4O0KA

Crystal structure of 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from brucella melitensis with covalently bound substrate
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
HHMLKAEIFSGVIPALMTPCKPDRSPDFDALVRKGQELIGDGMSAVVYCGSMGDWPLLTDAQRMEGVERLVKAGIPVIVGTGAVNTASAVAHAAHAQKVGAKGLMVIPRVLSRGSAIAAQKAYFKAILSAAPDLPAVIYNSPYYGFATRADLFFDLRAEHPNLVGFEFGGPADMRYAAENITSRDDGVSLMIGVDTAVFHGFVNCGATGAITGIGNVLPKEVIHLCNLSQAAALGDVDARQRAQELEQALAVLSSFDEGPDLVLYFKHMMVLKGDKEYTLHFNETDALSESQRGYVETQFRLFNTWYAEWSKLPGAVQRCKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Brucella melitensis with covalently bound substrate
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Brucella melitensis
total genus 121
structure length 322
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.5.4.22: 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase.
pdb deposition date 2013-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4o0kA00
1FWSA 4O0KA 4RX0A 1OFAA 1JRCA 4GWEA 2B0MA 2PRHA 4DEFA 5A8GA 2NWSA 1GQNA 3RU6A 1H7XA 4NJJA 3N3MA 1AL7A 3R5EA 5F1VA 3SIZA 4UTHA 1EPXA 1FWNA 8TIMA 4ADSA 1TPC1 1A5SA 3TXVA 1IXOA 3L68A 1ZY9A 4IQLA 1L6SA 5D05A 5AHEA 2C0AA 3O6YX 4IMCA 4NNAA 5D30A 3MYOA 3SZ8A 4IMDA 3S1VA 5LHEA 5U7SA 2G95A 1LYXA 2Y7GA 4JTEA 4LY8A 4WY0B 4BR1A 2ZCGA 3B05A 1LRNA 1S3HA 2YW4A 4MJZA 1OFBA 1UASA 4POCA 1OFEA 1XL9A 1HFBA 2YYTA 1O4UA 1LORA 4UFKA 4LUIA 4OV4A 4JDBA 4W9TA 2J24A 2W6RA 2ZZ6A 3DENA 5BMXA 1W0MA 4K7VA 3LBMA 3KFTA 2FIQA 2ZFAA 2WKJA 4MY9A 4UUIA 2E77A 4FXRA 4LVBA 2X1SA 5EPDA 3MI3A 3OEXA 1MO0A 1XBZA 3R2GA 3QF0A 1TTQA 1QPRA 1K3UA 2FB2A 2VFIA 3MP3A 1MEWA 3GKAA 4IXXA 1VCFA 3SSJA 2C1HA 3HOJA 3NQDA 3W84A 3CPRA 5HWJA 3A5VA 1ONRA 3T40A 2GJLA 3VCRA 3NM1A 1NFBA 3IEBA 2H3DA 3SY5A 1RQEA 1W5NA 4MYXA 5I3FA 3U6WA 1ZALA 4O14A 4IPJA 2YPIA 3N14A 3DZ1A 1GVFA 1BWLA 2RFGA 3BV4A 1ICPA 4HNVA 3W7LA 1YXYA 3W74A 2NX1A 2B7NA 1LZOA 4JY8A 3PR2A 3WJZA 3A5FA 3QFEA 3GIYA 3DI0A 2OX1A 5L6UA 2ZRVA 4CQ8A 4NUWA 1KFLA 2EGZA 2ZZ1A 2DZUA 1FCBA 3GX9A 3LHWA 1H1YA 2QF7A 2ZRUA 5G2HA 3P62A 1PVNA 3BLEA 1QO2A 1G4PA 1BTMA 3C6CA 