OT1A 3GR8A 3QSRA 1G69A 1GVSA 4RJEA 1Z41A 3UWZA 3UPBA 5CPMA 3E12A 1AMKA 5KZDA 1F73A 3KAOA 1OVDA 1QO2A 3UYCA 3MW7A 2TMDA 2B7QA 2CW6A 1SW3A 5K9CA 3S8HA 5F1VA 3INPA 2BSLA 1PHWA 2VKZG 5K3VA 3W7JA 1GTEA 1OFBA 1JUBA 3GKAA 3W2KA 3I7QA 4RZ4A 3E96A 1EIXA 3HJZA 3FS2A 3MP3A 3UWWA 4NJIA 4O53A 4DXVA 3CM4A 2AQWA 4UTIA 3A22A 3CWOX 4TMBA 5AHIA 5I3FA 2GUUA 2X1TA 3W1QA 1QNVA 5HINA 1AL7A 4NJKA 3W7OA 2X1RA 3MO7A 3ZWTA 4JNMA 1VYRA 3W2MA 3QPYA 5DCBA 4FF7A 4LS2A 2RDTA 2QCNA 5L9FA 1ICSA 1IXNA 5D38A 2FPTA 1H7NA 2NXHA 5F2GA 3NDOA 4GJ1A 4O0ZA 4XWUA 5EY5A 3VE9A 2EKCA 1TPFA 3DFTA 4GFSA 2ZTJA 1QFEA 3WK3A 5CZSA 3G0UA 4RLIA 2Q8LA 3NA8A 2J88A 3G1AA 1A5BA 2TYSA 2V81A 3QQ1A 2ATSA 4LVGA 1Q6QA 4UTWC 1H61A 4WX2A 1D3GA 3H54A 5DBUA 5D37A 1YADA 1YDVA 1AW2A 3GB6A 4FNTA 3IIZA 4N4QA 2VEMA 3G1XA 4D2JA 1JQVA 3NQAA 4RX0A 3I6RA 2FB3A 5D33A 3M5YA 1SFJA 5KINA 1NSJA 3TSDA 3VKJA 4JTIA 1SZFA 2BTMA 3C61A 4NJHA 4AF0B 5CKSA 4Q32A 1Q45A 2VEIA 1GG0A 4PL2A 1TSIA 1ZAJA 3GDRA 3UWVA 1PV8A 4H6KA 1YLVA 3HBLA 1VYSX 3W7KA 1NEYA 2FDSA 4JD4A 1DOSA 1LTDA 1TO3A 1IIGA 1FWRA 4JN6A 2VELA 3MP4A 5DXYA 1FDJA 2I14A 4L4MA 3GVGA 4PA8A 4PC8A 8TIMA 3QQ0A 1WOAA 4E2DA 3S1WA 3UZJA 1B9BA 3L5MA 3STGA 2VFHA 4NQ1A 3HGRA 2CLFA 3IIPA 2YGYA 4IX2A 4N9EA 4EWND 2CLLA 1WAUA 3GXNA 3W3OA 3G8RA 1RD5A 2X2GA 2H6RA 3LRKA 1EP2A 3DU0A 3TC6A 3NM3A 1WV2A 3L67A 4DEFA 1TPH1 4TO8A 2B7NA 1L6SA 1KM5A 3LXBA 2O7SA 3BW2A 4A3UA 5HWNA 2BX7A 3G3DA 5D05A 5FEXA 1GEQA 3R12A 1O94A 2QDGA 2QJGA 4MLJA 3ZR4A 3ZS4A 4JY9A 2V82A 1JCLA 2YDAA 5T26A 2JBMA 4EF8A 3LM7A 3NQ7A 3FLUA 1IXPA 2DZWA 3JRKA 3PG9A 2ZZ1A 4I7UA 4K7YA 4UC5A 1IGSA 3HQ1A 1X1ZA 2CZFA 2PURA 3KVKA 4NX0A 3VNDA 3WK1A 5LNRA 3QPZA 3O16A 1SO6A 3Q94A 2QEZA 3V1PA 2RDUA 3MJYA 3W7PA 5BMXA 1BKSA 4AWTA 3DHFA 3BW3A 2Q3OA 1I4NA 1Y0EA 4OHQA 4LRSA 3HG4A 4XKYA 2FFCA 2W79A 3EWZA 1KTNA 3DI1A 1G4EA 4AB4A 4IMFA 3FA5A 4CQ9A 4GUGA 3B03A 1NF7A 4KFOA 5HR6A 1A53A 2YSWA 5KMYA 5D2WA 3NQ6A 4IMGA 1XXXA 2E68A 2A7NA 1DL3A 1F7BA 1OX4A 5I3IA 4P2VA 