1EDGA

Single crystal structure determination of the catalytic domain of celcca carried out at 15 degree c
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
MYDASLIPNLQIPQKNIPNNDGMNFVKGLRLGWNLGNTFDAFNGTNITNELDYETSWSGIKTTKQMIDAIKQKGFNTVRIPVSWHPHVSGSDYKISDVWMNRVQEVVNYCIDNKMYVILNTHHDVDKVKGYFPSSQYMASSKKYITSVWAQIAARFANYDEHLIFEGMNEPRLVGHANEWWPELTNSDVVDSINCINQLNQDFVNTVRATGGKNASRYLMCPGYVASPDGATNDYFRMPNDISGNNNKIIVSVHAYCPWNFAGLAMADGGTNAWNINDSKDQSEVTWFMDNIYNKYTSRGIPVIIGECGAVDKNNLKTRVEYMSYYVAQAKARGILCILWDNNNFSGTGELFGFFDRRSCQFKFPEIIDGMVKYAFGLIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of a bacterial cellulase belonging to family 5.
pubmed doi rcsb
molecule tags Cellulose degradation
source organism Clostridium cellulolyticum
molecule keywords ENDOGLUCANASE A
total genus 140
structure length 380
sequence length 380
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 1995-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1edgA00
3U5UA 4AIEA 3WN6A 3AHZA 4AZBA 3K1DA 3WQ4A 2J79A 4PYSA 2YBUA 2E9BA 3TONA 2ZXAA 2PI6A 1OWQA 1E6XM 3L4UA 2XYLA 4RE4A 3W27A 4PMDA 2RGLA 2WNWA 5IDIA 3WH8A 1WZMA 4J3TA 3FNDA 2BNJA 4QLLA 1FH8A 2VCAA 2ZUSA 3W38A 5CSYA 5BXPA 3EDJA 4N0RA 3AHTA 2XM1A 2X05A 3WDRA 3K8MA 1VBRA 3DYOA 2QMJA 1MQRA 4ZXOA 4ATLA 4BF7A 4CN4A 4U33A 1GQIA 2CKSA 2ZXBA 4BQ5A 3W37A 1V6VA 2RGMA 3QHMA 5A6LA 2J74A 4MNJA 4E4PA 4HA1A 1CENA 1MW1A 4DWSD 4D6GA 1QHZA 4XB3A 4J3WA 8CGTA 4WJXA 2WVVB 2ZUWA 1DHKA 2DH2A 5ABFB 1LL4A 1EO5A 4H8VA 1JAKA 1BSIA 3ARYA 4D6HA 1XC6A 3OLIA 3ARPA 3T0AA 4M29A 3UEQA 5A94A 2XIBA 2YIHA 2YOCA 1EQCA 1UR9A 4PSRA 5CGTA 5A2BA 3PZOA 1R87A 2ZOXA 4PMYA 5FCZA 4GXPA 3VM7A 2JE8A 3VGDA 3MV01 4UFHA 3AHXA 2OWXA 4JL2A 1UQYA 4FF5A 3AJ7A 4KRUA 3SCOA 4GQRA 3RPMA 2WVVA 3WDJA 2ZX5A 4BCEA 2WC7A 2G3IA 5ABFA 2D0HA 4EAMA 2EPOA 1UG6A 4HPGA 4DWSB 2FH6A 1TFVA 1LLOA 1V6YA 4TTUA 1UKOA 4D6DA 1E6PA 2BVDA 1XV8A 