3KXQA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from bartonella henselae at 1.6a resolution
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
249
structure length
237
Chain Sequence
IRPFIAGNWKMNGTGESLGELRAIAAGISRLFEALICVPATLLSRAFDILGGENILLGGQNCHFDDYGPYTGDISAFMLKEAGASHVIIGHSERRTVYQESDAIVRAKVQAAWRAGLVALICVGETLEERKSNKVLDVLTRQLEGSLPDGATAENIIIAYEPVWTSADVAEVHAFIHHKMHSRFGDEGAKIRLLYGGSVKPSNAFELLSTAHVNGALIGGASLKAIDFLTICDVYRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Bartonella henselae
publication title Crystal structure of triosephosphate isomerase from bartonella henselae at 1.6A resolution
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 86
structure length 237
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2009-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3kxqA00
1MEHA 3AJXA 1U83A 2RDUA 4S1FA 2FJKA 3C8FA 3B05A 2HS8A 3P80A 1K02A 1KFBA 3IRDA 3NNTA 3H53A 3SY5A 3CHVA 3W2LA 3QZEA 2WJZA 4LTSA 4GUIA 3G3DA 5FI8A 2C1HA 3NR0A 3L5LA 1GYLA 4UTTA 2VC6A 1KFLA 4K37A 2YW3A 3QRHA 3W7QA 1A5CA 4ML9A 3QM3A 3DH7A 4DBDA 3ATZA 1CI1A 3LCHA 1BWLA 3M1ZA 4UTIA 4NT0A 4ZQRA 2Y61A 3NO5A 1ICQA 1LLWA 4PODA 4BF9A 4MZYA 4MLJA 4PEKA 4N6EA 4FO4A 4FIRA 3TUUA 3PG9A 1O4UA 4IMGA 4OWGA 1FWWA 4A29A 3CPRA 3ANYA 1EWEA 4PL1A 4LV4A 5L6UA 1EWDA 2Z6IA 4R33A 4IWWA 3IIXA 1HG3A 4DELA 3EX2A 1KM2A 5D37A 1KM3A 3M5YA 4JTHA 3IIZA 2WSQA 5KZDA 2XN0A 2X1TA 1QPQA 5G2HA 5K9DA 2C15A 1I2OA 3S1VA 2EGZA 4KWVA 2V8ZA 1TO3A 4RR4A 2ABAA 4AAJA 4CNOA 1EB3A 3L21A 3MI2A 4MZ8A 3OVRA 2R8WA 5CPLA 3LCLA 4RZ5A 3PWAA 1EP2A 2ZTKA 3CWOX 3G1VA 1GEQA 3WK1A 1XI3A 2JKEA 1Q3NA 3KX6A 1PHQA 4YCOA 1AW1A 2Z0IA 3EWZA 5CZ0A 3GK0A 3PUDA 3P74A 3FJ6A 3CIWA 1TPC1 1JR1A 3NQGA 3C2OA 1IXOA 1EPXA 1N55A 3FKRA 1LRNA 4NXSA 4POCA 2DZVA 3P67A 4O50A 4WY0A 3T55A 3EWYA 4PTNA 1FUYA 5D2XA 4DQWA 4NNCA 2VFDA 4HNNA 3TQ0A 4JDYA 4GUHA 3NQMA 4JNMA 4NXKA 3KVKA 3LOTA 4XBKA 5AC7A 2J27A 3TR2A 3E9AA 4O52A 3P60A 4GBUA 4UFMA 2Y62A 1UUOA 3OHIA 5LNRA 4OT7A 1SZFA 2ZZ5A 4LWWA 3L0GA 1I4NA 2BTMA 3Q2DA 4XWUA 1VYPX 3F03K 5F4WA 