1NVMA 5DY3A 2E6AA 3W1NA 1GTHA 5CZ0A 1RR2A 2ZFAA 3RNDA 3W7EA 4FNSA 2GJNA 4UTTA 5LNVA 4TU1A 3N9RA 2WQPA 4IX0A 3QC3A 1OK6A 1H1ZA 4UCGA 5FF3A 3DI0A 3S5NA 3SI9A 3W7NA 3S9YA 4OV9A 3NL2A 4JTTA 3B0UX 4BWLC 3G0XA 1X1OA 1KM2A 3PBWA 2WKJA 4LOCA 4IUOA 2C0AA 5EKYA 4ZL1A 2ZDRA 4NNCA 4CQ8A 5MHBA 1NAL1 3U8GA 4CNOA 3DFPA 4O13A 1B4KA 2CWNA 1LROA 1OFDA 2R14A 1MZHA 1SSGA 2QUUA 2ZYFA 1PL9A 2JGQA 1EUAA 1BWKA 2PRMA 4GNJA 4ML9A 2CLIA 1JR1A 5DXXA 3TCEA 3RLUA 1XDMA 3ABRA 3N73A 4ADTA 3TK7A 4UTUA 5D32A 4PODA 2YFNA 1QO5A 3OVQA 4GWEA 4MFEA 4XUGA 1KFJA 3SIZA 1FBAA 3S1UA 3MI3A 4LUJA 3FJLA 2V2DA 5BMWA 4X22A 2ZA1A 5LGXA 3O1NA 3FOKA 4OU1A 1FY6A 2RKXA 4A29A 1J2WA 3OHIA 3TJXA 1KFEA 2BXVA 3VCRA 2C1HA 1TRIA 2G95A 3KOFA 4EOUA 4JTLA 2H8ZA 2QJHA 4FXRA 4NX5A 1OFOA 5A8GA 3W74A 4IMEA 1TTPA 1RZMA 3P7YA 3CC1A 5LKYA 4HKPA 1W5MA 3W73A 5KZMA 4J9JA 4Q4KA 2YFOA 3ELFA 4LVFA 3W7MA 2DORA 1W5NA 3PVFA 3CIWA 1P4CA 3BLFA 1TCDA 4JGDA 2Y62A 3FKRA 3C3NA 2Z6JA 4ZQMA 3S6DA 3O6YX 1GYNA 4M7SA 1SZGA 1F5ZA 1TQXA 3W1LA 3WJZA 2YZRA 3BG5A 4JDYA 1VCFA 3QSTA 5G2IA 3SSJA 3PS7A 4I7WA 4UMCA 4TIMA 1PVNA 3PWAA 4FNUA 4M6QA 3ATYA 2NLIA 2ZCGA 1D9EA 2HSAA 2V30A 3GDLA 2ATMA 3RU6A 3FJ6A 4GXMA 2B0MA 2W6RA 3W1MA 5HULA 4QQ3A 5L6UA 3DFOA 1DJNA 4UTLA 4CCEA 3H53A 5G5IA 1DBTA 3T7VA 1PCKA 2OMAA 2PC4A 1O95A 3LBMA 1ZNNA 3LCLA 3NQ8A 4HSNA 3W85A 5GVJA 3VFLA 2ZRYA 1FUYA 1VHCA 3QRHA 5BOOA 1H1YA 5C55A 2I1OA 2OX1A 5J5DA 1M7OA 3E9AA 3YPIA 3Q37A 4KWVA 3TAOA 4Y8FA 3W1UA 2QKFA 1HO1A 3TU9A 4UTKA 3NQFA 4K39A 3HOJA 3SGUA 1QAPA 1UJPA 4JTHA 3A23A 1LYXA 3EXSA 1EUNA 1R2SA 3B0PA 4QISA 1A5SA 3CU2A 2H3DA 1KM6A 3SGZA 4LRTA 3HMJG 4FNQA 4RR4A 3L65A 3USBA 1IIHA 3O05A 5D04C 3IGXA 4Z0JA 5FF0A 1I45A 4IQLA 3EXRA 1LM1A 4O4VA 3T4CA 4JTJA 3HG2A 3BLIA 2FLIA 4AH7A 1TTQA 4UFIA 3BGGA 1B3OA 4A2SA 5H2ZA 5IM51 3PSVA 4QJ1A 3LXCA 5AB3A 1EWDA 4OT7A 4OE7A 2YYTA 4WZHA 5HWJA 3RMJA 1F6PA 2Y7EA 3STCA 2E6FA 1V7YA 2A4AA 4JTUA 3GDKA 3EWBX 3QMRA 1GVFA 4LW7A 3NOEA 3EX4A 3PUDA 3GDMA 4HN4A 3DAQA 