1PL9 | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	284
structure length	272
Chain Sequence	MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of KDO8P synthase in its binary complex with substrate analog Z-FPEP rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
total genus	70
structure length	272
sequence length	284
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2003-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1pl9A00

1W37A 1NF7A 3HGRA 5G2HA 2Y62A 1XM3A 3EEGA 3BLFA 3N9SA 4IOTA 3QC3A 4LNYA 1GTEA 3DENA 2QDHA 2R91A 4POCA 3B4UA 1M7PA 4ONVA 1OFPA 3W9ZA 1X6UA 4WJEA 3LRKA 3TSBA 3BGGA 2Y63A 1KFLA 1GVQA 1K8YA 3B04A 5AYZA 1Y0EA 2C3ZA 1XUUA 2A2IA 4AWUA 4NNBA 1QO5A 5EY5A 2HTMA 1JCLA 1BWKA 1SZEA 5IM51 1SW0A 1AK5A 1TTPA 4JTSA 2JKAA 3BV4A 1KBJA 3LXBA 1I4NA 2TRSA 2GJLA 3C2RA 3PBYA 1LBLA 1TV5A 3U8GA 2E09A 3P61A 5I3HA 1TTJA 2XN2A 3GXNA 5CGQA 2TMDA 2CLOA 3M47A 1AW5A 1H63A 4O12A 1QNVA 2F84A 3IIVA 3M16A 4IMCA 3MJYA 1B9BA 2V0TA 3QQ1A 4RJEA 2AQWA 5HJLA 1EPXA 3R8RA 4UTHA 2WNQA 3LERA 1K7EA 1FX6A 4EF8A 5K7JA 1FDJA 3TW7A 4AMAA 1MSSA 2ZZ7A 3LI1A 5AHFA 2CZDA 5KZDA 3CQ0A 2OJPA 5F4SA 4TO8A 5FF0A 3MYOA 4ADSA 1QMLA 3R2GA 2Y6ZA 3EXRA 4I7VA 1F05A 4QITA 4CCCA 3RLVA 3SR7A 3BW3A 3W1PA 5ABTA 3W7QA 2A21A 3HPXA 5AHIA 3S5NA 2WOQA 5D38A 2HS8A 4Z1DA 3FYOA 4HT3A 1VCVA 1WAUA 4JDBA 1EP2A 1T99A 2NX1A 1O60A 4NX0A 1IIGA 1JJKA 3W3OA 3NNTA 1THFD 2ZA2A 3LHYA 4UFJA 3T4CA 4AWSA 1NVMA 3N2MA 4DBDA 3G3MA 2PRHA 3SIZA 2J6XA 3EKZA 4O1AA 1KM5A 1EEPA 1JULA 3LCXA 5FF3A 4ALDA 1JCMP 3OVQA 4IX2A 3RFAA 1LBFA 1Z44A 1OYAA 3G0SA 3PG8A 4AVFA 3FJLA 4IMDA 3W22A 5F2MA 1GWJA 4NVTA 4NJIA 1K02A 3NL3A 3JR2A 5CG7A 4DO6A 1VHNA 4YL2A 3CM4A 4UTIA 4JN6A 4PC8A 5I3KA 4O0KA 3LI0A 1NEYA 2V5BA 3NAVA 3DH7A 4RKAA 4O53A 1P0KA 1TPVA 1QOQA 1VC4A 1QDSA 