3D5HA

Crystal structure of haementhin from haemanthus multiflorus at 2.0a resolution: formation of a novel loop on a tim barrel fold and its functional significance
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
ANLDIAVYWGQNFDERSLEATCDTGNYAYVIIGFLNTFGGGQTPALDISGHSPSGLEPQIKHCQSKNVKVLLSIGGPKGPYSLDSRSDANDLAVYLFNNFLLPPGHSENRPFGNAVLDGIDFHIEHGGPSQYQLLANILSSFRLAGTEFALTAAPQCVYPDPNLGTVINSATFDAIWVQFYNNPQCSYSSGNAEALMNAWREWSMKARTKKVFLGFPAHPDAAGSGYMPPEKVKFHVFPAAKKSYKFGGIMLWDSYWDTVSNFSSKILGEGW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of haementhin from Haemanthus multiflorus at 2.0A resolution: Formation of a novel loop on a TIM barrel fold and its functional significance
rcsb
molecule keywords Haementhin
molecule tags Protein binding
total genus 91
structure length 272
sequence length 272
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3d5hA00
4U33A 3CHFA 3T0BA 1J0KA 5ABEA 2BY2A 2W5FA 1BYCA 4JIEA 4ZE4A 4W5ZA 3N15A 4UR9A 3ZJ8A 3AXIA 3OBAA 5IHRA 1QI4A 2CIPA 2VR4A 3AICA 4GXPA 3WQ4A 1B3ZA 1CLXA 1KFWA 4W8LA 1J01A 2O9RA 1K6AA 2RGMA 1GJWA 2UWFA 5HPOA 2DSZA 1E6NA 4JL2A 5EMYA 2VZSA 1TMQA 3PZMA 2DT1A 3VD7A 4HMEA 1OGBA 2G8ZA 2W66A 1JZ7A 1UWQA 4HMCA 5A2BA 2WM0A 4N42A 3VX0A 2BFGA 2G41A 4EANA 3G6MA 4MAVA 1QPKA 4MNJA 2CHNA 3RJYA 2WLYA 2D2OA 1KQZA 4OZOA 4ML4A 2OYKA 3PZUA 3GDBA 1E6QM 3RCNA 5FCZA 3CZLA 5AC4A 4Z2KA 3L4ZA 4URIA 3K46A 1FH9A 4IISA 2OWCA 1HIZA 1NOWA 3CTTA 5HNNA 3AS1A 4W5UA 4DWSD 1Q6EA 5IDIA 4M56A 2VX6A 5A2AA 4C7FA 2G3JA 1UKTA 1G9HA 3VOCA 2WYSA 1XH1A 3AIQA 5IFTA 2EJ1A 4X9YA 1JNDA 4L4OA 1KBKA 1NWSA 3E1F1 1VEPA 3VMPA 3MV11 4D1IA 3K8LA 4P7NA 5CGTA 1AQ0A 3EYPA 4UFIA 1KWKA 1CZ1A 2J77A 2W62A 3N11A 2WC4A 3MV01 1H11A 1OM0A 5E0FA 4J27A 4EKJA 5IHSA 1KCKA 2XWDA 3OLDA 2PWDA 1HL9A 1NH6A 2DGAA 1V02E 3WSUA 2ZOXA 1J0JA 3WENA 1K9EA 1E72M 2J62A 4P8XA 2BXZA 4UOQA 3MMDA 2V3DA 2XIIA 