2ZRYA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced fmn and ipp.
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 144
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zryA00
3TFCA 3DI0A 1LTDA 1U83A 1SSDA 3W1AA 3NPWA 3ZS4A 2QKFA 3JRKA 4A2SA 2DZWA 2A0NA 1A5BA 1JCYA 1LLZA 4ZQRA 3EWZA 3W2JA 1ML1A 2ISWA 2GQ8A 1TV7A 2E77A 2I9EA 1IXPA 4M19A 3NA8A 2Y88A 2C15A 3HIJA 4MKNA 4LVFA 3W1LA 3SJ3A 4CQAA 4W9TA 4O19A 3W7HA 4JTEA 4Z1AA 5EPDA 1W5QA 4EIVA 3NZRA 2ZZ1A 1DHPA 3PUOA 2ZFAA 2YW3A 4BF9A 4NUWA 1R30A 1F76A 3IGSA 1GTEA 1VYPX 2Z6IA 2HS8A 3L5LA 1SQ7A 1RQEA 3A5FA 4FNSA 3TJXA 3SFKA 2YFNA 2EHHA 2R8WA 3BLIA 4LU0A 4XWUA 3KVKA 1W3NA 2XN2A 4LS1A 2FTPA 2Z2UA 5DCBA 3MI3A 4GNJA 1QNVA 3LXBA 4MVAA 1GJPA 1K7XA 3DFPA 3KFTA 1DV7A 1DORA 2HSAA 5G4EA 1DOSA 3ATZA 1I4NA 1I2RA 3Q37A 4LWWA 1L6SA 2A5HA 1D3GA 1EP2A 4MY9A 4JTJA 4FXSA 3GDMA 2NXGA 1KTBA 4HSNA 4NZFA 4OT7A 3KVLA 5EA9A 4UTJA 2IQTA 3TW6A 4X22A 2XN1A 1A5SA 2G97A 3LHYA 5GVJA 1TIMA 3TCEA 5LKYA 2ZZ4A 1W56A 4ICNA 4N6EA 3TFXA 3WJXA 4HT3A 2GOUA 4N2YA 3C3NA 3R12A 3EX3A 4N9DA 1YADA 3W1MA 3W7CA 1Y0EA 1Z42A 3PULA 2A1YA 4JTTA 3S42A 3GAKA 4HNTA 4A29A 1XBXA 3LCLA 2DZXA 2BTMA 4AHPA 2EAWA 3W2LA 4Z1BA 5SWUA 5LHEA 1GEQA 2RKXA 1MEIA 1PE1A 3BW2A 1AL8A 4FF7A 3TQ0A 4OBTA 4UUIA 4UMCA 4XQ6A 3GDTA 1RZMA 4JXCA 2VC6A 3EWYA 3W75A 4BI7A 4AAJA 4EF8A 2E09A 2QCMA 1RV8A 4AF0B 3N9RA 3QZEA 4OGZA 5FF2A 2V82A 3N2XA 3LGEA 1JJKA 4ADTA 1WQ5A 2FPYA 3W2MA 5CG7A 3GDLA 3L5AA 3I7RA 4PL2A 3QRHA 1XUUA 2QCDA 5FI8A 2AGKA 5HUOA 1O5KA 4O4VA 4JEQA 4UFJA 1Q6RA 4LS2A 2NUXA 5G1TA 3O8AA 5FEWA 2A7RA 2XN0A 4OV4A 2OCZA 2CWNA 2B7PA 2C16A 2ZZ5A 3CU2A 3L9CA 3M1ZA 1C8VA 2PRLA 2WNQA 1CI1A 4Z0JA 3WK2A 1GVRA 4AWSA 3C2FA 1ZAHA 1MZHA 1W1ZA 2YGYA 4MZYA 3GAYA 3HB9A 2RDTA 4FNPA 3A22A 2UV8G 2ISSA 3CPRA 4FEZA 4JTIA 1LOLA 1OYAA 3BG5A 4O10A 2J6XA 1T0OA 4Z1DA 1AW2A 3LLDA 1P0NA 3BW3A 3MI2A 2VFDA 3NPVA 3W6YA 4MY1A 2W79A 3CEUA 