4P7OA

Structure of escherichia coli pgab c-terminal domain, p1 crystal form
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
358
structure length
345
Chain Sequence
SPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQNWHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNFLHNQPEIDLIRPEFSTAWYP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
total genus 142
structure length 345
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2014-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p7oA00
3AFBA 2E3ZA 1S46A 2V5DA 4M8UA 4TX8A 3WQVA 5KEZA 3W81A 5FKYA 1UKPA 1IV8A 3WDJA 1KBBA 2O9OA 2OYKA 3T2PA 4BQ5A 3KEHA 2ZUUA 2J74A 3VGDA 4YHEA 1BSIA 3AICA 3W28A 3GM8A 3MMWA 1E6QM 4UOJA 2VZSA 2WVTA 2J75A 2D0GA 2YLAA 4TTUA 2VNCA 4RE3A 2YDSA 3PTMA 3VIGA 1QNQA 1NARA 2Y2WA 4J7RA 4LGXA 5D8ZA 1JZ4A 3THDA 1KXVA 1JAKA 1E4NA 1KFWA 3AYSA 1NWRA 1MWOA 2J8GA 1C7SA 2VVNA 3L4ZA 1ITCA 1E3ZA 4M24A 4MNJA 3WF0A 1UD8A 1Z32X 1UKTA 5ABHA 3WFZA 2F8QA 3M6DA 5A2CA 3OB8A 3AYRA 3U7BA 4E4PA 1SR0A 2YL5A 4HU8A 5BXPA 3VNZA 1B9ZA 3LPFA 4W8AA 1QI3A 3W6LA 4F8XA 3O2LA 3VD5A 1Q6DA 1XYFA 1KXHA 5JBEA 2YL6A 2ZXQA 1Q6GA 1W3JA 1R8LA 3VX0A 3BCFA 2BVDA 5I6SA 1HL8A 3D3AA 1BLIA 3SCNA 5I78A 5CZKA 1UWSA 3MUY1 5CXPA 1JZ5A 3EDKA 2PBOA 2QLYA 2VR5A 1C92A 2VVSA 3UEQA 4C7GA 1K9EA 3SCQA 3HU7A 3ZO9A 2W63A 3GXIA 3AIBA 3GH4A 5A8NA 2C7FA 3WDRA 2C0HA 4BCEA 5E9AA 3W4RA 4U5KA 1CXLA 5LA2A 2DQXA 3WQ5A 4TVCA 5JIWA 4Z2LA 4JFUA 1XC6A 2W5FA 3K4AA 3MSDA 1G5AA 1BAGA 1V0NA 3U5UA 3AZSA 1OD0A 3SIMA 2PB1A 3AMLA 2W92A 3K8MA 4DWSC 1V6VA 1OGSA 2W61A 3I3EA 1ISWA 3FAWA 4IM4A 5JBFA 3QHOA 3TA9A 5A69A 1GOQA 3FAXA 3WUEA 3K8LA 1TVPA 1LG1A 4PMVA 1FOBA 2EPNA 5IXEA 1CIUA 1GJUA 1UD3A 1NWTA 2YA0A 1R7AA 3SUWA 5I2UA 1W3HA 4J3TA 1BVNP 1V3JA 2E8ZA 1CGVA 3BLPX 4HPHA 3POHA 2Y8VA 3TTQA 4A3HA 