1GVY | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	379
structure length	376
Chain Sequence	KPVTVKLVDSQATMETRSLFAFMQEQRRHSIMFGHQHETTQGLTITRTDGTQSDTFNAVGDFAAVYGWDTLSIVAPKAEGDIVAQVKKAYARGGIITVSSHFDNPKTDTQKGVWPVGTSWDQTPAVVDSLPGGAYNPVLNGYLDQVAEWANNLKDEQGRLIPVIFRLYHANTGSWFWWGDKQSTPEQYKQLFRYSVEYLRDVKGVRNFLYAYSPNNFWDVTEANYLERYPGDEWVDVLGFDTYGPVADNADWFRNVVANAALVARMAEARGKIPVISEIGIRAPDIEAGLYDNQWYRKLISGLKADPDAREIAFLLVWRNAPQGVPGTQVPHYWVPANRPENINNGTLEDFQAFYADEFTAFNRDIEQVYQRPTLI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Pseudomonas cellulosa
publication title	Substrate Distortion by a Beta-Mannanase: Snapshots of the Michaelis and Covalent-Intermediate Complexes Suggest a B2,5 Conformation for the Transition State pubmed doi rcsb
molecule keywords	MANNAN ENDO-1,4-BETA-MANNOSIDASE
total genus	145
structure length	376
sequence length	379
ec nomenclature	ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date	2002-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1gvyA00

4WIWA 1V6VA 3VPLA 1JDAA 2CBIA 3AFBA 4H2CA 3WF4A 3KL5A 5A8NA 2QPUA 1JDDA 4WKAA 4M24A 1HJSA 3WDHA 4BQ4A 4PSPA 4D72A 5EBAA 4P7NA 5KZ6A 1NOUA 1QW9A 2DT1A 3N9KA 1M53A 1FOBA 2A3CA 2Y8KA 2V5CA 1G0CA 2O9RA 3AZRA 1QI2A 4MJ2A 3VD7A 3MMDA 2VTFA 2DIEA 5LA0A 1R7AA 2PWEA 2W61A 4W88A 3AS1A 4PUDA 5CSYA 4U2YA 4UQ9A 1V0LA 4PBGA 4UZSA 1SMDA 1NP0A 4ZENA 1OB0A 3ZMRA 1TG7A 5CLTA 3L4UA 1WNOA 1MYRA 1ZBVA 3K8LA 1R87A 2Z1KA 3WNPA 2OYKA 4AZ5A 1HVXA 4LGXA 4JFWA 3QHMA 1US3A 1XH0A 3ZR6A 3OZOA 4PMXA 5I0DA 2F8QA 4D1IA 5IHRA 1J01A 4ATLA 5EB8A 3WMCA 5I77A 1UWRA 1GJUA 1I1WA 2XVLA 3ZT7A 4MDOA 1EA9C 2QF8A 2XYLA 3ZJKA 4UZUA 2WMIA 3L4TA 5E70A 2D0FA 1VENA 4DM1A 1MW3A 1U2YA 1FFRA 3WF2A 2V3GA 4D6DA 3K1DA 2OYLA 3WBAA 1KXQA 3OLIA 4JCLA 4KWUA 1E6QM 