1RQEA 1HFBA 1KLZA 1H7NA 3NYZA 1W31A 5K4ZA 2YDAA 1S3HA 3M7WA 1LBFA 3O6YX 1K7FA 1TQXA 3MUXA 3LI0A 1XBXA 3SECA 3QSRA 2RFGA 2TMDA 5I3HA 2ZBTA 1KM0A 1VLWA 2E09A 3LB0A 1JUBA 2FB3A 5EA9A 4JD4A 3A21A 3ZWSA 4IMCA 4UFKA 1C29A 4MY1A 4O17A 2R14A 3PF3A 3P61A 2GVLA 4JIPA 1ZAJA 4K6AA 2GQ8A 2DZSA 3WK0A 4PC8A 4QM1A 3QMSA 4Y96A 3TV8A 1OFEA 5H2ZA 5HQEA 2DZXA 2WSYA 3VCRA 3TFCA 3HPZA 2QCMA 3YPIA 3L9CA 3P7YA 1R30A 5U4NA 3TX9A 1YPIA 4KFNA 2QUVA 1ZAHA 3GYEA 4WOQA 3S9YA 5C55A 3P82A 2CLHA 4HNUA 3BLIA 1DBTA 3NOEA 1G4EA 3DU0A 5FEZA 4WZHA 1KFEA 1XXXA 4O1AA 1VHCA 5D38A 1R2TA 5AFDA 5C2XA 2E6DA 3CM4A 3UWYA 3PSWA 5K7JA 4NUWA 1CW2A 5CZJA 2A0NA 2P0OA 3TW7A 4A2RA 5BOOA 4LVAA 5I3JA 3D0CA 2GPTA 3TSBA 3THQA 4DF1A 2C16A 3STGA 1PL9A 2CZDA 3G1YA 3N34A 4I9AA 2WPBA 7TIMA 2I9EA 5IM51 1F76A 2BXVA 2C18A 5K3VA 1X1OA 3INPA 3MJYA 2C13A 1J4EA 3O8AA 3G1HA 4IPIA 3Q94A 5LSMA 4HN4A 1NF0A 3W86A 3GNDA 1UASA 3OVPA 4OGZA 2BLEA 1WA3A 1GOXA 3KXQA 2WNQA 4Z1CA 1O5KA 3G0UA 3GZ3A 3WK2A 4QIUA 5LKYA 2CFFA 3S5ZA 2QUUA 2A7RA 2NV1A 1XKYA 1H51A 1TJRA 1ICPA 4O54A 1FCQA 4O57A 4O1CA 2GVJA 3UNDA 4ZVJA 3UPBA 3DKLA 2CW6A 2FB2A 2PURA 2WKJA 2A1YA 1WXJA 1H61A 4L4LA 1FCVA 4EF8A 3CLMA 5F2MA 1L6YA 2V81A 4Z1AA 2QCDA 3LXBA 2H3DA 3I7SA 3IGXA 4PCFA 1TV8A 4HNVA 5K2ZA 2E6YA 3W75A 4GNJA 1XC4A 3EX3A 3L66A 1GWJA 4CNPA 4NU7A 2QAFA 4MPQA 3S42A 3UYCA 3NEVA 3L5MA 2C19A 3STFA 3O6DA 2OT1A 2JKAA 2OX1A 3TU9A 3GDTA 4TR9A 4YXGA 3W1MA 5TIMA 1HUVA 1OFQA 3GXNA 3NPXA 4TIMA 1VC4A 4CNNA 2G97A 2H6RA 4HHPA 3L65A 1RR2A 3M9YA 4O10A 2OT0A 5A8GA 1TIMA 1K7EA 1W5PA 2QJHA 4UR7A 1FDJA 3W6YA 1JCMP 1L6SA 3LI1A 3TCEA 1TRIA 4MYXA 1EEPA 4IMDA 4UMCA 3LM7A 1VQTA 2Z6JA 2DP3A 3WJXA 1PHWA 1VRDA 4FXRA 3VE9A 5T26A 5D02A 4GC4A 3FFSA 2Y7EA 3GIYA 3HF3A 1O60A 1YTDA 2NUWA 4LOCA 1BWKA 3K30A 2E5CA 5LGXA 3G1FA 4RXFA 3NPWA 2BSLA 1O95A 2ZZ6A 2TYSA 1DKWA 4UUIA 3CTLA 2NUXA 3HJZA 4OE7A 4N9BA 3W7CA 3FOKA 5CPNA 4BR1A 3NQCA 3PC0A 1XUZA 2LLEA 1J5TA 3HGOA 3MMTA 3UXAA 2NUYA 3TC6A 3B04A 1A5BA 2Y89A 3DKJA 2E77A 4ADSA 4OQVA 3A22A 3GLCA 4LVFA 5J5DA 2ALDA 4LY8A 2EKCA 4MVAA 3TQVA 3QPYA 5AC6A 