4UMAA

Structural analysis of substrate-mimicking inhibitors in complex with neisseria meningitidis 3 deoxy d arabino heptulosonate 7 phosphate synthase the importance of accommodating the active site water
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
ELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Structural Analysis of Substrate-Mimicking Inhibitors in Complex with Neisseria Meningitidis 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase - the Importance of Accommodating the Active Site Water.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
total genus 133
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2014-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4umaA00
1WBHA 5F1VA 4QQ3A 4O0ZA 1GVOA 3S9YA 1NVMA 1YTEA 3LLDA 2XN0A 4UMBA 4LW7A 5K7JA 2FB3A 2CU0A 1KFJA 3ZFHA 1FY6A 4R53A 4RKAA 3TX9A 4ZZ9A 1YDOA 4M5PA 4TMCA 4JY8A 1LYXA 2B7PA 3QQ1A 2YXGA 3NNTA 3L68A 2R14A 1VRDA 1RQEA 1TPDA 1Q45A 4RR4A 1G4EA 1XXXA 5K3VA 3STCA 1KBJA 3W6YA 3DHFA 3M41A 1R30A 3W1MA 2NX1A 4MKNA 6ALDA 4NJKA 3UWZA 3C2FA 3L0GA 1F73A 3HMJG 1R2TA 5BRBA 1UBSA 4UTJA 1O5XA 2J9XA 2QDGA 2VEPA 6TIMA 1G67A 3MMTA 5DXYA 3N19B 4S2CA 3H53A 3I6RA 5BNKA 3H55A 5CZSA 1VC4A 4Y90A 2EKCA 2JK2A 4OT7A 4ORMA 2BTMA 5DELA 3LXCA 5IBXC 1QFEA 4I7UA 4Z1CA 4PL2A 1IXQA 5TQLA 3MO7A 2J9YA 5CKSA 4UTHA 2RFGA 4AHQA 5A8GA 1I2RA 1VZWA 1HO1A 4K7VA 3CIXA 1I2NA 5L6UA 3M44A 3NQ6A 5CZTA 4XKYB 3GDKA 2QJIA 3FLUA 3R2GA 2LLEA 3MP3A 1KW1A 4OE7A 3UYCA 3LB0A 2AGKA 2Y7GA 3C8FA 3TQ0A 1QCWA 3LM7A 2ZYFA 2GVJA 3GZ3A 1FWSA 1GTHA 2VFDA 1G69A 3M7WA 3DFPA 3W23A 4FNTA 3TKFA 4O10A 4XQ6A 5BW6A 5CPNA 1OF6A 1OK6A 3MYPA 4UFKA 3KVKA 2W6RA 3RNDA 1AW1A 1ME7A 1T8XA 3W85A 4ZMGA 4WJEA 5DCDA 4O11A 3DI0A 3W7JA 4TR9A 3WJYA 4NNBA 1TIMA 2QDHA 5D05A 1EB3A 5D30A 1LBMA 2VEIA 3P84A 5EKYA 4JTLA 1H7XA 1J2WA 2HMCA 1VCFA 5G5IA 1A5AA 5D2YA 2A7RA 1VCVA 5K4ZA 3NPVA 4MY8A 3WJWA 4LUJA 3THQA 3LTPA 3LBMA 4JX5A 1R2SA 1VYRA 3RLVA 2PRHA 1RV8A 3MP5A 2PRMA 1QPRA 1Q3NA 3W70A 3U8GA 1LZOA 3KAOA 4N4QA 3R89A 1MO0A 