1GOKA

Thermostable xylanase i from thermoascus aurantiacus- crystal form ii
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
EAAQSVDQLIKARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGQVTPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIRGHTLVWHSQLPSWVSSITDKNTLTNVMKNHITTLMTRYKGKIRAWDVVNEAFNEDGSLRQTVFLNVIGEDYIPIAFQTARAADPNAKLYINDYNLDSASYPKTQAIVNRVKQWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGAGVLQALPLLASAGTPEVAITELDVAGASPTDYVNVVNACLNVQSCVGITVWGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQDLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate Specificity and Subsite Mobility in T. Aurantiacus Xylanase 10A
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
total genus 127
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2001-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gokA00
1NOWA 3ZJ7A 2OWCA 1M7XA 1CWYA 2DGAA 1CGYA 4UOQA 2C8NA 2J7EA 4OJYA 3W6LA 3WDIA 2JIEA 1SYTA 2YL6A 5A6JA 3VGFA 1XD0A 3ECQA 5CXPA 5C8BB 2PI6A 2OWXA 1ISXA 2NT1A 4OZOA 1X6LA 1NWSA 5BXPA 5KZ6A 1H5VA 1JDDA 2VVNA 5GQBA 2W62A 1PBGA 2VNCA 4RE3A 4AWEA 1ZJAA 2E8YA 4LXFA 4U31A 3NYDA 2WM0A 1SMDA 3L2MA 4DM2A 2DDXA 3VIIA 3WELA 5BYWA 1UQZA 1UHVA 3WQ8A 1FP8A 3IJ9A 5CGMA 1E6SM 2VZOA 1KWKA 2JEPA 1SMAA 3IAPA 3K8LA 2OWWA 1FFQA 2WZHA 3VIJA 1PX8A 1G9HA 1C7TA 3RJXA 3SEPA 4GQQA 4X0NA 4W8BA 3AS1A 4YHGA 2E0PA 3MSDA 1J10A 3A4XA 3WDHA 3M07A 2VRQA 4RE2A 5CLTA 5DF0A 3SUWA 4Z2JA 4E8CA 4D6DA 4AIEA 3SUUA 1BPLB 4CD8A 3OLDA 1WDSA 1ZJBA 4WKHA 1QI5A 2XGBA 1JYNA 1V6YA 4HZ8A 4D6FA 4WK9A 2E8ZA 2FGLA 3PZGA 2CITA 4OBSA 2EBNA 1BHGA 4D6IA 4W86A 3U7BA 1J0JA 3ARSA 4U2YA 4JFSA 3CZLA 2GVYA 4XV0A 2ZX9A 3RPMA 4WF7A 1WO2A 3BH4A 4B15A 2X0HA 4Q7NA 3BSGA 1TA3A 1OGSA 5E0CA 1GORA 5A6AA 3WIJA 1JIBA 1J01A 2ZUVA 5CG0A 3RM8A 1KR0A 2W92A 5CSUA 2CBIA 4U5IA 1HJWA 3VU2A 4J3UA 4Q22A 1OB0A 1VAHA 2C7FA 4GXPA 