2HVMA 3GH4A 5A6KA 3BMWA 5A6JA 2WK2A 3GXDA 4UZSA 2YDRA 3RM9A 1HVXA 1WP6A 5E6YA 1CBGA 2PWGA 5BRQA 4ACZB 5E0CA 5E6ZA 4BQ5A 2OLHA 4GKLA 2OYMA 3WIJA 4MJ2A 4UCFA 2PB1A 5LA1A 4MPKA 4AD2A 3FN9A 3PZOA 2YJQA 1UR1A 1O6IA 2EO7A 2DIJA 1J0ZA 2QMKA 3VGGA 2AOSA 1DWHM 3BAYA 3TTYA 1LG1A 4CGTA 3SCOA 1JYWA 4TVDA 4JFUA 2VX7A 8CGTA 2CKRA 5M5DA 3M6DA 2VVSA 2YA1A 5CJ5A 4HOZA 2VI0A 2WPGA 4RE3A 2F61A 1XD0A 1VRXA 5CPSA 2BVDA 3S6TA 4PMOA 5A3HA 1C7SA 1FFQA 5LA0A 4BA0A 5GNYA 1AQHA 2ZX8A 3GM8A 5FIPA 1GQLA 1HKKA 3FY1A 3KZSA 4NSBA 4GQQA 1HJSA 3WQ6A 1XCWA 4MDOA 1OGGA 4QLLA 2VVNA 3VPLA 4GIAA 4ZFMA 1ZL1A 3EDKA 4LYRA 2Q8XA 1GVYA 1V6XA 1MXDA 1V02A 2RGLA 3WNNA 2A3AA 2J7BA 3TTSA 3WMBA 1W9VA 4PCTA 1EOKA 1ZBCA 3U5YA 3OG2A 1WZKA 1WDRA 1UKQA 4AWEA 2EPKX 1O7AA 3W0KA 1UZ1A 1RH9A 1V6VA 1V03A 2XVGA 1XYFA 3IJ7A 5I2UA 3ZSTA 1HP4A 4Z2JA 2JEQA 5FOOA 4U5KA 5I23A 4W7WA 1U2YA 3AZRA 4BF7A 2E4TA 3GBEA 1XHGA 4PMYA 1GOWA 3PZGA 4JFWA 1C91A 4QFUA 2BY1A 2G3MA 4OJYA 1GPFA 2JIEA 3BAWA 5CQ1A 4FLQA 1EDGA 3AJ7A 1BSIA 4J3VA 4HZ6A 4AEEA 1JZ3A 3WL0A 1UH4A 3BC9A 1R87A 2YBUA 4J3XA 3GH7A 4DUXA 4Q7NA 3WEMA 1B3VA 4UOZA 4H8UA 1B9ZA 3PHAA 1JI2A 4B3KA 1UKOA 3ARQA 1H4PA 3CPUA 5AY7A 1JDCA 2JALA 1UWUA 4OBSA 2ZXAA 4JHZA 3BAIA 4KRUA 1AMYA 2PBGA 2D0HA 2G4FA 3FAWA 2FHCA 3POCA 4E8DA 1JZ2A 3CZKA 2CESA 1KWGA 3THDA 1XSIA 1UKSA 5LA2A 3VIKA 3A4XA 1OBAA 1BVZA 5LYRA 3W82A 4TVCA 5E70A 3AHYA 5IXEA 1JFHA 3VGEA 2XM2A 4TOQA 2WC7A 3WUBA 3BH4A 2JE8A 1BAGA 1GW1A 1LWHA 2WHJA 2CBVA 2WZHA 3AIEA 1U33A 1DWFM 4B9YA 5CPTA 5JIPA 2ZIDA 3TP4A 4UTFA 1OT2A 3QHMA 5M3WA 3A4AA 1PX3A 2D22A 1E0WA 4V28A 2FH8A 1GUVA 3T0DA 3O6AA 1E56A 4CD6A 3KWXA 2WAGA 2A3CA 1UD2A 1QNOA 1F4HA 3MUZ1 5DT7A 2DSWA 1WKYA 3GZAA 4W85A 5DFAA 2XGBA 3UR7A 1QOXA 4X0NA 2X0YA 3AMKA 4P7QA 1E73M 1KXTA 1M7XA 1V3HA 1H0IA 2BVYA 1UZ4A 3B8SA 5I0DA 2UY2A 4NRSA 3CZGA 3OLGA 1LL7A 4HU0A 3BAKA 4BQ2A 5A6BD 4QLJA 2XVPA 1JZ8A 1VBUA 