2J8FA 1GOOA 1R7OA 4H41A 3ZIZA 4WSJA 4QP0A 4GZEA 2FHFA 4W84A 5FOOA 1UR9A 2FHCA 4F66A 2A3HA 5A2AA 4EKJA 4D6IA 5ABFB 2ESCA 3VUPA 4A3HA 1E56A 1NWUA 4PTVA 1EXPA 4TX8A 4PTMA 4CU6A 1K9EA 2JEPA 2GFTA 3CLWA 3QOKA 5A6AA 1CGXA 4UQDA 5A6KA 1H4PA 3GXDA 3IJ8A 1HJXA 3A4AA 3THDA 3FXYA 1KB3A 3WNNA 2JIWA 1B3XA 4GINA 1VJZA 2Q8XA 3WDPP 2J4GA 2VRKA 2VQUA 3SUWA 5BRQA 1RP9A 3ARUA 1Z32X 3T2QA 5GQBA 4UQBA 5HBFA 1OT1A 2EO7A 2JEQA 1KR1A 4OZOA 1EIBA 1C3FA 4DWSA 1J0HA 2E3ZA 2J25A 1VJSA 3MV01 1TA3A 3K4AA 5M5DA 4B16A 2FH6A 5A6JA 4R27A 3J7HA 2A3EA 3DYMA 1B2YA 2OLHA 4FMVA 1UH2A 5I23A 4MAZA 1W1YA 3ARTA 4HPGA 5LA2A 3WUGA 1AVAA 4NRSA 1WDQA 2CKRA 3AIRA 1LL4A 3WEZA 4P8XA 4Q7NA 3CHCA 3W24A 4D6JA 4IPLA 3PHAA 1C91A 2DPEA 4JZ5A 3MSGA 5D9MA 1U30A 5A3HA 1KWKA 3UEQA 3BAIA 2DH3A 1V6UA 3RM8A 1HIZA 1EO5A 5ABHA 2XGBA 2W66A 1OIFA 5GNYA 3FY1A 2PWDA 4V2XA 1CXIA 1HN1A 2ZXDA 3FAXA 3VIFA 1H41A 2G41A 1FHDA 5I2UA 1XCXA 1A47A 1HKMA 2WC7A 1YHTA 3AJ7A 3ZSSA 4D6GA 2E9BA 4S3JA 4CCDA 2J74A 1QOXA 2V3FA 3WEMA 3WDRA 3ZT5A 1SFSA 1G9HA 1MFUA 1V3KA 1QI4A 3U5UA 3M07A 3K4DA 2X2YA 1KFWA 3PZVA 1OT2A 2VZVA 3AZTA 4HZ6A 2WWCA 2X05A 5IFTA 1NH6A 1J9YA 4CD4A 5A6MA 1QPKA 1UD5A 3GYCA 5FL0A 4W5ZA 1ISYA 3AIBA 4UNIA 1WZKA 1OGBA 2DT0A 2G3MA 3UG3A 3WL1A 3VKKA 4TTGA 1ESWA 3BMVA 4GI8A 1BYBA 4J3SA 4URIA 4OBRA 3AOFA 2VR5A 3A6OA 3AHTA 4U5KA 3WL0A 2PWGA 3HMCA 1JDCA 2ZUVA 1MWOA 5M3WA 5A8OA 1F4AA 4U3CA 3VD9A 1UD8A 1H1NA 3AS0A 1LG1A 1B30A 1W1PA 2BVDA 3THCA 5EFFA 5EMYA 1TVPA 1E6PA 1W9BM 2EEXA 3ZQ9A 3SUVA 8CGTA 3EDKA 1V3MA 1ITXA 2IUZA 3LPFA 4HMEA 3EMCA 2BNJA 3M46A 2ZX7A 3LMYA 1CWYA 3K8KA 4NZCA 4KRUA 4OKDA 4F79A 3BCFA 5AYIA 2DGAA 3T09A 4BQ3A 3BAJA 1WKYA 1XH1A 1DWGM 1XSKA 1B3YA 5LA1A 2CYGA 1Y7VA 3A47A 3W6MA 1NWTA 4UTFA 1J11A 3CUIA 1CIUA 4EE9A 1W3HA 3GNRA 3KEHA 2DT2A 1QW8A 