5HWJA

Crystal structure of keto-deoxy-d-galactarate dehydratase
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
310
structure length
310
Chain Sequence
MDPEQIKTALGSGLLSFPVTHFDAEGRFAADSYREHVEWLAGYKAPVLFAAGGTGEFFSLKPDEIPTIVAAAKEVAGETAIVSGCGYGTEIAVDIARSVEKVGADGILLLPHYLIDAPQEGLYAHIKKVCQSVGIGVMVYNRDNSVLQADTLARLCDECPNLVGFKDGTGDIGLVRQITAKMGDRLMYLGGMPTAELFAEAYLGAGFTTYSSAVFNFVPGLANEFYAALRAGERATCERILVDFFYPFMAIRNRAKGYAVSAVKAGVRLQGFNAGPVRAPLKDLTNEEIGMLEALIGTHKRKAWSHPQFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
publication title Structure and function of a decarboxylating Agrobacterium tumefaciens keto-deoxy-d-galactarate dehydratase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
total genus 111
structure length 310
sequence length 310
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.41: 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase.
pdb deposition date 2016-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hwjA00
1G4SA 1FXPA 3SFKA 1M7OA 1TPEA 1UCWA 4NU7A 4JIQA 4UUIA 3MBDA 3SW6A 1VJIA 5DN1A 3GZ3A 1QAPA 3EEGA 4L4MA 2CZ5A 4NX0A 3HIJA 4NNAA 2VKZG 4X2RA 4PL1A 3EX4A 2Y89A 1AW2A 1X1ZA 3BO9A 1GPWA 4KFOA 3C2EA 1LBMA 3W7CA 3QSTA 3USBA 4MJZA 4K36A 3CEUA 4O8RA 2TRSA 2E6YA 4N4PA 1LOQA 4UMCA 5D38A 4H6KA 2DU2A 4E2BA 5I3GA 5F1UA 2NWRA 4LWWA 1OHLA 5TIMA 3IGXA 2C15A 1LBLA 4B5NA 3MP4A 5LSMA 2I1OA 3P62A 4K39A 3EKZA 2QCCA 3RFAA 3L0KA 3G3DA 3CT7A 4MLRA 1RVGA 2B4GA 1KFLA 3S42A 3GKFA 3KVJA 3N9RA 3W72A 4O12A 3QEZA 3BV4A 1KM0A 3H53A 3GAKA 5E93A 1XUUA 1G6CA 5LKYA 1BEUA 2E6AA 2Y7FA 3QMSA 2QCDB 3SSJA 4BK9A 1FDZA 1WV2A 3T40A 2BLEA 1VLWA 2BTMA 2F84A 5L6UA 1TQXA 4IMGA 4ZMGA 4C1KA 1H7XA 3NO5A 1R2RA 3MJYA 4FF7A 3P67A 4ORMA 3S5OA 1LLZA 1AK5A 1XM3A 2FPTA 3KVKA 3NXFA 2WNNA 4Z1DA 1OFQA 2JKPA 2J9XA 4HPJA 5K4ZA 3M9YA 5C6MA 1TB3A 1GOXA 3DFOA 4GUHA 1OX4A 1AL7A 3WJYA 4JTSA 3M47A 2LLEA 5FI8A 1S5WA 1WBJA 3G1AA 5E1QA 3HB9A 3AO0A 4AMAA 2A7NA 1ZAJA 3GR7A 4UTHA 1QWGA 2V82A 1VCGA 2DZVA 3CWNA 1KFKA 1SW0A 4NZFA 3I6RA 4Y9AA 3ANYA 4UMBA 5D03A 3TQVA 4S1FA 4NJKA 5TQLA 4OGZA 1O95A 5D37A 4Y90A 3W1UA 