3WF0A 4D6HA 4MB3A 1JI2A 4UFJA 5FCZA 2EEXA 1HKJA 1HJUA 2VZVA 4D6GA 2BHZA 2CNCA 2F61A 4H8UA 5A6BD 1G1YA 3WKZA 3UG4A 3S6TA 3BC9A 3ZT7A 4AD3A 3CHEA 3WH6A 1JF6A 2VR5A 1QI3A 1VRXA 3AMDA 1C92A 3ZMRA 3NSNA 2VRKA 2WZEA 2EPLX 3AJ7A 3AROA 3WY1A 4ZXLA 1J0HA 4HPGA 3SCWA 1E5NA 2V5CA 2J75A 2WHJA 1B3XA 1K9TA 4PMNA 3PZQA 4M82A 5EMYA 1UD4A 4GI9A 1VEMA 3K1DA 4LYQA 2VMFA 4WJXA 2UY3A 2OSWA 3ALFA 4WLCA 3AYSA 3RILA 1PZ3A 1E55A 4QCEA 5AY7A 2W63A 4CD7A 2WK2A 7CGTA 3WEZA 2DH2A 4M24A 2ZX7A 4AZGA 1W91A 4NF7A 5LA0A 3OBAA 1E73M 2ZOXA 3OLGA 1D7FA 2XIIA 1NARA 3GZAA 1B3VA 3PN8A 1TZ7A 1RP8A 2ZWZA 1JZ2A 1US3A 3VPLA 1J0ZA 3FHQA 4PMOA 3LMYA 2EO7A 4PMVA 2ZUNA 1DEDA 1W9BM 3AMKA 3UERA 2VR4A 1TFVA 4CN4A 3BCDA 1V6XA 5HPCA 3RM4A 2ESCA 1I75A 1BVZA 2G3JA 1JXKA 1QBAA 5FIPA 3GXFA 4ATDA 1JZ8A 3MV11 1WAWA 2DIEA 1B30A 1PJ9A 5A6BA 3EDKA 2WANA 4F9DA 1C93A 3D3AA 3VGGA 1SFSA 3FW6A 3AISA 2DT3A 2XWDA 4AZCA 2WWCA 3N11A 1BFNA 3AYRA 3WDPP 3WH9A 5M03A 3CPUA 4ML4A 4WSJA 4FLQA 4DUWA 3ARZA 1AVAA 1KXQA 1WNOA 2J7GA 2IXUA 3AHVA 3PHAA 2YBTA 1ISVA 4CN6A 4Z2LA 4GZIA 2CXGA 1EOMA 3U7VA 3VO0A 3ARUA 1QHZA 1X6NA 5A94A 3HMCA 2WAGA 1NOFA 4OOZA 5A6MA 4RE4A 4DWSC 3VM5A 1W1PA 3WNMA 1CGVA 1WDPA 2CYGA 1LQ0A 5AC5A 4AIUA 2W91A 1KR1A 2O9OA 3ARPA 3BAXA 1K9EA 4YN5A 4V28A 5E09A 4EK7A 4N0RA 2BHUA 2WSPA 2WMHA 3SCPA 3VX0A 1V3JA 2VZSA 2W61A 2YL9A 1QHOA 4PCSA 3WH8A 1UZ4A 3WFLA 1CECA 2WMIA 1C90A 1K9DA 1EHAA 3WD3A 5ABGA 4JZ5A 1MYRA 1NP0A 3EDEA 1DHKA 1OT1A 3AIWA 1EDGA 4CD5A 2AAAA 2YLLA 1JZ4A 2G3MA 3NDZA 5EB8A 1VJSA 5LA2A 4EE9A 1CXFA 2QMJA 2XYLA 1TR1A 1DWJM 3PZTA 4AZHA 2WMFA 4P7RA 3VGDA 3VD7A 2V3EA 4NZCA 1C7SA 5BRQA 1TVNA 2BXYA 1E5JA 1HX0A 1UWRA 1AQMA 1TCMA 1FHDA 4UOZA 2EPMX 5JIWA 5AYBA 3GBDA 2OYKA 3UETA 2V5DA 4D6JA 2Q8XA 3SURA 1MFUA 3WEOA 3VIOA 1V3MA 5GNYA 1H4PA 3AIEA 1ESWA 1E6XM 4OIFA 3WNKA 3QHOA 5A2CA 5EBAA 1BVNP 1WZMA 5A8PA 2O92A 1B1YA 2D23A 2GJXA 3VIPA 