1H3GA 1BTCA 3OGRA 4LYQA 3DC0A 1KWGA 5DEZA 2QPUA 2MANA 3WEZA 1I75A 1C90A 3WBEA 1MVYA 1QI3A 5EB8A 2FDMA 5A6BD 3AMCA 1PIFA 1RD6A 3LPGA 3HJEA 4H8UA 4U31A 1ODZA 5A1AA 3AMLA 5A6SA 3QOMA 2CEQA 4IM4A 3BSGA 4ML4A 1KCLA 2BY2A 2YLLA 4KWUA 4HU8A 1CGTA 4E2OA 4DWSA 1E1FA 1KXHA 1V0MA 2PBGA 3NIYA 1BGAA 4ZENA 1BGGA 4Z2HA 5BRQA 2WC3A 4XV0A 2GJPA 1CGXA 1AVAA 3K8LA 3G6MA 1H0GA 1IT0A 4FLOA 1RP9A 4MNLA 2A3BA 1KBBA 1PX4A 3N18A 1JYNA 1NQ6A 2EBNA 4JFTA 3W26A 5KEZA 1HL9A 5HPOA 2DT3A 3GBEA 4J3SA 3GM8A 4JFVA 1F4HA 4F79A 4WF7A 1OD8A 1VFUA 4CU7A 1RPKA 1H5VA 1FOBA 3CTTA 5CQ1A 3VIPA 3PZIA 1QOXA 4EK7A 4XX6A 1EDQA 3GXDA 1UR8A 2F61A 1QNPA 2VZOA 3CHCA 4AZIA 2J8FA 3SUTA 2DQXA 4OZOA 3PZMA 2WXDM 2W62A 2PWFA 3AXHA 1J0IA 1UA7A 2ZX7A 3ZJKA 5HOSA 5D9OA 1ZBWA 1JXKA 1PBGA 3EDEA 1R7AA 5CPSA 2FGLA 5E6YA 2J7CA 2JF6A 4P8VA 1EDTA 1WNOA 3WF1A 4HMEA 3T2OA 1E43A 3NDYA 1GNXA 5E0FA 3PTKA 2F2HA 2OWCA 1WKYA 2V5CA 2WWCA 3TTOA 1DP0A 3TOPA 1K9DA 3AMKA 2J75A 1JFHA 3T2QA 4CD7A 2BS9A 1CXFA 1CDGA 5IXEA 3ARSA 1BAGA 2ZUVA 1KFWA 2E9LA 3AZRA 4HU0A 1CGUA 4CU8A 1TMQA 1J0ZA 2Y5EA 4GKLA 4U5IA 5E09A 4HP5A 1PAMA 1MW2A 3VGHA 1LG2A 1XGZA 5DFAA 3GXIA 2WKLA 5JBEA 3BCFA 3WEMA 2NW0A 2CBVA 1W9PA 1CGVA 3VD7A 4GI6A 4UZUA 1AMYA 3ARXA 1UKSA 1R8LA 5M5DA 1XD1A 1BFNA 4AZ6A 2PBOA 4AZGA 3MSGA 2ZUNA 3OLEA 2D3NA 2ZUMA 3CIVA 1HJWA 1W9UA 2ZX9A 4PMXA 3NSMA 4Z2IA 3BAXA 1VRXA 4P8WA 1BYAA 2W92A 3ALFA 4PCTA 3EDDA 1GCYA 4R27A 3VGBA 1TCMA 2CCRA 1KB3A 1WP6A 3ZM8A 4AEEA 3F5JA 4OOZA 5E0CA 4ZE5A 3CMJA 3MANA 3OLDA 4W7UA 3WNPA 1IZKA 2XFYA 5CLTA 3WEOA 1B0IA 4GI8A 2YA0A 5LA2A 3WQWA 2VVSA 1JYVA 4AC1X 1TE1A 1HJXA 4M56A 3ZOAA 3BLPX 4Z2GA 2OSYA 3AFBA 3KL5A 4TUFA 1K9EA 1US2A 1KXTA 3TTSA 4NRSA 2WWDA 3UR7A 1CXIA 3PZQA 3W6MA 3AS3A 2WCGA 3GNRA 4NF7A 1R7OA 1XSKA 2ZWYA 2DT1A 2J7BA 4M1RA 3VIOA 2O9TA 1D2KA 2W91A 2GJRA 1JFXA 1OT2A 3AIUA 3SCUA 1V6WA 1L0PA 3VX1A 3WQ8A 4FK9A 4YPJA 4F9DA 3NJ3A 2XHYA 4TX8A 