3NIYA

Crystal structure of native xylanase 10b from thermotoga petrophila rku-1
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
HMQNVSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDEEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENNMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWTKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEDYYLKKQAEICAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga petrophila rku-1
publication title Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 134
structure length 326
sequence length 326
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3niyA00
1CZ1A 1E6XM 1RH9A 1W2VA 4YHGA 3POHA 1XSKA 3BC9A 1TVNA 2VVSA 3GH5A 4MDOA 1BYBA 4W84A 5A8NA 2J4GA 4PEEA 3VMPA 2FDMA 4H2CA 1JNDA 2C8NA 3VVGA 1KWKA 1AMYA 2RGMA 1CBGA 3AIRA 2WW5A 1KCKA 1OGBA 4W5UA 3MMUA 2ZXAA 1G1YA 3UG3A 1M01A 5FD0A 3AJ7A 3RJYA 1HL8A 1WZKA 3WD3A 4P8XA 5A95A 2CESA 4P8VA 2ZX8A 3AZRA 4U3CA 4PMNA 3B9EA 4CN1A 1JZ8A 1W3KA 3DYPA 1UD2A 2DSZA 5CGMA 4WKFA 3AXHA 2D0GA 1MWOA 1W1VA 1E6PA 2J74A 3T0AA 2XM2A 1VENA 2O9OA 3MMDA 4V28A 4M80A 1W3HA 1TFVA 4F9DA 2ZUSA 4C7DA 3EDEA 5CPTA 1MXGA 4J3UA 3NUKA 3WF4A 2XGBA 3WEMA 2BVTA 4DM1A 3ALGA 2VZVA 1DP0A 3VINA 1BF2A 1DWAM 3AIEA 1BPLB 1GONA 1EO5A 1J9YA 3W27A 1CGTA 2X8RA 1WZLA 2W67A 2DIEA 4AD1A 5E6YA 1UD8A 2ZXBA 1UKTA 3RM8A 2VX7A 2D2OA 1D2KA 4LX4A 2J7HA 3AMCA 2VRQA 1FP8A 3AYSA 3BAJA 3KZSA 3U7VA 1BSIA 1W2PA 2EEXA 1CGVA 1E3ZA 3VIFA 4D6IA 4ACZB 2YOCA 1J0IA 5BXTA 3TTQA 3BAXA 1JIBA 4PMOA 5TD4A 5BCAA 4DWSD 3ZSSA 3CZEA 1MVYA 4AZIA 1SYTA 2V3FA 1JZ2A 4BZYA 3AIVA 5A2BA 2XFFA 3K4AA 1K9TA 2XFYA 4PUDA 1LQ0A 3DHPA 4Z2GA 3GM8A 3VIHA 2PWHA 1H49A 1KBKA 5BYWA 3PBGA 3IJ8A 2A3AA 4CGTA 4HZ7A 3WQ8A 4JL1A 2XWDA 1PBGA 4EK7A 1GVYA 4EANA 3UCQA 5AY7A 3N1AA 5E70A 5A8PA 3WUEA 5EBAA 1E43A 1W3JA 5A6MA 1NOUA 