1OFPA

Crystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
348
structure length
306
Chain Sequence
EDVRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 108
structure length 306
sequence length 348
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2003-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ofpA00
2E6YA 2QJHA 3QPZA 4MLRA 3T40A 3VKJA 3M5ZA 2YDAA 1KFLA 1FUYA 3QW3A 3SY5A 5FESA 2Q3RA 1VQTA 1TPH1 3SGZA 4RXGA 4PA8A 1DV7A 1P0NA 3GVGA 1DVJA 5I3FA 2QJIA 4R33A 3V75A 2OX1A 3WK1A 3W88A 3PUDA 5E0KA 3DFOA 5FF3A 2Y6ZA 3EXSA 1L6YA 4JTIA 4EIVA 3TAOA 2EKCA 1WOBA 4ORIA 3THQA 3NZRA 4AF0B 3Q94A 3T78A 5DCBA 1SZEA 1W5QA 3CM4A 5EMUA 3IIOA 1EP3A 1GOXA 1TQXA 3Q37A 5KMYA 1ZAHA 1F6KA 1AW1A 2YGYA 3LDVA 2VXNA 2WKJA 4X22A 4ZQMA 1OX5A 1OYAA 3L9CA 4LVFA 1R2TA 1JCNA 4X9SA 5D33A 1KM5A 2IQTA 5D2TA 2FFCA 4M6VA 5DCDA 5IBXA 1JUEA 3S5OA 4IXHA 2P1FA 5DN1A 5U4NA 2NWRA 1SW7A 2VEPA 1PS9A 4H3DA 5DCEA 4GC4A 4QAIA 5HNRA 1PHQA 1YTDA 3LLDA 2A5HA 2JGYA 4E2DA 3SJ3A 3DKLA 2FB2A 2E09A 5HQEA 1FDJA 3W75A 3E02A 4ORMA 3PBYA 1DQXA 1L2UA 1XDLA 4UTTC 3G1SA 2DZTA 5G5IA 1SZGA 3C2FA 2P0OA 4LRSA 4UCGA 1XBXA 1SZNA 4OQVA 3L66A 5G2IA 3N2MA 4CCCA 1YXDA 4IMEA 3HGJA 5L9FA 3CT7A 5CSRA 3N34A 3W87A 2J88A 2C14A 5FF0A 4NVTA 3LTYA 1BWKA 3NQ2A 5HMSA 1ADOA 3W7HA 5FF7A 3DZ1A 4CNNA 4ICNA 4ZMGA 3W7MA 2WV8A 4BF9A 1LROA 4OT7A 4ZQPA 2BLEA 2I1OA 3LHUA 3C52A 2GVLA 1R2SA 3A23A 3W7OA 1BWLA 5FI8A 5CZJA 3H54A 2RHGA 4N4PA 3LBMA 1EUAA 4O0KA 5DY2A 4ZL1A 3TFCA 4K37A 1I4NA 3G8EA 1QMLA 4GUHA 1ZHAA 1UBSA 1O94A 3KOFA 1OFQA 2RFGA 5CZ0A 5AYXA 2VOMA 1QO2A 1K7FA 1G6CA 2CWNA 3GDMA 3P84A 4IX2A 4ML9A 3NYZA 1Y0EA 4PODA 4UFKA 1FCVA 4WXZA 1ZENA 3G1HA 2WJZA 5LNSA 1SSGA 5LNUA 2DZWA 5IM51 1T8XA 1VLIA 1WQ5A 3PUEA 1Q3NA 3W1TA 2DZUA 2ZDRA 