1WE5A 5I2UA 3WMCA 2WC4A 3PN8A 1G94A 1XH0A 1WCGA 4D1IA 3WDQA 4M24A 2F8QA 1GJWA 4FMVA 1O6IA 3GYCA 2GDVA 3W25A 1O7AA 3TTQA 4AD4A 1VEMA 2VOTA 2WPGA 4Z2JA 4A3HA 1RP8A 1QNQA 4P7RA 4W86A 5HDRA 4W5ZA 5AY7A 3BH4A 2VRQA 1UUQA 3ZMRA 3LPPA 1NOWA 2WYSA 2XVKA 4JFWA 4W88A 1KGXA 2JEPA 1E15A 2VRKA 4FLQA 1JZ6A 4NSBA 1B3YA 2VMFA 2ESCA 1XSIA 3CH9A 3TTYA 1J10A 1R86A 3ZO9A 1HVXA 4KMQA 4GZIA 2X09A 4AIUA 4D6CA 1ISWA 2OYKA 1K9TA 3M6DA 3IAQA 5HPCA 5BROA 1B3ZA 1AQ0A 2CESA 2WMJA 2CBIA 1JZ4A 1J9YA 3OZOA 1VEOA 1ISYA 3WNKA 3GXMA 2DIJA 1AQMA 2J62A 2D0FA 9CGTA 2WMGA 1E3XA 4C7GA 1OGBA 2PWHA 4MPKA 5D4YA 2OYLA 1WAWA 1EOMA 4MAVA 4W84A 1QPKA 2O9RA 3KL3A 1VAHA 1JNDA 1BG4A 1OT1A 4JKLA 1ISZA 4U2ZA 3UG5A 1OGSA 3VINA 4Q7NA 4JZ5A 2OYMA 3B9EA 4IISA 2NT1A 3PBGA 2J7GA 3VX0A 1MQQA 3BAWA 1HJQA 1BYDA 2ZX6A 2V38A 3AIRA 3OIHA 3T0BA 4OKDA 4AZHA 5JBFA 2ZICA 1QW9A 4AZ7A 5BXSA 2OSXA 2W5FA 1H09A 4NRRA 2VX7A 2EPKX 3RM4A 1OCQA 2CIPA 2DSKA 4ATDA 3WMBA 3VD9A 1A47A 1NWUA 4U3AA 1VFFA 3SCTA 1JD7A 2WHJA 2BXZA 1IV8A 4QCFA 3GBDA 3VDBA 3UETA 5A6AA 5E9AA 2E40A 1CIUA 2VR4A 3ALGA 1I1XA 5HXMA 3WNOA 2WVSA 3TP4A 1VBUA 4ZEPA 3DHPA 2X0YA 3CUJA 2BHUA 2JIWA 3W28A 1MXGA 3L4WA 3AIQA 4H8HA 4PRWA 2DSVA 2GUYA 4AW7A 4P7QA 4K68A 2WKGA 3WIJA 5M03A 2CHOA 4N42A 3WD2A 4GI9A 1SFSA 1C7TA 1S46A 1EXPA 1GQKA 3OZPA 1TVPA 2VC9A 3SUVA 1E1EA 3RJYA 1DEDA 1W2PA 2EQDA 1V02A 2J7HA 1OGGA 1ZJBA 1GOOA 1ZU8A 1TUXA 3II1A 1W9DM 3QHOA 3ARUA 2DDXA 2HISA 4V27A 2DT2A 2FH8A 1CXEA 5HBFA 1JAEA 3RO8A 1BF2A 4MTVA 1UA3A 1E71M 1E9LA 1B31A 4CCEA 1XCXA 2UY2A 4UQEA 3VDCA 2WMIB 4HTYA 1WDQA 3SCPA 4D6JA 5BCAA 1N82A 1JF6A 1CXKA 1J0JA 1LF1A 1V03A 1UR1A 5CGMA 4UQBA 1FHLA 3PZVA 1FP9A 1GOWA 2ZUTA 3NCOA 4P8XA 1LL7A 1QHPA 1JIBA 3WH7A 1C8YA 1SMAA 1UWSA 4CVUA 1QI0A 2V3DA 4AIOA 3VNYA 4M8UA 3FAXA 4CD8A 5A8OA 2WMFA 6TAAA 1CYGA 3VUPA 3MUAA 2XPKA 1EOKA 4KH2A 2V3GA 4DUWA 1PPIA 1PZ3A 2X1IA 5GNZA 3WH6A 3SCNA 2A3CA 1V3IA 1KQZA 