5L9FA 4LW7A 5AHNA 3GVGA 1KBJA 1SR9A 1H5YA 1JCNA 3M6YA 4BI5A 3LXCA 4ZQNA 1P0NA 1Z44A 5FEWA 1G4SA 3VI2A 4M5PA 1KV5A 1W54A 2QCCA 4KKXA 3NQ2A 1TMHA 5D2YA 2J6XA 2C14A 2CLKA 1ZJIA 3DFQA 1H62A 3GNNA 1B4EA 3FYPA 4FB7A 1U5JA 3P8JA 2G95A 2QCDB 3CQ0A 3T44A 4QNWA 2FFCA 2TSYA 3UWWA 3A23A 3A9IA 1R2SA 1ME8A 3L68A 1OF6A 3FYOA 4LNYA 3BGGA 2ISWA 1DOSA 1NSJA 1H60A 3E96A 2X30A 1DHPA 5BMXA 3W7IA 1SO4A 1DV7A 1LM1A 3DFOA 1V7YA 1QO2A 3N19B 2GQ9A 5E1QA 3W72A 4EF9A 4NJGA 5DLCA 4JTUA 4X22A 2I14A 4AF0A 2OMAA 1ZNNA 5E0KA 4Q33A 2NXHA 1I2NA 4IQLA 3LHZA 5FF4A 5F2IA 4IXXA 4ALDA 3N14A 4K36A 3PULA 3TE9A 2FIQA 5F4SA 3T4CA 1KM6A 1P5BA 1HL2A 2B7OA 2WV8A 1MZHA 1OYAA 1G4PA 4NJHA 1ZALA 4AMAA 3FKKA 4LT9A 4Z08A 4R53A 3CEPA 1WV2A 4O16A 3CIXA 4DXVA 4UTWC 3GXPA 3HPSA 3W84A 3TAOA 5AN7A 3QH2A 3W23A 3O15A 2RDWA 5AC8A 3R89A 3LV6A 4O11A 1P1XA 1G67A 1ZAIA 4RV8A 1MEIA 3G1AA 1VCFA 2YGYA 4ADTA 1KV8A 5AYYA 4RK8A 3OA3A 1BTMA 1A5SA 2B0MA 4UTLA 3T7VA 3TJLA 1FCBA 5AOUA 1W5QA 4FHAA 2QCFA 2V5LA 1XCFA 5BW6A 2J88A 1QNVA 2HS6A 3M47A 3W70A 3HGRA 1SO5A 2H8XA 3PM6A 1YTKA 1SZEA 3MP4A 3W73A 3NL3A 2W0UA 3LERA 3QW4B 1THFD 3CB8A 2WQPA 4UFHA 4K7YA 3G1XA 4D2JA 1LRTA 1H50A 3LHVA 1OX5A 1F5ZA 2V2HA 3M5VA 4LRSA 1QPRA 5AHLA 3E49A 1M5WA 1PCWA 1ALDA 4UFLA 2AQWA 1B4KA 1EUAA 4YWIA 3ZS4A 4DO4A 2QJIA 2Q8ZA 4EVZA 1IXNA 3MBDA 3TXZA 4DEFA 4CCDA 3CEUA 4XQ6A 3LTYA 1D3HA 3C2VA 1FDYA 8TIMA 4UTWA 3C2EA 1IIGA 1YDOA 1NVMA 1W0MA 4JYFA 3UZJA 1FX6A 3IEBA 3LHYA 2IQTA 1GT8A 5G5IA 4AF0B 3ZFHA 3BARA 4XZ9A 1UCWA 3C4UA 3SW6A 3N9RA 4GWEA 4TMCA 1QCWA 1WQ5A 4FNRA 5I3IA 2YFOA 3BLEA 3TROA 4NZFA 5EPDA 3EXTA 1KBIA 1KTNA 4RJEA 1QPOA 3DI1A 4NX5A 1XDLA 4H3DA 3GDKA 3ABQA 1KW1A 3W88A 3BGJA 2Y85A 4ZQCA 5HR6A 1G4TA 3AO0A 3W7NA 4FNPA 2ZRYA 3TC7A 4OV4A 4Y9AA 4ZQPA 2W79A 2PRLA 2DU2A 1B57A 2QUTA 3LRMA 3LV5A 2W6RA 4HPJA 1LBMA 3G3MA 4JY8A 3WJZA 2JGQA 4YL2A 1OFBA 3W1XA 1TPB1 3FJLA 2GUUA 1G7UA 4A2SA 1VH7A 2HMCA 1K8XA 3IIPA 3W22A 3LBCA 1LLZA 1Z41A 5KMYA 1LYXA 4GUGA 1I2RA 3G1SA 1SO3A 3KVJA 5HUOA 1FWNA 2V9DA 3EWBX 3NXFA 4AWSA 6TIMA 1ME7A 1LOSA 4KFOA 5D30A 1R47A 2VEIA 