2J9YA 2X16A 3FLUA 3E02A 3P8IA 4O13A 1K8XA 1FDYA 5KZDA 3PY2A 5MHBA 5L6UA 4HN4A 4K39A 3M44A 2HMCA 3NO5A 3I65A 1DKWA 1H62A 4UFKA 3W86A 1A5CA 4MJMA 3B0VC 1NVMA 1TPWA 2ZDRA 4POCA 4JX5A 4GWEA 4PA8A 4QISA 4MIMA 1LRTA 3QFEA 4Y90A 1QO2A 1OHLA 5D2VA 5G1YA 3TC7A 3G1AA 2FQIA 1THFD 4IMCA 3MHUA 5D37A 3PC0A 3I6RA 3CEPA 4NVTA 3D0CA 1AW5A 3W2KA 1FWTA 5LNUA 1DJNA 3F4NA 4IXHA 2TMDA 3HJZA 3W7OA 1TTIA 4D2JA 4YWIA 3KOFA 2YSWA 3MO7A 4LNYA 4XZ9A 3TW7A 2JGYA 3PBWA 5LSMA 2V8ZA 3BW4A 4MLRA 4RX0A 2GUUA 3IV3A 3OG3A 5DCDA 2VFFA 2CLIA 4HNUA 2Z0IA 2TRSA 4TMCA 1Q45A 3GVGA 1JUBA 4ZQMA 2WPBA 3L5MA 3MJYA 4P61A 3SW6A 1ZHAA 4UTWC 5BW6A 1C29A 3EXSA 4H3DA 4O12A 4M7SA 1YDVA 3P5YA 2CLEA 3G1VA 1LOQA 3G3DA 5IBXC 3BK0A 3U8GA 2E1DA 4N9CA 2A7PA 3OA3A 2QEZA 4WOQA 3W72A 3KVJA 1EX5A 3BVJA 4JTGA 1BTMA 1P5BA 4LTSA 3FJLA 3ANYA 3R8RA 3W23A 1PL9A 1YDNA 3F1QA 3LB0A 5AN7A 3UWYA 5I3IA 3HOJA 1DL3A 3MI6A 4Z0SA 1ZCOA 3NAVA 4YL2A 4XUGA 4DO5A 1HO1A 3W2UA 2X30A 3IRDA 3DFOA 4PFMA 3LTSA 4JR5A 3WFAA 2Q8LA 1MEWA 1W3IA 2E6FA 2CLLA 3IGXA 4ML9A 2DZSA 2ZQ0A 4C1KA 3A24A 3B8DA 4OQVA 2E5DA 5A8GA 3GNDA 3DU0A 4O1CA 4MZ1A 3HO8A 1DJQA 1OFQA 4UTIA 1ZAIA 1J5TA 3LHVA 4CCDA 4ZVJA 1A50A 3AJXA 1PV8A 3TX9A 4UTWA 2B4GA 1KFEA 1VGAA 1VH7A 1WDWA 4K36A 4DF0A 1NSJA 2J27A 1QDSA 3UWVA 4AB4A 4FHAA 3G3MA 5C2XA 1VR6A 4K7YA 2QUUA 3Q2DA 1VC4A 1H61A 1H1YA 4RXFA 3B06A 5IBXA 4N4PA 3UZ5A 1KV8A 4HHPA 3MWAA 1TQXA 3W1TA 1KM0A 5EY5A 1T96A 1I2QA 3INPA 3MYOA 3NXFA 3VNDA 1QOQA 3NQCA 3W73A 1HTIA 1TJRA 3EB2A 5BNKA 1SUXA 4N9EA 3T7VA 3LXCA 4JNMA 1P4CA 2AAMA 1OF6A 3WK3A 3DKJA 2FB2A 4IX2A 4UR7A 3L0KA 5D38A 3F03K 5LHFA 3CIWA 1HG3A 1Q3NA 2C1HA 2V5LA 2C19A 1KM4A 4MFDA 3R2GA 1G67A 5AC7A 4O17A 1ADOA 3LXAA 4EVZA 1JQVA 3N73A 4UTMA 4GXMA 3P62A 4BR1A 1NF0A 2YPIA 4JICA 4UNLA 4IMDA 4RZ6A 4PODA 2FLIA 1EPXA 1FWWA 3L0GA 1H63A 3M9YA 1EP3A 5E1QA 5TBOA 2E6AA 3QC3A 3S5NA 3QM3A 4UFLA 3H55A 1KV5A 2DZTA 3SR7A 3GX9A 1YPFA 