2ATMA

Crystal structure of the recombinant allergen ves v 2
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
324
structure length
323
Chain Sequence
RVFNIYWNVPTFMCHQYDLYFDEVTNFNIKRNSKDDFQGDKIAIFYDPGEFPALLSLKDGKYKKRNGGVPQEGNITIHLQKFIENLDKIYPNRNFSGIGVIDFERWRPIFRQNWGNMKIHKNFSIDLVRNEHPTWNKKIELEASKRFEKYARFFMEETLKLAKKTRKQADWGYYGYPYCFNMSPNNLVPECDVTAMHENDKMSWLFNNQNVLLPSVYVRQELTPDQRIGLVQGRVKEAVRISNNLKHSPKVLSYWWYVYQDETNTFLTETDVKKTFQEIVINGGDGIIIWGSSSDVNSLSKCKRLQDYLLTVLGPIAINVTEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of recombinant Ves v 2 at 2.0 Angstrom resolution: structural analysis of an allergenic hyaluronidase from wasp venom.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Hyaluronoglucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Vespula vulgaris
total genus 124
structure length 323
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.35: Hyaluronoglucosaminidase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01630 Glyco_hydro_56 Hyaluronidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2atmA00
3NM1A 3N34A 4MFEA 4QITA 4O13A 3USBA 2NXIA 3LCWA 5BNKA 1IXQA 5LKYA 1KFEA 5EYWA 2Z6IA 5AC6A 4RK8A 5C2XA 5D30A 3GR7A 3U6WA 4DF2A 3GDLA 2YW3A 3S6DA 4FX7A 3W1LA 2ZRWA 5K9CA 4JGDA 3NNTA 4JDYA 3TXVA 5AYZA 2C19A 3KOFA 5HUPA 3HG4A 4MZYA 3HGRA 4UFKA 1H7OA 1YADA 2B7OA 3GNDA 4O50A 5HINA 4R7JA 3E12A 5KZMA 1VYRA 3FFSA 4S2BA 1T8XA 5LSMA 1ZAJA 4NX5A 1DVJA 3NQVA 4JTFA 3W1RA 1KBIA 2ISWA 2ATSA 4O14A 1QPNA 3L0GA 3W87A 3CWOX 1I2OA 2BTMA 3LERA 1G6CA 1UCWA 3QMSA 3HOJA 2A7RA 2A5HA 2ZYFA 5L6UA 1IXOA 5HWMA 2OT1A 3LHYA 2Z1BA 3HJZA 4MFDA 2CZFA 3W84A 1XUUA 3LXCA 3U8GA 4P61A 3W86A 1U83A 4K8HA 2G95A 5D05A 3W3OA 4A3UA 2O7QA 1KV8A 2OT0A 4YWIA 3GKAA 4JTHA 5CPMA 5BMXA 3A21A 2WNZA 1VCFA 3HG3A 3EWWA 3QRHA 3DFSA 3STEA 3UY7A 1ML1A 1OFRA 1OYAA 1ZJIA 4LNYA 3B0UX 3HQ1A 4O1BA 4A29A 1OABA 3NR0A 1JUEA 4Q33A 1N8FA 2H3DA 3LHZA 2FJKA 2W6RA 1WOAA 1G4EA 3E0IA 1AW1A 1LRQA 3C2FA 2CZEA 2CLOA 3QQ1A 3L68A 1G4SA 4DF1A 2ZZ6A 2W0UA 3BW2A 3CT7A 4N9BA 2NX9A 1ZAIA 1ZENA 2A6LA 3ZWTA 1M6JA 1K02A 3MJYA 4BI5A 5F2GA 3B4UA 4Q32A 1F6PA 