1TVP | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	293
structure length	293
Chain Sequence	AVEKLTVSGNQILAGGENTSFAGPSLFWSNTGWGAEKFYTAETVAKAKTEFNATLIRAAIGHGTSTGGSLNFDWEGNMSRLDTVVNAAIAEDMYVIIDFHSHEAHTDQATAVRFFEDVATKYGQYDNVIYEIYNEPLQISWVNDIKPYAETVIDKIRAIDPDNLIVVGTPTWSQDVDVASQNPIDRANIAYTLHFYAGTHGQSYRNKAQTALDNGIALFATEWGTVNADGNGGVNINETDAWMAFFKTNNISHANWALNDKNEGASLFTPGGSWNSLTSSGSKVKEIIQGWGG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Pseudoalteromonas haloplanktis
publication title	Structure of a Full Length Psychrophilic Cellulase from Pseudoalteromonas haloplanktis revealed by X-ray Diffraction and Small Angle X-ray Scattering pubmed doi rcsb
molecule keywords	cellulase
total genus	119
structure length	293
sequence length	293
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2004-06-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1tvpA00

2WLZA 4F9JA 2WVTA 4NRSA 3CPUA 1CXLA 1M03A 3DYPA 4ZE5A 2QF8A 1EXPA 2UY3A 2VI0A 1H09A 3WL0A 2QHAA 2DEPA 2C8NA 4MJ2A 5E09A 1BYAA 3BAYA 1CGUA 1OIFA 4WLCA 3N11A 3L2LA 1WNOA 2VQUA 4EKJA 2J74A 4WK9A 4PTMA 4B9ZA 2AMGA 1DWJM 2F8QA 2JIEA 1GOMA 1BAGA 1MWOA 3QHNA 3W29A 3TA9A 4PSPA 2WC4A 2GDUA 1KR1A 5AC5A 3VIMA 3VIIA 2ZOXA 1X1NA 4D6FA 1JYVA 1U2YA 1CXIA 1W91A 4DUVA 3W82A 4J3VA 1CIUA 3VIGA 1HVXA 3AXXA 1B2YA 2XSAA 1O6IA 4GKLA 1US3A 2WMIA 3AYSA 1QW9A 2WMIB 4AD4A 1VBUA 2X05A 3M46A 4QLJA 4KRUA 2G3JA 1NH6A 3CUIA 5IXEA 1B30A 1QHPA 2CESA 4P7QA 1JG9A 3ARPA 3EDFA 2BVTA 3OLGA 4UZSA 3D3AA 1GOOA 5FIPA 1X6NA 1BVNP 1B31A 4PMQA 2E4TA 1MXGA 3GM8A 3MO4A 3VGEA 3CUGA 4CVUA 3AS2A 3VTRA 3G6MA 4URIA 2VCAA 1WO2A 4FLOA 4GIAA 1SYTA 1B3WA 2VUYA 4U3AA 1WE5A 1WKYA 1ESWA 3SCNA 2G3NA 1UR2A 5A2BA 1UR0A 1F4HA 5BCAA 3CZKA 4PMUA 2V5CA 4F79A 1E3XA 4P8XA 2XG9A 3ZQ9A 3GH4A 1BYCA 4W84A 1HJSA 2YA2A 1XHGA 1E4NA 2XVLA 4BQ3A 2YOCA 2VX5A 3GDBA 1E9LA 3VIJA 1W3HA 4IPNB 4CD4A 1GPFA 3N12A 1V0MA 3MS8A 1E4MM 1PEZA 2CCRA 1PJ9A 2VCBA 5FD0A 1E15A 1HKIA 1C90A 5CXPA 5HDRA 3AROA 3PTKA 1EQPA 2YL6A 3BC9A 5I79A 1P6WA 1UD2A 3CTTA 4UQBA 1E43A 3UG3A 2ZX9A 1V3IA 2O92A 1NQ6A 