5D8WA

Structrue of a lucidum protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
LQFAGVNIAGFDFGCGSDGTCNASGAWPPLTQYYGADGAGQMKHFVDDDGFNVFRLPVGWQFITDGVAGGDIDEDNWAEYDALVQACLDAGASCIVDVHNYARFNGEIIGQGGPTNQDFAALWSSIAAKYADNDKIIFGVMNEPHDVPDINLWADSVQAAVTAIRQAGATSQIILLPGNNWTSAETFVSNGSADALKKVTNPDGSVTNLIFDVHKYLDSDNSGTHEECTTNNIDNAWAPLAEWLRCNGRQAFNTETGGGNVASCETFMCQQVAYQNANSDVFLGYVGWAAGNFYQGYVLGEVPTDTNGVWTDTALVSACLAPNA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Functional and structural analyses of a 1,4-beta-endoglucanase from Ganoderma lucidum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Ganoderma lucidum
total genus 112
structure length 324
sequence length 324
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d8wA00
1P6WA 5DEZA 2WCGA 3NUKA 4IISA 1HJWA 3WQ6A 2VMFA 1HJSA 2JFEX 2V3EA 4ZE4A 2XIBA 3GH4A 3CHDA 3N17A 2YJQA 2BHUA 1JDAA 5DF0A 5E70A 8A3HA 3M07A 1QHOA 3VM7A 3GXIA 1DWHM 1O7AA 1TE1A 2XFYA 2VUYA 1JIBA 1LF1A 4MNKA 4PTVA 3SCSA 3WDJA 3VNZA 3WN6A 1N82A 1JZ5A 2E40A 4HPHA 4GZEA 3SURA 4D6HA 4RE3A 1XSIA 2PBGA 4PRWA 3VMNA 4W93A 2UY3A 3AMGA 5BXTA 2EPNA 3WL1A 1NP0A 1CDGA 2ZUMA 1FFQA 2DSWA 2ZXDA 1XCXA 4UR9A 1LLOA 5AYIA 2VX4A 1KXQA 4CD6A 1UQZA 1UR9A 2XUCA 3NIYA 4KWUA 3CZLA 3L4TA 2FHFA 4UOZA 3WD3A 1H41A 4C7DA 4CGTA 3PZTA 4Z2IA 2J7HA 1JD7A 3B9DA 5A3HA 7TAAA 2J7FA 3K46A 3AXHA 3CPUA 4V27A 2VZVA 3AICA 2ZWZA 4CU8A 1WDPA 1PZ3A 3VGFA 4ZEPA 2YL9A 1GHRA 3GYCA 2WMKA 4P8XA 1Y7VA 2ZICA 2CITA 1LWJA 4UCFA 3T09A 3VIGA 1B3WA 1E55A 4AW7A 5E6ZA 5ABGA 3VIMA 5I79A 1F4AA 3GXMA 3IAQA 2YLAA 4XZWA 4B16A 1H09A 1QHPA 2BXZA 1JXJA 2A3EA 4W8AA 1E0WA 1AQMA 4JL1A 3AHTA 3GXDA 4PMDA 1IV8A 4OOZA 3SCOA 3T2PA 1QBAA 2G4FA 3VIFA 1KGXA 2FH8A 5CSUA 2Q8XA 3FN9A 3CUIA 3W29A 3THCA 3CHEA 3PZUA 1PEZA 3RM9A 4OZOA 5LYRA 1M03A 2QMJA 5M5DA 3QR3A 5ECUA 2JF7A 3NYDA 5A6KA 2FGLA 2XTKA 1UZ1A 1KFWA 