4FNTA 2R8WA 4IMFA 5CKSA 5C5YA 3MBFA 5CPOA 2B7NA 7TIMA 3CPRA 4JDBA 4JTEA 4MY9A 2J27A 1AL8A 4IMCA 2YX0A 5AHLA 4ICNA 1MXSA 5D09A 4WJEA 2WKJA 1TPUA 5DY3A 1Q3NA 3GKFA 1SPQA 3TQKA 1VC4A 3BG5A 1M5WA 3N9RA 3WK0A 5HUOA 5E93A 4B5NA 4OT7A 1L6YA 3QF0A 4NZJA 1O60A 1WOBA 3G1YA 3IEBA 1TYGA 4UIOA 5EA9A 4WOZA 3GDKA 2R91A 4O0KA 5LNWA 1QR7A 3QJAA 4BK9A 2D73A 3BG9A 3EWUA 3B0VC 2WSQA 3RFAA 3UZJA 4J9JA 5C55A 1EP1A 3M0ZA 4GUJA 4FHAA 5CGQA 3I7QA 1UASA 3DFNA 2BXVA 2VEKA 4K6AA 3H54A 1SUXA 1O4UA 5LGXA 1F76A 4I7VA 4YMZA 2F84A 2GVLA 1H5YA 3SIZA 5H2ZA 2RDWA 5EL1A 2V9DA 1F6KA 4GJ1A 1F74A 1TMHA 1KW1A 1XBYA 3W2NA 1S5TA 4CNNA 4DBEA 4ZQOA 3A5VA 1K7FA 2QJGA 4FXRA 4YLWA 4BI7A 1K03A 4XZ9A 1LM1A 4IWWA 3LCXA 4GFSA 2EPHA 4RXGA 1PHWA 3OBKA 2QCHA 3PUOA 3FYOA 5AHNA 4HNTA 1R2TA 1ICSA 5HR7A 3PM6A 2J9YA 4XBSA 1KM4A 1ONRA 3W7MA 4AEOA 2Y89A 3C3NA 4OU1A 4ADUA 1SZGA 4JS3A 2A7PA 3RU6A 4E2DA 3CM4A 3EXTA 4WY0B 1FCVA 4UUIA 3NPVA 1VRDA 1D3GA 3CTLA 5KTLA 3W9ZA 3IIPA 1XBVA 2R14A 3JS3A 1I45A 5TIMA 1T0OA 1DBTA 3ZWSA 4ALDA 1Q45A 4O53A 3P74A 3UWUA 1CW2A 4Y9AA 3LV6A 3UXAA 1TTQA 1W5NA 4NXKA 3DI1A 2G5WA 2G96A 4AWSA 3TK7A 3QW4B 3KXQA 3LCHA 1LOSA 3QYQA 3N9SA 4LRSA 1F73A 3TSBA 3F4NA 5FF0A 3LGEA 4K38A 5AHFA 4OQVA 5D04C 4FNQA 1TPB1 4A2RA 2VXNA 5MHBA 3A24A 2NWSA 4LVDA 3CIXA 2YYTA 2OJPA 2OX1A 2JBMA 2EF9A 3MHUA 3DKLA 5FEXA 4AMAA 1I2NA 3F4WA 3E49A 3NDOA 4E38A 4HT3A 1KFJA 3M16A 4RZ5A 3LX9A 2HMCA 3A5FA 1X7FA 1HFBA 3N2MA 3NM3A 4H4IA 4DELA 2XFWA 2CLMA 3NEVA 2WNNA 3WFAA 1GG1A 2QCCA 4AXKA 3T4CA 1JUKA 4HIBA 3OEXA 2A0NA 3EX6A 4HN4A 4M19A 2NZLA 3GAYA 4MKNA 2WJZA 1A5AA 4FNPA 8TIMA 3GDRA 4HHPA 3HBLA 2E6FA 4MYAA 2A1YA 1NAL1 3LOTA 1W5PA 2V81A 5HMSA 1VYPX 3C0JA 2BWGA 5AFDA 4O54A 2PRMA 1N7KA 4RV8A 4HPXA 3W7DA 1YDVA 3FLUA 2UV8G 4GXMA 5DBUA 2KZHA 4JTUA 1Q6LA 4LU0A 1BWKA 3QH2A 4G1KA 3TR2A 5C6MA 5I3JA 3B06A 4R34A 3LCIA 5HQEA 5T26A 2J9XA 1CX9A 3P81A 3T55A 1N55A 1K3UA 1WDWA 3TSDA 5I3HA 1SW7A 4U28A 2NXHA 2ZZ2A 3G0XA 1TREA 5I3KA 4HKPA 5KZEA 2CLLA 1WQ5A 2H8XA 3DHDA 1G69A 4E2BA 1GQNA 1HL2A 1PHQA 4ADTA 3Q2DA 3HGJA 2V82A 2FLIA 2RKXA 4LTSA 1XFBA 1TQJA 4WQ6A 1SFLA 2YFOA 4XTDA 1QWGA 5AYXA 2A6NA 