4AZ7A 1H2JA 3K4DA 2WVVB 2PC8A 5CGTA 3EDJA 5IFTA 1UWIA 1MVYA 3DHUA 2QPSA 3EMCA 4JKKA 2J77A 2DIJA 3W38A 1Z32X 3FXYA 5D9MA 4AEEA 1OINA 2HISA 4QLKA 3VVGA 3SIMA 2ZUUA 3F5KA 4MADA 4PCTA 2DPEA 2VX5A 5DFAA 1E3XA 3N9KA 1HIZA 1QI2A 3EMZA 1GOMA 4GO8A 1VIWA 2Y5EA 9CGTA 4E8DA 1KFWA 4TTGA 1V03A 2XVLA 1GQLA 1HT6A 5BRPA 3THDA 3LPPA 1W32A 2X2YA 4TX8A 1HF6A 1RP9A 4CU6A 4QAWA 4BQ3A 3E1F1 4UQEA 1XD1A 4JHZA 1J9YA 3MUY1 3VX1A 3FN9A 2J47A 1H41A 2BS9A 2XPKA 1KQZA 2BY0A 1OD0A 4HA3A 4KWUA 1JZ5A 2J4GA 4AZ6A 2XG9A 4UZUA 2NSXA 4CCDA 2JALA 3W29A 1E4MM 1EXPA 3MMUA 1QNRA 2DT1A 1W9DM 2WXDM 3I3BA 1GOIA 4F8XA 3PTQA 3VD9A 3U5UA 5HNNA 2XUCA 4KRUA 3GXMA 3BAKA 5FKYA 5KEZA 4R27A 4TVDA 1PAMA 2V3FA 3VGHA 1CDGA 3OGVA 4GPNA 1GJUA 4CCCA 3ARWA 3VGBA 1TMQA 4M56A 3WL0A 2IXVA 3SCRA 3WMBA 5A8NA 1GQIA 1E15A 1FA2A 1GOKA 3RM9A 2VTFA 4PMUA 4B16A 5DO8A 3AS2A 1TG7A 1V6VA 3W4RA 4AZ5A 2F2HA 4M8UA 3TONA 4LX4A 4AXNA 3GDBA 1QPKA 1HXJA 2WYSA 4CGTA 4QCFA 3JUGA 3NIYA 3MMDA 1TE1A 2PWEA 2Y8VA 2MANA 1LL6A 2WPGA 4W7UA 1H1NA 5A2AA 1ODUA 1K9FA 5E0FA 2ZUSA 4JFVA 3PTMA 2CETA 4NI3A 3L4XA 2X05A 3ZSSA 3VDAA 1C8XA 2WVSA 3BSHA 2EPOA 5A95A 2QV4A 3FAWA 1JNEA 4B9ZA 1GOQA 5DT5A 4MB1A 1KXVA 3B9AA 3M7SA 1NWUA 4W89A 4U5KA 5FD0A 1VBUA 1LWJA 3ZOAA 4OOUA 1EA9C 5E70A 1BLIA 4AD5A 4QFUA 2ZX6A 1WZAA 1FHLA 4JIEA 2JEQA 1J0YA 4HOZA 2WHLA 4Z2IA 1LG1A 1QNSA 1VFOA 3K4AA 1KXHA 4LQ1A 2WBGA 4MB4A 4PMXA 2A3CA 4BQ4A 2GUYA 4UQAA 1C91A 5I77A 2D22A 4MAVA 4HA4A 1CGXA 4J3TA 1H11A 1CXHA 3WNNA 4HMCA 3LPOA 4HU0A 3TTOA 3BAIA 1Q4NX 1CXIA 2C0HA 3WEMA 4P7LA 3WQWA 5I2UA 1GQJA 2RGMA 4BS0A 1GW1A 2PB1A 5M5DA 1R7AA 4AD4A 2WSKA 4ACZA 3CMGA 3QHMA 1JI1A 1H49A 1PIFA 3SUSA 1OCQA 2DSUA 1OT2A 3SCNA 4DWSD 3T09A 1UOKA 4CD6A 1XHGA 4LYRA 3HU7A 1GUVA 2YA2A 3AS0A 1FFRA 4CVWA 1HJSA 5I0DA 1KCLA 1UKQA 2VZTA 4PUEA 5D9NA 3SCTA 1E40A 2ZIDA 4UTFA 1CGWA 2ZUTA 4MDPA 4W8LA 1BG9A 5GNXA 3J7HA 4MNMA 4H8HA 