2YBUA 3EDEA 1MWOA 4JKMA 1UD4A 2D20A 3WUEA 4P8UA 4CD7A 3MUIA 4CN1A 5ABEA 1E43A 2G3NA 1MW1A 3LPFA 3A4AA 3A6OA 3AZSA 4BZYA 3LPOA 3AQUA 2WHJA 5D9NA 5JBFA 4W7VA 2VURA 4UOJA 2WVTA 1KGWA 5BWFA 4NF7A 1HIZA 2YL8A 3BAIA 2BHZA 2DH2A 2XVNA 3ALFA 2D2OA 2VRJA 3CIVA 1Q6EA 1H3GA 2X8RA 3AHVA 4HA4A 1WPCA 1I75A 3SCPA 5FIPA 3HJEA 5BXRA 4M29A 3ZT6A 1W9BM 3AS1A 1J0ZA 1I1XA 3O2LA 3CUGA 2VQUA 1C7TA 1MQQA 1SYTA 4TXEA 2CKRA 3RDKA 2WWCA 4HMCA 1XGZA 1UZ4A 5I5RA 4P8VA 4GI8A 5GQBA 2J25A 2VZUA 1ZU8A 4FLSA 1GW1A 1LWHA 3RM8A 3WD0A 4V2XA 4AWEA 1MW3A 4YPJA 4UQEA 5HDRA 4Z2JA 1J0YA 3AHXA 1VBRA 2QMKA 4JKLA 1JNDA 4PBGA 4NZCA 1U2YA 3A3HA 4L4PA 2BXYA 5I78A 2GUYA 4Z2GA 1QNRA 1XSKA 1BF2A 1ZBCA 1BYCA 2W91A 1E6RA 5HOSA 2CXGA 4GQRA 4DM2A 1M7XA 1G0CA 2ZUVA 4BF7A 5CSYA 1LL6A 2O9RA 1HP5A 3PZGA 2A3HA 1OIFA 2J7BA 2J79A 2W5FA 3PBGA 3OBAA 5A95A 3AS0A 2VZOA 3TOPA 3VIOA 1UWUA 2VQTA 4C7GA 4IM4A 1V02A 4N42A 3OGRA 2VZTA 3APGA 3WSUA 2G41A 2BY1A 5I23A 5LA2A 3L2LA 5ABFB 1CGWA 1A47A 4W5UA 1MFUA 1JFXA 1UH2A 1H4PA 1K6AA 4CCCA 1JZ8A 3VGEA 1X6LA 1LL4A 2X0YA 3M7SA 1VRXA 3MMDA 1J0HA 3OZPA 2NW0A 1X6NA 2JE8A 3J7HA 4JFSA 1KXHA 4JFTA 2BVYA 3VKKA 4YHEA 3B8SA 5IFTA 2O92A 5CZKA 3M6DA 3QHOA 4LYRA 5BRQA 1WNOA 4AZ6A 2BY2A 1R85A 4J3VA 1PX8A 4XZBA 3ZMRA 1FH8A 1BGGA 3WKZA 3VGDA 4WIWA 3WEOA 2XJ7A 3UG4A 1B2YA 5A2BA 1GORA 1JDDA 1GOKA 4HU0A 1W3HA 2JF6A 2VR4A 4WLCA 3L2MA 4AZCB 1XCWA 4Y7EA 1V3LA 4LQ1A 1UD2A 2QPSA 3QHNA 3NCOA 3RILA 1R86A 1E73M 4HP5A 3WNOA 5C8BB 2X2YA 1KXVA 2WHMA 2ZX8A 4OBRA 5CLTA 4CVUA 4KGLA 3IJ7A 4LYPA 3PZOA 5A6BD 4EE9A 2WANA 1BYBA 1WCGA 3CZKA 1UWIA 4WKHA 1WAWA 2WVVB 3FNDA 1C3FA 4CCEA 1PZ2A 4BQ4A 1OINA 3WF1A 2PWEA 4U5KA 1KWGA 2E3ZA 2D0HA 2YA2A 1C7SA 3F5KA 2QPUA 4JFVA 4UTFA 3AMLA 1HNYA 1HKKA 3VIPA 1IZKA 3VIKA 4UQ9A 4DUXA 4JAWA 1B31A 2VOTA 4JCMA 5HPCA 2CIPA 2CPUA 3CGTA 4UFMA 1CENA 3BCDA 1FHDA 4JCLA 4MAZA 4A3YA 