4O1DA 3N2XA 3TH6A 3THQA 2TPSA 2WOQA 4Y90A 2TYSA 3FJ6A 4AWTA 1RD5A 4DO4A 1EWDA 2ZRVA 2GQ8A 1QPOA 4LW7A 5U7SA 1SFJA 4UFHA 4WY0A 3I6RA 3W85A 1LOLA 4K36A 3P67A 1GYLA 5D33A 3MUXA 5D03A 4NVTA 2Y7FA 1VZWA 3NGJA 1TPFA 4OV4A 3TFCA 1WBHA 4AB4A 2ZFAA 3W88A 1DJNA 4I7UA 1RV8A 3L5MA 4JNMA 1JQXA 1KLYA 2A7NA 5DELA 1PCKA 4N02A 1R2SA 1KTCA 3OG3A 3B0PA 1GYNA 2FB2A 2DJLA 2O7SA 3GYEA 3LXBA 4TMBA 4UFIA 4NJGA 3V75A 3EKLA 1VJIA 5G4WA 1VHCA 1TPH1 5K4XA 3KRZA 1FWNA 1S5VA 2YZRA 4LY8A 3H55A 4FIRA 3VE9A 4N4QA 3TQ0A 1X8FA 4D2JA 2VEMA 3DU0A 3RLVA 5DCEA 1L6WA 2GJNA 4RXFA 4CQAA 4EVZA 4MZ8A 5DXXA 4UR7A 3GZ3A 4M7TA 3W72A 4NJIA 2HS8A 4QNWA 4LV9A 3NAVA 3NQ8A 4KKXA 4A22A 2DU2A 2QDHA 3DXIA 3IVUA 3Q94A 4LS2A 3B04A 3MBDA 2CLKA 1GVQA 3NG3A 3G24A 5K9DA 3PUEA 2C0AA 2GUUA 3G1DA 4I9AA 1KM1A 3W76A 1JCLA 4Y8FA 3VFLA 5J5RA 3TMQA 4UMBA 1ZAHA 3ATZA 4IX0A 5HR6A 2LLEA 3NQEA 1GJPA 1K8YA 3W7OA 2VFHA 1RQEA 3F03K 5BW6A 4FB7A 4WOQA 4HNNA 3KVLA 1GPWA 1TJPA 3INPA 1JCYA 3BLIA 2RFGA 3A22A 3O06A 1YTEA 5DN1A 2EKCA 1IF2A 3CB8A 3GDMA 1TPDA 4JYDA 4X22A 1HTIA 3EEGA 4RKAA 1SZNA 3JRKA 3KFTA 1W0MA 3DFQA 2JKAA 3NZ1A 3LTSA 2CZDA 5CSRA 2NWRA 2E6YA 3VNDA 5K7JA 1QNVA 2CWNA 2V2CA 4PEKA 4OV9A 2GPTA 4MPQA 4MY8A 1YXDA 3PY2A 3IRDA 2CLHA 4LUIA 3W07A 2C16A 1TTJA 2F7FA 3MO7A 4DEFA 3WJYA 2RHGA 4IMGA 1JVNA 1JQVA 1Q6QA 2PC4A 4JIPA 4RCXA 2ZA2A 4FEZA 1PL9A 3CC1A 4YCPA 3W2LA 4XQ6A 2OZ0A 3TA6A 3PB0A 3M6YA 3QW3A 4JTJA 5K2ZA 1VHNA 1OFEA 4K37A 2WNQA 3L2IA 4JYFA 4QSHA 3ANYA 3NXFA 3W7QA 1LROA 3ZFHA 1C29A 4PH6A 1QPRA 2WV8A 4BI6A 3P84A 1DKWA 1FDZA 1T99A 3W1NA 4Y96A 2JKEA 1NEYA 2YXGA 4O1AA 1WAUA 3S1UA 5KMYA 3FJLA 5G1TA 2ZA1A 2ZZ1A 4O18A 4UTWC 3TAOA 4JTSA 4O16A 2A85A 2NV2A 3G1SA 1OFQA 3VE7A 3NQGA 4DPPA 1AL7A 3QM3A 5KINA 1HO4A 3LHVA 4UC5A 1KM3A 3UD6A 2EAWA 3IIOA 4M6QA 4NJHA 3QMTA 3TUUA 4MLJA 1U5JA 1TTPA 1I8JA 3G1AA 3GXPA 5DCBA 2JKPA 4U4MA 1BKSA 4N2YA 2AGKA 3BGGA 3W1QA 1D3HA 4EF9A 1XM3A 3Q58A 2R94A 3NQ6A 3NQDA 3WJWA 2VC6A 3UWYA 3S5OA 3W2KA 4HNUA 4IGHA 1TPEA 3NQMA 3W7NA 4JY8A 3ABSA 2VFDA 3I68A 2PURA 1H50A 4ZZ9A 3FS2A 2QF7A 1OX5A 1FXPA 2Y85A 1KFBA 3PBYA 1Z48A 2TMDA 4GWEA 1J5TA 3SJ3A 1RQBA 1FWTA 3P8JA 