3C8NA

Crystal structure of apo-fgd1 from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
347
structure length
343
Chain Sequence
HHHSSGLVPRGMELKLGYKASAEQFAPRELVELAVAAEAHGMDSATVSDHFQPWRHQGGHAPFSLSWMTAVGERTNRLLLGTSVLTPTFRYNPAVIAQAFATMGCLYPNRVFLGVGTGEALNEIATGYEGAWPEFKERFARLRESVGLMRQLWSDRVDFDGDYYRLKGASIYDVPDGGVPVYIAAGGPAVAKYAGRAGDGFICTSGKGEELYTEKLMPAVREGAAAADRSVDGIDKMIEIKISYDPDPELAMNNTRFWAPLSLTAEQKHSIDDPIEMEKAADALPIEQIAKRWIVASDPDEAVEKVGQYVTWGLNHLVFHAPGHDQRRFLELFQSDLAPRLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Crystal structures of F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1 involved in the activation of the anti-tuberculosis drug candidate PA-824 reveal the basis of coenzyme and substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FG
total genus 119
structure length 343
sequence length 347
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.1.98.2: Glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme-F420).
pdb deposition date 2008-02-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 3c8nA00
4UWMA 1EZWA 1BRLB 1XKJA 3B9OA 1Z69A 2I7GA 1NQKA 4J2PA 1NFPA 4US5A 1BRLA 3SDOA 3B9NA 5AECA 4US5D 3RAOA 1M41A 3B4YA 1YW1A 3FGCB 1F07A 3C8NA 5DQPA 2B81A 3FGCA 1TVLA 5LXEA 1RHCA 1FVPA 1LUCB 1LUCA 1BSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LPOA 4LH8A 4TV6A 5F7UA 2ZUMA 2WAGA 1V93A 4CUCA 2GWNA 3B8WA 3K13A 4RLIA 1S1RA 3GZAA 4B9YA 3OA3A 4NZ1A 1IHIA 3VFLA 3W7DA 1S2WA 4UMBA 3V0SA 4DWSC 3N34A 1LJYA 4ZOBA 6TIMA 2A85A 2HXUA 1KB3A 2GL5A 3C8NA 2Y61A 2XU2A 2F38A 4U3CA 3M5XA 2POTA 2I14A 1VS1A 1JCJA 5EPDA 2NQJA 3TCEA 5EMKA 5A8GA 1KM0A 1P4CA 2PDLA 3KLKA 3M6DA 3LY0A 4JNMA 4Z08A 3VTRA 1UC4A 1M7XA 2W9MA 3TJLA 1FWSA 2Y8KA 3UCCA 3EKZA 4Y2WA 3WDPP 3W4RA 1DIDA 2DUAA 4HHMA 2WM1A 2V82A 1QNVA 1KBIA 1KXHA 2WHKA 4PUJA 2XGIA 4UB9A 3R43A 1QT1A 5LIWX 1XXXA 3T05A 2TMDA 2QPSA 4XBSA 3P5ZA 4GD0A 5FIPA 5DMMA 1WDSA 5D30A 3W7MA 3M44A 1T8QA 4NZFA 4LAKA 1DPMA 2D24A 4UTHA 3PBWA 5H6HA 5HBFA 4HZ6A 5T9BG 2QCHA 1OJXA 2OB3A 3VC5A 3EB3A 1XI3A 3J7HA 3VZYA 1N2VA 1R7OA 4G8TA 4Z1YA 1LG2A 4O8RA 2HVNA 3SY5A 1OC5A 4K2SA 5LNUA 3IJQA 3G0SA 4NIRA 1LL7A 4IG2A 2DVXA 