3EWWA 3MI6A 1W31A 5CZTA 3W2UA 3UY7A 2NWRA 3T78A 5AC6A 4GWEA 4QM1A 2Y7GA 3O6CA 2QAFA 1EX5A 1RZMA 1L6SA 2NXIA 2FJKA 4DPPA 3PUOA 4IQLA 3GLCA 2B4GA 1SFJA 3N14A 2CWNA 3HGJA 5AHNA 1EUNA 3WK3A 4IMEA 3HG2A 4XWUA 5G4WA 2QUVA 1C8VA 1OHLA 1D3HA 1M6JA 4RXFA 3FEMA 3M5XA 4ZVJA 3W70A 4H6KA 4FNPA 2AGKA 1DJNA 2CLIA 3NPUA 3LHZA 1TQXA 4NZJA 2TPSA 1GVSA 2DZWA 3PUDA 4K38A 4RR4A 3PC0A 3C8FA 4K6AA 4WXYA 4HSOA 2QJGA 4X22A 1OVDA 3C2OA 1YXDA 4UMAA 2YFNA 1S3HA 4K39A 3SI9A 4FXSA 3NZ1A 2ZA1A 3LM7A 4NUWA 2H8XA 5G4EA 4LVGA 1WXJA 1VCGA 3S5ZA 4AHQA 3SGZA 2VFDA 3L0GA 2C13A 4BI7A 1ADOA 2V81A 4GUFA 1FQ0A 5HR6A 2H6RA 4JY8A 5DY2A 5T26A 3E02A 1XBVA 4N2YA 3PBWA 4YXGA 4ICNA 3P74A 4Y8FA 3NQ7A 1WA3A 2DZPA 2J9YA 2OT1A 3MMTA 4H3DA 2QCDB 3G8RA 4WY0F 4O54A 2A4AA 3G22A 5D2TA 3DFPA 2DJXA 4NJHA 4JX5A 4I7UA 1VJIA 2VOMA 1IXPA 1FCUA 5LGZA 3UY8A 3M44A 5LSMA 3S1UA 1LBMA 1YDNA 2WO5A 5F1VA 3BPWA 3KRZA 2ZA3A 5SWUA 1L2UA 1DORA 4RCXA 3TROA 3TU9A 5EPDA 1RR2A 1VYRA 1DHPA 3L21A 4OE7A 4IGHA 1LOLA 1QCWA 2H3DA 2G97A 3M1ZA 1ZALA 1U5JA 5CPNA 1QOPA 3LGEA 4NJKA 4YCOA 3MI3A 3CB8A 3MWAA 1PIIA 3LHWA 4R34A 3MP3A 3P80A 2DU2A 3CTLA 2FFCA 2YSWA 1JR1A 2NV2A 3Q94A 1AW1A 4MOZA 1JCNA 3N9RA 4RZ6A 3MYPA 3IVUA 1UJPA 3L5AA 3P81A 5FI8A 2VENA 3DKLA 4L4MA 4JTGA 4QSHA 3G1SA 3S5YA 3W7DA 3DFQA 5G2WA 3LBMA 3M5VA 5LNVA 2VC6A 2RH9A 5I3FA 3L65A 3RK8A 3GDMA 3TQVA 4C1LA 3M5ZA 2YDAA 3HIJA 3P8JA 4IJBA 1LLZA 3GB6A 5G2IA 1SUXA 3O1NA 2R8WA 4O28A 5DELA 2QR6A 2W6RA 2HS6A 2OCZA 3GDTA 3W7OA 4BK9A 3ABOA 1G6CA 3C56A 5CPMA 1FXQA 4Y9AA 1MZHA 3LRMA 3KVJA 2GQAA 3TV8A 3DFSA 1MO0A 5DCEA 2CLFA 1SU5A 1HFBA 3NQEA 2EGZA 2J9ZA 2QUTA 1ML1A 5DCDA 4MZ8A 1LROA 1HTIA 3STEA 2DZVA 1FXPA 4MLJA 5AYYA 4JXCA 1GVOA 1I2NA 4UTJA 5CKSA 4XBSA 3KVMA 2A7NA 3W2MA 2H8ZA 4TU1A 1YDVA 2CLHA 3UXDA 3PSWA 4LOCA 4NZFA 3Q2DA 1VPXA 