3U8GA

Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex of Dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii with Oxalic acid at 1.80 A resolution
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Acinetobacter baumannii
total genus 115
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2011-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3u8gA00
3E02A 4K6AA 4X3ZA 2VFHA 1SZGA 3BLIA 2GOUA 2FJKA 3INPA 4DELA 8TIMA 5D02A 4ZZ9A 1SZNA 1GVOA 4A2SA 4JTEA 4UTWC 1V5XA 3G1VA 5L9FA 5F2GA 3Q94A 3L5MA 1IXQA 5DXYA 2A5HA 3S1UA 5U4NA 4HSOA 3QFEA 1OFEA 2KZHA 3PUDA 3G1HA 4N4PA 1SZFA 3NL2A 4O8RA 5J5DA 3TK7A 1OHLA 3M5YA 3BG3A 5E93A 1OFAA 3CEUA 3STEA 5D05A 1XDLA 1LBMA 3PSWA 4JTJA 5DCEA 4UR7A 1FDJA 1OG0A 3P81A 3NQ6A 4ZQNA 3BO9A 1GTEA 2BLEA 1H7PA 1TTJA 4DO6A 3KFTA 3HJZA 7TIMA 1H7XA 1GOXA 1FXQA 3NQMA 4JICA 3MW7A 4BI5A 5K3VA 1IGSA 4QQ3A 1BWLA 1A5CA 3NQ7A 3USBA 1O4UA 4NNCA 2PRMA 5E0KA 2VFIA 1H7WA 3WJSA 3IGXA 4ADUA 4OE7A 5C5YA 3IVTA 3B0PA 3P5ZA 4Z1DA 2ATSA 4O15A 4UIOA 3LXCA 2QCHA 4AWSA 2B4GA 1FWNA 1GVFA 3S5YA 3C2VA 3LXBA 2ZZ6A 4FNUA 3O6CA 4K8HA 4NNAA 4CQ9A 2ATMA 4JTTA 1EPXA 1AW5A 2CLHA 4AH7A 2CLOA 3EX3A 2F84A 5I3GA 4QNWA 1DHPA 1KFCA 2CZ5A 3MP3A 3TE9A 3HGOA 4XQ6A 4MPQA 2ZZ3A 1ONRA 4Z1BA 3RU6A 3R5EA 3RLVA 1MO0A 1X1ZA 3WK3A 2HSAA 3W2LA 3TX9A 1DQXA 3ABOA 1P4CA 2HMCA 3TR2A 5F4XA 3BW4A 3IVSA 5K7JA 1OFOA 1U83A 2BX7A 1CW2A 3HOJA 1RZMA 2WO5A 2NUWA 3KRZA 1G7UA 3W72A 3FYPA 3UWWA 2VFDA 4GXMA 3G8EA 3B0UX 4RR4A 2NLIA 3WFAA 3G8RA 3W23A 4R34A 1JQXA 1I2NA 4AF0B 3LBCA 2JKAA 4IX2A 1R2RA 1YTDA 1B3OA 3RNDA 1KM3A 3ATZA 3CLMA 4FX8A 1AW1A 1H51A 2PE4A 4GC4A 4JYFA 4UMCA 1Z48A 4EOUA 1VJIA 1LLWA 4MKNA 3LDVA 4E2BA 1QOQA 4LVDA 2R8WA 4LUIA 1K8ZA 2NX9A 1GYNA 5LNVA 4I9AA 4YLWA 3MO7A 6ALDA 5CKSA 3TFCA 1QNVA 3OVRA 3VE7A 1M6JA 2GQ9A 3TROA 4MFDA 3E9AA 4HNUA 2FQIA 3EXSA 4OT7A 1G4EA 1CI1A 4EWND 5AHMA 1JRBA 1TPB1 4XUGA 3HPSA 1IXOA 1VH7A 1RPXA 3FS2A 2QF7A 4YXGA 4HNVA 4K7YA 