4RL3A

Crystal structure of the catalytic domain of a family gh18 chitinase from fern, peteris ryukyuensis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
KVFREYIGALYNGVQFTDVPINSGVTFHFILAFAIDYTSAAAATNGVFNIYWQNSVLTPAAVQAIKAQHSNVKVMVSLGGDTISGSPVQFTATSVSSWVANAVSSLTSLINQYHLDGIDIDYEHFDQVSTSTFVSCIGQLITQLKANNVISVASIAPFDGVESQYTALFGQYSSVIDLVNFQFYSYGAGTSASQYVSLYNTAASKYGGGAKVLASFSTGGVGPAPSTVLSACQQLKSSGTLPGIFIFSADGSYASSAKFQYEQQAQTLLTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A class III chitinase without disulfide bonds from the fern, Pteris ryukyuensis: crystal structure and ligand-binding studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase A
molecule tags Hydrolase
source organism Pteris ryukyuensis
total genus 100
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4rl3A00
3PTMA 1V3KA 1C91A 1K9EA 2VX7A 8A3HA 1D3CA 1C7TA 4BA0A 5JBEA 1JZ6A 1JYVA 3CZGA 4UQBA 2BV9A 4JZ5A 3L4ZA 5FD0A 2ZX8A 3AXIA 3QHMA 1KBBA 3K8KA 4H7VA 2WVTA 1E70M 2CBUA 3DC0A 2DGAA 3E1F1 3A4AA 2WLYA 4FLRA 4CD8A 4PMVA 3F5JA 4MTVA 1EA9C 4ATWA 3LPOA 3GBDA 2J7BA 2VCCA 1D7FA 1LF1A 2EEXA 3WFZA 1PBGA 3SUWA 4P8XA 3AZSA 2D2OA 4H41A 4IPNB 2WCAA 2WYSA 2O9RA 2ZUMA 1ITCA 2WVVA 4M24A 4M82A 3AHYA 3SUVA 3WUGA 1W1PA 3WMSA 1JNDA 3EDJA 4AZGA 4V28A 5A94A 4PTVA 1GONA 2CIPA 3KWXA 3BMVA 3BLKA 1JDAA 3BAKA 1V6YA 4TVUA 3CTTA 1C93A 2VC9A 4CCDA 1QNPA 5A6BD 5E0FA 4JFSA 3KL0A 4HPHA 3T0DA 1BLIA 1QHPA 2BVTA 1W3KA 3DYMA 2E40A 3AIQA 3QOKA 1OSEA 1JFXA 2PWFA 3LPPA 2RGMA 3SCTA 1J0JA 4MNKA 3A3HA 3SCUA 4GZIA 3RDKA 1QHZA 3U5UA 1E6XM 2VVSA 3J7HA 4W88A 1CGXA 1V3JA 1KQZA 4P7LA 4URIA 4KH2A 3I3BA 3KE0A 3T2OA 4BF7A 4N42A 1W9UA 2YLLA 2Z1SA 4PCSA 3VD9A 1XH0A 5HOSA 2IXUA 1UQYA 4CU8A 5I23A 1PJ9A 4U2YA 5I2UA 3ARXA 3ECQA 4PMOA 1LJYA 1HKJA 3POHA 1J10A 2WVVB 4YN5A 1VFOA 3AIVA 2XVLA 2W63A 5KEZA 2G3IA 1UWRA 4WF7A 2FHBA 1UD5A 3OLDA 