3NQFA

Crystal structure of the mutant l123s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLSTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqfA00
4U4MA 3M47A 4BWLC 2OT0A 2D73A 4E0CA 1QAPA 1QOQA 3ZWSA 4M19A 3BG9A 1KBJA 1Q45A 3LHVA 3G24A 1LORA 4WQ6A 1SW7A 4UTMA 3C2RA 5HWJA 3IGXA 1EUAA 1OABA 2ISWA 1H7RA 2OCZA 3LLDA 3Q58A 1OFQA 3NQ2A 4FIRA 4R33A 5EYWA 3TXVA 3W7OA 3M5XA 4UXDA 1KFEA 3SI9A 3DXIA 3NXFA 3GXPA 4NX5A 4JEQA 4UMAA 1O4UA 2AGKA 3HG4A 3PBWA 3LBMA 4EIVA 3S5ZA 5F1UA 4N4QA 4WOQA 3PF3A 3PS7A 4CCDA 3HGSA 1R2TA 3C0JA 3NQEA 3IIVA 3S5NA 2QUUA 3NQ7A 3EWWA 4O8RA 1NFBA 1OJXA 4ZVJA 4O19A 2J24A 2ZZ7A 3NG3A 4A2RA 1G4TA 3D0CA 1LOLA 3NVTA 5HJLA 4B5NA 4UUIA 4AXKA 4ICNA 5FEZA 2FB2A 4NJGA 1RR2A 2QCLA 1OX4B 3L0KA 4PTNA 3YPIA 3RK8A 3O05A 3FKRA 5DCEA 2QJHA 4OU1A 4NJIA 5BMWA 3W7HA 4CNNA 1F7BA 1HG3A 4I7WA 1K7FA 2ZA1A 4A3UA 3L5MA 1H63A 3TNOA 4K38A 1ALDA 2BLEA 3SR7A 1X1OA 5AC7A 1YTDA 4O12A 3GLCA 2Z0IA 5HNRA 3O1NA 2H6RA 3W72A 2ZCGA 4L4MA 1RZMA 3KVLA 1N55A 1PS9A 2JBMA 3KVJA 5G1YA 1ZJIA 2GOUA 3TIMA 4OV4A 1OFDA 3G0SA 3GR8A 3S6DA 4K7VA 3ZWTA 4GFSA 1AW1A 4O28A 2QCNA 5D03A 2ZA2A 5C54A 4FX6M 1LOSA 2O7QA 1ME7A 1B57A 2A7NA 2ABAA 4QQ3A 4WZHA 1K02A 2ZZ4A 3UY7A 3S1XA 4ONVA 4LRTA 3DFSA 1LBFA 1LOQA 3UWWA 3W1RA 1AW5A 5I3KA 3T55A 1FXQA 1I4NA 4N6FA 4PEKA 3KRUA 1W56A 2QCMA 2C1HA 1TRIA 2J88A 3TSBA 5BOOA 1L9WA 1TREA 1VCGA 4WXZA 1F6PA 4XTIA 5KMYA 3F03K 2V8ZA 1VLWA 3TV8A 1YDOA 1ICQA 3HG3A 3SGUA 2Y6ZA 2J9ZA 3ZFHA 2GJLA 3E49A 3QMSA 4ORIA 4MIMA 5I3GA 2CU0A 1ICSA 3LXAA 1YPIA 2PCQA 1WX0A 3EWZA 3S1WA 3NZRA 4YLWA 1NF7A 3TAKA 3M7WA 3DFQA 4JYFA 1K7XA 2EPHA 3EX1A 3NEVA 4N9BA 4M6PA 1GVQA 1O60A 3HO8A 3MI6A 1EA0A 2BX7A 3QQ1A 4H4IA 4KFPA 3GYEA 1VGAA 1KFJA 3LRLA 4RXGA 1P4CA 1XBZA 4UIOA 3L0GA 3O6CA 5EL1A 1KW1A 4XWUA 3PSWA 1FX6A 4WY0A 1OFBA 5HWNA 2FLIA 1O95A 3LCLA 1VYSX 3KX6A 4FNSA 4LV4A 3C3NA 3LHTA 2FTPA 1L2UA 3MHGA 1FCUA 1WDWA 3S9YA 2X16A 5CGQA 1G7VA 3E0IA 