4Z1AA

Structure of apo form kdo8ps from h.pylori
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
267
structure length
260
Chain Sequence
KSVLIAGPCVIESLENLRSIATKLQPLANNERLDFYFKASFDKANRTSLESYRGPGLEKGLEMLQTIKEEFGYKILTDVHESYQASVAAKVADILQIPAFLCRQTDLIVEVSQTNAIVNIKKGQFMNPKDMQYSVLKALKTRDKSIQSPTYETALKNGVWLCERGSSFGYGNLVVDMRSLKIMREFAPVIFDATHSVQMPGGDSSFAPILARAAAAVGIDGLFAETHVDPKNALSDGANMLKPDELEQLVTDMLKIQNLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Helicobacter pylori (strain atcc 700392 / 26695)
publication title Identification of novel scaffolds for potential anti-Helicobacter pylori agents based on the crystal structure of H. pylori 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (HpKDO8PS).
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 92
structure length 260
sequence length 267
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2015-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4z1aA00
3LGEA 1SR9A 4I7UA 4KWWA 1OF6A 1VJIA 4MZ8A 4O14A 1NSJA 1I2PA 4WOQA 2Y6ZA 2GUUA 4NQ1A 5L6UA 4LVAA 3NL2A 3QSRA 3DHFA 4NNBA 4EWND 1TRIA 1H51A 3W9ZA 5DY2A 1XXXA 1LLZA 3NG3A 1FUYA 4N4QA 3B06A 4EF9A 2ZZ2A 3A21A 5F2GA 2J9ZA 5ABTA 1XUUA 2WSQA 5LNRA 3PVFA 1ME8A 2WPBA 1OYCA 1SUXA 1SW3A 1VYSX 5E1QA 3TSMA 1K7EA 4YCPA 3VCRA 1W5NA 1P5BA 1WDWA 4LVFA 1JQXA 4FHAA 4RXGA 4XKYB 4ZQCA 5MHBA 4IX0A 4A22A 4AXKA 3W6YA 3IGXA 2R8WA 3TNOA 4ORIA 3NL6A 1RD5A 2C18A 3NR0A 4NVTA 1ZNNA 2XN2A 3S6DA 2OMAA 2H3DA 4JS3A 4K38A 1JCJA 1M7PA 3B8DA 3O6CA 5D04C 5HNRA 3MO7A 4JR5A 1QPNA 1ME7A 4E2DA 3QFEA 5D33A 1T8XA 1I2OA 3PBYA 4JY8A 1ADOA 1QR7A 4XKYA 5E0KA 2H90A 4HNVA 5DBTA 1PV8A 1I8JA 2GVJA 4R7JA 1W8SA 3I65A 3PBWA 4UCGA 1LRNA 3QW3A 3LBMA 1QOPA 1E51A 3CEPA 3W1TA 5DBUA 4UTKA 3FKKA 3IV3A 5LNVA 3BLIA 2P10A 1BWLA 4JTFA 5I3IA 3IVUA 2VFFA 3W2NA 2VFHA 3NQFA 5EKYA 4OWGA 3ABQA 3ABOA 3PUOA 4ALDA 4OE7A 4GUFA 3L5MA 1HTIA 1GJPA 3C2OA 4CCEA 5D02A 2QCMA 3QM3A 4LTSA 4JYDA 4O53A 1TJPA 4AMAA 3GDTA 5KINA 1KFJA 1IGSA 4MZYA 1JCXA 4TMCA 4MUZA 1O5XA 1OYBA 4LC6A 4KFPA 3MWAA 1LORA 2VENA 4NXKA 2G96A 3E49A 5DCBA 4DF2A 4O54A 4BWLC 