1K6AA 5AC4A 4IUGA 1KBKA 1MFUA 4PMNA 3CLWA 4K68A 1JAKA 3QHOA 4UR9A 1GHRA 2WMKA 3OG2A 5F7UA 4HZ8A 4E8DA 2OYMA 2XM1A 3A4XA 1CLXA 1QNSA 4D6EA 1R86A 2B31A 5CQ1A 3GBEA 1XC6A 4F8XA 4MB1A 2NW0A 2CNCA 1US2A 1K9TA 2ZX7A 2EQDA 1UWIA 3B8SA 1D2KA 3QHNA 1OGBA 2J74A 1XD0A 1KR1A 2VCBA 1PX3A 1UR2A 3SCPA 1JL8A 1L8NA 4J3TA 4D6JA 3PN8A 2O9OA 2X0YA 3CUFA 2IXVA 2WVUA 1BPLB 4QAWA 4UOQA 2XSAA 2J25A 7TAAA 2ZUTA 2WSKA 5IFPA 3L4TA 3OZPA 3EMZA 4EANA 1B2YA 5A3HA 4P8VA 2WCSA 3PZMA 4A4AA 2VMFA 3BCFA 1JZ4A 1JZ2A 5E70A 3N17A 5DMYA 1TVNA 3AS3A 4B9YA 4W8BA 1N82A 3CO4A 3VUPA 2Y4SA 3WEZA 1MVYA 1WZKA 1NP0A 2VR5A 5GNZA 3PZUA 1HT6A 4UQAA 2DSWA 3VIJA 2UY3A 4DUVA 1PX4A 2WM0A 4W7UA 3BLPX 4NRSA 1EXPA 3JUGA 4PMDA 1V02A 5DO8A 5A2BA 1V0NA 4D1IA 2OLHA 1CGTA 1CEOA 2YDSA 4AZBA 3WD2A 1NH6A 1H1NA 3WEOA 4AZCA 3GH7A 1V3MA 3OGVA 1RP8A 1C90A 3ARUA 2DEPA 2ESCA 2JALA 2E0PA 1FHLA 5M03A 4LYPA 1CXIA 1ZJAA 1BGAA 1E43A 1ISVA 4PSPA 1E3XA 2VRJA 1XSIA 3VX0A 1E6ZA 3OLIA 4TX6A 5E6YA 2VZVA 3L2LA 1J0ZA 1JGIA 1C92A 1TCMA 3BAXA 2XHYA 3AJ7A 4UQDA 4C7FA 4UQEA 3MANA 2Y8KA 1KWGA 5AYBA 1V6XA 4CD6A 1HKMA 4BQ5A 2BNJA 2ZUVA 1E5NA 3PZOA 1E55A 3WDIA 1G94A 2GFTA 4U3CA 1E1EA 4P7OA 3VGGA 1XD1A 3CHDA 1UR4A 3W6MA 1CXFA 5A8PA 5FCZA 4AD2A 3DHUA 2ZXAA 2NT1A 1J0IA 4AZIA 4P7RA 1EDQA 1KB3A 2A3HA 2WKLA 3WH9A 2J8GA 1GJUA 5D4YA 2ZX5A 2CESA 4CU6A 3AMLA 5CPTA 4AD4A 4KGLA 5GPRA 1PEZA 2JEQA 2Y5EA 5FL0A 1CIUA 1FHDA 1F4HA 3FHAA 1OB0A 2XFRA 3AS2A 4TVCA 1HJVA 1EDTA 1B3ZA 3RJYA 3WNOA 5EFFA 4AZCB 2FH8A 2GJXA 1HVXA 1W3JA 1BTCA 1W9DM 2XFFA 3EDKA 5LA1A 1JFHA 1DTUA 4AMCA 1B30A 4MB4A 4CD5A 1C7SA 1BFNA 3BAYA 2BXZA 2VX4A 3EDFA 3MMUA 3MV11 2E3ZA 4JKKA 2VX5A 1KGUA 2MANA 1R7OA 4OKDA 5M5DA 4V2XA 5CGTA 3WQ5A 1TFVA 1Q6GA 2VZTA 1B3VA 4AXNA 1JIBA 2CEQA 5CPQA 4LX4A 5BYWA 1ZBVA 4UFLA 1NOWA 1SMDA 4P8WA 3ALFA 2ZUUA 3BH4A 5BXRA 2PBGA 3VGBA 4HMEA 4ML4A 1TE1A 3W38A 1HKIA 1HN1A 1PZ3A 