3HG5A 4UFMA 4DF1A 1LM1A 3BLIA 4UFHA 5I3IA 1TRDA 4GUHA 4EVZA 2KZHA 3B03A 5F4XA 1VCVA 4PA8A 1IIGA 1UCWA 3NL3A 5KZDA 2W79A 1MXSA 4UTUA 3W73A 5AC6A 3SECA 3G3MA 3W7MA 2V0TA 3W7EA 1GYLA 2BSLA 2WQPA 1PVNA 3OVRA 1U83A 2C3ZA 3CB8A 5D33A 3PB0A 3C2OA 3G0UA 1YLVA 4JGDA 4BF9A 2WPBA 4JTHA 3WFAA 1X8FA 3GDTA 1TB3A 2OMAA 2QJIA 5D30A 3OEXA 2YZRA 4RR4A 2DZSA 4LC8A 4UNLA 5FF4A 3QM3A 2YSWA 1DJQA 4FEZA 1TV8A 4JY9A 1A5CA 1LDCA 3IV3A 3WK1A 4ZMGA 3UWYA 5HR7A 4LNYA 3EX4A 3WJSA 4MY1A 4E2DA 1D3HA 5U4NA 1FWRA 2LLEA 3HB9A 1O5XA 1OYCA 1DVJA 4IPIA 3DKJA 2F84A 4QNEA 1TPUA 5I3JA 1JCYA 3QZEA 3S5OA 3O15A 4HSOA 5G2WA 5LKYA 3PVFA 2QF7A 2Y7EA 4POCA 1S5WA 1QFEA 1PE1A 3HGJA 1TJRA 1QDSA 5FESA 4MZ1A 1K3UA 4Z1DA 2Y63A 3EB2A 4UCGA 3IIPA 4NNCA 1GZGA 2VC6A 4NNAA 5HULA 3ATYA 1GTHA 4IPJA 3A23A 1GVFA 5J5DA 5T26A 4QITA 3HIJA 5D2YA 3M0ZA 2V9DA 5CKSA 3L67A 3KFTA 3NQCA 3QJAA 3I7QA 3CQ0A 2A7RA 1C9DA 3S0CA 1LZOA 2QR6A 3RNDA 5BNKA 3FJLA 2G96A 3G22A 5E1QA 1GT8A 3ATZA 1GVOA 4CQ8A 3FOKA 2A2IA 5GVJA 4NJJA 2VXNA 5K2ZA 1H1ZA 4O1BA 4Y9AA 1TMHA 4IX0A 2RH9A 3S5YA 5BMXA 3BK0A 1DBTA 5G1TA 3KAOA 2V2CA 2WSQA 3W1AA 3V1PA 3BGJA 3O07A 2B7OA 4YWIA 3H53A 1BEUA 2VFEA 3TUUA 1W5QA 3LM7A 4BR1A 2QCCA 3TMLA 2AQWA 2FFCA 4JTKA 4CNPA 1QPOA 1ADOA 4FF7A 3T7VA 3FS2A 5IM51 3T44A 3BO9A 3WJZA 2CLHA 4UTHA 2TMDA 5F2MA 3GK0A 1YYAA 2ZRWA 4O52A 5FF2A 3E96A 4IMFA 4IMGA 1K03A 3NR0A 5D09A 3MW7A 1Z44A 4IQLA 4MVAA 1F6KA 2X2GA 3MHUA 3MI2A 4UTJA 4LUJA 1QPQA 3JS3A 3PY2A 1G6CA 3IEBA 1SZNA 3L0NA 1H7OA 3VI2A 1ZAIA 1SFJA 3T40A 2Q8ZA 1XC4A 2ZBTA 1OHLA 2JGYA 1FWWA 3LXBA 4MPQA 4ZQMA 3AJXA 3VE9A 4PCFA 2NX9A 3CIXA 3QH2A 1Z42A 4NT0A 1VCFA 3M44A 1Y0EA 2NWSA 1FWNA 3TW7A 4NUWA 4UFLA 2CZDA 4RX0A 1KTBA 4WJEA 4W9TA 2EGZA 3I7RA 1N7KA 2XN2A 4JICA 1QMLA 3MMTA 4RKAA 2Y62A 1EX5A 1FCVA 1GWJA 3G1SA 1QCWA 5CPOA 3MP5A 4XKYB 4IMDA 4JX6A 1JR1A 4K6AA 3TXZA 1OYBA 1OX5A 2V30A 5AHMA 1LBMA 1X7FA 4DQWA 4FB7A 1FCQA 2QCEA 3W2LA 3W23A 2ZFAA 