2OYLA 1CNVA 4P7LA 1JD7A 1QW9A 1B31A 3VM5A 3ARSA 1UR4A 2VURA 2VTFA 2OWXA 3DHUA 2WVTA 1XSKA 1I75A 3NSNA 1DP0A 5BXPA 2GUYA 4MAZA 4GI8A 4YHEA 4CVUA 1LG2A 1Q4NX 3AYRA 3BCFA 1FP9A 3IANA 4QLKA 3PBGA 3GBDA 3NDYA 1H2JA 1E0VA 1VFMA 4D6EA 1M03A 1ODUA 4W7UA 2WCGA 1W3HA 4GZIA 1QI5A 4M29A 4AD1A 1D3CA 5A6LA 2VUYA 5I5RA 3PTQA 3IAPA 4MNMA 1QNPA 4DWSA 3A47A 1ISYA 1ECEA 1ODZA 4XZWA 1MQPA 3FAXA 4W7VA 1NWUA 3KL3A 1DEDA 3SURA 3WDHA 2VMFA 2VNCA 2YL8A 3MKKA 3AIVA 1J18A 1BLIA 2PWHA 1JYNA 1TVPA 1EQPA 3VKKA 2UY3A 4TX8A 1TZ7A 3W4RA 1W3JA 2JIWA 2QLYA 1KXQA 1B1YA 1JG9A 2FH6A 5JBFA 3WBAA 1UWIA 1RP9A 1E5NA 2QPUA 4CD8A 1VB9A 3UCQA 1UWSA 1TA3A 3WFLA 3FHQA 1FH7A 1R7AA 3SEPA 1E0XA 4CD4A 5DMYA 2HISA 4UQCA 2NW0A 1E4LA 2ZUSA 2YL9A 4N0RA 1HKJA 2XHYA 2Y8VA 4HA4A 1V08A 2QPSA 3D5HA 4ZEPA 1M01A 1XV8A 4WF7A 3SCWA 3EBVA 3CHEA 3CH9A 4MADA 4V27A 2ZXQA 1C92A 2GDUA 1CGWA 1RPKA 3UG5A 1GQJA 3RPMA 4CU6A 2VX4A 2WW5A 1Q6GA 3VDHA 2J7GA 1ZU8A 2DPEA 5D9NA 2GFTA 5I78A 3W37A 2JF6A 4FMVA 1J0IA 3VM7A 3S2CA 1WAWA 1EXPA 3CMGA 1IV8A 2IUZA 6A3HA 1QBAA 4TTGA 1CGYA 3PZ9A 5CSUA 5I79A 4UNIA 4WKFA 3RJXA 2C0HA 3UESA 3M46A 1WPCA 3HU7A 3AMCA 1ITCA 2YLAA 4S3JA 4IUGA 1UYQA 4OOZA 2A3EA 4V2XA 2FHBA 3WF2A 1VBRA 3OZPA 3HN3A 4ATLA 4CD7A 1W3LA 2WMJA 4M82A 1KXHA 3PZQA 2X05A 1CLVA 2E9LA 3VNZA 1XRVA 3NSXA 5AC5A 2WHMA 5HDRA 1TUXA 1B3WA 1ISWA 2YA0A 1LL4A 1YQ2A 3UG3A 3WDJA 1P6WA 4R5EA 3UERA 3LPGA 1UKPA 4J3SA 3W53A 1K9DA 2QMJA 4JFTA 1BTCA 4XV0A 4AZ7A 4RE2A 5D9MA 5CG0A 2WZEA 1UQYA 4DWSB 1HNYA 3B9EA 2W92A 1GHSA 1OCQA 1UR9A 3AISA 5A1AA 3OGRA 4D6CA 4CCCA 3WNMA 1UWRA 1GJUA 2WMKA 2WZIA 4AYSA 1V0MA 1E6RA 1WNOA 4IPNB 1WB0A 3WD2A 1CGTA 2J8FA 5HOSA 4D6GA 5DT5A 3RMEA 1E43A 1C3FA 2D24A 5GPRA 1HJXA 1Q6CA 5A2CA 3ZMRA 1W91A 3SCVA 2O9OA 2JFEX 3APGA 3F4VA 2VR5A 3ARZA 1F4AA 1TA3B 2C8NA 3MSGA 4ATDA 3KL5A 1VFOA 1CGXA 4H8HA 4CUCA 1C8QA 1KXVA 3NYDA 3VIMA 3SUWA 1W2VA 3AZSA 2VCAA 