5LHEA 4UTLA 2ZRUA 3W7MA 3RMJA 4PTNA 2DJXA 1G4EA 3I6RA 3W7PA 3L5LA 3GK0A 1SPQA 3EKLA 3KVJA 1YDOA 4MIMA 5KZEA 3DKJA 5KZDA 3EWWA 3W72A 4XBSA 4POCA 2VFGA 2E6YA 5AYXA 3O15A 1T96A 1GVFA 4JTTA 5KITA 4JDBA 2VEIA 1DKWA 2X1UA 1QPOA 2CW6A 2ISVA 4RK8A 3DFPA 4WXYA 3WK1A 3WJYA 3BG5A 4XUGA 5CZ0A 2VOMA 4I7WA 1GTHA 2XFWA 3MI2A 4HSNA 4O1CA 4WUIA 3KRSA 3W83A 3O63A 1K8XA 5L9FA 4UUIA 1KBJA 3MHUA 3UZJA 4DF1A 1UUOA 3CWOX 5TQLA 4I9AA 4ZQRA 4O16A 4NJKA 3UD6A 1Z44A 1TPC1 3GVGA 2B7OA 4UTJA 3UPWA 1YPIA 5IBXA 1H7RA 4IXXA 3RK8A 1SO6A 2RDUA 3W1QA 4UNLA 1A5AA 4QIUA 1ZAJA 2JK2A 3G0XA 3GB6A 1LROA 3QRHA 3G22A 4PEKA 4JYFA 2FJKA 3C2EA 3UXAA 1H7OA 4GC4A 2JKAA 3QMTA 3UWUA 3NNTA 4O15A 2E6DA 4ZL1A 2ZRXA 3M43A 1P4CA 4ADUA 4PODA 3PULA 1LYXA 2RH9A 4FF7A 3CPRA 5AB3A 3SW6A 3NQGA 1KM1A 1OHLA 2OT1A 3LRKA 3MBDA 1EPXA 4GUIA 3O6DA 3N9RA 3STFA 1F7BA 1GTEA 3LOTA 3O6YX 3LDVA 4BFAA 4X9SA 5GVJA 1IIHA 1G67A 1UBSA 3S5OA 2JGQA 3WJWA 2GOUA 3FYOA 4RX0A 2Z1BA 3S5YA 3KFTA 4UFKA 3W7HA 1R47A 3E0IA 5FF2A 2Y61A 4ONVA 4OV9A 1S5VA 3TROA 3UWQA 3G1VA 1I2QA 5EMUA 1F6KA 5E93A 4HNUA 2QCEA 2C14A 4EF8A 4Y90A 5HQEA 3PY2A 3UYCA 2A85A 2ZQ0A 3C2VA 3HPZA 3TV8A 4EOUA 2PRHA 3EX1A 1F05A 3NQMA 4TMBA 1FDJA 4S2CA 3TUUA 3I68A 3SI9A 3EX6A 4RV8A 2CLKA 2H8ZA 2NXIA 5K4XA 1TSIA 3BW3A 2VC6A 4MYAA 2WSYA 1IF2A 3LTSA 2QCFA 3QW4B 1SFLA 1VPXA 3S8HA 4EVZA 1CW2A 3P62A 1VYPX 4GUGA 2QDGA 1XI3A 3N2XA 4K6AA 4JIQA 2E68A 2E1DA 3SECA 1HUVA 4YWIA 4FX8A 2CWNA 3PUEA 3PB2A 2J88A 4BI7A 1VRDA 4O10A 3NO5A 3W73A 3DI0A 5F1VA 3I7SA 3I7RA 2GVGA 2Q3RA 4N9CA 4AVFA 1IXQA 1JUEA 2CZFA 1T0OA 1GEQA 4UFMA 1TPEA 2YZRA 4O18A 2KZHA 1KV5A 3IIOA 1Y0EA 3CB8A 3I7QA 3VE7A 5KTLA 3HIJA 2Y63A 3DBPA 4OT7A 3E96A 2Y85A 2ZZ6A 1OFQA 2V2CA 3NQVA 5D30A 1DV7A 3JS3A 4JD4A 1I45A 1XL9A 3M0ZA 4ZQMA 4O1AA 4QNEA 3ZFHA 3CLMA 3E9AA 5EA9A 5IM51 4LVDA 3IVSA 3LB0A 3G0SA 5DCDA 3GXTA 2WO5A 1A50A 4ZQPA 2ATMA 2V81A 3STEA 4UR8A 3S5NA 1F5ZA 2NWRA 2C15A 3FEMA 5AFDA 1U5JA 2ALDA 1FWSA 1L2UA 1UUMA 3EX4A 1QCWA 4AWTA 1X6UA 1W3NA 3QPYA 4YL2A 1ZAIA 2WSRA 3W2KA 1GQNA 4ZQNA 3O05A 1KM6A 4UTHA 2Y7EA 3S9YA 3IGUA 1Z42A 2C1HA 3DFQA 3W1PA 