1KM6A 4K8EA 5HR6A 4NQ1A 2VEMA 3PM6A 1KFEA 1ME7A 4PCFA 1Q45A 4FIRA 4FF7A 1QCWA 4O1BA 3W7LA 1A53A 3UWUA 3UY8A 5CPOA 5AHLA 2QUUA 4DPQA 2NUXA 3I6RA 1ME8A 4RCXA 4JYDA 4CNPA 3GAYA 1TIMA 3TH6A 4N6FA 3KRUA 3GR7A 3QMTA 3DFPA 3MI6A 1B3OA 5FEZA 3IV3A 3M5XA 1A5SA 2CLHA 3TJXA 4NXSA 4UTKA 1GYLA 3O63A 2J24A 5AHNA 3A5VA 1ZJIA 4HN4A 1H63A 3CB8A 4JTLA 4MJMA 4DO4A 1GTEA 1TMHA 3PG8A 4IMCA 3FKRA 4HT3A 5D03A 4IMDA 3S8HA 4BI7A 1M5WA 3TX9A 1VR6A 4LOCA 1UUOA 1MZHA 3NG3A 2RDTA 4FNTA 1S5VA 2DZSA 2NWSA 3EX2A 4TR9A 1HG3A 1T0OA 5CGQA 4WOZA 3PBWA 3MHFA 4POCA 1X8FA 3TW7A 1DHPA 1GVRA 4IMGA 2PURA 3M1ZA 1DJQA 3NQ8A 3S5NA 2GUUA 2QR6A 4BWLC 5I3GA 3S42A 1M6JA 5HR7A 2V2DA 5CPMA 3FEMA 1FXPA 3NQGA 3W2UA 5KZEA 1G4PA 1JCLA 1OF8A 3NPVA 2C3ZA 2B7PA 2YZRA 2ZA1A 4JX6A 5AFDA 1WOAA 2DORA 1LRNA 2ZA3A 1TO3A 3QSTA 4YCPA 4UTUA 1AW5A 4ZQRA 3KHJA 2C16A 1X7FA 3FKKA 3IGUA 4C1LA 3SW6A 4O8RA 4JN6A 4WJEA 3N19B 3LBCA 3TK7A 3C3NA 1FWTA 4Z1DA 1S5TA 2WPBA 3P5ZA 5K9CA 5KZDA 3S1VA 1JJKA 2ZZ7A 2A7NA 1VYPX 2ZRXA 1OX4B 3C2EA 4RR4A 2EAWA 5DELA 1XL9A 4O18A 5DXXA 1GVSA 1WAUA 2V30A 4JTFA 3BG9A 4CQ9A 4NU7A 2CLKA 2VENA 1WV2A 3LI0A 3NGJA 5FEPA 1I2RA 1WX0A 2V5LA 2H6RA 1XBVA 4Q32A 3WJSA 4A21A 1ZAJA 4PH6A 1V7YA 3W2MA 3R5EA 3DI0A 2ZBTA 1MO0A 4LC6A 2XN0A 3QSRA 4I7VA 4K6AA 5KZMA 1GZGA 2EPHA 3CIWA 3EX1A 3NQ7A 2ZFAA 4P61A 1VJIA 3NAVA 4WY0B 2UV8G 1XFBA 1TJPA 4DEFA 3HPXA 2CU0A 4AWTA 3IGXA 5A5WA 2NX1A 4LV4A 5K9XA 1AK5A 3ABRA 2A7PA 8TIMA 1BTMA 3Q2DA 3G1DA 3QM3A 4JEQA 4L4MA 4N9CA 3W1LA 3PSWA 3E96A 1VHCA 3W1RA 2RDUA 2DJLA 1ALDA 1LCOA 2Y7GA 4MZYA 4ADSA 3CC1A 3L0KA 3W1PA 5C55A 5K9DA 3S1XA 4A29A 3NQEA 3SECA 3W2LA 4ZZ9A 3KAOA 1XUUA 1KBJA 1VZWA 2TMDA 1LBFA 4O28A 2C18A 2V2HA 4UTWA 3KVLA 3PBUA 2YYUA 5KTLA 1DKWA 1Q6OA 1Q6RA 4UTMA 4PFMA 1TPC1 4RK8A 