2WLZA 2EKGA 4JTIA 4I8DA 1QFEA 3OLIA 4K37A 3VOIA 1W91A 1G4TA 4M6UA 4N9EA 3M41A 3TNOA 3V5FA 3DU0A 5F2GA 2VGIA 3FA4A 3ZT7A 3S6OA 2C13A 4DWSA 2J7GA 4NAFA 3VOGA 1X38A 1DWJM 1OK4A 4F0SA 3IV8A 2R1KA 3SCSA 4CVWA 5I3JA 4AIEA 2BXYA 5CZ0A 2FPVA 3RHGA 1KFWA 5A3HA 4EANA 3OG2A 1KXQA 1Y65A 3KUMA 1JG9A 5FESA 4BR1A 3WLIA 1XLJA 4P7LA 3NEVA 3RDKA 1UIPA 5AYZA 4PL2A 4MIMA 4W7UA 3EPNA 3EEGA 3NZ1A 2UY4A 3GNNA 4DXKA 1TE6A 3TTYA 1J5TA 4HPHA 3SFKA 3UPBA 2ADAA 1GQIA 2J74A 4W84A 3EMZA 2EAWA 4NNBA 1ALDA 1F76A 1WAWA 2A7NA 3GB6A 1RVGA 2R24A 1R8LA 5LNVA 3UA3A 2C0AA 3W53A 1X6NA 2H3DA 5KEZA 4HPXA 3B97A 3W7QA 1JF5A 1H11A 3W01A 8A3HA 1IYXA 4JX5A 4EPKA 4AIUA 1ECEA 4B5NA 4OUEA 3ES8A 1D7KA 3W72A 4C6IA 4UFHA 3SO7A 2JBMA 4I5XA 3CJPA 5H91A 3OTRA 3RCMA 3TYUA 3NQFA 3SCWA 3U4FA 3ZT5A 4C5ZA 2YBVA 2GQ9A 3ZXWA 4EF8A 4NL1A 3UZXA 2OT1A 3F4WA 1J6OA 1CNVA 2ZZ3A 1D9EA 4H19A 3ARUA 2XH4A 3SCTA 3CHFA 2PGEA 1SZEA 4CN1A 1P6CA 1BSIA 1QJWA 2DORA 4KFOA 3OBKA 3CQKA 3C3UA 2C15A 4JYDA 2DZPA 3AU2A 1RALA 1TMLA 2BGNE 4RNFA 4AWUA 1VFTA 3P6LA 2ODOA 4NJIA 2REQA 4XAPA 3ZLGA 4KQNA 4WXYA 3W7RA 3N25A 3W27A 3VU2A 2V5DA 4D6DA 4HU3A 4RE0A 4N9BA 3NJ3A 1I0BA 5DQPA 3LTSA 1ZAIA 4AIOA 1B4KA 4IUGA 1IXQA 3UD6A 3EKLA 4DPQA 3CV2A 4GK8A 1ONXA 1CXHA 4JYEA 3M64A 4XAYA 1QW7A 1XLIA 5L9FA 2OG9A 3QOMA 1XIHA 4N4PA 4Y9PA 1UWTA 4V1YA 4K1WA 4WR3A 3QMTA 2WJDA 4O11A 4Q8QA 3VIJA 3BOLA 3AHZA 3RO8A 2VDIA 1V0NA 2BOFX 3QH2A 3DFYA 4L6DA 1ZALA 3JZEA 5GPRA 2PAJA 1UPMB 5FEPA 1KFJA 3SRKA 1J79A 2J6VA 1JNEA 4US5A 2WHMA 3E1F1 4RV8A 4PMNA 3WH6A 3O3RA 1MMFA 2P8CA 4C6EA 4CD8A 3AHTA 1PL9A 1CLVA 3L4TA 1VIWA 4AF0A 4RX0A 4IMFA 2YPIA 3GW0A 2PP0A 3THQA 4IPIA 3P80A 4H8NA 2WJFA 3UR2A 3SGGA 2PURA 1MZHA 4W5ZA 2DJXA 3MUY1 4O4VA 3HGOA 1HG3A 3LHZA 2HE5A 8XIMA 2VR4A 3S2LA 3MSRA 2W92A 3LM3A 2FB3A 3POHA 3P2VA 1A5UA 4E2BA 1LYXA 4ORMA 4HKPA 3H6OA 4F2BA 1XD1A 2J7HA 3PULA 1GWJA 3VKKA 3DC0A 1C8VA 2CHRA 2XH7A 2PDFA 3H7VA 4H2CA 2CLFA 3NDYA 1SJBA 3URBA 2PLMA 4XKMA 3SFWA 1T6MA 2OX4A 4AZ5A 1I2RA 1F4HA 2R9RA 3O9NA 2XFYA 5F2MA 1MDLA 1GQNA 2ZRWA 4GWEA 4JIEA 4QG9A 3IUDA 4GY7A 2QLYA 3V75A 1CGTA 4CCEA 2W62A 1S5WA 1J0ZA 1M04A 1XIFA 2GOUA 5F4WA 3B0VC 1KTCA 2WSQA 1VGAA 3LV6A 4DN1A 2ZCGA 