3WF3A 2WW5A 3BSHA 2GSJA 1J9YA 4TVUA 4WK9A 1I1WA 2UY4A 2Y5EA 2VVSA 5A2CA 1CGYA 3OGVA 1CXHA 3VGBA 1CTNA 4MB4A 1UOKA 1V6WA 1CXEA 3FY1A 1CXKA 1W9DM 3WD1A 3ZSTA 1VEPA 2XM2A 1QI4A 1JXKA 2VX6A 1VJZA 1V6YA 2EJ1A 2DSZA 4ATDA 3WUGA 2J7EA 1KQZA 3OB8A 1WDRA 5I3DA 2YA1A 2WLZA 3PZNA 1J11A 2VL4A 2ZUWA 4W85A 4D72A 1V6UA 1Q6GA 1EHNA 4J3WA 3ZT5A 3AYRA 3GDBA 1G9HA 3SCVA 3G6LA 3CUFA 3LMYA 5CJ5A 2E9BA 2W63A 4HA1A 1XYFA 3N04A 1CBGA 1GVIA 2WBKA 4PSRA 1CZ1A 1WE5A 2D0GA 2HISA 2XVLA 5IDIA 5A1AA 2GFTA 4CD8A 3OGSA 5C70A 1CGVA 1Q6DA 1Z32X 5I0DA 1HKIA 4AZGA 3PZMA 4MADA 3WNNA 1GCYA 1B1YA 1W3KA 1E6ZA 5KEZA 1GUVA 1NOFA 3K1DA 4H8VA 3VNYA 2ZE0A 2CHOA 3ZO9A 3WQWA 3WD4A 2CETA 4H2CA 1OM0A 3MSDA 5JIPA 4R27A 5LA0A 1HJUA 2RGMA 3DYPA 4CUCA 6A3HA 2ZUUA 4AYSA 4JFUA 1V08A 4HU8A 3ARZA 3ALGA 4LPCA 1BVNP 1S46A 1ZS2A 3N1AA 3I3BA 3BGAA 2OSXA 2WC3A 3N12A 3WNPA 5CG0A 3PTQA 3AJ7A 3CLWA 4C7FA 2WAGA 3SCTA 4ZXLA 1B3ZA 1CYGA 1JI1A 2J74A 1OIMA 1BHGA 2W61A 2WVVA 3CBWA 1RH9A 2XVPA 4L4OA 4UZUA 1PAMA 1PX3A 1JZ4A 4HPGA 2QHAA 4UFIA 3SUVA 3EYPA 4X9YA 4B3LA 1V6VA 4BCEA 2UWFA 4ACYA 4D6FA 2Z1KA 1E6PA 1MVYA 2O9PA 5I6SA 1VEMA 4U31A 2EQDA 1UR0A 4AISA 5A8QA 1NARA 2AAAA 1R7AA 1MFVA 2WZIA 1VIWA 2D3NA 3QGVA 4W8BA 3WH9A 4TOQA 3W82A 4UQAA 5E09A 5A6MA 2GDUA 1E5NA 1W9VA 1BQCA 1KCKA 4AIOA 4NSBA 3HMCA 1EDGA 5E6YA 3OLDA 5GPRA 1W9UA 1XRVA 1M53A 2GDVA 4CU7A 1BGAA 1HJVA 1QNOA 2W92A 4OJYA 2NT0A 3WFLA 5CGTA 2XVKA 4AZBA 5BROA 2EPLX 2Y24A 2F61A 4E8CA 3EMCA 1XD1A 2VCAA 3BAWA 4Z2LA 3UEQA 2GVYA 3GZAA 3VD3A 1TG7A 4XV0A 1GOMA 4PYSA 3RM4A 3NDZA 2YL5A 3W27A 6CGTA 4AZ5A 2WMIA 2VI0A 3SUWA 3WNKA 3PZ9A 1VENA 1E5JA 2DT1A 1SMAA 1JF6A 4CU6A 3VD5A 1G94A 1JDCA 1AQHA 2WXDM 2PWGA 4OKDA 1LL7A 3ZQ9A 1KR1A 4AXNA 2D3LA 1JAEA 3GH5A 2XYLA 2WSPA 3WDIA 3FW6A 2NT1A 1K9EA 1US3A 3WF2A 4PMVA 1MXDA 1MXGA 3SCWA 1FH9A 1TVNA 4LYQA 4D1JA 4B9YA 3ZJ8A 2RGLA 3AIRA 5EB8A 