3U57A

Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
502
structure length
471
Chain Sequence
NDATRISRSDFPADFIMGTGSSAYQIEGGARDGGRGPSIWDTFTHRRPDMIRGGTNGDVAVDSYHLYKEDVNILKNLGLDAYRFSISWSRVLPGGRLSGGVNKEGINYYNNLIDGLLANGIKPFVTLFHWDVPQALEDEYGGFLSPRIVDDFCEYAELCFWEFGDRVKHWMTLNQPWTFSVHGYATGLYAPGRGRSTGNPGTEPYWVTHHLLLAHAAAVELYKNKFQRGQEGQIGISHATQWMEPWDENSASDVEAAARALDFMLGWFMEPITSGDYPKSMKKFVGSRLPKFSPEQSKMLKGSYDFVGLNYYTASYVTNASNFSYNTDIHVTYETDRNGVPIGPQSGSDWLLIYPEGIRKILVYTKKTYNVPLIYVTENGVDDVKNTNLTLSEARKDSMRLKYLQDHIFNVRQAMNDGVNVKGYFAWSLLDNFEWGEGYGVRFGIIHIDYNDNFARYPKDSAVWLMNSFHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rauvolfia serpentina
publication title Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Raucaffricine-O-beta-D-glucosidase
total genus 180
structure length 471
sequence length 502
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.219: Vomilenine glucosyltransferase.
pdb deposition date 2011-10-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u57A00
2GDVA 2J75A 2DH3A 1CGTA 1MXDA 1M03A 2WMIA 3CMGA 2IUZA 1JZ4A 2NSXA 3GXIA 5ABGA 2E9LA 3POHA 3UR7A 2GJXA 3RDKA 4D71A 3ARPA 4D6FA 2QHAA 1Z32X 3M46A 1GVYA 4OKDA 3WKZA 1MXGA 4PTWA 2V3GA 4B15A 1H0GA 2IXVA 4LYRA 1TVPA 1B3WA 1NP0A 1MVYA 2DDXA 3AMLA 2CNCA 3SUUA 3LPFA 4GKLA 2E9BA 2VCBA 3WQ8A 3IAPA 2XVGA 5JUVA 2NT0A 4H7VA 1CLXA 2WC7A 3A4AA 4W86A 1H09A 2VL4A 2XFFA 3SUTA 5A94A 1UH2A 1UWQA 4UZSA 4HP5A 3GDBA 1JZ2A 1WCGA 2NT1A 2G3JA 1EO5A 1UR9A 3UESA 4U3AA 4RE4A 2ZX9A 3U7BA 1JG9A 3CHCA 4H41A 2BY2A 1TCMA 1IT0A 4JFTA 2J47A 3W53A 3II1A 3PHAA 4AZ6A 1V0NA 4D6GA 4BF7A 3LMYA 1E3ZA 2F8QA 1W3HA 3TTQA 3ZJ7A 1B9ZA 1RH9A 4BS0A 4DUWA 2MANA 1L0PA 1ITXA 4E4PA 1UD3A 2VVNA 1OM0A 1AVAA 5GNZA 3CH9A 1UWSA 1ODUA 4TVUA 2OLHA 3CPUA 1DTUA 1VF8A 3AXHA 3CUGA 2W5FA 3NSMA 1QW8A 1V3JA 2BVDA 4DUVA 2VX5A 1H2JA 5BRPA 3SUVA 2BNJA 6CGTA 2VOTA 4GO9A 1E4IA 3SURA 4J28A 3I3BA 1B2YA 2XYLA 3WEOA 2BS9A 3M7SA 5A3HA 3VILA 3AFBA 5JIPA 1C8YA 3BMVA 1CXKA 2BFGA 3WF4A 4H2CA 2VZUA 5FCZA 4UQDA 1HJQA 2XVNA 1DWFM 2WW5A 1GQLA 4D1JA 1BAGA 5LA0A 2QV4A 3CZGA 1EQPA 2UY2A 3I3EA 5DT7A 3EYPA 2WMKA 