4PMYA 1WCGA 3PZ9A 2E9LA 5D9NA 1J0IA 1G94A 4PEEA 2CKSA 2ZOXA 1MW0A 2CESA 1GHSA 5A6BD 2WW5A 3KL3A 2DT1A 3DECA 1G1YA 3CUGA 5ABGA 1GOWA 4LYQA 1JD7A 4N0RA 3SCRA 5GPRA 3WY1A 4GI6A 4JZ5A 4WIWA 4QDMA 3WL0A 1U30A 5A1AA 1WDRA 4NSBA 2W66A 1HP5A 3WDQA 4CD7A 3WF2A 5CSYA 1VJZA 1BGGA 1RP9A 4JL1A 3AISA 3U57A 1SMDA 1LL4A 4W8LA 6TAAA 2XG9A 4WKFA 5BRQA 4AZHA 3AJ7A 3IJ9A 4TVUA 2ESCA 1ZBVA 1QNRA 1ZBKA 3WNNA 3DHPA 3WSUA 3VKKA 4UQ9A 3AXXA 5CLTA 1TE1A 3W6MA 1BHGA 3N17A 4PBGA 3MMUA 4P7OA 4XV0A 2WNWA 5I79A 4QLLA 1F4HA 1TMQA 3L4TA 1WNOA 4FLQA 1E0XA 2VX4A 5DFAA 1B3XA 1PX8A 2JFEX 4PTVA 1GORA 4ZEPA 3PZOA 2DSVA 2CEQA 4D72A 2BY3A 4J3XA 1WE5A 1E5NA 3VDAA 2O9RA 4XZWA 5A6MA 1PIFA 2DDXA 1FH7A 3CH9A 1DWAM 4MB3A 4U3AA 2A3EA 4QAWA 4D6DA 4OIFA 2O9TA 4WKHA 2A3AA 1QPKA 3W82A 1MFVA 4AY1A 1CECA 2GVYA 1W3LA 2Y4SA 3ARYA 1OSEA 2BVTA 3GH5A 2EJ1A 1V3MA 1OD8A 3OGRA 2CBIA 3GNRA 5I24A 4AMCA 1C8XA 1LQ0A 2Y5EA 3SCVA 4MNKA 5GQBA 5CPSA 3VUPA 2XHYA 5HXMA 1ISXA 1UD2A 1V3KA 1FA2A 3G6MA 1K6AA 1R87A 4HZ7A 2WVSA 5DT7A 2CBUA 2G3IA 3APGA 4AXNA 1JDDA 2XJ7A 5IFPA 1G0CA 4AD4A 2Y8KA 5BXSA 3SUSA 4ML4A 2G41A 1K9FA 2CCRA 4GINA 4JFVA 3W24A 3UETA 1J01A 2TAAA 2Y24A 3FNDA 2WANA 2DIEA 3VU2A 3ARQA 4R27A 1W1TA 1HT6A 2WHLA 4XUYA 3QHMA 4OKDA 1UQZA 3UR7A 2ZIDA 3EMZA 1JNDA 3EBVA 1B3YA 1XHGA 4EE9A 4B9YA 9CGTA 2CKRA 1J10A 2XFFA 1H3GA 1DP0A 4GO9A 1US2A 4GQRA 4H2CA 2VX6A 2CYGA 3QGVA 2G3MA 1W1VA 5A3HA 2CITA 4UZUA 3WEZA 4IISA 3VMOA 1W2VA 4LYPA 5DO8A 1XCXA 4BQ2A 5E0FA 3ZT7A 3FW6A 3A6OA 1PIGA 1OBAA 3EYPA 3OBAA 4HA3A 3ZT6A 3UCQA 2GUYA 5GNXA 1DWHM 3ZIZA 2XM1A 2OSXA 1JYXA 2XSAA 4P8VA 4EANA 2GDUA 3UR8A 2VRQA 3NSXA 5IHRA 3PZIA 1UD5A 4A3YA 4UFHA 3IK2A 1JYVA 1L0PA 3L2MA 2XGIA 2VMFA 3VIPA 5BXRA 3GZAA 4A4AA 1BF2A 4B3KA 2FHBA 3CHDA 3S2CA 2BY2A 4DUXA 2VCBA 4Z2HA 2F61A 4FMVA 1JD9A 1R85A 4UQCA 4BQ4A 4HTYA 