2CERA 4J27A 2E0PA 3AXIA 4TTUA 3ZJ6A 4PMVA 2CCRA 2YA2A 1GQIA 2YOCA 3GTNA 1KGUA 2W92A 5CSUA 2VX6A 5IXEA 1KBBA 1K6AA 3O2LA 1PAMA 2XTKA 3VGDA 1RD6A 4J3TA 3WQ5A 3CGTA 1UWSA 5FD0A 1QNSA 2J7CA 5C71A 1H09A 3N13A 1LQ0A 2OSWA 3VX0A 2YL9A 3OLGA 5A8QA 4KGLA 3QOMA 1CGVA 1HJUA 5A6BD 5FCZA 2BFGA 1EOKA 1IT0A 1KXTA 2J79A 4TOQA 1PX3A 4MTVA 4KGJA 2XSBA 1E73M 2FDMA 5DMYA 1V08A 2ZX6A 4AWEA 3RJXA 1JZ4A 3BAYA 1UR1A 1JZ6A 1JFHA 5ABGA 3WUFA 4AISA 2XFFA 3CPUA 3GH7A 1CXLA 4QCEA 4TXEA 4OOZA 3W0KA 2J77A 2YLAA 4X0NA 5JBDA 1E4MM 5CLWA 5AC5A 3WDIA 1B0IA 5I78A 3HJEA 2J7GA 3T0BA 3CUGA 1GZJA 1CNVA 4CD5A 1UR4A 1QNOA 4GZJA 5D8ZA 1SMAA 4QCFA 4J28A 3W28A 3VIMA 3CHFA 2XG9A 5DEZA 3W81A 3WENA 4CD8A 1MW0A 4C7FA 4RE3A 3W82A 1JYVA 1UKOA 4A4AA 1E43A 1XD1A 2GK1A 3DYOA 2GVYA 4AD2A 1HP5A 2WW5A 3WQVA 2J7EA 2QV4A 2WMIB 1S46A 1ITCA 2BY3A 2ZE0A 3VGEA 1WDRA 1EOMA 3K8MA 1VEMA 1QVBA 3RM4A 3WD0A 2VRJA 4JFUA 4XX6A 3EBVA 3VIKA 1HVQA 1M03A 2VX7A 4TVDA 1UWUA 3F5LA 3SUUA 2W91A 3F5KA 3TONA 1KQZA 2CETA 3QHNA 2V3DA 3GH5A 4P7RA 2D3NA 1FP9A 2WNWA 1CGUA 2XM2A 1Q6EA 2XSAA 1UWQA 1AQMA 2C0HA 4HU8A 4HOWA 4GQQA 4M81A 3WKZA 2CNCA 1XYZA 4OBSA 1FFQA 3EYPA 2WCGA 3AQUA 1TZ7A 4PN2A 5JIPA 4AZIA 4TVUA 4OOUA 4F8XA 3TOPA 4HMDA 1OGGA 3FAWA 2VC9A 2WVVA 2CESA 2WC4A 2J8GA 4PRWA 4PMDA 2J7BA 1UZ1A 3ZR5A 3CZ8A 1CDGA 1OM0A 4FK9A 3PZOA 1KQYA 1J0YA 2RGMA 2QMKA 4DWSB 5CGTA 4QLJA 1BLIA 5CGMA 1TA3B 2VVNA 4WLCA 3SCNA 3KL3A 1H3GA 3O9NA 4W8BA 1L0PA 3PZIA 3GM8A 3VIPA 4P8VA 1QHZA 3GDBA 3VD3A 1HL8A 1RPKA 1JXJA 1XD0A 2XFRA 5A2CA 1GQJA 4DUXA 1BHGA 3N15A 2V38A 5TD4A 1U33A 4HU0A 2YA1A 4GO8A 3CUHA 3CMGA 2ZUUA 5HDRA 3BSHA 2WMKA 1ODZA 3RO8A 3OGVA 4CVUA 4P8UA 1AQ0A 4AZ6A 5CJ5A 1MQQA 1W9DM 3WBEA 2VI0A 3CHDA 2VUYA 5DF0A 1X6NA 4E2OA 1MXDA 1XHGA 1V02A 1DP0A 1QI0A 1TCMA 5IFPA 1PEZA 4LYQA 