1H61A 3L0NA 3GKAA 1GOXA 3TIMA 1XUZA 4O16A 3ANYA 1FWRA 2E6YA 3NQGA 4WQ6A 1XXXA 3P67A 1A53A 3L5MA 2D73A 2E5BA 2J27A 2C1HA 3S9YA 3O05A 4ZQOA 4JTTA 3C2FA 1UASA 3HF3A 4N9EA 3NQVA 1Q3NA 1TPH1 3W76A 4O0ZA 5G1YA 2PCQA 3GDLA 4PODA 2R14A 1I2QA 3W1AA 4ZQPA 3IGUA 3TMQA 1OFEA 4E2DA 4LU0A 3LTSA 2QDGA 5AC8A 3S1XA 2Y7FA 4HKPA 1B3OA 5DN1A 3GZ3A 4NXKA 2P1FA 3R12A 1FDZA 3W1XA 3UWWA 1S5WA 1SR9A 3VI2A 3W2JA 1KM2A 4GUIA 2X1UA 3R89A 4MY1A 2ALDA 1R2RA 1L6WA 1W5PA 1BKSA 4MZYA 3S1VA 4TR9A 3NQ6A 5KSWA 1I2RA 2ZQ0A 1H1ZA 2J24A 3PF3A 1TPB1 2CLMA 3OBKA 2VKZG 4UTUA 2P0OA 1VCFA 3M7WA 1KV8A 3IIZA 3LV5A 3BG3A 2ZRUA 5LGXA 2QCNA 3WFAA 5GVJA 3B05A 2A1YA 5H91A 1RVGA 1P4CA 1V7YA 2NUXA 1EA0A 2RDTA 2ZYFA 4MLRA 4O10A 4DO4A 2CZEA 3QMSA 2WPBA 3W7NA 5FEXA 1RQHA 4A21A 1YXYA 3LHTA 3TA6A 4RK8A 1A50A 5FEZA 1F5ZA 1WBJA 2FTPA 3PBUA 1OK6A 1WX0A 3IIXA 5HWMA 1KV5A 1VLIA 3D0CA 5BW6A 2Z6IA 3MHGA 2QCDA 4WD0A 5HULA 4AHOA 4K7VA 3KXQA 1KLYA 1C29A 1TJPA 5LHEA 4N6EA 2WQPA 2CLEA 4A2SA 5HR7A 3GXTA 4RLIA 3BLEA 5FF7A 3O15A 3MP4A 3O06A 2PRLA 3JS3A 2VEKA 3TFCA 2BSLA 2A5HA 1KM1A 1ZAIA 1F7BA 3O07A 3ZWTA 2NXHA 4JIQA 4TMCA 4MYXA 3C2EA 3TC7A 4CQ8A 3W7KA 3T44A 3TCEA 1GVRA 1UBSA 4MPQA 1HO1A 5D37A 4GJ1A 1GVFA 2ZRVA 2G96A 3VE7A 1FBAA 4A2RA 4UTMA 2EF9A 3QSRA 4ZQCA 2VELA 5DBTA 1TB3A 1V5XA 5AYXA 1S5VA 1PS9A 2V5LA 2W0UA 3PY2A 4JDYA 2Y89A 2C19A 1FUYA 2F7FA 4AF0B 5C54A 1SSGA 2V8ZA 3RF9A 3H53A 4JX4A 1KFEA 2A7RA 4MFDA 4UUIA 1I8JA 1GZGA 4B5NA 2ZZ6A 3O63A 3LB0A 1J5TA 2W79A 2ABAA 2RKXA 4LY8A 1F73A 1TTIA 3W23A 2PC4A 2HMCA 4FO4A 4AAJA 4MY8A 3CHVA 1J2WA 2X1RA 3I65A 4O17A 1PE1A 1FCQA 2JKEA 4AXKA 1Z41A 2GQ8A 1TJRA 4O8RA 3TSDA 3G1HA 1FDYA 3O6DA 3EX3A 1DQWA 1QPRA 3CEPA 1GEQA 4N9DA 3SSJA 5DBUA 2NUWA 3OA3A 3NPXA 5I3JA 3C61A 1LZOA 1DBTA 1O5KA 3IIPA 4N9CA 1RPXA 1XDMA 3S6DA 1W3TA 3A5FA 