5F2LA 2FPTA 2YFNA 4HIBA 4JYEA 5LNRA 5D02A 2OCZA 2Y88A 5HWNA 3UZJA 3JRKA 4O19A 1TPDA 1H61A 4XKYB 1Z41A 3IVTA 3FA5A 1FY6A 3MBFA 1F05A 3HG3A 3M5VA 4ZQCA 1XXXA 2DZVA 1H60A 4KFPA 3CWNA 2ZZ2A 4LS0A 5BNKA 1L9WA 3UWQA 4UXDA 3VFLA 3TSBA 1H62A 1KM0A 3N14A 3DFSA 2PRLA 5AHIA 4IJBA 3U8GA 3LCGA 2QCDB 3LCXA 4YL2A 1KW1A 3GYEA 4AHQA 4Y90A 1OFRA 2FPYA 1P5BA 2Y63A 4AB4A 2Y70A 4MIMA 3M7WA 1ZY9A 3TFXA 1KFBA 3HQ1A 3LXCA 3T55A 1TRIA 2VFEA 2KZHA 4JTJA 4TU1A 2WSRA 3FYOA 3LHZA 3W7EA 4BI5A 1OFEA 1TQJA 4C1KA 3W86A 2Z1BA 3LCFA 1KBIA 4JXCA 2V82A 2QCLA 3ZWTA 3EX3A 1EIXA 1OK4A 1FWWA 1G67A 1LTDA 2ZRYA 3DHDA 3KVMA 2Z6JA 1HO4A 3HB9A 1VHNA 1KV8A 1TCDA 4R7JA 4O52A 3L67A 4HNVA 4LT9A 1W3TA 1QPRA 4XQ6A 3TNOA 4WZHA 3U6WA 4NNAA 3UNDA 5C54A 3NL3A 3I7SA 1JVNA 5AHMA 3QMRA 2G5WA 3C61A 4QNWA 1LOQA 2QCNA 4UFLA 4X2RA 3RLUA 2DZPA 3B03A 5F2GA 2E6FA 5TQLA 2JGQA 2JBMA 3BW2A 2FPVA 3P62A 5G4EA 3WFAA 3E12A 3KXQA 3G8RA 4JIPA 2PRHA 4B5NA 3RF9A 5CKSA 3LB0A 4X3ZA 3EWBX 3W2KA 2DZXA 4LTSA 4M7TA 1TTJA 2HSAA 3W84A 1YTKA 2NUWA 3W1NA 3PR2A 3LHVA 1JRCA 4UMCA 2OJPA 3TU9A 2WNNA 1JR1A 2G95A 3A24A 3CU2A 5I3JA 1M7PA 2J9XA 1I2QA 1R47A 3W1QA 3ZR4A 5LSMA 3B0UX 2Y7DA 4K8HA 1EUNA 3M0ZA 1OFOA 3LRMA 1YTEA 3HGOA 3LLFA 1K7EA 4YMZA 5AHEA 5F1VA 1W56A 3EKZA 3LV6A 1PIIA 3RU6A 4OBTA 4LVAA 3NPUA 2YCEA 1A5BA 1KTCA 1G69A 3STCA 1LYXA 4LY8A 1H1ZA 2QCMA 4UFIA 1KA9F 2RH9A 1YDOA 5AC7A 3IIZA 3W76A 2WSYA 1JQVA 2ZYFA 5CZSA 1I2OA 5C5YA 5LZLA 3I7RA 2CLFA 3Q58A 2QKFA 3UD6A 2YPIA 2W79A 4K7YA 1OFBA 3O1NA 3C8FA 3QFEA 2WNQA 3DFQA 2X16A 4JNMA 5DLCA 5C6MA 3G3DA 3TQKA 3TA6A 4TX9A 1O5KA 5KINA 5EYWA 5DY3A 4I7WA 3W2JA 1A5AA 3BLIA 4OE7A 2AGKA 1JULA 3MWAA 4CLMA 3NXFA 3LHTA 4CNOA 3B0VC 4BR1A 1Z48A 5HULA 1RVGA 5AHFA 1PV8A 5IBXC 2VFDA 2C0AA 1QWGA 4M7SA 2PC4A 1FCQA 