1FHLA 3QEZA 1JRBA 1EC8A 2YYTA 4KRUA 4LU0A 4R85A 3W85A 3EWZA 4R53A 4B3ZA 7REQA 3L12A 2O4MA 2F84A 3CIXA 2PA6A 4HZMA 1DXIA 4PGLA 2XDFA 1LWHA 1QUMA 1EA9C 1RBAA 3Q37A 4DZIA 3URNA 1B30A 3QV9A 3W1RA 4AC1X 3S46A 3AWNA 3PNZA 1JIBA 2VDGA 1OHLA 3QTPA 2YBUA 5D09A 7PTDA 3M5VA 2CXGA 4WCJA 3SN1A 4RNHA 3GU2A 3GG7A 3KRZA 3KOZA 2QDDA 3F2DA 3UY8A 4QE5A 2VX4A 4QJ5B 4IP7A 1FCVA 2DIKA 3NA8A 3FHAA 3F2CA 3OA5A 5A6TC 3S8HA 1R3RA 1JL8A 3R58A 1AJ2A 4GQBA 3S5OA 4IUOA 4HMEA 4X9YA 3OIXA 4J3WA 3LZ5A 3TJ4A 3E49A 4D6FA 4UCGA 1GTEA 1FBAA 2BASA 3NG3A 4FS9A 4IPLA 3STFA 3K8MA 1U2YA 3D0CA 5E5CA 4GYPC 1ZBKA 4L64A 4NY2A 1TJ1A 2CCRA 2WBKA 4Y9NA 4AD3A 3REQA 2E3ZA 2XN1A 1DORA 3SM0A 4PB3A 4C1LA 4PCNA 4NNCA 2QS8A 2FJUB 3ICJA 4J2MA 3VI2A 4NZ4A 2VFFA 4KH2A 4WHBA 5HULA 2ZRXA 1G7VA 2Y8UA 1TPFA 4XIAA 3RMEA 4PUKA 3EX1A 2P53A 2Q71A 2PCQA 1VFHA 4H4IA 3LEPA 1AW5A 2G3FA 4MY9A 3ITOA 1G6CA 4O53A 1OBAA 1A0EA 2PDMA 4JEQA 3E2VA 4HOWA 2YXGA 2VCAA 3ABSA 1A0CA 3BVJA 2PRHA 4FLSA 1XUUA 3DEQA 9XIAA 5EBUA 2JIEA 4F9JA 4GKTA 1S5NA 3MCMA 3QR0A 3SQSA 1JI1A 4D6GA 1V79A 3PJUA 5H1WA 4TX8A 3SZ8A 1JUKA 1GGOA 4F0HA 3UERA 4L6OA 1EC9A 4NNAA 4E38A 3LZ3A 4WDWA 4HMDA 4BJHA 1KKOA 2PWGA 3BGAA 4UUIA 1EBHA 4BCEA 4ZO9A 4JS3A 3B8SA 4LCSA 1FWNA 2ZTJA 1XDMA 4H2HA 3VNLA 4DX3A 3GVRA 2Y7EA 3O6DA 2WBGA 1EDGA 3V0TA 4HU4A 2IXUA 2DZAA 4HCDA 4RDYA 3EX2A 1DHPA 1HKMA 3OLDA 4IIBA 4AVOA 4AXKA 4YVPA 3KP0A 4RE3A 4QR6A 2BS9A 4GPNA 1QHOA 4B2DA 3FNDA 1HFBA 1PBGA 3MVIA 4PMZA 3LCLA 3P82A 1W1B1 4NXKA 5H8PA 4PUUA 1QO2A 2WLYA 4GYPA 3M0IA 2OOFA 5C54A 3FX4A 1UJQA 2CWNA 3FS2A 4N02A 4PH6A 3W84A 3NQGA 4LVDA 3WF2A 4ZQOA 1H63A 4IISA 4US6A 3R10A 2ISFA 2R1MA 2Y88A 3OPSA 4XD6A 3WDIA 2ZQ0A 1OYCA 2DT3A 1XIIA 3VPLA 3GHSA 1FWCC 2OQYA 3TAKA 3LK6A 4I7UA 3TFXA 4ATDA 4CGTA 2PDXA 5J04A 4LBSA 1GEHA 4JQ3A 4WOQA 4MFEA 1UD6A 1H3GA 1OD8A 4EWJA 3W1UA 1IE7C 1RXOB 2QCGA 3I6TA 1TTQA 5IXEA 4F0KA 4EAMA 2NQ9A 3BICA 3LHTA 2HK1A 3DAQA 4R7JA 4DJFD 1Y5XA 2Z7KA 5HUPA 1SMAA 2BX7A 4JKLA 4BI7A 1MFVA 5A94A 3L4ZA 2PP1A 2A7RA 4GABA 2E1WA 5I3IA 4I6VA 4GI6A 4NYUA 4Y9MA 4E4UA 4IMDA 3BQ5A 1X39A 2XIIA 1NU5A 3UJEA 2YCIX 4S2BA 1JYWA 4IF2A 3WQCA 1V02E 3UR5A 1I4NA 1FWDC 5AHLA 5G5IA 1V3JA 2YKKA 5C9ZA 2ZXAA 