1B31 | Genus

Total Genus 130

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	130
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Family 10 xylanase
publication title	Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (XYLANASE)
total genus	130
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1b31A00

2WZHA 4IUGA 4FMVA 4Z2GA 5E0CA 5A94A 1KCLA 1HVXA 2EBNA 2VRJA 4UOQA 3WELA 4D71A 1OB0A 4Z2HA 1UR9A 4NF7A 3MUAA 1OT2A 3DYPA 1MW3A 3POCA 4UFKA 3K8MA 1H11A 4BQ4A 4S3JA 4ACZA 5BRQA 2WMHA 3WBAA 1KR0A 3OGVA 1W9VA 2PWEA 4KRUA 1BYCA 1PX8A 3WD4A 1BG4A 4TTGA 2XWEA 2WVVB 2ZUMA 3A4AA 3O6AA 1PZ2A 4ZFMA 3A6OA 3CZLA 4GI6A 3PZOA 1KR1A 4AD2A 2W5FA 3CMJA 2FH6A 5I2UA 3N04A 1XSKA 2DSZA 1E6NA 3L4XA 1UWSA 2W66A 4MADA 3WIJA 1HVQA 3F5LA 1GONA 5BWFA 4BZYA 3FAXA 3FHAA 1JXKA 1V3KA 2JALA 4HPHA 1UWRA 2XG9A 2FHCA 2Y8KA 4GO8A 4P7NA 3SUWA 3SCQA 1E3ZA 3AROA 3LPFA 3AIUA 3AHXA 3BMWA 3WD2A 4MAVA 2PC8A 4X0NA 1VENA 2BFGA 1GORA 3BCDA 4FLOA 2JIEA 1ZU8A 2G3JA 4W7UA 2XJ7A 3K8KA 3VILA 4BF7A 4CCEA 5A6LA 2ZUVA 5ABGA 1KGUA 5A8PA 1B3XA 4UOZA 4AEEA 1V0NA 4P8VA 4B3LA 5EMYA 4B9ZA 3FN9A 1E56A 3SCOA 4XZWA 3VIPA 2EXOA 1I1XA 3LMYA 5E9AA 3U7VA 4W93A 2EQDA 2B31A 3ARZA 1WDSA 2VOTA 3AHZA 4X9YA 3SCUA 4AD3A 2JEPA 1CGVA 4Z2KA 2D23A 2BHZA 1KB3A 1XSIA 2UY2A 2BY0A 1JYXA 1HJXA 3MSDA 4LX4A 1CXEA 4H8VA 2WLZA 3OB8A 1W3HA 5M5DA 1CEOA 2VVSA 4Z2LA 1LL4A 1R8LA 2OSYA 4D6IA 1IT0A 1HJUA 2HISA 2WWCA 3UG3A 3BMVA 3OGRA 2J7EA 2O9PA 1RD6A 3CMGA 4N0RA 2CBVA 1HKKA 2VTFA 3WL1A 4DM2A 1Q6EA 1LG1A 5HNNA 5IHSA 1TFVA 3RILA 1VFMA 1SR0A 2J7CA 2XGBA 5BXSA 2DIEA 3GH7A 1X6NA 2WMJA 2DGAA 4MPKA 2JIWA 4U3AA 2DT1A 5JBDA 1XCWA 1ZL1A 5A95A 4M8UA 4U33A 3TOPA 3ARYA 1RPKA 1XD1A 2CBIA 2Y2WA 5CQ1A 1GOIA 1H0GA 2J7FA 3IK2A 3WDIA 1CGWA 4HMDA 2WVVA 3F5JA 4WF7A 1UKTA 1W3KA 1Q6GA 1WZKA 3VNZA 4WSKA 3PBGA 1EDQA 2VL4A 1H5VA 1W9UA 2VCBA 4V2XA 3LPOA 3ZSSA 2WXDM 5I79A 4QLJA 4OBSA 5A6SA 4HA3A 1CIUA 1GHRA 1ZJAA 1UH3A 