2EKGA

Structure of thermus thermophilus proline dehydrogenase inactivated by n-propargylglycine
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
289
structure length
288
Chain Sequence
LAYRSFVLGVAGHPQVERLIKHRAKGLVRRYVAGETLEEALKAAEALEREGVHAILDLLGEMVRTEEEARAFQRGLLELVWALAGKPWPKYISLLTQLGLDLSEDLALALLREVLREAEPRGVFVRLDMEDSPRVEATLRLYRALREEGFSQVGIVLQSYLYRTEKDLLDLLPYRPNLRLVKGAYREPKEVAFPDKRLIDAEYLHLGKLALKEGLYVAFATHDPRIIAELKRYTEAMGIPRSRFEFQFLYGVRPEEQRRLAREGYTVRAYVPYGRDWYPYLTRRIAER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydr
publication title Structural basis for the inactivation of Thermus thermophilus proline dehydrogenase by N-propargylglycine
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 118
structure length 288
sequence length 289
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.5.5.2: Proline dehydrogenase.
pdb deposition date 2007-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01619 Pro_dh Proline dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.530 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel TIM Barrel 2ekgA02
4H6QA 2G37A 2EKGA 4H6RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DZTA 3CT7A 4FLSA 3TLQA 5FIPA 3G2GA 1LL7A 4MJ2A 2YZRA 1LRTA 4EK7A 1LQ2A 4AQLA 1DOSA 3AXMA 4MFDA 4FXJA 4FK9A 2XN2A 3P3BA 3WLOA 4BR1A 4CEUC 3W2MA 5EMKA 2XFYA 2C3ZA 2O4MA 4O16A 4ZE4A 1U1UA 3OLDA 5HOSA 4Q8UA 1HQTA 2PDXA 1AUSL 1SQ7A 3SCNA 2YBTA 4DAIA 4PUDA 5I2UA 2FB2A 3LI1A 3A4AA 3LHYA 1A0DA 3QF0A 3CH9A 1KR0A 3N17A 4A8LA 4E2BA 4PODA 4ZOAA 4HPGA 4KERA 1GOWA 4XVEA 1W3KA 1Q5MA 2PCEA 3SEPA 3MBDA 2ZXDA 3TFXA 2X1IA 3CQJA 5HNUA 4C6KA 4DYKA 1FH9A 1R2RA 1U5JA 5C2GA 4K1GA 4G5DA 5XIMA 3DUGA 2GJNA 3O0FA 2X7VA 2XIIA 4E3TA 4DO5A 3KVLA 4NZ5A 1XC6A 2R9RA 2WJZA 4IH3A 1REQB 4CQ9A 1FWIC 1TE1A 5TAOA 5BWFA 4MPKA 2YW4A 1PBGA 2CKRA 1PWLA 3POCA 1W1A1 2BHUA 2AMGA 1ITCA 3NQGA 4H8VA 4DWSA 2QCNA 2Y8VA 1HVQA 3KS5A 4XX6A 4FLQA 2F6XA 3Q94A 3IGSA 2WKGA 3WJSA 1J2BA 4JNZA 3G0SA 4RE2A 4M8UA 5CPLA 2QCMA 1TIWA 2BVDA 1V93A 2PWEA 3CMGA 1WCGA 3MYOA 4XTDA 2HDJA 3ZWSA 1OX4B 2F7FA 5EYWA 3I4EA 3LHUA 4U31A 5FESA 1VJIA 4R7WA 4IFKB 