1XSIA 3PZMA 4M81A 4JL2A 3HMCA 3ARZA 1QHZA 4CU8A 1PZ3A 5E09A 3AZTA 1KR1A 2YL8A 1J0ZA 4D71A 3AS0A 4HU0A 3RPMA 1OINA 4B3LA 5JIPA 1DWFM 4H8UA 1C7TA 2V3GA 4D6EA 4BQ3A 1ZL1A 1NP0A 1M7XA 4OUEA 4AC1X 1HJXA 4J28A 3N18A 4H8VA 3WUGA 2DH3A 4DWSA 1XH0A 1HJQA 5D9PA 3D5HA 2WSKA 1E0WA 5TD4A 2EPKX 2XVKA 4AZ6A 2FGZA 3A3HA 2B31A 2QF8A 2X1IA 3THCA 3VIJA 1B90A 3AMDA 2E9MA 3ECQA 1UHVA 4KGJA 4CU6A 1GOOA 1E5JA 1GQJA 4W86A 3UG3A 3PTQA 3W27A 2XFRA 2OYMA 1B1YA 2VUYA 1J0KA 1UKQA 1GW1A 4J3VA 5I3DA 4LQ1A 1V0KA 3FN9A 4D1JA 4AZGA 2VX7A 1DWGM 4NF7A 4W84A 1JFXA 2ZX7A 1GQKA 4JIEA 4EKJA 3OLEA 5DMYA 3CMJA 2FH6A 3LPPA 1A47A 4PMDA 1V3IA 1UH2A 1M03A 3GXDA 4JFTA 4UZSA 4IPNB 2ZICA 1E6SM 4AIOA 1ODUA 4W7UA 4NRSA 2WLZA 3B8SA 5FL0A 4HA4A 4MADA 4P8UA 5AC4A 3FXYA 2QPUA 1EOKA 2VT0A 1BYCA 3BAYA 4Q7NA 3HN3A 5CGMA 5CG0A 1LL7A 4DWSB 1UUQA 1GVYA 2EPLX 3WENA 1CDGA 1JDAA 1UWRA 1Q6CA 5D4YA 1DWIM 3DYMA 2J4GA 1E71M 1O6IA 4UR9A 3MV01 3B9AA 2W62A 3ZR5A 3ARVA 3K8KA 4MB1A 2AAAA 3N1AA 3DYPA 5HOSA 1MW2A 2YKKA 4WJXA 1QI0A 1GCYA 4IUGA 4CD6A 2YA2A 5BRPA 1E1FA 2CIPA 5EFFA 1G9HA 2XIBA 4ZE5A 2WB5A 2RGLA 4M29A 2JEQA 3ARTA 2GJXA 3AIRA 3WDPP 2J7GA 1KCLA 4JKKA 1UA7A 5M5DA 1CXHA 1PBGA 4HZ6A 1CGXA 4YHGA 3WQ6A 2WMJA 2UY3A 5EB8A 1OT2A 4CN4A 3J7HA 1D2KA 2WKLA 2VRJA 2CETA 1BQCA 2GK1A 2V3EA 3AS1A 1JL8A 2WBGA 2XGBA 1W9XA 2JEPA 4CVUA 1B3VA 3OGVA 4B9ZA 3RDKA 1VJSA 1AQ0A 4CCDA 1TR1A 2WSPA 1UD6A 4AD2A 5EFDA 3RIKA 5CLWA 1V02A 2YOCA 3PZUA 3WH7A 3ALGA 1GJWA 4FLRA 1J12A 3MV11 1C90A 4GZEA 4V2XA 1NOFA 4QLKA 1GZJA 4JKMA 5A6AA 1HKMA 4AIUA 3CUIA 3VIMA 1U2YA 2WPGA 4KRTA 2ZWYA 1HKKA 4J3WA 4DUVA 5A8OA 4L4OA 1CGWA 4Z2JA 2QPSA 2XVGA 1HN1A 2GJXB 1E55A 3DHUA 4PMOA 2V38A 2YIHA 4F79A 3T0AA 1SMAA 3CIVA 4TXEA 2PWHA 4UFJA 4D6GA 2PI6A 5KZ6A 1XSKA 3NSMA 4ACZA 3VOCA 2A3BA 3QOMA 5ECUA 1DEDA 2BVYA 3WL1A 3T09A 