1H11A 3BAKA 1UD3A 1B2YA 2VQUA 3VIOA 1UQYA 4FF5A 1GHRA 4TUFA 5GQBA 6TAAA 4Z2KA 5C71A 4TXEA 2XJ7A 1L0PA 2CXGA 2G3JA 2CITA 2XUCA 1EGZA 3MV11 1VIWA 1Q6CA 4DWSB 2E40A 5LA1A 4UOZA 2ZE0A 4A4AA 4LQ1A 2DQXA 5CPQA 1KB3A 3J7HA 1OT2A 2HVMA 3SIMA 3WD0A 1OBAA 1TR1A 2QF8A 3EYPA 4J27A 3F5KA 4IM4A 4PMDA 2E8ZA 1ODZA 1GZJA 3PTMA 2ZXQA 2PWGA 4U5KA 1GUVA 4MPKA 1HNYA 2XWEA 2BV9A 1UKSA 2ZUTA 4UQDA 4OUEA 4ZXOA 1GPFA 4FLRA 2NSXA 1VFMA 2J7GA 3DYMA 3VGFA 4AZ6A 2QPUA 2WCSA 3CO4A 3WMSA 2Y8VA 1JAEA 3W26A 5I2UA 3WDIA 5JBFA 1W91A 3CZKA 5LA2A 1H0GA 1F4HA 3CZGA 1IT0A 2E4TA 1NQ6A 2Z1KA 1KBBA 1NWUA 2UY5A 2WWDA 4D6DA 4BS0A 4JHZA 4AW7A 4W7WA 1H3GA 4W7UA 5A8OA 4AZHA 3F5LA 1UR9A 2FH8A 1CDGA 4NRRA 4P8UA 4HMDA 1UG6A 3LPFA 1P6WA 4U3AA 1CXHA 2E0PA 1C3FA 2A3BA 3SCPA 1U30A 5D9NA 1EA9C 3AS3A 4GI6A 3WNKA 2JF6A 2WXDM 1G0CA 3MO4A 1JDCA 1GOOA 4L4PA 4RE3A 4U5IA 1US3A 4M24A 1XCXA 1UD5A 4MJ2A 3W81A 1NP0A 1AQHA 3CGTA 5A2CA 1FHDA 2GFTA 1J0ZA 1E5NA 1E71M 2DIJA 1OD8A 3AHVA 4CD6A 4HZ8A 2VTFA 3TONA 1JZ4A 4C7GA 1E0VA 1OWQA 6A3HA 3G6LA 3ARZA 2EJ1A 3L4YA 4HOWA 2PB1A 2J7FA 4J7RA 2JALA 1QNRA 1OT1A 4NF7A 1OD0A 1HL9A 3N13A 4UQBA 3WFLA 3AOFA 1JNEA 2A3EA 2PI6A 3EDDA 1H41A 2XVPA 3NYDA 2BXZA 4V2XA 3VGGA 1DWFM 3WY1A 3AIQA 4DUWA 4Z2HA 1V3HA 4E8CA 3NCOA 1EOMA 1Y7VA 3OLDA 5CSYA 3AXXA 4PBGA 4B3KA 1ZB5A 1CXIA 1J11A 4QLKA 3VM5A 1E55A 4JCMA 5GNYA 3I3EA 1HKIA 4UOJA 2XIIA 3U7BA 3WDHA 4W89A 2WMKA 3HU7A 2ZIDA 1VBRA 3B9DA 3A47A 2CBJA 2BFGA 1QI0A 4PMUA 1MYRA 4DWSC 1WNOA 5BROA 1JFHA 3VIIA 1G94A 2X0YA 3K46A 4IISA 5CQ1A 4JKKA 2W91A 5DFAA 4H04A 3CHFA 3POCA 2QHAA 3CTTA 2IXVA 4TX6A 1ISXA 1J0HA 3BLKA 1V03A 3VD7A 2UY2A 1XRVA 3VGEA 1W9DM 1W9UA 4JKMA 4H8UA 2ZWZA 2WZIA 6CGTA 4E4PA 4J3TA 1U2YA 3ZR6A 3VTRA 4NZCA 1D7FA 3N11A 1UD6A 1UWIA 3RO8A 2CBIA 5CXPA 4H8HA 5M03A 3RPMA 3VMOA 3WH9A 4N0RA 3PN8A 3ZT6A 4FMVA 1PEZA 