2JEQA 1BPLB 3IAPA 3SURA 1M01A 3PZ9A 1KGUA 3SCSA 4PMOA 2W67A 2WMIA 4NZCA 1M03A 4LGXA 1W9XA 1HKKA 2V3EA 1ISXA 1HF6A 4WLCA 1CECA 5GPRA 3OBAA 4D72A 1X6NA 2XGBA 1QNSA 1V0NA 1HT6A 1JZ2A 3A4XA 1MYRA 1XYZA 1E70M 3MUZ1 1W2VA 1SYTA 3AQUA 2PWDA 2WM0A 1M04A 2DSZA 3MU7A 5I24A 1W3JA 1GQLA 3POCA 2XGIA 1E5NA 1CBGA 4UZSA 3M07A 3BGAA 3CHDA 1MXDA 3MUIA 1V3LA 3L2LA 4CN1A 1UH2A 3W6LA 4BQ3A 1CGWA 4M80A 1UR0A 1HJVA 1TR1A 3CUHA 1B1YA 1JNEA 2G8ZA 2YBTA 3CZKA 3WUEA 4JHOA 1C7SA 2YDRA 1NARA 1LL6A 3FAWA 3N9KA 1NOUA 4W7WA 2CXGA 2J7FA 3VIIA 2Z1KA 4WIWA 4JCMA 4TXEA 5ECUA 3RMEA 4AZCB 2C0HA 1E6RA 1H4PA 1B30A 4X9YA 1FH9A 2VZVA 1H1NA 2VURA 4F66A 1WPCA 3MMUA 2W63A 1VIWA 2EJ1A 5CZKA 3CZLA 1BLIA 1DWHM 5ABHA 1CEOA 2CERA 3T2PA 3VU2A 3CHFA 3PZNA 1OINA 4WK9A 5D9NA 5IFTA 3N17A 1EGZA 3HU7A 1E40A 5A8MA 3VKKA 3IJ8A 3AOFA 4PCSA 2EO7A 3AYRA 2WHKA 3BSHA 1CPUA 4GZEA 4TVDA 4AY1A 4J3VA 1KR1A 4EKJA 4YN5A 4PUDA 3FXYA 3CGTA 2XIIA 4AD0A 4ACZB 4AZCA 1GONA 1TVNA 1B2YA 1E0WA 2WVTA 3I3BA 2BHYA 4WSKA 1QNOA 3VM5A 5ABEA 5FL0A 2YJQA 1CWYA 1LWHA 1NP0A 3A6OA 2B31A 1SR0A 3AI0A 3WFLA 1W3LA 2QV4A 1US3A 4Y7EA 3WUBA 3NDZA 4YHGA 2J7DA 3K4DA 4MJ2A 3WQ5A 3N1AA 1NP2A 1PX8A 4MDOA 3AIWA 3AHVA 3GZAA 2XSBA 5BRPA 3PTMA 1GZJA 5D8WA 1J12A 4J28A 2CYGA 3G6LA 4UFIA 3WL1A 4GO8A 4OBSA 1WZLA 4JHZA 5A6BA 4PTMA 4BA0A 4P7OA 1NM9A 1UD4A 3DECA 2J77A 4ACZA 1E6ZA 1SMDA 4PUEA 3AIVA 2EPLX 1U33A 1B3VA 2WMHA 2Y2WA 4W7VA 3N15A 2GVYA 1W1PA 4OOUA 3K8KA 3VIMA 1HKIA 2E8YA 3F5KA 3SCVA 3VD3A 3WD3A 3U5YA 2YL5A 5DMYA 1KCKA 4DUVA 2YDSA 2VT0A 1JI2A 3L4ZA 2YDQA 2XVNA 1C8QA 3VMOA 3PHAA 5A2AA 4BQ4A 3VPLA 2XUCA 3AISA 5CPTA 4ZXLA 1VJSA 3IK2A 1V02E 2WZHA 2WBGA 1Q6DA 2JF7A 1NWSA 1V0KA 2C8NA 4WSJA 2ZWZA 3M7SA 3U7BA 2BY0A 1UHVA 4CKQA 2VX5A 1LG1A 1JXJA 2WHMA 5C71A 5DF0A 1V3KA 2BFGA 2BXYA 3APGA 3WMSA 3MMWA 3WBAA 1PJ9A 5A6KA 8A3HA 4J3UA 3W24A 5C8BB 3K4AA 4PMRA 1HKJA 3UESA 2ZXQA 2XJ7A 3O2LA 1CLXA 4AZ5A 3AMGA 