3KVKA 3MP3A 2D2JA 2PC4A 3UCQA 4K8GA 3T0DA 2MNRA 5LXEA 3WIJA 2IQDA 1OB0A 3UWYA 3C2EA 3ZFHA 3KCJA 3ZJKA 1W1YA 3WL1A 3MCOA 2GVGA 1OGGA 3UZWA 1GUVA 1PL9A 2JE8A 4PTMA 3RX3A 3DU0A 3B9DA 2YCEA 3RXZA 5I3IA 3ZJ6A 2C14A 5I3FA 4PB4A 2ADAA 4ONVA 1QJWA 4AHQA 4O12A 1AQMA 5CGTA 4GNKB 3EXTA 4AY8A 1JNDA 1IV8A 3B40A 5M03A 4AZCA 3FYYA 1TPWA 4ZTYA 2OEKA 1XSKA 1QBBA 5LGZA 4JICA 3SQSA 3FA5A 3SRHA 3VD9A 4W93A 2I5IA 3TQVA 3EWWA 3WMBA 3BC9A 3UJEA 4AU0A 2FTYA 3G1DA 1ADDA 1IEVA 1FUYA 4LF1A 4NAEB 3TR9A 1ZJHA 4UR8A 3H2OA 4BJHA 3FKRA 2WVTA 1TVPA 1OT2A 5JXQA 3M0MA 4WJEA 3P7YA 1IF2A 3CAQA 2PTZA 5C2XA 4M82A 5FF7A 1DJIA 4ROPA 3EBVA 3THUA 1GZ1A 1TYGA 4N4QA 1H1NA 3APTA 2DIJA 4BI7A 3T55A 4J3TA 4AF0A 2OQHA 2ZUWA 2J7GA 3UG5A 2W0UA 2XYLA 1I9CB 2V30A 2WBKA 2HNHA 3EX2A 3V5FA 4HK7A 3M5ZA 1U1JA 3A3XA 3CMFA 3LYEA 5G5IA 1B57A 3N1AA 2GDVA 1HP5A 3F4NA 1BSIA 2Z7GA 3UVIA 3RN6A 1GQNA 3BVJA 4RW5A 1XV8A 3KCOA 5HUPA 4B90A 2ZADA 4ZQMA 3W9ZA 3ZR4A 2A6LA 5BYWA 4OQVA 2WMKA 3TQ0A 3QV9A 1B9BA 3NQ2A 4WDUA 2WSQA 5A2CA 4J9JA 5A95A 3TYCA 1VCFA 3MQTA 3NL3A 5FEWA 1HKKA 2X05A 3G1XA 4UNLA 5MF5A 1Y8BA 1RV8A 3T1GA 3ARSA 2IPGA 2AMXA 1W3IA 1JCTA 2VZTA 5CPTA 3WH5A 3C0JA 1KO0A 4B3LA 4JTSA 4QHRA 3BURA 2CESA 4IWWA 1HVXA 2VZVA 3OVPA 3CU2A 3PZQA 2I5QA 4B9YA 1ZENA 1C8VA 3OGSA 1QVBA 5GNZA 3TW9A 1J5SA 4Q6JA 1XDLA 9CGTA 3B04A 3N34A 4GABA 2QUVA 5AOUA 1P1MA 3R7MA 1EJVC 2CU0A 1FWAC 1XD0A 1OCBA 3W1MA 3R0KA 3PZ9A 1MUWA 3AS1A 4JIEA 3KBWA 2ZX6A 5M17A 3DI0A 4FF7A 3IJ7A 4NNAA 4HZMA 3LD5A 3I7SA 2XIOA 3GXFA 3STFA 4NVTA 1TREA 4XAYA 5D9NA 4PSPA 1L6YA 1CXKA 2GGJA 3TAKA 3PNZA 2VRJA 3E49A 4RZ4A 1EJWC 1XRSA 2FZNA 4KEZA 3BSHA 5TQLA 4JX5A 1GOIA 4GNVA 3FNDA 3GTHA 1Q6CA 3AIUA 2ON3A 1QK2A 3OGRA 1I2NA 3FKKA 4E4UA 4YN5A 4PZVA 3VIMA 2YJQA 4XO6A 2C13A 1SZRA 2RDXA 2WLZA 3T0AA 4H3DA 3LENA 1QOQA 5U4NA 4EKJA 3UFYA 4HD5A 1ZHAA 3FJ4A 2PGRA 2V5DA 1TCMA 5HWJA 4KGJA 4UBPC 1SPQA 5KMYA 1PHWA 3WQOA 1EHNA 3GS6A 3S9IA 1ZBKA 4XUGA 3LLXA 4QX4A 1PKLA 3KRZA 4GJJA 1OYAA 4H6QA 3H54A 3UD6A 1JI1A 3G1VA 1QI2A 4A3YA 5HBFA 1TPVA 3PG8A 3GHTA 3C8FA 2VRKA 3CB3A 5LIKX 3E02A 5D9MA 3UZJA 4D9PA 1P5BA 2P0OA 3PUEA 3M16A 1ZSXA 5F4WA 3ONBA 4PB5A 4QQUA 