5D30A 4O14A 1KA9F 1QOQA 1JCNA 4A2RA 3GNDA 3MUXA 2QAFA 1JCXA 3NDOA 5K9DA 1H5YA 3OVPA 1WOBA 4MZ1A 1OF6A 3BPWA 4JR5A 2QUUA 2ZCGA 2KZHA 1R47A 3B0PA 4O57A 4O13A 3TW6A 3WJZA 1OX5A 1UB3A 4NQ1A 3DZ1A 2P1FA 4EOUA 4UR8A 4RK8A 4ZQOA 4GUIA 1SO6A 2TMDA 4XKYA 1TYGA 1YTEA 3TSMA 2EHHA 2OZ0A 5HR6A 1Z42A 2B7NA 4RZ4A 1V5XA 4FX8A 5E0KA 3VKJA 3TC6A 3HG4A 4UTLA 2YFNA 3EWXA 3LB0A 4JEQA 3SGUA 3W83A 3W7OA 4JTLA 3FJ6A 1UJPA 1XXXA 2TSYA 3WJXA 2E77A 2ZZ7A 3LCGA 4FNRA 4ZZ9A 3DFNA 3WJSA 1FCUA 4UTIA 1IXOA 1RD5A 3OEXA 4XWUA 4DPPA 3CB8A 4WZHA 1T8XA 3UPBA 4PL2A 4OHQA 2IQTA 2QCHA 3CEPA 1WX0A 3W74A 5CPLA 1GVRA 1HG3A 1B57A 3O07A 1F6KA 1GVSA 2A85A 4GJ1A 3W1QA 1TPH1 5AN7A 5EMUA 3UZ5A 3LGEA 4JTGA 2YPIA 4WOZA 2HS8A 4WQ6A 3S9YA 1WYIA 4PCFA 1E51A 4DPQA 3LRLA 3PBUA 2ISWA 4IOTA 2EF9A 1XCFA 3PC0A 4IXHA 2YW4A 2C13A 4GE8A 1DQWA 1FCVA 1R2TA 4ZQMA 2NX1A 2V2DA 4CNNA 4AWTA 4WX2A 4RCXA 2NUYA 1KM3A 2FB2A 3A22A 4K6AA 2VEPA 3LBMA 1TPWA 3O1NA 3ATYA 1K7EA 3HG5A 4U28A 1TMHA 1ADOA 2ATMA 1OFRA 5AHIA 1UUOA 3TSDA 1IIHA 3KRZA 5SWUA 4OE7A 5CPOA 3NL3A 3PS7A 1N55A 1W37A 5AFDA 2J27A 3W86A 1YDVA 3DKLA 4LRSA 1N7KA 1QFEA 3LRKA 3H55A 1MSSA 1TPB1 4UFKA 3L68A 5L9FA 1KM2A 3WJWA 5FEXA 5H91A 3CHVA 1SSDA 3M7WA 3MYPA 1FCBA 4XTIA 1SO3A 1OFAA 2G95A 1PL9A 5BMXA 4Y8FA 4M7SA 1VYPX 1H1YA 3G0SA 3N2XA 3TMLA 5LNVA 1W1ZA 3HGOA 1H7WA 3A23A 5DELA 4X3ZA 1ME9A 2EGZA 3NZ1A 3DKJA 1ML1A 4JS3A 3W1NA 4LUJA 3LLFA 3PR2A 2HS6A 3FOKA 2X1UA 2BSLA 1YDOA 4QISA 4HNNA 3ZFHA 3S0CA 2QCGA 3BW2A 4QAIA 1TV7A 3C3NA 3G1YA 4X9SA 2ZTKA 3TUUA 1GVQA 4UNLA 4LS2A 4Q32A 4FEZA 2JK2A 2V0TA 2Z1BA 2YYTA 1OF8A 4CLMA 2A5HA 4TU1A 1EP2A 2FQIA 5HUPA 1P5BA 4FNQA 1P4CA 3C6CA 1EB3A 4LRTA 1HTIA 4IMCA 3PG8A 1LBFA 1EIXA 2D73A 1GG0A 1KM5A 1TRIA 5LGZA 2NXGA 4RKAA 5CSRA 4MFEA 2DZTA 3L2IA 1W5MA 3DENA 5I3JA 1XUZA 4CQ8A 1FWWA 3LXBA 1JUKA 3NQCA 4NJIA 4JTEA 3NPUA 2QCEA 4O4VA 3NA8A 2ABAA 4MJMA 5FEPA 4ONVA 2XN2A 3GKAA 4RXFA 3DFQA 2V30A 3L0GA 4YCPA 5G1YA 1WDWA 4YXGA 4FIQA 1TO3A 1VHCA 2OJPA 2RDWA 1QOPA 1T96A 4FX6M 4O28A 3WK3A 1K02A 4UC5A 1H7RA 1GYNA 3IIPA 1F2JA 4A22A 3MHUA 4N6EA 4WY0A 4XBKA 3M43A 2VFDA 2GVJA 4C1LA 3W6YA 