3VDHA 3RMEA 3IK2A 1UZ4A 1GQLA 1V02A 1TVPA 1VEMA 1ITXA 2WMJA 1CIUA 5JBDA 4J3VA 1UYQA 1LG2A 3TOPA 3RDKA 3W6MA 1ZBCA 1CGWA 3OLEA 3VNYA 1Q6FA 3CUFA 3FN9A 1UA3A 5ABFA 3BGAA 3OZPA 2G8ZA 1KGXA 2J47A 5AC4A 2E9BA 4ML4A 1LL7A 4HMEA 1QBBA 3UESA 8CGTA 5HPOA 1GJUA 1M03A 1OIMA 1QNQA 3AS0A 1SMAA 2WMIA 1BAGA 2OLHA 2FHBA 1OIFA 3BMVA 3W24A 3CH9A 4FLSA 1BQCA 3GH7A 1ISZA 2BY1A 4PMQA 5D9PA 1B3YA 1KR0A 1OGGA 1EHAA 1UH2A 1E3XA 1H5VA 3VNZA 2VJXA 4XZBA 2GJXA 3ZM8A 1CXKA 3UG5A 3WF1A 2CKSA 2DSUA 1NP2A 4FLQA 2GDUA 4PRWA 1JL8A 4PMXA 4CN4A 2OSXA 4P7LA 3SUVA 3PTQA 1DHKA 4UOQA 1LWHA 4AZCA 1GOWA 2WHJA 3SURA 2J78A 4CCCA 1ESWA 1E70M 1GOIA 3WQ4A 1HKMA 1EQCA 1M04A 4EE9A 2V3EA 2X05A 5DMYA 3PZUA 4LYQA 1FFQA 5A8MA 5E6ZA 2D20A 1PX3A 4QCFA 1WCGA 1F4AA 1C91A 1CLXA 3ZMRA 2AOSA 4AD5A 3ARYA 1UKOA 4ZENA 2XGIA 3AZTA 4PSRA 4LPCA 4WSKA 3S2CA 5I78A 5D8WA 3ZO9A 1WZMA 1VFOA 1TZ7A 2J62A 1JZ7A 3ECQA 2FHCA 3A4AA 2ZX9A 1EXPA 3GNRA 4M1RA 5A6JA 1JZ6A 2W66A 2XM1A 1QW8A 5ECUA 3BH4A 1JG9A 3WH8A 3ZSTA 1ZJBA 3ZJ6A 1JD9A 4BF7A 2VRJA 3L4WA 2OWWA 4WIWA 1HJUA 2BY0A 2VT0A 4GZJA 3AHTA 5I6SA 1LJYA 4W88A 4CU6A 3VO0A 1KQYA 3BSHA 2O9RA 1XV8A 3VUPA 3GBDA 1KXQA 3GYCA 3A6OA 1B3XA 4HPHA 4BCEA 3VU2A 2W61A 4XZWA 3WNOA 1TA3A 3EDJA 5A1AA 1MW2A 3F4VA 1PPIA 1C93A 1J0KA 3VIKA 4XX6A 3WDQA 2VCAA 1V3JA 3QR3A 1XYFA 2DEPA 2J77A 4OZOA 2OSYA 4X9YA 1C90A 1UKPA 5KZ6A 2G41A 5E0CA 1OB0A 1OCQA 1WB0A 7TAAA 3D3AA 2EPLX 5BRPA 1CEOA 2WHLA 5A69A 1HJVA 1C8YA 1W9XA 4MB4A 2WHMA 1ECEA 3VD9A 3QOKA 3GXDA 4AZ7A 5FKYA 2V3GA 1R7AA 3WQWA 4D6FA 2YA1A 1NH6A 3O9NA 2DT0A 5CZKA 1CTNA 2WZHA 4UQEA 3FW6A 4OJYA 4LYPA 4HA4A 3WDRA 3OA5A 4TOQA 2D22A 4QLLA 1E0WA 3L4XA 2VL4A 4P7QA 1B3WA 2FH6A 3VDBA 3T2QA 1DTUA 5D8ZA 2GSJA 1HKJA 1O7AA 3ARRA 1VEPA 2QMKA 2VVNA 1AQMA 2YL9A 1E4MM 2X0HA 2GJRA 2WPGA 3CZ8A 4MB3A 1XHGA 1HXJA 3QGVA 3DHUA 3EMQA 3GZAA 3EDKA 