3NQFA

Crystal structure of the mutant l123s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLSTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqfA00
1AMKA 3BW4A 4N6FA 4UTTA 3OBKA 1HL2A 2C19A 3IIXA 3IVSA 1OYCA 4RLIA 1KLZA 1M7OA 1R2SA 4UUIA 3G1SA 5DY2A 1TPDA 3QC3A 4ICNA 3B03A 3M44A 2RDTA 1FCVA 5G2WA 1T8XA 1G4PA 2V5BA 3N3MA 4UFHA 3L65A 5IBXA 1P5BA 1LRQA 3DI0A 3W7LA 3W1PA 1RPXA 1CX9A 3ZS4A 1OFOA 1ICQA 1IXPA 3HG2A 3CIWA 3NQCA 4TMCA 1OJXA 1JUBA 4O11A 3TMQA 4H3DA 3QPYA 2ALDA 1JRBA 2YDAA 5I3HA 5HJLA 4MJZA 3RK8A 3W73A 2CZ5A 1EX5A 5CPMA 5AHFA 5EPDA 3R12A 1I2OA 2NUXA 4M19A 1XBXA 3LHTA 3AJXA 1K03A 4ZQRA 3MHUA 3G22A 2R91A 2W6RA 1R30A 2BXVA 4JGDA 1XUUA 1XC4A 4EF9A 2PE4A 2NZLA 3H55A 4PH6A 4WY0B 3TFXA 4M7SA 3TJLA 4BFAA 2ZRYA 3SY5A 1N7KA 4M6VA 4HNTA 1LP6A 2ZZ7A 2CLFA 1GJPA 3LRKA 2ZZ6A 3SGUA 3D0CA 5HWNA 3C61A 3C0JA 3C2FA 4NVTA 5CSRA 3UPBA 1F6PA 4ORMA 3EX6A 3QF0A 3EWBX 4N4PA 5BMWA 5A5WA 3G1YA 1OX4B 3B05A 2DORA 1AG1O 4N9BA 5G2HA 3STGA 3NQ2A 3HGOA 1YADA 4MUZA 5TQLA 3LBMA 3TMLA 2Z6JA 3IGUA 3BLEA 2E6YA 2OX1A 2C0AA 3LTPA 4QAIA 3OEXA 1N8FA 1FDYA 1TV5A 4KWVA 1DVJA 3N34A 5D2TA 5CPNA 1KW1A 2ZZ4A 4TO8A 4GNJA 5EL1A 4POCA 5DXYA 3KHJA 1W56A 3UXDA 1H62A 4O50A 2HS6A 4D2JA 3HPXA 3ZR4A 5EKYA 1MEIA 1TREA 3EX3A 2Y61A 1TTIA 3G1VA 3LERA 1O95A 5D2VA 3MUXA 2NV2A 1QMLA 1KM0A 1H7RA 2QCDB 3W86A 3PG8A 5H2ZA 4IXHA 3FS2A 4GWEA 2ZRWA 3UZJA 5DCDA 5K2ZA 1TV7A 2OT0A 3DHDA 3HPSA 4NU7A 1SQ7A 1MZHA 4NQ1A 1RQHA 4UMAA 3EX1A 3N73A 2CLHA 3LXCA 5AHIA 4UFLA 7TIMA 2A0NA 5D05A 3QM3A 3SJ3A 3FYPA 3GAKA 2QUVA 1FXPA 3TW7A 2B0MA 1RV8A 5K9XA 3RNDA 1ZJIA 4NJHA 2RDUA 3WJYA 3DFQA 1SFJA 2GQ8A 3GAYA 3UWWA 1FQ0A 2I1OA 2DP3A 4B5NA 1B4KA 4GC4A 1GVFA 1YDVA 3EKLA 2QCNA 1G4SA 4ZQNA 3GIYA 