4UTIA 4X3ZA 4LNYA 2E1DA 4OE7A 3W7GA 1QFEA 1JVNA 4N9CA 1G4SA 5LGXA 1JQVA 3NOEA 4MZ8A 4O15A 3EX6A 3LLDA 4K37A 4LVAA 1MSSA 3CLMA 4ZL1A 4CNOA 3VE7A 4AWTA 1KFJA 5DY3A 2V81A 5G5IA 4GJ1A 3HF3A 4JTIA 2JBMA 3A9IA 2V0TA 4QM1A 1FDJA 1LOLA 2VOMA 4A21A 4IUOA 1WDWA 3V1PA 1TPDA 3MI6A 2KZHA 5TQLA 4UNKA 1ME9A 3GR7A 1A5AA 4HPJA 3L0KA 3FJ6A 1L6WA 4AHPA 5T26A 4NX5A 1HL2A 1SUXA 2OT0A 3MUXA 2P10A 4GC4A 4NT0A 4JIQA 4AWUA 3Q37A 3EB2A 3UY7A 3TR2A 4CNNA 3HGSA 2R14A 1K8ZA 4MY1A 5FF3A 4AHOA 5F2IA 4TMBA 4NVTA 1A5BA 3NGJA 2NXIA 4LTSA 4XWUA 3N2XA 3SGUA 3NQ8A 1AW5A 3G1VA 4JTFA 1TREA 4M6VA 2C19A 2A85A 3N34A 4WXZA 1XXXA 3WJWA 3MJYA 3M1ZA 3W73A 3KXQA 1KA9F 3STEA 2RDWA 3EEGA 5D2WA 1OX5A 1ML1A 3H53A 2F7FA 2Z1BA 4RR4A 5D2VA 1PS9A 2C14A 2V5BA 1LBLA 4FB7A 3E49A 2FFCA 1ZAIA 3DFNA 3QEZA 1UJPA 1VHNA 3UPWA 1FDYA 2NUXA 3THQA 3O06A 2HS8A 2NWRA 3USBA 4EIVA 3LHYA 3GNDA 3T7VA 3FIGA 3TUUA 5EMUA 3KVKA 3JRKA 5HR6A 3GB6A 1TJPA 1N7KA 3MBDA 1GG0A 3PF3A 4Z0JA 4CQ9A 4ML9A 1VJIA 4A29A 3AO0A 1L9WA 4O50A 5HQEA 3DHDA 1EIXA 4LWWA 2TSYA 2JK2A 3PBWA 5K9XA 5FF7A 2C6QA 1F76A 1ME7A 1QPNA 2C18A 3W9ZA 3LDVA 3M43A 4XBSA 3NL5A 4BI7A 2YR1A 3A21A 3HGJA 3LHUA 2ZZ4A 2GQ9A 4PTNA 3RNDA 2WSYA 3NQAA 3FFSA 1UCWA 1QNVA 3W87A 5LKYA 2RKXA 4LVFA 2HS6A 2Y70A 3OVPA 1D3HA 3L5AA 2Y7EA 4S1FA 3GXPA 5C2XA 2QJGA 4AB4A 4QISA 3W1RA 4XKYA 3M5VA 4JS3A 2VEMA 1ZAJA 4GNJA 4OHQA 4PFMA 3NAVA 3SECA 2O7SA 3DHFA 4RKAA 1J5TA 3CT7A 5C55A 4ALDA 3EKZA 4QIUA 4QAIA 4MJMA 1T8XA 3TFXA 5LSMA 4I7VA 1H62A 1QO5A 1W3IA 1JCYA 2VFFA 1O5KA 1THFD 2FLIA 2ISVA 2CZFA 3TAKA 4O17A 2QCDB 3M9YA 1OFQA 3PUDA 2CLHA 3LXCA 5HULA 3S42A 3PS7A 1VLIA 3LCIA 2E6DA 1LBFA 3FS2A 2OMAA 2Y7DA 4ZQOA 5FI8A 3UWYA 4GXMA 2GVGA 5I3IA 3S5YA 1R47A 2X16A 3W2KA 4BFAA 1GTHA 3LLFA 3M6YA 3F4NA 1GZGA 5D03A 5LNRA 4WJEA 1W5QA 1SSGA 3CEUA 1V7YA 1S5VA 1W8SA 1WQ5A 2DZPA 4K8HA 4JIPA 2VFEA 3UZJA 3IIOA 5AYZA 1YTKA 2QCHA 3W7EA 1SSDA 5CPLA 3QRHA 2W0UA 4DQWA 3EX4A 5K9CA 1VH7A 3LV5A 1CX9A 3ZWSA 1F5ZA 1C8VA 1LTDA 4MFEA 5L9FA 2E09A 3G0SA 3K30A 5AB3A 3QMRA 3NPWA 3MBFA 2X30A 1D9EA 3CC1A 1YPFA 3R12A 3N9SA 1GVRA 3I7QA 2YSWA 4RV8A 5BMWA 1IXQA 