1WDQA

The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
493
structure length
493
Chain Sequence
SDSNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFVCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
publication title Structural analysis of threonine 342 mutants of soybean beta-amylase: role of a conformational change of the inner loop in the catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-amylase
total genus 185
structure length 493
sequence length 493
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2004-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1wdqA00
4UTFA 3G6MA 2E0PA 1JZ8A 1HJQA 2PB1A 2VCBA 3ZR6A 1HNYA 1H4PA 3FHQA 1TUXA 2JIEA 5HXMA 1VJSA 4OIFA 4U2ZA 1R8LA 1XV8A 3AICA 4R27A 5EFFA 4ZE5A 2WHLA 3MU7A 1DWIM 1DP0A 2OYMA 4Y7EA 1F4AA 3AIQA 4PRWA 4CN1A 1OINA 1OGBA 1W9BM 1GHSA 4W85A 2VUYA 4JAWA 1CLXA 4F9DA 5A8PA 5JIPA 3FXYA 2VR5A 2XFYA 4PMZA 4HMEA 3FNDA 3ZMRA 3T0BA 3ECQA 1W3KA 5E0FA 5M5DA 4GI9A 1ZBVA 2FGZA 4MNKA 2EPLX 1US2A 4J3TA 2X05A 3FAWA 1C90A 4HZ6A 1JGIA 3RMEA 1DWAM 2WVTA 1TE1A 2WMKA 3GNRA 4PMNA 3SUUA 4CGTA 3CZKA 7TAAA 3OA5A 1Q6CA 3GDBA 1X6NA 1UQYA 3DYPA 4J28A 2GK1B 2EJ1A 4GQRA 2EQDA 2PWGA 2WPGA 4P7OA 1MVYA 4E2OA 3VD7A 2PBOA 1ZS2A 1GJWA 4Q22A 4P8UA 9CGTA 4HU0A 2BNJA 3AIRA 2RGMA 2UWFA 2B31A 3E1F1 4PUEA 2W66A 3WL1A 3W38A 2DSWA 2BFGA 5I5RA 1RPKA 2DGAA 1E6RA 4HOWA 4MJ2A 1HJVA 1CEOA 4B9ZA 5I0DA 3WNOA 2EPOA 2O92A 1J12A 4W8BA 2AMGA 5M3WA 1ZL1A 3ALFA 3UR8A 3WEZA 4AYSA 3QOKA 3K4AA 2VX5A 2DIEA 2EXOA 3AS2A 4D71A 3AJ7A 1JFHA 3PZGA 1JYNA 2GDVA 3MV11 4ATLA 3CHCA 3ALGA 4HOZA 5A6JA 3WEMA 4U5IA 4H04A 2YDQA 5CJ5A 4PMUA 3M6DA 1JD9A 5FIPA 3W82A 4M1RA 3SCRA 1C8QA 1R7AA 2X0YA 1JDCA 1MW1A 1CWYA 2XJ7A 1CXIA 4DWSC 1HJXA 4HA4A 2ZXBA 2VZSA 4JL2A 3WFLA 4EK7A 4C7DA 3ARUA 2VJXA 3AMDA 4GKLA 2G3NA 3AYSA 