4FIQA 4JD4A 2HS6A 2Y88A 3QSRA 1VLWA 1V5XA 4MY1A 3OVRA 4AWUA 4DF0A 3TC7A 2WPBA 3MMTA 1R46A 3UPBA 2A4AA 4O17A 3W22A 2C6QA 1L6SA 1KFKA 3T78A 1ZY9A 2DZSA 4LRTA 2NUWA 4Z0SA 3GNNA 1LRTA 3EKZA 4EF8A 5BMWA 5KSWA 3IVTA 3L5LA 1EUAA 3GR8A 3GAKA 3PAJA 3W75A 1H7WA 1MO0A 4AH7A 2PRLA 5FEZA 1VR6A 1GG0A 5D2WA 4UFLA 3THAA 5DXYA 2ALDA 4JTKA 1KV5A 5CG7A 2QJHA 3B03A 3SZ8A 5F4SA 2CZ5A 2NX1A 3S1XA 3V1PA 3NL5A 4IX2A 4UTTA 5EPDA 4AHPA 1TV5A 3T7VA 3CEUA 1JCMP 1JRCA 3O1NA 1X6UA 4LVGA 2H90A 2NUYA 3OVQA 3DFTA 3M41A 4N4PA 4HSNA 2QKFA 1GWJA 3GVGA 3ZS4A 4IJBA 2ZBTA 3M5YA 3GLCA 1TQXA 3SY5A 4ZQPA 3STCA 5G2IA 3W7LA 1LP6A 3UWQA 4ZMGA 3DFPA 1G7UA 1G67A 3KX6A 1ADOA 1W3NA 2X1RA 4RX0A 1GT8A 5CPLA 3TNOA 1XBXA 3A23A 1QAPA 3DH7A 2AQWA 1KLZA 1QPQA 3R2GA 3FKKA 2NUXA 5C54A 3O6YX 5LNRA 4RZ4A 3K30A 4S2CA 3P62A 1RVGA 1AMKA 1A5SA 3W1XA 1EX5A 4LVAA 5G1YA 4EWND 1Q6RA 3QPYA 3EWZA 4H3DA 3BPWA 3HPSA 4Y6GA 3KVMA 1JULA 5I3IA 1SSGA 5AYYA 3NL3A 3MP5A 2ATMA 2QCGA 2HTMA 6TIMA 3PC0A 4BWLC 1CI1A 1BEUA 4AVFA 2BLEA 2Y7DA 4UR8A 4NNBA 5TBOA 3KHJA 3W2JA 2DZVA 2YFNA 4N6FA 4BFAA 5D2VA 3H53A 2FPVA 1O94A 1XBZA 2V2HA 5FF4A 3DZ1A 4NQ1A 3W2UA 1IGSA 4YCOA 3L5AA 3CU2A 4O15A 5D2XA 1LCOA 1B57A 1SZEA 4TX9A 4KFOA 2HSAA 3C2VA 1LYXA 4O11A 2YCEA 4FXSA 5D37A 3P5ZA 3HIJA 2JGQA 1YXYA 3C4UA 5A5WA 1FCBA 1AK5A 4OGZA 4UMAA 4IUOA 3EX1A 3N14A 3BLEA 2JK2A 2NLIA 1VQTA 1YYAA 2V5LA 1OX6A 4MOZA 3B05A 1TO3A 5HJLA 3TQVA 4UTJA 4I7WA 2X2GA 1RZMA 2YSWA 1KBJA 3CIWA 4ML9A 3PVFA 1ALDA 1H1YA 1OX4A 1EUNA 1EP3A 2ZRUA 5EY5A 1R47A 3O6CA 1XI3A 2GVGA 4K8EA 3LTPA 1JUBA 3JR2A 3RF9A 5K4ZA 4O57A 4UMCA 2IQTA 1UB3A 4PCFA 5IBXC 1YDOA 3BO9A 3NQFA 3GK0A 1LBLA 4GRSA 3MI2A 3NQCA 2WQPA 4X2RA 4DBDA 4UNLA 1Q6OA 5DLCA 4MZ1A 4ZQCA 1O5XA 1SU5A 2P1FA 4O4WA 1F7BA 4QQ3A 4L4LA 2QUTA 3W23A 5FF2A 3WK1A 3EX4A 5FEWA 1FY6A 5L9FA 5CZTA 1HO1A 3M47A 5FF3A 3W1UA 3TJLA 3C56A 4UNKA 4JTLA 1TPWA 5D2TA 5E0KA 4O0ZA 2ZQ0A 4Z1BA 3QQ0A 1H61A 5D2YA 2Q8ZA 4IPIA 4GUIA 3LLDA 4M7SA 3S5ZA 3EWXA 3IGUA 1J2WA 3GB6A 4QIUA 2YDAA 5AHIA 5HWJA 4EIVA 4JTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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