3G22A 3W7KA 1KV8A 3PVFA 1QPNA 3U6WA 1TCDA 1TQJA 2B7PA 3IIOA 4QNWA 2CLIA 1C29A 2HSAA 2FPVA 2DZUA 1TPUA 1U5JA 1RPXA 4JYEA 2HMCA 3M0ZA 1Q6LA 3GDTA 3TC7A 1HUVA 4HSNA 3TR2A 4JTKA 5AHEA 3P8JA 4ADSA 4Z0JA 2AQWA 3O6DA 1TPVA 3S5NA 2A6LA 3HQ1A 4FXSA 3TROA 2R94A 3W7QA 3S1VA 4FHAA 3UWUA 5D02A 4DBDA 5A5WA 3B05A 3W7DA 1F6PA 4IPIA 3CLMA 5AYXA 3DFTA 1SO4A 2CLMA 4GBUA 3FYPA 1JRBA 3NPXA 1K3UA 3PUEA 3TFXA 5EY5A 4NX5A 1XDMA 4MZ8A 2Z6JA 3W7IA 1VC4A 3G0UA 1I2RA 1VR6A 3GVGA 3C56A 1VPXA 1XL9A 1ZALA 3B06A 2A4AA 3DXIA 4BR1A 4YWIA 4FX7A 3W87A 5BNKA 1TREA 1DL3A 4CCCA 2EAWA 3W7NA 4W9TA 4H4IA 1TSIA 4UFJA 4GC4A 4XQ6A 1AW5A 5AHLA 5HJLA 3UYCA 4ORIA 3BG5A 4O10A 2PCQA 3QFEA 4UCGA 4NUWA 1BKSA 4TO8A 1KW1A 3I7QA 4JX5A 5FF2A 5I3FA 4UIOA 3IVUA 3NNTA 4UR7A 2ZZ5A 1PS9A 5D2YA 4DF2A 5D33A 3HPXA 3DGRA 3W23A 3MO7A 4CCDA 3F4NA 3I7RA 1O5XA 3P60A 5F4SA 1OVDA 3ABRA 4O53A 1LRQA 2DP3A 2YW3A 8TIMA 3M5YA 3EB2A 1L9WA 1WA3A 1KFBA 2BX7A 3QQ1A 1CI1A 3MP3A 4JTTA 4JX6A 1A5SA 4ZL1A 4WUIA 3OG3A 3IIXA 1M7PA 3OIXA 2VEIA 4O1DA 1L2UA 2E5CA 4QQ3A 3PBWA 1DHPA 2VXNA 4M6PA 2FTPA 1OFOA 3ZWSA 1OFBA 2QDGA 4FNTA 3S1UA 5KTLA 5G2HA 1SFLA 4KKXA 4LOCA 2V2HA 1VYSX 1OYAA 4UXDA 4UFLA 4WOQA 3I7SA 2V5LA 2BXVA 3INPA 5CZSA 4LVAA 3W2NA 2QCNA 1GZGA 3W1PA 1GWJA 3IRDA 2RDTA 4WXYA 1OYBA 4GUGA 1LORA 2X1RA 3QZEA 3MWAA 3O15A 4JDBA 5AB3A 5FF3A 3W85A 3LXAA 4OBTA 1EWDA 1P0KA 2H8ZA 3MI6A 4A21A 1T0OA 1I4NA 2O7QA 5BW6A 1PE1A 4HKPA 4YL2A 4HNTA 3DH7A 4XBSA 2I14A 3STCA 3W73A 2TYSA 1EEPA 2GQ8A 2DZSA 1YDNA 1SPQA 1VCFA 3GAYA 3C61A 4ZQNA 1F73A 3TXZA 4IUOA 1CW2A 3C2VA 4PC8A 1KTNA 2VFFA 3E49A 5EPDA 3GXTA 3W7RA 3LHWA 1C9DA 3LCFA 3ABOA 3W84A 2C6QA 3QSRA 6TIMA 2H8XA 4K38A 2DZXA 2QKFA 1OK4A 4UMAA 2CZEA 3LTYA 3Q58A 3QQ0A 4QIUA 4YMZA 4IGHA 1D3HA 1H50A 1H63A 1VZWA 4N9EA 4Z1AA 1O4UA 2YX0A 1IF2A 5K9XA 1XI3A 2V9DA 1IXNA 2P10A 1DBTA 3BW4A 4LVDA 3QW4B 1NVMA 4BWLC 3T44A 3PY2A 3C2RA 3GDMA 4M7TA 3KX6A 4M6VA 3LHUA 4ADUA 3GDKA 5K2ZA 2C1HA 1PHWA 3TW7A 4BI5A 3W1RA 3G1DA 3FKKA 4MPQA 3C4UA 4O16A 5FEZA 3KRUA 5CG7A 2FJKA 1OK6A 2YXGA 2YCEA 2QEZA 2H90A 4LU0A 4UFHA 3NM3A 5CPNA 3BLFA 1W56A 3STFA 1F7BA 4GWEA 