1J18A 1WZAA 1BYCA 2WCAA 1A3HA 4GQQA 1JZ3A 2IXVA 5D9PA 2CHNA 3BCDA 4AEFA 1VJZA 1WDSA 1MFVA 4KGJA 2GK1B 3OA5A 3D3AA 1UOKA 1TZ7A 3WH5A 4HPHA 2O9PA 2DPEA 3AS1A 4H7VA 3SCRA 4UTFA 3KZSA 4UOQA 1JDAA 3WELA 2QHAA 3KL0A 2ZXDA 5I0DA 1J0YA 4HA4A 2GJXB 4PN2A 4QDMA 2BVTA 3D5HA 1GHRA 1OM0A 3O9NA 4PBGA 2E3ZA 3SEPA 3WY1A 1HJUA 4W89A 4J7RA 1UWTA 4LPCA 3F4VA 3PZTA 3AIEA 2J78A 4CVWA 1UKTA 3MS8A 3WH9A 3L4TA 2YKKA 2G41A 3EDFA 3T0DA 3EMZA 1W9BM 3BLKA 5A8NA 2GK1A 2GDUA 4GZJA 5FL1A 2XFFA 1P6WA 4QCEA 5ABGA 1BG9A 3LMYA 3ZQ9A 5BYWA 2X0HA 1GW1A 2GJXA 2UWFA 3MKKA 3L4XA 1C91A 1DWIM 4MNKA 5IHSA 4HMCA 4UNIA 3HN3A 1MW0A 1XH2A 1Z32X 1G9HA 2WK2A 3SUUA 3RIKA 4IUGA 3WD4A 4WKHA 3I3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3U5U A;  4AIE A;  3WN6 A;  3AHZ A;  4AZB A;  3K1D A;  3WQ4 A;  2J79 A;  4PYS A;  2YBU A;  2E9B A;  3TON A;  2ZXA A;  2PI6 A;  1OWQ A;  1E6X M;  3L4U A;  2XYL A;  4RE4 A;  3W27 A;  4PMD A;  2RGL A;  2WNW A;  5IDI A;  3WH8 A;  1WZM A;  4J3T A;  3FND A;  2BNJ A;  4QLL A;  1FH8 A;  2VCA A;  2ZUS A;  3W38 A;  5CSY A;  5BXP A;  3EDJ A;  4N0R A;  3AHT A;  2XM1 A;  2X05 A;  3WDR A;  3K8M A;  1VBR A;  3DYO A;  2QMJ A;  1MQR A;  4ZXO A;  4ATL A;  4BF7 A;  4CN4 A;  4U33 A;  1GQI A;  2CKS A;  2ZXB A;  4BQ5 A;  3W37 A;  1V6V A;  2RGM A;  3QHM A;  5A6L A;  2J74 A;  4MNJ A;  4E4P A;  4HA1 A;  1CEN A;  1MW1 A;  4DWS D;  4D6G A;  1QHZ A;  4XB3 A;  4J3W A;  8CGT A;  4WJX A;  2WVV B;  2ZUW A;  1DHK A;  2DH2 A;  5ABF B;  1LL4 A;  1EO5 A;  4H8V A;  1JAK A;  1BSI A;  3ARY A;  4D6H A;  1XC6 A;  3OLI A;  3ARP A;  3T0A A;  4M29 A;  3UEQ A;  5A94 A;  2XIB A;  2YIH A;  2YOC A;  1EQC A;  1UR9 A;  4PSR A;  5CGT A;  5A2B A;  3PZO A;  1R87 A;  2ZOX A;  4PMY A;  5FCZ A;  4GXP A;  3VM7 A;  2JE8 A;  3VGD A;  3MV0 1;  4UFH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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