4TU1A 2R94A 1JR1A 3QW4B 3C4UA 1EPXA 4K7VA 3M7WA 3A5VA 3PBYA 3MYPA 3W7JA 3PBUA 1YLVA 5FEXA 4XBSA 1IXQA 3F4WA 3THQA 4DXVA 2RKXA 2CZFA 5G2IA 3MP4A 1YTDA 1J2WA 2TSYA 3C56A 1S3HA 2X30A 3M5VA 4M5PA 4WXZA 3B06A 3TFCA 3USBA 2J6XA 3LLDA 3M47A 2AAMA 2VEPA 3VE7A 5I3GA 4BWLA 4CQ8A 1D9EA 1BTMA 4LV4A 5MHBA 4S2CA 1DOSA 2OMAA 3G3MA 2TRSA 1SZEA 4JTSA 2ZZ5A 4AF0B 3U6WA 4EIVA 2WNNA 1C29A 1RZMA 1ZENA 5BRBA 3NEVA 1W1ZA 3TX9A 5KINA 2G96A 2GUUA 3TJXA 3CWOX 2JK2A 2ZZ3A 4O17A 2YPIA 3BG5A 1XBZA 2J9ZA 1SO5A 4QIUA 3A23A 3G0SA 3W1RA 2GOUA 3CEPA 3SZ8A 2VEIA 1ZY9A 2QKFA 1ICPA 1NVMA 2A6NA 4ZQCA 4LS1A 3WK2A 3P5ZA 4RKAA 3L67A 1K02A 5KITA 3HIJA 2A5HA 2EGZA 3LM7A 1SFLA 4MZ1A 3L66A 1AW1A 3FFSA 3CTLA 2GQ9A 3LGEA 4FIQA 3T44A 3L68A 1ONRA 4TX9A 4WQ6A 4ZQOA 2NX3A 1J5TA 5K4XA 4J9JA 4CNOA 4MYXA 1P4CA 3E0IA 3L2IA 3P61A 4HT3A 1I45A 3HQ1A 2Y88A 4UFKA 5DXXA 5F4WA 2Z6IA 1YYAA 1TTQA 4UTHA 4JIQA 1FDZA 1XBYA 1OFEA 2C18A 4DF0A 1QWGA 3DGRA 5E93A 2BWGA 3NPUA 4Z1BA 3NQVA 1CI1A 3DFPA 1K7EA 3HOJA 4JNMA 4LRTA 4FHAA 4JR5A 4GRSA 3IVTA 5LNRA 1GPWA 3N2MA 2VELA 3HGRA 3P67A 3P8JA 3O6DA 5LKYA 2TPSA 3AO0A 5A8GA 5BNKA 3TCEA 3E9AA 1ML1A 3KOFA 5AB3A 1VS1A 3LV6A 1EP3A 4NJGA 1MEWA 4OE7A 2Y89A 3BW2A 3W71A 5C2XA 1OABA 1NEYA 4RCXA 2Q8ZA 4WX2A 4JTUA 3DH7A 5F2GA 2ISSA 1UBSA 1XI3A 2H3BA 3W75A 5FI8A 4JTTA 3TNOA 4FNUA 1QNVA 3B0PA 2ZZ2A 3EXTA 4YWIA 2A85A 3W1QA 1G4TA 1OVDA 2QCMA 3MHGA 3OVRA 3W70A 3I7QA 2NXGA 2VFEA 1ME9A 3P62A 4QM1A 3RU6A 2Y63A 3MYOA 5T26A 1F05A 3BLIA 1B4EA 3NM3A 5I3KA 4ZVJA 1A50A 1X1ZA 4BI5A 3LXBA 2W0UA 3P60A 3W74A 4UTKA 4NXSA 5BMXA 5DCBA 1Z41A 3MBFA 4AMAA 3NZRA 4GUJA 2CLIA 1FWNA 4MVAA 2VEKA 3PVFA 2JKPA 1ICSA 5AHLA 2YSWA 2VFHA 3RLVA 3W7OA 3L0GA 1FXQA 1GYLA 3W84A 1FWSA 3U8GA 5F1VA 1W31A 