1UB3A 1ZY9A 4U28A 3SI9A 1TJPA 3FS2A 1IIHA 3NR0A 3N3MA 5I3HA 1OABA 1KFJA 1HFBA 3DI1A 2OT1A 1IIGA 2ZCGA 2CW6A 4DBDA 1SW0A 4DPQA 3QPYA 1WOBA 5FF0A 3PSWA 3HPSA 5DELA 1ZFJA 3MYPA 4HIBA 4KKXA 4UC5A 3UXAA 2JGQA 1WAUA 3NPUA 1M7PA 1DVJA 3VE9A 5F1VA 5CPOA 1G7UA 5AHIA 2A2IA 1XBYA 3W1XA 1SZFA 3M6YA 2BWGA 3IIOA 2JK2A 3GXNA 3TSDA 2Y62A 5C5YA 5CSSA 1XCFA 3S1WA 1DBTA 5HINA 4RLIA 3SGUA 3NQ7A 4TMBA 3IVTA 1L6WA 3E49A 3LOTA 3RLVA 3EWUA 4ONVA 5AYZA 4ZMGA 4DF1A 1K3UA 4N4QA 1W54A 3TV8A 3WK0A 1JUKA 5BRBA 3NL6A 1B4KA 3LRLA 3SGZA 1Q6LA 4JTSA 1GT8A 5HWJA 4CQ8A 1H7NA 4BI6A 3W1UA 1GTHA 1OFAA 4QIUA 4GE8A 4G1KA 1KM1A 5F4WA 2NUYA 4MY8A 3NQVA 3CTLA 2WQPA 4EF9A 2ZYFA 2X1TA 3G1XA 2ZRXA 1FDZA 5HUPA 3DH7A 3W74A 1QAPA 2Q3RA 2WV8A 1TRIA 2E5CA 1SU5A 1F2JA 1P1XA 1SFJA 3OBKA 4UIOA 1VRDA 2NX1A 4NX0A 1F6PA 2QDGA 3MBDA 4AXKA 2A6NA 4TX9A 1WOAA 4P2VA 2F84A 1PHWA 5K2ZA 1PVNA 2GVJA 3NL5A 2ALDA 4AHOA 3TNOA 4GUHA 1GPWA 3BGJA 1OX4B 1B9BA 5HWNA 1K02A 3C56A 2PRMA 2YDAA 4UFHA 3LHUA 2QCHA 3T55A 3IVSA 3TA6A 4IPIA 1H7WA 3B04A 3E12A 1K8YA 1O60A 4QNEA 1IGSA 4M6QA 4DEFA 3OHIA 2EF9A 3DFQA 4DBEA 5AHMA 4Q32A 3SZ8A 2DZUA 1D3HA 4IMGA 3MP4A 2QAFA 3LCFA 1M6JA 4FNTA 3EEGA 3CM4A 2CLFA 3DXIA 4UNKA 1JRCA 1KLYA 1F74A 3HPZA 4DF2A 1FX6A 4GBUA 4CQ9A 1TPUA 4YMZA 1TCDA 4UMAA 3M5YA 2V5BA 2RHGA 4RJEA 3W1QA 3DKLA 3N14A 2B7NA 5DCEA 5CPMA 4OV9A 2PRHA 4ZQOA 1L2UA 1QR7A 4UR8A 3MHGA 1LBFA 5CPLA 3S5OA 2J9ZA 4UXDA 4QAIA 2ZRUA 3W7IA 2WJZA 2DORA 5DXYA 5H2ZA 5K9DA 3GXPA 1U5JA 4YXGA 1UBSA 1XBVA 3P80A 1UUMA 5K9XA 1A5AA 3QEZA 4GUGA 4NXSA 3V1PA 4IX0A 3GIYA 1YYAA 2QJIA 2ZZ2A 4FX8A 2CZ5A 4R7JA 3B0PA 4ADUA 4CCEA 3E96A 3UD6A 2BX7A 4ZQPA 3O6CA 1VYSX 4LC6A 3LDVA 3I7QA 3HG3A 4LOCA 1N7KA 3C0JA 4LT9A 3M41A 3QSTA 2QF7A 3HQ1A 1OVDA 1JVNA 2Z1BA 1TPB1 4GUFA 1W8SA 3QQ0A 1GQNA 3T44A 3UWZA 1AK5A 4FB7A 1G4PA 2FB3A 4RKAA 3CHVA 3UWQA 5AHNA 1F05A 3UNDA 2H3DA 4KFNA 3HBLA 2QAPA 1H50A 4MFEA 3N34A 