1BYAA 4E4PA 2WMIB 3VILA 3EYPA 3CHFA 3LPOA 4OOZA 2ZXQA 3AHXA 1UD4A 2XTKA 4AD2A 4F9JA 2X0HA 4MTVA 2V5CA 3AROA 3MO4A 1LG1A 2E40A 4JIEA 4JL1A 4WF7A 1PX4A 5M17A 1N82A 1K9DA 3VIMA 1E0WA 2C7FA 1V08A 3AIUA 4CD5A 3SUTA 1H09A 1HL9A 4XZWA 1V3MA 2WHJA 2Y24A 1ZBWA 1AQMA 4RE4A 3F5LA 1R85A 1CBGA 4J27A 1E43A 2J74A 1WZAA 1JZ4A 3RJXA 2G41A 3VIHA 1HVXA 4DUVA 3KL0A 1UQZA 1HP5A 4JFUA 4Z2IA 1V0LA 1E56A 1WPCA 4BA0A 3VDAA 4QCEA 3SEPA 8A3HA 3AI0A 3N9KA 1B3VA 3U57A 1RH9A 1X1NA 3SIMA 1JNEA 1B3WA 3VIPA 1UG6A 3PZTA 1WDSA 4GZJA 1PPIA 2WXDM 2XVPA 4ZXLA 3ZT6A 4V27A 1W1YA 1V02A 2XFRA 3O6AA 2E3ZA 2VO5A 1TMQA 2WCAA 4EKJA 2ZWZA 1GOMA 2XWDA 1UYQA 1GONA 3TONA 3J7HA 1Q4NX 1TCMA 2XHYA 4B16A 1V3KA 2JIWA 3PZQA 4AD1A 3W24A 3WQ8A 2WMGA 3U5UA 3GYCA 4LXFA 5CLTA 2J62A 1JAEA 2Z1SA 2W92A 2VURA 2Y8KA 3ZSSA 2D3NA 2WVUA 1H41A 4GZEA 4TOQA 4UFMA 1JAKA 4FLOA 3VGDA 1JYXA 4FMVA 3WUGA 1MW3A 3WQ4A 1E3ZA 3L4TA 1WNOA 3VGEA 5A6LA 2WLZA 3GXFA 1XH1A 4CVWA 4XUYA 2BY3A 3CPUA 2NT1A 2ZUWA 4DM2A 2O9OA 2CHNA 2YL9A 1W1VA 4J7RA 5A8QA 5IFTA 4PMQA 5EFDA 5I6SA 4X0VA 4PBGA 3U7VA 3GH5A 3A3HA 1ISWA 1UH4A 4P7QA 1UR8A 2CNCA 4PMOA 3WF4A 1G94A 5A6MA 1UD5A 3O2LA 3L4WA 1G0CA 4GO9A 4EANA 3MMDA 1QBBA 2YLAA 3OLEA 1PAMA 3WBAA 2DPEA 4UCFA 1E6ZA 3DECA 3VM5A 1JI1A 3WF0A 1V0NA 1GOWA 1AQ0A 4IISA 4MPKA 5D9NA 1E1EA 3MUIA 1UR4A 1WE5A 1UR9A 3UG5A 4A3HA 1Z32X 4FLSA 4PMYA 3CMGA 4LX4A 1V6XA 2W5FA 1EO7A 5EMYA 2CXGA 3PBGA 1Y7VA 1B1YA 4KRUA 3W6LA 2WCGA 3WH6A 1UKOA 2A3HA 5AC4A 4UQCA 2XVLA 1H11A 2ZX5A 2D0HA 1QHPA 4BQ2A 4QLKA 1V3HA 3WQ5A 4U3AA 1PZ2A 1JYVA 1GUVA 3RM9A 5A3HA 3AHVA 3AS1A 1UKSA 2OYKA 4AZHA 1ISXA 1QNSA 4H41A 1E15A 3PHAA 3VTRA 2ZE0A 1E4MM 1J01A 4IPLA 4HP5A 2VZVA 1VBRA 2V3DA 2VRQA 3EBVA 4NRRA 1ISZA 1WDRA 1OWQA 3BMVA 4K68A 4RE3A 5FKYA 3OIHA 4B3LA 2W61A 3WQ6A 4KGLA 4AIOA 5C70A 1CXKA 4JZ5A 1D3CA 3TTQA 2A3BA 1PZ3A 4W5ZA 