1OT2A 2D0HA 4AC1X 3WD1A 4EANA 2JF7A 1W2PA 3AIRA 1GHRA 1ISWA 1ZBVA 3AJ7A 1TA3A 3WELA 1TA3B 2JEPA 3CUJA 1W9VA 2O9PA 1Q6EA 3CUFA 2PWGA 2QMJA 4W8LA 4OKDA 4UFJA 1DWHM 1R8LA 1OGBA 3MANA 2EPNA 2E8ZA 3AIQA 3WNNA 3GXMA 2CBUA 4A3YA 2W5FA 3ARZA 4W7WA 4XV0A 1J12A 3L4WA 3LMYA 3NDYA 3VKKA 4LYPA 1CXHA 4RE2A 1B9ZA 4Y7EA 4CCEA 2VOTA 5JUVA 1FH8A 3W24A 3W6LA 1KXQA 2OWCA 1DEDA 3KL5A 4M1RA 1UWRA 4ZFMA 1JFXA 1M01A 1LJYA 4FLQA 5DFAA 3AS3A 3EYPA 4DUWA 1UHVA 1GJWA 4J3SA 1UD4A 2W66A 2WVVA 4W7VA 2WVVB 3CLWA 2XJ7A 4UQDA 1V6YA 4WSKA 1W3KA 3QHOA 5A1AA 7CGTA 2WM0A 3THCA 4B16A 2XPKA 4RE3A 3WQVA 4HZ8A 2DT3A 5E6YA 3THDA 2VR5A 2WMKA 2WBKA 1CGTA 1JDCA 4Z2GA 5A2CA 2PB1A 4MNLA 3CMGA 5FOOA 3ARSA 2CPUA 2WMJA 2QPUA 5DT7A 1UA3A 1OM0A 2A3EA 3WUGA 1GQKA 2Y8VA 5C8BB 1PIFA 3DYMA 4JAWA 3BAJA 3VIFA 1AQMA 4TX8A 2ZX5A 4N42A 1VJSA 4OBRA 3SIMA 5I3DA 5CPTA 4ML4A 4K68A 4CU7A 1HJVA 1L0PA 5EB8A 3AXIA 1XSJA 1H1NA 4KWUA 3VINA 1CZ1A 2ZUSA 4W86A 1NWUA 1VFFA 2D1ZA 2J7HA 3VVGA 1OCQA 1UR9A 3ARVA 1OB0A 3CO4A 1DHKA 1V6XA 1E0VA 1WDRA 1H2JA 1LL4A 4B15A 2W67A 4XX6A 1ISVA 1HJUA 1QNOA 1FHDA 2C7FA 9CGTA 3WD2A 1J0JA 4ACZA 4Z2KA 1JF6A 5CG0A 4GO9A 1E71M 1NP0A 4J3WA 1ZBWA 1GZJA 2QV4A 2ZE0A 1UUQA 1V3MA 5D9NA 3WUFA 1C8YA 3VOCA 3PBGA 2VZUA 3PZGA 1S46A 4CVWA 4W88A 3EMCA 4M82A 3RIKA 3ARWA 3AIEA 4AD2A 2D20A 4TVUA 2EPOA 3VDBA 1J9YA 1FP8A 4D6DA 3T0BA 4GO8A 2WB5A 2OWXA 3BAWA 3ARRA 1QNQA 4RL3A 3ZJ6A 3RCNA 3ARQA 1ZU8A 3AHXA 1X6LA 3MSGA 3OLIA 3WFZA 5CPSA 2DT1A 4JCLA 1MW2A 3NSNA 2WZHA 2WSKA 2Y4SA 2GK1A 4PMNA 2VT0A 3UETA 2GK1B 2ZUTA 4QCFA 2Y8KA 4AZ5A 1CXKA 1NWTA 1MW0A 3N9KA 3O6AA 2J7DA 3A6OA 4V27A 2J7CA 1B0IA 2Y2WA 1W9XA 1UKOA 3OZPA 3ARYA 4QP0A 4JZ5A 1ZJBA 3ARTA 4Z2JA 1HN1A 3M7SA 3W6MA 1UD3A 1UWQA 1V6UA 1EGZA 3SCPA 1PZ3A 4WF7A 5CLWA 5EFDA 1J0HA 2E9LA 2EEXA 4TX6A 1QBAA 5A2AA 2CXGA 3MUAA 5EMYA 3T2OA 2YL9A 1JYXA 3DHUA 2RGMA 2XVKA 1E6NA 4CCCA 3BAIA 1UQYA 4GQQA 2W91A 1MW1A 1ODZA 2VZVA 4TTUA 1W9BM 2WLYA 2BY2A 4AEEA 1E1EA 1CGXA 2D22A 4D6JA 3PZMA 1GW1A 1ZJAA 4PRWA 1FA2A 3VILA 4NI3A 4WIWA 3PN8A 1WDPA 1UWSA 3WD4A 2ZUVA 2V3EA 1CYGA 1JAEA 2BFGA 4E4PA 