4OBTA 2HS8A 3LGEA 4BI6A 3OIXA 1VHNA 3QPYA 3N2MA 1LP6A 4LTSA 4IXXA 3W2KA 3DZ1A 1W5NA 3C4UA 1KFCA 2JKAA 4ZQNA 1LLWA 3NQGA 5EA9A 5D04C 4K39A 4JX4A 2ISSA 3RLUA 4WY0F 4FHAA 1SO3A 4DF0A 1P1XA 4K37A 1EWDA 2YFOA 1TSIA 4UR7A 2WSYA 4HPJA 5TQLA 3MBFA 4FNQA 2YR1A 3JRKA 2YW3A 4O4WA 1F05A 3NQ8A 2QDGA 3SSJA 2C15A 5FEXA 3S1VA 1O94A 5FF0A 4JD4A 3LB0A 3PAJA 3E9AA 2DZVA 3SFKA 1FWSA 4N2YA 3A24A 1EB3A 1LRQA 1NVMA 1SQ7A 4LUIA 4JTTA 4LW7A 2E6AA 3B04A 3HGRA 3KRZA 4LWWA 3W7KA 4Y90A 2E09A 3K30A 4N6EA 1OG0A 1WBHA 4LS0A 3VKJA 1XDMA 3MI3A 1RV8A 5AC8A 1FDJA 1W5PA 3NQMA 4HNTA 4RXFA 5KTLA 3UWUA 1TQXA 1SU5A 4LVBA 4WXYA 5K9DA 3R89A 4YCOA 2XN1A 3GKFA 5BW6A 5AB3A 3B0VC 2NUXA 1GG1A 2V81A 5H2ZA 3M5YA 1LYXA 3DFPA 1Q6LA 1T99A 5D2WA 2WNNA 2CZ5A 4GRSA 1JJKA 4NXKA 4QSHA 1GVRA 4R34A 4DEFA 2HS6A 1GPWA 1KM3A 5D37A 4A21A 3FEMA 1KA9F 3W7QA 4HT3A 1WQ5A 1EP1A 4M6VA 8TIMA 1BWLA 3MUXA 4TMBA 5G5IA 3NDOA 1OX4A 3NM1A 2CZEA 2JK2A 1VHCA 2FPTA 4IXHA 1VYPX 1A5AA 2QCDB 3EXSA 4WUIA 5HMSA 3W86A 1DOSA 2CZFA 5A8GA 2O7SA 1PCKA 1V7YA 4JIPA 1SPQA 3QMRA 5TIMA 2ZTJA 3STCA 4MLRA 3SGZA 3W83A 3EXRA 1G4SA 3VCRA 2VKZG 3PUOA 4NNBA 2ZA3A 5LNWA 1W31A 2WNZA 3W7NA 4JTGA 3W74A 1Q3NA 3IRDA 3KRSA 3PUDA 1JULA 4JXCA 1KM0A 1EWEA 3TU9A 2OX1A 1JCMP 3TH6A 2QUTA 4Q4KA 3PB2A 4D2JA 2CW6A 4S2CA 1TTQA 1MEIA 3LBCA 4RK8A 1G69A 1JCXA 5HUOA 3MP3A 3B0UX 4JNMA 4CNOA 3S42A 3MO7A 1OFAA 5AN7A 3M6YA 1L6YA 5K9CA 3GIYA 1FUYA 2I9EA 3CTLA 3W87A 4KWWA 3OA3A 2GUUA 5H91A 4O57A 1JRBA 4S1FA 1MEHA 1F73A 1G7UA 4LT9A 1OF8A 2Q3OA 3NQVA 1KLZA 5DCDA 4O1DA 3W1PA 2B7NA 3DHFA 3QSTA 2E5BA 3QFEA 4JDBA 5CZJA 2V5LA 3GDRA 1KV5A 4MYAA 1JQVA 1YXYA 1HO1A 2YXGA 3DI0A 5I3HA 1KTCA 1PV8A 3PC0A 5KZMA 3L9CA 2E6YA 4JX5A 2WSRA 1YDVA 2JGQA 2QEZA 2DP3A 4DO6A 4GJ1A 3W7RA 3CWNA 4GUIA 5KZEA 4MLJA 1DV7A 3W71A 1K8YA 2RDUA 2TYSA 3B4UA 3QQ0A 1AW2A 5D2XA 3W6YA 2A4AA 4NU7A 2C14A 1VLIA 4GUJA 3E02A 2WV8A 4AAJA 3W07A 5U7SA 4RZ6A 1KBIA 2ABBA 3NQAA 4RCXA 