2O7QA 4XTDA 3GK0A 2ZFAA 2CFFA 4MZ8A 3I68A 3C3NA 1MSSA 4CQ9A 5EMUA 2Y85A 2FJKA 3P74A 5CG7A 5AYYA 4K39A 3KRUA 3BGJA 1OFPA 2C13A 3PBWA 4IPIA 5D38A 1D3HA 4AHOA 5HR6A 3MI2A 4LVAA 3OIXA 1H51A 1PCKA 4WD0A 2VEMA 1M7PA 4IQLA 4RR4A 4FNSA 4HSNA 2NV1A 3LHYA 3SECA 4UTJA 4U28A 3UPWA 4QITA 4O8RA 5EYWA 4FF7A 1T99A 5GVJA 2NWRA 3TSMA 4DELA 1GWJA 1JUKA 3I6RA 4DO5A 3QMRA 2ZRXA 3IVUA 2A4AA 1GTEA 4IWWA 4Z0JA 1QPNA 3W7NA 4AWUA 4HPJA 1WBHA 1EIXA 1NF7A 3BPWA 5AHNA 3W87A 3L5MA 2GVJA 1ME7A 3ANYA 3C8FA 4NNAA 4ADTA 3FKKA 3T78A 4P2VA 3P84A 4BK9A 1KFBA 1A5CA 1TPVA 1XDLA 2V30A 3LX9A 4JXCA 5D32A 4N6EA 3DXIA 3JS3A 4IMDA 4PTNA 1GVOA 3UY7A 3PUEA 1NF0A 3UNDA 4NUWA 3UYCA 1XL9A 3NM1A 3IEBA 3C2EA 1PS9A 4RK8A 3W76A 2Q3RA 5DN1A 3BV4A 4C1LA 5AC8A 4FXSA 2W79A 1U5JA 1ZAHA 2OT1A 3GXPA 3LI0A 4QJ1A 3DFSA 1Q45A 4JY8A 2J27A 3TUUA 1AW2A 1OK6A 4S1FA 4UMCA 4UFIA 4IGHA 1H7PA 2DZUA 1H61A 4JDBA 3PUOA 4Z1DA 4XZ9A 2NWSA 1W0MA 4FXRA 3A5FA 3RMJA 4X9SA 3DKLA 4UTMA 3O8AA 5F2LA 2FDSA 4MLJA 2I14A 2X1UA 3W2UA 3BARA 4BF9A 4LVDA 5C6MA 1G6CA 3W22A 4HSOA 3LOTA 1KBIA 3NA8A 4YMZA 3LBCA 4UTWC 4LVFA 1AK5A 2YR1A 3U2OA 1WDWA 1FWRA 1VZWA 3L21A 1K7FA 1M5WA 3ATYA 3BK0A 5CZTA 1TPC1 1LM1A 1G7UA 2ZA2A 2QJGA 3KVKA 2WOQA 2I9EA 1IGSA 3K30A 3LTYA 4O1BA 4C1KA 2J24A 4WJEA 3RF9A 1QPOA 1O60A 3TR2A 3W7KA 1K8XA 3UY8A 1JQVA 3LCIA 3TC7A 2HMCA 2X1RA 2OCZA 3LCLA 3GVGA 4Q33A 5HWJA 3O63A 3UXAA 4CNPA 4Z1AA 1OFAA 3NYZA 1TCDA 3QZEA 2C15A 5CPOA 4WY0A 4GFSA 1HO1A 3L5LA 5HR7A 4EOUA 1LORA 3TH6A 4JX4A 2FPVA 1GYNA 5D30A 3CLMA 4YXGA 5AC7A 3PULA 1PHQA 4WOZA 2O7SA 3LCFA 5F1UA 2FLIA 1DORA 1O94A 1I2PA 2FTPA 2JKEA 3Q37A 3CIXA 4KKXA 4JTHA 3NL3A 3INPA 3STEA 1I4NA 5K4ZA 3L0NA 1XXXA 1NFBA 4N9DA 3MJYA 4PODA 3NL6A 1DV7A 1PVNA 1ME8A 1Q6QA 