4LY8A 1IXPA 3W2MA 4FB7A 2A7NA 1WOBA 3NQDA 3ABSA 4AB4A 1JUEA 1VYPX 4JEQA 3W7CA 4DF2A 4OU1A 3M5ZA 2Y7FA 4PA8A 1LM1A 4BWLC 2NXIA 4Z1DA 4DBEA 1RZMA 1FXQA 3CT7A 4NJIA 2R8WA 3A21A 1W0MA 3CLMA 1TV5A 5HULA 1ZNNA 4DF0A 4OV9A 1PV8A 1FWRA 2NUYA 1RVGA 1LOLA 4NX5A 3R12A 4N9DA 4WUIA 4IWWA 3TXVA 1XDMA 3FIGA 4O4VA 3RK8A 2H90A 1OHLA 3QMSA 4UR8A 3O16A 5A5WA 2CLIA 3PG9A 4LVAA 1IGSA 2WNQA 3A24A 2CW6A 4MY1A 2EAWA 2JKEA 3OBKA 2W79A 4LNYA 3B06A 4LVBA 3G0XA 3LHVA 3T4CA 4ZQOA 1NSJA 1P4CA 3HPSA 1ZFJA 1OVDA 3GNDA 4Y8FA 3TAOA 3LLFA 5EY5A 5CSRA 1WOAA 5AHNA 1I8JA 4AAJA 4QM1A 1XCFA 1HTIA 1TJPA 2CLMA 5LNWA 1LLZA 4YL2A 3CTLA 1FCBA 3UPWA 5E93A 3QJAA 3O05A 3OG3A 3D0CA 4DXVA 4XTIA 1EPXA 4A22A 1P0KA 2PURA 1J4EA 3B4UA 3EX4A 1F7BA 3I65A 2ZZ1A 3TK7A 3L66A 1QNVA 2YYTA 1I2OA 4NU7A 1SO6A 2O7QA 4UXDA 3P8IA 1I45A 3E49A 4YCPA 1TMHA 5CPOA 1K7EA 2ZZ5A 2QJGA 5F2IA 2YDAA 1QOQA 1FXPA 2A4AA 4UTWA 3BW2A 3QPZA 4JN6A 1KA9F 3P62A 4EF9A 2DJLA 4UNLA 4HNUA 5AYZA 3S1VA 5F4WA 3WK0A 3NZRA 4BFAA 5HINA 1TJRA 4KWVA 5E0KA 1A53A 1ZAIA 1PVNA 3VI2A 2WV8A 1K7XA 1HUVA 2BZNA 5K9XA 3LHUA 2JKPA 1OFRA 3P82A 2WOQA 4YCOA 1H61A 4NNAA 4UTMA 2ZFAA 3TNOA 1GQNA 2ATMA 5BOOA 1JUKA 3RLUA 4EWND 1GWJA 1LP6A 2J9ZA 4UTTC 1T96A 5CPLA 3TQVA 3HGOA 1AK5A 2DZPA 3CU2A 3W7IA 2ZA1A 3BLFA 5EPDA 1PHWA 4NJJA 4IGHA 3A5VA 3PUEA 1LRTA 3T40A 5D2WA 4ADSA 3DGRA 5FI8A 5DLCA 4XUGA 3PAJA 1AW2A 4GUFA 1W54A 2RDWA 2B7QA 2NWSA 3PSWA 4OQVA 3LCWA 3LRKA 3P67A 1T0OA 4TMBA 3VE7A 5C6MA 1PS9A 3DH7A 3HG5A 3NQVA 1NF0A 2H8ZA 3L65A 5I3JA 3UD6A 4UTKA 3S6DA 3BPWA 1VCGA 1XBVA 4FF7A 2Q3RA 1A5CA 1BWLA 2E6YA 1T99A 3MBFA 3O15A 3GB6A 3NDOA 2G96A 3WJXA 3OVRA 4RLIA 4FHAA 2GJLA 2G95A 3Q58A 1YDVA 3A9IA 3SR7A 3B0VC 2X2GA 4WY0F 2DZUA 1IIGA 3DU0A 3S5YA 3FOKA 2B0MA 4MLJA 1UJPA 4GWEA 3TFXA 1VQTA 1X7FA 3W1XA 3L0NA 4LT9A 1DJNA 1FDJA 3S5OA 3W2LA 4L4LA 3NQFA 5D33A 3LHWA 1C9DA 4X22A 2FPYA 1SZFA 2RDUA 1GOXA 2OT0A 2Y7EA 4UFLA 1AG1O 4C1LA 3NQ8A 3EWZA 1KM5A 1L9WA 1GZGA 4RJEA 2FIQA 3Q2DA 4PC8A 2OCZA 2CLLA 2ISWA 1SO3A 1OX5A 4GUJA 4XBSA 3W2NA 4AEOA 4OV4A 4AF0B 