5EBUA 5J5DA 1UCWA 1VYSX 5AC8A 2JK2A 4NUWA 3WK3A 5BW6A 3OA3A 3TIMA 2E5BA 2ZZ6A 5F2MA 3N2XA 1D3GA 1KLYA 5BRBA 1B4EA 3PSVA 4O4WA 2Y61A 4DELA 3NQ6A 1G4TA 3EB2A 3L5LA 2NLIA 1PVNA 1HTIA 3LRKA 3OG3A 2ISWA 5LKYA 1RQBA 2A7RA 1DOSA 3QQ1A 5CPLA 4Z08A 1F73A 4TO8A 3NQAA 3DFTA 3S0CA 1AMKA 4NJGA 3OVRA 3UXDA 2V0TA 2BXVA 1K3UA 3C4UA 3LXBA 1B57A 5I3HA 3QC3A 1R2RA 4OV9A 3TMQA 5SWUA 2XN1A 1ZALA 1F6PA 1SQ7A 2ZRZA 3PVFA 3B06A 2EF9A 4IUOA 3LM7A 1VH7A 2HS6A 1QPOA 1WBJA 3M47A 1TPUA 4MZ1A 3F1QA 3EWUA 1O4UA 3W1MA 3W9ZA 4KKXA 1ZCOA 3GDLA 1T99A 3HPZA 4ADTA 5FEXA 2E1DA 1DORA 3INPA 3R89A 4AHPA 3M6YA 1SU5A 4FNRA 2B7OA 1DL3A 3W7CA 4ZQNA 1DBTA 3VCRA 4TIMA 3ZWSA 3IVSA 3C6CA 1WDWA 1EP1A 1H1YA 3IVUA 5AC6A 4GJ1A 4JTKA 5LNWA 1ME9A 4AXKA 3PG9A 1GG0A 1KM4A 1OK6A 1SUXA 3WJZA 1TTPA 4N2YA 1GQNA 1D9EA 1PL9A 3LTPA 4IGHA 2HTMA 3UWZA 3O6CA 2GQ8A 3EXTA 3B4UA 3LHWA 1AL8A 2ATMA 4LS2A 1W5MA 4HSNA 4A3UA 3TXVA 2NXGA 5K4XA 1EB3A 3GDRA 1SZFA 3MHGA 3G0SA 3NPWA 3G1AA 4UUIA 2WQPA 3EX6A 3FIGA 2CLMA 4ONVA 3GAKA 4GE8A 4J9JA 3W71A 2GPTA 1F74A 3NQFA 2FIQA 3L5AA 3NQDA 3USBA 3B04A 5K4ZA 3EWXA 3IGSA 3ABOA 4RZ6A 4AAJA 1XUZA 1W31A 2QEZA 4O4VA 2X30A 2H90A 2CZFA 1OX4A 4IWWA 1TPB1 3R12A 1NSJA 2NXIA 1XM3A 2R94A 1QFEA 3LCLA 5K7JA 1THFD 2E6DA 3BW4A 5H91A 5LHFA 4HPXA 2FDSA 5CZTA 2PRMA 3CEPA 1YDVA 3NO5A 3OVQA 3LRLA 3WK0A 2CLOA 2QF7A 3RK8A 4O12A 1FCUA 3STGA 3DXIA 4U4MA 4QITA 4QISA 4DO5A 2PE4A 1QO5A 1VGAA 4U28A 3TROA 4I7UA 2QJGA 4WY0A 2B7NA 2ZZ3A 4Z0JA 2F84A 1WXJA 3UWYA 1RV8A 3W7NA 2CW6A 3SR7A 3VI2A 4XTIA 5I3IA 3TJLA 2RKXA 2H8ZA 1LP6A 1AW2A 2ALDA 2YYTA 5HWMA 3TQ0A 1LRTA 3G24A 4WQ6A 4UR8A 1O95A 5K2ZA 2WSQA 1ZNNA 2C1HA 3LCIA 4ADUA 4RZ5A 4NX5A 1QPNA 4QM1A 2PCQA 3QMSA 4GUIA 3TCEA 3RNDA 4W9TA 1X1ZA 4K39A 3M16A 4HPJA 5AB3A 1S3HA 4NJKA 4XBSA 