1H5VA 4QLLA 2FH6A 1KBBA 4GQQA 3KL0A 2PWGA 4UFJA 2CXGA 3AS3A 4J7RA 2WAGA 1BPLB 3MUIA 4W87A 5HPOA 2YL9A 1HVQA 1ISYA 3G6MA 3N1AA 3ZJKA 1GUVA 2WC3A 3UG3A 4XZWA 4JL2A 1MW1A 1QI5A 1JAKA 3WH8A 3MV11 4CU7A 1ZJAA 3EDKA 4U3CA 4TUFA 5A6MA 1CDGA 3KWXA 1CECA 2WPGA 4OJYA 4V2XA 1JYNA 4CD5A 3VTRA 1VBUA 5A8PA 4GINA 1HVXA 2WM0A 3FY1A 3MV01 1UZ4A 3GYCA 3WUBA 1R7OA 2BXYA 1CXIA 3IJ9A 1E1EA 3T08A 3CZ8A 3DYOA 4R5EA 3U7VA 1PIFA 4UOQA 1KWGA 4WF7A 2XHYA 1V3MA 2VT0A 2VNCA 2XM2A 1DWIM 3WSUA 2WHJA 1UUQA 1UR4A 1E40A 1OWQA 2JFEX 2VZTA 3W25A 4W7UA 1KXTA 3VD9A 1OGBA 3KEHA 4N0RA 1OT2A 5A8QA 1KCKA 5IHSA 2D0FA 1W9BM 2AMGA 1W91A 3AYRA 1TVNA 2W4XA 3MUZ1 3L4XA 1XCWA 3RMEA 3WDJA 3U5YA 3T2OA 1B30A 4PMRA 4HOXA 2ZX5A 1UD2A 2ZXQA 3EDJA 2Z1KA 3S6TA 3BLKA 3MMWA 3KL3A 1D7FA 1KXVA 1BYAA 3VPLA 4C7DA 1O6IA 2UY5A 3VDAA 3CBWA 4IISA 1R85A 4H8HA 2CIPA 1PX8A 3W0KA 5IHRA 3QOKA 1PEZA 1GOKA 2BXZA 4FLQA 3VIPA 4WKHA 2J8GA 2HVMA 2DSUA 2PBGA 3GH4A 3BLPX 4J3VA 3W24A 1E55A 3JUGA 1HL9A 3EDFA 3E1F1 1LG1A 1UG6A 1EHNA 4JZ5A 1JDAA 3SCVA 4WKFA 4U2YA 3N18A 2WBKA 1BG9A 3OB8A 1J0IA 2ZUWA 1GW1A 1XD0A 2VVSA 2YDQA 2CEQA 1W2VA 3WEZA 2D1ZA 2IXUA 4NRRA 4AZGA 2XTKA 4AWEA 1CGYA 4AZ7A 2D0GA 5A2CA 2FHFA 4DWSD 1VJSA 2J7GA 4AD1A 1I1WA 5A2BA 1QI2A 4D1IA 1US2A 5E9AA 2DIEA 1WDRA 1H3GA 2XWEA 4IPNB 1LG2A 5AY7A 4HZ8A 1SMAA 3SCWA 4EE9A 4MAZA 3WD1A 1E6NA 4QLJA 5BRQA 1U33A 4CD4A 3AHTA 2UY3A 4AD5A 1LQ0A 3SCUA 2O9TA 1CGWA 4YHEA 3PZTA 1KQZA 1OINA 4GO8A 4HU8A 2XM1A 3WD3A 4E8DA 1NOFA 2J7CA 1RD6A 1PZ2A 1FH7A 3VO0A 3VINA 5BWFA 1V0MA 4HA4A 1XSIA 4UR9A 4LXFA 2VZSA 3L4ZA 4JHZA 3QHOA 1V6UA 3PZOA 3AHZA 3CUHA 3K4DA 4PMZA 1E1FA 1W3KA 1GOOA 2VO5A 3B9AA 4ZEPA 2WYSA 4MAVA 3VVGA 4CUCA 1OD0A 1JL8A 2V5DA 1UWRA 5A69A 1E5JA 4LPCA 4PEEA 3WDRA 3O6AA 3WH7A 5LYRA 1UA3A 2DSVA 2XIBA 2EEXA 1XGZA 5BXSA 4PMUA 1PPIA 2BVTA 3AROA 5KZ6A 4EAMA 1DWGM 1PZ3A 1J11A 1HJVA 1EOMA 2HISA 3EDEA 2YBUA 8CGTA 4AD2A 4HOZA 5IXEA 1KQYA 4NZCA 1JD9A 4AW7A 1BYCA 1E6XM 1FH8A 4DM2A 5AYBA 1W3JA 3KE0A 1M53A 1M01A 1I1XA 3AZRA 3MUY1 4PSRA 1DHKA 1ISXA 2CBJA 4PTMA 4ATWA 3ARTA 2ESCA 4U5KA 3K46A 2ZX7A 2Z1SA 3MKKA 4CN1A 2WLZA 3K4AA 2PWHA 5CXPA 3GBDA 