1TPEA 5LNRA 1QPOA 3MHGA 3W84A 1TTPA 1H7PA 1I4NA 1DBTA 3DENA 4JTUA 3N34A 3W7MA 4MZYA 4RCXA 3G22A 4CCEA 3EWWA 3HGJA 1M6JA 3CIWA 3G1VA 1SW7A 2E6AA 2Y89A 2CZFA 4GJ1A 4NZJA 3QH2A 4JTFA 1VPXA 3LI1A 5EYWA 5BMXA 3UWUA 3W7DA 2OX1A 3IVTA 2A21A 3GLCA 1FX6A 1RD5A 3LTYA 4O13A 3GXTA 1GG1A 1TQJA 2FDSA 3WFAA 3UNDA 1OYBA 1XKYA 5ABTA 4AHOA 1FCVA 2NV2A 2GQAA 1AL7A 3GK0A 1LRQA 1YDNA 4MFDA 1H7WA 3C6CA 2YFOA 4Y6GA 1H1YA 4AXKA 4HNVA 3QQ0A 1SW0A 1LBFA 1WAUA 3RFAA 1THFD 3W2KA 4W9TA 3UXAA 4QIUA 4R33A 2QCGA 3LHYA 4Q33A 3RMJA 1QWGA 4TU1A 3CHVA 2GQ8A 4FNUA 1AW5A 2C19A 3CEPA 4CQAA 1GT8A 2F7FA 3DAQA 1GYLA 5C5YA 4POCA 3T44A 1NAL1 2A7PA 1QOPA 3ANYA 1DKWA 2X1SA 3P61A 3K30A 1OX4A 2CFFA 1W8SA 3BGJA 1EIXA 5T26A 4DO5A 1S5TA 2C18A 4NQ1A 1HG3A 2VC6A 3VNDA 3B8DA 4O50A 3G1AA 2HSAA 4PTNA 3LV5A 4UMAA 5I3KA 3EXRA 3DFQA 1SSGA 1X1OA 3QC3A 1DHPA 3F03K 3ZR4A 5LKYA 1E51A 3PULA 3S1WA 3E02A 1EP3A 1L6YA 2CLHA 3LOTA 1GVRA 2WQPA 3NXFA 2E77A 3EEGA 4IMCA 1ICSA 4HSOA 2DP3A 2X1TA 3G1DA 3B03A 2ABAA 4O1AA 2VENA 1TB3A 4X2RA 3HG2A 3KHJA 4ZL1A 3O8AA 3INPA 2ZRWA 3W7RA 4EOUA 4GRSA 1WYIA 3V75A 1VGAA 2WSRA 1B4KA 1X8FA 4HKPA 2V8ZA 3IV3A 5DN1A 4HIBA 1HL2A 4ALDA 4CCCA 3HIJA 3NQMA 4IX2A 1H50A 4O0KA 4GFSA 4YXGA 1MEIA 3L67A 3P81A 3QPYA 4IOTA 2ZQ0A 5KINA 2Y63A 3EX2A 1L6WA 2EHHA 4WXYA 3VCRA 3W7HA 4LRTA 1TRDA 2CZ5A 5AC7A 3QFEA 3KVJA 4IMEA 3M5VA 1EWDA 5CZ0A 2Y7DA 4LVFA 1OX4B 2Y88A 1OFAA 3BG5A 4UR7A 5KSWA 2Z1BA 4GBUA 5DY3A 2ZDRA 4MJZA 2R91A 3GKFA 1XFBA 3TMLA 3UQNA 1HFBA 2ZZ2A 3LXBA 4JTHA 1OK4A 4YMZA 1KV5A 3N2MA 3NL6A 1B4EA 2RHGA 1H60A 1Z41A 3BW4A 4ZQRA 1SFJA 1OFEA 2NZLA 3PB2A 2FTPA 2F84A 3NL2A 2E5DA 4IJBA 3G18A 1H7RA 2QCEA 3WK2A 4O15A 1F05A 3TU9A 5CZJA 3W2JA 3P60A 4MFEA 1SZGA 4E0CA 1JUBA 1ZENA 1G4PA 2R94A 1KFKA 3BLIA 3DFTA 2WPBA 4WY0A 2V2HA 3B04A 2FLIA 3LCXA 1GVQA 1JR1A 1JCJA 3FKKA 2UV8G 5HR6A 1TRIA 2DZWA 1M7PA 3PC0A 4NJGA 1LBLA 4K37A 5HNRA 4AWTA 3NQ2A 2DJXA 4XTDA 2GJNA 3MHFA 1UUMA 5HJLA 1QDSA 2Z6JA 4DQWA 3PBUA 1Q6RA 3W7LA 4M7TA 3KFTA 5D02A 3NQCA 3T78A 5D03A 2VEKA 3O6YX 3JRKA 1LORA 2ZRUA 1KLZA 