3RLUA 1MEHA 3LHTA 4HNNA 4AWUA 1JCXA 1HUVA 5I3GA 2WKJA 2YYTA 4IUOA 1WV2A 3BLFA 3M5XA 3PBUA 3PUDA 4DXVA 2DP3A 1R46A 1H7PA 2E68A 1Z41A 3DGRA 2QJGA 4BWLC 4IMFA 3IIVA 2X2GA 2WSYA 5AHEA 2G95A 3QF0A 4ZZ9A 3LCWA 1VYRA 2QUTA 3QJAA 2V2HA 2KZHA 1ICSA 1O94A 2C3ZA 3KXQA 3NEVA 1MXSA 3PF3A 2P1FA 1FBAA 3BLEA 4NJGA 4JDBA 3T40A 1SO4A 5BMXA 2J24A 4WY0F 3MHFA 5CPNA 1X6UA 3N2MA 3CWNA 1W5MA 5LNRA 4MZ8A 3M7WA 2V81A 3DFTA 1TTJA 1PCKA 2C18A 3L65A 1TO3A 2A7NA 3FIGA 2NV2A 1WBJA 4I7WA 3L68A 5DY3A 1YDOA 1QFEA 2B7QA 3FJ6A 5LNVA 5FF4A 2VKZG 4EOUA 3SECA 1LCOA 4JY8A 4LV9A 2VELA 2R91A 3M16A 3EX2A 4DPPA 1B3OA 1G6CA 4Z1CA 2BZNA 5HWMA 1TRDA 4CCCA 3RU6A 1N8FA 4BWLA 5D2TA 3W7RA 1F73A 1IF2A 3W1RA 3LTPA 5FEZA 4DO6A 4FNRA 1D9EA 3NOEA 3W7LA 4JIPA 3P7YA 3C6CA 5F2GA 3TROA 3KHJA 2NLIA 4L4LA 3CWOX 1VLWA 3G1YA 5KTLA 2C0AA 3PWAA 3RNDA 5I3FA 4M7TA 1G4EA 2H8XA 3LI1A 1LRQA 2P10A 5G2HA 1A53A 5HULA 3CC1A 1KA9F 1FCUA 2DZPA 2LLEA 1SFLA 2VEIA 5BOOA 2E6YA 5F2MA 3K30A 2ABBA 1T8XA 4K8HA 1NFBA 5EL1A 4NQ1A 1XC4A 5D33A 1OFRA 3G8EA 2V30A 3QW3A 4Q33A 3MW7A 3TJLA 3MP3A 1OF8A 1KM6A 3C52A 1JUEA 2ABAA 3W22A 2Y63A 2ZBTA 3KRSA 3OIXA 4JTFA 1SO6A 4A2RA 4LUJA 4O28A 4FNUA 4O0ZA 5CZ0A 1FCBA 1W3TA 1H60A 3ABRA 4MYXA 3B0UX 3PB0A 4OWGA 1GG0A 1QOPA 1H7OA 4YLWA 2YW4A 3W76A 3S5ZA 3EKLA 1VS1A 2CLOA 1JRBA 4A3UA 2PE4A 3PBVA 4PH6A 3MUXA 1GYNA 1M5WA 2H3BA 3NQMA 3DHFA 1YTEA 1SW3A 3PVFA 1VHNA 3G1FA 1JQXA 1HL2A 1TMHA 4ORIA 3T78A 1J2WA 3W7EA 3TMLA 1VZWA 2QCFA 1XDLA 3FKRA 1OJXA 1WXJA 3TSMA 3LTYA 3STCA 2GVLA 1EWDA 2GVGA 2YYUA 3EXTA 4FX7A 4HKPA 2Y70A 4LVDA 4E0CA 4M6PA 1EUNA 3GR7A 4X9SA 3W7QA 1LP6A 5FF3A 5AFDA 1VLIA 3G1DA 1GVSA 3GK0A 3NM3A 4IGHA 4QJ1A 3NQ6A 4NT0A 1EWEA 4QITA 3W87A 4FIRA 3P61A 3IGUA 2JKEA 3H54A 3PG9A 4HNVA 5LGXA 3R13A 1WBHA 2WSRA 5TIMA 2VFIA 2W6RA 3W88A 3QSRA 5G2IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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