4AMCA 2XFRA 2NSXA 4CN6A 1DWAM 6CGTA 4UZUA 3GH5A 2Y5EA 5ABHA 3N13A 3CHDA 1EDQA 3WNLA 2VO5A 1V3MA 3IJ9A 3BLKA 3WNKA 4GO9A 4ZE5A 4DWSC 2XPKA 1I1WA 1SMAA 4AW7A 3W81A 4CD5A 4AY1A 2FDMA 1VFFA 2ZX5A 4AIUA 1FHDA 3K4DA 5I77A 1X1NA 3RM8A 3J7HA 1C7TA 3EDJA 3AYSA 3CMJA 1PIGA 3HJEA 1W9BM 2XG9A 4JHOA 4CN1A 3DHPA 4D71A 4EAMA 1ZS2A 3O2LA 2CERA 1GNXA 3U7BA 4KWUA 2VX5A 4MJ4A 3TTOA 3ZQ9A 1QNQA 5EFFA 1JGIA 3AHVA 1LQ0A 3K4AA 3BSHA 2D20A 4BCEA 4GI6A 4F9JA 3SCSA 2BHZA 2ESCA 1WZMA 3KE0A 1J9YA 2A3HA 5FKYA 3VD3A 3CLWA 1VAHA 1LLOA 4HPHA 5A8MA 2WNWA 4UQBA 3QR3A 4PSPA 2EPNA 3VO0A 3T08A 1XSJA 3OLIA 4P8WA 1XH2A 1UR2A 1H5VA 1B3XA 1EO5A 3WH7A 2E0PA 2J25A 2CHOA 2C7FA 5M03A 1W1PA 5A6BA 4WJXA 3F5KA 2CEQA 1PZ3A 1ZJAA 3QHOA 9CGTA 1EDTA 2DQXA 4W8AA 1MFVA 3EMCA 4LYPA 3ALGA 1VJSA 1E4MM 1LJYA 4PMQA 1OT1A 3K8KA 3GNOA 2J8GA 1EGZA 2D23A 4U5IA 2BY3A 4DUWA 1E6ZA 4QAWA 2OSWA 2DSVA 4LYQA 3DC0A 4X0VA 3L4TA 1JYXA 2E8YA 2DIEA 1K9TA 1CENA 4E8CA 3AIUA 3AHZA 5BROA 3CZEA 2WCAA 1NARA 1SYTA 4HA3A 1JF6A 1V3IA 4K68A 1HJWA 1OWQA 1KQYA 1UHVA 2BV9A 1H3GA 1MQQA 1NP2A 2VCBA 1E71M 4A3YA 3EMZA 3W26A 1ZBWA 2G3NA 4D6IA 5A6AA 3VILA 1UUQA 3W29A 1NQ6A 2CITA 1J0HA 3CBWA 3THCA 7CGTA 2IXVA 4B15A 4WKHA 3DYOA 2DEPA 4PRWA 3BMVA 5F7UA 2CCRA 1WCGA 3VVGA 1XGZA 1NOUA 3VMOA 3EDFA 1KBBA 4MB3A 4ZXOA 3VGDA 3AS0A 1E15A 4UFKA 3WQVA 3ZO9A 2J75A 2Y24A 5E09A 3AQUA 3L4YA 5C71A 3VD9A 5KEZA 4BS0A 4TVUA 5EFDA 2ZUUA 2XGIA 1ESWA 1VIWA 1VENA 2WWDA 3N17A 2VCCA 1UA3A 4PMRA 2Y2WA 5TD4A 1W9PA 3AI0A 3LPPA 3ZT7A 3QOMA 2ZUNA 3NIYA 3WD1A 2PWFA 3ECQA 3DECA 3AS2A 3CZ8A 3WELA 1NM9A 3ARPA 3B9AA 1B2YA 1V0LA 3N04A 2GJXA 3NDZA 3OB8A 3O9NA 2WVSA 4HOXA 2WHLA 3SIMA 2CKSA 4OBRA 1UD4A 4PTWA 2WMHA 4GI9A 1V0NA 1UR0A 2VRQA 4W86A 2VZUA 5JBEA 3GXFA 3VUPA 2W63A 4D6HA 3VDCA 4CCDA 1CXIA 3WKZA 2WLZA 2A3BA 4PMXA 1WZAA 2VOTA 4H7VA 4DUVA 3ZR6A 1N82A 4CU7A 2ZUVA 3WH8A 1ZBVA 1JXKA 3WD4A 4J3UA 1B3YA 