5LA1A 1FOBA 1VJZA 4F66A 5M17A 2XVKA 1ISZA 2Z1KA 2VX4A 3TTQA 1VFMA 1BSIA 2QF8A 3WD1A 2RGLA 1BYBA 1U33A 3CZ8A 1UR9A 2B31A 2CBJA 1H3GA 1Q6DA 3T0DA 4GIAA 1UKOA 3WBAA 1W1YA 3T0AA 2E9MA 1V3IA 1ZU8A 2FH6A 4A3YA 1KGXA 1HJQA 4W7WA 5DMYA 4PRWA 4W84A 1UR8A 4J7RA 3L4YA 1KCKA 3NSXA 3ARRA 3SCSA 2X0YA 3W24A 1JFHA 1G01A 3EYPA 2JFEX 3O6AA 2PWDA 3T08A 3AIVA 1EIBA 1V02A 4HOWA 1GVIA 3I3DA 5EFDA 1V08A 1CEOA 2W5FA 4GO9A 4PYSA 1BG4A 2BNJA 2OSXA 1GQKA 4ZXOA 1PIGA 1XSKA 4UFMA 3ZJ6A 3A6OA 5HOSA 3WF3A 2WWDA 3FAXA 4FLSA 1CNVA 3BGAA 3PZVA 3PTKA 2HVMA 1V3LA 4FK9A 2DSWA 3KL0A 3EBVA 1KXTA 3AQUA 1W1VA 3AZSA 3T2PA 3OG2A 1UR4A 3MUIA 4TTUA 4AISA 5FOOA 1MFVA 1WCGA 3VMPA 5A2BA 1CPUA 1IT0A 1WDQA 2XFFA 2YL5A 4DWSA 3WUEA 4U3AA 4MNLA 3WDQA 3A4WA 5M3WA 4XUYA 1G94A 4JFUA 4JL1A 4P7NA 1DTUA 3ALGA 1MQQA 3DECA 3SCQA 5ABFA 2CEQA 3ZIZA 2FDMA 3VD4A 3BAJA 3TTYA 3T2OA 4BF7A 2BY1A 1O6IA 1MW3A 3DYMA 3WENA 3MO4A 4WKFA 3ZJ8A 3POCA 1JZ3A 4UZSA 3ARVA 1L8NA 4GZJA 4W8AA 5IDIA 1UYQA 2GJRA 3CO4A 1IZKA 1JD7A 2E40A 1V3HA 4TVCA 2YKKA 3CZEA 3BLPX 4JL2A 3VMNA 3WD0A 2DT0A 4J3VA 1W9VA 3AICA 1XCXA 5BXSA 1GHSA 1XH2A 1EO5A 3FHAA 1JAKA 1EQCA 1E0XA 4CD4A 1OM0A 5AYIA 1N82A 3AIUA 4U2ZA 5IFPA 2YIHA 1LLOA 1KGWA 2CIPA 4IPNB 4J3SA 1CIUA 1M04A 2J78A 3AI0A 1A47A 1EH9A 1LG2A 2BVTA 4TVUA 3WL1A 1A3HA 2IUZA 1UR1A 3CUGA 4H2CA 3WDJA 1WZLA 5BWFA 3WQ4A 3ARYA 5IHSA 3VDBA 2VCAA 4FMVA 1OD8A 4M80A 3WH5A 1UD2A 2CPUA 3WUFA 2G8ZA 3VUPA 3RMEA 4W5ZA 3AFBA 1HN1A 5A6KA 2ZXDA 5CPTA 2J62A 4MNKA 2E3ZA 4BQ2A 2VX6A 1M53A 4WSKA 1E6RA 1CTNA 4UNIA 4EKJA 1GONA 4JKMA 2ZXBA 4LYPA 1JZ6A 1EDQA 1WZKA 1AMYA 3TTSA 1US2A 5F7UA 4PMYA 5D9PA 2X09A 3OB8A 4ZENA 5LYRA 1DWGM 2G4FA 3WH7A 4Z2HA 3O2LA 3QR3A 4PBGA 2WMGA 4XZBA 2Z1SA 4X0VA 5A8MA 1HP4A 1U2YA 2ZXQA 3O9NA 2QPUA 1E0WA 1HNYA 1M01A 4KMQA 5BXRA 3S2CA 4AD0A 1GPFA 2XGIA 4L4OA 3RO8A 1UH4A 1AQHA 3N1AA 3W0KA 3LPGA 2YL8A 1JAEA 1QVBA 3KWXA 