3WSUA 3FAWA 3RJXA 3W53A 1PX8A 4EAMA 5DEZA 4MNKA 5IFPA 3ARSA 2X1IA 3N9KA 1VFUA 3CBWA 3OB8A 4D72A 2J75A 2VOTA 1UWSA 4ATDA 3LPGA 1US2A 4GO9A 1GCYA 4PCSA 3AFBA 3CZLA 2WSKA 2ZUVA 1TE1A 3UEQA 1CGXA 2WMIB 5DT5A 3N18A 1MFVA 2JF7A 1WO2A 3W4RA 1JYWA 4TVUA 4UQCA 4HOXA 2F2HA 4PMYA 1HT6A 1PIGA 2VO5A 2D0HA 4UTFA 2WWCA 1V08A 1CLVA 4MJ4A 3ZJ7A 3BAYA 4AIEA 2O9TA 4OIFA 3W82A 1BLIA 4PTMA 1HN1A 4K68A 3PZNA 1OGSA 3QHMA 2B31A 2GJXB 2VQTA 4JIEA 4A3YA 2FGLA 2ZXDA 5GNZA 1VFFA 1QBAA 4KGJA 2WMHA 2JE8A 4QP0A 3T2PA 2AMGA 2XPKA 3PZGA 5HDRA 4AZGA 1WDQA 2CEQA 2GJPA 3WL0A 4M56A 4AZCB 5JBEA 3BAIA 1W1TA 1DWHM 1I75A 2JEQA 2YDQA 3PZOA 1BFNA 4OBSA 4UFMA 1FH8A 1HP5A 4Q22A 2IXUA 4L4OA 3EMCA 2ZUNA 1PZ2A 3SCNA 2DT3A 2RGLA 4AD0A 3IANA 1MQRA 1RP9A 1ZU8A 3NDYA 3B9AA 1U33A 1CXEA 2J8FA 3L4ZA 1JDDA 3AISA 1G01A 5E0FA 5BWFA 3CHEA 3O6AA 2W63A 1BG9A 2FHFA 3GNPA 3L4UA 2WKGA 3OLIA 4URIA 3UETA 4W8AA 2OYMA 2GUYA 4JHOA 1IZKA 1TUXA 4AZ5A 3KL0A 2QMJA 1E15A 2E9MA 1HIZA 3ZT5A 4PTVA 3SCUA 3MMWA 2JIWA 1R86A 2WSPA 4AD2A 1XSIA 1UKQA 4LXFA 2UY3A 4CD8A 1W3LA 1JF5A 2WB5A 2A3CA 2UWFA 1JXJA 1GJWA 4RE2A 3CMGA 2VR5A 3A4XA 4UZUA 2W5FA 3MUAA 3CUIA 3T09A 3SUTA 1FH9A 3BMWA 1KWGA 2WCAA 3AS1A 1A47A 3W0KA 1TA3B 3GTNA 3AQUA 2BS9A 1QI5A 7A3HA 3WDJA 3VGHA 4A3HA 2EQDA 2BHZA 5D9MA 4U2YA 1HF6A 1MW3A 3VX1A 2ZX5A 1CXFA 1CNVA 4QCEA 5I24A 1JI1A 1ISYA 3W38A 1GOMA 3MUZ1 1HVQA 2FGZA 4H41A 4PUEA 4B16A 2G4FA 1Q4NX 2VMFA 5HXMA 1V6YA 1K9FA 4UFIA 3L2LA 3WDPP 4AY1A 4HP5A 4AMCA 2YA2A 4JFTA 5HBFA 4WLCA 3MUY1 1JYXA 1GORA 1D3CA 4W87A 3T2OA 3AS2A 1JAKA 3AMLA 1X6LA 3M07A 2XG9A 5DO8A 3WENA 4HTYA 1LL6A 5IXEA 1V6WA 1EH9A 1UQZA 4R5EA 3AMGA 4V27A 2VZTA 3KWXA 1W1YA 3RM9A 1RPKA 4N42A 3WQ6A 4HU0A 4KMQA 1KFWA 3WNPA 2WMGA 4J3SA 3WEZA 1C7SA 3DECA 5GPRA 4D6HA 3SUUA 3VIMA 2CYGA 2DDXA 4BA0A 3THCA 1QHOA 1WDPA 5E09A 3G6MA 3PZIA 1LL4A 5HNNA 