2BHYA 2GJPA 3L4UA 3VGFA 1OD0A 5GQBA 1BGGA 1V0KA 3QHNA 4PTXA 4F9DA 4ZXLA 1HJVA 1NWTA 3WNPA 1PZ2A 3AIBA 3F5LA 4PMDA 4M81A 3N9KA 1MFUA 2EEXA 3ZOAA 1J10A 3GXMA 3L2MA 1UH3A 2GDVA 1MW1A 3WEZA 4CVWA 2W4XA 2BVTA 4HMDA 3UR8A 2Z1SA 4P8UA 1E40A 1W1YA 4Z2IA 4KMQA 4HP5A 3U5UA 3WMCA 3U57A 4Z2HA 5CPQA 1B0IA 1OINA 5D9OA 1OB0A 2J7CA 1QI0A 4P8VA 3ZR5A 2W67A 4UQAA 3TONA 3UETA 1EOMA 1UWTA 1HL8A 3K8MA 1NWRA 5GNXA 3SUUA 3WDQA 4J7RA 1S46A 1RD6A 2ZX7A 3N1AA 1PX8A 1C93A 1JYVA 3ZJKA 3AXHA 4AD4A 2PC8A 2G3IA 2VZVA 4H2CA 3ARWA 4NRRA 3LMYA 5DEZA 1HKIA 3DYMA 1US3A 1UG6A 4C7DA 2YIHA 4KGLA 1Y7VA 2GVYA 2DSKA 1HN1A 4LPCA 3SUVA 4JKMA 3CGTA 1V6UA 3VIOA 1JZ4A 4AZCA 3EMQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U33 A;  3CHF A;  3T0B A;  1J0K A;  5ABE A;  2BY2 A;  2W5F A;  1BYC A;  4JIE A;  4ZE4 A;  4W5Z A;  3N15 A;  4UR9 A;  3ZJ8 A;  3AXI A;  3OBA A;  5IHR A;  1QI4 A;  2CIP A;  2VR4 A;  3AIC A;  4GXP A;  3WQ4 A;  1B3Z A;  1CLX A;  1KFW A;  4W8L A;  1J01 A;  2O9R A;  1K6A A;  2RGM A;  1GJW A;  2UWF A;  5HPO A;  2DSZ A;  1E6N A;  4JL2 A;  5EMY A;  2VZS A;  1TMQ A;  3PZM A;  2DT1 A;  3VD7 A;  4HME A;  1OGB A;  2G8Z A;  2W66 A;  1JZ7 A;  1UWQ A;  4HMC A;  5A2B A;  2WM0 A;  4N42 A;  3VX0 A;  2BFG A;  2G41 A;  4EAN A;  3G6M A;  4MAV A;  1QPK A;  4MNJ A;  2CHN A;  3RJY A;  2WLY A;  2D2O A;  1KQZ A;  4OZO A;  4ML4 A;  2OYK A;  3PZU A;  3GDB A;  1E6Q M;  3RCN A;  5FCZ A;  3CZL A;  5AC4 A;  4Z2K A;  3L4Z A;  4URI A;  3K46 A;  1FH9 A;  4IIS A;  2OWC A;  1HIZ A;  1NOW A;  3CTT A;  5HNN A;  3AS1 A;  4W5U A;  4DWS D;  1Q6E A;  5IDI A;  4M56 A;  2VX6 A;  5A2A A;  4C7F A;  2G3J A;  1UKT A;  1G9H A;  3VOC A;  2WYS A;  1XH1 A;  3AIQ A;  5IFT A;  2EJ1 A;  4X9Y A;  1JND A;  4L4O A;  1KBK A;  1NWS A;  3E1F 1;  1VEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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