2GK1B 1GPFA 5AC5A 1HJVA 3CZJA 2WWCA 1M01A 1EDQA 4XB3A 1V0MA 5IHSA 1PJ9A 5JBDA 3II1A 1JYWA 1HX0A 3OLIA 1EXPA 3WNKA 2XYLA 4NI3A 3MUAA 3ZR6A 2D0FA 2WMFA 1EO5A 4MNLA 4F9JA 1Q6FA 3K46A 4U2ZA 4WK9A 4DM1A 4GI8A 3IJ8A 4AZIA 1BVZA 1V6XA 1BGAA 4JHOA 4AZCA 2J7CA 5A6LA 1V6UA 2CXGA 3WD3A 3WNOA 1J0YA 1WDQA 3AZRA 1WB0A 3UG4A 2J47A 1JXJA 2J7BA 4PTWA 3O9NA 4PMRA 2GFTA 4AEFA 3RILA 3DYOA 1OGBA 1UH4A 1ZS2A 4PUEA 1GUVA 3GNPA 2XTKA 1EQPA 1DWJM 2DT0A 3AHYA 1MQQA 4ACZB 2JE8A 1MQRA 4U5IA 1TFVA 2W67A 2BY1A 2GJRA 1JFHA 1EQCA 1EOMA 3BSHA 3KL0A 4MB4A 3WMSA 4GO8A 3AHTA 1GOMA 5LYRA 2FDMA 2X0HA 1H4PA 1RD6A 1X6NA 1FFRA 3GH7A 3ARWA 4LXFA 1E4IA 1EO7A 3U7VA 3N11A 5FL1A 1VRXA 4Z2KA 1BTCA 3AS3A 1VIWA 1OB0A 1C8YA 1CXKA 1VBRA 5A94A 2XPKA 3ARXA 4AZCB 2ZUMA 3F5KA 5E0CA 5A8MA 1CZ1A 1WZLA 4PSPA 4U31A 1KQYA 2JF6A 3VMPA 4GXPA 1WP6A 1MYRA 1MQPA 2BS9A 4MAZA 3SUVA 3F4VA 3F5JA 3T08A 2OWXA 8CGTA 1H2JA 1X1NA 1W9VA 1VFOA 4BS0A 4W89A 2J7DA 1D7FA 4TOQA 3M46A 1E6XM 3WNLA 3ZJKA 4HMDA 3OIHA 2J7FA 2DT2A 2CPUA 1UWIA 3PHAA 1IZKA 1KGWA 4B15A 4OZOA 4GZJA 1V3LA 4AD1A 1JZ6A 2NT1A 2X09A 4CN6A 3VDBA 1I1WA 2IXVA 2VZUA 2J8FA 2GSJA 3AI0A 2ZX5A 4NZCA 4P8WA 4UNIA 3CUFA 1R7OA 4AZ7A 3VM7A 1XYZA 1ZB5A 3PTKA 4HOWA 2D2OA 4H41A 4F9DA 2ZXDA 2WZEA 1H1NA 1CENA 3MANA 3TTOA 2A3HA 1HP4A 3L2LA 4X9YA 1BYDA 5ABFA 3BAKA 1QVBA 1BFNA 3GYCA 4LX4A 1KWKA 2NW0A 4BA0A 4JHZA 2PWFA 3NCOA 4H04A 1CPUA 1B2YA 2DSZA 3AOFA 2OYLA 1E15A 3WH8A 1VF8A 3KL5A 4P7NA 3WFLA 1E0VA 3ARSA 1V08A 5C70A 3RM8A 3BH4A 4J3UA 1BG9A 4UQEA 3ZJ6A 3MUZ1 3AIVA 4MJ2A 3CZEA 2WC7A 1CLVA 3ALFA 1FP8A 4XX6A 1F4AA 2WMGA 5C8BB 2VL4A 4URIA 7CGTA 4MPKA 1EA9C 1FH9A 4CVWA 3A4XA 3ZOAA 2FHCA 1FHDA 3M7SA 4CD8A 3EDJA 2CERA 2NT0A 2XVPA 1HKIA 2WMKA 2CBJA 4AD3A 3MO4A 3N15A 5BYWA 3TONA 2ZXAA 1KGUA 1C8QA 3SCWA 1E40A 2VRKA 1QW8A 2BHUA 2XVLA 2WMIB 