5A94A 4CD8A 2QV4A 3A6OA 1FOBA 3QR3A 4JFTA 1YHTA 1JYWA 2J7DA 5A6BD 2WB5A 1XD0A 4X9YA 1JIBA 2WMJA 3D5HA 3EDFA 3UESA 3W4RA 3KZSA 1B0IA 1B31A 2J7EA 2ZXDA 1UZ1A 1WAWA 1CYGA 5A69A 2JALA 4KGJA 4F8XA 2GJPA 3I3BA 2W4XA 4BZYA 1KBKA 4OUEA 3IANA 3W37A 1BGGA 3GH7A 5ABEA 4XX6A 2FDMA 3AMCA 1MXGA 2PWHA 1Q6DA 1UWIA 4JKKA 1F4HA 2WNWA 3ZM8A 3CHDA 3WH9A 3T2QA 3VMNA 3VIJA 1ECEA 8CGTA 3VGBA 2WHKA 3POCA 1NOUA 1KQZA 2QLYA 4J3WA 4WKHA 5BRPA 4P8WA 1VEPA 3WF2A 4AD4A 4HPGA 1KXTA 1JL8A 3LPPA 1CXLA 3WSUA 2EEXA 4D1JA 3CMJA 2XUCA 4L4PA 2AOSA 3TP4A 3WF3A 4CN4A 4TX6A 3VDHA 3IAQA 2FH6A 2QHAA 2DSUA 1NH6A 3AIEA 3MUAA 2ZX6A 2VMFA 1UKPA 1XGZA 3CUFA 2VZOA 4XB3A 4XV0A 1E1FA 1EDQA 1YQ2A 3EDDA 4PTVA 2X1IA 1ISYA 3NYDA 1FP8A 3PZOA 1EHAA 3GTNA 1KXHA 1GPFA 5D9OA 1GCYA 2WC4A 3I3DA 3M46A 1C8XA 3OLGA 3APGA 2OWCA 1WZMA 1M01A 5A6SA 1GVYA 3F5JA 4YPJA 1BTCA 4S3KA 1CXFA 2DSVA 4LQ1A 4AMCA 2YL8A 5DT7A 4AZ7A 3SCUA 2FHFA 2OSWA 3NJ3A 5AC5A 5BCAA 3BH4A 1E40A 1IT0A 4W86A 2W63A 1S46A 3FN9A 2WHMA 1G5AA 4HMDA 2CBIA 3WY1A 3ARYA 3BCFA 1NP0A 5I2UA 4KMQA 3WQVA 4DUWA 2BVDA 3BAIA 3WD1A 1E4IA 1I75A 4MB3A 4HA1A 2WAGA 3HJEA 1KGXA 4W8AA 3ARVA 3ZJ7A 2CBVA 5LA2A 3L2LA 3VKKA 1HKMA 1DWFM 3L2MA 3PZ9A 1NM9A 1HJWA 1JDAA 1BG4A 1V3LA 4AXNA 3MMWA 1NOWA 6TAAA 2VVSA 3GXDA 4D6FA 1K6AA 2BY1A 3TTSA 3IJ9A 1TA3A 4PSRA 4IUGA 3WUFA 5CQ1A 2A3EA 4BCEA 2BVTA 1KBBA 4GPNA 1VENA 4Z2GA 2WYSA 3AOFA 2WKGA 4W84A 5I78A 3AIWA 2BHYA 2IUZA 2WMFA 2ZIDA 1FP9A 5HPCA 4CD7A 4AW7A 3RM8A 2C8NA 4WSJA 1BF2A 1EOKA 1U33A 7CGTA 1SFSA 3LMYA 1CNVA 3MUZ1 1FHDA 5DO8A 4FF5A 4JHZA 3POHA 1V6YA 1IV8A 1CGUA 1KCLA 5E0CA 1JFXA 2VTFA 1GOOA 1C92A 4JHOA 2WC3A 1XH0A 3A4AA 1BYDA 3K46A 3CZLA 3N13A 3WENA 1W9VA 1J10A 1E0XA 4TVCA 4U31A 4U2YA 1C3FA 3RPMA 3W26A 4TTGA 1VFMA 1QVBA 1HVQA 1VAHA 4M80A 4MDPA 3AMGA 4OKDA 1EO5A 3CHEA 4XZBA 3T08A 1UWUA 3BAXA 1JZ2A 