4P7OA 5E0CA 4W89A 5M3WA 1LLOA 3L2MA 1E0VA 2GK1B 4LQ1A 3WUFA 3SCPA 4NI3A 4AMCA 4W88A 1VB9A 1ZBCA 1E71M 5CLWA 2O92A 4JFSA 1CGVA 3AI0A 1HJWA 3PZGA 4PMNA 1C7TA 4QLKA 3VDHA 3WNKA 1FA2A 1EH9A 3AS0A 3WF1A 1GQKA 4MNMA 3RIKA 4FK9A 3RM4A 3WF0A 3BC9A 3QGVA 1GNXA 2ZUVA 3CLWA 4WLCA 1SYTA 3SCOA 1P6WA 2WWCA 2JE8A 3AIEA 3TTOA 2G8ZA 5D9OA 2WCSA 1E4NA 5DMYA 4GZJA 3SCRA 1ODZA 1OB0A 2YA2A 3VGGA 1BGGA 4PMXA 1C8XA 1WE5A 1XH1A 4MB4A 1F4HA 3BCDA 1IV8A 3OGVA 3AIQA 3ZT6A 1WAWA 2XFYA 2QF8A 3VNZA 4A3YA 3VD3A 1VIWA 3NSNA 1QPKA 1C3FA 3BXWA 4CD7A 1W9XA 3WMCA 4AEEA 6TAAA 3T09A 2CCRA 4V28A 1S46A 1ISVA 3PN8A 4M82A 5A6JA 4CN4A 5I6SA 4CD8A 1UQZA 2D0HA 3SUSA 5I2UA 1EDGA 3KL5A 5DT5A 4IUGA 1KB3A 1JZ6A 4N42A 4B3LA 3ARWA 5JBDA 5HXMA 2C8NA 4U33A 4PTXA 1B31A 1C92A 4L4OA 2ZXDA 4RL3A 1ZU8A 3PTQA 1U2YA 4GI9A 1X1NA 2ZICA 1C93A 3ZSTA 2WKGA 3RJXA 1GHSA 1G0CA 3VKKA 3TTYA 2WSPA 2O9RA 2WSKA 3SEPA 4X0NA 1R86A 1VFMA 1JD7A 2RGMA 5D9PA 5CGMA 2B31A 4CVUA 1AQMA 1E6PA 2BY1A 5CLTA 5EBAA 4HOWA 4GPNA 1JDDA 4AIUA 1C7SA 5A8MA 4JFWA 1CENA 2WHKA 1EDQA 1US3A 2XVPA 1V03A 3W29A 1V3LA 3AXXA 1GJUA 2X05A 2E40A 1LWHA 3MSDA 3W4RA 2CHNA 2W63A 4B9ZA 4HPGA 1SFSA 4ZE4A 2DH2A 2ZX8A 3WN6A 3WD4A 2XIIA 1E5NA 1E15A 4YN5A 4ACYA 4TVCA 2YLLA 3VM7A 4QCEA 1E9LA 1L8NA 4LGXA 1JNDA 2G41A 2JIEA 8A3HA 5I0DA 2A3CA 2CETA 2D24A 1HXJA 4DWSB 3NDYA 1X6NA 1BYDA 5AC5A 4ZXOA 2JEPA 1UKTA 1LL4A 5LA2A 4AZIA 4LYQA 2F2HA 1WB0A 5BXPA 1CTNA 1J0ZA 4PMOA 3ARVA 2CITA 4WKAA 3WF3A 2EJ1A 3WEMA 2WLYA 3ZJ8A 3AS2A 2E0PA 1SMDA 3ARSA 1MQRA 3QHMA 4H8VA 1Q6DA 1PX4A 4P8VA 1V3IA 2EQDA 3TA9A 3IJ7A 1QHZA 1VAHA 1FHLA 3ZT5A 3WL1A 1F4AA 1TFVA 4NRSA 5JBFA 2D20A 1UD4A 3FN9A 1GJWA 2GK1A 5GNXA 2VR5A 4EK7A 2WMGA 3OGSA 4W7WA 4ZXLA 5CSYA 7CGTA 1BF2A 3WF2A 1HN1A 3A47A 5CQ1A 5FD0A 3VX1A 1HIZA 1KFWA 3N13A 1KXHA 1UWUA 3T2QA 3WUEA 3FHQA 2YDRA 3W38A 1MWOA 4Z2KA 5JBEA 1VEOA 1UR8A 2J8FA 2WVSA 3MU7A 3WDPP 3AOFA 2YBTA 5A6AA 1CXHA 4OOZA 4OBRA 4Z2LA 2GSJA 2J4GA 1NWRA 1ZJBA 1ZBWA 2VTFA 2ZUUA 1VBRA 3VDBA 4W93A 4JKKA 2F61A 2BVYA 2Y8VA 3VD5A 4CU6A 1E43A 2NW0A 1XYZA 2OYLA 4L4PA 1NQ6A 3IAQA 1H49A 1JXKA 3W26A 3AHYA 4OOUA 1J01A 1E6ZA 3FAWA 