1AMKA 3NA8A 4LVAA 3LRKA 4NQ1A 1TPC1 3O16A 3W2UA 2GVLA 1GTEA 4C1LA 2ALDA 2NUYA 4UFJA 1YDNA 1NEYA 6TIMA 3G1XA 3NYZA 3R5EA 2WNQA 3N9RA 5CZSA 3PR2A 3CIWA 3GDLA 2DZXA 4QAIA 2Y7DA 1HL2A 3NOEA 3ZS4A 4AWUA 3HPXA 3CHVA 5G4WA 4HN4A 3DBPA 4HKPA 3TK7A 1JUEA 4NX0A 1DKWA 1SO6A 2DZWA 4AF0B 1S5TA 1OFOA 5FI8A 1J2WA 5J5RA 1IIHA 4UTWA 3NPXA 2YPIA 4TU1A 4UTKA 4BWLA 3CLMA 1M5WA 3CEUA 2CLKA 3CU2A 3STGA 4DPPA 3OVQA 3QEZA 2CLOA 3HGOA 3CT7A 3Q37A 3FYPA 1Q6OA 1YTEA 2VEKA 3PSVA 3PBYA 1TYGA 1B9BA 4U28A 2FQIA 4M6QA 5TBOA 5DELA 2NUWA 1H7NA 1AL7A 2GQ8A 4FNTA 2QJGA 3LCIA 4PH6A 3FIGA 5L6UA 4GC4A 3EX6A 3LV5A 5DBTA 3HQ1A 3TR2A 4IUOA 3LLFA 3BVJA 4E2BA 2VFDA 2E6FA 1G4EA 2DJLA 3B05A 4WX2A 1U5JA 3BW2A 1H1YA 3DFTA 4OQVA 5F2IA 4MUZA 3DFNA 1C29A 4AWTA 2DU2A 1E51A 1YADA 3UZ5A 1LTDA 2DJXA 3LTYA 3TC6A 3ABQA 2DZUA 3DENA 2C19A 3TJXA 3RLVA 1TPVA 1WXJA 2YYTA 3M5ZA 3W1XA 3FJ6A 5G4EA 1W3TA 4JTJA 4JTFA 1ZAJA 3JR2A 4ZQCA 3GDKA 4AHOA 4MJMA 3HF3A 1V5XA 4YCPA 1VZWA 5KSWA 2X1UA 5K3VA 2BZNA 5AHLA 3C61A 3HPSA 1EUNA 3W2JA 3P8IA 2OZ0A 1F2JA 3P61A 4LOCA 1C8VA 4EWND 4KKXA 1TPWA 4M7SA 3OBKA 1TO3A 2YFNA 1M7PA 4ML9A 2QCHA 3RFAA 2Y70A 1OX6A 5D2VA 1VYRA 4HPXA 4UTTA 3DFOA 3BG3A 4O15A 3UQNA 1BKSA 1XM3A 5LNSA 4K7YA 3LI1A 3NNTA 5F1VA 3KHJA 6ALDA 1R30A 3G1VA 4QIUA 2X1TA 4N4PA 5FF7A 2B4GA 2QDHA 3PM6A 5DBUA 4YMZA 4JIQA 4KWVA 1PL9A 1TPH1 1P0KA 3SY5A 3UNDA 3QMTA 3W22A 3UPBA 5HWMA 3GNDA 1TTJA 3KVKA 5C6MA 2VFFA 4ZQOA 5AYYA 4LS1A 3NAVA 1J5TA 1SZFA 1NAL1 1WAUA 2QCGA 1RQBA 1S5VA 1K8XA 4LS2A 3W7DA 2ZDRA 1QO2A 3G1YA 1W8SA 4I7VA 4UTIA 2CLEA 2B0MA 1I2OA 1TJPA 4O0ZA 3NM3A 3QC3A 4YXGA 2RKXA 3LTPA 1ZFJA 1F5ZA 4ZQPA 1QPNA 1FDZA 1L6WA 3Q2DA 1VPXA 4QM1A 2G95A 4NJHA 1W54A 3V75A 2ZZ5A 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 1OK4 A;  3WJY A;  4E38 A;  5LNV A;  3HG2 A;  2V5B A;  2ISV A;  5K4Z A;  3FLU A;  3LER A;  2A5H A;  2C6Q A;  1JUK A;  3IGS A;  2E77 A;  1H61 A;  4P61 A;  1IF2 A;  