3LPFA 1VENA 2WHKA 5D4YA 1UWTA 4LPCA 1NM9A 3NJ3A 4BZYA 5C71A 1JDCA 1JG9A 4HMDA 4B9YA 1DWHM 4HMEA 1UKTA 2FH8A 2Y2WA 3QOKA 1H09A 4P8WA 1RD6A 2DH3A 1C8YA 3B9EA 2D2OA 1DWAM 2WZIA 3N13A 3VGEA 3QOMA 1VFUA 1VFFA 1EQPA 3OZPA 4WKAA 1JYXA 1J12A 1E4IA 2DEPA 1E6QM 2G3NA 2GDVA 1V6UA 3VM7A 3PZMA 3AXHA 5ABEA 5E6ZA 1UWQA 1W9UA 1M03A 1F4AA 5BXTA 1MW1A 2UWFA 3K46A 3MUZ1 4PSRA 2EPNA 1Q6GA 3FY1A 3AIBA 1Q6EA 1JXJA 2ZX5A 4H8VA 3AHZA 4AYSA 4AD2A 1LF1A 3CBWA 3AMCA 4MPKA 4HOXA 4FLOA 5ABHA 4OUEA 2DSVA 5E9AA 1CXKA 1G5AA 3D5HA 4AY1A 4URIA 3VDCA 2OYLA 1XYFA 2D3LA 3CHFA 4AC1X 4TUFA 4D6CA 1V3KA 2XM1A 3AXXA 3L4UA 2PBOA 4PMQA 2VCCA 3CGTA 5CSYA 2JF6A 3AS3A 3TP4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NOW A;  3ZJ7 A;  2OWC A;  1M7X A;  1CWY A;  2DGA A;  1CGY A;  4UOQ A;  2C8N A;  2J7E A;  4OJY A;  3W6L A;  3WDI A;  2JIE A;  1SYT A;  2YL6 A;  5A6J A;  3VGF A;  1XD0 A;  3ECQ A;  5CXP A;  5C8B B;  2PI6 A;  2OWX A;  1ISX A;  2NT1 A;  4OZO A;  1X6L A;  1NWS A;  5BXP A;  5KZ6 A;  1H5V A;  1JDD A;  2VVN A;  5GQB A;  2W62 A;  1PBG A;  2VNC A;  4RE3 A;  4AWE A;  1ZJA A;  2E8Y A;  4LXF A;  4U31 A;  3NYD A;  2WM0 A;  1SMD A;  3L2M A;  4DM2 A;  2DDX A;  3VII A;  3WEL A;  5BYW A;  1UQZ A;  1UHV A;  3WQ8 A;  1FP8 A;  3IJ9 A;  5CGM A;  1E6S M;  2VZO A;  1KWK A;  2JEP A;  1SMA A;  3IAP A;  3K8L A;  2OWW A;  1FFQ A;  2WZH A;  3VIJ A;  1PX8 A;  1G9H A;  1C7T A;  3RJX A;  3SEP A;  4GQQ A;  4X0N A;  4W8B A;  3AS1 A;  4YHG A;  2E0P A;  3MSD A;  1J10 A;  3A4X A;  3WDH A;  3M07 A;  2VRQ A;  4RE2 A;  5CLT A;  5DF0 A;  3SUW A;  4Z2J A;  4E8C A;  4D6D A;  4AIE A;  3SUU A;  1BPL B;  4CD8 A;  3OLD A;  1WDS A;  1ZJB A;  4WKH A;  1QI5 A;  2XGB A;  1JYN A;  1V6Y A;  4HZ8 A;  4D6F A;  4WK9 A;  2E8Z A;  2FGL A;  3PZG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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