4AZHA 2GVYA 1Q4NX 3FHAA 4PMQA 1V6VA 4HTYA 5FOOA 3AIVA 4PYSA 1WZAA 2D2OA 1EO7A 5E6YA 4BQ5A 1SR0A 3AZSA 5AYIA 2J7FA 5C8BB 1PAMA 2CBIA 1UR0A 1WNOA 2JEQA 1H1NA 4TVDA 1E0WA 3L4WA 3IJ8A 1OCQA 3IK2A 3WNPA 1XHGA 2CHOA 2ZIDA 3NSXA 3ZO9A 3VIIA 1ZBVA 5AC4A 1JYWA 2Y8KA 1GVIA 4M29A 2GJPA 4V27A 4JCMA 1XH2A 4W84A 2WC4A 3G6LA 1JGIA 5DEZA 1V3HA 4XUYA 4M56A 1XC6A 3GXDA 3VIFA 1O7AA 3GH7A 2OSWA 3M6DA 2BHYA 1QHOA 1BVZA 2EO7A 3VM5A 3APGA 3DHUA 4MTVA 1K6AA 2YLAA 1WKYA 4PMVA 1J0YA 3FNDA 4LX4A 2FGLA 3NUKA 3CZEA 3D5HA 4A4AA 1EIBA 1GHRA 1B0IA 1IZKA 3AQUA 1X6LA 4P8WA 2D3NA 2DSZA 3B9DA 4MNLA 1KR1A 5EB8A 2EXOA 3WNLA 1OIFA 3I3DA 5BYWA 1HP5A 2CKRA 3W6LA 4PN2A 2J77A 2WZHA 1GCYA 4FF5A 4MJ2A 1BQCA 5I77A 1N82A 5A6LA 1QI0A 1QHPA 5A6SA 2J62A 4PMYA 2XVKA 1H41A 3CO4A 3AIBA 4PRWA 2JF6A 4DWSA 3VUPA 1W1VA 1WZKA 1K9TA 2XSBA 3DC0A 1JNEA 2FGZA 1E72M 2BHZA 1HKIA 2YOCA 3BSGA 1JF5A 1J0HA 2J7DA 3BGAA 1HF6A 3BCFA 3SIMA 3L2LA 1GOQA 2XGBA 1HT6A 4JFUA 1RP8A 3THDA 3N15A 1MW2A 2V5CA 3T2PA 4HPHA 1XD1A 3CHEA 3PZNA 3OG2A 5M03A 3F5KA 1CGXA 4QAWA 4W5ZA 3RPMA 1CWYA 4PMDA 2XFRA 1FP8A 3WD0A 4B9YA 5D4YA 1WO2A 2DT1A 4FLOA 1NWSA 4JCLA 5GPRA 1UD6A 4UFIA 4YPJA 4C7GA 2WHMA 2YKKA 2TAAA 2WZEA 1H4PA 5ECUA 4QFUA 3MSGA 2ZXAA 4DM1A 1J0KA 2WKLA 1CBGA 3VU2A 1QVBA 1K9FA 2VI0A 1EQCA 2DSKA 4F79A 1E3XA 5I24A 2PI6A 3MANA 3L4YA 1JYXA 4P7LA 4CN6A 4W8BA 4DUXA 1CPUA 2YIHA 1UZ1A 5C70A 1QI3A 3WH9A 4GZIA 4AD4A 2WHLA 3OZPA 5E70A 5KEZA 1KGWA 2XSAA 4P7QA 3AICA 2XGIA 3EMCA 4TX8A 5BXRA 4NSBA 3HJEA 3EMQA 1JI1A 3OLEA 1BLIA 3WELA 3BAIA 4W8LA 1DEDA 3KZSA 5A8OA 4FLRA 4WSKA 5CPSA 7A3HA 5ABFB 4X9YA 1DWAM 3HU7A 3O2LA 4UFLA 3AMGA 2V38A 4KWUA 1R87A 3U57A 1MW3A 2PF0A 3DECA 2VCCA 1VENA 5ABEA 3AIRA 2G3IA 4UQBA 5CJ5A 3VIKA 4AIEA 4HA1A 1C8QA 3ZQ9A 3VIMA 4RE3A 2CPUA 1UR2A 2X0HA 3TP4A 1UH4A 3VGBA 2WZIA 1LF1A 5ABHA 1ISWA 1QI4A 1LL6A 3W28A 3CGTA 4AC1X 3UEQA 3UERA 1UWIA 3HMCA 3VDCA 3L4VA 1H11A 1MQPA 2ZUNA 4W85A 1JI2A 3VNYA 4UZUA 1C91A 4AD0A 1EA9C 3VIOA 5DO8A 4Y7EA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2GDV A;  2J75 A;  2DH3 A;  1CGT A;  1MXD A;  1M03 A;  2WMI A;  3CMG A;  2IUZ A;  1JZ4 A;  