3W28A 1UWTA 1OGSA 4GZIA 1D7FA 4Z2JA 1LJYA 2YBTA 3II1A 5D9OA 1HJSA 4D6EA 3VD4A 2G4FA 4J3XA 3TTQA 4JL2A 3BH4A 1D2KA 2BVTA 2OSXA 1B3ZA 3PHAA 2AMGA 1VRXA 1H41A 3PN8A 2VCAA 4M29A 1UG6A 3WUEA 1JF6A 1BAGA 2MANA 1EQCA 4MJ4A 1NOFA 1YQ2A 5IHRA 2PWFA 3NDZA 1B31A 2DH2A 2C8NA 4JL1A 3KL5A 4HU8A 3WL0A 1MXDA 4TX6A 2DDXA 3AS1A 5AC4A 1FOBA 5BROA 6A3HA 1J0JA 2YDRA 3GXDA 3UR7A 4E8DA 1H0IA 4UCFA 3TTOA 4P8UA 2E4TA 1R85A 2BHYA 2EPKX 1ZS2A 4AZGA 3L4UA 1HJVA 2D0FA 4KGJA 3MU7A 3VX1A 4GQQA 2FDMA 1JNDA 4PTXA 4AIOA 1I75A 3CO4A 5D9PA 2VQUA 3AMLA 3SCPA 2WVUA 1MQQA 2J4GA 3VIFA 3GBEA 1UQZA 3VDBA 1TR1A 1E0XA 3WMBA 2WMIB 1E6ZA 4D1JA 3I3DA 2ZICA 1CDGA 2UY5A 2O9OA 3GM8A 2WSKA 1BHGA 5GQBA 3I3EA 3A47A 1C3FA 1K9FA 3BSGA 2VZTA 1FA2A 4AC1X 5E0FA 4RE4A 3VO0A 4P8WA 1KBBA 3WKZA 3VOCA 5ABHA 4MB1A 4QAWA 3AIBA 3MUY1 1PIGA 4HZ7A 2BXYA 1EGZA 3CUIA 2VC9A 3WD1A 5KZ6A 3SUSA 2QMKA 3T0BA 4NRSA 3KZSA 1M01A 5DMYA 2QMJA 4AZ5A 1B90A 1KXQA 3TTYA 4AD4A 2D3LA 4LYRA 3WBEA 2HVMA 2VURA 4JFTA 4E2OA 4B3KA 4CD6A 2DSUA 1L0PA 3PTKA 1O7AA 5A2AA 2WC3A 1QNPA 2VT0A 2G3MA 3L4TA 1LWJA 5JBFA 3AS0A 3VIKA 4MAZA 2VR5A 1HP5A 4TVCA 4J3TA 4CD8A 4B16A 1K9TA 4PEEA 4PUDA 3WUBA 1B3YA 1XSJA 2XVLA 4P8XA 4E4PA 4RE3A 1UH4A 3VTRA 1UQYA 3W0KA 4D1IA 5DT7A 5A3HA 1W9DM 3ARQA 1HJQA 2XUCA 3T0AA 1ISVA 4XV0A 4IPLA 1DHKA 5DEZA 2V5CA 3IJ9A 3ZO9A 1W91A 1UKQA 1VAHA 5AYIA 1UR1A 4MNLA 2WHLA 4UOJA 3VDHA 1GVYA 1VBRA 1MW0A 3MMWA 1TMQA 3AIQA 1V6UA 3RM8A 1ZB5A 1BFNA 4WJXA 5CSYA 1W32A 4HA1A 2D20A 4MB4A 4PMNA 5A8MA 1L8NA 4U2ZA 4HA4A 1J12A 1UHVA 2ZUWA 1ODZA 2WK2A 3MV11 3EMQA 3VIMA 1KFWA 1EO7A 1KGWA 4AD1A 2ZXDA 1KCKA 5D4YA 4JCLA 3A4WA 2BS9A 2BY1A 2WMIA 1UD4A 4CCDA 3RM9A 5A8QA 4FLRA 2J47A 4EK7A 4AW7A 2ZXQA 1UD8A 2WMKA 1NQ6A 3G6MA 4D6GA 1PZ3A 1HL8A 3ZIZA 1C93A 1UWQA 2V38A 5M17A 2NW0A 4OBRA 4PCTA 3NCOA 1C92A 1ISWA 2A3EA 3B9EA 2VX5A 3AYRA 1E0VA 4TUFA 2CERA 4EAMA 1JZ2A 2VNCA 3WDQA 2CNCA 4WSJA 3CUGA 4UQDA 3ZM8A 4H7VA 1EIBA 2XVPA 