1LLZA 3SGUA 4FNPA 1C29A 3W7PA 3C2FA 1Q6LA 3DBPA 3O05A 4FX7A 5I3KA 4LUJA 4IPJA 3UWZA 1DQWA 1P0KA 3P8IA 4WXZA 3C3NA 4CNOA 2R94A 3S1WA 4UMBA 3MJYA 2CU0A 1XL9A 2E77A 1QAPA 1VCFA 1X7FA 1I2QA 1IIHA 2A21A 2W6RA 3FFSA 3QYQA 3SGZA 4AHOA 4R7JA 1SSDA 1TQXA 1TPVA 1TPC1 2NWSA 1JCLA 1SO4A 2BZNA 3P84A 2PRHA 2QCLA 4IQLA 5IBXC 2XN1A 4FXRA 2WQPA 2ZA3A 3A5FA 4QM1A 4XZ9A 4QITA 5HUOA 1KTCA 5BMXA 1ZCOA 4JR5A 4LOCA 3S0CA 2NXHA 3PBUA 4BI6A 1FY6A 5K4ZA 5F4WA 2Y61A 1C9DA 3KX6A 4JIQA 4I7WA 1EP1A 2TPSA 4OGZA 4NJJA 4QIUA 3DU0A 3MYOA 1LTDA 3WK1A 1X1OA 2Y88A 4UFKA 2ZRYA 3LCWA 1R47A 1OFRA 3DKJA 1F7BA 2E1DA 2ZRVA 3G1SA 2EHHA 1KLZA 3W1UA 3LHVA 3SFKA 3UXDA 1K8YA 2E5CA 5LNRA 3W9ZA 4UNLA 4K37A 4DEFA 2DZSA 3QSTA 2XN2A 2TSYA 3S5ZA 2J88A 5KSWA 1GZGA 4FXSA 1ADOA 4O1AA 5D33A 5AC7A 2CFFA 1KFLA 3W1AA 3FKRA 3W76A 3W7HA 3CEPA 4M5PA 3C0JA 5KINA 3TQVA 4N2YA 3W7MA 3LRLA 2P10A 2NUYA 1H50A 3DI1A 4TX9A 3P67A 4FNTA 1G69A 3NR0A 3LLDA 3M5ZA 4FO4A 1HTIA 3HB9A 3MP5A 4NX0A 4O52A 5HULA 1K7EA 2XN0A 4Z1AA 4H6KA 3EXTA 4MOZA 4N6FA 1TYGA 1DOSA 3I65A 3NM3A 2A6LA 2QEZA 1SUXA 4Z0JA 3OIXA 4JEQA 3W7KA 4E38A 2XFWA 1G6CA 5G5IA 4NJHA 1W56A 3BW3A 3STFA 3LXAA 2ZYFA 1KTBA 4IMGA 2J9XA 3B05A 4UMAA 2ZZ5A 1W5NA 2CLMA 1TV8A 4YMZA 1QWGA 4O19A 1OYBA 3DENA 4ZL1A 4UTIA 4UXDA 4O50A 1LOQA 3LCXA 2UV8G 3WK0A 2RDUA 5DCDA 1FDZA 1R2TA 3FOKA 1Q3NA 3P80A 5DXXA 2QCCA 3PBWA 3G22A 3JS3A 2FDSA 1PHQA 1K03A 5BNKA 4XWUA 1SFLA 1LM1A 5LZLA 1TB3A 3LERA 1XI3A 1FXPA 3LRMA 2VXNA 1HFBA 4BR1A 2ZFAA 1K8XA 4JTKA 1JCYA 1GYLA 3FJ6A 5C54A 1XFBA 3F1QA 2CLFA 4XTIA 3LI0A 1O94A 1R2SA 3TDFA 3YPIA 3RMJA 5KMYA 1RQEA 3TW7A 4IWWA 5FF0A 3I7SA 1OK4A 4ORMA 4L4LA 4JTUA 3TIMA 2C0AA 4WY0B 2WOQA 2YYTA 3KRSA 1VR6A 3BLEA 1G4PA 2E6YA 2Y6ZA 1XBYA 4N02A 1XDMA 3BVJA 1EWEA 2QKFA 2FB3A 2WNZA 1W0MA 4Z0SA 1QOPA 4JY8A 3LGEA 3BGJA 3QZEA 3DHFA 1GVSA 1KM4A 5G4EA 1PCWA 2OX1A 4UTHA 1RR2A 1F76A 3GR7A 4A2RA 3NAVA 3NQFA 3TC6A 1D3GA 2TRSA 1OYCA 5D38A 4UFMA 1J5TA 3DKLA 2HS6A 2ZZ2A 