3RITA 2HE5A 3N9KA 3C8NA 3MMWA 2XU2A 3N15A 4D6HA 2PRMA 3W6LA 1WYIA 1TV4A 4AHPA 4N0RA 4Y2WA 5GNXA 1UBPC 1OFBA 1KXTA 4A2RA 3VOCA 1GHRA 2X1TA 2ZZ3A 3BQ6A 4GQBA 4OBSA 2VEIA 1VEPA 3PK7A 3BLPX 2C71A 4Z1CA 6ENLA 3PZVA 2HVOA 4ZOCA 5EL1A 1UW9A 4NJHA 3M0VA 4GNJA 4CU7A 2WB5A 1PX8A 4JQAA 4D6GA 3NYZA 4JKLA 2BXYA 4FXRA 5A8NA 2E1DA 1ZY9A 1EYWA 1PX3A 1A4MA 3QHMA 1QU4A 5CZJA 3MI3A 4O28A 5HWMA 1EC9A 4G6CA 2J75A 3L4XA 3K5XA 2ZWYA 2REQB 1DE5A 1PO9A 3DHFA 3WX7A 3WFLA 4NNBA 5I78A 4K6AA 4AC7C 3GXIA 3L67A 1IEIA 3VNJA 4LF2A 4BS0A 5IFPA 5K9DA 5D2WA 1YTEA 1CXLA 4PEEA 1FHDA 3T08A 4W89A 3FK4A 1FCUA 1Q85A 4DLFA 3WJWA 3W27A 3JZEA 1E0WA 4R9OA 3HPZA 4QP0A 1ZBCA 1A5OC 4LFYA 2B31A 1GQLA 4MB4A 4RNJA 3U9IA 1B3WA 3WKZA 1FTXA 2PTYA 3W1PA 3GY1A 1TJ1A 4DM1A 3F1QA 4DBDA 3E96A 2YLLA 4UFMA 5BU6A 2DZUA 2CYGA 3P0WA 1WDDA 4HA1A 4RL3A 1MDLA 1KM0A 4YTSA 5EB8A 2VOTA 2BODX 4MY1A 2VURA 3MUAA 3STGA 9RUBA 4NX5A 4GRSA 1GQIA 1GVRA 3W7EA 3QEZA 1GKRA 2HPIA 2H90A 5DXYA 4GI8A 3LGDA 1EIBA 2IXUA 1XIEA 1FHUA 5JMUA 3ALGA 5A8QA 3T78A 1H7WA 1G1YA 1L0PA 3E12A 1OM0A 4V2XA 2ZX9A 4QISA 1R9YA 2OLHA 2VFDA 4U5KA 5ABGA 3A9BA 4W4QA 3H2EA 4UC5A 3PJWA 4RDVA 1CZ1A 3QW4B 1UPMB 3R12A 2QZRA 1X8CA 1FWSA 2HJPA 3F4DA 3WMCA 2XH7A 4QE4A 1VHNA 3VNYA 4B16A 3H2NA 3MSDA 3MSRA 2J8TA 3LMZA 5I7GA 4NAFA 2QCLA 1OFPA 1VFOA 4X0VA 1LOLA 4FX7A 1KM2A 3G0UA 4NU7A 3RLUA 4LUTA 5BROA 1YTDA 1AFSA 4NKCA 2GSHA 2V0TA 4UQ9A 2ANUA 3G0XA 4Z2KA 1O1HA 3AZSA 1OD0A 4QJ3B 4QXIA 1QHPA 3EGJA 2FVLA 3LSCA 2OKOA 4L61A 1R0MA 2Y0FA 1RJQA 3PAOA 2RHGA 3CPRA 3TXVA 4Q4SA 2OPJA 3THDA 1AQ0A 4PRTA 2V81A 1O68A 4GACA 2PGEA 3ZOAA 1U2YA 2EG7A 5BWAA 3BOLA 1K70A 3IPWA 2DZSA 2PDIA 2FFIA 3WLNA 3F2CA 2QGYA 1UP2A 1UA3A 3WQDA 4HGXA 5EFDA 1J4EA 1GYLA 1Q6DA 1DQWA 3WLJA 2CWNA 4QITA 3V0TA 3M0KA 3B9OA 4C6DA 1V79A 1S3HA 1TZ7A 1BAGA 2NQLA 2FZMA 4K2SA 3B9EA 2D1ZA 3SY8A 5B7YA 1KFLA 1GPWA 5D8ZA 1V02A 5F2MA 1WDQA 4GZJA 3GQYA 1VFHA 4RNHA 3BW4A 5HATA 1EXBA 1HKWA 4W84A 1FHLA 1WO2A 4P61A 3VD4A 1VPXA 1RBOB 1K8ZA 3AISA 1X1NA 1CENA 3NQCA 4JHMA 4AYGA 5F1UA 4LAOA 2X16A 5CSYA 1JGIA 4GX8A 2YBUA 1RP8A 3LDVA 3N9RA 2DEPA 3L2MA 4O18A 2J88A 4NZ3A 4HSNA 1GQJA 5DX7A 1YYAA 