3OGSA 1FP8A 1BYDA 3WNMA 1FHDA 3GYCA 1WZLA 1CWYA 3D5HA 2BXZA 3ARPA 4AZHA 2J79A 3SCSA 3RCNA 1XYFA 5BXPA 1OCQA 2YJQA 3WFLA 1JD7A 1ZJBA 3AI0A 1NWUA 1CXIA 1E1EA 4W84A 3ALFA 3L2LA 5A6JA 3WMCA 3THDA 3ARXA 1X6LA 3M07A 3RM4A 1UZ1A 1JFXA 2XSAA 5HDRA 4GIAA 1WAWA 4PTWA 2VO5A 4M24A 4EE9A 1JYWA 4ZENA 1UR0A 4JFVA 1QBBA 1DWAM 3EYPA 1BLIA 2VR4A 3EDEA 1BYAA 2OWXA 5FD0A 3W6MA 4J3SA 3VDCA 2IXUA 1GQIA 2XVNA 3AIRA 1EHNA 2GK1B 4MDPA 3ZT6A 1UD3A 4H41A 4C7FA 1CNVA 1BG9A 1E43A 1OBAA 4ZXOA 3VGBA 1J0YA 3U5YA 4AEFA 1JFHA 5FKYA 1GOMA 4GZJA 2CESA 1NWSA 2AOSA 1R7OA 1Q6CA 4W7VA 3WDJA 4U3CA 2BVDA 4YPJA 1XH1A 1WDRA 4AYSA 4JHZA 3WFZA 1KXHA 2UY3A 3M46A 1TA3B 1VF8A 2EPOA 2XHYA 1QNQA 1IZJA 3F5KA 3W29A 4D72A 3VMPA 3VGFA 3GZAA 4MJ2A 1PJ9A 4HU0A 1MQRA 1E6RA 4AD0A 2XPKA 4P7LA 1Z32X 1GQLA 1EH9A 2G3IA 3OZPA 2YLLA 4HZ6A 4LGXA 5I77A 2G3NA 5F7UA 3U7BA 4PMQA 2VZVA 4AIEA 4JFWA 5DO8A 3CPUA 1VFOA 2VVNA 3PZ9A 2D0HA 1WP6A 3NUKA 1JZ4A 4DWSD 1SMAA 3UERA 2CETA 1OT1A 1SMDA 1B3WA 2ZX7A 4D6DA 3BAJA 5BYWA 3ARWA 1VBUA 3B8SA 3AMCA 4M1RA 3S6TA 1GOQA 2Z1SA 1UKSA 2W91A 2UY4A 1XCXA 1Q4NX 4XX6A 3VIHA 3WDHA 1JAKA 1V6XA 1NP0A 2EPLX 5CPQA 1GJWA 4TTUA 5DF0A 3WUFA 3T2QA 1VFFA 4JKMA 1US3A 3WD3A 2XWDA 1X1NA 1J0IA 2DPEA 4QDMA 1ECEA 2DH3A 3U57A 4F8XA 2X1IA 3WENA 3IJ8A 4PRWA 3BAKA 1K6AA 3ZSTA 2XYLA 1CGTA 4FLQA 4LYPA 1M7XA 4QLKA 3OZOA 1GZJA 1NWRA 3CUHA 1E6PA 3W37A 1CBGA 4XUYA 1K9EA 2GSJA 1MW1A 3L2MA 3M6DA 2F8QA 3PZNA 4W5UA 4QLLA 2GFTA 1MWOA 2EPMX 4FLSA 3VM7A 4UFHA 1QHOA 1WDQA 4DUWA 2GDVA 1JZ3A 5ABFB 1CPUA 2FGZA 4H8UA 4ZE4A 4FK9A 3SEPA 4UFMA 2PWGA 4KGLA 2WCAA 4D6HA 3VIJA 4A3YA 5AYBA 2TAAA 4W88A 3CUFA 3T0DA 1VIWA 3M7SA 5HXMA 3SCRA 4AZ7A 5EB8A 4AY1A 1JI1A 3KL3A 2J74A 1CLXA 1HT6A 1E0WA 4AXNA 2QV4A 1NM9A 1OD8A 2CIPA 1A47A 1SFSA 3BGAA 1H1NA 1BTCA 1W3JA 1IV8A 4CN1A 2J8GA 3VINA 3PZMA 3NIYA 1TA3A 5EBAA 3NSMA 2D3NA 5AY7A 3AYSA 2GDUA 1GUVA 3ARTA 4AMCA 4BQ2A 4OOUA 3WQ6A 1TVPA 5D8WA 3WH7A 1A3HA 4J7RA 1HJWA 