2J25A 4OJYA 2WBGA 5FL0A 1VB9A 1EIBA 3AMLA 3QHNA 4AWEA 3W25A 1R87A 1BLIA 2XVGA 3OGRA 2VVNA 5FL1A 1EQCA 2OWWA 1BVNP 2J7FA 2XPKA 3WNPA 2CPUA 3WDHA 2UY5A 5E6ZA 4PEEA 2WWDA 5GNYA 1QNRA 1E9LA 3BXWA 2O9RA 1FFRA 4R5EA 4B15A 4YHGA 3K8MA 3AS3A 4D6HA 3EMCA 3EDEA 2XG9A 4UQ9A 2DQXA 4PYSA 1EDTA 2Z1KA 1E4NA 5BYWA 3KL3A 6CGTA 4MAZA 4W89A 1ODUA 1JI2A 1H5VA 3AFBA 3ARSA 2WSKA 1JXJA 3TA9A 3WL0A 1W2VA 3FHAA 1V03A 2YOCA 6A3HA 4UFJA 1KR1A 3BSGA 1EQPA 2VX6A 4QP0A 2UY2A 3ZT7A 4Z2HA 1GOIA 4IPNB 1Q6EA 3N04A 1JZ7A 4AZGA 2JEPA 3W28A 4AIUA 2GSJA 1NP2A 1H1NA 2CEQA 4CD4A 1VIWA 4JCLA 2DEPA 2E8YA 1V6VA 4Z2LA 3VD9A 1HN1A 1H0GA 4MADA 2E9LA 4UZSA 3VDBA 3AYRA 2XIBA 4AZ6A 3AS0A 3VVGA 5D9PA 4E8CA 3SCQA 1OGSA 4P8XA 4N42A 1WKYA 2BY2A 4U33A 4WKAA 4BF7A 1GQKA 2PWFA 1L8NA 4P7NA 4H8VA 5GNZA 4PUDA 1WDPA 3L4YA 2RGLA 3SUSA 1VEOA 1E6XM 5I23A 1UWSA 1B3YA 2OSXA 1P6WA 5KZ6A 5HNNA 2F2HA 4GI6A 3A4WA 3ARWA 1HL8A 5C8BB 1Q6GA 4LPCA 2J7CA 2PBGA 3WMCA 2VX4A 3AIVA 4ACZA 3THDA 3MUY1 4J3SA 1XYFA 1B30A 5FCZA 3B9EA 3EMZA 4ZENA 2BY0A 5JBDA 2EPNA 1GORA 1LG2A 4GZIA 3THCA 5F7UA 1XSJA 2YA0A 3WUEA 4H8UA 1GW1A 2WLYA 1KQYA 5IFPA 1FA2A 2O9PA 4ML4A 3CUGA 1HXJA 4DM1A 3II1A 2BXZA 2YJQA 4CKQA 3ARQA 4J3VA 3VGFA 1E5JA 2CITA 1TFVA 4JFWA 1QPKA 1KGUA 3ZO9A 1CPUA 5IDIA 4CN6A 3QHMA 2UY4A 2YL6A 1CENA 2XWEA 1I1XA 3AZRA 4U3CA 1E71M 2G3MA 3CUIA 1WCGA 2XGIA 1MQPA 1KB3A 1K9FA 5HDRA 4MJ4A 2ESCA 5I77A 3UCQA 4BQ4A 4NSBA 2GJXA 1DEDA 3CZGA 3PZUA 2CESA 4AD5A 3VMOA 1GOKA 1PBGA 4MNMA 4D6CA 1G01A 3K1DA 2CETA 3BAWA 4DWSD 1UA7A 1PEZA 2J75A 1TA3B 4PCTA 3UEQA 1BVZA 2OSYA 3RJYA 3AHTA 5FOOA 4AZCA 1VBUA 1V6WA 3BGAA 5GQBA 1ESWA 4OBSA 3WN6A 2YLLA 1PX8A 1W9UA 4W93A 1W3HA 5D9MA 3AZSA 1DWGM 1XCXA 2EPKX 3ZJ6A 1E6QM 2XVNA 3LPGA 1OGGA 2Q8XA 1BGAA 2DIJA 5GPRA 4U5KA 3ZR5A 3VM7A 3OLDA 2D24A 4URIA 3WH5A 4M82A 1BSIA 3CUJA 1MXDA 2J79A 