4HU8A 4HMCA 3UERA 2NT0A 4HA1A 3CMJA 4JFWA 4QDMA 3WF2A 2J7CA 4NSBA 4PMVA 3WUGA 3A4WA 2XSBA 3M46A 4ACYA 1MQPA 1FA2A 3ZIZA 4PMZA 3LPPA 1JZ3A 2WVSA 4BQ5A 1BGGA 2GDVA 4E2OA 1N82A 9CGTA 1EDQA 3WELA 1EIBA 4CU8A 4H8VA 1UR4A 2D0FA 2DT1A 2WBGA 1E0XA 1EO7A 3BAWA 4W8LA 3OBAA 3PZ9A 4U2ZA 1X6NA 3OLGA 1DWIM 4MNMA 1B3VA 2X09A 5BXPA 1XD0A 1FHLA 2DT2A 2VUYA 3EDFA 4GO8A 3NJ3A 3AHYA 3WN6A 5C70A 2J25A 5I77A 1TMQA 2V5CA 1C8QA 1BTCA 3WF0A 2EPNA 3SUWA 2J7EA 1OSEA 2VZSA 2JIEA 1J12A 4GIAA 2DGAA 4ACZA 5M17A 1CXLA 2C0HA 3AZSA 4MAVA 1UD4A 5HOSA 1MFUA 4E8DA 2PC8A 5EFFA 1C92A 5LYRA 4YHEA 3VDAA 3WL1A 3S6TA 1QOXA 4RE4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CZ1 A;  1E6X M;  1RH9 A;  1W2V A;  4YHG A;  3POH A;  1XSK A;  3BC9 A;  1TVN A;  2VVS A;  3GH5 A;  4MDO A;  1BYB A;  4W84 A;  5A8N A;  2J4G A;  4PEE A;  3VMP A;  2FDM A;  4H2C A;  1JND A;  2C8N A;  3VVG A;  1KWK A;  1AMY A;  2RGM A;  1CBG A;  3AIR A;  2WW5 A;  1KCK A;  1OGB A;  4W5U A;  3MMU A;  2ZXA A;  1G1Y A;  3UG3 A;  1M01 A;  5FD0 A;  3AJ7 A;  3RJY A;  1HL8 A;  1WZK A;  3WD3 A;  4P8X A;  5A95 A;  2CES A;  4P8V A;  2ZX8 A;  3AZR A;  4U3C A;  4PMN A;  3B9E A;  4CN1 A;  1JZ8 A;  1W3K A;  3DYP A;  1UD2 A;  2DSZ A;  5CGM A;  4WKF A;  3AXH A;  2D0G A;  1MWO A;  1W1V A;  1E6P A;  2J74 A;  3T0A A;  2XM2 A;  1VEN A;  2O9O A;  3MMD A;  4V28 A;  4M80 A;  1W3H A;  1TFV A;  4F9D A;  2ZUS A;  4C7D A;  3EDE A;  5CPT A;  1MXG A;  4J3U A;  3NUK A;  3WF4 A;  2XGB A;  3WEM A;  2BVT A;  4DM1 A;  3ALG A;  2VZV A;  1DP0 A;  3VIN A;  1BF2 A;  1DWA M;  3AIE A;  1BPL B;  1GON A;  1EO5 A;  1J9Y A;  3W27 A;  1CGT A;  2X8R A;  1WZL A;  2W67 A;  2DIE A;  4AD1 A;  5E6Y A;  1UD8 A;  2ZXB A;  1UKT A;  3RM8 A;  2VX7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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