4J9JA 3MHFA 3UWWA 1F76A 3G18A 1B9BA 3TAOA 4DO4A 3FFSA 5C54A 3LCLA 1JQXA 2H6RA 4MY1A 2NV1A 1W8SA 2WNZA 3C8FA 5DXYA 2BWGA 2Y61A 3GLCA 3LHYA 1GTEA 2YGYA 4NNCA 2ZZ3A 2QCDA 1EP3A 5EA9A 3G0XA 2VFIA 2Y7EA 4I7UA 1QR7A 3LX9A 2RH9A 5U4NA 2WV8A 3EWYA 4HSOA 4MIMA 4ZQCA 4RJEA 2Y88A 4UTTC 1TJRA 3F1QA 5CZTA 2WNQA 2NUWA 3JRKA 2WPBA 3G1VA 2FIQA 5EL1A 5K3VA 3R5EA 3V1PA 2VEKA 4TX9A 4P61A 3EX1A 1TIMA 1QPRA 3PF3A 4RZ5A 1Q45A 5C2XA 4JTUA 3HJZA 3RMJA 3EXSA 1DORA 3HG2A 3LHTA 1KFJA 5HULA 1ME7A 2Q8ZA 4O18A 2CLKA 2ZRWA 1QO2A 3L66A 1KM1A 4XKYB 4EF8A 1TRDA 4O52A 5F4WA 2Y63A 1I8JA 5I3KA 5F2IA 2JGQA 1A5CA 2WKJA 1R30A 3EXRA 1G69A 2FPYA 3AJXA 2DORA 1FDYA 1VHNA 3W2UA 3LOTA 2Y7DA 5AYZA 2ZZ1A 1Q6RA 3L5AA 2C0AA 3C2FA 2Z0IA 1K03A 3QMTA 3TKFA 4Z08A 3IVSA 4MYXA 4GRSA 2ZRZA 1DOSA 4O4WA 5D04C 5D09A 3O6CA 2V8ZA 4HHPA 2VENA 4N4QA 4DBEA 1BTMA 2ABBA 5D32A 5DBTA 1G4EA 2X30A 3VI2A 3W1MA 1G7VA 3R2GA 2TPSA 4A29A 3TA6A 4S2BA 5EYWA 1BWKA 4IWWA 4CNOA 3OVRA 2ZA2A 1RQBA 3O16A 1XDLA 1B3OA 1LCOA 3W7JA 1FCQA 4JTHA 1G7UA 4D2JA 2QCFA 3GDRA 3QW3A 4E0CA 3KHJA 3EX3A 1KTCA 3W2LA 1MXSA 3UY7A 1D3GA 4KWVA 4NJHA 4QITA 4O0KA 4PH6A 3W2KA 5KITA 4LV4A 3TAKA 2PRHA 3DBPA 3O63A 4M6QA 3WK2A 3TU9A 3BLIA 1H7PA 1THFD 3G8EA 3FA5A 3B03A 3NQMA 4HN4A 1IXQA 3W7MA 2RDUA 3ELFA 1JCLA 1KFEA 3EWWA 3M16A 2XN1A 5KINA 1D9EA 3NVTA 2ZFAA 2P0OA 1TPFA 5BOOA 1KTBA 3NEVA 1VS1A 2G97A 2CZFA 4RLIA 5C5YA 3W3OA 1NAL1 1A50A 4WY0F 4ALDA 2QJHA 1QPOA 1VH7A 2GVGA 1YPIA 1FWRA 1QO5A 2RFGA 4OT7A 2A6NA 1SR9A 3N9SA 2Z2UA 2YYUA 1KV5A 3CWOX 4A2SA 5KSWA 5DXXA 5U7SA 3W7PA 3CIXA 3PSVA 3TK7A 3S8HA 3QRHA 3Q94A 3G1XA 4GUJA 3A5FA 1ZY9A 1GEQA 2JBMA 3DHDA 1YXDA 4FXRA 3U2OA 5HWNA 3B0UX 3VNDA 3M1ZA 1ZAHA 5CZJA 3PB0A 1Q6QA 2WO5A 3STEA 3NQVA 3SGZA 1OYCA 4LV9A 2A7RA 3GR8A 3NR0A 3VCRA 4M19A 3DHFA 3THQA 5IBXA 3W7EA 1SU5A 1B4KA 4CNPA 4Y6GA 3ABQA 3SIZA 4UNKA 4N9DA 5H2ZA 3P74A 1XKYA 1QDSA 1EUAA 1S5VA 3KOFA 1JUEA 1IXPA 4JN6A 3U8GA 1I2NA 3P61A 4JICA 3O6YX 4AHQA 3KXQA 4EIVA 4N9BA 1ZCOA 4FNSA 1J5TA 1GVOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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