4M29A 4W7VA 1KWGA 3DHUA 3CLWA 3BLKA 4FLRA 2BV9A 1QI3A 3RDKA 2G8ZA 4HZ7A 1B3XA 5HPOA 1KFWA 4H7VA 3BCDA 2VX7A 1JNDA 1X6LA 1E6NA 3U7BA 1CGYA 1XC6A 2ZUSA 2CKSA 5A6BA 5JIWA 2MANA 1E5NA 4BQ5A 1JZ5A 1J18A 3VDCA 1PIGA 2VZUA 1OT1A 1LWHA 3ARTA 2WWCA 1WZLA 4PMXA 1QNOA 1KCKA 3MANA 2X2YA 4UFIA 4UOZA 1UH3A 1GQIA 3O9NA 1SYTA 4ATWA 2WKLA 2CKRA 1B90A 4OZOA 4AD3A 1ZJBA 1K9TA 1ZB5A 3B8SA 5CPTA 4NRSA 1OBAA 1UR2A 5DFAA 2DH3A 1G9HA 1VFFA 3OZOA 2D0GA 3WELA 1EHNA 5CXPA 4W7UA 1JD7A 1A3HA 3BSHA 2GJRA 1HF6A 5A8NA 4HA3A 3HU7A 1NWUA 2JF7A 1ZBKA 4UFLA 4GQQA 1MW2A 2J7BA 4PMRA 5ABHA 3PTMA 4W87A 3W81A 1QBAA 4J3XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UTF A;  3G6M A;  2E0P A;  1JZ8 A;  1HJQ A;  2PB1 A;  2VCB A;  3ZR6 A;  1HNY A;  1H4P A;  3FHQ A;  1TUX A;  2JIE A;  5HXM A;  1VJS A;  4OIF A;  4U2Z A;  1R8L A;  1XV8 A;  3AIC A;  4R27 A;  5EFF A;  4ZE5 A;  2WHL A;  3MU7 A;  1DWI M;  1DP0 A;  2OYM A;  4Y7E A;  1F4A A;  3AIQ A;  4PRW A;  4CN1 A;  1OIN A;  1OGB A;  1W9B M;  1GHS A;  4W85 A;  2VUY A;  4JAW A;  1CLX A;  4F9D A;  5A8P A;  5JIP A;  3FXY A;  2VR5 A;  2XFY A;  4PMZ A;  4HME A;  3FND A;  3ZMR A;  3T0B A;  3ECQ A;  1W3K A;  5E0F A;  5M5D A;  4GI9 A;  1ZBV A;  2FGZ A;  4MNK A;  2EPL X;  1US2 A;  4J3T A;  2X05 A;  3FAW A;  1C90 A;  4HZ6 A;  1JGI A;  3RME A;  1DWA M;  2WVT A;  1TE1 A;  2WMK A;  3GNR A;  4PMN A;  3SUU A;  4CGT A;  3CZK A;  7TAA A;  3OA5 A;  1Q6C A;  3GDB A;  1X6N A;  1UQY A;  3DYP A;  4J28 A;  2GK1 B;  2EJ1 A;  4GQR A;  2EQD A;  2PWG A;  2WPG A;  4P7O A;  1MVY A;  4E2O A;  3VD7 A;  2PBO A;  1ZS2 A;  1GJW A;  4Q22 A;  4P8U A;  9CGT A;  4HU0 A;  2BNJ A;  3AIR A;  2RGM A;  2UWF A;  2B31 A;  3E1F 1;  4PUE A;  2W66 A;  3WL1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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