3P61A 3CEPA 3DU0A 4IPIA 1LLWA 3PVFA 2WSQA 4Y90A 1FCVA 2NUYA 5HMSA 3GAYA 3FA5A 4N9DA 3HGRA 2Y7FA 1OFRA 1F74A 3M47A 3NA8A 1OK6A 4JYEA 1DBTA 4DF0A 1KV5A 1WAUA 4MLRA 1GEQA 2B7PA 3O05A 3G3DA 2Z6JA 4R33A 1EA0A 2YGYA 1B57A 2IQTA 4UMBA 2CLKA 4JGDA 1WA3A 3KVMA 4N4PA 1OYAA 1X7FA 2ZTJA 3GZ3A 1ZHAA 4KWVA 3ZWTA 3LX9A 4DBDA 2H8ZA 2V2CA 5G2IA 4U4MA 1FDZA 5CZSA 3P60A 4EF9A 3IVSA 1WXJA 4RZ6A 3UY8A 3W07A 3W2MA 4WY0F 3YPIA 2C15A 4JR5A 1HO1A 1SZNA 3C61A 3BO9A 4MZ1A 2V5LA 3W2LA 1KM6A 4WOZA 5CG7A 2WQPA 3NDOA 1DHPA 1QOQA 3LERA 2JKAA 3ZFHA 1OK4A 3PB0A 1W54A 1P1XA 2BX7A 1TCDA 2ABBA 4HSOA 3NL3A 3L66A 4JDYA 3TE9A 2CU0A 2R91A 1GT8A 3LOTA 2VENA 3S1WA 5CGQA 4PCFA 4ORIA 1OG0A 3S5OA 1GVQA 4YXGA 1HG3A 1PV8A 4DO6A 1L6YA 5EA9A 2DZSA 2A7NA 1V5XA 3LI1A 1TIMA 4UFIA 5FEWA 1K7XA 3LB0A 1VS1A 2X1TA 2Y6ZA 3ZS4A 3TX9A 2VKZG 5KZEA 1DVJA 2BTMA 3BG9A 2H6RA 4X22A 5IBXA 3L2IA 3NEVA 4N6FA 1DL3A 2G5WA 2Y63A 5K4ZA 3N9RA 1LRQA 1NAL1 1TYGA 1Z48A 4JNMA 3W7DA 2VEKA 3THAA 3WK0A 3EX1A 2VXNA 4PL2A 4N6EA 4O57A 2HSAA 3UXDA 4JYDA 3F1QA 1JRBA 5CPNA 1EWEA 5CZJA 4AHQA 3GXTA 2V2HA 3G18A 1DJNA 4O19A 3A24A 1SPQA 1UUMA 4C1LA 1O95A 2ZZ7A 3B4UA 3W7NA 5D37A 3ZR4A 1XBYA 1GYNA 4FIQA 5AN7A 3B8DA 3WFAA 5DBTA 3HG2A 5G1TA 2DJXA 3W7QA 4DF2A 4J9JA 3W7HA 3NPVA 4IMGA 1DQWA 1SZFA 2ZTKA 3E0IA 1XDMA 5LNSA 1MEHA 3W1LA 1W5MA 1KBJA 1YTEA 1KFKA 4UTMA 2YFOA 1QWGA 1FXPA 1LCOA 3NO5A 3PULA 3UZ5A 3P8JA 4I9AA 4TR9A 2BLEA 1GVSA 2DZTA 1AW2A 3Q58A 3BVJA 3FKRA 3GDKA 4UCGA 2B4GA 1E51A 2RH9A 3LCFA 1W5OA 2FTPA 5HUOA 1M5WA 5D02A 1TPEA 1O94A 4BK9A 4Z1BA 2QDGA 2QDHA 4GUHA 4O18A 4QQ3A 3TFCA 3EX2A 4XQ6A 4JN6A 2VFHA 1OF6A 2WNQA 3QM3A 5HJLA 1SFLA 2ZRYA 1X1OA 3IVTA 3M16A 2A0NA 3QC3A 3P7YA 3T55A 1Y0EA 1TPWA 1F6PA 2V9DA 4E38A 4Z1CA 3RK8A 3G1AA 3A23A 1XKYA 2LLEA 5FF0A 4L4LA 3STGA 4LS1A 2B7QA 1ICQA 1H5YA 4NU7A 1KLZA 1H61A 3NM3A 3TMQA 3NQ7A 1PCKA 3I65A 2E68A 4WOQA 2G97A 4B5NA 3MHGA 4ZQNA 4XTDA 5I3HA 3UYCA 1TRIA 3CB8A 3O1NA 4OQVA 4Y96A 5FEXA 4K38A 4A2SA 1KV8A 1EEPA 1OABA 4NXSA 5D33A 1K8YA 1M7PA 4DXVA 3NQVA 1MXSA 5AHMA 2FPVA 4NNBA 3OG3A 4CCDA 4JXCA 4K6AA 3M41A 4RXFA 2EHHA 1K02A 3TK7A 