3S6TA 1W1YA 5CSYA 3VNYA 4HPGA 1VJZA 3G6LA 2ZUNA 1UD3A 4OZOA 2YKKA 2X1IA 1ISZA 4UCFA 1ZBKA 1RH9A 4DM2A 1QNRA 2A3EA 1KQYA 1V6UA 1M53A 3WMCA 3FN9A 3TTOA 1NARA 1E4NA 1H11A 2GJRA 1HL9A 1BG4A 1XRVA 4FK9A 3F5LA 1J9YA 1V0KA 3WH8A 1XYFA 1E56A 1R8LA 3WNKA 3GH4A 4GI8A 4X0NA 1UWUA 3GH5A 3AHVA 4D6CA 4WSJA 2C0HA 2CBVA 5CXPA 2ZICA 2C8NA 2FGLA 2CETA 4OIFA 3KEHA 4QP0A 3AOFA 4JFWA 2PWEA 1WDPA 3QOMA 3RM4A 3O2LA 3W24A 5CG0A 4M29A 4HOZA 3O6AA 3WH5A 2QF8A 1UOKA 2WPGA 5C71A 3VU2A 1VF8A 3MU7A 2VRQA 1E6PA 1X6LA 1KXTA 4UFJA 3POCA 2JF6A 3ZJ7A 5TD4A 1VAHA 1W1VA 4F9JA 3AICA 3IJ8A 3SUTA 3W26A 1UD2A 2V5CA 2DSVA 2AMGA 3RM8A 5E09A 4CD4A 1KXQA 2E8ZA 3II1A 2F8QA 1UR8A 3CUIA 4AEFA 4LXFA 1MFVA 1ZU8A 2YL9A 2WW5A 4CD7A 3AROA 2QPSA 3VOCA 4D6GA 2VZOA 5DT7A 1QVBA 1DWFM 2AAAA 4TVDA 4BQ4A 3GXFA 2J77A 1GCYA 3UR8A 4PMYA 1CDGA 3ARWA 2G3MA 2VJXA 4JHOA 2AOSA 3M6DA 3GTNA 1J0HA 1MQQA 2A3CA 4WKFA 4AD3A 4MB3A 2WSPA 4XUYA 1EH9A 1AQ0A 1CGYA 2NSXA 2ZWZA 3BMWA 4ATDA 1H0IA 1AMYA 2PB1A 4CUCA 3MMDA 4Z2KA 1J12A 2O9PA 3DHPA 5FOOA 3MSDA 5EB8A 3WUFA 4HOWA 1FFRA 4DM1A 1VB9A 3AFBA 4H04A 1NOUA 4JL1A 3OIHA 1XH2A 4Y7EA 4U31A 2CPUA 4AC1X 1E0VA 5D9NA 4MDOA 1JZ7A 3UEQA 1QHOA 1LQ0A 3K1DA 3NSNA 3SCRA 3M46A 2J7CA 4H8VA 2EPKX 3L4WA 4PRWA 3HMCA 3T2QA 1ESWA 3QR3A 3D3AA 4UFMA 1VEPA 5D9MA 4PTMA 4A3YA 4KGJA 2E9BA 2ZIDA 4H8HA 3L4UA 3MV01 4HA4A 4JKLA 4UFKA 1NWSA 1WAWA 1UWQA 1V0MA 3MUZ1 4PMRA 2DSUA 3OZOA 4GQQA 3WELA 4AISA 3IANA 4R5EA 2BVYA 1HJXA 3T09A 4TX8A 2F61A 4FLQA 3BAWA 3WUBA 7A3HA 1DEDA 4WK9A 2WNWA 5CSUA 4PMXA 3SIMA 4D6IA 4IM4A 1OIFA 1HXJA 4PCTA 2Y8VA 3AIUA 1M03A 2J62A 2WC4A 3MUIA 1MXDA 4OUEA 2WBGA 3PZIA 4M8UA 1PIFA 2A3AA 4AYSA 4IISA 3WQVA 4W5UA 2XVGA 1MW0A 2XGBA 4UFHA 1LWHA 3THCA 3AIWA 3FAXA 3GXDA 1XCWA 5AY7A 4QCFA 2Q8XA 5ABFA 4GXPA 1DWIM 1V08A 3AIRA 5DT5A 1TA3A 2FGZA 4OBRA 1E9LA 2PWGA 1GOKA 3W37A 3VO0A 3AI0A 1CZ1A 3UERA 1UKOA 4E8CA 