3UZJA 1A5SA 1XBVA 4JX4A 2DZUA 3VCRA 1FX6A 2NXGA 3EWWA 4O57A 1JCMP 3SY5A 4BWLC 1EUNA 3F4NA 4HNNA 5FF7A 3M5XA 3NQVA 4NZFA 3NDOA 3UXAA 4DF2A 3BLFA 5DY3A 4GBUA 3OBKA 2ISWA 3TSDA 5H91A 3QRHA 4YCPA 3L67A 3G1XA 4Y8FA 3TSBA 5CSRA 3W70A 1DL3A 5G2HA 4ZMGA 3NL6A 2RDTA 5AN7A 3C56A 1W54A 3WJXA 3CT7A 4NVTA 3KVJA 3RLUA 1K3UA 4JNMA 1B4EA 4LS0A 3HIJA 4JDYA 5LHEA 1FWSA 4HT3A 4RX0A 5D37A 2R14A 4AB4A 2A6NA 1T99A 4JTHA 1OFBA 3P82A 4NU7A 3W1QA 4FF7A 1J4EA 2G97A 3TXZA 1ZY9A 1QR7A 4M6QA 1BEUA 1VCGA 3EWYA 4DQWA 3OVQA 1F5ZA 3ABQA 3QM3A 2Q8LA 1ICQA 4WOQA 4UTTA 3W7LA 1LRNA 2A7RA 2D73A 2E6AA 2O7SA 3TMLA 5HR7A 3QQ1A 1KTNA 1Q6RA 4RXFA 4JYDA 3LB0A 3EX2A 1F73A 5AHIA 3M41A 3P5YA 3VNDA 5BW6A 5EPDA 4ADTA 2VOMA 4AHQA 3WK2A 3SI9A 1JR1A 3THQA 2PRLA 3M0ZA 3T44A 2QUUA 1G4SA 1ZAJA 2JGYA 2OT1A 2FLIA 5BOOA 1VS1A 2BXVA 1EX5A 3EX1A 1BKSA 5HQEA 3P8JA 6TIMA 2H8XA 1W37A 1H61A 4UR8A 2FPYA 3TUUA 3LLFA 5FEPA 1TPEA 5CZJA 3NPXA 1RQHA 4MYAA 3UD6A 1MEIA 3U6WA 3F4WA 4IMFA 1JUEA 3TJXA 1EIXA 2J6XA 3NL5A 4PTNA 1B57A 3NO5A 5LNSA 1NEYA 3P74A 1EUAA 1LYXA 4ZQRA 4K36A 1R46A 5D30A 2DZVA 5CPNA 2ZRUA 1W31A 2X16A 1LORA 1DJNA 4LVAA 1W3NA 3UQNA 5KTLA 1MEWA 3HBLA 3M1ZA 2NZLA 2GVJA 3UWVA 4O16A 4GUFA 4IOTA 1S5WA 4MUZA 5KITA 3AO0A 4LVFA 3NQAA 4PA8A 1XBZA 3W75A 3W83A 4A29A 3UPWA 5K9DA 3DI0A 3W1MA 1YPFA 3E96A 3T55A 4JTIA 2V30A 3QMTA 1KM2A 3NQCA 4GJ1A 4WUIA 1UUMA 3U2OA 4MJMA 3OG3A 1QCWA 3C2EA 3W73A 4N9CA 4JYEA 2ZA1A 4O53A 4CCDA 5FF2A 4RZ6A 3O6DA 5KZMA 2DZXA 3NQDA 2RKXA 4PFMA 1FCQA 5G4WA 4U4MA 5DELA 3LHTA 1GG1A 3L2IA 2P0OA 1F74A 3NNTA 3CQ0A 5HWNA 1TMHA 1L6YA 2YDAA 4HKPA 3PAJA 1LOLA 2B7PA 3UWUA 4IMDA 3GXTA 4MYXA 4ZQCA 1GVQA 1HO4A 2RH9A 4UFLA 2ZTJA 4ZQPA 1LRQA 1DKWA 3W85A 2WKJA 1O5XA 1H7OA 2I1OA 2E5BA 3W1LA 1BWKA 1T96A 2Y62A 2YCEA 3LV5A 3N2MA 3EWXA 1SPQA 4U28A 3QPZA 2QCEA 4LRTA 4IUOA 1YYAA 3FYOA 1LP6A 3NVTA 1YTEA 3CU2A 4RJEA 4DF0A 4TU1A 4EVZA 3E49A 2ZZ7A 1QO2A 3DFNA 1PS9A 2R91A 3EX4A 4ORIA 3C2OA 3MP4A 3N2XA 