4IWWA 2Y7GA 3SJ3A 2Y62A 3W07A 4JY9A 3W1MA 4IQLA 3UWZA 4CQ8A 2A6LA 3M5ZA 1VCGA 2QUTA 1I4NA 3S1UA 1GWJA 2H8XA 4WJEA 3HGJA 1RVGA 4K37A 5LNSA 4WY0F 5EYWA 4NNCA 4K39A 3GXPA 2FB3A 4ORMA 4Y8FA 2C3ZA 1QWGA 3GDMA 3FIGA 4WD0A 1AL7A 1EX5A 5AYYA 3B0VC 4JTJA 3LCHA 4JTKA 2C16A 4IOTA 4UTWC 4TU1A 4O0ZA 5CZSA 3PB0A 3EWBX 3W75A 2GVLA 1R2RA 3A23A 2YFNA 2DZSA 3HF3A 5H91A 1OFOA 4HIBA 3KOFA 4O1BA 4UNKA 3PG8A 1SU5A 1YXCA 3TA6A 3CC1A 2OT0A 1TYGA 1B4EA 1HFBA 1YTEA 3KXQA 4UTTA 4ZQOA 3W7OA 1SZFA 4DPPA 1LDCA 5D05A 1DVJA 4QAIA 3TQKA 1MSSA 3GYEA 3SFKA 2QJGA 2GPTA 4BF9A 4YLWA 1YTDA 5AHMA 3NQ6A 4FIRA 2X16A 1SW7A 2R14A 4UXDA 1WBHA 2A5HA 5DY3A 2YX0A 3LV5A 4JICA 3R89A 3RNDA 3AJXA 3L68A 4XBKA 1ICSA 3LX9A 1W54A 5CPMA 4AH7A 1K7FA 1WXJA 2DZXA 4AHPA 3FA5A 5BNKA 3CWNA 4LC8A 1FBAA 1AW5A 1O94A 4MOZA 1Q3NA 4X2RA 1GYNA 1P0NA 3THAA 4BR1A 3JRKA 4NU7A 2ZZ4A 5AHEA 2VEMA 1KFEA 1OFDA 2G95A 4CNNA 1KTCA 5LGXA 1ZAHA 4YMZA 3N14A 1IXOA 3H54A 1Q6OA 3W1UA 3WJXA 2I14A 4QISA 4TX9A 3W23A 3NQ2A 4LNYA 3TQ0A 3UQNA 4O57A 1QFEA 5DXYA 4MY8A 6TIMA 3M44A 3BLEA 4HKPA 1UJPA 1VCFA 2FIQA 3STGA 2HSAA 2AGKA 4QITA 3LXAA 3BG9A 1DQXA 4GXMA 4IMCA 4R33A 2GQ8A 4C1KA 4HT3A 2XN0A 3T7VA 4X3ZA 2NV1A 1ZFJA 4IMFA 2A6NA 3FFSA 3GDLA 1DJNA 5F2IA 3RLUA 3W1NA 1UASA 5DCEA 4GFSA 2Q3OA 5FEPA 4L4LA 4FXRA 2RDTA 3L66A 5C6MA 1PS9A 3W74A 1LOQA 4ADSA 1NAL1 3E02A 3NYZA 1RQHA 1F73A 5CPNA 3NAVA 1V5XA 3PBUA 3MP5A 3ATZA 4KKXA 1OF8A 4A29A 5HWJA 1H5YA 3L9CA 5HR7A 3LHTA 2CU0A 3N73A 3SY5A 2V2DA 4M6PA 4N2YA 2YXGA 1OVDA 4LV4A 1TREA 5LNUA 1TPFA 4A21A 1H7NA 2WKJA 3O8AA 3LCGA 4IXHA 3RLVA 4K8HA 4PL1A 1B4KA 1DJQA 3F03K 1PE1A 3NXFA 3S1XA 1IXNA 4G1KA 2PCQA 1F2JA 1FCQA 1K7XA 4NX5A 4HPJA 2YSWA 1O60A 4WZHA 2WV8A 4AHOA 3NM1A 2VFDA 1H62A 2DJLA 3MYOA 3HB9A 3LHVA 3PF3A 3W1RA 4OHQA 3C2RA 1UB3A 2DZPA 3KVLA 4A2SA 3GKFA 4Y6GA 1MZHA 4M6VA 3LRLA 4JTSA 4DBDA 2ZA2A 3TKFA 4KFNA 2X2GA 1DORA 4N9BA 3DFTA 3IVTA 4R34A 4FIQA 3TSDA 4HNTA 1NF7A 4Q4KA 1LP6A 4GUJA 4JX5A 3G3MA 3LCXA 3C3NA 2EAWA 1VLIA 4UTMA 4FO4A 4R53A 3W86A 2V8ZA 3P82A 3T4CA 4FEZA 4JX4A 5CZTA 2Q8LA 2QCHA 4MY9A 3NQ7A 2NUXA 4H3DA 2DZUA 2GQ9A 3M9YA 