4NSBA 1U30A 4H2CA 1G9HA 4JCMA 5CPSA 4XX6A 1XV8A 3CZJA 3L4YA 3PTQA 5AYIA 2DSKA 1C8YA 2W5FA 4MAZA 2J4GA 3PTKA 2OYLA 2VVNA 4RL3A 3IJ9A 3VGFA 1OWQA 1Q4NX 5HXMA 4F66A 4M81A 2YL8A 1KR0A 1ZBCA 1JNEA 3CUHA 5CJ5A 1NWRA 1CGVA 3BSHA 4N0RA 5HNNA 1WE5A 1CPUA 3MKKA 4WJXA 2JEPA 2VZUA 5A8QA 5EBAA 1RP9A 3ARRA 3N12A 2CKRA 4XZBA 4XB3A 1MQPA 2YDQA 1JAEA 2YBUA 1JXKA 3K4AA 4UZUA 4CN1A 3T0AA 2WMIA 3VNZA 4Q7NA 1HL8A 1KFWA 3CHFA 1VENA 4IPLA 1UG6A 5ABHA 1WPCA 2DT3A 3ARTA 3EDEA 4XV0A 2VRKA 4L4PA 1UQZA 3VTRA 3WIJA 4D1JA 5CZKA 4HMCA 5ABFB 4AWEA 1EO7A 5IFTA 1OD0A 2WB5A 4D71A 1GVIA 1W9BM 1B90A 1FH8A 2V3DA 3W53A 3WY1A 2QMJA 2XVNA 4QFUA 3A6OA 3U5YA 1KCKA 1TUXA 2VOTA 1KWKA 1OD8A 3U57A 3MS8A 1EHAA 2ZXBA 1W1TA 3WEMA 1UWTA 1B1YA 1XGZA 4HOXA 1GHSA 1BYDA 1XSKA 4ZXOA 2WKGA 3PZNA 3WDPP 1E0XA 1FA2A 1FP8A 3WL0A 1QOXA 2X09A 3CMGA 2XG9A 4J3WA 2WMGA 3A47A 3NCOA 2BFGA 1E4MM 3HJEA 2EPNA 3ZQ9A 3GDBA 3B9AA 3LPFA 5DFAA 3RILA 1CBGA 4W7VA 1E0WA 3L4XA 3AMDA 3W6LA 5A8OA 3IK2A 1FH7A 2C7FA 4NF7A 2DT1A 4MDPA 1PPIA 4QLKA 3WUEA 4C7DA 5I5RA 3GNRA 3VD4A 3BAIA 3NDZA 2XIBA 2UY4A 1IZJA 5A6BA 4PEEA 3WDRA 3T08A 3VGDA 3PBGA 2FDMA 3NYDA 1YQ2A 2PF0A 2CYGA 2PWHA 1HF6A 1EQPA 2E9MA 1W2VA 2G3JA 3CHCA 1YHTA 2WWDA 3ZMRA 1W9XA 3SCSA 1BQCA 3SCWA 4GKLA 2BY3A 2JFEX 2D3LA 3K8MA 2WMJA 3GZAA 6TAAA 3CPUA 1QW8A 5M17A 4Q22A 1GUVA 3BCDA 1TG7A 1QW9A 1SMAA 2YA2A 3AMGA 1MYRA 4LYQA 3ZSSA 5JIPA 2GDVA 4HZ6A 1LG1A 5I79A 1XH1A 4QLJA 1Q6DA 3VMNA 1FOBA 2W66A 1Q6CA 1CXKA 5ABGA 1H3GA 2D24A 3KZSA 1W32A 2BY0A 3F4VA 2WC3A 1I1WA 4PN2A 4DWSD 7CGTA 1MW3A 4WIWA 2DT2A 1QBAA 4AZ5A 1Q6FA 1J0YA 5BRQA 4W87A 3WBAA 1R7AA 4AIEA 1W9PA 3TP4A 1ITXA 5FIPA 3AMKA 1I75A 2JF7A 4S3JA 2XWDA 3CZ8A 3ARSA 5HBFA 1LL7A 4GZJA 1DWGM 1MWOA 3ARYA 1WB0A 2D3NA 1DWHM 2PC8A 3W25A 2VNCA 1E40A 2D22A 1UH4A 1OM0A 4ACZA 1UR0A 3GXIA 2YOCA 4TOQA 1Y7VA 3SEPA 5BWFA 3ZIZA 2CBJA 1QI4A 4UNIA 4MNJA 