3UWYA 1LP6A 1AW1A 1QPQA 3GAYA 3SY5A 4NXSA 3T55A 1OFQA 1XBXA 4FIQA 2QCCA 3W7QA 2ZRVA 2QCLA 3SZ8A 1YPIA 2NUYA 4LU0A 4XTIA 2VFGA 4JTFA 2NWRA 1H50A 1OYBA 1OG0A 1TPB1 2Q8ZA 4PH6A 4HNNA 4LV9A 4RZ6A 4ZZ9A 2ZTKA 3NQGA 5CSSA 1R47A 4ZQCA 4XQ6A 1PS9A 3E49A 1VGAA 1U83A 1BEUA 1KBIA 2QF7A 3SJ3A 1T0OA 3KX6A 5F4WA 1SZEA 1QPNA 3AJXA 5D2VA 2VFEA 1LOQA 3NL3A 3BG3A 4X9SA 4UR7A 4PFMA 1JRBA 1GVQA 3W1TA 5I3KA 4O19A 2ZA3A 5D2YA 3A5VA 4RK8A 3NZRA 5AYYA 3SW6A 2OZ0A 3UWUA 2FJKA 3HO8A 3L2IA 3TMQA 3NL6A 5DBTA 4NJGA 1C8VA 4JDBA 3UXAA 1TTJA 2GOUA 2Z0IA 4WQ6A 3MUXA 3P61A 2Y61A 4RKAA 1R30A 2ISVA 4JEQA 3NQDA 2X30A 4FEZA 4O14A 4S1FA 1I2RA 3F03K 3GZ3A 1LOLA 3PB0A 2R8WA 4H3DA 4ZQNA 1S5VA 3CQ0A 5D2XA 1BWLA 2WO5A 3TXVA 2DZUA 3LCFA 4NUWA 3PY2A 1GVOA 5D2TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E5N A;  2CLH A;  4AX6 A;  2DZS A;  5GNX A;  3CPG A;  2HNH A;  1CTN A;  3W00 A;  5A6B A;  4IQD A;  1WDW A;  3T0B A;  4G9P A;  1K8Y A;  4L56 A;  1UBS A;  1EJS C;  1B2Y A;  1UZ1 A;  5CG7 A;  3EXT A;  1SW7 A;  3SUS A;  3TTE A;  3F2D A;  1V6T A;  2J7G A;  3OA5 A;  1I9C B;  3R89 A;  1OC7 A;  3E2V A;  2WZT A;  3O15 A;  4LAU A;  3R7M A;  3MT1 A;  1X7F A;  2DVU A;  5TD4 A;  2R82 A;  2CU0 A;  4WDU A;  4C6J A;  1PZ3 A;  2F2K A;  3S6O A;  4N6E A;  5D9N A;  1GOR A;  1GEH A;  3S46 A;  4I90 A;  1XRF A;  3WD2 A;  3UER A;  1UML A;  2VX7 A;  4WF7 A;  4ZO9 A;  5AZ0 A;  4OBT A;  1UA3 A;  3HPX A;  4L64 A;  1PTG A;  3VKD A;  4DBE A;  4A22 A;  1M1B A;  1H5V A;  1HFB A;  1VCV A;  2FHF A;  1GVE A;  2OEK A;  1W3T A;  1TPE A;  4EXA A;  4AWE A;  2ZUS A;  9XIA A;  3AIE A;  1K6A A;  2WNQ A;  3QYS A;  5E6Y A;  1P1M A;  4NXK A;  1F74 A;  2UWF A;  4A05 A;  1QR7 A;  4RV3 A;  4DJF D;  3W25 A;  1SYT A;  3O06 A;  3LCG A;  2CLO A;  2DW7 A;  5EFF A;  3G2G A;  3V1H A;  1PPI A;  4UFK A;  4DZ5 A;  3TCS A;  1JNE A;  4OVX A;  3VNZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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