2NSX A;  3GXI A;  5ABG A;  2E9L A;  3POH A;  3UR7 A;  2GJX A;  3RDK A;  4D71 A;  3ARP A;  4D6F A;  2QHA A;  1Z32 X;  3M46 A;  1GVY A;  4OKD A;  3WKZ A;  1MXG A;  4PTW A;  2V3G A;  4B15 A;  1H0G A;  2IXV A;  4LYR A;  1TVP A;  1B3W A;  1NP0 A;  1MVY A;  2DDX A;  3AML A;  2CNC A;  3SUU A;  3LPF A;  4GKL A;  2E9B A;  2VCB A;  3WQ8 A;  3IAP A;  2XVG A;  5JUV A;  2NT0 A;  4H7V A;  1CLX A;  2WC7 A;  3A4A A;  4W86 A;  1H09 A;  2VL4 A;  2XFF A;  3SUT A;  5A94 A;  1UH2 A;  1UWQ A;  4UZS A;  4HP5 A;  3GDB A;  1JZ2 A;  1WCG A;  2NT1 A;  2G3J A;  1EO5 A;  1UR9 A;  3UES A;  4U3A A;  4RE4 A;  2ZX9 A;  3U7B A;  1JG9 A;  3CHC A;  4H41 A;  2BY2 A;  1TCM A;  1IT0 A;  4JFT A;  2J47 A;  3W53 A;  3II1 A;  3PHA A;  4AZ6 A;  1V0N A;  4D6G A;  4BF7 A;  3LMY A;  1E3Z A;  2F8Q A;  1W3H A;  3TTQ A;  3ZJ7 A;  1B9Z A;  1RH9 A;  4BS0 A;  4DUW A;  2MAN A;  1L0P A;  1ITX A;  4E4P A;  1UD3 A;  2VVN A;  1OM0 A;  1AVA A;  5GNZ A;  3CH9 A;  1UWS A;  1ODU A;  4TVU A;  2OLH A;  3CPU A;  1DTU A;  1VF8 A;  3AXH A;  3CUG A;  2W5F A;  3NSM A;  1QW8 A;  1V3J A;  2BVD A;  4DUV A;  2VX5 A;  1H2J A;  5BRP A;  3SUV A;  2BNJ A;  6CGT A;  2VOT A;  4GO9 A;  1E4I A;  3SUR A;  4J28 A;  3I3B A;  1B2Y A;  2XYL A;  3WEO A;  2BS9 A;  3M7S A;  5A3H A;  3VIL A;  3AFB A;  5JIP A;  1C8Y A;  3BMV A;  1CXK A;  2BFG A;  3WF4 A;  4H2C A;  2VZU A;  5FCZ A;  4UQD A;  1HJQ A;  2XVN A;  1DWF M;  2WW5 A;  1GQL A;  4D1J A;  1BAG A;  5LA0 A;  2QV4 A;  3CZG A;  1EQP A;  2UY2 A;  3I3E A;  5DT7 A;  3EYP A;  2WMK A;  1H5V A;  4QLL A;  2FH6 A;  1KBB A;  4GQQ A;  3KL0 A;  2PWG A;  4UFJ A;  2CXG A;  3AS3 A;  4J7R A;  2WAG A;  1BPL B;  3MUI A;  4W87 A;  5HPO A;  2YL9 A;  1HVQ A;  1ISY A;  3G6M A;  3N1A A;  3ZJK A;  1GUV A;  2WC3 A;  3UG3 A;  4XZW A;  4JL2 A;  1MW1 A;  1QI5 A;  1JAK A;  3WH8 A;  3MV1 1;  4CU7 A;  1ZJA A;  3EDK A;  4U3C A;  4TUF A;  5A6M A;  1CDG A;  3KWX A;  1CEC A;  2WPG A;  4OJY A;  4V2X A;  1JYN A;  4CD5 A;  3VTR A;  1VBU A;  5A8P A;  4GIN A;  1HVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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