3EDKA 1NOUA 4W86A 3AS2A 2O92A 2E9MA 2ESCA 3WQ5A 1AVAA 3W26A 9CGTA 1ZBCA 2X0YA 4GI8A 4AIUA 2D1ZA 3GDBA 1V3JA 2J78A 1PX4A 3GNPA 2WB5A 2VQTA 3IAQA 2OWWA 1QNSA 3W82A 1OSEA 3N17A 4PSPA 4UQCA 5EFFA 4B15A 1JDAA 3PZGA 2VZOA 3GH5A 3LPPA 1GW1A 3ZT5A 2WWDA 4OZOA 4AZIA 3CTTA 3WF4A 3AIEA 4ZE5A 3TONA 1EHAA 1GOOA 1C8QA 3DC0A 1J0ZA 2YA0A 1VB9A 1UR4A 3WEZA 3VMNA 2GJXB 3UR8A 1WO2A 3N9KA 3MUZ1 1UZ4A 1UD6A 6CGTA 3WNNA 1PX3A 2C7FA 4PYSA 4AZBA 1J10A 1KWGA 2ZUSA 4W8LA 3KE0A 3TTSA 1E73M 3IJ7A 1EQPA 2NT1A 3VIGA 5CSUA 4HMCA 4W89A 1AQMA 1DWHM 2J7BA 2YL5A 5HOSA 2YA2A 2WKLA 1UR2A 4F66A 1W3LA 5IFTA 2W62A 1KQZA 1G0CA 5A6KA 1B2YA 3UCQA 1CLVA 3L4ZA 4UQBA 2J25A 3APGA 2QPUA 3ZJ7A 5ABFA 3ZQ9A 3ZR5A 3ZOAA 5KEZA 1KBKA 5E09A 4X0VA 4BCEA 4IPNB 1WDPA 1OINA 3W53A 1UA7A 3QHOA 4PSRA 5BRPA 1UD5A 4L4PA 3CZEA 2BNJA 2WNWA 3EDDA 1OM0A 1QI5A 1WB0A 3DECA 3W38A 5ECUA 1QW8A 3O9NA 4UZSA 4RE2A 1H09A 2NSXA 2PBGA 2WKGA 5GPRA 4E8CA 1ISYA 1G1YA 2D2OA 4HOXA 3FAWA 3AZRA 5CZKA 4BQ5A 2O9TA 1UH2A 2WMGA 1C7TA 1E5NA 3HMCA 5HBFA 3ZJ6A 3PZVA 4DWSB 4GO9A 4QP0A 4Y7EA 2DEPA 2XSBA 2RGLA 2JF6A 5LYRA 4YN5A 1RP8A 1HIZA 3VPLA 3A3HA 1VEOA 6TAAA 3WH9A 3GXMA 4GKLA 1B0IA 5LA0A 4OJYA 4PTVA 1GOKA 3E1F1 4UQEA 2WSPA 3VU2A 4TVUA 2WHKA 1HKMA 1W9PA 2VX4A 4NRRA 1HP4A 2W63A 4CCCA 1DWJM 3OLDA 2VZSA 3DHUA 2VCCA 2WYSA 4W7WA 2W61A 4PMVA 3BLPX 3UESA 3NJ3A 7A3HA 3VGHA 1O6IA 3VMOA 3W6LA 4MB5A 4PN2A 3EMZA 1W9XA 2IUZA 1BVZA 3HJEA 2WZEA 1PAMA 3D3AA 4UNIA 1XRVA 1RH9A 4WLCA 1QHPA 3AZSA 3VGGA 2X0HA 1Q6FA 3RJYA 5A2CA 1JI2A 2A3CA 2ZUUA 1PBGA 2E8YA 1PPIA 4OKDA 1GJUA 4PMDA 1P6WA 3K4AA 1EA9C 4DWSC 1C7SA 4HMEA 4K68A 2J62A 4CU6A 2IXVA 2DT0A 4YHEA 4BQ3A 3B9AA 3TA9A 2GJXA 3AZTA 3BAXA 4S3KA 1AMYA 3MV01 3QHMA 1NARA 3OLGA 1KQYA 2J7GA 1XYZA 3OA5A 3AS3A 4UQ9A 1V03A 3WNLA 5A6BD 1FH7A 4U31A 1U2YA 5FCZA 2XVGA 3WQ4A 1W2PA 3ARVA 4XZBA 1AQHA 5ABEA 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1KWKA 3K4DA 1V3IA 4JZ5A 2ZX6A 