4XG1A 1C8QA 4L80A 3U5YA 1I0DA 2VR2A 5HNTA 1UC5A 3NPVA 2WXDM 3D46A 1NP2A 3AC0A 2CZVA 5AN7A 2X7WA 5BXTA 2O92A 4RNJA 5IFTA 1SGJA 1KRMA 4JN6A 4KESA 3O6YX 4X3ZA 2FH6A 4NASA 2YXOA 3M7WA 3QGAC 1ADSA 2X1UA 1YRRA 4GH1A 2ALRA 2C7FA 1C93A 1DJGA 1KR0A 3PWAA 3TN3A 1TTJA 3NGJA 3MYOA 1ZAJA 3HMJG 2ZRVA 1X7IA 1OFQA 5FJIA 2BY3A 4X2PA 4MTVA 3BWWA 2XFWA 3TR2A 5BCAA 1PX8A 3CL6A 1FWIC 2X05A 4GGHA 1HZYA 4ZGYA 2DSZA 4GGBA 5GQBA 3M47A 4UTTC 4CCDA 3BLEA 1F7BA 2P5NA 1WBJA 4LNCA 2Q8XA 1V3IA 3P0XA 3ZLHA 4BS0A 1VRDA 3TQ0A 4PMRA 1ZENA 1KGXA 4Q3MA 4H3DA 1Z42A 2NW0A 1UBSA 1VJZA 3K1DA 1EZ2A 3NQCA 4ZE4A 2WK2A 2ONEA 3A4WA 2WNQA 4WY0B 4WGHA 4AZHA 4PUMA 1VCFA 5C9UA 4OTKA 5MKGB 4AHPA 1MQPA 4Z1DA 4GBDA 1GW1A 5KETA 1RPKA 4NUWA 2DJLA 2FZ9A 2NUXA 4ZOAA 4CEUC 2GUYA 3WQ8A 2XSXA 4JQ2A 3LN3A 1R86A 3KCOA 3CB3A 4YL2A 3L4UA 1EUAA 3BTNA 4Q8NA 1UD5A 3NL3A 5HK4A 3SSZA 4BY3A 2E6AA 1JQXA 2WSKA 1V6TA 5I3FA 2D2JA 1GHRA 1WV2A 4Q8PA 2XFFA 3P74A 3Q94A 2B0MA 2Z1XA 4GUIA 5U7SA 2NUWA 2O0TA 4B92A 4DEFA 4MNJA 1IF2A 4MNLA 1Q2RA 3L9CA 1WOBA 3WMBA 4GUGA 3DBNA 2ISVA 1CT5A 3EA3A 3LOTA 3LBMA 2ZKMX 2JALA 1BAGA 4MKNA 1QOPA 1U33A 1UWAA 3ABOA 1T8XA 3DHFA 4JTFA 4YXGA 2VC5A 3HV8A 4R5EA 1HL8A 3GWQA 1JDFA 5A8NA 3CIVA 1XH0A 1C9DA 1U1JA 3M0VA 4QLLA 2WNNA 3KL3A 4AMAA 5EL1A 2Y70A 1ODUA 3RGTA 2E0PA 2DT1A 3CQJA 4FALA 4Z42C 1TFVA 4I90A 4PTMA 4C6CA 4IZGA 3W1QA 1HKWA 1OG6A 2ZX8A 1DIOA 1C92A 2YXXA 4HYVA 4IICA 3H70A 1ADDA 4EK7A 1CXIA 5TAOA 3E38A 1K9TA 3MDWA 2WMJA 2B7PA 2PBGA 2ZUNA 5IM51 1RY8A 3O07A 4HK6A 1QW8A 4ZB0A 3T0TA 3PBYA 1C91A 1I1WA 3V7PA 2AOSA 3PPCA 4W8AA 4HNUA 1GJPA 3ZVHB 5AHMA 4DBDA 1TPEA 2NLIA 3WH8A 3MV11 2YCJA 3L0GA 5T9CE 2J88A 2D22A 3U6WA 1ZFJA 4IQJA 1WKYA 3CZEA 3NOYA 5LNSA 3PZUA 3GH5A 3TWBA 3W29A 4H9YA 1QASA 2A3AA 5HQLA 3UWVA 4LUTB 3CV7A 2WMGA 1J0JA 2QDHA 4GNVA 5F2LA 3WMCA 5JQ9A 2PGFA 3JUGA 3A5VA 1FH8A 2ON3A 4KEUA 2NQZA 2AL2B 1ZU8A 4FPSA 3S4TA 1A5AA 1QI4A 1L0PA 3VDBA 1AFSA 4EF9A 1Q6DA 4MWAE 1M3UA 1PS9A 2DP3A 3AU6A 1CEOA 4KETA 5HQMA 4KS0A 4UFJA 1GG1A 2OYKA 4YTSA 5TIMA 2J13A 1E73M 1EF2A 1RV8A 1K8XA 3OZYA 2DIJA 4X0NA 3DFNA 4HPGA 1WO2A 4GYJA 3VIPA 2VXNA 1XLAA 4XKYB 2BV9A 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