5FKYA 4MPKA 1ISXA 3OGSA 2YDSA 1J18A 1E71M 3CUJA 1R85A 1VFOA 4D6EA 4WSKA 1VFFA 1XSIA 2Y2WA 4HZ7A 3T2PA 1XC6A 1MVYA 1OGSA 3BH4A 2J75A 3MMUA 3WELA 3VDHA 4MAVA 1ECEA 2W67A 3VNYA 2WK2A 4JL1A 5A6SA 3IJ9A 5BXPA 1V3JA 1PX8A 3N18A 1HJVA 3W25A 4HA3A 3MO4A 4Z2KA 4RE2A 4AEEA 3AMCA 3PTKA 1C7TA 3CMJA 5A94A 4MB1A 1GOIA 4UFMA 4B9ZA 2EBNA 1W32A 5FL1A 2OWCA 2DSVA 2YDRA 1UD3A 2WPGA 1Q4NX 5CG0A 3W37A 2ZUSA 2J7HA 1C7SA 3OB8A 1E55A 3NDZA 4E8DA 3KE0A 2G4FA 1HXJA 2VNCA 1GCYA 2XUCA 3W26A 3RILA 2VZTA 5BWFA 3IJ7A 4D6CA 3N12A 4GO9A 4JFTA 1LL7A 4JAWA 3FN9A 1EHNA 5A1AA 2QHAA 3ARQA 3PZMA 2D2OA 4JCMA 2JF7A 2QLYA 3NJ3A 3G6LA 5A6LA 3OBAA 4UOJA 3M7SA 3W27A 4M80A 3SUSA 1GONA 4WJXA 2JE8A 3BGAA 4EK7A 4ZEPA 1DWAM 2CXGA 4WK9A 1OIMA 3GBDA 4UFHA 4OUEA 1G01A 5DT5A 1BYAA 5E09A 2G3JA 5A2BA 4BZYA 2ZX9A 2VRQA 2WSKA 3RMEA 5D4YA 1E15A 3W38A 1BYDA 1DTUA 4NRRA 2XHYA 2VVSA 1JYXA 4W8AA 2FH8A 4MDPA 4Z2GA 5GNXA 1VF8A 1V0MA 1CLVA 4MB4A 4CD7A 1NM9A 1EH9A 3WD2A 3POCA 2BHUA 2D22A 3RCNA 1BYCA 1B3VA 2WHKA 3AI0A 3VDBA 4JKKA 4HOXA 1TMQA 2WHLA 3CO4A 1X1NA 1H5VA 3A3HA 4E4PA 2Y24A 1D7FA 2G3IA 3KL0A 3OGRA 1AQHA 4P8WA 4W7WA 1EHAA 4J3UA 1EDGA 1IZKA 1W91A 3ZSTA 1LJYA 4KH2A 2WZEA 2ZX8A 2VJXA 4W8LA 1ISWA 3L4YA 4BQ2A 3QGVA 4KMQA 2DDXA 3ARYA 2A3BA 2FGZA 3RJYA 3WMSA 3L4WA 2J47A 3VMNA 1UD4A 1GHRA 4BF7A 2VQTA 4J3WA 3DECA 3F5JA 3POHA 4XB3A 3VILA 3KZSA 5CQ1A 2DT3A 2WYSA 3AIWA 2X8RA 1JYNA 1ISZA 3GH4A 3WQWA 4AIOA 2WSPA 2YLLA 3AXHA 4HP5A 4AD5A 1BPLB 2E4TA 2BY2A 4AD3A 3AMGA 1FH9A 3GBEA 3SCPA 1XH2A 2XWDA 3W4RA 1Q6GA 1E4NA 4CGTA 3NSMA 1UWTA 2DH2A 1EO7A 2B31A 2DSKA 3CZEA 1EQCA 2VX5A 1E1FA 3MSDA 1DWIM 1NOWA 3AIVA 3GXFA 1WO2A 3RDKA 1US2A 1JF5A 4MADA 2GDVA 2HISA 2WKLA 4R5EA 4GI9A 2DSZA 5D8WA 4AIUA 2EXOA 3AZSA 4Z2HA 4L4PA 3W53A 2YJQA 1J10A 3VOCA 3NDYA 5JBFA 2ZUNA 