3V1PA 3W7EA 1W5QA 5DY3A 4KFOA 4JTHA 4AWTA 2GOUA 4XKYA 2BTMA 3O6YX 3STGA 5D05A 2C15A 3A23A 4UFMA 3KRUA 4JR5A 2FB3A 5AB3A 1QAPA 3I6RA 2I1OA 5DLCA 3BW2A 1YXCA 1TPUA 4IUOA 2QCFA 3TX9A 1A5CA 1FWWA 5AN7A 3QPYA 4O19A 3SW6A 2NX3A 4X9SA 3NM1A 1G7UA 4E38A 2CW6A 5FEPA 3P8IA 4TX9A 5EKYA 3LOTA 5LNUA 2OZ0A 2C14A 1G69A 4K36A 4JTUA 2ZTJA 3G0XA 1GG0A 3DHFA 3W7JA 1H7NA 2JGYA 4JTFA 4AHPA 2OT0A 2ZFAA 3TFXA 4QQ3A 1JVNA 1UB3A 1D3GA 4Y96A 4ML9A 1TPC1 1SSDA 3TAKA 3DZ1A 5HQEA 4IMGA 2X1SA 5I3GA 1U83A 3ZS4A 4Z1CA 1QR7A 5EYWA 4UR7A 1UUMA 5BOOA 2XFWA 2NUYA 2WJZA 1GQNA 1AW2A 2ZZ2A 2QCEA 2E6AA 1GJPA 2Q3RA 3PS7A 1ZCOA 2A7PA 4M6QA 4JY9A 5EMUA 3QM3A 3GAKA 3IGXA 1AL8A 3EX6A 3L67A 2V2CA 3HB9A 3DU0A 3W1TA 1S5TA 3DAQA 1VRDA 2FPTA 3LHUA 1TTQA 3LBCA 3UQNA 1VH7A 3RU6A 1K8ZA 5C5YA 5CPOA 3QW3A 5D04C 1XBYA 3ABRA 2NZLA 1ZHAA 2C18A 3P5ZA 3EB2A 1W0MA 1EP1A 3NL6A 1TV7A 2JKPA 1TPWA 3PB0A 1OFQA 1ZY9A 2QEZA 3CWOX 5CPLA 5LNSA 5BRBA 2QJHA 3W83A 5CZ0A 1W5MA 3HOJA 1X7FA 4IPJA 3C6CA 1VLWA 3HGSA 3NL5A 3M41A 1YADA 3GK0A 3GDRA 2Y88A 4WX2A 4E2BA 3LLDA 1OF6A 1TO3A 5C55A 2GJNA 2FLIA 3A9IA 2FIQA 2QAPA 1ONRA 3OIXA 1T96A 3VCRA 2QF7A 2QCHA 4LVFA 1R30A 3MBFA 4GE8A 3FFSA 3UWYA 3BGJA 1RD5A 3TJXA 1O95A 1AMKA 4M7SA 2ZZ1A 5L9FA 2CZFA 3GNDA 3WJSA 1QFEA 1H7OA 1L6YA 1KA9F 3B0VC 2B7NA 4NXSA 1ZAHA 3NM3A 3QZEA 4FNTA 1KTNA 3LCWA 4O4WA 4BI6A 3W1UA 2DP3A 1YDOA 1LRTA 4UFKA 4OQVA 2R94A 1SO6A 4UXDA 2DORA 1LP6A 4M7TA 5HINA 4UTWA 3FJ6A 1OFDA 3B03A 2WSYA 3L68A 3LTYA 4MVAA 2B7PA 3S5OA 4GBUA 3TW6A 5LNRA 4GXMA 4EF9A 3NDOA 4EVZA 4LWWA 2B7QA 3NGJA 5H2ZA 1LRQA 3M6YA 3FYPA 2CZ5A 1EIXA 2E6FA 3LX9A 3W1NA 2VEMA 4FEZA 3E96A 3S1WA 1SW7A 4ADTA 4BWLC 1KBIA 2J88A 1SZGA 3MUXA 5F2IA 1O4UA 2FQIA 4AF0A 4JD4A 4KWWA 1X1OA 4MZ1A 3W1MA 3UYCA 4R33A 2GVGA 1WYIA 3TNOA 1G7VA 3GAYA 1I2OA 1LTDA 3RNDA 