3TU9A 3IGXA 4IXHA 3LGEA 2NZLA 3MWAA 3NQMA 1K7EA 3NXFA 1TTJA 2GPTA 2BXVA 5EYWA 1DQXA 4JEQA 3W1XA 5E1QA 3EXTA 4WUIA 3EXSA 1OFDA 3GDTA 2FJKA 3PAJA 3TNOA 3C0JA 2C13A 5D2XA 3GNNA 4CCCA 3G1XA 1CW2A 5DCDA 1SO5A 5MHBA 1QDSA 4UTWA 4O4VA 2A2IA 3T44A 1H7WA 4EOUA 3LHVA 1KM0A 4LUJA 2YX0A 1I2QA 2YDAA 3FLUA 1NF7A 1AK5A 5CSSA 1W56A 1TSIA 3MI2A 3EWXA 3S5ZA 2V2DA 4TU1A 4UR7A 4HKPA 2QCDA 1H63A 4QITA 4CNPA 4C1KA 4GUGA 3IVUA 4IMFA 3IIZA 2WNZA 4AF0B 3HQ1A 2J88A 5C6MA 1JCNA 3JS3A 4LC8A 3W75A 3KAOA 4UXDA 3G0UA 3BLFA 3W2JA 3HG4A 3W7PA 3TV8A 1S5TA 1F73A 2P0OA 3KRUA 5G4EA 3NPUA 3C56A 3KRZA 4OU1A 2PRMA 4NJHA 1WBJA 5LNWA 5IBXC 5SWUA 3C2OA 3DKLA 5BOOA 1G7UA 3DFQA 1Z42A 3BPWA 4JTJA 4AH7A 1RR2A 2Y88A 1FX6A 1TO3A 2QAPA 4MKNA 1UB3A 4JYFA 1DKWA 3PB2A 2J9ZA 4Y9AA 5H2ZA 1J4EA 2GVLA 3G1HA 5KINA 1GYLA 1Q3NA 2ATMA 3PC0A 5FF2A 1RQHA 1XFBA 3KX6A 1S5WA 1PHQA 3P84A 1TPVA 3EXRA 5F2MA 3TW6A 4UTUA 2EF9A 1SR9A 3NG3A 1NSJA 3E12A 2Y62A 3W2UA 1WYIA 4U28A 3DKJA 1H60A 1QAPA 4UIOA 1JULA 1BEUA 1JUBA 3A22A 3C2RA 4AMAA 3W76A 2QCLA 4O4WA 3AJXA 3I7SA 4MIMA 5AHLA 3UWWA 4OWGA 4OBTA 3G0XA 4AAJA 3L5MA 3C3NA 4LVDA 1GG1A 4RXGA 3SJ3A 1F7BA 2E6YA 1EWDA 3BG3A 4P61A 2QCCA 4UFLA 3QSTA 3Q2DA 3HBLA 3B06A 1OYBA 2DZWA 4GBUA 4MLJA 1JCLA 3L67A 5FEZA 3VKJA 3GKFA 3S5NA 2YCEA 5TBOA 1QPQA 2TPSA 1KTNA 5D04C 2A7RA 3FYPA 2BZNA 2GOUA 4Q32A 3O16A 2QAFA 3DH7A 5F4XA 4HNNA 5DN1A 1Q45A 1IIGA 3M7WA 4MUZA 4O8RA 4PEKA 3S6DA 1XDLA 5J5DA 2QR6A 3NR0A 1SW3A 4ZQMA 1MZHA 3P82A 3LTSA 1TPB1 3SGZA 1H51A 2CFFA 1Q6RA 1HUVA 2DZVA 1KTBA 3B03A 3QQ1A 1DOSA 3GDLA 2ZZ2A 2P1FA 3C2FA 1I8JA 2RDUA 1B4KA 3JR2A 4O1CA 4IOTA 3N19B 3S0CA 2X1RA 3M5XA 5F4WA 3WK2A 3PSWA 4JTSA 1G4EA 1H50A 3CTLA 1YADA 4DO4A 5KTLA 3P80A 2VEPA 3CIWA 2H8XA 4LV4A 4M6PA 1XM3A 2QCGA 1R46A 3BW3A 3HPXA 2ISWA 5TIMA 5AYXA 4UTLA 3RLUA 4N02A 5CSRA 3IGUA 3D0CA 2G96A 5AC8A 2WV8A 4TMCA 5G2WA 3TSMA 4FX6M 3PUEA 1I2PA 4A2RA 3GAKA 1T96A 4R53A 1N8FA 4GUJA 3PM6A 3M44A 1JCMP 4O1AA 3LCLA 4LV9A 4HPXA 1R2TA 2NV2A 2Y61A 3W88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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