1JZ8A 1J0KA 3IK2A 1V3KA 3WQ4A 1B90A 5AYIA 4HU0A 1C7SA 3OLDA 4UFHA 3K8LA 5DO8A 2B31A 2PWEA 3GXDA 2GSJA 5LYRA 4PTWA 4D6HA 3WMBA 4AD1A 5BYWA 1FH7A 3OZOA 2WZEA 3JUGA 1W9DM 4A3HA 2E8YA 2FHFA 4PMXA 2VX4A 3II1A 1BVZA 3ZT5A 4LXFA 4W8BA 3AHVA 2CBJA 3W38A 3I3EA 3WF0A 2BV9A 4TVDA 4HP5A 2WAGA 4P7NA 3WNLA 1MW3A 5A8NA 3W0KA 4U5KA 1JYNA 3BSHA 3AYRA 2EO7A 2CETA 5I23A 3PZTA 4BQ4A 2WCSA 2CYGA 3WL1A 1RH9A 4CD5A 2W63A 3AMCA 1V0KA 1KXVA 3QGVA 1H4PA 3N18A 3U5YA 1XV8A 1B1YA 4UOQA 3GYCA 1GOIA 4W93A 2X1IA 3B9EA 2YLLA 3PTQA 1VRXA 3RJXA 4TUFA 2A3CA 1V6WA 2WHMA 5A6LA 3AFBA 1ISZA 1BGAA 3T09A 5A69A 3W25A 2XGBA 2CKRA 2WCGA 2QMKA 2BS9A 2WMFA 1GJUA 4CD8A 2W92A 3FXYA 2GJXA 1EIBA 1M04A 3PHAA 2PWHA 3VDAA 2D2OA 2GJXB 2E0PA 4ZXOA 2CITA 3VM7A 5FKYA 1AMYA 2JF6A 2QPSA 3W28A 1GQJA 4L4OA 3VGHA 4DWSD 3RO8A 1KQYA 3W26A 5HPOA 2FH6A 4Z2LA 1UWIA 1H0IA 3AZRA 4FLRA 1QPKA 2C0HA 3RJYA 3BAKA 3FNDA 1E4LA 2VTFA 1JD7A 3WY1A 1WAWA 4UZUA 2ZX8A 1JIBA 4D6GA 1EO5A 1G94A 1H5VA 4W7UA 2JIWA 4EE9A 3VU2A 3SCUA 1PAMA 4BQ2A 4C7GA 5I2UA 2D23A 4AZIA 3EBVA 5CJ5A 1XCXA 3B9DA 1KWGA 3WN6A 1JZ4A 4WJXA 1GOWA 2XGIA 1J0IA 4XZWA 4JIEA 2XFFA 3CZLA 5IHRA 1JGIA 8A3HA 1K9EA 2WW5A 3SCRA 1PPIA 4MNMA 1E55A 5A6BD 5A6MA 4JL1A 5IHSA 4ZEPA 1HXJA 3T08A 1NARA 1B3XA 4WKAA 4JCMA 1EOMA 2XFRA 1E3ZA 3CHDA 5JIWA 4TVCA 5BXTA 3VNYA 1FFQA 5IFTA 2YIHA 1E0WA 3PZ9A 1EQCA 2W4XA 3APGA 1LG2A 3UCQA 1QI3A 1BYBA 3AMDA 2VZOA 2FGLA 3SCTA 2XWDA 1AVAA 6CGTA 1PX8A 4GXPA 5HXMA 3SEPA 2E9MA 4S3JA 2WKGA 1E5JA 2WBGA 1ZB5A 3WDHA 1FP9A 2BY3A 3L4YA 4MNJA 2VURA 3VD9A 5BXRA 5ABEA 2V38A 4CUCA 1B3YA 2BNJA 3ECQA 4H7VA 1HF6A 2DGAA 2VZTA 1JAKA 1HP5A 1LG1A 1HJQA 1MQRA 5BXPA 1HJXA 2ZXBA 2CHOA 3WIJA 1QHOA 3WH6A 4KGJA 2VMFA 5HPCA 2DQXA 1ZBCA 5GNXA 2GUYA 1BYDA 2Y24A 1QW8A 4X9YA 5FL1A 4AEFA 1YHTA 1I1XA 4PTXA 4Q7NA 3HMCA 3RPMA 2ZXAA 2BY0A 4BCEA 3ALGA 1TG7A 3TP4A 3CZGA 2CEQA 5E0CA 1C91A 3ZT7A 1BFNA 5EFFA 1QBBA 4YN5A 3TTOA 3UG5A 1TVPA 5ABFA 4LX4A 5E6ZA 2JEQA 1W9PA 3WEOA 5A3HA 3ZSSA 2J7BA 1XD0A 1TMQA 3QOMA 1TCMA 2X0YA 4E8DA 2DPEA 1DWFM 3SUSA 4D71A 3A3HA 5GPRA 5A8PA 1KWKA 4D1JA 2O9TA 1FH9A 