1Q6QA 5TIMA 1VJIA 3TDFA 3UWYA 3DBPA 1YPIA 1TTJA 4O28A 5K9DA 2Q3OA 1DL3A 5G1TA 4Z0JA 5LNVA 4UTWC 1N55A 1GJPA 4H3DA 4KFNA 1JCNA 3G8RA 3LX9A 4A2SA 3DI1A 4PCFA 4Q4KA 4TIMA 3L0KA 1WDWA 1RR2A 5G2IA 3P7YA 3IEBA 3TC7A 4O53A 5I3HA 1K8XA 3OVPA 5EMUA 2ZRZA 4D2JA 5LHEA 1LOQA 1H5YA 2AAMA 1WX0A 1NFBA 1ICQA 4WY0B 3RU6A 1OJXA 1OF8A 3TQKA 3IGUA 2CWNA 2E09A 4UIOA 2GOUA 1W31A 3IGXA 3LDVA 4ADTA 3WK1A 1W3NA 5MHBA 4JD4A 4K38A 3TJXA 2YW4A 1WV2A 3N3MA 3GNNA 3LCIA 2A2IA 3R8RA 5D2TA 3KXQA 4JXCA 3W86A 1CW2A 2C0AA 3TUUA 4O4WA 1Q6OA 1O4UA 5IBXA 1UCWA 3GDTA 2RKXA 1IIHA 2WSQA 1JCXA 3L2IA 1JRCA 4YLWA 2FQIA 3AJXA 1TPVA 1VR6A 4QJ1A 4IQLA 3LHZA 4X9SA 3HPXA 4WOQA 3UPBA 4RXGA 4I9AA 2HS8A 3NQ7A 2VFHA 1TPFA 1ML1A 1S3HA 3GIYA 1RQBA 1QO5A 3RF9A 4MPQA 1CX9A 3C52A 3W83A 1JRBA 2TSYA 3NL3A 4CNNA 2QKFA 4IXHA 1GEQA 1XC4A 3N9RA 2ZRXA 1B3OA 5I3IA 4ZQPA 4XZ9A 1F6PA 3W76A 1KM4A 5K4XA 3EB2A 2C6QA 4JNMA 4ML9A 4JYFA 2FFCA 4ORIA 3JS3A 2QR6A 1W5NA 2Z6IA 3P80A 3BARA 4JGDA 3W73A 2A85A 4O12A 3TMQA 1N8FA 3C2RA 1G7UA 3GDLA 2P0OA 4UFMA 1YXDA 5HUPA 1ZJIA 3L9CA 1W5MA 3EWXA 2V2DA 3G1SA 4X3ZA 2TRSA 3BG9A 4LS1A 4MOZA 3SW6A 4JYEA 1TCDA 4EF8A 4XBKA 3L21A 5C2XA 1EA0A 3HB9A 3W9ZA 2ISVA 1R2RA 2ATSA 4MJMA 3QM3A 1DV7A 1TPC1 3UWQA 2NXGA 1DQWA 1NF7A 3QEZA 2XFWA 1BWKA 2WSYA 3GKAA 1LDCA 1DORA 4N2YA 3CWNA 3USBA 4BWLA 3MI2A 5F4XA 4CNPA 2VFEA 1SQ7A 3IIZA 3S1UA 5FEPA 3W71A 1G4SA 5AHMA 3W74A 5FF2A 4JIPA 3C4UA 1XM3A 3SSJA 3LCFA 2E5CA 4HHPA 3LCHA 4O1CA 5K9CA 2WNNA 1OX6A 4NJHA 1FWWA 3W88A 3LHTA 2VEMA 2YR1A 5CSSA 4P61A 4TO8A 4GXMA 1XBXA 2ALDA 1JQXA 4QNWA 1KTCA 1F2JA 1A5SA 3W1AA 1K8ZA 1WXJA 3LCLA 3C61A 4DO6A 3HO8A 3KX6A 4QAIA 4DEFA 1TTQA 3FA5A 4NZFA 2O7SA 5LNUA 3HG3A 2QCLA 3W72A 4JS3A 1G4TA 2JBMA 2C3ZA 1TYGA 3CWOX 4HT3A 2CLFA 2Q8LA 4R34A 4IXXA 2X16A 4AH7A 4CNOA 3L5LA 2X1UA 4B5NA 1VHNA 2A6NA 1ZAHA 2CLKA 3E9AA 2ZA2A 4FNQA 2A5HA 3W7OA 4N9CA 4ICNA 4K39A 2G5WA 3MYOA 1OYCA 3S5NA 2C14A 3QMRA 1H51A 3ZWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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