2D0HA 5A6MA 3SCVA 4BQ2A 4WLCA 2W92A 1GQKA 1V02E 1XYZA 1AQMA 1UKQA 3WN6A 4EAMA 1IZKA 2HVMA 1V3HA 1VFFA 4GO9A 1GOWA 2QHAA 1UR9A 4DWSC 5CLTA 1EDGA 3VIOA 1JYWA 4U2ZA 3WNNA 1GOQA 3UESA 1WDRA 2ZE0A 3ARPA 2X8RA 2W4XA 1WZLA 2JE8A 3VDCA 4R27A 1CTNA 3NJ3A 1WDQA 2NT0A 4BZYA 1GJWA 2OWWA 2EJ1A 4GZEA 3FXYA 1BAGA 4E2OA 3TA9A 4NRRA 1VEMA 1OGSA 2CITA 1E71M 3EBVA 1H2JA 3WF4A 1W91A 4E4PA 3BSGA 2IUZA 2O92A 4EKJA 1OT1A 1ZJBA 1MW2A 3OGRA 1UH2A 3OLGA 5BCAA 4JIEA 3WL1A 2TAAA 3KL5A 1QNOA 3EMCA 4D6DA 3VM5A 1LG2A 1ISYA 1JYNA 3IAPA 2CCRA 3CZLA 1HVQA 2BY2A 3OB8A 3WSUA 3CMJA 5A1AA 2J7HA 2WANA 5GNYA 2E8YA 4AIUA 4MB5A 3I3EA 1AQHA 2GJXB 4AEEA 1DWAM 2O9TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PTM A;  1V3K A;  1C91 A;  1K9E A;  2VX7 A;  8A3H A;  1D3C A;  1C7T A;  4BA0 A;  5JBE A;  1JZ6 A;  1JYV A;  3CZG A;  4UQB A;  2BV9 A;  4JZ5 A;  3L4Z A;  5FD0 A;  2ZX8 A;  3AXI A;  3QHM A;  1KBB A;  3K8K A;  4H7V A;  2WVT A;  1E70 M;  2CBU A;  3DC0 A;  2DGA A;  3E1F 1;  3A4A A;  2WLY A;  4FLR A;  4CD8 A;  4PMV A;  3F5J A;  4MTV A;  1EA9 C;  4ATW A;  3LPO A;  3GBD A;  2J7B A;  2VCC A;  1D7F A;  1LF1 A;  2EEX A;  3WFZ A;  1PBG A;  3SUW A;  4P8X A;  3AZS A;  2D2O A;  4H41 A;  4IPN B;  2WCA A;  2WYS A;  2O9R A;  2ZUM A;  1ITC A;  2WVV A;  4M24 A;  4M82 A;  3AHY A;  3SUV A;  3WUG A;  1W1P A;  3WMS A;  1JND A;  3EDJ A;  4AZG A;  4V28 A;  5A94 A;  4PTV A;  1GON A;  2CIP A;  3KWX A;  3BMV A;  3BLK A;  1JDA A;  3BAK A;  1V6Y A;  4TVU A;  3CTT A;  1C93 A;  2VC9 A;  4CCD A;  1QNP A;  5A6B D;  5E0F A;  4JFS A;  3KL0 A;  4HPH A;  3T0D A;  1BLI A;  1QHP A;  2BVT A;  1W3K A;  3DYM A;  2E40 A;  3AIQ A;  3QOK A;  1OSE A;  1JFX A;  2PWF A;  3LPP A;  2RGM A;  3SCT A;  1J0J A;  4MNK A;  3A3H A;  3SCU A;  4GZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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