1E6RA 1BTCA 3FHAA 5ABGA 5HOSA 3WH5A 4C7FA 3A4WA 2CBIA 2J75A 4JHZA 2YL5A 3CZEA 3OBAA 1RPKA 4IISA 4JKMA 5BXSA 4UCFA 2J78A 4HZ7A 3T2QA 3VX1A 3FY1A 2XSBA 1XYFA 3LPPA 2V3GA 3BGAA 1UQZA 3VGBA 3WKZA 3M07A 4WKFA 4PN2A 4PTVA 1CBGA 4X0NA 5CLTA 1HT6A 4MB5A 4QFUA 2EJ1A 4H2CA 5C71A 2VVNA 3RDKA 1BSIA 3UESA 5AC4A 1H3GA 2JALA 2J25A 1TR1A 4JKLA 4HOXA 1V02A 3OLEA 4CD6A 3WBAA 1E56A 4AZBA 1G9HA 4HTYA 3T0DA 3AZSA 4R27A 4V28A 1E6QM 3PZOA 3SCOA 1GOKA 4A4AA 2PC8A 4HU8A 1QNRA 5A8OA 2VCCA 3N04A 3T0AA 3WQ6A 3K8KA 1WP6A 5CGTA 2VRQA 4BA0A 4KH2A 1MQQA 4D6EA 3AHTA 4P8UA 3BH4A 5D8WA 3WF2A 3IANA 4J28A 2HVMA 1ITXA 3U7VA 4GINA 1E6PA 1H11A 5AYBA 1QHZA 3WH9A 2ZUNA 3SUVA 1RD6A 2D24A 3MMUA 4JFVA 1Q6DA 7A3HA 2UWFA 3RM9A 3WENA 1V3JA 1HNYA 3OGSA 1G5AA 3UEQA 1JNDA 1ITCA 4C7DA 1W1PA 2DIEA 4UQCA 3RM8A 2YL8A 4JFSA 3MMWA 2VRJA 1M7XA 1UR4A 1I1WA 3SCWA 4WKHA 3A4AA 3ZMRA 4BS0A 4H8VA 4D6IA 4D72A 5CZKA 1PBGA 3N13A 3N17A 3DYOA 1QNSA 4EK7A 3SUTA 3WQ5A 1XRVA 1OBAA 1VBRA 1Y7VA 4ACZB 2VL4A 3CHFA 1XCWA 3IJ9A 1TE1A 3NYDA 1VENA 3EDKA 4HA1A 3PTMA 4AZ6A 1JI1A 2NT0A 3U57A 3O2LA 3GNRA 1G1YA 2WANA 3BXWA 1NWRA 2WHJA 1W1YA 4GI6A 1V08A 1B3ZA 3AI0A 2J79A 2XIBA 4H8HA 5BRPA 3NJ3A 5CSUA 3MU7A 4UTFA 3ZO9A 2A3BA 3TTYA 5A8QA 5D9PA 4PUEA 4P7RA 1JYWA 3UR7A 1TZ7A 2F2HA 3WMSA 1F4AA 3SUUA 1L8NA 3I3DA 4PMOA 3AS1A 1Q6FA 4UFLA 3AIBA 2WCAA 2AOSA 3OG2A 3SUWA 1UKTA 3BCDA 1ISXA 2FHCA 3MUIA 1B3VA 4U2ZA 2ZIDA 5I24A 4NZCA 3TTQA 1VAHA 3PZUA 4DM1A 1J18A 1GNXA 2DSUA 1C7TA 1GQIA 1CLXA 2CIPA 4MB1A 1YQ2A 4LQ1A 4M8UA 3O9NA 3EMQA 4DM2A 1XD1A 1XH0A 4JFUA 4MDOA 5AY7A 1UYQA 2WXDM 3GXIA 1C93A 1BGGA 3VDHA 5E9AA 4PCSA 1NWSA 3GH5A 3WUEA 2CKSA 3AMLA 3ALFA 1XH2A 1VEMA 3VUPA 4YPJA 1UH2A 2X8RA 4H41A 2VJXA 1CGWA 3AS0A 1NM9A 4GI9A 1UD5A 1NOFA 2GFTA 1NOUA 3VD7A 1WZLA 3AIUA 3MUZ1 1U33A 1RP9A 2X0HA 3K1DA 4CCDA 2ZICA 1G0CA 1K9FA 1UD8A 1MFUA 2BXZA 3S6TA 4QDMA 4JHOA 4M56A 1H41A 3AMGA 3KE0A 4NF7A 4Z2HA 3CMJA 1KGWA 1WB0A 1KBKA 4AYSA 3KZSA 1XGZA 3UG4A 1FHLA 4E8CA 4CGTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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