3QSR A;  2IQT A;  5BRB A;  5LNR A;  1JRC A;  4POD A;  2A0N A;  2A6N A;  1TCD A;  3TKF A;  3HBL A;  1ICP A;  2Y61 A;  4HNU A;  3M9Y A;  4RV8 A;  4Z1B A;  4FNP A;  1JCL A;  3P67 A;  4LV9 A;  4M5P A;  3S8H A;  3FKK A;  4O14 A;  1M7O A;  2G97 A;  3MYO A;  3NPW A;  2FB3 A;  2NV2 A;  4A29 A;  1JQX A;  4TX9 A;  3T78 A;  2V2D A;  2F7F A;  3SJ3 A;  3W7P A;  4KFN A;  4UNK A;  3I6R A;  1P0N A;  4HHP A;  1JCN A;  2VFH A;  4AHQ A;  3B8D A;  5K4X A;  1KM2 A;  2V82 A;  3F4N A;  3P80 A;  5LGZ A;  1THF D;  1VRD A;  2J9X A;  3TMQ A;  3USB A;  3UY8 A;  3RF9 A;  1H5Y A;  3WK3 A;  5EMU A;  5CG7 A;  3NGJ A;  4PL2 A;  3M16 A;  4MYX A;  5FEP A;  3GB6 A;  3GXN A;  4JTU A;  3GR7 A;  3QW3 A;  1KM5 A;  2NV1 A;  1I2Q A;  4UTW C;  1HFB A;  1XDL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HU7 A;  3M47 A;  1Z7A A;  1T7L A;  4P7O A;  3KRB A;  3ZWS A;  3BG9 A;  3LHV A;  4Z42 C;  5C7V A;  3CMJ A;  1LOR A;  1G9H A;  4AMC A;  3IGX A;  1EUA A;  1OAB A;  2ISW A;  1H7R A;  2ZX9 A;  4XZW A;  1CGU A;  4G7E A;  3BXW A;  4R33 A;  2AAA A;  3W7O A;  3G6M A;  3M5X A;  3NXF A;  3GXP A;  3AS2 A;  5I5R A;  2AGK A;  2HCV A;  4E4U A;  1G01 A;  3DYM A;  1WKF A;  1LF1 A;  3F2D A;  3S5Z A;  1ZU8 A;  1O5R A;  4WOQ A;  1FTX A;  3PS7 A;  3WUF A;  1IEW A;  3NQE A;  5JUV A;  1V6U A;  2QMK A;  3EWW A;  4O8R A;  1NIU A;  5C70 A;  4PMR A;  4CUC A;  1ECE A;  2ZZ7 A;  3NG3 A;  1BWV A;  2P0I A;  4OBS A;  2BY0 A;  4M8U A;  2ZOX A;  3PZO A;  1O5Q A;  4PB4 A;  5AYB A;  1RR2 A;  2JQX A;  2Z1S A;  4B2D A;  1OX4 B;  4PSR A;  2Z00 A;  3AZR A;  4PTN A;  3O05 A;  1FH7 A;  1IT8 A;  3WH7 A;  4OU1 A;  4NJI A;  2GUB A;  1J18 A;  4E6M A;  1G1Y A;  3DYP A;  2GDQ A;  3GZA A;  1K7F A;  1JEZ A;  4KH2 A;  3L5M A;  3U7V A;  1H63 A;  1UQZ A;  4K38 A;  1BKH A;  4PMV A;  1EKO A;  4XIA A;  5AC7 A;  3GLC A;  2CBU A;  1CWY A;  1RZM A; 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