1H1ZA 2RFGA 4M19A 4RXGA 4JN6A 1LBLA 4AVFA 5C55A 3G3MA 1TPFA 1JCJA 2ABAA 5F2LA 5TIMA 2YFNA 1I2RA 2H3BA 4RZ5A 5BMWA 4QISA 4OQVA 3EX6A 5FESA 3LRKA 1XCFA 2YSWA 3QMRA 1A5AA 3B04A 5K9XA 5F1UA 3DXIA 3CPRA 4H3DA 1P5BA 2QUTA 1ZNNA 3WJYA 3LCGA 1AMKA 2TMDA 4DPPA 1W3IA 2GVGA 2ISVA 3M9YA 5F2MA 3VFLA 5D2XA 1F6PA 5HJLA 4YWIA 2GUUA 1OX4B 1QPQA 1OJXA 2C13A 1R30A 4TR9A 3B8DA 3IVUA 5CPMA 1W5QA 1XC4A 4UC5A 2V0TA 4O1BA 5FEXA 3BV4A 3G0UA 2F7FA 1ZALA 3W7QA 1S5VA 4A3UA 1H1YA 2QDGA 4O0KA 2X1UA 2FPVA 2TYSA 3TC7A 3TFXA 4EF8A 3UNDA 2V5LA 2Y7EA 4BF9A 1W8SA 4OBTA 1TCDA 2IQTA 2Z6JA 4IMEA 4FX6M 2PURA 3M16A 1PHWA 5F2IA 5KZEA 4LS1A 3W1RA 3QC3A 4KFPA 3A22A 3GLCA 2VEKA 3IIVA 3W1XA 1KLYA 3IIXA 1VZWA 3MHGA 3LHYA 5LGZA 1F2JA 2ZCGA 1JJKA 3O07A 4M6VA 2OZ0A 2NV2A 3DGRA 2QR6A 4Y90A 3L5LA 4NXKA 4Q32A 3GDTA 1ZJIA 1GVRA 1OABA 5D2YA 1LDCA 4LW7A 3EWZA 1U5JA 5HWJA 1QMLA 2NXIA 5A8GA 3S1XA 4NNBA 1UBSA 1FCBA 4DO4A 1GWJA 4XKYA 1YADA 3L66A 1B9BA 2EF9A 1KA9F 3F03K 3G1AA 3LBMA 1GG0A 1WYIA 2ZBTA 5MHBA 3BPWA 4KFOA 3CWOX 4QSHA 5CZSA 2QJGA 5FF4A 4HIBA 2ZZ4A 3ZFHA 2VFFA 2RHGA 2DORA 5HR6A 3DFSA 4LC6A 3TQ0A 4JX5A 2QAPA 4EIVA 2GPTA 2WNQA 4LVGA 3W6YA 4AWUA 1SU5A 2ABBA 4AAJA 1XM3A 1UJPA 1H62A 4GRSA 4S2CA 2I9EA 3RF9A 3GB6A 3LTYA 1WQ5A 3B06A 3GNDA 1MZHA 3TXVA 1SR9A 3KOFA 1GEQA 2CLIA 2A4AA 1EB3A 1OX6A 2Z6IA 1H63A 1HL2A 5CPLA 5TBOA 3TNOA 4MZ8A 1SSGA 5G2IA 4WX2A 3C6CA 1KFEA 4GUIA 5AOUA 2ZTKA 3P60A 5SWUA 1ZHAA 2A2IA 3QH2A 2EPHA 1YDOA 3LI1A 3W7RA 1GT8A 2FB2A 2V2HA 3I6RA 1SFJA 4IXHA 4D2JA 3W7GA 3NPUA 3W3OA 1AG1O 4XBSA 3S6DA 3MI6A 2DZTA 3U8GA 1D9EA 3DFOA 1VCVA 4UTUA 5EYWA 2V82A 1I45A 4PL2A 4ICNA 4ADSA 5AB3A 4XBKA 4NJKA 4R53A 3LCLA 3W74A 3W7JA 2WSQA 4UUIA 3HPZA 3NQGA 1WA3A 1CX9A 3LHWA 3BG9A 1Z41A 4K38A 1XBXA 1EP2A 4UCGA 3W87A 4ZQOA 1YPIA 3N19B 4JTFA 2H90A 3A9IA 3OA3A 3NQ2A 3NOEA 3QW4B 3N73A 1SO6A 3GDKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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