3G8EA 1H63A 2D73A 3PVFA 3M41A 2BX7A 1H7RA 3CU2A 1TV5A 4UTKA 1JCJA 3OBKA 2PRHA 1XM3A 3E0IA 3TFXA 1F73A 4MJMA 3KRSA 4JTGA 2QR6A 5F1VA 1RZMA 4NZJA 4M7TA 3BW3A 3NQAA 1S5TA 1S5VA 4JTTA 5DELA 3C3NA 3DENA 5CSRA 2PCQA 3QQ1A 4HNTA 4JTKA 2X2GA 4ZL1A 4EWND 1OF8A 3UD6A 2RKXA 1TTQA 3WJSA 5IBXC 3W7GA 1RQHA 1G7VA 1B3OA 4M6PA 1P4CA 3DZ1A 1WDWA 1FDZA 1GPWA 1WAUA 4QQ3A 4O0ZA 2QCHA 3IGUA 3P62A 1H7OA 1VHNA 4O8RA 3W1RA 1W37A 2CZEA 2VXNA 3UY8A 3BW4A 1Q45A 3U8GA 3W9ZA 3KVLA 4FNUA 1VYSX 1AL8A 1DJQA 3NQ8A 4WQ6A 2A6NA 4K7VA 3O06A 4N9DA 1Z48A 1SQ7A 4EIVA 4O53A 2V30A 5D04C 4XTIA 1DQWA 1TPFA 2R91A 4GRSA 4E2BA 3SI9A 4Q4KA 3PB2A 3LRLA 5F2GA 3OIXA 3VNDA 2ISSA 3MI6A 1YXYA 3HB9A 3NGJA 5GVJA 4UFJA 1JRCA 1TPEA 3LCWA 1KM1A 1TB3A 2CZFA 3W07A 1IGSA 2Q3OA 3KFTA 2WO5A 3O1NA 3W7PA 3NPVA 1MO0A 2ATSA 1G6CA 3EXRA 3C6CA 3JS3A 4WJEA 2Y88A 1TTJA 4I7VA 1TPVA 5IBXA 3TK7A 1HO4A 1TQJA 4RCXA 2Z2UA 3UPWA 1WX0A 4UTJA 5AHMA 2VELA 3QW3A 3BO9A 4JR5A 3LCGA 1QO5A 4XKYA 3GAYA 3MYPA 4QJ1A 1SPQA 3NQ7A 2GOUA 4Z0SA 1M7OA 2QCLA 5LNUA 2CU0A 2BZNA 2TRSA 3B06A 3LHTA 4WY0B 2EF9A 3SSJA 2PC4A 3MHGA 1YDNA 3V75A 4S2BA 4DO6A 1AW2A 3TSDA 3LHUA 4HSNA 4YMZA 1K03A 1Q6LA 1WBJA 3EXSA 1W1ZA 2DJLA 4N02A 1K8ZA 3IVSA 3EWUA 4K39A 4MLRA 3IV3A 5HINA 1AL7A 5FF3A 1JCXA 1B9BA 4P61A 2A6LA 3W1AA 1RVGA 4ORMA 3U6WA 5TBOA 3UWUA 5AHEA 4UTHA 4UTMA 2A21A 1OFPA 4S2CA 2CLLA 1EP1A 5DY3A 1KFKA 2Y6ZA 4Z0JA 3S5OA 1XBZA 3THAA 2F7FA 3HG5A 4HSOA 3SIZA 2UV8G 4DF2A 1WOAA 4JICA 3W7OA 3EWXA 3L2IA 1VGAA 3HG2A 4WOZA 5CPMA 1R46A 3TQKA 4TX9A 1O94A 3MHFA 1KM4A 5FEXA 5I3GA 1OG0A 1A5AA 2JKPA 1LTDA 4UXDA 5K9XA 4N9CA 4TO8A 1Q6OA 4RZ4A 3I68A 3MWAA 3A24A 3PR2A 1EA0A 4RXGA 4M6VA 4MOZA 3N3MA 3RK8A 1JUKA 1YPFA 1W3NA 3MYOA 1W3TA 4N9EA 4GUFA 5H91A 4H4IA 1JVNA 4DPQA 4I7UA 5DBUA 3TIMA 4C1KA 3R5EA 4LS0A 3DHDA 2NV2A 4MZ1A 1OFDA 3OG3A 3UWQA 5D09A 1ZENA 2YCEA 3CC1A 1GTEA 4O12A 3JR2A 5EMUA 3RLUA 4EOUA 3G24A 2ZZ7A 4C1LA 4A3UA 4O4WA 2V2DA 2VEPA 1VYRA 3LLDA 4CCEA 2VFHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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