4W5ZA 2WAGA 3N9KA 3NYDA 2YDRA 2WM0A 3WF4A 1TA3A 2PWGA 3AHVA 3WUBA 4W93A 5ABFB 1ISYA 1MVYA 1QHPA 1QHOA 1K9DA 1PEZA 2G8ZA 3WEOA 3BLKA 1UKSA 3VIHA 2VZOA 4H8HA 1WO2A 2VO5A 4PRWA 4MB5A 4P7QA 1TUXA 4UFMA 5FD0A 5AYBA 3OLDA 4PMXA 4NRRA 2JF7A 1FFQA 5FIPA 3RO8A 4CCEA 1JZ3A 4ATWA 2XIIA 1M53A 3A47A 4W8BA 5CJ5A 3GBEA 1ODZA 3EDEA 3OLGA 3A4WA 1E6RA 4WSKA 5EBAA 1ECEA 4HA1A 5HBFA 3N12A 3BGAA 3VDCA 1QI4A 5IFTA 2DT3A 1JXKA 1CGYA 4D6HA 4X0NA 7A3HA 1M04A 3MKKA 4UOQA 1U33A 4J27A 4HP5A 2D23A 1JNEA 2HISA 2EO7A 1WDPA 3CO4A 4ZENA 4FK9A 3L4WA 3VD9A 5M17A 1TA3B 1LWJA 4MDOA 2GDVA 3CHEA 4JCMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AFB A;  2E3Z A;  1S46 A;  2V5D A;  4M8U A;  4TX8 A;  3WQV A;  5KEZ A;  3W81 A;  5FKY A;  1UKP A;  1IV8 A;  3WDJ A;  1KBB A;  2O9O A;  2OYK A;  3T2P A;  4BQ5 A;  3KEH A;  2ZUU A;  2J74 A;  3VGD A;  4YHE A;  1BSI A;  3AIC A;  3W28 A;  3GM8 A;  3MMW A;  1E6Q M;  4UOJ A;  2VZS A;  2WVT A;  2J75 A;  2D0G A;  2YLA A;  4TTU A;  2VNC A;  4RE3 A;  2YDS A;  3PTM A;  3VIG A;  1QNQ A;  1NAR A;  2Y2W A;  4J7R A;  4LGX A;  5D8Z A;  1JZ4 A;  3THD A;  1KXV A;  1JAK A;  1E4N A;  1KFW A;  3AYS A;  1NWR A;  1MWO A;  2J8G A;  1C7S A;  2VVN A;  3L4Z A;  1ITC A;  1E3Z A;  4M24 A;  4MNJ A;  3WF0 A;  1UD8 A;  1Z32 X;  1UKT A;  5ABH A;  3WFZ A;  2F8Q A;  3M6D A;  5A2C A;  3OB8 A;  3AYR A;  3U7B A;  4E4P A;  1SR0 A;  2YL5 A;  4HU8 A;  5BXP A;  3VNZ A;  1B9Z A;  3LPF A;  4W8A A;  1QI3 A;  3W6L A;  4F8X A;  3O2L A;  3VD5 A;  1Q6D A;  1XYF A;  1KXH A;  5JBE A;  2YL6 A;  2ZXQ A;  1Q6G A;  1W3J A;  1R8L A;  3VX0 A;  3BCF A;  2BVD A;  5I6S A;  1HL8 A;  3D3A A;  1BLI A;  3SCN A;  5I78 A;  5CZK A;  1UWS A;  3MUY 1;  5CXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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