1D3GA 3QPZA 2VFGA 3NQDA 1OX4A 4L4LA 3W1MA 2B4GA 3MI6A 1LCOA 4HPXA 3MI3A 3PAJA 2JGYA 3LV5A 4MOZA 4UXDA 2V2HA 2XN0A 2OJPA 2A6LA 3G1FA 1YPIA 2LLEA 5SWUA 1DJNA 2ATMA 3QMTA 5J5DA 1EUNA 3BG3A 3GDRA 3CWNA 2Z2UA 3PR2A 3S1WA 4UNKA 4NNBA 4Q4KA 4AWTA 3BO9A 4GUGA 5AN7A 3NPVA 2V9DA 4FIRA 5DCEA 3F4NA 2KZHA 2E77A 5LGXA 3HJZA 2WNZA 1W3IA 1NAL1 1G4EA 4KFPA 3B0VC 4DBEA 5G5IA 1B3OA 1LRNA 1GTHA 2QCDA 4ZQMA 4PL2A 4NNCA 4A3UA 4Z08A 1QPQA 1LTDA 1TQXA 4N4QA 4OU1A 1TTJA 3TQVA 4PFMA 4K38A 1WQ5A 2JBMA 1X1OA 3H53A 4A22A 4GBUA 2VKZG 1ZAIA 2WV8A 4K36A 4CNNA 4ZL1A 2J88A 1LLZA 3FLUA 1OFRA 5CZ0A 3WK1A 2ZRVA 5HUPA 5HUOA 3Q94A 3CPRA 1O5XA 3W7PA 3O16A 2H8ZA 3A24A 2ZDRA 5LHEA 4O0KA 4R7JA 1ADOA 4QSHA 4AHPA 3P5YA 4JTJA 3M9YA 5D03A 3A21A 2WNQA 4IPJA 3P80A 1HO4A 1SO6A 4JTKA 3S9YA 1F7BA 3O6CA 1PCWA 1JRCA 2QAPA 2GPTA 5DBTA 1KFKA 3HF3A 5C54A 1J4EA 1PL9A 4IJBA 1WXJA 2WPBA 4JD4A 4O10A 4MYAA 1RQBA 4OQVA 4I7UA 1PIIA 5BW6A 1TQJA 3VNDA 3M1ZA 4A21A 4JS3A 2DZTA 3IV3A 1OFDA 3G0XA 1ZHAA 2B7PA 2VFFA 3KRSA 4K6AA 4RZ5A 5AHMA 3UWZA 4AH7A 2WJZA 1IF2A 3ABRA 5FEPA 3W2LA 4FX6M 3SFKA 2QCFA 4M7TA 4JTFA 3NAVA 4DO6A 1W3NA 3P8IA 3C2RA 2Y7FA 3LCHA 4MIMA 3LLFA 1XUZA 3GX9A 3KFTA 2Z1BA 1LROA 3TC6A 3T40A 1FBAA 4AF0A 4LRSA 4LUJA 3S0CA 1KTBA 2B7OA 3P7YA 5FF4A 3B04A 4R53A 2E68A 3G24A 1Z42A 3FJ6A 4NZFA 3SGZA 4WY0F 3TAOA 3W2JA 1F2JA 3NQMA 2E5CA 2QCHA 2CLLA 3IGSA 3PSVA 4TIMA 2H6RA 1W5PA 4N9CA 3W7CA 1FCBA 1WX0A 4PL1A 1DQWA 2NXIA 3M43A 4UTWA 4H4IA 3MHFA 1SO4A 2A7RA 4LC8A 3TKFA 3W7HA 1LBMA 2V8ZA 5FEZA 4R33A 2HSAA 4UR7A 3MWAA 2QF7A 4O19A 1QPRA 2ZA3A 2J9YA 1IXOA 1TMHA 1TPB1 1LOSA 4BI6A 4ALDA 1DQXA 4IX2A 2ZYFA 1EA0A 3VI2A 1QDSA 3GDTA 1GEQA 1WBJA 2A7NA 3NQGA 5K9DA 1S5WA 3TIMA 1I8JA 2A2IA 2PRMA 3LDVA 