3G1XA 3MJYA 5BMWA 2V5BA 3W7IA 4BK9A 2A21A 3MI3A 4JGDA 4NX0A 3GXTA 3LV5A 4IX0A 1FX6A 2Q8LA 2C13A 3NEVA 4DF1A 5TBOA 1IGSA 5BMXA 3R8RA 3EXRA 4XTDA 1QNVA 1F76A 1KFCA 2VFFA 1P1XA 3TW6A 1PHWA 5KSWA 1WA3A 3H55A 3UQNA 1B9BA 3PWAA 3F4WA 3GDTA 4XKYA 2ZRWA 4LS1A 3M44A 4NZJA 3O15A 2Y89A 5D30A 4E0CA 4FEZA 4FHAA 2DP3A 2O7QA 4D2JA 3UZ5A 4JTSA 2TRSA 2VFHA 3A9IA 4OHQA 3NNTA 3L65A 2C6QA 1TREA 1MEIA 4WY0F 3PUOA 1DQWA 1J2WA 1I2NA 1KV5A 3CLMA 4NZFA 4JD4A 4O11A 3LX9A 3S1UA 1XC4A 3CIXA 5G2HA 3MW7A 2BTMA 2TPSA 4NXKA 4XUGA 3HF3A 2B0MA 4O17A 4MFDA 3O05A 4O50A 3RLVA 2J9ZA 3B8DA 3L0GA 4MLJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1X38 A;  2W61 A;  2G41 A;  4HZ8 A;  2YDA A;  1KFL A;  2HBV A;  5FES A;  1RBL A;  1DTN A;  2ZVI A;  1XLA A;  2OEJ A;  4PA8 A;  3W81 A;  1MRA A;  5FOO A;  1ZJH A;  2QJI A;  4LX4 A;  4BEQ A;  4NHV A;  3U2E A;  3EXS A;  2BOE X;  1AUS L;  1WOB A;  3Q94 A;  3CM4 A;  1CXE A;  1O1H A;  1JPH A;  5KMY A;  4QE1 A;  4AIU A;  2WMK A;  3EOS A;  2BVW A;  1MWO A;  2WNW A;  3SCS A;  4AZI A;  1R2T A;  2Q8X A;  3UR7 A;  1QNQ A;  4M1R A;  3TYU A;  1X98 A;  1KM5 A;  4MAV A;  2FFC A;  3ENL A;  5IBX A;  1JUE A;  3GC2 A;  1S5N A;  3AC0 A;  3VVG A;  1SW7 A;  2VEP A;  1PS9 A;  3SN4 A;  4XAF A;  3R1Z A;  4Q6X A;  1F4H A;  4GC4 A;  1YTD A;  3VOG A;  2FZM A;  5FAG A;  2A5H A;  2FB2 A;  4X61 A;  3RRA A;  5HQE A;  4HJW A;  4FOU A;  4QG9 A;  4ORM A;  4R88 A;  3EOU A;  4HCD A;  5G5I A;  1SZG A;  4H6Q A;  1XBX A;  1E1C B;  3N2M A;  3KCO A;  4J4K A;  3THC A;  1UD3 A;  4PZV A;  2J62 A;  5L9F A;  4C60 A;  5CSR A;  3LYE A;  1V3I A;  3UGR A;  5FF0 A;  1IQ8 A;  4ZE5 A;  3LTY A;  2XM1 A;  3VC6 A;  5HMS A;  4HOZ A;  2HWG A;  3WUE A; 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