2VEMA 5H91A 5IHRA 2CHNA 4ZBCA 4F40A 1Q7MA 4HJFA 3CUZA 1HJVA 1CLVA 1E6XM 3EWXA 2BGSA 3O9NA 1MNZA 2CLOA 3AXHA 3IIOA 3T09A 3RCYA 3MUZ1 4L6OA 3N2XA 4JN8A 3F03K 4S3CA 1GVEA 3IGXA 1XGZA 5FL0A 3CEPA 1LJYA 1WKYA 3TWBA 4G8TA 3CO8A 3P0XA 4B92A 2IKGA 2Z1KA 3FS2A 4MTVA 4HSOA 1EJTC 3U57A 4A8RA 1QOPA 1PTAA 1SR0A 5EMLA 4HHPA 5DMLA 3WNMA 2PLMA 3SCRA 1VH7A 4PTXA 2ZUTA 3VOJA 1W9VA 2ZC1A 1A3XA 4Z17A 5C7VA 3PAJA 1PTDA 1BVNP 4LUYA 4JIPA 4MLJA 4YPJA 4HNTA 1OZQA 2A6NA 3W7MA 1QPOA 4Q8QA 4MJMA 3AIWA 1TJPA 1H7OA 2PWDA 3GW0A 2Y63A 4GVGA 1JD7A 4E2OA 4BQ3A 1Z42A 5DO8A 5I00A 1NY1A 2BNJA 3GNXA 2WSPA 4TQTA 2OXNA 5AHNA 4GIAA 2CNCA 1OHLA 3HM7A 3LXBA 4AFYA 4QRNA 1EWDA 3T4WA 4LBRA 4NY2A 1G4TA 1GORA 2QLYA 4MY8A 1QI3A 3U8GA 3KS6A 1GOKA 1XBZA 5BXSA 2BLEA 3VINA 4O0KA 1PZ2A 3NOEA 1EBHA 5TBOA 4A3UA 4B5XA 4Z2LA 1YHTA 1Z9AA 2J25A 4GFIA 1YXCA 2W66A 4X63A 3RR4A 2EPOA 4LXFA 1AA1B 3W70A 4ALDA 4Z1AA 5G1TA 4A35A 1PIGA 2GJXB 1L8NA 3G1SA 1XH1A 1EOKA 1KBBA 3PZIA 4O1CA 3D3AA 2FYMA 3VC6A 3P60A 4A4AA 3W23A 1A5UA 4V1YA 5CC7A 3VKKA 3ARWA 3N4FA 4C6CA 4KW2A 4IL2A 4GZEA 3W26A 3T07A 2O4QA 4H9UA 3IJ9A 3QMRA 2G95A 1AH4A 1K6AA 4OVXA 2GUYA 2WZMA 3QLLA 1AD4A 4XQ6A 5HJYA 1YTKA 4JGDA 4OOZA 2G3NA 4IUOA 3HF3A 4AC1X 1B2YA 1QPQA 3ZS4A 1HF6A 3NGJA 2BGNE 3ZJ7A 1JZ7A 1RA5A 3MHUA 1LORA 1W91A 4HZ7A 4PL1A 1AG1O 2JK2A 2CZ5A 2J7DA 3OGVA 3H26A 2WJEA 4RUBA 5AHMA 4A3QA 2F9RA 3DBPA 3N14A 4ML9A 3ANUA 2VP8A 3UYCA 3W76A 4JYFA 3NXLA 1XIDA 3OP2A 1RK6A 5GVJA 5LNWA 4O53A 4BWLC 1P0NA 1R86A 5A6JA 2C79A 4XBKA 1H7XA 3K1GA 4QLKA 1PVNA 2J66A 3VNLA 1P7TA 1JZ8A 1QW9A 1UBSA 3IANA 1HW6A 4DQWA 4ECLA 4GGBA 1UIPA 4HNNA 2A3CA 4CCCA 4AEFA 3URBA 2E5BA 2EEXA 3UERA 4IG2B 2WVVA 3DCPA 2ZUSA 3M44A 4MOZA 5G4HC 3WK3A 4JHZA 3VVGA 3CBWA 5M1TA 1VEMA 1XYFA 5LGXA 1HJUA 2X1RA 4UR9A 2WSRA 1Q4WA 1UJQA 1ZJBA 5EA9A 4OTKA 3PSVA 5CAKA 1H1ZA 3GO2A 4PTNA 2JEPA 2FFCA 4IIHA 2AGTA 3W2JA 5C6MA 4ERGA 4LQ1A 4RXFA 2BXVA 3VM5A 5J5RA 3KRUA 1XD1A 1G4EA 3L5MA 4PN2A 5IM51 3DI1A 1E55A 3SCTA 4AIOA 2BY2A 4KMQA 3GVRA 1FWWA 1YMYA 2AQVA 1W8GA 5HMEA 5A2AA 3WNOA 4LCRA 3W3OA 1IXQA 2VWTA 3E2SA 3QMTA 2ZKMX 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