3K4DA 3VD9A 5M03A 1UD6A 1E15A 2A3AA 2YKKA 3JUGA 4IPLA 1CLXA 4LX4A 3WELA 3GBDA 5ABHA 4AC1X 4DWSD 1BVZA 2DIJA 3W6MA 2ZIDA 4MJ2A 4BQ2A 3UR8A 4URIA 5CPSA 1E4MM 2J7DA 3D3AA 3WH7A 3VUPA 3ZR5A 1EXPA 1WKYA 2EPMX 5A6JA 4FK9A 2BVDA 2PI6A 2BV9A 4PMOA 4PMZA 3SUSA 3CUHA 4ATWA 5I2UA 3AZRA 1AMYA 4J3XA 4MNLA 2FDMA 1NOUA 2YL6A 2VX7A 2VX5A 2BS9A 2O9TA 4D1IA 2DPEA 1E9LA 3POHA 3WQ4A 1NQ6A 4ACZA 5CXPA 3DECA 5JBDA 2CBIA 1W91A 1J0JA 1GVYA 2EEXA 3TTQA 4JFWA 3ARRA 2V3FA 5JIWA 1BYDA 4KRTA 2WVUA 1ZBKA 4W5ZA 5HXMA 1ISZA 2ZWYA 5DFAA 1E4NA 2MANA 2ZOXA 4GQQA 3VIIA 3WBAA 2WSKA 5JUVA 3NSMA 5CPTA 1JYWA 2DT2A 3L4VA 2DSUA 2CNCA 1HVXA 2EO7A 2Y2WA 1NOWA 2VZSA 3KE0A 3IJ8A 1GJWA 3KZSA 3W81A 5DT7A 2DT0A 3HU7A 4FF5A 4UFJA 2WVSA 3L4WA 2UY5A 4QCFA 2WKLA 1CWYA 1WO2A 2WM0A 1WZAA 1LG1A 1TA3B 3ZJ6A 3VX0A 4QLLA 3GNOA 4PSPA 2D23A 4AD1A 3N13A 5E0FA 3AS2A 4UZSA 1VJSA 2WMHA 1PX4A 2OSYA 1JGIA 1RP8A 4CD4A 1GNXA 1R8LA 3TTYA 3MO4A 3FAXA 4MDPA 2F8QA 2EPOA 3CO4A 2B31A 3UERA 3VIJA 2C7FA 4JZ5A 5EFDA 4CD5A 2JIEA 4U5IA 3OG2A 1GOIA 1PBGA 3VMOA 2PWHA 2WWDA 1UR1A 5GNXA 1F4HA 4GO8A 3GXFA 1D7FA 3NDYA 1KXTA 3WH8A 5CPQA 1MQPA 5A8NA 3MUAA 1EH9A 4KGJA 3BAKA 4JHOA 3T0AA 2ZX9A 3K8MA 3RJYA 3PHAA 3AYSA 1FA2A 4H8UA 4D6CA 3CZ8A 3AHZA 3ARVA 4AEFA 1GQIA 2WMJA 3CUJA 1PIFA 2DQXA 1JZ2A 1WB0A 1HN1A 5FL0A 1DWGM 2Y4SA 1OT1A 3SUUA 1HP4A 4FLQA 2D1ZA 8CGTA 9CGTA 4GI6A 4J3UA 4HMEA 1EDQA 6TAAA 2WLYA 3W38A 4HZ8A 1JZ3A 3AIVA 1EA9C 1YQ2A 1EQCA 2X0HA 2PF0A 1J10A 5A94A 4M82A 2DIEA 1U30A 1UQYA 3A47A 5BCAA 3WH6A 3KL5A 3K8LA 4DWSB 4PUEA 3N9KA 3VMPA 1EHAA 1DWFM 4NRRA 1XC6A 4F79A 3MMUA 4GZIA 3OLIA 7CGTA 1QW9A 1B30A 1NWRA 1C92A 4TX6A 3RMEA 4TVDA 2W66A 2ZXAA 1WZMA 1V03A 3MSGA 1JD9A 3HN3A 1CLVA 4D6JA 1W1PA 4UQDA 4RE4A 1V3JA 3L4ZA 2GK1A 1BLIA 2J75A 3W24A 1E1EA 2A3CA 4TTUA 2ZUNA 1UD3A 4AZIA 3QOKA 1DEDA 4AD2A 1QOXA 1TA3A 1KWKA 4PUDA 4P7LA 5BRPA 3N11A 