3QEZA 1Q6RA 4MY9A 2YW4A 4BF9A 4DO5A 3EXSA 3F4WA 1WOBA 4ZL1A 3ABQA 4LVBA 4EIVA 3P5YA 2CLKA 3H54A 4GRSA 4PA8A 4XZ9A 3B0PA 3GDKA 2EKCA 1JUEA 3HGOA 2JBMA 1DVJA 2BX7A 3O8AA 6TIMA 4X3ZA 1FCVA 3BO9A 4FX8A 2YR1A 5FF4A 4GUJA 3DGRA 1YLVA 2ZZ3A 3OHIA 4JX6A 2Y7DA 1OYBA 1PL9A 2QCCA 2X2GA 5E0KA 1VR6A 3KVKA 4FIRA 4LC6A 5KTLA 3IEBA 3NQDA 2YXGA 5AHLA 3DKJA 3LCLA 1SZNA 4UTKA 1OFAA 3KRSA 1OFOA 1R47A 2A85A 1P0NA 2FB2A 4QIUA 1SO3A 3LXAA 4JTLA 4XUGA 4LS0A 3TC6A 4C1KA 3LCHA 3BW4A 4GC4A 4CQ9A 3FKRA 3DFTA 3LHVA 3TR2A 2Y61A 3WJYA 4HNNA 3W7GA 3KOFA 3O16A 1AG1O 2WV8A 3K30A 3OG3A 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4K8EA 5AOUA 1ICSA 3MHUA 5BMWA 1WDWA 2CFFA 3GXPA 3LV6A 1YPIA 3MI2A 4HN4A 1CX9A 2ISWA 4KFNA 3OVRA 2X1TA 3UPBA 1RV8A 4LRTA 3CLMA 3INPA 3G1VA 3W7RA 1BTMA 1FY6A 4OHQA 3USBA 1RQEA 4OGZA 2RDWA 4OV4A 3SJ3A 2ATMA 3A21A 5HWJA 5U7SA 4ADUA 2I14A 2JGQA 3IVSA 1ZJIA 3LCGA 4LV4A 2PRMA 1ZFJA 3HO8A 1KM6A 5EL1A 3SGUA 1QO2A 3W86A 1YTKA 4LUIA 4LVDA 3QRHA 3LCIA 1AL7A 1G4TA 3HG3A 5CZSA 1KM4A 4JYDA 1Z48A 3M5YA 2NXGA 3CT7A 1MEWA 3IVTA 3W84A 2Z0IA 2Z6JA 2OMAA 3N19B 3G1DA 4TIMA 1IXQA 1OX5A 4XTDA 1KM3A 1B57A 3G1AA 2VXNA 3TQ0A 1NAL1 3I7QA 3HBLA 3DI1A 3NO5A 4TMBA 4ZZ9A 2Q8LA 2UV8G 4RXGA 1TIMA 2V2DA 1T8XA 1G4PA 2FPVA 3W72A 3STFA 4N02A 3THAA 4M6VA 1JRBA 3L66A 4PL2A 4RX0A 1PHWA 3M9YA 3PBVA 4R53A 3W07A 3B06A 2Z2UA 1YPFA 2VEIA 3STCA 2DZUA 4UMCA 3IGSA 3PULA 3L5LA 3UWQA 3TH6A 3QJAA 1PCWA 3W74A 3W71A 5CSRA 1P5BA 4MIMA 4DF2A 4UFLA 3WJXA 2BWGA 2C0AA 4OU1A 1JCXA 1QPQA 1FWNA 3P7YA 3KVLA 4FNUA 4CCDA 4G1KA 3SFKA 1GPWA 3FOKA 2KZHA 4WXZA 3W7LA 5FF2A 4BWLA 4NX5A 3HPSA 2X16A 4NT0A 4IWWA 3B8DA 3CEUA 3F4NA 1XKYA 2Y85A 4MKNA 4WOZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1PL9A

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