1HJQA 1HKIA 1O6IA 4X9YA 3WQ8A 1E70M 1WZMA 7CGTA 1Q6DA 3B9AA 1E4IA 2EJ1A 1G1YA 4ZE5A 1V0KA 4PMNA 3T08A 2YL5A 3L4XA 4LPCA 2V3EA 3ALFA 2BV9A 2GK1B 2EPOA 3B8SA 1CENA 2XJ7A 5BXTA 1BTCA 3UR7A 3VGHA 3VIOA 3WEOA 4MJ4A 3N11A 1QBAA 3DC0A 2BVYA 4BQ5A 3FHAA 3FHQA 1E9LA 4YN5A 4EANA 4GKLA 1JZ5A 4FF5A 2WLZA 1NARA 3CZLA 4JL2A 5GNZA 4H8VA 3PZUA 1OD8A 1WZLA 9CGTA 1E3ZA 3AXXA 1IZJA 3BSGA 3DHPA 1UKSA 4B3LA 4TUFA 4W89A 4IPNB 5HPCA 1KCLA 1Q6FA 2CBJA 3WSUA 2WLYA 3CHEA 1M7XA 1CXHA 3WDJA 4P7OA 2CPUA 1WAWA 1JIBA 1FH8A 3ARSA 1E3XA 1OSEA 4NI3A 3BLKA 1C8QA 5BXRA 4HOZA 2WZIA 3AIEA 4WF7A 2ZWYA 4XZWA 2C7FA 2PWFA 1HT6A 5E0CA 2W63A 5HNNA 2DIJA 3WNOA 1F4HA 4AD4A 1JAKA 2WHJA 2J7DA 2BHYA 1JAEA 3TP4A 1BVZA 3PZNA 4C7GA 1OINA 3ALGA 2VZOA 5I3DA 5M17A 3UESA 2NW0A 1PIGA 6CGTA 3RM9A 3CZJA 4UFLA 5E6ZA 2XM1A 3WFLA 3I3EA 1KGWA 3VX1A 3EDDA 4JHOA 1E6NA 4MB3A 1UR0A 4PMRA 4UCFA 1WDPA 4GI6A 2WMHA 1BFNA 4M1RA 4UFJA 5HXMA 3NYDA 2A3AA 1XV8A 1UYQA 4AD1A 3WF0A 3VD4A 5C8BB 3BC9A 1Q6CA 2F61A 4F9DA 1W3KA 4CN4A 2GJRA 1JG9A 1KBKA 3EDJA 4XUYA 3WNLA 4UQCA 2CIPA 3PZQA 3WN6A 3OG2A 4D6HA 4CN6A 2D3LA 1GVIA 2WHMA 2GJPA 4PCSA 1A3HA 4IUGA 3SCQA 3MUZ1 4S3KA 1HKJA 1WCGA 1B1YA 1BAGA 4C7DA 1QNRA 1L8NA 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3CZGA 2BHZA 1UA7A 3WH6A 3UG4A 1UH4A 4AXNA 4LYPA 1UD2A 2ZIDA 4DWSC 2PC8A 2CITA 2UY5A 2EQDA 5CPSA 4DUWA 2AMGA 1UD6A 2JFEX 2Y5EA 4GIAA 1RP8A 1TFVA 1WZAA 1R86A 3QR3A 4QLLA 3PN8A 4OJYA 2DSWA 2XVNA 1ZBWA 1PX4A 2GUYA 1GW1A 3MMWA 4MNLA 1HF6A 2IXUA 4ACZA 3UERA 4D1JA 5I6SA 2VCCA 3VM5A 4W5UA 5KEZA 1EDQA 2X09A 1JD7A 1UKPA 2O9TA 4EAMA 1MW1A 4AZCA 2WMFA 1TUXA 3BLPX 2E9MA 3GXIA 4M29A 4A3YA 1JL8A 2BVTA 3EMZA 3ARXA 1UQZA 4MB5A 1E72M 5IHSA 4WKHA 4D71A 5HPOA 1GOQA 4FLQA 3SURA 3WQ6A 2XGIA 1CTNA 5EFDA 2XPKA 1WDSA 3AHVA 4PUEA 