1ITXA 4PCSA 2FH6A 3CTTA 1GQJA 4AY1A 1E1FA 1W2PA 1HJQA 3W4RA 4UOQA 1ISWA 2V3DA 3SEPA 4HOXA 4XUYA 1E3XA 4MPKA 1O6IA 3T0DA 2DH3A 2PC8A 5A2AA 1J18A 2PB1A 4MNJA 2J77A 1BG4A 1OB0A 3BSGA 1FHLA 1TCMA 1C8QA 3W25A 1CGXA 5I24A 2CEQA 1RPKA 2XVGA 5D4YA 1IZJA 1W1YA 3I3DA 1E3ZA 4H04A 2J62A 2FHCA 2J4GA 4PMNA 2JEQA 4CN6A 2VC9A 4W7WA 4M24A 5A8OA 1JYNA 3SCNA 3WMBA 4U2YA 1ODZA 1MW0A 2W4XA 3BMVA 3KL3A 3MMWA 3WDQA 4DM1A 1XD0A 3EDFA 1VAHA 1DWIM 2W62A 2AOSA 3VDCA 1EOMA 2WCSA 3AFBA 1TUXA 2GJPA 1OGGA 4BQ3A 2WHLA 3MV01 1E4LA 3UG5A 1EQPA 3WH5A 1YHTA 3UG3A 3D5HA 4M81A 5BYWA 5EMYA 4MAVA 1HKMA 1UA3A 4WKFA 3OA5A 2WMIB 2GJXA 2VCBA 1VFMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1P6W A;  5DEZ A;  2WCG A;  3NUK A;  4IIS A;  1HJW A;  3WQ6 A;  2VMF A;  1HJS A;  2JFE X;  2V3E A;  4ZE4 A;  2XIB A;  3GH4 A;  3CHD A;  3N17 A;  2YJQ A;  2BHU A;  1JDA A;  5DF0 A;  5E70 A;  8A3H A;  3M07 A;  1QHO A;  3VM7 A;  3GXI A;  1DWH M;  1O7A A;  1TE1 A;  2XFY A;  2VUY A;  1JIB A;  1LF1 A;  4MNK A;  4PTV A;  3SCS A;  3WDJ A;  3VNZ A;  3WN6 A;  1N82 A;  1JZ5 A;  2E40 A;  4HPH A;  4GZE A;  3SUR A;  4D6H A;  4RE3 A;  1XSI A;  2PBG A;  4PRW A;  3VMN A;  4W93 A;  2UY3 A;  3AMG A;  5BXT A;  2EPN A;  3WL1 A;  1NP0 A;  1CDG A;  2ZUM A;  1FFQ A;  2DSW A;  2ZXD A;  1XCX A;  4UR9 A;  1LLO A;  5AYI A;  2VX4 A;  1KXQ A;  4CD6 A;  1UQZ A;  1UR9 A;  2XUC A;  3NIY A;  4KWU A;  3CZL A;  3L4T A;  2FHF A;  4UOZ A;  3WD3 A;  1H41 A;  4C7D A;  4CGT A;  3PZT A;  4Z2I A;  2J7H A;  1JD7 A;  3B9D A;  5A3H A;  7TAA A;  2J7F A;  3K46 A;  3AXH A;  3CPU A;  4V27 A;  2VZV A;  3AIC A;  2ZWZ A;  4CU8 A;  1WDP A;  1PZ3 A;  3VGF A;  4ZEP A;  2YL9 A;  1GHR A;  3GYC A;  2WMK A;  4P8X A;  1Y7V A;  2ZIC A;  2CIT A;  1LWJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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