2EEXA 2QPSA 1FH8A 5I23A 1HX0A 2XFYA 2ZX5A 5M3WA 1JIBA 2XTKA 2W4XA 5GNXA 4C7GA 3AJ7A 3MMDA 3PZIA 3VD7A 1MXGA 3EDJA 2E3ZA 3NDYA 1B1YA 5C71A 3VD3A 1ISXA 1NOWA 1MVYA 1WKYA 5I6SA 2Q8XA 3GTNA 1S46A 4W85A 1GQJA 1KXVA 2EJ1A 2XM1A 3AHYA 4C7DA 1BVNP 3CZKA 2Y8VA 1J18A 5IFPA 4M80A 2V3EA 4MDOA 4JFSA 2J7HA 5E6YA 3N1AA 2JEQA 4UFIA 4WKAA 5E70A 3ZR6A 1V3HA 3ZMRA 4KMQA 3AXXA 4H04A 5A8NA 1E4IA 4FF5A 1ZBKA 3WNKA 1XV8A 4BS0A 3AICA 3T2OA 2ZUNA 3ZJ8A 1UOKA 4TX8A 2DT3A 2YL6A 1CZ1A 1BGAA 4AD5A 3AMGA 3WH5A 3THCA 5FL0A 2W67A 1M04A 2A3BA 4ZXLA 2WMFA 1GQKA 3VGDA 1R87A 3AOFA 1JZ6A 3T2PA 1XH0A 3N11A 5E6ZA 2V3DA 3RJXA 3BAYA 3WH6A 1WZAA 1J0KA 4GPNA 3VNYA 3NSNA 3DHPA 1LL7A 2XFFA 1E3XA 2PF0A 4CU8A 2FH8A 4LPCA 1JDCA 1UA3A 3GXIA 1KXTA 1JL8A 2E9LA 5JBEA 4U5IA 4AZCB 3VKKA 5D9MA 2CXGA 5JUVA 1QPKA 2E9BA 4R5EA 3CZ8A 1PEZA 2DSVA 1US2A 3SIMA 3AFBA 2GK1A 1DWFM 4H8HA 3OLIA 3WQWA 4CU7A 1NWTA 3EBVA 3FW6A 1G01A 1GCYA 4F79A 2E8ZA 2CBJA 4PCSA 4HOWA 4W8AA 3RPMA 3SURA 4GZEA 2E0PA 4HTYA 1MYRA 4PMXA 1G9HA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4QFU A;  1JGI A;  3MMU A;  1OWQ A;  2ZWY A;  4J3V A;  4QCF A;  4F9D A;  1V6Y A;  3S2C A;  1GVI A;  1GNX A;  4P7R A;  4LYQ A;  1XH2 A;  3T08 A;  1ZBV A;  1GPF A;  3K46 A;  2GJR A;  1FH9 A;  1V08 A;  4QCE A;  3UET A;  2VJX A;  1V0M A;  1UWU A;  5CPT A;  1LF1 A;  4PMY A;  5A2B A;  1TG7 A;  2X8R A;  2WC4 A;  1JAE A;  1QI3 A;  5FIP A;  1DP0 A;  3AHV A;  3LPG A;  4JKK A;  4OIF A;  4WIW A;  4UQA A;  4PBG A;  2WHJ A;  3L4V A;  1H2J A;  2XII A;  1F4A A;  3BAI A;  4TXE A;  3ARU A;  2OYK A;  4MB3 A;  2CKS A;  3F4V A;  3ZT7 A;  3K1D A;  2DIJ A;  3POH A;  1B3V A;  1WNO A;  1JZ5 A;  1HXJ A;  1ITC A;  1JZ7 A;  3CGT A;  1VJZ A;  1ISZ A;  2VRQ A;  4PMZ A;  4W8B A;  3CUJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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1B31A

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