3ANYA 1OFBA 1A5BA 2Y70A 5FF4A 3LTPA 3TK7A 5KMYA 1Q6QA 5I3JA 5G4WA 3LTYA 4JEQA 1NEYA 1FQ0A 3L0GA 3TMLA 4RZ4A 2LLEA 3MI3A 5D09A 3LCFA 3KVKA 3V1PA 3DZ1A 3W84A 1A5CA 1HG3A 1XUZA 2I1OA 2QAFA 3GR8A 2IQTA 1UCWA 4M7SA 2CLIA 2NX1A 5F4SA 1PCKA 3B0PA 3BV4A 5H2ZA 4JXCA 1JCLA 1JCYA 3N19B 3BVJA 2GJLA 1KFKA 2H6RA 3ATYA 4KWVA 2A2IA 1QPQA 1XBXA 5I3FA 4HN4A 3MP4A 1WV2A 3KHJA 3CHVA 1ME9A 3KAOA 5C2XA 4MKNA 5J5RA 2FQIA 4ZZ9A 4OV4A 4CQAA 1OFRA 4ADTA 2FTPA 3ZWTA 4Z1BA 3GKAA 3T44A 1FWRA 1EEPA 3IIZA 5HJLA 3ZWSA 3DFOA 2J6XA 2QCGA 2BXVA 1XDLA 2V0TA 4O8RA 3WFAA 3C0JA 1YDVA 3MHGA 1P1XA 5LHFA 1WBJA 3PC0A 3U8GA 3W7DA 3N2MA 3H53A 3W7KA 4IX2A 5FF7A 1L6YA 3UPBA 1JUKA 3BG3A 4D2JA 1ONRA 1DQWA 4K7YA 1TPH1 1L9WA 5D37A 3B05A 4Z1CA 1WAUA 1YLVA 3O16A 3TX9A 1AG1O 1WX0A 2Y7DA 4JX6A 3S0CA 4KFOA 1FWTA 3SGUA 3L67A 4XTIA 2Z2UA 2ZZ5A 1FWNA 1X7FA 3WK3A 3NDOA 3CT7A 4O19A 3QMRA 5G2WA 1TJRA 1DOSA 1JRBA 1TQJA 4J9JA 4FNUA 3GLCA 3W1LA 4NT0A 3HBLA 3O06A 1G6CA 5K9DA 3EWXA 1KV8A 2RFGA 3AO0A 3CEUA 5I3KA 3N34A 4GRSA 1FWWA 4LUJA 2V9DA 1LRQA 1A53A 3DU0A 5AC6A 7TIMA 4UTUA 2QCLA 1M5WA 3M1ZA 4EIVA 1Q6LA 4LS2A 1LBMA 2R91A 4FX7A 2NUYA 2ZRWA 5FEWA 3LCIA 4LS1A 2F7FA 3VNDA 2QJIA 1JVNA 4NJHA 5D03A 2P1FA 2YYUA 4AWSA 3RF9A 5LSMA 2ZZ3A 3TC7A 2DZTA 3P80A 1TPWA 3PSVA 3Q94A 3L0KA 2VEKA 4JTIA 3M5YA 1Q6RA 1XC4A 4IMDA 2A0NA 5CSRA 1TTIA 1KM3A 3PS7A 4JNMA 1KM2A 3UY8A 2HMCA 5HUOA 5CKSA 1KM0A 1YXDA 5I3GA 5G2IA 3HGRA 1GOXA 4MLJA 2ISSA 1H7XA 1P0KA 2YW4A 3HPXA 2WJZA 3E12A 1AW2A 3TQVA 1QO5A 3BK0A 1YXYA 5A8GA 1VLWA 3R12A 5FEXA 1BWKA 5G5IA 1EWEA 1YYAA 1A5SA 3JR2A 3QYQA 4BI5A 3NPXA 4O1DA 5K9XA 1I2NA 2V5BA 4WXZA 2W6RA 2Y7FA 4TIMA 1GVQA 2YCEA 4U4MA 3DAQA 4FB7A 3G18A 4GWEA 2CZEA 3R2GA 2Q8ZA 3PWAA 4IPIA 4PA8A 4DQWA 4Q33A 2ZTKA 5F4WA 3DH7A 3KRZA 2B7PA 4UMAA 5FF0A 3LBCA 1KFCA 1SZEA 3A9IA 3B04A 1D3GA 1H7WA 3IIXA 3W7RA 3EXSA 2V2HA 3SR7A 1LBLA 1B3OA 3FKRA 2D73A 3IIVA 3TE9A 4OU1A 1ML1A 4BWLA 1TPDA 2ZZ1A 2W0UA 2G5WA 1MEIA 2O7QA 3OVPA 4BI6A 1ZALA 3VI2A 5K7JA 2ABBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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