3W7RA 3SW6A 5H91A 2QAFA 4UTTC 5FF7A 3CU2A 3NL2A 2CLEA 3UWYA 2YW3A 2NX1A 3LCWA 2QCLA 5KZMA 4GUIA 4PEKA 5CKSA 3PB0A 5C55A 3SI9A 3NPXA 1TO3A 2FPYA 1OF8A 2TMDA 1T96A 3S5ZA 1DJQA 1KFLA 4HNVA 1KM2A 4UIOA 4ML9A 2NXHA 2ZQ0A 4RX0A 5CZSA 1EP1A 3CHVA 3A9IA 1SUXA 1I2RA 1G67A 3CM4A 4W9TA 4YCPA 4IMEA 2CZDA 2V0TA 3SIZA 2V81A 4JTEA 4LWWA 3W7MA 2Y7GA 1L6SA 4A2RA 3M0ZA 4K8EA 3EX2A 3O15A 2FFCA 3LHWA 3S1VA 4JYDA 2YYUA 2JKAA 3ABOA 3F1QA 2VXNA 5KTLA 1JQXA 1W37A 4OGZA 4S2BA 3NR0A 4LC6A 4Y9AA 1ZCOA 3S42A 2X16A 1LDCA 6ALDA 4O54A 1GT8A 3G8RA 1VHCA 3JRKA 3UWQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1I75 A;  4BJH A;  3BJS A;  3OBK A;  3IUH A;  4DXX A;  2BHZ A;  2WPG A;  3AZT A;  5DT7 A;  3IIX A;  2HV5 A;  3G1S A;  1TPD A;  4HU8 A;  4N7Q A;  1HJU A;  3B03 A;  4FLR A;  3SN4 A;  1TV2 A;  5G2W A;  1T8X A;  4GVH A;  2V5B A;  5GNZ A;  1TZ9 A;  2Y8K A;  3ALF A;  3L65 A;  1LRQ A;  5JXQ A;  2W91 A;  3WD0 A;  3QY8 A;  3CIW A;  4TMC A;  3VA8 A;  4O11 A;  4F40 A;  5CJ5 A;  4WSH A;  4NZC A;  5ECV A;  1EDG A;  4UQA A;  4MJZ A;  5H6H A;  5FA5 A;  5IXE A;  4JQA A;  4QRO A;  5CPM A;  3R12 A;  1NQK A;  3AJX A;  3GQY A;  1K03 A;  4ZQR A;  4CU8 A;  2W6R A;  1R8L A;  2EBN A;  5C71 A;  1EEX A;  1KXH A;  5I78 A;  2PE4 A;  4DJD C;  3WD3 A;  4PH6 A;  2OYK A;  1ZBW A;  4UZU A;  2XSB A;  4JEJ A;  2VX7 A;  1HJV A;  5CBB A;  2Q6Z A;  2VDG A;  3MMU A;  3QV9 A;  1GJP A;  1DJI A;  4HTY A;  3APY A;  1RK5 A;  5KZ6 A;  4IMA A;  1KB3 A;  3C2F A;  4ZEN A;  4AIU A;  4FXF A;  3UPB A;  1F6P A;  3EX6 A;  4Q8Q A;  3QF0 A;  4N4P A;  1C90 A;  1KKO A;  3AHT A;  3G1Y A;  3APG A;  3B05 A;  1AG1 O;  4EXQ A;  2QDE A;  5G2H A;  3HGO A; 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