1LG2A 3EDFA 4MNMA 3SCRA 1TE1A 4QDMA 2QMJA 2O92A 3CBWA 4LXFA 1W9VA 1BSIA 2YBUA 1DWFM 2WAGA 4J3XA 3VGBA 1IV8A 1EQPA 2FHBA 1W1VA 4AYSA 3VGFA 2MANA 3B9EA 1D2KA 1VIWA 1NP2A 4B3KA 3IAQA 5C70A 3ZJ8A 2UY4A 1PJ9A 5AC4A 1CGWA 2WB5A 4F9JA 5BRPA 4BA0A 3ARZA 3PZ9A 1JD9A 2PBGA 5F7UA 1UQYA 5JIWA 1EGZA 4RL3A 3GXMA 1CXEA 4PTXA 2D20A 3BAXA 2E8ZA 3CIVA 2UY2A 4X0VA 4IISA 1VB9A 4LQ1A 4CU8A 3BCDA 4AZBA 4U3AA 2ZX5A 7A3HA 3VM7A 2VT0A 1HP4A 3B9DA 1GQLA 3AS2A 3WIJA 1E4LA 3IK2A 1BVNP 3L2LA 1BF2A 2WANA 2RGLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5A8M A;  3SCO A;  1C93 A;  1XCW A;  3ARW A;  3E1F 1;  1SR0 A;  2CEQ A;  4ATW A;  2JIE A;  1G94 A;  2XII A;  3VDC A;  3GNP A;  1OWQ A;  2CBU A;  1W1T A;  1V6Y A;  1PZ2 A;  2V5D A;  5E6Y A;  4AZG A;  4Y7E A;  4ACZ B;  2DSU A;  4JKL A;  2UY3 A;  3HU7 A;  2ZOX A;  3I3B A;  2WZH A;  4PCT A;  3D3A A;  2UWF A;  3UG5 A;  1W3L A;  1JF6 A;  1CGY A;  1UKQ A;  1ZJA A;  1O7A A;  3SIM A;  4AZC B;  3DHU A;  3WY1 A;  2XVG A;  1H0I A;  1OD0 A;  1MQR A;  5D9P A;  1HL9 A;  3WD1 A;  1KR0 A;  2YL6 A;  1JZ3 A;  4PMO A;  1W9U A;  2PF0 A;  6A3H A;  3SCW A;  3CH9 A;  2WBG A;  2VZS A;  1P6W A;  4NSB A;  5ECU A;  4UR9 A;  1HX0 A;  3A4W A;  3L4V A;  4PSR A;  1QBB A;  4QAW A;  3SCT A;  1V6W A;  1DWJ M;  2WCA A;  3ARV A;  2DQX A;  2BXZ A;  4YHE A;  3NCO A;  5FIP A;  3WD4 A;  4ZE4 A;  2XIB A;  4UOZ A;  4ZXO A;  4U33 A;  3ZO9 A;  2G8Z A;  3LPG A;  1C8X A;  1UR2 A;  4HA4 A;  1UA3 A;  1I75 A;  1E40 A;  1MQP A;  2YBT A;  1B3Z A;  4W87 A;  3AYR A;  3ZJ7 A;  2Z1S A;  1MFV A;  2C8N A;  4AZH A;  2GDU A;  2X0H A;  2VX4 A;  2E40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GVYA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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